The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
71
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structure length |
71
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Chain Sequence |
MDSNTMSSFQVDCFLWHIRKRFADNGLGDAPFLDRLRRDQKSLKGRGNTLGLDIETATLVGKQIVEWILKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 N-Terminal RNA Binding Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
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| total genus |
28
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| structure length |
71
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| sequence length |
71
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF O; 2E5L O; 4DV5 O; 1IBL O; 5FLX N; 4X66 O; 2HHH O; 4GKJ O; 2UUA O; 4A5U B; 4JI3 O; 1DK1 A; 4OPA A; 4JI1 O; 4GKK O; 4DV7 O; 4DR2 O; 1F7Y A; 4DR1 O; 4LF7 O; 1XNR O; 1HR0 O; 5BR8 O; 1XEQ A; 1N36 O; 1D2D A; 3SDL A; 5LL6 Y; 1I94 O; 4JI7 O; 4LFA O; 4B3M O; 5H5N A; 4NXM O; 2UU9 O; 3M8A A; 4JI2 O; 4B3R O; 1J5E O; 1N32 O; 2ZM6 O; 1KUQ A; 2JRI A; 5IWA O; 4LF4 O; 4LF5 O; 4NXN O; 4DR6 O; 1IBK O; 1XNQ O; 4LF6 O; 2LW7 A; 4JI6 O; 1HNX O; 3T1H O; 1NS1 A; 5BXZ A; 4DV0 O; 3O65 A; 4DV2 O; 4DUZ O; 4DV1 O; 4X62 O; 4JI4 O; 2AGA A; 4DV6 O; 5IT9 N; 4B3S O; 2F4V O; 4JV5 O; 1HNZ O; 1X59 A; 2UUB O; 4KHP O; 3OTO O; 4OPH A; 4LF8 O; 5BY1 A; 4LFB O; 2UXB O; 4JI5 O; 1A32 A; 4DR5 O; 2DJV A; 1R1B A; 5A2Q N; 4AQY O; 4DR3 O; 1XMO O; 1AB3 A; 4YHH O; 1N34 O; 1YZB A; 3RT3 C; 1N33 O; 1IBM O; 3J7A U; 1HNW O; 1AIL A; 3JAM N; 4YY3 O; 4DV4 O; 1FKA O; 2ZKO A; 2UXC O; 4DR7 O; 1FYJ A; 1R6T A; 1XMQ O; 3R66 A; 3J80 N; 5LMN O; 4B3T O; 4LF9 O; 3F5T A; 5LMU O; 2DOS A; 4DR4 O; 4JI0 O; 1FJG O; 4LFC O; 2N74 A; 4JYA O; 4DUY O; 4OX9 O; 2Z0A A; 4X64 O; 1G1X B; 4X65 O; 4JI8 O; 3J81 N; 3T1Y O; 2UUC O; 2VQE O; 4DV3 O; 4K0K O; 2UXD O; 2FKX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KLV H; 3WB2 A; 5LXT B; 1B04 A; 3CYO A; 3RYF B; 2RQ6 A; 4EFE A; 2YSU B; 5LGT A; 4O4H B; 4DR1 B; 2ZDI C; 1XNR O; 