The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
46
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structure length |
46
|
Chain Sequence |
b'SEALKILNNIRTLRAQARECTLETLEEMLEKLEVVVNERREEESAA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The H-NS dimerisation domain defines a new fold contributing to DNA recognition
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-binding protein H-NS
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| total genus |
16
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| structure length |
46
|
| sequence length |
46
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-12-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ICG A; 1NI8 A; 3NR7 A; 1LR1 A; 2MW2 B; 1OV9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NLJ C; 3RGB A; 1B04 A; 3ZN1 A; 2X0L A; 1NT2 B; 2Y4T A; 3LSQ A; 3AG4 C; 4O4H B; 1GK9 A; 3ZHR A; 3HPL C; 4UCT A; 1W0K G; 3J80 N; 3DC5 A; 2N05 A; 3JAT B; 2JS3 A; 4K0K O; 1I5X A; 1OCO B; 3ZCC A; 4RWU A; 4I55 B; 5BY1 A; 2P5O A; 3ZS8 C; 5IY5 B; 3P32 A; 4LF9 B; 5BR8 O; 1XMQ O; 3BEH A; 2P90 A; 2AZ0 A; 2UUB B; 1E1Q G; 4DR1 B; 3UM7 A; 3ABM C; 3LSU A; 4CS2 A; 3K9A A; 4IHJ B; 4U3F H; 2DQ3 A; 3D36 C; 5LYJ A; 2QTS A; 1CPY A; 4DUZ O; 1COW G; 2DYS B; 4X1K B; 1SA0 B; 4TOI A; 2PI4 A; 3FAV B; 3CRA A; 2GUZ A; 2GV9 A; 2IJH A; 5B1B C; 4K8X A; 2NN4 A; 2KG7 B; 1X59 A; 2R9R B; 3JAS A; 1XRE A; 1VQL V; 2CAZ C; 1AR4 A; 3FYE B; 1N0J A; 4X1I B; 3TGU H; 2XAF A; 3VQV A; 4OXS A; 3H9V A; 3OGC C; 2Y4U A; 4PDR A; 5GTI Z; 4LF6 O; 4JAS A; 1IX9 A; 1SRY A; 1VQO V; 1M90 W; 2ZNI A; 3HKE A; 1IBL O; 1LUV A; 3RVZ A; 4H13 B; 3MD0 A; 3WG7 C; 1H2N A; 4BAY A; 3ZMZ A; 3F7V C; 3UCS C; 3ABL B; 3B2E E; 4I50 A; 1AI7 A; 3OUS A; 4DRX A; 1FXK C; 5JH7 B; 4FLU A; 2WA4 A; 5KMG A; 1NKD A; 2IJK A; 2QR4 A; 2XHB A; 5A2Q N; 3C3S A; 4JTD B; 