The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
SGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQATVWGIKQLQARSGGRGGWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Inhibition of human immunodeficiency virus type 1 infectivity by the gp41 core: role of a conserved hydrophobic cavity in membrane fusion.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
GP41 ENVELOPE PROTEIN
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| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
27
|
| structure length |
68
|
| sequence length |
68
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-06-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CP1 A; 3MHS C; 1K34 A; 2EZO A; 2EZP A; 3M99 B; 4G2K A; 5CMU A; 2M7W A; 2OT5 A; 4JGS A; 1JQ0 A; 5CN0 A; 4FIP C; 5KA5 A; 3MHH C; 2LP7 A; 1QR9 A; 3P30 A; 1F23 A; 4FK5 C; 1DF4 A; 1SZT A; 4JF3 A; 1QBZ A; 1Y4M A; 1Y66 A; 5KA6 A; 4E2L A; 2MK3 A; 3K9A A; 1MG1 A; 1QR8 A; 2EBO A; 5HFL A; 3CYO A; 1I5Y A; 3B8M A; 4N21 A; 1K33 A; 4N23 A; 5H9C A; 1DLB A; 3B77 A; 3H01 A; 3WFV A; 1DF5 A; 2X7R B; 3B8N A; 4FJC C; 1QCE A; 5HFM A; 3GWO A; 1ENV A; 1I5X A; 1EBO A; 1JPX A; 1MOF A; 2P6J A; 4JPR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B40 A; 2QR4 A; 4DV2 B; 3SDL A; 4C7U A; 2EIK B; 3OT7 A; 3TCU A; 4DK1 A; 3G4S V; 2QA4 V; 4NR1 A; 1NJI W; 2DN9 A; 2QWO B; 4KHP B; 3EFF K; 5D5P A; 2UXB B; 2ZIN A; 2Q7H A; 2EJ7 A; 2KG7 A; 3WG7 C; 3A8T A; 1XEQ A; 1H8H G; 3L73 H; 2B1G A; 3ABU A; 4YY3 O; 1RPO A; 4FLT A; 2X0L A; 1KB9 F; 1GRJ A; 5LHH A; 3OR7 C; 4NXM O; 1WPB A; 5C8Y A; 4JI2 O; 1D2D A; 1AI6 A; 5IYC O; 3JSL A; 2EIN B; 4N23 A; 4AI8 A; 4DV1 B; 2ZT9 B; 2DW4 A; 4X89 A; 5KX5 B; 2Q7G A; 1FD9 A; 4X62 B; 1MSW D; 1KBH A; 4B3T B; 4GZR B; 2PUS A; 4I7Z B; 2W6I G; 5E79 Z; 4KXR A; 4UB6 Z; 1BSM A; 2Q8V A; 4YHH B; 3RYC A; 4B08 A; 4YIO A; 4CC5 A; 5CB4 A; 4LFB B; 2OCC C; 2YDE A; 5LGU A; 1FPO A; 2YIB D; 4TQD A; 1V54 C; 3F7Y C; 5B3S C; 2LW7 A; 1WAZ A; 1W0J G; 4J7Z A; 1G6U A; 3VOU A; 5CBH A; 1RSO A; 4HAM A; 1HW7 A; 4DR3 B; 1EN5 A; 2ZE8 A; 1PD3 A; 1M57 C; 4BR6 A; 2Z0A A; 2JS5 A; 4MTF A; 2F43 G; 5E1A C; 1ORQ C; 4MT8 A; 1EZJ A; 1SQX H; 1WB8 A; 1QCE A; 1DK1 A; 4UVB A; 2UUB B; 4MW8 A; 5EBL C; 2M7W A; 2ZQM A; 4GX0 A; 5IT9 N; 