The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
33
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3R O; 4JYA O; 4DV5 O; 4X65 O; 4LFC O; 2ZM6 O; 1F7Y A; 1J5E O; 2UUB O; 1I94 O; 1HNZ O; 4B3S O; 2FKX A; 4DV4 O; 1N32 O; 1AIL A; 4DV7 O; 4GKJ O; 4GKK O; 4LF8 O; 1A32 A; 2LW7 A; 4KHP O; 2UXC O; 3T1Y O; 1KUQ A; 4DUY O; 4JI5 O; 1FYJ A; 4B3T O; 1IBK O; 4JI6 O; 1XMO O; 4JI2 O; 3OTO O; 2Z0A A; 4DR5 O; 5FLX N; 2VQF O; 1HNX O; 4LFB O; 1XEQ A; 1N34 O; 4K0K O; 4JV5 O; 4JI0 O; 4X64 O; 4DR2 O; 5H5N A; 3F5T A; 5A2Q N; 1R1B A; 4JI7 O; 3J7A U; 1XNQ O; 1XNR O; 1HNW O; 1D2D A; 5LMN O; 4LF5 O; 4YHH O; 2AGA A; 4DR1 O; 4LF6 O; 4DR4 O; 4OPA A; 2DJV A; 1DK1 A; 5LMU O; 1N33 O; 1FKA O; 4YY3 O; 1AB3 A; 4JI3 O; 2UXB O; 4JI8 O; 3RT3 C; 2VQE O; 4OPH A; 4LF7 O; 1FJG O; 4X66 O; 4DV1 O; 4OX9 O; 4DV2 O; 4JI1 O; 2F4V O; 5IT9 N; 1X59 A; 4B3M O; 1G1X B; 4AQY O; 2E5L O; 3R66 A; 3T1H O; 2N74 A; 4LF4 O; 1R6T A; 2DOS A; 3M8A A; 3SDL A; 4NXN O; 5LL6 Y; 1HR0 O; 4DR3 O; 1XMQ O; 4DV6 O; 3J80 N; 4X62 O; 4JI4 O; 4DV0 O; 4DV3 O; 1IBL O; 2ZKO A; 4A5U B; 2UUC O; 4DUZ O; 2UU9 O; 3J81 N; 1N36 O; 2HHH O; 1IBM O; 5IWA O; 1YZB A; 5BXZ A; 5BR8 O; 2UUA O; 5BY1 A; 4NXM O; 2UXD O; 4DR6 O; 4DR7 O; 3JAM N; 1NS1 A; 4LF9 O; 3O65 A; 4LFA O; 2JRI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JZ2 A; 3OT7 A; 2QR4 A; 4WBN A; 2P90 A; 3CRC A; 1VQ5 V; 5LP6 C; 3QNE A; 4B3S O; 1S76 D; 1AIL A; 1I08 A; 4KXR A; 5DN6 G; 3ZRX A; 3BA8 A; 3K5L A; 4R7C A; 3JYC A; 4K8X A; 5C8Y A; 5IDJ A; 2ITD C; 4NB5 A; 1TVK A; 2IJJ A; 3OUS A; 1PM9 A; 2Z0A A; 1FFT B; 1DF4 A; 1Q81 W; 1FD9 A; 1AR4 A; 4UB8 Z; 3LDE A; 2H8P C; 1N34 O; 3E86 A; 1QR8 A; 5BMV A; 5LGT A; 5EZY A; 2H3O A; 2R9R B; 1VQ4 V; 1BHA A; 2YIB D; 4YY3 B; 5LMN O; 4YHH O; 1OCC C; 1VEW A; 2QKA A; 2CGO A; 4FIP C; 1L0N H; 1EFR G; 2YI8 A; 3F7Y C; 5KMG A; 2DQ0 A; 1N0J A; 3FFQ A; 3OEE G; 4UXN A; 4IIJ A; 3PJS K; 5DM6 V; 5LP6 B; 