2GDS A; 3U11 A; 3ZN1 A; 1XQ8 A; 4DV7 B; 5L3E A; 1FPO A; 1NT2 B; 4YJ3 B; 4XBF A; 2Q8V A; 1Y67 A; 3UKM A; 1Z2G A; 2UU9 O; 4TT3 G; 1FS0 G; 3C90 A; 3JAS A; 4PDL A; 2DYS B; 2CTP A; 3JAT B; 5KHJ A; 1DF5 A; 3O65 A; 5IYD O; 2Q7G A; 4DUZ O; 2EJR A; 4FM1 A; 2BOC C; 1GN3 A; 4UCU A; 2PYL A; 3SYA A; 2XAJ A; 1BCC H; 1PNL A; 4MVU A; 4DV4 B; 2WSS G; 1VF6 C; 3W7W A; 4HZ3 A; 3CCV V; 1A32 A; 4EB6 A; 1N0J A; 4JAV A; 5KHH A; 1XMO O; 4CC5 A; 2XOK G; 2BTQ B; 4UFZ A; 1VQL V; 4QGP A; 4NVP A; 2WA3 A; 4UB8 Z; 3G6E V; 5LMN B; 4UCV A; 3ASO C; 2IH1 C; 3ML0 A; 2OYQ A; 1AIL A; 2DWE C; 4DR2 B; 4D6T H; 3TCU A; 2L35 A; 3KZI Z; 1FJG O; 3IFX A; 4PI2 A; 3JAR A; 1R3I C; 3JAL A; 1IXM A; 3GVM A; 3ZRW B; 1E1R G; 3CMA V; 3T1Y O; 3ETD A; 4CBC A; 4K0K O; 1EN4 A; 1Y76 B; 5B66 Z; 2DYR C; 3OT7 A; 5JWP A; 1EM1 A; 1PKX A; 1OHH G; 1OCR B; 4PA4 A; 2EIK C; 1W0J G; 1YVW A; 4BAY A; 4X8A A; 1UPG A; 3WFV A; 4P2Z A; 3ZMS A; 4R8C A; 2OCC C; 4LFA O; 2W0X A; 2B9Z A; 1R3J C; 5LYJ B; 3CJH A; 3CRR A; 3OGC C; 1J5E O; 2R72 A; 4CC6 A; 2QA4 V; 1DGS A; 2DMX A; 1Y66 A; 2JGU A; 2O57 A; 4DV2 B; 2PF4 E; 1TUE B; 4JI6 O; 4LFA B; 3I5D A; 2HJF C; 1EZJ A; 1VQ5 V; 4JYB A; 1ARO P; 2EZO A; 5EZY A; 4MVS A; 1XOU A; 2EZP A; 4DV6 O; 3E2E A; 3EXA A; 2KQX A; 2RCV A; 1NTK H; 3ABU A; 1N0N A; 4CH5 A; 3SPC A; 3MHS C; 3VBB A; 3K5M A; 4OGQ B; 4MVM A; 1GK9 A; 3JCZ A; 2HEP A; 4YHH O; 1RPO A; 1N34 O; 3HKE B; 3JAK A; 2IU0 A; 3P32 A; 1B3Q A; 1ZL8 A; 2LFR A; 4BW5 A; 4FK5 C; 4DV4 O; 2ZE7 A; 4DR7 O; 2EBO A; 4FLZ A; 3FYE B; 5LMN O; 1XMQ B; 2Q7H A; 3ZIA G; 5HFL A; 4YY3 B; 2Y48 A; 3KG2 A; 2QR4 A; 3QTC A; 1SC5 B; 2AHZ A; 1XIL A; 3SJB C; 1WP7 A; 1T5E A; 1V54 B; 2VQF O; 3OW2 U; 1HDJ A; 1MSW D; 3OR6 C; 5C93 A; 1WAZ A; 3UT5 B; 2FYU H; 2QSA A; 2P4K A; 3B40 A; 4LF6 B; 1TAE A; 5KA5 A; 4MT8 A; 4I9W A; 3ZRX A; 1XL4 A; 4FPP A; 4J9Y B; 4I4T B; 1KQS U; 5CA1 B; 4LCU C; 1K73 W; 1AR5 A; 2E5L B; 3CEI A; 1AI4 A; 5L3C A; 3VQX A; 4NXM O; 3OMI B; 1NTZ H; 1N32 B; 1SZX A; 2QEX V; 3GB7 C; 2ZM6 O; 4QE7 A; 4IIJ A; 3RYH A; 5JVD B; 5IYZ B; 2OIG