The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
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structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K0K O; 4DV1 O; 2UUC O; 4LF7 O; 1IBM O; 1J5E O; 1XMQ O; 2N74 A; 2FKX A; 1HNZ O; 4OPH A; 2UU9 O; 4JI2 O; 2Z0A A; 4DV2 O; 1HR0 O; 3O65 A; 4B3M O; 1FKA O; 5H5N A; 2DOS A; 4DR3 O; 4A5U B; 3T1H O; 1F7Y A; 3R66 A; 4DV6 O; 1FYJ A; 5LMN O; 2F4V O; 2ZM6 O; 1I94 O; 2E5L O; 5LL6 Y; 4JYA O; 1HNX O; 3OTO O; 3M8A A; 1R1B A; 4LFC O; 3J80 N; 4X64 O; 1AB3 A; 4NXN O; 4LF8 O; 1NS1 A; 1N34 O; 1XNQ O; 2VQE O; 4B3R O; 4DV0 O; 2JRI A; 4X66 O; 1IBL O; 1XNR O; 4DR2 O; 4GKK O; 1DK1 A; 4DV5 O; 5BY1 A; 4OPA A; 4DUZ O; 4YHH O; 4DV7 O; 4OX9 O; 1YZB A; 4DUY O; 2DJV A; 3JAM N; 3SDL A; 1N33 O; 3J7A U; 1N32 O; 5LMU O; 4DV4 O; 4DR4 O; 5FLX N; 4X62 O; 1FJG O; 4DR6 O; 1IBK O; 2UXB O; 4LFB O; 2VQF O; 1XEQ A; 4X65 O; 4JI1 O; 5BR8 O; 2UUA O; 4LF6 O; 4JI4 O; 1AIL A; 4GKJ O; 5IWA O; 2ZKO A; 3F5T A; 4B3T O; 1HNW O; 1XMO O; 4DV3 O; 4JI6 O; 4DR5 O; 5IT9 N; 2AGA A; 4LF9 O; 4JI5 O; 4B3S O; 1N36 O; 4JV5 O; 1X59 A; 2LW7 A; 2UUB O; 4JI0 O; 4LF5 O; 4LF4 O; 1KUQ A; 2HHH O; 3RT3 C; 3J81 N; 5A2Q N; 1A32 A; 4DR1 O; 4DR7 O; 2UXD O; 1R6T A; 4NXM O; 2UXC O; 4YY3 O; 4JI8 O; 5BXZ A; 4AQY O; 4LFA O; 1G1X B; 1D2D A; 3T1Y O; 4JI7 O; 4JI3 O; 4KHP O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QM4 A; 3MHS C; 4PV1 B; 2UUB B; 1S0V A; 3TET A; 1N32 B; 3AG7 A; 2PYJ A; 1AR4 A; 1Y67 A; 2Y4U A; 1P7B A; 5H5N A; 2NN4 A; 3PJS K; 5CBG A; 3P3P A; 2YXH A; 2UXN A; 3JD2 A; 4CC6 A; 2F4V O; 2OIG A; 1Y6X A; 5LL6 Y; 3F5W C; 1HNX O; 4BW9 A; 5CN0 A; 4PA3 A; 1XMQ B; 1H2N A; 2ZIN A; 1XUQ A; 2UXX A; 3BA8 A; 3CEI A; 5CA1 B; 1I7F A; 4YJ3 B; 2L35 A; 4U3J B; 3X2Q C; 3E35 A; 2E76 B; 5EBW C; 4TWK A; 4BAY A; 2XAS A; 2JGU A; 3CME V; 4UCU A; 5FLX N; 1YTF D; 1IBM B; 1EZJ A; 2XND G; 2N04 A; 1N0J A; 1NT2 B; 4BR6 A; 2OTL V; 1M57 C; 1L8D A; 