The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Mechanism for Expanding the Decoding Capacity of Transfer Rnas by Modification of Uridines
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| total genus |
36
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF8 O; 4LFA O; 3RT3 C; 1XMO O; 1N34 O; 4A5U B; 2FKX A; 3J80 N; 4LF6 O; 1YZB A; 4JI3 O; 1IBK O; 2UUC O; 4JI6 O; 5IT9 N; 4B3S O; 3O65 A; 4X66 O; 1R1B A; 4JI4 O; 1F7Y A; 3SDL A; 4DV6 O; 2Z0A A; 2DJV A; 4YY3 O; 1HNX O; 2E5L O; 5LMN O; 4YHH O; 3OTO O; 4B3T O; 4JI7 O; 1XEQ A; 5LMU O; 1X59 A; 3T1Y O; 1HNW O; 4DR7 O; 2UXD O; 2N74 A; 1DK1 A; 4OX9 O; 1AIL A; 4DR5 O; 1XNR O; 4X65 O; 1XNQ O; 1KUQ A; 4X62 O; 1R6T A; 3J81 N; 1HR0 O; 4GKK O; 3T1H O; 5A2Q N; 4LF4 O; 4DV4 O; 3F5T A; 2F4V O; 1D2D A; 1N33 O; 2VQF O; 1FJG O; 4JYA O; 1HNZ O; 4GKJ O; 4OPA A; 4JI1 O; 4DR1 O; 3R66 A; 3JAM N; 4JI8 O; 5BXZ A; 1XMQ O; 4LF9 O; 4NXM O; 5IWA O; 2AGA A; 1J5E O; 4NXN O; 4LF5 O; 2HHH O; 2DOS A; 5LL6 Y; 4DV7 O; 4JI2 O; 4DV0 O; 2ZKO A; 2LW7 A; 4DR4 O; 4JI0 O; 2UXC O; 1N32 O; 4LF7 O; 5BY1 A; 2ZM6 O; 5BR8 O; 2UUB O; 4X64 O; 3J7A U; 4DV2 O; 4DV5 O; 2UU9 O; 1FKA O; 1I94 O; 4LFC O; 4K0K O; 5H5N A; 2VQE O; 1IBM O; 4JI5 O; 4DR2 O; 4KHP O; 4AQY O; 4JV5 O; 3M8A A; 1A32 A; 1NS1 A; 4LFB O; 4DUZ O; 2UXB O; 4DUY O; 4DV1 O; 4OPH A; 4DR3 O; 2UUA O; 4DR6 O; 1G1X B; 4DV3 O; 1IBL O; 1AB3 A; 2JRI A; 4B3R O; 1FYJ A; 5FLX N; 1N36 O; 4B3M O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FZ1 A; 2AXT Z; 1XMO O; 2VRZ A; 1YZB A; 5EC2 C; 1W59 A; 1P84 F; 2E75 B; 3OTF A; 4O4L A; 5JWP A; 5IT9 N; 4MVU A; 5KMG A; 1OCO C; 3SYQ A; 1OHH G; 1RPR A; 1XNQ B; 2M7W A; 4X62 B; 2QSA A; 1QLE C; 1CPY A; 5GON B; 3ASO C; 2E5L O; 1BHA A; 4HYO A; 3AEI A; 5LMN O; 1QCE A; 1JCH A; 3S3X A; 4QIW F; 3GB7 C; 1HNZ B; 1IUR A; 2F66 C; 1V54 B; 1M57 B; 2FB5 A; 2WLI A; 3CCR V; 1X59 A; 3UKM A; 1NBM G; 2NR5 A; 1XIL A; 3BVO A; 1HDJ A; 1YTF B; 4FLV A; 1OV9 A; 1L0N H; 2Q6A A; 1FXK C; 1Q81 W; 5LOV B; 3P3P A; 3T1H O; 3WG7 C; 2X7R B; 4BW5 A; 3ETG A; 1YXB A; 2UUB B; 1GM7 A; 2P67 A; 3U0Z A; 1ZTE A; 3IC9 A; 3KKY A; 1YDX A; 4JI1 O; 3HKC A; 2JJ1 G; 3ASN C; 3JAM N; 1XMQ B; 1O9G A; 3M99 B; 1Q3E A; 5L3F A; 4RWU A; 3THO A; 3SPI A; 3CEI A; 2IU3 A; 1OCO B; 3W7U A; 3JAR A; 3OUF A; 4LF7 O; 2H94 A; 4MS2 A; 2ZDI A; 2YXY A; 1HWY A; 1QLE B; 1GN4 A; 4FM2 A; 1YEW A; 5LYJ A; 5CBH A; 4DUZ O; 4PDL A; 3K08 A; 2OCC C; 4PA3 A; 2CH7 B; 2YID A; 3KCY A; 1SES A; 1TVK A; 3LSS A; 3E8F A; 2MK3 A; 3RYI B; 1OCZ B; 4O2B A; 1XNR B; 3P32 A; 3QVN A; 4I50 A; 4K35 A; 1HNX B; 5KHK A; 2XAS A; 2YSU B; 3ASN B; 1KC8 W; 1N33 B; 4IT5 A; 4G28 B; 4UCS A; 3BRC A; 4GX5 A; 1XEQ A; 4O2A B; 1WB7 A; 4JI8 B; 2UXD O; 4DW1 A; 5JH7 B; 3DC6 A; 1U96 A; 4O4H A; 1NH2 D; 1TAE A; 1XNQ O; 2KSD A; 3UQ8 A; 4X62 O; 3QF7 A; 4JYC A; 3ZHS A; 2ILM A; 2ODM A; 2WA4 A; 1XDC A; 2NN4 A; 4ZIB A; 1M90 W; 1D2D A; 1F51 A; 1YVW A; 3VBB A; 2ITC C; 1YJW V; 4PDR A; 1R3K C; 1HNZ O; 3JAL B; 3AG4 C; 2XTA A; 3MHS C; 4B7E A; 3DC5 A; 4GZR B; 1YIT V; 3T2M A; 1UJW B; 3QO5 A; 2N05 A; 5CA1 A; 5IY5 C; 4FLU A; 1Y66 A; 3CP1 A; 2WLK A; 5C93 A; 2ZM6 B; 1H8E G; 3ZS8 C; 5BR8 B; 1AR5 A; 1E1Q G; 2UUB O; 2QM8 A; 5KAF Z; 5H5N A; 1RFY A; 1AI7 A; 2PI4 A; 3ABK B; 1KBH A; 5KAI Z; 2X0L A; 3DXR B; 1VQN V; 2P06 A; 4TUY A; 3RYF B; 4AIL C; 3F7V C; 2EIK B; 1JFF A; 1XL4 A; 1HNW B; 1MSD A; 1SRY A; 1VF7 A; 4OX9 B; 2QGN A; 2JGU A; 3O65 A; 1SQG A; 2JGD B; 4JI4 O; 2Q69 A; 5EBM C; 1Y76 B; 3D36 C; 4FM1 A; 1MZF A; 2DWD C; 4HAM A; 3ABM C; 4GCZ A; 2HEP A; 1P7G A; 4I55 B; 2YUA A; 3CJH B; 3E86 A; 3SPH A; 4MW3 A; 5IYZ B; 1M9N A; 1WLE A; 3C90 A; 2B1I A; 3G71 V; 5IJ9 B; 1XNR O; 2A79 B; 1V55 C; 5IJ0 B; 4FFK A; 3RBZ A; 1AI6 A; 3LDE A; 1Z5W A; 2IBZ H; 4QE9 A; 2P4K A; 4ZHQ A; 1N33 O; 4BIZ A; 5A9G A; 2ZNI A; 1Q5O A; 1N8R W; 3QTC A; 4JI8 O; 2WWW A; 2JEX A; 4H33 A; 1YHQ V; 5KUM A; 1H2G A; 3MD0 A; 3RYC A; 4EKW A; 3QG5 A; 3VQX A; 