A; 1SZT A; 1P84 F; 4H37 A; 1FXH A; 2ZCE A; 1HNX O; 3EFF K; 5EBW C; 1NS1 A; 4YXW G; 1GH6 A; 2E76 B; 3E35 A; 4DV2 O; 4DV0 B; 3F7V C; 2QWP B; 2ZM6 B; 4PA3 A; 5L3G A; 4DK1 A; 3K79 A; 4I55 B; 5IT9 N; 2F4V O; 1VQ4 V; 1OCR C; 3JAL B; 1F4M A; 4RAI A; 1K9M W; 2AZ0 A; 4ZIB A; 4TSF G; 2G38 A; 1Q82 W; 4NTY A; 1E79 G; 2WLI B; 4IGG A; 3ZHV A; 5D5P A; 5LHG A; 2CK3 G; 1N8R W; 1WPB A; 4JYY A; 4Q20 A; 3BRC A; 1DLB A; 4FFB A; 4DR4 B; 1FXK C; 2ODM A; 2HVJ C; 4BWA A; 1SES A; 3ASO B; 3AG3 B; 1WJZ A; 1K5Q A; 1K4C C; 2ADQ B; 4LF9 B; 1GM9 A; 4JI0 O; 1K97 A; 3FAV B; 2Q6A A; 3T1C A; 4LFC O; 4LH7 A; 1VQ9 V; 4I50 B; 3K0D A; 2YEV B; 3CD6 V; 2ZXW C; 1XRE A; 2CTR A; 2MK3 A; 3JD3 A; 4GX5 A; 1Q90 D; 1YTF B; 3B8M A; 4GKJ O; 3ASN B; 4LBE C; 2LGW A; 3ZHT A; 2CDY A; 3CE2 A; 4GKK B; 3B77 A; 4YIP A; 3SPH A; 2CTQ A; 1AR4 A; 2FTK A; 2E75 B; 3UO2 A; 3OM3 B; 3TXS A; 1M9N A; 3K3W A; 5IYB O; 4QNH B; 2DYS C; 4WBN B; 4YIO A; 3K06 A; 1YCI A; 2QM7 A; 3M8A A; 3UO3 A; 3FB7 C; 2BSK B; 3JCU Z; 1VQO V; 1SQB H; 3LSQ A; 4TV9 A; 4DR6 O; 4LF5 O; 2IJK A; 4IT5 A; 2WLN A; 2XTA A; 2ZIM A; 3W7X A; 1OJH A; 5EYP A; 2ZQM A; 3AK2 A; 4LF6 O; 3G71 V; 1S77 D; 3R65 A; 4JYC A; 1JR9 A; 5LOV B; 3D3I A; 4X1K B; 1OCO C; 2CGN A; 3ZJZ A; 3CXC U; 1NVP D; 4X62 O; 3RWR D; 4FLX A; 5CA1 A; 1R3L C; 1DF4 A; 4KUM A; 4UUJ C; 1GM7 A; 5K1P A; 4OPH A; 5BY1 A; 4RUE A; 1Q86 W; 2OIE A; 2Q5Z A; 4TQF A; 1JCH A; 3U0Z A; 1JJO A; 1B6Q A; 4UCR A; 2JJ2 G; 4JTD B; 2XUM A; 2QM4 A; 4QJF B; 3X2Q B; 4QIW F; 2A79 B; 3JAM N; 1COW G; 3N27 A; 1TGO A; 2RN9 A; 5FPO A; 4JAS A; 4PA7 A; 1S3J A; 5B5E Z; 2ZE5 A; 1N36 B; 4J11 A; 1NJI W; 3MAQ A; 4JZG A; 1BMF G; 2HFE C; 2V1D A; 3S3W A; 1H38 A; 2P5O A; 4OXS A; 3HKC B; 2HHH B; 3SPJ A; 1DK1 A; 5DN6 G; 2WLL B; 5CBG A; 4FFK A; 1E1Q G; 2Y4U A; 3VQW A; 3FB6 C; 3AG7 A; 1KKC A; 2X6B A; 4DV5 B; 3RYF A; 1OCC B; 4ZOL B; 5CB4 B; 5JCO A; 5H5N A; 4BIZ A; 1YSC A; 4G27 B; 2UU9 B; 4JI2 O; 4B3R O; 4DYL A; 2QTO A; 4J7Z A; 1ENV A; 1M57 B; 3LSU A; 4JI5 B; 1XNQ O; 1IX9 A; 2KKW A; 4GX2 A; 3T1H B; 3FKS