1SQG A; 1DF4 A; 5BMV A; 5KHI A; 4GKK B; 4CC5 A; 2KG7 B; 3SJQ C; 4FLU A; 2QWP B; 3I56 V; 3E83 A; 2JGD A; 1WPX A; 2Y69 B; 5A2Q N; 4UVB A; 1KMI Z; 1URF A; 5EBM C; 1FD9 A; 2HR3 A; 4JI4 B; 5HFM A; 1XBL A; 2YDE A; 1QLE C; 4DV3 B; 4DR5 B; 2QE7 G; 1N0N A; 3CXC U; 4K0K O; 4B7E A; 2W6J G; 3JAK B; 4TV8 B; 1R6N A; 1NI8 A; 4JI0 B; 1SA0 A; 2N74 A; 3AG1 C; 3N2G B; 4D7T A; 5KX5 A; 2UU9 O; 2WLM A; 4FZ0 A; 2QDO A; 1ZL8 A; 4WFF A; 2GUZ A; 3CCQ V; 1YSC A; 2B9Z A; 4A5U B; 2B1I A; 5IWA B; 3E89 A; 4B08 A; 2E3C A; 1KKC A; 4BIO A; 1FYJ A; 2NNU A; 2CTP A; 1EN5 A; 3ABL B; 4PA7 A; 2HLD G; 1YXB A; 2CTQ A; 3G4S V; 4MSW C; 1WPB A; 2GTA A; 5D5P A; 3ZCC A; 3TXQ A; 4O2A B; 4X64 O; 1JX9 A; 4H44 B; 3OT7 A; 2P5O A; 4PDR A; 4I4T A; 4O4I B; 3B40 A; 4JAS A; 3CC7 V; 4MVZ A; 4LNU B; 4X66 O; 4ZI7 A; 2R72 A; 1XNR O; 5JVD A; 1VF7 A; 1NU1 H; 3VQV A; 1GM7 A; 3GWO A; 3K9S A; 5LGU A; 5KMG A; 2WLK A; 2PI4 A; 3S3W A; 1ZUQ A; 3JAS B; 4I50 B; 1Y74 B; 1K4D C; 1FXK A; 4O4L B; 5KA6 A; 5CMU A; 1UPG A; 1SZX A; 3T4Z A; 2WLN A; 3TK1 A; 3OMN B; 4GX5 A; 1ZX3 A; 1PV0 A; 3K5N A; 2P22 C; 1M5I A; 4CBC A; 3WG7 C; 1XL6 A; 3JAW B; 4CS3 A; 3JAL B; 4UFZ A; 2XAQ A; 3DGE A; 2H3O A; 1FXV A; 2JEX A; 4I0X B; 3ABK C; 4F4L A; 1XI1 A; 2R9A A; 3KZI Z; 2HG5 C; 2WLL B; 4MVR A; 3HB3 B; 2E75 B; 4WF9 V; 4JI7 O; 4PA4 A; 1K5S A; 1Q82 W; 4WFH A; 2EBO A; 2GTS A; 4FFB B; 4X88 A; 1N33 B; 4WFG A; 1S3J A; 1IDS A; 1SQV H; 4DR7 B; 1QHT A; 5C8Y A; 3T1H O; 3STZ C; 1T5E A; 3ZHQ A; 4MVM A; 4FM0 A; 3D36 A; 1LR1 A; 3RW0 A; 2M6Y A; 4LFA B; 4I5S A; 4MTO A; 2EIN C; 3MDS A; 3CCE V; 4LWS A; 3JAT B; 4QIW F; 3SPJ A; 3SJC C; 1R1B A; 3OGI B; 1DLB A; 1GK9 A; 3G67 A; 5KHH A; 2IU0 A; 4NXN O; 3OMI B; 1N34 O; 1MSD A; 3K79 A; 4DR2 O; 2BSK B; 2A9H A; 5J2T A; 3OR7 C; 3CWB H; 1PNK A; 2QKS A; 1L0L H; 4DV6 B; 4XDK A; 4IGG A; 4YJ2 B; 3HKC B; 4UXN A; 3B4S A; 1LUV A; 4DR4 O; 2OCH A; 4FM2 A; 4DR6 O; 4JYC A; 5C93 A; 3ZRX A; 1OZ0 A; 4TV9 