2VQE O; 3OMI B; 3P30 A; 2E5L B; 1KP3 A; 1I0H A; 5DEC A; 5EK0 A; 1YVW A; 4H33 A; 3LDC A; 3W7U A; 4AQY O; 3AG1 C; 2V7Q G; 2CUG A; 1S5H C; 4DV3 B; 2XUM A; 3SPI A; 2QJ1 A; 1Y74 A; 1HR0 O; 1KYO F; 5JQG B; 1THZ A; 1GN6 A; 4X62 O; 4J7Z A; 1PKX A; 1Q5O A; 3L74 H; 4P9P A; 4LFA B; 3CC7 V; 5JVD B; 1WPB A; 1M93 A; 4FM0 A; 2H94 A; 2DYS B; 3UO3 A; 4TQD A; 3HKC B; 3K5O A; 1ZAU A; 3FB5 C; 2ZE7 A; 2CGN A; 2G38 A; 2YUA A; 3OMA B; 3JSN A; 1NTK H; 1BQZ A; 3VBB A; 2XAQ A; 2WLN A; 4TV9 B; 5KHJ A; 4R8C A; 4QIW F; 4FLT A; 3VQV A; 1KUQ A; 5IYD O; 2C2A A; 4DR2 B; 3AG1 B; 1B04 A; 4AIL C; 4JI7 B; 1XMO O; 3OTO O; 5FPR A; 1NBM G; 1VQO V; 1P4R A; 4O4I B; 4DR5 O; 1VQP V; 3L72 H; 3E89 A; 3L71 H; 3UT5 A; 5CBH A; 4B7K A; 3K9A A; 3D36 C; 4U3J A; 2E74 B; 4W4K A; 2HVK C; 3BA9 A; 4OPA A; 4O4J B; 2M6Y A; 3T1C A; 3K5N A; 2JVD A; 4F4L A; 1P7B A; 2ETN A; 4OX9 B; 2EIL B; 3W7X A; 3ZRW A; 4IHJ A; 3QO8 A; 4O2B A; 3WU2 Z; 2X6B A; 3JAT B; 4LF4 B; 4FFB B; 2Q7E A; 2Q73 A; 4NXN B; 2YSU B; 5IT9 N; 1GM7 A; 4JAA A; 1R3L C; 2KG7 A; 1NVP B; 1XL6 A; 4Z1M G; 1LUW A; 2IJH A; 3JD1 A; 2EUL A; 2HR3 A; 3SYO A; 3U10 A; 1Y4M A; 2OIG A; 5LHG A; 3W7W A; 3SR2 C; 4I50 A; 3J80 N; 3K59 A; 1MZE A; 1K5Q A; 3QF7 A; 3ZS8 C; 2BTQ A; 4TOI A; 3OEH G; 2D2C B; 5KX5 B; 2UU9 O; 3E8H A; 3J81 N; 1OCO B; 4K35 A; 3SPH A; 1Y76 B; 1HNZ B; 1D5N A; 3CS5 A; 4J80 A; 2GBO A; 1GM9 A; 2A79 B; 1AI6 A; 3CSX A; 1XRE A; 4LF8 B; 1NQT A; 2HKO A; 5KLV H; 3CCL V; 1NH2 B; 4KHP B; 2YEV B; 3IC7 A; 3STL C; 5CBF A; 2FKX A; 1GH6 A; 2F93 B; 3CC4 V; 4XDJ A; 1WAZ A; 5CA0 B; 2IBZ H; 1H2L A; 4NTW A; 1IXM A; 4CH3 A; 1DF5 A; 4IGG A; 3DXR A; 4JYY A; 3RYC A; 3U11 A; 4UFZ A; 3VQX A; 2RN9 A; 5D5P A; 4K0K O; 2RDC A; 5EC1 C; 2QA4 V; 2UXN A; 3ZHU A; 5KAI Z; 3CCM V; 3J7A U; 1XNQ O; 1YJN V; 4LC1 A; 4PDM A; 3S3W A; 4I4T B; 1TAE A; 4JI8 B; 4JZG A; 2N04 A; 3JAS B; 1KQS U; 2W0X A; 1BE3 H; 1EM1 A; 1VIB A; 3CYO A; 4LNU A; 2QTS A; 