The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
48
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structure length |
48
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Chain Sequence |
HMPVPSFGEAMAYFAMVKRYLTSFPIDDRVQSHILHLEHDLVHVTRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Crystal structure of the human centromere protein B (CENP-B) dimerization domain at 1.65-A resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Major centromere autoantigen B
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| total genus |
17
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| structure length |
48
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| sequence length |
48
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-05-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Dimerisation domain of CENP-B |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UFI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Y6X A; 2LO1 A; 1MNG A; 4CH3 A; 2UXB B; 3QO8 A; 2QWQ B; 4WBN B; 1Q3E A; 4GLX A; 4DV4 B; 3HKC A; 1YXB A; 3F7Y C; 3ZRV A; 3CP1 A; 2XAG A; 2N05 A; 4X1K A; 2HG5 C; 4PDM A; 5KA6 A; 1A32 A; 3I5D A; 5IDJ A; 4LNU A; 2QM4 A; 2XHB A; 1MOF A; 5B1N A; 5KAF Z; 1OCR B; 3L73 H; 4GX1 A; 2QM8 A; 3E83 A; 1TUB A; 1H8H G; 4B3R B; 4PJ0 Z; 3E35 A; 2BCC H; 3L74 H; 4FJC C; 2ZR2 A; 1JQ0 A; 2NN4 A; 5JJE B; 1CPY A; 2HVK C; 3OTO O; 4J9Y B; 3BPZ A; 5JVD A; 5BXZ A; 1RPO A; 1JX9 A; 1OCZ C; 1X4T A; 2QWR B; 4J41 A; 3LDC A; 1AR5 A; 4WFG A; 4JI6 B; 2WPD G; 4IYI A; 1AJN A; 2Q5Z A; 4KHP B; 1H38 A; 1WLE A; 2FL4 A; 4DV7 O; 4DRX A; 2JJ2 G; 1PNM A; 1G8M A; 2AW9 A; 5JWP A; 4JV5 O; 1YEW A; 1OHH G; 4LR3 A; 1D5A A; 1XBL A; 4KFM A; 4AQY B; 4DR5 O; 3CYO A; 3ZJZ A; 3QVN A; 3RGB A; 2Q0A A; 2JS3 A; 2EX3 A; 4FLW A; 2QSA A; 2E75 B; 5DED A; 3QNE A; 3SYA A; 1Q8I A; 1R3K C; 3E89 A; 3JSN A; 1XMO B; 3JAR