4CH4 A; 2ZDI A; 2WA3 A; 4AI8 A; 1AJP A; 4X88 A; 1R3K C; 4TV8 A; 3L72 H; 3RYC A; 4YXW G; 2BOC C; 2E74 B; 1XL4 A; 5LMN B; 1L0N H; 4O4I B; 3RW0 A; 4X8A A; 2AZ2 A; 2OCC C; 3OGI B; 1MOF A; 1X4T A; 4IYI A; 2Q7G A; 1I5Y A; 4JYA B; 4IT5 A; 2Q4P A; 4DR4 B; 4LF9 O; 1CEZ A; 1VIB A; 2W6I G; 2NNU A; 3SJQ C; 1QLE C; 4DR1 O; 1LNQ A; 4JI1 B; 1N0N A; 1NVP D; 1XHZ A; 2QWR B; 3QTC A; 3E8B A; 1AR1 B; 3L70 H; 2A7W A; 4CS3 A; 1L8D A; 1Y67 A; 1VAR A; 4WFB V; 1Q7Y W; 1R6T A; 2HVJ C; 4HZ3 A; 2B1I A; 2EZP A; 4GCZ A; 1VQ6 V; 2UXN A; 4BIU A; 4OX9 B; 5IE9 A; 4LR3 A; 3ZMT A; 5CB4 A; 4O2B A; 1G1X B; 2HVK C; 1F23 A; 3B77 A; 1S5H C; 4FK5 C; 3BAB A; 3AK3 A; 4TQF A; 5KUM A; 3JAR B; 5KUK A; 1SES A; 4EEQ A; 4YJ2 A; 4IGG A; 1XIL A; 3SJC C; 4LCU C; 4BW5 A; 3WU2 Z; 3K03 A; 3SDL A; 1WP8 A; 1QQC A; 3UO2 A; 4AQY B; 2Q5Z A; 1WA8 B; 3CHX A; 2YXH A; 1SQB H; 1W59 A; 1P7B A; 4OPA A; 3JAT A; 4G2K A; 2QE7 G; 2EIJ B; 1EN4 A; 1GO3 F; 1QR9 A; 4I55 A; 1E1R G; 4FIP C; 2DW4 A; 1M93 A; 5IJ0 B; 5LMN O; 4NVP A; 3OEH G; 3B8N A; 4X64 B; 1YIJ V; 5KAI Z; 5L3D A; 2ZKO A; 3E83 A; 1F4M A; 1I7F A; 1GN3 A; 5LP6 A; 5CA3 A; 4J7K A; 4IHJ A; 2LO1 A; 3W7S A; 2WLL A; 3KKY A; 1H8H G; 1J95 A; 3TCU A; 2EIM C; 3OM3 B; 4DR4 O; 4FZ0 A; 2BSK A; 3OTF A; 4ZBM A; 2Q69 A; 4X1K A; 4UCO A; 3C3T A; 1BQ0 A; 4JI1 O; 3OW2 U; 2YIB D; 2CH7 B; 3AG2 B; 3OT7 A; 1NJI W; 3OE7 G; 1F4N A; 3K04 A; 1PL4 A; 4YIP A; 4A5U B; 2M6Y A; 4H33 A; 3AG7 A; 2WWW A; 3WB1 A; 2B5U A; 1K8A W; 4MW8 A; 1ZAU A; 4MVQ A; 1AI5 A; 4UXN A; 2GTS A; 3CMA V; 4PJ0 Z; 3JAL A; 2XAS A; 5JWP A; 1XNQ B; 3WB0 A; 3FYI B; 3ZBH A; 5D5P A; 2QM7 A; 2RJZ A; 1FKA O; 3TET A; 3ASO B; 4OX9 O; 4BW9 A; 1YJW V; 5EC1 C; 3N2G B; 3SR2 C; 3ZHV A; 3THO A; 5JH7 A; 2OIE A; 3TXS A; 4GLX A; 2PF4 E; 1F7Y A; 3C90 A; 4J9Z B; 2VQF B; 4UVA A; 5J9P C; 3G6E V; 5EYP A; 1SZT A; 3HKC A; 5LHI A; 1H2M A; 5B3S B; 1ZTE