2R9A A; 2O57 A; 2V1D A; 1TUE B; 3GVM A; 3G67 A; 1SA0 B; 5IYB O; 3R66 A; 1BCC H; 1F4M A; 4NVP A; 3RYI B; 1JFF B; 2NN4 A; 3SGI A; 2P06 A; 3CJH B; 3T4D A; 1HDJ A; 4C7U A; 3BCC H; 2LJ2 A; 5BR8 B; 1JCH A; 3FB8 C; 2GUZ A; 1BMF G; 2HHH O; 5LYJ B; 1YEW A; 4EKW A; 1LUV A; 4ZKI A; 4YXW G; 2UXD O; 1BQ0 A; 4B3S B; 3ZBH A; 5B3S C; 3LNN A; 3EVK A; 1R6K A; 3LDD A; 4JYA O; 1PNM A; 2WWW A; 5FL7 G; 2YIB A; 3JAL A; 1F7Y A; 1E79 G; 1KB9 F; 1S77 D; 1LR1 A; 4XBF A; 1ZSP A; 5KUM A; 2AZ0 A; 4D7S A; 1GO3 F; 1N34 B; 1MA1 A; 4DUY O; 4WBN B; 2P4V A; 3DGE A; 2QGN A; 3UM7 A; 2ZNI A; 2X6A A; 3SYC A; 3JAK A; 2A9H A; 5LMN B; 1XEQ A; 1ZWI C; 5GTH Z; 4JI0 O; 2Z3Y A; 3NR7 A; 1RPO A; 3L73 H; 4X20 A; 5C8Y B; 3PN1 A; 3M7M X; 2ILM A; 2HLD G; 5H6R A; 3SYA A; 3G71 V; 1KC8 W; 2P7T C; 5LMU O; 4RWU A; 1K9M W; 2VQE B; 1YI2 V; 4PA6 A; 1H38 A; 3F5W C; 3CCQ V; 1K97 A; 1NZ6 A; 2QWP B; 3QG5 A; 1YTF D; 5BMV B; 1M57 B; 3TCU A; 5KHG A; 5EZY B; 3ABM C; 1Y66 A; 2ZR3 A; 4AQY B; 1SQB H; 1VQ8 V; 4MVR A; 4J11 A; 2RJZ A; 4DV2 O; 4JI1 O; 2F4V O; 2QWR B; 1HR0 B; 2YC0 A; 2PI4 A; 3N2G B; 4DK1 A; 4ICG A; 3QVN A; 4X62 B; 2DOS A; 3RYH A; 4DR3 O; 2EIM C; 1DLB A; 3OR7 C; 1JJ2 U; 4JI4 O; 3CXH F; 3C90 A; 1N8R W; 1AP6 A; 4H13 B; 4DUZ O; 5KHI A; 1CPY A; 4WFB V; 3WFV A; 3WG7 C; 4WFE A; 1DGS A; 1Y74 B; 4HNA A; 1KKC A; 4PA9 A; 1W0J G; 5C93 A; 3T4Z A; 1XUQ A; 2WLI B; 4UV9 A; 1J5E O; 2UUB O; 4PDL A; 2OCH A; 1MNG A; 4GUN A; 4GKK O; 1XMO B; 3OTO B; 4PV1 B; 3RGB A; 1BHB A; 5B66 Z; 5LHI A; 2RMK B; 4DR5 B; 1FYJ A; 2UXX A; 2Q6A A; 4B3T O; 4NR1 A; 4FFK A; 4QJF B; 2CTW A; 2GTA A; 1NTM H; 1HNX O; 5J2T A; 2EIM B; 4JYB A; 4J10 A; 1TUB A; 4F6R A; 4WCE V; 2CTR A; 3ZN0 A; 5EBW C; 4EFB A; 3E8B A; 2P5O A; 1HNW O; 1NT2 B; 5EIB D; 3SPC A; 5KHK A; 2OYQ A; 4DR4 O; 1SRY A; 3CMA V; 1DK1 A; 3RW0 A; 1AI4 A; 4CBC A; 1XL4 A; 4O4L A; 1AI7 A; 4UVC A; 1KKD A; 2ZIO A; 2Y4U A; 3E22 A; 4U3J B; 4MW8 A; 2UXB O; 