1XI1 A; 1XHX A; 4NVP A; 3FB7 C; 2IU0 A; 1QBZ A; 4B3M B; 4IIJ A; 2EIL B; 5C8Y B; 5LA6 A; 4O4I A; 2ZIM A; 3TJT A; 4DK1 A; 4U7N A; 3L71 H; 3X2Q C; 1AJP A; 1R6K A; 1H2S B; 1MNG A; 4HNA B; 3L72 H; 1K4D C; 2PTM A; 4WBN A; 1SC5 B; 1IZ3 A; 1WPB A; 3ABM B; 4DV1 O; 3FYE B; 4OPH A; 1G1X B; 1XUQ A; 3JYC A; 5B5E Z; 1IBL B; 1K33 A; 1VF5 B; 2CK3 G; 1AB3 A; 2Q7G A; 4FIP C; 1G8M A; 1FYJ A; 3WB1 A; 1YTF D; 3RT3 C; 1PD3 A; 2AHZ A; 5B1A C; 3CX5 F; 1SA0 B; 1FD9 A; 4W4K A; 3KZI Z; 4MTG A; 2P4V A; 3T4D A; 4FLZ A; 1K73 W; 3T4Z A; 3UO3 A; 1R3J C; 2F1M A; 4GT1 A; 4R50 A; 2IJH A; 2ZXW C; 4X20 B; 2DJV A; 4JAV A; 4LNU B; 1UFI A; 2DYR B; 2Y0P A; 1FJG B; 4KXR A; 1K3E A; 2AZ0 A; 3H01 A; 1HNW O; 3K5O A; 5IE9 A; 5JVD A; 2HJD A; 1DK1 A; 4R7C A; 4OX9 O; 2XAH A; 2F95 B; 5IYB O; 1GKF A; 4CZZ A; 1H2M A; 5CA0 B; 5KMG B; 5LXT A; 2OYQ A; 3X2Q B; 4MVS A; 3NXS A; 3J81 N; 5EYP A; 4J7Z A; 1BS3 A; 1TA8 A; 1M56 B; 3RYH A; 2QR4 A; 3JD3 A; 4GX0 A; 2QWO B; 2WLI B; 2W6I G; 3GVM A; 5DN6 G; 1WA8 A; 5GTH Z; 4D6T H; 1P4R A; 5LL6 Y; 4GX1 A; 4R8C A; 1HP8 A; 1P49 A; 2QWP B; 3A0B Z; 1R6N A; 4EB6 A; 2LQT A; 1Y4M A; 1R73 A; 2ZXW B; 2RCV A; 2RQ6 A; 1OCC C; 2UU9 B; 2QM4 A; 4QPJ A; 3H9V A; 1BQZ A; 4JI5 O; 1ZSP A; 4QNH B; 3K59 A; 3HKB A; 3HKC B; 4CBC A; 1VQL V; 3OGC C; 4J42 A; 4P9P A; 3OD4 A; 4J41 A; 3CC4 V; 4B3M O; 2N04 A; 4UCU A; 2Y0I A; 3CB2 A; 3I5D A; 3JD0 A; 2ZT9 B; 2ITD C; 3JAR B; 1KP2 A; 2OIG A; 4NYK A; 1DTO A; 5KUK A; 5EK0 A; 5L3D A; 1R1B A; 3GWO A; 4J11 A; 3P30 A; 3B4S A; 4I0X A; 1S5J A; 2CTW A; 4RUE A; 5LYJ B; 3H1H H; 2E5L B; 3C3T A; 1VF6 A; 1J95 A; 1HW7 A; 3K06 A; 2YXL A; 5CBG A; 4Q20 A; 1P7B A; 4TWK A; 5IYD O; 4J9Z B; 1TVK B; 5KHJ A; 4FPP A; 2Q5Z A; 3BFR A; 4ZBM A; 1E1R G; 4UCV A; 3CRR A; 3SYO A; 4I9Q A; 1OCC B; 4O2B B; 1R6T A; 3T1H B; 1PNM A; 4I50 B; 3APQ A; 1FJG O; 1I94 B; 3DTU B; 1RSO A; 1AI4 A; 2XAQ A; 4UVC A; 1YJ9 V; 3K9S A; 1B3Q A; 1JVM A; 4DW0 A; 1J5E O; 2UXX A; 1IXB A; 4LH7 A; 