A; 2YUA A; 3CWB H; 4UCR A; 1FFT B; 3ZMS A; 4AQY O; 4TV9 A; 4MTF A; 5B1N A; 4NXN B; 5IYZ B; 3AEI A; 4I0X A; 2CTW A; 1HDJ A; 2YIC A; 2YEV B; 3X2Q B; 3LNM B; 1EN6 A; 1VQM V; 5CBF A; 3T4Z A; 4TSF G; 2ZR3 A; 3KCX A; 1XL6 A; 4X64 O; 5IJ9 B; 1VF7 A; 4ZOL A; 4WBN B; 1Y76 A; 1MA1 A; 4DV5 B; 5LA6 B; 3CJH B; 4FZ1 A; 4MTG A; 4QPK A; 4JF3 A; 3SPI A; 1K33 A; 4I9W A; 3FB5 C; 1NTZ H; 1H2G A; 3OMN B; 5JVD B; 3P3N A; 2RQ6 A; 4GZR B; 2PGG A; 1ZLZ A; 1GKF A; 1BHB A; 1Q86 W; 2BCC H; 4LF8 B; 1OZ0 A; 1P7G A; 3UT5 B; 3IAY A; 3HKD B; 5JJJ B; 3IGA C; 1UFI A; 2Q68 A; 4U7N A; 1SKV A; 1W0J G; 1AI6 A; 4JTC B; 4PI0 A; 1PD3 A; 4JI5 B; 2WLN A; 4JZ2 A; 1VQ9 V; 2YIA A; 3E35 A; 3E8H A; 3JAK B; 4JZG A; 1XNQ O; 1OCC B; 2HJD A; 3SPC A; 2KKW A; 3CD6 V; 1KUQ A; 4DR6 B; 2JGD A; 3L71 H; 4NTX A; 5LYJ B; 4P9O A; 1GN2 A; 1AP5 A; 1XMO B; 2WLK A; 1L1F A; 4YIO A; 5FPR A; 1Q5O A; 1Q6I A; 5EC2 C; 3G6B A; 4AHC A; 2GUZ B; 2IU3 A; 2VRZ A; 1HNX B; 1PP9 H; 3E8G A; 2ZIN A; 2EIN C; 1I0H A; 2VQF O; 2A0L A; 4PDV A; 4MVS A; 1KB9 F; 5KHK A; 5IDJ A; 4CC5 A; 4B3S B; 2UU9 B; 5D5Q A; 3ETE A; 2VQE B; 1M57 C; 1EN5 A; 4QPJ A; 1KBH A; 1NZ6 A; 1QR8 A; 1KU9 A; 2KB1 A; 3M7M X; 3JD3 A; 4NXN O; 4F4L A; 3HKE B; 1TVK A; 2IBZ H; 3B4S A; 3ZHU A; 1DGS A; 3G67 A; 4YY3 B; 2ZXW B; 2AXT Z; 1IVS A; 1BHA A; 1VP7 A; 4JI3 O; 3K0G A; 4I50 B; 3OTO B; 3K08 A; 4DRX B; 4X62 B; 4DV5 O; 3LDE A; 4WFE A; 4BR6 A; 2V7Q G; 3UO3 A; 4BIZ A; 2DOS A; 3K79 A; 1JA8 A; 4JAU A; 1VQ4 V; 1HWY A; 2QGN A; 1BS3 A; 4TUY A; 2W0X A; 3OAA G; 4LF8 O; 1VF6 C; 1FXV A; 1PPJ H; 3G71 V; 2YIB A; 3A0R A; 3FB8 C; 2A3Q A; 2N74 A; 4EFE A; 1DF5 A; 1YVW A; 1GM7 A; 3A2F A; 3I56 V; 1IZ3 A; 4LFB B; 2F66 C; 5BZB A; 2IH3 C; 4BWA A; 3SGI A; 1H38 A; 2G38 A; 4DV6 B; 4Z2W A; 4JI5 O; 1E79 G; 3K9S A; 1Q90 D; 2X6A A; 3N2G A; 1TUE B; 4N23 A; 1BQZ A; 4K3A A; 1M56 C; 2ZM6 B; 4G28 B; 5DEC A; 4DV4 