A; 2K9P A; 3R65 A; 4J11 A; 3RW0 A; 1D2D A; 1QQC A; 2OIE A; 4MVU A; 3LSQ A; 3G80 A; 4GX5 A; 3MAQ A; 4Q6G A; 2Q7E A; 2E3C A; 3OT7 A; 5KA5 A; 3CRM A; 2ZE7 A; 1VQK V; 2ODM A; 4X20 A; 2OTL V; 1THZ A; 5EIB D; 4X64 O; 3EFF K; 1H2S B; 1HR0 O; 3OR7 C; 2DN9 A; 2KB1 A; 1NH2 B; 1H2K A; 2H8P C; 1BGY H; 4B08 A; 4IIJ A; 3Q4H B; 5GON B; 3SPC A; 1BS3 A; 3C3T A; 1S72 V; 2YC0 A; 1RP3 B; 3JD2 A; 5CBG A; 4B3M B; 4HNA B; 4YIP A; 5L3D A; 5J2T B; 1GK9 A; 3B2E E; 4U7O A; 3ABU A; 5IYZ B; 1RM1 C; 4A5U B; 3ASO C; 1RSO A; 1JMK C; 4AI8 A; 3ZMS A; 2IJJ A; 2UUC B; 2RNB A; 1KYO F; 3SGI A; 2DYR C; 3DXR B; 2JS5 A; 4N23 A; 4PA9 A; 3R66 A; 4NTW A; 1KKC A; 2UUA B; 4LF7 B; 3AEI A; 3OGC C; 4B7E A; 2IJI A; 4DR6 O; 5J2U A; 2UUC O; 2FML A; 1GRJ A; 4JF3 A; 2W0F C; 3ABL C; 4RAI A; 4KXR A; 3CHX A; 5K1P A; 1VQO V; 3ZIA G; 5DN6 G; 1UJW B; 1SQV H; 2RQ6 A; 2Y69 B; 5CBH A; 2HHH B; 4DV1 B; 2ZE5 A; 2ZE6 A; 4O4H A; 1Q90 D; 1FD9 A; 4WFB V; 1F7Y A; 2M6Y A; 2YDE A; 5B5E Z; 1YHQ V; 5LA6 B; 3AK1 A; 4JTC B; 2B1I A; 3S3W A; 3CWB H; 1NTM H; 3PJS K; 3LSS A; 1TAE A; 3RN4 A; 4LF5 O; 1FXK A; 3ML0 A; 2YIB A; 5L3F A; 4PI0 A; 2P5O A; 2HJD A; 1PM9 A; 1VQ4 V; 3OUF A; 2X7R B; 1AI4 A; 2F4V O; 3VOU A; 4Z2W A; 2P90 A; 4X1Y A; 4X1I B; 4X8A A; 1WB8 A; 4XDL A; 3E22 A; 3QO5 A; 1AI5 A; 3LSU A; 5CA0 B; 4WFA V; 2DOS A; 2UXD O; 5JJJ B; 1VF7 A; 3CC7 V; 3X2Q C; 1JPX A; 4QJF B; 5LHI A; 4QGP A; 3RVY A; 1K73 W; 1FXV A; 1IXM A; 3U11 A; 5CN0 A; 1J5E B; 1ZWI C; 1S0V A; 4R7C A; 5L3E A; 4BIZ A; 2MK3 A; 5IY5 C; 4ASU G; 1P7G A; 4JTA B; 4OXS A; 3SYO A; 5KHH A; 5EIB C; 3CCR V; 5IJ0 A; 1N4C A; 1NBM G; 4JTD B; 1HNW B; 4UV8 A; 1OCO B; 3ETD A; 1CEZ A; 1RFY A; 3ZCC A; 1Q81 W; 4O2B B; 5BMV B; 2F95 B; 4K35 A; 4W4L A; 3AK3 A; 4JYY A; 1P84 F; 4B3S B; 5LGT A; 2NR5 A; 3ZX6 A; 5L3B A; 2P67 A; 2LGW A; 1M57 B; 2PYL A; 4BW5 A; 1KP3 A; 3OE7 G; 1K3E A; 3K9A A; 3OMN B; 4LWS A; 3CD6 V; 5LXT B; 3APQ A; 2Y4T A; 3FB7 C; 2WLM A; 3E8H A; 4UCS A; 2UXC B; 4NXN B; 1N0N A; 4JAV A; 4FM0 A; 2PZS A; 2JRI A; 1VAR A; 2UU9 B; 1WA8 A; 3ICX A; 2A9H A; 1R3I C; 1NVP B; 4WF9 V; 4NXN O; 1ZL8 B; 1L0L H; 4JI2 B; 2EUL A; 3ZHS A; 4DV2 O; 1PL0 A; 5H6R A; 4O4I B; 3H9V A; 3CRR A; 1K8A W; 5LYJ A; 1BCC H; 1QBZ A; 2HVJ C; 1T5E A; 2E5L B; 3S3X A; 4JAU A; 2QDO A; 1AJQ A; 2ZCE A; 1FPO A; 2Y48 A; 4JI8 O; 5KX5 B; 3K5L A; 1S77 D; 5IWA O; 4LFB B; 2LJ2 A; 5IJ9 A; 3N2G A; 3CC2 V; 1IBL B; 3RYF B; 3CME V; 5LP6 C; 1KQS U; 2N74 A; 4UUJ C; 4IHJ A; 4BIO A; 3E86 A; 4RQF A; 4P9P A; 4YY3 O; 3EXA A; 3ZRW B; 2EZP A; 5BY1 A; 3KZI Z; 1IBL O; 3UM7 A; 5EC2 C; 5EC1 C; 4W4K A; 1F51 A; 2YID A; 1VF5 B; 2BOC C; 3ZRS A; 3A2F A; 5L3G A; 2WLI B; 2Q67 A; 4FFB A; 2XOK G; 5KMG B; 2E76 B; 4GT1 A; 3JAS A; 1JFF B; 3SR2 C; 3CC4 V; 5LHG A; 2ZDI A; 4WCE V; 3SJQ C; 3RYI B; 1H2L A; 1YSC A; 1HNX O; 2WLL A; 2Q9L A; 2PI5 A; 4IT5 A; 3OTF A; 4X9Q A; 3SPI A; 1MMM A; 3BRC A; 3RYC B; 3N2K A; 2DW4 A; 5E79 Z; 4GKJ O; 1G4Y B; 2EIJ B; 4CH5 A; 5LOV B; 4TV8 B; 1OZ0 A; 4U7N A; 4JZG A; 2KG7 B; 1QLN A; 3JAW A; 4LCU C; 5H9C A; 3K5M A; 1GN3 A; 2JEU A; 3LUT B; 4UV9 A; 1I0H A; 4JAA A; 4ZOL A; 4PA4 A; 4YJ3 B; 1XUQ A; 3L75 H; 5JQG A; 3TET A; 1BSM A; 3APO A; 4CS3 A; 3DGE A; 4TV9 B; 3E2E A; 2CGO A; 4LF4 B; 2Y69 C; 4B3T O; 1W59 A; 4U3J A; 3A0B Z; 1RM1 B; 1VQP V; 3JAK B; 2CTQ A; 3OMA B; 4CS2 A; 2DYR B; 4MVS A; 2KSD A; 3P30 A; 4K0K O; 3K57 A; 2DYS C; 1O9H A; 3HB3 B; 5H2F Z; 2ZD9 A; 2YUA A; 1XIL A; 4XDJ A; 1Y76 A; 4B7K A; 4I55 B; 1XNR B; 2YI9 A; 3OEE G; 3JAM N; 1YTF D; 1Y4M A; 2EIL B; 3CCJ V; 2FTK A; 3U10 A; 4L8J A; 2ZQM A; 2ZM6 B; 3CRQ A; 1FJG O; 5GTI Z; 1YJW V; 2QWP B; 2WWW A; 2VQF O; 1QCE A; 2PI4 A; 4CBC A; 4OX9 B; 2B9Z A; 4I5S A; 3CEI A; 1ZTE A; 3K08 A; 4TWK A; 2QR4 A; 3T1H B; 2VWK A; 3GVM A; 2ZE8 A; 4I4T A; 2Z3Y A; 1N32 B; 2OTJ V; 2CAZ C; 3C3S A; 1KBH A; 5EZY A; 3ABT A; 1TUB