The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
|
sequence length |
89
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structure length |
89
|
Chain Sequence |
GATNATINFEAGILECYERFSWQRALDYPGQDRLHRLKRKLESRIKTHNKSEPENKRMSLEERKAIGVKMMKVLLFMDPSAGIEGFEPY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza b virus (b/lee/40)
|
| publication title |
Conserved surface features form the double-stranded RNA binding site of non-structural protein 1 (NS1) from influenza A and B viruses.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein NS1
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| total genus |
31
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| structure length |
89
|
| sequence length |
89
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI8 O; 2VQF O; 1X59 A; 2E5L O; 1YZB A; 4LF8 O; 5IT9 N; 2LW7 A; 1FYJ A; 4DR2 O; 3JAM N; 4DV1 O; 1N33 O; 4B3S O; 4DR5 O; 2UUA O; 4GKK O; 1J5E O; 3O65 A; 4X62 O; 4NXM O; 3J81 N; 1FJG O; 1R6T A; 2DOS A; 4DUY O; 4DR6 O; 4X65 O; 2ZKO A; 1HR0 O; 5A2Q N; 4LF7 O; 4LF4 O; 4JI7 O; 1D2D A; 1KUQ A; 1HNZ O; 4DR4 O; 1F7Y A; 1N32 O; 4LFB O; 1IBM O; 5FLX N; 1HNW O; 4X64 O; 2ZM6 O; 4JI0 O; 4OPA A; 4JI3 O; 1FKA O; 4YY3 O; 2UU9 O; 1XEQ A; 4B3R O; 4JI4 O; 4LF9 O; 5LL6 Y; 3M8A A; 4DR3 O; 2N74 A; 3RT3 C; 4DV5 O; 4B3M O; 4DUZ O; 4DR7 O; 2AGA A; 5BY1 A; 1AB3 A; 2HHH O; 5LMU O; 4JI6 O; 2DJV A; 4DV6 O; 2JRI A; 5H5N A; 4JV5 O; 2VQE O; 1I94 O; 1XMO O; 2UXB O; 1N34 O; 2UUC O; 2Z0A A; 3OTO O; 4A5U B; 4X66 O; 1HNX O; 4OX9 O; 1G1X B; 4LF5 O; 2F4V O; 4DV2 O; 1N36 O; 5BR8 O; 1XNR O; 4AQY O; 1NS1 A; 1DK1 A; 5IWA O; 1XMQ O; 4JI5 O; 1A32 A; 4JI2 O; 2FKX A; 4LFA O; 4LFC O; 4JYA O; 4LF6 O; 4DR1 O; 2UXD O; 4DV0 O; 4DV4 O; 1AIL A; 4JI1 O; 4DV3 O; 1XNQ O; 4DV7 O; 1IBL O; 2UXC O; 4B3T O; 5LMN O; 3T1H O; 4K0K O; 5BXZ A; 4NXN O; 2UUB O; 3J7A U; 4KHP O; 3F5T A; 4YHH O; 3R66 A; 4OPH A; 3T1Y O; 3J80 N; 1R1B A; 4GKJ O; 1IBK O; 3SDL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CS3 A; 3C3T A; 2XHB A; 5IT9 N; 