4J42 A; 4GYC B; 3ZJZ A; 1QBZ A; 4MTG A; 1H8H G; 4JTA B; 3ASN C; 4O2A A; 3ZRW B; 1M56 B; 1AR5 A; 3BAB A; 3SDL A; 3ZHS A; 2EIK B; 2UU9 B; 4O2B B; 2Z5U A; 3K06 A; 3JAR A; 3ABK C; 5IJ0 B; 4ZOL A; 4PDR A; 3K58 A; 1QLE C; 2QM4 A; 3UO2 A; 1P7G A; 2FB5 A; 2ZCE A; 4R6Z A; 2KG7 B; 1N36 O; 1AJP A; 4LCU C; 3HKE A; 2L35 A; 2YXL A; 4I50 B; 1FXV A; 1ZTE A; 1PL0 A; 2BTQ B; 1VQ9 V; 1KP2 A; 1UFI A; 1J95 A; 3AG3 C; 2VWK A; 3ABU A; 2YIC A; 2ZE5 A; 3QO7 A; 4FLY A; 4K0K B; 4B08 A; 4JI5 O; 3S3X A; 1RSO B; 5LHH A; 1XNQ B; 5GON B; 1V55 C; 1QNM A; 4X64 O; 5CA1 A; 3JAW B; 1OV9 A; 2X6C A; 3ABK B; 4FZ1 A; 3KKY A; 2CK3 G; 2ADQ B; 3H9V A; 2IJK A; 4AHC A; 1K73 W; 2QTO A; 1K7D A; 2WLM A; 3HR0 A; 4KL1 A; 1CXZ B; 1X4T A; 4CS3 A; 3BAA A; 5KA6 A; 5J9P C; 2Q7G A; 1MAB G; 4OGQ B; 5IYC O; 2BOB C; 2F43 G; 2JS5 A; 2XAJ A; 2YDE A; 3RT3 C; 1S3J A; 2LGW A; 1T5E A; 4DRX A; 2D3O W; 1FJG O; 1WA8 B; 4JAU A; 4TUY A; 3SPJ A; 1YXB A; 5ITZ B; 1EN5 A; 3AEI A; 1WP7 A; 2W6I G; 2PTM A; 4MVZ A; 1V55 B; 4LNU B; 2HHH B; 4FM1 A; 1H2N A; 2BTO A; 2JIZ G; 4GX0 A; 5GTI Z; 2UXD B; 3KZI Z; 4Q20 A; 1IBL O; 3A0R A; 4HZ3 A; 1PNK A; 4CC6 A; 4JYA B; 1WN7 A; 4P9O A; 1KU9 A; 1FS0 G; 4X1Y A; 3AK1 A; 1XMQ B; 4L87 A; 4NXM O; 1VQK V; 2E75 B; 1YJW V; 1FFX A; 4LF9 O; 3O65 A; 1EZV H; 3D8C A; 2FL4 A; 1AVM A; 3A0H Z; 2XT9 A; 4LFC O; 2GUZ B; 2Q7H A; 2XAG A; 3CX5 F; 4DUY B; 4DV4 O; 4QNH B; 4UCV A; 4XDK A; 2B5U A; 4DW1 A; 3HKD A; 4GCZ A; 2YS8 A; 1OCC B; 4JI0 B; 4EFE A; 4TWK A; 4FPP A; 4CH5 A; 4NTY A; 3CCR V; 4JI2 O; 3FYI B; 3P32 A; 1K8A W; 2W6J G; 2VQF O; 1MZF A; 1SQQ H; 2HVJ C; 1MMM A; 5LMU B; 3H1H H; 2A3Q A; 4RAI A; 1VQN V; 3THO A; 3I56 V; 2PYJ A; 2AGA A; 5AG2 A; 1ZL8 A; 3JAK B; 5H6Q A; 2IW5 A; 2WSS G; 2OTL V; 3N2K A; 3EXA A; 3B77 A; 3MD0 A; 4X20 B; 4DV2 B; 1G4Y B; 4JI1 B; 2F4V B; 4MSW C; 2OWO A; 4D7T A; 4EB6 B; 1JA8 A; 1QLN A; 1NVP D; 4DV1 O; 1B3Q A; 4J9Y B; 2ODM A; 4Z1V A; 4DR3 B; 