B; 4D6T H; 4ZI7 A; 5D5P A; 1XOU A; 1EN5 A; 3D3Q A; 5JCO C; 1OCO C; 1HNZ B; 1N33 O; 3X2Q B; 4FLU A; 2XUM A; 3HKB B; 4DV0 O; 3D36 A; 3TGU H; 4DV5 O; 5KHJ A; 3RBZ A; 3RFR A; 3K03 A; 3J80 N; 5IY5 B; 1MG1 A; 1QVG U; 5JH7 B; 4LF9 B; 1M57 C; 2X6C A; 4ICG A; 5IYC O; 3QTC A; 1Q5O A; 4YJ2 A; 5BR8 B; 1R1B A; 3HPL C; 1I5Y A; 1S3J A; 2PY5 A; 2IJH A; 3KCY A; 2YIC A; 4J80 A; 1TVK B; 4UB6 Z; 3SYP A; 1BL8 A; 5BR8 O; 4O2A A; 2IH3 C; 2L6L A; 4GUN A; 4UVB A; 1VQ8 V; 2BSK B; 4O4J A; 4PA7 A; 1SER A; 3DC5 A; 4J7K A; 4O4L A; 4X66 O; 2L35 A; 1I7F A; 2O57 A; 1VIB A; 1B04 A; 2Q7G A; 4UVA A; 5CB4 A; 3AG2 C; 2Q6A A; 1XNQ O; 2V1D A; 3WB1 A; 2XAS A; 3J7A U; 3E8G A; 3K5N A; 3FKS G; 3T4D A; 3OTO B; 2F1M A; 2ADP A; 1SET A; 3H1K H; 2RDC A; 4JI5 O; 3JAT B; 4ZHQ B; 1SZX A; 4YXW G; 2H94 A; 3JD1 A; 2G38 A; 1IDS A; 4J42 A; 2GSM B; 1BZK A; 2GDS A; 2ARH A; 3CB2 A; 5DM6 V; 2DMX A; 3K58 A; 4DV7 B; 2IW5 A; 4JV5 B; 1FFX B; 2Y0P A; 4LH7 A; 4PA6 A; 2CH7 A; 4DR5 B; 1GM9 A; 4JYA O; 3CCM V; 1AP5 A; 5EYP A; 2ETN A; 3BY6 A; 1QLE B; 5JJN B; 2YXY A; 5KUK A; 2UXX A; 2P22 C; 4JI3 O; 4XDK A; 2BTQ B; 1Y74 B; 2Q8V A; 1KU9 A; 3ZMT A; 3CJH A; 5K1X A; 4G27 B; 5C8Y A; 4LP8 A; 1Q7Y W; 1I94 O; 3HKD B; 1BQZ A; 2B1G A; 4UB8 Z; 5IT9 N; 1F23 A; 4GKK O; 4FLT A; 1JOY A; 5LP6 B; 3PN1 A; 1YF2 A; 1W0J G; 4MTF A; 1SA0 B; 5E1A C; 5IE9 A; 3I56 V; 3HKE B; 1AJP A; 4DR1 O; 2HKO A; 2LQT A; 3QG5 A; 1AI6 A; 3ZHR A; 2IH1 C; 4OPH A; 4WBN A; 1Z2G A; 4X64 B; 4UCR A; 3O9O A; 1HR0 B; 1XHX A; 4ZIB A; 2W6J G; 2EIJ C; 3BAA A; 4DUZ O; 2RN9 A; 3P3N A; 5EBW C; 4PDV A; 4UXN A; 4TT3 G; 1F4N A; 4G28 B; 2GUZ B; 1XL6 A; 4TQD A; 1L8D A; 5EBL C; 2Y0I A; 3L71 H; 1GN2 A; 2VS0 A; 3CCQ V; 2DE0 X; 4CC6 A; 3BAB A; 1HWY A; 4JI1 O; 2VWJ A; 5LL6 Y; 3D3I A; 4DK0 A; 1BMF G; 1E1Q G; 3F5W C; 3FB8 C; 4X1Y B; 1OJH A; 2JDI G; 3UKM A; 4DV3 O; 1K4C C; 3E22 B; 4P2Z A; 1GO3 F; 3OR6 C; 1NR1 A; 3UT5 B; 2ZT9 