3F7V C; 3JD2 A; 4DV1 O; 3HKD A; 5J2T A; 5JH7 B; 1KBH A; 4DR5 O; 2HEP A; 4LF7 B; 1DF5 A; 3E22 A; 3FB6 C; 2DQ0 A; 3T2M A; 4X1Y B; 2HJF C; 3D3Q A; 2VWJ A; 1M56 C; 1AR5 A; 5CBG A; 1WP8 A; 2ZM6 B; 4HNA B; 2ZKO A; 4UCR A; 2JS3 A; 4ZHQ A; 2LP7 A; 3HKE B; 1KKC A; 4DR3 B; 2QJ1 A; 4X64 O; 2IH3 C; 2UU9 O; 1H8E G; 3ZX6 A; 1XHZ A; 2JVD A; 3ABU A; 3FKS G; 5B5E Z; 5KX5 A; 1OCC B; 1OJH A; 1XMO B; 4DUZ O; 1VF6 A; 1GN4 A; 1YEW A; 3CB2 A; 4EEQ A; 5IY5 B; 3MD0 A; 3IJ4 A; 1KEC A; 1I5Y A; 2B9Z A; 3L74 H; 4JI5 B; 4OX9 O; 2YDE A; 4NVP A; 5B1N A; 4JYA B; 1NQT A; 2F4V O; 5J2U B; 5EZY B; 1V54 B; 4DV4 B; 3OMA B; 1NS1 A; 1YDX A; 2HKO A; 2ZE8 A; 3UQ8 A; 4I0X A; 5FL7 G; 3RBZ A; 1F4M A; 2FKX A; 1Q6U A; 1KD1 W; 2W0X A; 4LF6 O; 2GUZ B; 2DWD C; 2DMX A; 4KFM A; 4NTY A; 2XUM A; 1JOY A; 3WG7 C; 2EZO A; 3LDC A; 4JI1 O; 4ICG A; 1K92 A; 1XNQ O; 1U97 A; 4X1I B; 4TUY A; 3JAT A; 4FIP C; 1MSD A; 5CB4 A; 1VIB A; 2Q7E A; 4JI8 B; 4EFE A; 2E5L B; 5B3S B; 2UXX A; 4YHH O; 2WWW A; 2OCH A; 2XAG A; 2BE3 A; 3CPW U; 4L87 A; 3HKD B; 5J2T B; 1H2N A; 4BW9 A; 1N4C A; 1YZB A; 4NKG B; 4ASU G; 4BAY A; 2F66 C; 2AZ2 A; 1FXK A; 1Q90 D; 3ABL C; 3E8G A; 4J7J A; 4DUY B; 4XBF A; 1IVS A; 3E22 B; 2EJ7 A; 5GTI Z; 5CA3 A; 2RQ6 A; 1I5X A; 1Y74 A; 3CD6 V; 3FB7 C; 1LUW A; 1THZ A; 3ASN B; 4NXM O; 2HVJ C; 4TV9 A; 4ZHQ B; 4J42 A; 3STL C; 4K35 A; 1K9M W; 4LWS A; 1BHB A; 3GWO A; 4B3M B; 2IJI A; 4JI0 O; 4UCS A; 5KX5 B; 4E2L A; 5LYJ B; 2EIM B; 4JGS A; 4JV5 B; 1KQS U; 1QQC A; 1S5H C; 5CBH A; 4PJ0 Z; 3H1H H; 4X66 B; 1SS3 A; 2YIB A; 1SQQ H; 4CZZ A; 3AG2 C; 2EZP A; 2UXB O; 1TAE A; 3CP1 A; 3OTO O; 2Y69 C; 1S77 D; 1OCR C; 4MW3 A; 4Z1V A; 1ZTE A; 3P30 A; 4LF5 O; 1G1X B; 1WJZ A; 4LH7 A; 2QWP B; 3BFR A; 4I0X B; 5LA6 A; 1XNR O; 2EIJ C; 1JR9 A; 1SET A; 4G28 B; 3AG3 B; 3BHP A; 3K58 A; 1GM7 A; 4MTX A; 1WA8 A; 3MHS C; 1S3J A; 3OMI B; 2Q9L A; 3SYA A; 3W7U A; 1QCE A; 3G71 V; 4TUY B; 1M57 B; 3W7X A; 3JAT B; 2WA4 A; 5CB4 B; 3JD0 A; 3K9A A; 3BAA A; 1BGY H; 3L70 H; 2Q69 A; 1NZ6 A; 1VQO V; 4FM0 A; 2QGN A; 4WFG A; 1SC5 B; 4PDM A; 2JK5 C; 