4HBN A; 2ZE6 A; 4B3M O; 5B5E Z; 4JI4 B; 2EBO A; 3M99 B; 1Q6U A; 1IUR A; 4DUZ B; 1S72 V; 4UCR A; 1RP3 B; 4UB6 Z; 1M5I A; 1O9H A; 4FLU A; 1F23 A; 2R9I A; 2ZKO A; 3RYF A; 3JD2 A; 1NR1 A; 4YJ3 B; 3IC9 A; 1IBM O; 1Y6X A; 3RYH B; 4F6E A; 1WP8 A; 1J5E B; 2WA3 A; 2UUB B; 4TV8 A; 3CCS V; 4FLV A; 1NH2 D; 4DR7 O; 5FNV B; 4LWS A; 4G2K A; 3HB3 B; 3ZMZ A; 3ABT A; 4UCU A; 4GKK B; 3STZ C; 4GX2 A; 4B3T B; 3WB0 A; 2CAZ C; 3CHX A; 2WLJ A; 1VQ7 V; 1HNX B; 3L75 H; 2PF4 E; 2LFS A; 2IH3 C; 3LSS A; 1YF2 A; 4JI6 O; 1GN2 A; 1E1Q G; 4U7O A; 1YHQ V; 3Q4H A; 2B9Z A; 1HNW B; 4NYK A; 1Q82 W; 3N27 A; 4K8Z A; 3IJ4 A; 4DR4 B; 5H5N A; 4O4H A; 4P2Z A; 3RVY A; 2QM8 A; 5EYP B; 2IU0 A; 3SPG A; 1OCR C; 4GX5 A; 1GTO A; 3QTC A; 3TXQ A; 2ITC C; 5KHH A; 1YJ9 V; 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1FJG B; 2VS0 A; 3KG2 A; 1EN6 A; 2DWD C; 1YIT V; 5CB4 A; 1XHZ A; 4YHH B; 1SKV A; 1ORQ C; 4TQF A; 2A0L A; 1FXH A; 2QKC A; 4OXS A; 3ZMS A; 3SJB C; 3SYQ A; 1CEZ A; 1TVK B; 4PHZ A; 2ZXW C; 3GB7 C; 2JEU A; 2AXT Z; 1VF5 B; 1K5S A; 2JEX A; 1G1X B; 5JCO A; 4KFM A; 1QHT A; 1WPX A; 5B3S B; 4MS2 A; 1IBL B; 1UJW B; 5IJ9 A; 2YI9 A; 4R50 A; 4DRX B; 5LL6 Y; 1JQ0 A; 1G8M A; 2IH1 C; 1OCZ C; 4CC5 A; 5K1P A; 1YIJ V; 4NXM B; 5B1N A; 2ZT9 B; 3ETD A; 4LF9 B; 1Z2G A; 1COW G; 5KMG B; 4LFC B; 1OZ0 A; 4I9W A; 4BR6 A; 3KCX A; 4IIJ B; 4DV4 B; 1AJN A; 4O4J A; 4UUJ C; 2Y4T A; 3SJQ C; 4PI0 A; 4WFA V; 4HYO A; 4N23 A; 4ZI7 A; 3A0B Z; 4FLW A; 5LA6 A; 4IT5 A; 1DTO A; 1XDC A; 2CH7 A; 4JI2 B; 3K9S A; 3B40 A; 4QE7 A; 3JD4 A; 2VQF B; 3JAT A; 4CS4 A; 5CMU A; 2BSK A; 4QE9 A; 2V4D A; 2CE4 A; 5FLX N; 1ZUQ A; 3ABM B; 3HKD B; 1OCZ B; 3CXC U; 4J9Z B; 4J41 A; 1XHX A; 4QGP A; 2EIJ C; 3GWO A; 3CD6 V; 2P6J A; 2EIN C; 2EX3 A; 4PA7 A; 1YCI A; 5BZB A; 2EJ7 A; 4K3A A; 1H2S B; 2LW1 A; 4TT3 G; 4W4L A; 4D6T H; 4DV1 B; 2JJ1 G; 1NJI W; 4PA4 A; 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