B; 1GMG A; 2ZKO A; 4DR6 B; 1W2B U; 3VQX A; 2HLD G; 1Q6H A; 4PA3 A; 1AIL A; 4DXW A; 5DEC A; 3VQV A; 3W7W A; 4EB6 B; 5LMN O; 4MTO A; 2W0X A; 4I9W A; 1B06 A; 1U96 A; 4JPR A; 1CP9 A; 4MVQ A; 4FK5 C; 1FFT B; 5LMU O; 3JD3 A; 2F66 C; 4GX0 A; 4XBF A; 3QO7 A; 4GCZ A; 1M9N A; 2EIL C; 2DWE C; 4LF5 B; 2NNU A; 3ETQ A; 1JA8 A; 2EJR A; 3ETG A; 2RMK B; 3FD9 A; 4UCV A; 4DR7 O; 2DYS B; 1SQB H; 1AR1 B; 4JZ2 A; 3CS5 A; 1XQ8 A; 4MVM A; 4QNH B; 3JYC A; 2F4V B; 2BOB C; 1DTO A; 1PNL A; 4UFZ A; 2GHY A; 1IUR A; 4MTX A; 1NQT A; 4I50 B; 2R9A A; 1SQX H; 3IC7 A; 1BHA A; 1EZV H; 3VQW A; 2OWO A; 2UXD B; 2M7W A; 4F4L A; 3IJ4 A; 3KKY A; 5B66 Z; 1B6Q A; 3Q4H A; 1XMQ O; 5GON A; 3CXH F; 2P4K A; 2FYU H; 4H33 A; 1SQP H; 2HP8 A; 2VQE O; 4HNA A; 1FXH A; 4NR1 A; 1OCC B; 4R8C A; 2B5U A; 5J2T A; 3IGA C; 1JCH A; 3IAY A; 5BZB A; 5IYZ A; 4RWU A; 1E79 G; 1ARO P; 3ZN0 A; 3FAV B; 3DXR A; 2EJ7 A; 4TUY B; 4MTG A; 1EFR G; 2YIB D; 1AVM A; 3SDL A; 1ZSP A; 5ITZ B; 3M99 B; 4ZKI A; 4DR2 O; 4NTX A; 2HFE C; 4RUE A; 1HDJ A; 5TIS Z; 2EZO A; 4EFB A; 4FLY A; 1YJN V; 5LA6 A; 3AG3 B; 3OFN G; 1R6N A; 1IXB A; 1FS0 G; 2WA3 A; 4RUF A; 3K0G A; 3J81 N; 4BAY A; 2LP7 A; 2EIN B; 3TXQ A; 3BEH A; 2YS8 A; 3BCC H; 3FYI B; 2ZNI A; 1FYJ A; 1WPB A; 4DV2 B; 4X1I A; 3RVZ A; 2PUS A; 4FIP C; 3OGI B; 4CH4 A; 3K06 A; 4DR4 O; 2QEX V; 1URF A; 1MZF A; 3AG2 B; 5CA0 A; 2XAH A; 3AG4 C; 2YXL A; 4TQF A; 1Y66 A; 3B40 A; 1IVS A; 1M56 B; 2GV9 A; 2CUG A; 4MW8 A; 2UUB O; 2AHY A; 5FNV B; 1QLE C; 4JI8 B; 3K0D A; 4NXM O; 2JIZ G; 4E4E A; 3N2K B; 1BQ0 A; 4JI4 B; 5IWA B; 4X65 O; 1KEC A; 3H1J H; 3BA8 A; 4LF6 O; 3ZS8 C; 2V4D A; 2JJ1 G; 2ZXW B; 2PF4 E; 4YY3 B; 2Q69 A; 4JI4 O; 3G4S V; 1YTF B; 3ZMV A; 5LGN A; 5JCO A; 1NTK H; 2XND G; 1SZT A; 3RYH A; 5BMV A; 2PYJ A; 2R72 A; 2R9R B; 1KUQ A; 4J9Z B; 3G6B A; 3IC9 A; 3UO3 A; 4QE9 A; 1JR9 A; 4ABM A; 3U0Z A; 2YEV B; 5LBQ A; 1KB9 F; 3KCX A; 3LNM B; 5J9P