4JPR A; 2KKW A; 2Y4T A; 1Q86 W; 1V54 C; 5C8Y A; 5B1A C; 1BQZ A; 4UCO A; 4B7K A; 4UVC A; 1FXK B; 2VQF O; 2YID A; 4X9Q A; 3S3W A; 2BOB C; 3ZHQ A; 3K08 A; 1Y74 B; 2VRZ A; 3ABK C; 3DGE A; 4OXS A; 5DM6 V; 5LGU A; 2MW2 B; 4DR2 O; 2XTA A; 1N33 O; 3ZIA G; 3FD9 A; 4UVB A; 3KCX A; 4GZR B; 1P49 A; 4X62 O; 1BSM A; 1H8H G; 2P90 A; 3HKB A; 2OIG A; 4X65 O; 2CGN A; 3D36 C; 1WB7 A; 1XHX A; 3MDS A; 4JI7 O; 1D2D A; 1Y76 A; 3UO2 A; 1D5A A; 3OAA G; 3ZRS A; 1HNZ O; 4B3R B; 2BCC H; 3B4S A; 3CRR A; 3DSQ A; 3RVZ A; 2R9I A; 1H2G A; 1AR1 B; 5CA1 A; 2CGO A; 1L0L H; 1FKA O; 4H37 A; 4H33 A; 4JI4 O; 4LF9 O; 2QR4 A; 1AI5 A; 3QO7 A; 2ZNJ A; 2AGA A; 5LXT A; 1QVF U; 3H1L H; 1PNM A; 2QKA A; 4AQY B; 3E8H A; 5GON A; 5BMV A; 1DF4 A; 3O9O A; 4WFA V; 5IYZ A; 3LNN A; 3BPZ A; 2L6L A; 5LA6 B; 1ENV A; 3SPG A; 3B8M A; 1HWY A; 2F23 A; 3E2E A; 1GO3 F; 1VP7 A; 1WA8 B; 4U3J A; 5JJJ B; 3VQY A; 4PDL A; 1ZLZ A; 4LFA O; 3APQ A; 3TXS A; 4DR1 O; 3SJQ C; 2YXY A; 1D5N A; 1HP8 A; 3CCV V; 1FPO A; 1H2L A; 3ZJZ A; 4B3T O; 3U10 A; 5IJ0 A; 3T1Y B; 1SQX H; 1KMI Z; 1R6N A; 2IU0 A; 4UV8 A; 3TK1 A; 2EUL A; 3OGC C; 3VQV A; 3M7M X; 3TJT A; 1AR4 A; 4JYB A; 2XND G; 2V4D A; 2D3O W; 2CTW A; 3RGB A; 4CH4 A; 4DRX B; 3CWB H; 1PNK A; 5JQG A; 4IHJ A; 4LCU C; 3HKC A; 5KHG A; 1NTZ H; 3H1I H; 1FFX A; 4JYC A; 1WLE A; 3HKB B; 1MA1 A; 4IIJ A; 3CC4 V; 1J5E O; 3A8T A; 1XDC A; 3GB7 C; 2IJH A; 3KG2 A; 4FLZ A; 3QO8 A; 1Y76 B; 4ZBM A; 3ZRX A; 2HR3 A; 1M5I A; 3UKM A; 1Q8I A; 4YY3 B; 3CCL V; 2R9A A; 5EBM C; 2N05 A; 2AHZ A; 5CA1 B; 4UCU A; 1M9N A; 1MG1 A; 1AJN A; 2Q7H A; 1VQ4 V; 4GLX A; 1VQ8 V; 4ZIB A; 5LXT B; 2EIL C; 3ABT A; 2N74 A; 4DV5 O; 5LP6 A; 1GN6 A; 2P6J A; 1VEW A; 2YI8 A; 5GON B; 5BMV B; 5H5N A; 3LUT B; 1WPB A; 2Q5Z A; 3JD4 A; 4H0L B; 1EZV H; 3DC5 A; 1BT8 A; 4GCZ A; 1EM1 A; 1EZJ A; 5IWA B; 1RP3 B; 3SJB C; 2X6B A; 3SJA C; 1VQM V; 4RWU A; 4U3J B; 5IYC O; 1MNG A; 1ARO P; 4DV3 B; 5LGT A; 3MAQ A; 4AI8 A; 1AJQ A; 3FAV A; 2UXC B; 2HVK C; 1K4D C; 2V7Q G; 3ZHR A; 2DYS C; 1QBZ A; 2UXD O; 1AIL A; 2QWR B; 1RM1 B; 4TQF A; 4MTO