G; 5BMV A; 1RP3 B; 5J2T B; 2PY5 A; 3OUF A; 2XAS A; 2CUG A; 2N05 A; 4LP8 A; 4ZHQ A; 1N34 B; 1KP2 A; 2LP7 A; 4UVC A; 3W7S A; 1OZ0 A; 3DXR B; 2N04 A; 2DQ0 A; 1HNZ O; 1VQM V; 2R9R B; 1L8D A; 1MAB G; 3WB1 A; 1JFF A; 4H0L B; 4WBN A; 4QPK A; 4EFB A; 4LFB O; 4NKG B; 5HFM A; 3OUS A; 1S5H C; 3STZ C; 1L0N H; 4GLX A; 4TV8 A; 1V55 B; 1YJW V; 1M56 B; 1N33 B; 2QKA A; 1N33 O; 2YXH A; 1LUV A; 1GAX A; 3H9V A; 1SQF A; 3TXQ A; 2ZKO A; 1H2K A; 4X9Q A; 1NTM H; 3VQV A; 3L72 H; 2PI4 A; 1WB8 A; 1IUR A; 4H13 B; 4HBN A; 1OCZ C; 4IHJ A; 1NQT A; 5IYC O; 2GTS A; 1JMK C; 4ICG A; 2ZT9 B; 4O4L B; 2Q7E A; 5IY5 B; 3L70 H; 3CB2 A; 1M1K W; 3APO A; 5EYP B; 3BAA A; 1ROP A; 3RYI A; 4WF9 V; 4P30 A; 3QVN A; 3UQ8 A; 2XAH A; 3DC6 A; 4MVO A; 1OCO B; 1MNG A; 5IE9 A; 5KMG B; 3E22 A; 2LGQ A; 3DGE A; 2VRZ A; 1N36 O; 2WLL A; 1JA8 A; 3D36 C; 1ZX3 A; 3CCR V; 4U7O A; 1MZE A; 4Z1M G; 2F43 G; 1AJN A; 4FMT A; 2GTA A; 3LUT B; 1IBK B; 2EIM C; 1S0V A; 1Q6H A; 1AVM A; 1M4U A; 2CH7 B; 2JGD B; 4NTX A; 1RPR A; 3T1H O; 1F4N A; 3ASN C; 1KKD A; 5EIB D; 2ADP A; 4NXN B; 2WWW A; 2A9H A; 1Q43 A; 2ZE6 A; 1RM1 C; 4LNU A; 5EC1 C; 4D7S A; 2ZXW B; 4MSW C; 1QNM A; 2F23 A; 4AQY B; 2XND G; 1XBL A; 3CCE V; 5LMU B; 4J41 A; 2OWO A; 4QE9 A; 2VS0 A; 1F51 A; 4FLV A; 1FXK B; 1XMO B; 1SKV A; 2PZS A; 4ZHQ B; 3CPW U; 1RSO B; 3HKE A; 3JAK B; 2K9P A; 3OEE G; 2M6Y A; 4WCE V; 2OCH A; 1WA8 A; 1WLE A; 1EZV H; 3ZN0 A; 3G80 A; 4FLY A; 2HJD A; 3K08 A; 2UXD B; 1G1X B; 4MS2 A; 1NR1 A; 1TUB A; 2UUC O; 2YC0 A; 2P7T C; 4JI1 B; 4G2K A; 2E5L O; 2ITC C; 3OEH G; 4I0X A; 5CA3 A; 2Y0P A; 2ARH A; 1K8A W; 5GW7 A; 4J9Z B; 1XNR B; 2E3C A; 2QDO A; 3G6B A; 4F6E A; 2VWJ A; 1FXV A; 3CCS V; 4B3M B; 5F2V O; 2DE0 X; 2BOB C; 1JFF B; 2JDI G; 3SYP A; 2EIN C; 2IW5 A; 4IHJ B; 3AG1 B; 5LP6 B; 5DM6 V; 5KHI A; 1N32 O; 5JH7 B; 4JTC B; 1IVS A; 3RGB A; 2A7W A; 1BT8 A; 2B1I A; 3OTO B; 1H2M A; 1J95 A; 4CS3 A; 2CGO A; 3HKD B; 5LA6 A; 1NVP B; 2GSM B; 1SRY A; 5IJ9 B; 4X20 A; 1GMG A; 2AGA A; 2YS8 A; 3TK1 A; 4R7C A; 4B3S O; 4EB6 B; 1KYO F; 2AHY A; 