C; 3W7X A; 1CXZ B; 4F6R B; 2WLK A; 1H8E G; 1NR7 A; 3L9D A; 5LXT A; 2A7W A; 2BE3 A; 1IBM B; 3SYC A; 2YI8 A; 3P3P A; 1HNX B; 1YZB A; 3B09 A; 4I0X B; 4PHZ A; 4KL1 A; 1K92 A; 4GKJ B; 1JJ2 U; 2CDY A; 1IBM O; 4WFF A; 1IBK O; 4AIL C; 4I9Q A; 4GZR B; 3CCL V; 5B3S B; 3GWO A; 3AK2 A; 5CA1 B; 1ZL8 A; 4QPJ A; 2JGD B; 4PV1 B; 4RQE A; 2OIG A; 2EIK C; 1YCI A; 3BHP A; 3CX5 F; 1EM1 A; 5B1B B; 1PKX A; 4O4I A; 1KKD A; 2Q4P A; 5C93 A; 1US6 A; 2CGN A; 4JI0 O; 4J10 A; 4B3T B; 4JAS A; 2WA4 A; 1S5H C; 2QKS A; 1VQM V; 3ZHV A; 5B1A C; 1K7D A; 4PDL A; 5EZY B; 4MSW C; 1VQ5 V; 2K1E A; 1HP8 A; 5KX5 A; 1QHT A; 3NR7 A; 1WNS A; 2ZR3 A; 1MSW D; 3STL C; 2A06 H; 2FKX A; 5L3C A; 1WAZ A; 2CE4 A; 3MDS A; 2F23 A; 3RYF A; 4K0K B; 3B8M A; 4KP4 A; 3TCU A; 3BA9 A; 1K5Q A; 5CA3 A; 4YHH O; 4LFA O; 2WLI A; 1K5S A; 1FJG B; 4JI7 O; 1XEQ A; 4DV6 O; 2VQF B; 5KMG A; 5KHG A; 3CCS V; 1JFF A; 1LUV A; 4X62 O; 1R73 A; 1VQ7 V; 3ZMU A; 3CMA V; 1YIT V; 3JAL B; 1NS1 A; 4YIO A; 1DLB A; 3DTU B; 5EK0 A; 3K79 A; 2WLJ A; 4U3F H; 1IZ3 A; 2QJ1 A; 3THO A; 4JYC A; 3RYI A; 3G71 V; 1S5L Z; 3K5O A; 3CCU V; 3HKC B; 5GW7 A; 1OCC C; 3RYC A; 1SF9 A; 1M1K W; 4NVP A; 2WLN A; 1SES A; 2R70 A; 5LOV A; 3AG7 A; 4TV8 A; 4X1K B; 1ZAU A; 4LF8 O; 3FYE B; 4TOI A; 2EBO A; 2KG7 A; 4Z1M G; 4LNU B; 1ENV A; 4DK1 A; 3WB2 A; 1N33 B; 2WSS G; 2N04 A; 3ZBH A; 2QE7 G; 2OYQ A; 1K33 A; 4X89 A; 4BIU A; 1NI8 A; 4DV0 B; 4DV5 B; 5B1O A; 3H01 A; 5JVD B; 2LFR A; 2KQX A; 1N8R W; 4TV9 A; 1UFI A; 2A3Q A; 4J7Z A; 2DWD C; 3JAK A; 2D3O W; 3JCZ A; 1WB7 A; 1N36 O; 1VQL V; 1ROP A; 3MD0 A; 1PL4 A; 4DRX B; 2YXH A; 3AG3 C; 5LHH A; 3UQ8 A; 4DUY O; 1KP2 A; 1Q82 W; 4X66 B; 2EIN C; 3OM3 B; 1FAF A; 1GN4 A; 1N34 O; 1VF6 C; 1XNQ B; 1R6K A; 2DQ0 A; 4CZZ A; 2ATK C; 1R3J C; 4I55 A; 1EN6 A; 4TSF G; 4I7Z B; 2ZDI C; 3JAR B; 3ZMZ A; 3JD0 A; 5KHK A; 3RWR D; 4JI5 B; 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