A; 5IJ0 B; 1Y4M A; 1OCZ B; 2EIN C; 4PI2 A; 2KG7 A; 4I55 A; 4JAS A; 3T1H O; 3JAS A; 3RYF A; 2GTA A; 2P06 A; 3ASO C; 4BIZ A; 4UCT A; 1SA0 A; 1F23 A; 1K3E A; 2IM9 A; 1R3J C; 4JTA B; 3J80 N; 1R1B A; 1IXM A; 1URF A; 2FL4 A; 4PA9 A; 5JQG B; 4IHJ B; 3HKC B; 3ABM B; 1FFX B; 1FJG B; 3ETE A; 5D5Q A; 1NR7 A; 2OIE A; 4IIJ B; 1AP5 A; 5LHH A; 2GSM B; 2FB5 A; 1TGO A; 3JSN A; 2ZR2 A; 1V9P A; 1K8A W; 3T4Z A; 4DR4 B; 4WFH A; 3IGA C; 4DR6 O; 4MVQ A; 3VQW A; 1BZK A; 4LF4 O; 2YS8 A; 3CSX A; 3L9D A; 4KP4 A; 4IYH A; 3JD3 A; 5E1A C; 2QM4 A; 5B1B C; 1VQN V; 3CRC A; 4J9Z B; 3G80 A; 2RNB A; 4PA6 A; 1MMM A; 2ZT9 B; 5IYB O; 5LP6 B; 3RWR D; 1Q6H A; 1NR1 A; 2WAM A; 3H01 A; 5CMU A; 5GTH Z; 1QHT A; 3ZMT A; 3CC7 V; 2UXN A; 1FXH A; 1ROP A; 5JCO A; 3ZRW A; 1YI2 V; 2F1M A; 1KP3 A; 4I9W A; 5B66 Z; 3OT7 A; 5BR8 O; 3FAV B; 1DK1 A; 3OE7 G; 3JSL A; 5H2F Z; 5FNV A; 2JGD A; 3AK3 A; 2YC0 A; 1UPG A; 1QR8 A; 3AG1 B; 2M7W A; 2KG7 B; 2UUB B; 4I55 B; 3JAS B; 3RYF B; 1VQL V; 5TIS Z; 1YCI A; 5LMN O; 3TCU A; 1IBK B; 1SA0 B; 3FYI B; 4J10 A; 4D6T H; 2YUA A; 3CEI A; 4R6Z A; 3ZED A; 4NTW A; 4O2A A; 3BA9 A; 2DYR C; 4J7Z A; 3RFR A; 1P7B A; 3RVY A; 2XOK G; 4U7N A; 1OZ0 A; 2UUA B; 2LFR A; 3DC6 A; 4U7O A; 3CRA A; 1X59 A; 4X20 A; 3H1J H; 2LW7 A; 1QLN A; 2ZNI A; 2WPD G; 1HR0 B; 4X1I A; 3CX5 F; 2GDS A; 1L1F A; 1COW G; 1BL8 A; 3GWK C; 4MTG A; 5EYP A; 2GHY A; 5LHI A; 2V1D A; 3ETD A; 3ZCC A; 2ZXW C; 1SQG A; 4B7E A; 2RN9 A; 3OTF A; 1US6 A; 1PKX A; 1SQF A; 1WP7 A; 1XL4 A; 3CS5 A; 5C93 A; 4JAA A; 2EX3 A; 2PTM A; 1Q6I A; 4DV6 B; 1WAZ A; 2LGQ A; 4RQE A; 4MVO A; 3JAK A; 1GTO A; 1Z5W A; 1JQ0 A; 2IU3 A; 3T1C A; 3N2K A; 3P32 A; 2JRI A; 3CCE V; 3ZRW B; 4DV2 B; 3CRM A; 1YTF D; 3OFN G; 1Q5O A; 2LJ2 A; 4RUE A; 1HDJ A; 4LFC B; 4JI2 B; 1H2K A; 5IYD O; 3CCU V; 5FNV B; 5K1P A; 1FFT B; 5L3D A; 2JGD B; 5LYJ A; 1L8D A; 3ICX A; 1Y6X A; 1V55 C; 2P22 C; 1YJ9 V; 1VQ6 V; 1PPJ H; 2R72 A; 2RMK B; 4FLW A; 5EC1 C; 2PYL A; 3RN4 A; 3QG5 A; 4I5S A; 2WA3 A; 4TT3 G; 3E35 A; 2W0F C; 4DV7 O; 1IBL O; 3CXH F; 2NLJ C; 1KU9 A; 3LDD A; 2KQX