3JAT B; 4O4J B; 2Z3Y A; 1AIL A; 1QBZ A; 4XDL A; 4X1Y B; 5J2T B; 4CS2 A; 4DUY B; 4EFE A; 1GN6 A; 4EB6 A; 2NN4 A; 2RNB A; 4QNH B; 5L3C A; 4G2K A; 3K0D A; 2PI4 A; 2GDS A; 2PF4 E; 5IJ9 A; 1L8D A; 1LNQ A; 5EZY B; 5LXT A; 3FB5 C; 1N32 O; 1FFT B; 1TUB B; 3HPL C; 3JAM N; 4ZIB A; 3AG1 B; 1XHX A; 2ITC C; 2LO1 A; 3P3P A; 3CCV V; 4TOI A; 4O2B A; 2XAG A; 2PI5 A; 4PDR A; 1I5X A; 1H2M A; 3ABL B; 1SS3 A; 3S3X A; 1HNX O; 2ZM6 B; 3CPW U; 3HR0 A; 4UFZ A; 1JQ0 A; 4B3S B; 2XND G; 3DC6 A; 3BA8 A; 1NH2 B; 4CZZ A; 2CDY A; 4TUY A; 1VQ5 V; 2JK5 C; 1EM1 A; 1FFX A; 1SZX A; 4IHJ B; 3HKE B; 2A9H A; 2E3C A; 1I5Y A; 5H9C A; 1AR1 B; 2GHY A; 1S76 D; 4NXN O; 3I55 V; 1EZV H; 1IBL O; 3DGE A; 3E8F A; 3SYQ A; 2UXC B; 2ZIO A; 1M9N A; 1K7D A; 3QO5 A; 5BY1 A; 3VQV A; 1QQC A; 3JAS B; 2LW1 A; 3TET A; 4B7E A; 4FM1 A; 3L70 H; 2E74 B; 4QPJ A; 1PNM A; 5JVD A; 3BRC A; 4BW5 A; 3SYC A; 4DO2 A; 3J80 N; 5LMN O; 5LGT A; 1ZWI C; 2OIG A; 1HNW B; 2R72 A; 1FYJ A; 4DV5 O; 3RYF B; 3K06 A; 1R6T A; 1KU9 A; 4FLY A; 2CTR A; 4GX1 A; 4ASU G; 4AHC A; 3ZHT A; 4K8X A; 4LCU C; 1P84 F; 2JGU A; 4ICG A; 4DR4 O; 1SZT A; 2QWR B; 2F95 B; 3CJH A; 3ZRV A; 4K3A A; 3SJQ C; 1U97 A; 3N2G B; 3ASO C; 1VQP V; 3ABK B; 2QWP B; 1XMQ B; 2JGD B; 1TVK A; 3K5L A; 4YJ3 A; 1IZ3 A; 3ABT A; 1X59 A; 1GMG A; 1J95 A; 3F7V C; 4LF4 O; 2QTS A; 1YJN V; 3IJ4 A; 3CD6 V; 4R7C A; 5D5Q A; 4LFC O; 1NKD A; 2XAS A; 5FPR A; 1Q5O A; 4KFM A; 4XBF A; 1RM1 B; 2YUA A; 1NR1 A; 3B8M A; 4FVM A; 3KKY A; 3JD3 A; 4MVZ A; 4FM2 A; 2AHZ A; 2A79 B; 3KCX A; 3ZRS A; 2XT9 A; 2JVD A; 3CHX A; 3K03 A; 4BWA A; 3TGU H; 2B1I A; 3K08 A; 2HKO A; 4UV8 A; 2IJH A; 1NI8 A; 2EX3 A; 4X65 B; 3BVO A; 3K9S A; 5DEC A; 2OCH A; 3QNE A; 4JYY A; 1FJG B; 5BMV A; 2ARH A; 2ZR2 A; 2VWJ A; 1K5Q A; 1YTF B; 1ZUQ A; 2PYL A; 5LOV B; 4GKJ O; 5GW7 A; 4RQE A; 3B2E E; 3CB2 A; 2GUZ B; 3ICX A; 3TJT A; 4DV4 B; 3H1I H; 2WPD G; 3OUS A; 2RCV A; 3H9V A; 1HNZ O; 2Q4P A; 3JAT A; 3CCR V; 4YIP A; 4ZHQ A; 4GX2 A; 4MTO A; 3LNM B; 4CH4 A; 2EUL A; 2Q67 A; 1N33 B; 1Z5V A; 1JR9 A; 3W7T A; 2IJJ A; 1Y74 A; 1YDX A; 1RFY A; 1OCO B; 1XNR O; 2HHH B; 5CN0 A; 4FIP C; 4UUJ C; 4JI6 B; 2UU9 B; 1QR9 A; 2DYR B; 4MVM A; 2OIE A; 4ZI7 A; 1Y66 A; 4JAV A; 2CH7 A; 1Y76 A; 4JYB A; 1R6K A; 1AJQ A; 3AEI A; 4LF6 O; 2ODM A; 3ZJZ A; 