B; 4U3J A; 1HNW B; 4DR6 O; 1TAE A; 1OCR B; 1OCZ C; 1JFF B; 3G4S V; 1XMO O; 3D3Q A; 2KQX A; 3ZHS A; 1HNX O; 4UCV A; 4PDL A; 1PKX A; 3F7Y C; 5L3F A; 4O4L A; 3QF7 A; 4B3S O; 2UU9 O; 3J81 N; 4NR1 A; 4UB8 Z; 1SER A; 3JSL A; 3ZRV A; 2VQE O; 4MS2 A; 2HLD G; 2GDS A; 2ZDI C; 1JQ0 A; 4FPP A; 1MAB G; 1J5E B; 1WLE A; 2Y69 C; 5IJ9 A; 5CB4 B; 1UJW B; 4DR7 B; 4O2B B; 4WBN A; 2Y48 A; 3E22 A; 3FB7 C; 3UQ8 A; 3R65 A; 2A06 H; 4X9Q A; 2YSU B; 1BZK A; 2D2C B; 3RN4 A; 1US6 A; 4YY3 O; 4JYY A; 3SJA C; 5JVD A; 1D5N A; 4B08 A; 5DED A; 5B5E Z; 3OTO O; 2Q7H A; 4X1Y B; 4YJ2 B; 3ZHQ A; 2RNB A; 4X62 O; 2F23 A; 3UT5 A; 3HKD A; 5JJN B; 3U0Z A; 3DXR B; 4PA9 A; 4RO2 A; 2Q73 A; 3H1J H; 1K92 A; 1SC5 B; 2PUS A; 3BAA A; 3T1C A; 4LWS B; 4Z1M G; 4F6R B; 1ZUQ A; 2XAJ A; 3RBZ A; 1K9M W; 1YHQ V; 1NR1 A; 5IYC O; 3JAK A; 4XDL A; 5LP6 B; 4LFB O; 1YSC A; 5L3C A; 2WLL B; 3D3I A; 2CTR A; 4WF9 V; 3ZED A; 5BXZ A; 2P4K A; 4DV6 O; 3STZ C; 2LP7 A; 4PD4 F; 2FYU H; 2BSK B; 1WB8 A; 2O57 A; 2WAM A; 2ZM6 O; 4QJF B; 1WPB A; 3CYO A; 3K5O A; 4DV4 O; 1CP9 A; 1PNM A; 1HNW O; 4WFH A; 4XDJ A; 1AJQ A; 1SQX H; 3E86 A; 1NR7 A; 4H0L B; 1KEC A; 4WFF A; 5LHG A; 1ROP A; 1AB3 A; 2B1G A; 3KG2 A; 2VS0 A; 4GKK B; 1QU7 A; 1S77 D; 2DJV A; 2WLM A; 3JAL B; 3CE2 A; 2ZE8 A; 4DK1 A; 5J2T B; 2Q67 A; 2AGA A; 2JJ2 G; 5CBH A; 1KYO F; 4O4J B; 2DQ0 A; 1YEW A; 4HAM A; 3RYI B; 1IDS A; 2EJ7 A; 3WB2 A; 1J5E O; 4DR7 O; 1OCO C; 1FPO A; 2Y0P A; 5KA5 A; 1W2B U; 4JI7 B; 4FM2 A; 5KLV H; 2A79 B; 3ZRW A; 5IY5 C; 3AG3 B; 3NR7 A; 1NQT A; 2L35 A; 5L3B A; 1UPG A; 3G80 A; 5EBM C; 2EIL B; 5EYP B; 3HKC B; 4KUM A; 2ARH A; 3O9O A; 2V4D A; 5TIS Z; 2Q0O C; 2CGO A; 3HB3 B; 4TV9 B; 1SQG A; 1N32 B; 4E4E A; 2DYS C; 3ZHT A; 2P06 A; 4I0X B; 1VQ7 V; 1S3J A; 1L0L H; 5KHI A; 5CA1 A; 2AW9 A; 3JD2 A; 5EBL C; 3IJ4 A; 3RFR A; 4L87 A; 1BSM A; 1FFX B; 1RPR A; 4ZOL B; 4ZIB A; 