A; 4O2A B; 1WN7 A; 4NXN O; 1VMG A; 5CBF A; 4LBE C; 3CRQ A; 4PA7 A; 4DO2 A; 1VF7 A; 4X20 B; 2AHY A; 4B3S B; 1JPX A; 1PNL A; 4P30 A; 1O9H A; 2OCC B; 1WPX A; 1S5L Z; 4AHC A; 2CH7 B; 2F93 B; 1GRJ A; 3ZS8 C; 3O65 A; 5L3E A; 1R6T A; 5EYP B; 2ZDI C; 4UCV A; 3K79 A; 3G6B A; 2QKC A; 3B77 A; 4LFB O; 3SPI A; 4OPA A; 1IUR A; 4J11 A; 3JAK B; 2HHH B; 4N21 A; 1BE3 H; 4TQD A; 3N2K B; 4O4L A; 1GAX A; 4DR7 O; 2UUC B; 1PP9 H; 1AB3 A; 4WFB V; 1JMK C; 1EBO A; 1ZUQ A; 2VQE O; 1I94 O; 4YIO A; 4WFF A; 3K9S A; 2BTO A; 3VQX A; 5K1X A; 1XMQ B; 3CCM V; 1HNX O; 4TOI A; 3WFV A; 4DV0 B; 3LDE A; 1GK9 A; 1KKD A; 4N23 A; 4X89 A; 1A32 A; 4MVS A; 3ZHU A; 2OTL V; 2JEX A; 4UXN A; 3CME V; 4K0K B; 1BHA A; 5JCO C; 4GKJ B; 5KHI A; 1GN2 A; 3ZHV A; 3QF7 A; 1XI1 A; 4FK5 C; 3W7T A; 2CTQ A; 2QM8 A; 2HG5 C; 1OCC C; 4PA3 A; 2A06 H; 3RW0 A; 1W59 A; 5IY5 C; 1FYJ A; 3JAM N; 2O57 A; 4GKK O; 5DED A; 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2GV9 A; 1Q3E A; 4LF8 O; 5FPO A; 4UVA A; 1JJ2 U; 1Z2G A; 2PUS A; 3B2E E; 3CJH B; 3L73 H; 4X64 B; 3M99 B; 4QGP A; 2BOC C; 4NYK A; 5A2Q N; 1RPR A; 2ZCE A; 4LF7 O; 3AG3 C; 2UU9 B; 2A9H A; 3BEH A; 4LR3 A; 2AW9 A; 4UFZ A; 2JDI G; 4PI0 A; 4DUZ B; 4P9P A; 2ZM6 O; 5L3B A; 1M57 C; 1QLE B; 5LOV B; 1K73 W; 4PHZ A; 2MK3 A; 4JF3 A; 1YJN V; 4DR3 O; 4JYY A; 3K57 A; 2IW5 A; 3K59 A; 4OX9 B; 4MVM A; 2P67 A; 1SZX A; 2F4V B; 2NN4 A; 1BCC H; 1XMO O; 4O4H B; 4QPJ A; 2EIK B; 1FXK C; 3X2Q B; 4LNU B; 5LBQ A; 1KC8 W; 2ZE5 A; 1J95 A; 3JCZ A; 4LF6 B; 1R73 A; 1GN3 A; 2Q6A A; 1RSO B; 5L3C A; 1BS3 A; 4JI1 B; 3AG7 A; 1ORQ C; 4JI5 O; 1XNQ B; 1OV9 A; 3AK2 A; 3RYI B; 4JYA O; 1P84 F; 3CMA V; 3JAL B; 4DV4 O; 4BR6 A; 2DWE C; 4UB8 Z; 2ZE7 A; 3E8F A; 4YHH B; 2H94 A; 5JJN B; 1CEZ A; 2N04 A; 3TXQ A; 1K5Q A; 4I50 A; 4BWA A; 4K8X A; 1F51 A; 1LUV A; 3QNE A; 2IJJ A; 4GT1 A; 2ETN A; 4YJ3 A; 3JD1 A; 4JI8 O; 4Z1M G; 4EFB A; 2E5L O; 4NXM B; 3DXR A; 2DN9 A; 4MVZ A; 4CS4 A; 2KSD A; 3HPL C; 4PA4 A; 4O4I A; 2G38 A; 1XUQ A; 2YXL A; 1NTM H; 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