5EIB C; 3CCU V; 3R66 A; 2Q7E A; 4LFA B; 3IGA C; 5H6R A; 2JS3 A; 3CXC U; 3WU2 Z; 3STZ C; 3ZMS A; 3K5M A; 3L75 H; 3JD2 A; 1VF7 A; 1OCR C; 1SA0 A; 2EIM C; 3TK1 A; 5KA6 A; 5A2Q N; 3AK3 A; 1NTZ H; 4DR7 B; 1MSD A; 2EIL B; 4IHJ A; 1T5E A; 1S3J A; 2VQF B; 3DSQ A; 4W4L A; 3CC7 V; 4F6R A; 2DJV A; 1SKV A; 2Q0O C; 5CA0 A; 2V1D A; 4Z1M G; 1WPX A; 1W59 A; 2OTL V; 1L0N H; 3SPC A; 4H0L B; 2EIJ C; 2HJF C; 1KD1 W; 2KKW A; 1NS1 A; 4R50 A; 4O4I A; 1R3J C; 1QVF U; 4MW3 A; 1AB3 A; 2WA3 A; 2A0L A; 2H8P C; 4ZOL B; 4JTD B; 3D36 A; 2AZ0 A; 1UJW B; 1G4Y B; 5JH7 B; 4DV2 O; 3ZHQ A; 2WLK A; 4GT1 A; 3I56 V; 4O4H B; 2JIZ G; 3M7M X; 2DYS C; 4KHP O; 5LYJ A; 2HR3 A; 3N27 A; 2IW5 A; 3L72 H; 1AI7 A; 2KSD A; 4GUN A; 3E89 A; 1AP6 A; 1GTO A; 3JCU Z; 5B1A B; 3P3N A; 2ADP A; 4IT5 A; 2GBO A; 2XHB A; 4WFG A; 1OCC B; 2QKS A; 4O4L B; 1R3I C; 3SPH A; 1AP5 A; 3JAK A; 1B06 A; 2W0X A; 3H1J H; 1PP9 H; 3U0Z A; 1I7F A; 3T4D A; 2P4V A; 2YI9 A; 1SC5 B; 1S5H C; 4MVS A; 2Y4U A; 4DV1 O; 1L0L H; 4U7O A; 4X62 O; 1SRY A; 4B3T O; 4KP4 A; 4IL6 Z; 5BR8 B; 3CMA V; 2VS0 A; 3DC5 A; 4PA9 A; 4YHH O; 1LUV A; 5KAI Z; 5KHH A; 4QGP A; 4OX9 O; 3CEI A; 3M8A A; 2IH3 C; 5DED A; 1HR0 B; 1XNR B; 5HFM A; 4JYC A; 1KYO F; 1YVW A; 3W7X A; 5EBW C; 1B3Q A; 3K5O A; 3EHB B; 3H1L H; 2HEP A; 4DR3 O; 5CA3 A; 4I50 A; 1M56 C; 1R3K C; 4HNA A; 5JJE B; 1XHZ A; 3SYP A; 1DTO A; 3ZN1 A; 2YEV A; 5KHI A; 1J5E B; 2ZKO A; 3OE7 G; 1NR7 A; 3D36 C; 5CA1 A; 2C2A A; 3DXR B; 1Y4M A; 5IWA B; 1SQQ H; 1H2K A; 1K97 A; 2Z5U A; 3SYA A; 3OMN B; 3U10 A; 3E8G A; 1H8E G; 3ASN B; 3HKC A; 4FLZ A; 2R9I A; 2P90 A; 2DOS A; 2ZCE A; 4TV9 B; 4PV1 B; 2F1M A; 4H37 A; 5KUM A; 4F6E A; 1JVM A; 2F4V B; 3T1H B; 2ZIM A; 1GN4 A; 4NTY A; 1YZB A; 4LF7 B; 4FZ1 A; 4WFA V; 1G1X B; 5IJ0 B; 4PDL A; 4A5U B; 4YXW G; 1E1Q G; 3P32 A; 1OV9 A; 3IAY A; 1BZK A; 2KB1 A; 2P6J A; 4MVU A; 5BZB A; 5JQG B; 3Q4H B; 3K5N A; 2CTQ A; 1ZAU A; 1B6Q A; 5CMU A; 2X6A A; 3OD4 A; 3LSQ A; 3FD9 A; 2QSA A; 2ZM6 O; 2YS8 A; 4X20 A; 4B3S O; 3K79 A; 3RYH B; 4PA6 A; 1Q81 W; 1US6 A; 1PL4 A; 2BSK A; 1EFR G; 3BAA A; 3QVN A; 4WFB V; 4HZ3 A; 1Q6I A; 4UV9 A; 4JPR A; 4Z2W A; 1KMI Z; 5L3E A; 4XDK A; 1G8M A; 1DF4 A; 2UXC O; 2LGQ A; 2BTQ B; 5LA6 A; 1ZL8 A; 3LDE A; 5EBM C; 4AIL C; 4LF5 O; 2H94 A; 1WN7 A; 3A0H