2EIK B; 2QKA A; 2UUB O; 4CC6 A; 1Y76 B; 4PA7 A; 1K73 W; 3CCQ V; 5B1A B; 5IT9 N; 1OHH G; 1O9G A; 1WP7 A; 4JI0 B; 1FAF A; 4X66 B; 1ENV A; 2IW5 A; 2QKS A; 1JFF A; 1XOU A; 1FXH A; 3RYH B; 1U97 A; 1MMM A; 4FFK A; 5LBQ A; 1M1K W; 1BE3 H; 4ASU G; 2PTM A; 3DTU B; 4UV8 A; 4FLZ A; 2D3O W; 1NVP B; 3ABL C; 5EK0 A; 4WCE V; 4DV0 B; 2H3O A; 4GX2 A; 2IJI A; 4DW0 A; 1Z5W A; 1P84 F; 3DSQ A; 3GWO A; 2GSM B; 1ARO P; 3AG1 B; 4CBC A; 1Q82 W; 4NXM B; 3QG5 A; 1YZB A; 4LF5 B; 1H2S B; 4GKK O; 2Z0A A; 4NTW A; 3K0D A; 2UUC B; 3L73 H; 1QNM A; 2JGD B; 1Y74 A; 3J7A U; 3SYO A; 4QGP A; 5EBW C; 5C8Y B; 4X1Y A; 3MHS C; 3ABK B; 3ASN B; 4JI8 B; 4JI7 O; 2ETN A; 1GM9 A; 3MHH C; 3A8T A; 4JV5 B; 1ZL8 B; 3DXR A; 4QIW F; 5L3E A; 4DK0 A; 1JX9 A; 1G6U A; 4LWS A; 5LGN A; 1THZ A; 1A32 A; 2W0F C; 1YTF D; 1HP8 A; 4F6R A; 1TUB A; 1TVK B; 3RT3 C; 4JYA O; 3K5M A; 1S0V A; 3ML0 A; 2PZS A; 1PNK A; 3ABT A; 3CB2 A; 1FXK A; 4HNA B; 2F93 B; 5ITZ A; 1FJG B; 4F6E A; 1YI2 V; 1H2L A; 3U10 A; 4Z1V A; 5DN6 G; 1SQP H; 2YS8 A; 3SYQ A; 3JD4 A; 3CRR A; 5JQG A; 3F5W C; 4B3M B; 4JI0 O; 4X66 O; 1N8R W; 1MSD A; 3SYC A; 2UXC B; 2PY5 A; 2UXB B; 4TUY B; 1IUR A; 4IYH A; 1B06 A; 4I4T B; 4J7J A; 3ZX6 A; 4O2A B; 4KHP B; 1RSO A; 4MVZ A; 1DTO A; 4DV0 O; 3T4D A; 4L8J A; 4MVR A; 4PA3 A; 2ZR2 A; 1KP3 A; 5J2T A; 2HEP A; 3OEE G; 4O4J A; 4N21 A; 3KCY A; 4ZHQ A; 4NXM O; 3RYI A; 1H2K A; 4LF5 O; 2AHY A; 1K97 A; 1CXZ B; 2EIJ C; 4R8C A; 3CX5 F; 3H1L H; 1EFR G; 2UUC O; 4U3J B; 3ZRS A; 1GN4 A; 1R3L C; 4J11 A; 1KP2 A; 4FJC C; 4DXW A; 4FFB A; 4PV1 B; 2P22 C; 2XUM A; 3BPZ A; 2ZT9 B; 3T1H B; 4JI8 O; 3RYF A; 4MTO A; 3CCV V; 2UUA B; 1TGO A; 3IFX A; 5A9G A; 1F51 A; 4JV5 O; 3K06 A; 2OWO A; 3D8C A; 3LDD A; 5CN0 A; 4O4L B; 1Q8I A; 2OCH A; 5KAF Z; 2ZE5 A; 3SPJ A; 2LW1 A; 4X20 A; 2V1D A; 1EZV H; 1FFX A; 2UXD B; 2XAQ A; 2OT5 A; 2CTP A; 1KKD A; 3E22 B; 3CCM V; 