B; 3N2K A; 2EZO A; 2NR5 A; 2P67 A; 5B1A B; 4GZR B; 1QLN A; 3WFV A; 2VQE B; 1CPY A; 1Y76 B; 3ZMU A; 1SS3 A; 2FB5 A; 2AW9 A; 3FYI B; 2HJD A; 3C3S A; 2UUB O; 2IM9 A; 3H1K H; 2Q69 A; 3RWR D; 1MNG A; 2XOK G; 2VS0 A; 2ZIO A; 5B1B B; 1Q86 W; 2XAH A; 4C7U A; 5E1A C; 4EKW A; 5A9G A; 4BW5 A; 4LF6 B; 4WFE A; 2GHY A; 1YDX A; 1HNW B; 2NLJ C; 2DN9 A; 4LF9 B; 4UB6 Z; 3P3N A; 1BT8 A; 1K34 A; 5L3C A; 3DSQ A; 3ETG A; 3E8H A; 1XMQ O; 2EIM B; 3CJH A; 2Q7E A; 3AEI A; 5EIB D; 5JQG B; 4UV9 A; 5LYJ B; 4H0L B; 3D3I A; 5L3F A; 3K0G A; 1P4R A; 3AG3 C; 5DED A; 2ZT9 B; 1KEC A; 1PL4 A; 4X1Y B; 3FB6 C; 1GN4 A; 1SQQ H; 5FPO A; 1AP6 A; 5J2U B; 4GKJ B; 1SQB H; 4LF7 B; 1FPO A; 4I7Z B; 5K1X A; 1R3L C; 4O2B A; 5CB4 B; 2PUS A; 4GKK O; 4YXW G; 4X8A A; 2BOC C; 4XDL A; 3I5D A; 1QR8 A; 1JPX A; 4FLV A; 5CA3 A; 3OW2 U; 4MW8 A; 1TVK B; 5CA1 A; 1VMG A; 1WLE A; 2HEP A; 3JAR A; 1YJ9 V; 1XDC A; 3G80 A; 4PHZ A; 4JI4 O; 1QBZ A; 4PDL A; 3A0R A; 1XMO O; 3L72 H; 4OXS A; 4DV3 O; 4J9Z B; 3UO3 A; 4DR5 O; 3HKD B; 3BAA A; 4DV7 B; 1JFF A; 3ZMV A; 4JI0 O; 3BY6 A; 4UB8 Z; 1VQ8 V; 1RPR A; 1ROP A; 1M93 A; 4UVC A; 2VQF B; 3CD6 V; 1D5N A; 3HR0 A; 5LHH A; 4NTX A; 5BXZ A; 1GN2 A; 4MS2 A; 1XNR B; 1KKD A; 1HDJ A; 4X89 A; 3C3T A; 4UCV A; 5EYP A; 5CBH A; 1VQ7 V; 3LDD A; 1IUR A; 3ASO B; 5FNV B; 1HNZ O; 2XAG A; 5GON B; 3TGU H; 2ZNI A; 3SPC A; 3ZRW B; 2Y69 C; 4LH6 A; 4YY3 B; 2ZR2 A; 3RYF B; 5JWP A; 3UQ8 A; 1N4C A; 4J7J A; 1GMG A; 1NBM G; 5LXT B; 1VQO V; 2DMX A; 5LHI A; 1AR1 B; 1Q3E A; 1GM9 A; 3AK1 A; 2AZ2 A; 1AI7 A; 1Q90 D; 4GUN A; 2VWJ A; 4B3R O; 3W7U A; 4DK0 A; 4DRX B; 2D3O W; 4IYH A; 1NQT A; 2XTA A; 2DJV A; 5H9C A; 4TSF G; 1H8H G; 2QKA A; 4ZOL B; 3L70 H; 1ZAU A; 5LP6 B; 4Q6G A; 3ABL C; 4LNU A; 5AG2 A; 3A2F A; 3S3X A; 4YIP A; 4QJF B; 4LF8 B; 5F2V O; 2CH7 A; 1Q6U A; 3EFF K; 4QPJ A; 1IBL B; 3FB7 C; 4GX0 A; 2V1D A; 4I50 A; 2QM7 A; 2ZNJ A; 4LF4 O; 4TQF A; 5JCO A; 4PI0 A; 1IXB A; 1SC5 B; 