Z; 3H01 A; 1DF5 A; 1FXK A; 1FKA O; 4I55 B; 4JZG A; 3E2E A; 1AI4 A; 1YTF D; 5IYZ B; 1Z5W A; 1BGY H; 4WF9 V; 4TV8 B; 3ZS8 C; 3N2K B; 1HNW O; 2DQ0 A; 1KKC A; 2QEX V; 1XOU A; 2N74 A; 2KQX A; 3CCE V; 1CP9 A; 5BXZ A; 4LH6 A; 4OX9 B; 1QR8 A; 3A0R A; 4PI0 A; 2ZXW C; 3AG3 B; 1WP8 A; 3O9O A; 2RN9 A; 1O9H A; 1F51 A; 1V9P A; 2X7R B; 3D8C A; 1P49 A; 2FKX A; 2ZR3 A; 5KMG B; 1KKD A; 1MOF A; 2Y0I A; 2W6J G; 1JMK C; 4FFB B; 3H1H H; 1XMQ O; 3MAQ A; 1KEC A; 1BQ0 A; 2ADQ B; 5JJJ B; 4K35 A; 5LGN A; 3SJB C; 3HKB B; 3JAR A; 2YXL A; 2PTM A; 5B1B B; 1WB7 A; 2CAZ C; 1XDC A; 3L71 H; 1K33 A; 2XTA A; 1V55 C; 4H13 B; 5B1N A; 1SQG A; 4FJC C; 3CCM V; 1N0N A; 5K1P A; 1IBK B; 1AR4 A; 1EBO A; 4PD4 F; 4IIJ B; 3ZRX A; 4LF9 B; 4QIW F; 4P2Z A; 2UXN A; 5IE9 A; 1XIL A; 2Y48 A; 2Y4T A; 3G80 A; 1VP7 A; 2QJ1 A; 3CRC A; 3ABM B; 4UCT A; 1SQP H; 4X1I B; 3NR7 A; 2AW9 A; 1K73 W; 4X65 O; 2PGG A; 1QLE C; 1RPR A; 3ZMT A; 1FJG O; 3UT5 A; 5GON A; 3CSX A; 1WA8 A; 2ATK C; 2L35 A; 2GTA A; 5GTH Z; 4JI3 B; 4X1K A; 4DV0 B; 5LP6 A; 3T1Y B; 4DV4 O; 4DR2 B; 4O2A A; 2Y69 B; 3CRR A; 3F5T A; 3CCJ V; 5L3F A; 3T4Z A; 3ZRW A; 4PHZ A; 1FXK C; 3BEH A; 3E22 B; 3D3Q A; 4G27 B; 4P9P A; 4TV9 A; 4WBN B; 3K59 A; 5J2U B; 1N33 O; 2JJ1 G; 4YJ2 B; 3WB1 A; 1K5S A; 2XAQ A; 2F23 A; 1FXV A; 3KCY A; 2HHH O; 4JI6 O; 2UU9 O; 1MNG A; 3RYI A; 3FYE B; 5IY5 B; 2IU3 A; 4DRX B; 4DXW A; 4JI0 B; 2EZO A; 3OW2 U; 1VAR A; 4PI2 A; 5EYP A; 2G38 A; 2UXD B; 1TAE A; 1TGO A; 4LF5 B; 4I0X B; 4LFA O; 3ZMZ A; 4ZBM A; 4EKW A; 3LNN A; 1YJ9 V; 3LDC A; 2ZE5 A; 1MZF A; 3X2Q B; 4JI8 B; 3CCL V; 3HKD B; 4X66 B; 4NVP A; 2RQ6 A; 4DR7 O; 4UCO A; 3UKM A; 4DV7 B; 3FAV B; 4LC1 A; 2V4D A; 2VQF O; 2RDC A; 3HB3 B; 3QTC A; 2VWK A; 1FXH A; 3JD1 A; 4NTX A; 3AG4 B; 4LF8 B; 1QU7 A; 5JCO A; 3SPG A; 1GAX A; 3JCZ A; 5KAF Z; 3K58 A; 3AG2 C; 3ETE A; 4EFB A; 2ETN A; 1M4U A; 3OAA G; 1NT2 B; 4MVO A; 5KX5 A; 1GN3 A; 4JI7 O; 2JEX A; 3OEH G; 1WNS A; 4F4L A; 2Q69 A; 2F93 B; 3MD0 A; 1F4N A; 4RAI A; 4H33 A; 5LP6 C; 4JI4 B; 5ITZ B; 4R8C A; 3AG7 A; 1OCZ C; 1Q6U A; 1PM9 A; 1BQZ A; 1YXB A; 5KLV H; 5L3B A; 3G6E V; 1JJ2 U; 1FAF A; 4GCZ A; 2CGN A; 4PDM A; 3GWK C; 2VQE B; 4FPP A; 1VQM V; 2BTO A; 3LSU A; 1SET A; 3CRM A; 4H44 B; 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