2QM4 A; 1YJN V; 4ZI7 A; 4NYK A; 3BA8 A; 5EIB C; 4LH6 A; 4BIO A; 1PV0 A; 2R9A A; 4IL6 Z; 2FKX A; 1FJG O; 3RYH A; 2WLJ A; 2DWE C; 2JIZ G; 1Q6U A; 4QNH B; 3ASO C; 3F5T A; 4RQE A; 2PI5 A; 5LHH A; 4B3M O; 3STL C; 5IYD O; 2DYR B; 4JI4 B; 1SZX A; 4IIJ B; 2K1E A; 2QSA A; 2UXC O; 4AIL C; 1HNZ B; 2UXB O; 3AK2 A; 2EJR A; 2CE4 A; 1XQ8 A; 2RN9 A; 1Y6X A; 4KHP O; 1RM1 B; 5B3S C; 3VBB A; 4DV1 B; 1QVF U; 3TXQ A; 2ITD C; 2JJ1 G; 2Z5U A; 4WFG A; 1NTK H; 3LDC A; 4GYC B; 4CZZ A; 1K5Q A; 3PJS K; 2R70 A; 4J9Y B; 5LL6 Y; 1XBL A; 3L75 H; 3CC7 V; 2F43 G; 1N4C A; 2FTK A; 5JCO C; 3X2Q C; 5C8Y A; 4TQD A; 3BFR A; 5H9C A; 2LGW A; 4LFA B; 3ETG A; 4RUF A; 2ZCE A; 4MTX A; 4JYC A; 4XBF A; 1ZL8 A; 3ZJZ A; 1VEW A; 2RCV A; 4DYL A; 3T1H O; 1GH6 A; 1XHX A; 1GTO A; 1GM8 A; 4RAI A; 2UUA O; 1KC8 W; 2XOK G; 4J10 A; 4D7T A; 3FD9 A; 4CH3 A; 1R3J C; 3TJT A; 3BA9 A; 3A0B Z; 2BTQ A; 3I55 V; 2XTA A; 4NTY A; 4HNA A; 2M7W A; 2UXD O; 3RWR D; 2YID A; 2L6L A; 1ZWI C; 1OCZ B; 3ZRW B; 4LH7 A; 1QVG U; 4FM0 A; 4LF7 B; 3JCZ A; 2JEX A; 1S72 V; 1K5S A; 1NH2 D; 3W7U A; 4JTA B; 4B7E A; 2BE3 A; 2LW7 A; 1YIT V; 1OCC C; 3K59 A; 1SS3 A; 2N04 A; 5GW7 A; 1V55 B; 1R73 A; 4I4T A; 3CRM A; 2QWP B; 4O2A A; 1YJ9 V; 4JI4 O; 2QM8 A; 1V54 B; 1WNS A; 1HNZ O; 1Y66 A; 5CA1 B; 3JSN A; 1AI4 A; 3BHP A; 4QE7 A; 1K3E A; 3CRQ A; 2Q6A A; 4JI6 B; 2ZD9 A; 5LXT B; 3LUT B; 2ZIO A; 4I7Z B; 4GX1 A; 5BR8 B; 1D5A A; 3DC6 A; 3CEI A; 2P6J A; 3AG4 B; 4MVO A; 1IBK B; 1URF A; 2PYL A; 2YXL A; 1RP3 B; 1O9H A; 1XUQ A; 1SQQ H; 3N2K A; 1ORQ C; 4GT1 A; 3GB7 C; 5J2U A; 2ZXW C; 4LFA O; 2P7T C; 3CRC A; 4I9Q A; 2GTA A; 4JAA A; 4EKW A; 4ZKI A; 4P9P A; 4J42 A; 4X65 B; 2WLI A; 1BL8 A; 4JAV A; 3Q4H A; 3ABM B; 4J7Z A; 2Q8V A; 1G4Y B; 4UUJ C; 2MK3 A; 3HKB A; 4PEL A; 1ZX3 A; 3K5N A; 5GTH Z; 1K7D A; 3W7X A; 1Y74 B; 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