4JZG A; 4O4H B; 1SZX A; 2UXC O; 4JYY A; 4BIU A; 4MVR A; 4K3A A; 4DV5 O; 2RDC A; 2GUZ A; 2L6L A; 2YIC A; 3M8A A; 4DUZ B; 4MVQ A; 1VQO V; 2QTO A; 1M57 C; 4ZOL A; 2JRI A; 2K1E A; 1S72 V; 3ZMV A; 3MHH C; 3CPW U; 2WA3 A; 1EBO A; 5CA1 B; 3ZCC A; 4BR6 A; 1FPO A; 4IYI A; 1PV0 A; 1JOY A; 1JQ0 A; 4MTF A; 3ZMZ A; 1CXZ B; 1F7Y A; 2BSK A; 2QKA A; 1AVM A; 4UVA A; 1GTO A; 1VMG A; 3FX7 A; 1VQ7 V; 1PP9 H; 2YDE A; 3Q4H B; 4MW8 A; 3FB6 C; 4DK0 A; 2GHY A; 4N21 A; 1TUB A; 3ZX6 A; 4TUY B; 1QR8 A; 4JAU A; 2UXD B; 2P7T C; 2N74 A; 1JFF B; 2ZNJ A; 5JCO A; 3ABT A; 5TIS Z; 1UPG A; 4UB8 Z; 3L74 H; 4UFZ A; 3L75 H; 3SYP A; 4JF3 A; 1BSM A; 1KEC A; 4X64 B; 1BGY H; 4P9O A; 4LP8 A; 3FD9 A; 3RVY A; 4LFB B; 4CS4 A; 3A8T A; 2X6A A; 3CCS V; 3DGE A; 2FL4 A; 4L87 A; 2P90 A; 3T1C A; 5LBQ A; 2RJZ A; 2BOC C; 2K9P A; 3JSL A; 4UUJ C; 2CTP A; 2JS3 A; 1OCZ C; 2IH3 C; 3AG2 C; 1S5L Z; 1VIB A; 4JI6 B; 2LP7 A; 2OWO A; 5KHI A; 1I94 O; 4ZHQ B; 5B3S C; 2WPD G; 2OTL V; 3LNM B; 3R65 A; 5H9C A; 5JJJ B; 2IJJ A; 4DV6 B; 1VQ5 V; 3K04 A; 3H1K H; 4R6Z A; 3B8N A; 1NJI W; 3RYC B; 1NZ6 A; 3ETD A; 1NT2 B; 4BWA A; 2XAJ A; 2PYL A; 4GUN A; 4LFA O; 3OTO B; 3STL C; 1RM1 C; 4LH6 A; 3K5L A; 2XAG A; 5LA6 B; 4O4I B; 1X4T A; 2X6B A; 3TXQ A; 1SZT A; 3FAV A; 1NTK H; 4JI4 B; 2ZIN A; 3HKD A; 4I5S A; 4XDK A; 4WBN B; 4WFB V; 2RMK B; 1IDS A; 4TSF G; 4ZKI A; 1H2L A; 2LO1 A; 4FFB A; 4MVZ A; 3ZRX A; 5BMV A; 4O4J A; 1Q6H A; 5IWA B; 4X1K A; 1GMG A; 3AG2 B; 1OZ0 A; 3SYA A; 1PKX A; 1KD1 W; 2LJ2 A; 3BHP A; 5BZB A; 5B3S B; 2E74 B; 3SPC A; 3AG7 A; 4FJC C; 1QLN A; 4JTD B; 3ABK C; 1Y74 A; 2XND G; 2ZD9 A; 1EM1 A; 3OEE G; 3JAS A; 3FB5 C; 4X1I A; 3GWK C; 4NXM O; 4J10 A; 3E83 A; 2AGA A; 2QA4 V; 4DR6 B; 2QKS A; 2KKW A; 3SPG A; 2EIK C; 1RM1 B; 4DV3 B; 3E89 A; 5LXT B; 5EBL C; 3B40 A; 1PM9 A; 2EBO A; 4JI3 B; 4ZI7 A; 1SQP H; 2OT5 A; 1XL6 A; 4X64 O; 4DV2 O; 3RWR D; 3A0R A; 4QPK A; 5H2F Z; 2QWR B; 3WFV A; 2VQE O; 1KKD A; 2YC0 A; 2W0F C; 