5KAI Z; 3THO A; 1KMI Z; 3JD1 A; 1XDC A; 3LNN A; 1R1B A; 3Q4H A; 1EN6 A; 1XL6 A; 4DR3 O; 1NZ6 A; 2QWO B; 4ABM A; 2A06 H; 2VWK A; 1YIJ V; 4ZI7 B; 1SQX H; 1PV0 A; 3FX7 A; 1CP9 A; 4YHH B; 3K57 A; 1HNW B; 4JI8 B; 5IJ0 A; 5TIS Z; 1R6T A; 3D3Q A; 2YID A; 1VIB A; 4Z2W A; 1WP8 A; 4UVB A; 3OAA G; 1L0L H; 3OTF A; 2YIA A; 4LFC B; 2X0L A; 4BR6 A; 4OX9 O; 4DUY B; 2QWR B; 4UVA A; 2YI8 A; 4JI8 O; 2H3O A; 3K59 A; 3HR0 A; 5B3S B; 3RYH B; 4J42 A; 2EUL A; 2OTJ V; 3SJA C; 1AI6 A; 1FJG B; 2H94 A; 3K5L A; 3RW0 A; 1K4D C; 4O2A B; 2VQF B; 3CC4 V; 5LGU A; 4WFE A; 1VQN V; 1HNX B; 4LF5 B; 1AJQ A; 3CCM V; 1PP9 H; 4LNU B; 1SQQ H; 2ETN A; 3ABL B; 4DV3 B; 1JPX A; 4FIP C; 1QLE B; 1RM1 B; 2RJZ A; 4LF4 O; 4IYH A; 2WLH A; 3VQY A; 2X6A A; 2QKS A; 3FB5 C; 4HNA A; 5A9G A; 3E86 A; 2EIK B; 1FFX B; 2FML A; 4O4J A; 1SET A; 2QWN B; 5E1A C; 3QO8 A; 1LNQ A; 2DYR B; 2V7Q G; 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1XHZ A; 3MD0 A; 2F4V B; 2P6J A; 4PI0 A; 3STL C; 3D8C A; 1H2N A; 3OTO O; 2A3Q A; 2DJV A; 2WPD G; 1OCC C; 4PJ0 Z; 1AB3 A; 4JI6 B; 2V4D A; 3N2K B; 4FFB B; 1YF2 A; 4DW0 A; 2UUC B; 2LQT A; 4HNA B; 4KP4 A; 3RYC A; 5J2U A; 1IBM O; 4RUF A; 1K33 A; 3K58 A; 2R9I A; 4LF9 O; 3F5T A; 5GON A; 1W0K G; 3CRM A; 5H9C A; 3AEI A; 3J81 N; 3OMN B; 3ZBH A; 4R50 A; 5BMV B; 5L3B A; 4N21 A; 4GYC B; 4X66 B; 1YHQ V; 3QG5 A; 4X66 O; 1O9H A; 4NYK A; 4LF7 B; 4C7U A; 4U3J A; 3WG7 C; 1Q8I A; 2WAM A; 5EZY B; 1YXB A; 1NU1 H; 4PV1 B; 4BW9 A; 4DW1 A; 3JD2 A; 2OT5 A; 1YTF D; 1SS3 A; 3S3X A; 3G67 A; 4JI7 O; 2W6J G; 1IZ3 A; 1Q6U A; 2JRI A; 2BE3 A; 5IWA O; 5IWA B; 1IBK O; 2XAQ A; 4RWU A; 4AHC A; 2YDE A; 1EFR G; 3KKY A; 1F23 A; 4JAA A; 2GHY A; 4CH6 A; 3BY6 A; 3ZHS A; 1BHA A; 2EIJ C; 2JS5 A; 1R73 A; 1HP8 A; 3KCY A; 1XNQ B; 5KHK A; 5IYZ A; 4UCO A; 2KG7 A; 4DR6 B; 3M99 B; 5ITZ A; 2ZIN A; 1GO3 F; 2UUB O; 4FLT A; 3BAB A; 4I7Z B; 3TET A; 5C8Y B; 2UXN A; 5LYJ A; 5B1B B; 3CJH B; 1HNZ B; 5A2Q N; 2UXC B; 4CS4 A; 4AQY O; 1BL8 A; 1JQ0 A; 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