3OEE G; 1NR7 A; 1OJH A; 2Q4P A; 2LFS A; 1XRE A; 1GRJ A; 1VP7 A; 4J80 A; 4QNH B; 4DR7 O; 4HZ3 A; 1KB9 F; 1WA8 A; 3A0B Z; 2Y0P A; 5JJE B; 4NXN B; 1N34 B; 5JCO C; 2JS3 A; 4LFA O; 4IHJ B; 3JAL A; 1OV9 A; 1D2D A; 1WJZ A; 4DR2 B; 3B8N A; 2P6J A; 4TUY B; 4KL1 A; 4XBF A; 2YIB A; 3U0Z A; 4I0X A; 3VOU A; 3ICX A; 1H38 A; 1JA8 A; 2P7T C; 3QG5 A; 2F95 B; 2GSM B; 2Q9L A; 4FZ1 A; 2AHY A; 5LOV B; 2HFE C; 1GN3 A; 1TUB B; 5K1P A; 1Z5W A; 4UVA A; 4DV6 O; 4AHC A; 4F6R A; 5IJ9 B; 3KCX A; 5EC2 C; 3RFR A; 1FAF A; 1MSW D; 1UJW B; 1K33 A; 4FK5 C; 4TT3 G; 3BCC H; 2VQE O; 1TUE B; 1BHB A; 1MA1 A; 3LSS A; 2QA4 V; 4YHH O; 4MT8 A; 1VF6 A; 4IYI A; 4B7K A; 1F4M A; 3JAT A; 2QWR B; 5IYZ B; 3T4D A; 4LC1 A; 2F43 G; 3JSL A; 1YCI A; 3AG2 B; 1PD3 A; 2OIE A; 3F7V C; 4JTC B; 4MVO A; 2RQ6 A; 1VF6 C; 4LF6 O; 1EFR G; 2ZR3 A; 3F5T A; 1HNW O; 1P7G A; 3DTU B; 3K9A A; 4FMT A; 2PGG A; 4LF9 O; 1B3Q A; 3Q4H A; 1YJN V; 4YIO A; 1K73 W; 2EIL B; 1X59 A; 4DUY B; 4K8X A; 2G38 A; 2YIB D; 4IT5 A; 1E1R G; 1I08 A; 3IFX A; 4WCE V; 1VQN V; 5BZB A; 4PDM A; 2F1M A; 1G4Y B; 3OTF A; 1W0J G; 4JI8 O; 2UUA B; 2DWD C; 4R7C A; 3K59 A; 1W59 A; 3L9D A; 3OE7 G; 4GX1 A; 3SYC A; 1NR1 A; 2CAZ C; 3JD1 A; 5EZY A; 5TIS Z; 4RAI A; 5B1A C; 4EEQ A; 4GKJ O; 2RN9 A; 3K3W A; 1YEW A; 2UUC O; 4LF7 O; 3IC7 A; 4LH7 A; 4JTD B; 1AI6 A; 1AI4 A; 1MOF A; 3NXS A; 1P84 F; 3O65 A; 3QNE A; 4WFB V; 4UUJ C; 2A3Q A; 1FFX B; 5B1B C; 3E22 B; 2PZS A; 1XMO B; 4IL6 Z; 1YIT V; 1DTO A; 2DYS B; 1GKF A; 2Q0O C; 3IC9 A; 5JQG A; 1SQP H; 5CA0 A; 4D7S A; 2JK5 C; 5EC1 C; 1J5E B; 4PEL A; 3CC4 V; 3APO A; 1PNM A; 5GW7 A; 1AB3 A; 1QCE A; 1M1K W; 4JPR A; 4X20 A; 2EIM C; 4DV2 B; 2EIJ B; 4WFA V; 4DR3 B; 3WB1 A; 3JCU Z; 4DUZ O; 4DV7 O; 2CGO A; 1Q81 W; 4DXW A; 4WBN A; 4X1K B; 4FLX A; 5KUM A; 1VEW A; 4AIL C; 3SPI A; 4HYO A; 1F23 A; 1RSO B; 5CB4 A; 2VQF O; 1MAB G; 1HNZ B; 3GB7 C; 3ETE A; 3SJB C; 1SET A; 2OCC B; 2OWO A; 3ETQ A; 1SZT A; 3CP1 