4I9W A; 1YIJ V; 4KL1 A; 3RYH B; 3OUS A; 1NS1 A; 4DV1 B; 4LFB O; 2R9R B; 1AP6 A; 1VF6 C; 3OE7 G; 3SR2 C; 4PHZ A; 1WA8 B; 1K5Q A; 3W7W A; 3BPZ A; 3BAA A; 4BIO A; 3I55 V; 4JI6 O; 1MSW D; 1ZAU A; 2KB1 A; 1I5Y A; 3CRQ A; 2DQ0 A; 3CCJ V; 1ZX3 A; 1GAX A; 1FXH A; 3SDL A; 4DV6 O; 2WLH A; 4LCU C; 3HKB B; 5FNV A; 3FFQ A; 4QJF B; 4X8A A; 2A06 H; 4GLX A; 4YHH O; 4JPR A; 2GTS A; 4WFG A; 5ITZ A; 3OTO O; 3CCE V; 2Q67 A; 3ZMS A; 2VWK A; 1Q86 W; 2EIL C; 2BOB C; 4J7J A; 1QVG U; 1THZ A; 1URF A; 4JGS A; 5KA6 A; 3OMI B; 1KUQ A; 1KB9 F; 3CCL V; 2Q73 A; 1TGO A; 2RNB A; 1KYO F; 4I0X B; 5FL7 G; 4JAA A; 1QVF U; 2QM7 A; 2CUG A; 2YIB A; 2Z3Y A; 1VQK V; 1YSC A; 2QWN B; 1XQ8 A; 4PV1 B; 1S5H C; 4GKJ O; 4H37 A; 2EIJ B; 2OCH A; 4DXW A; 5JQG A; 3AG3 B; 5IWA O; 1WNS A; 4DR3 B; 5KHG A; 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3BY6 A; 3QO8 A; 2H3O A; 1N32 O; 2ZDI C; 3OGI B; 1N34 B; 3F5W C; 2WAM A; 1G6U A; 5HFL A; 3L9D A; 4DV5 B; 1MOF A; 2M6Y A; 4P2Z A; 1FFX A; 4U7O A; 1NVP B; 3OM3 B; 3LDC A; 5D5Q A; 4IYH A; 4DR3 O; 1AJN A; 4XBF A; 4DYL A; 2EX3 A; 2D2C B; 3EVK A; 1K4C C; 4KP4 A; 3E8H A; 3VQY A; 1FS0 G; 4EFB A; 4A5U B; 2FKX A; 1ZL8 A; 2DYS B; 2QEX V; 3ZHV A; 3O9O A; 4B3S O; 1K97 A; 1G4Y B; 1SQX H; 4FLT A; 4TV8 A; 2ADQ B; 1VP7 A; 4DV4 B; 1GM9 A; 4YY3 O; 1L0L H; 3UT5 A; 4ICG A; 3LSU A; 4JI7 O; 1XRE A; 2EJR A; 4F6R A; 2DE0 X; 3AK3 A; 4E2L A; 1VAR A; 1AI5 A; 4NB5 A; 3VOU A; 4JI2 B; 1ZWI C; 3F7Y C; 3FAV B; 1IXM A; 3P3N A; 1HR0 O; 4W4L A; 5LHI A; 1BZK A; 2PF4 E; 2ZQM A; 4DR4 B; 4JI0 B; 2QDO A; 1OCR B; 2XOK G; 3D3Q A; 4LF4 O; 2NNU A; 3HR0 A; 5L3E A; 2F4V O; 1T5E A; 3N2K A; 2WLL A; 3LSQ A; 1D5A A; 2JVD A; 1SQB H; 4E4E A; 3B09 A; 3IC7 A; 4DR1 O; 2Q7H A; 1F4M A; 1KU9 A; 1BCC H; 4IL6 Z; 2DQ3 A; 4TV9 A; 5BMV B; 5AG2 A; 4O4J B; 1MAB G; 2HHH O; 4X1K B; 5EZY A; 3CHX A; 3ZRW A; 3ZHT A; 2Q4P A; 2MW2 B; 2ZKO A; 2ZE8 A; 1V9P A; 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