A; 3H1I H; 3SPG A; 1S72 V; 3ZHR A; 1PNL A; 5DN6 G; 2X7R B; 3RYH B; 1HP8 A; 1M56 C; 3GWK C; 1S76 D; 4G28 B; 5IJ0 B; 2HHH O; 2PYL A; 3J81 N; 2ZQM A; 4U7O A; 5IE9 A; 2PI5 A; 1A32 A; 3SJA C; 4X62 B; 2UXB B; 2WA3 A; 2FYU H; 2IU3 A; 3ASN B; 4YY3 O; 1BMF G; 1H8E G; 4RQE A; 2Q73 A; 2Q0A A; 5DEC A; 3UT5 B; 4B3T B; 4B3R B; 4X9Q A; 3ZMT A; 3O9O A; 3ML0 A; 3JYC A; 4L87 A; 3G71 V; 5ITZ A; 4JZG A; 3CCM V; 3ZMZ A; 3H1H H; 1MG1 A; 1R6K A; 5IYB O; 5L3D A; 3CCS V; 1F7Y A; 1CP9 A; 1J95 A; 3K5O A; 4FJC C; 5KHK A; 4OGQ B; 3LNM B; 5IDJ A; 3K57 A; 4KHP B; 1GO3 F; 2JDI G; 1Q5O A; 2F93 B; 4P30 A; 4LF4 B; 1NH2 B; 3JD0 A; 3RGB A; 3IAY A; 3FD9 A; 2RNB A; 1KBH A; 1Q8I A; 1WAZ A; 4LF8 O; 3ASO C; 1NTZ H; 3UM7 A; 1IBL O; 1V55 C; 4I9Q A; 2BCC H; 1TGO A; 4FM1 A; 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4F6E A; 4RWU A; 4D6T H; 4ICG A; 3UO2 A; 1SA0 B; 4NTY A; 3HKE B; 2UUA O; 4FLT A; 1CEZ A; 5KX5 B; 4FLW A; 3A8T A; 1ZL8 B; 1AJQ A; 2DW4 A; 3ZJZ A; 4EFB A; 3LUT B; 1W0K G; 2GBO A; 1VQK V; 2OYQ A; 3B77 A; 3CSX A; 4J9Y B; 2XHB A; 1N8R W; 3QTC A; 3M99 B; 4YJ3 A; 4U3J A; 2KKW A; 2H94 A; 4U7N A; 4UCR A; 4JI1 B; 4FLZ A; 4J7Z A; 3AG2 C; 1WB8 A; 5B3S B; 4I4T B; 1G1X B; 2IBZ H; 2EX3 A; 5JVD B; 4DUZ B; 1THZ A; 1BGY H; 3ZRV A; 1J5E O; 5KMG B; 1VQ6 V; 3K0D A; 2EIL C; 4R8C A; 2BTO A; 4KUM A; 4DV2 O; 4HAM A; 1FKA O; 1SQF A; 1OCR B; 2IJK A; 1BCC H; 4DR3 O; 1FXK B; 3JD4 A; 1Q6H A; 2X6B A; 2KG7 A; 5H6Q A; 2HP8 A; 1SF9 A; 5GTH Z; 2ZM6 O; 3SYP A; 5LBQ A; 4FPP A; 1H2L A; 3A0H Z; 1UFI A; 4J10 A; 1QVF U; 2ARH A; 2HHH B; 3M8A A; 2Q8V A; 3D8C A; 2QR4 A; 3H1J H; 2XUM A; 1JCH A; 2Q67 A; 3FB5 C; 2V7Q G; 4NKG B; 1S77 D; 1Y4M A; 2ADP A; 3JAK A; 4OPA A; 4TV8 A; 1RP3 B; 2R9I A; 2Q6A A; 3N2G A; 1BS3 A; 4EFE A; 3MHH C; 4X62 O; 2C2A A; 5L3B A; 2DYS C; 2QWO B; 2VRZ A; 2UXB O; 4LFB O; 3OTO B; 2LGW A; 1H2G A; 1AIL A; 2EJR A; 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