The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
86
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structure length |
86
|
Chain Sequence |
SVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGII
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a bacterial voltage-gated sodium channel pore reveals mechanisms of opening and closing.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal transport
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| source organism |
Magnetococcus marinus
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| molecule keywords |
Ion transport protein
|
| total genus |
30
|
| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RO2 A; 4GX1 A; 2WLN A; 3OR6 C; 3SPI A; 5CBG A; 3ZRS A; 4MVQ A; 3E86 A; 4RAI A; 4G28 B; 3K0D A; 3E8F A; 1OCR C; 4H33 A; 2Q6A A; 1R3J C; 2WLI A; 3OUS A; 5EBL C; 4PDL A; 3FB5 C; 4R7C A; 1XL6 A; 3JYC A; 2WLL B; 2DYS C; 4KFM A; 4PA6 A; 1V55 C; 2BOC C; 2BOB C; 1V54 C; 1ZWI C; 3STZ C; 4RUE A; 2Q69 A; 3T2M A; 4GX2 A; 2ZXW C; 3LUT B; 4UUJ C; 3RBZ A; 3SYO A; 1ORQ C; 1XL4 A; 4ZBM A; 3AG2 C; 4HYO A; 3SPH A; 5EC2 C; 3KG2 A; 4P2Z A; 2WLM A; 3BEH A; 4MVU A; 4XDK A; 3HPL C; 2X6A A; 2NLJ C; 4MW3 A; 2EIK C; 1BL8 A; 3SYC A; 2OCC C; 3K04 A; 2EIM C; 2ITD C; 2Q68 A; 3E8G A; 3GB7 C; 2DWD C; 3T1C A; 2YEV A; 1OCO C; 4MTF A; 5KUK A; 4QNH B; 3LDC A; 4PA7 A; 4GX0 A; 3ABM C; 4F4L A; 1LNQ A; 3LNM B; 1R3K C; 1R3L C; 3LDE A; 4MSW C; 4P30 A; 2P7T C; 1K4C C; 4X88 A; 3E8H A; 4MVS A; 3PJS K; 5EBW C; 4MW8 A; 4LBE C; 4JTC B; 2W0F C; 3UKM A; 2A9H A; 4PA9 A; 4EKW A; 5J9P C; 2QTO A; 3RVZ A; 3IGA C; 3RW0 A; 4QE9 A; 4PDV A; 3F7Y C; 2Q67 A; 4PA4 A; 1QLE C; 1J95 A; 4LP8 A; 4RUF A; 4MTO A; 1G4Y B; 2EIL C; 4G27 B; 1R3I C; 5CBF A; 2A0L A; 2AHZ A; 1OCZ C; 3IFX A; 1P7B A; 2KB1 A; 2WLL A; 3ASO C; 3FB8 C; 3SJQ C; 5B1A C; 4WFH A; 2H8P C; 2IH1 C; 4MS2 A; 2WLH A; 3X2Q C; 4QE7 A; 2IH3 C; 3VOU A; 2A79 B; 4PDR A; 3ABL C; 2X6C A; 3UM7 A; 3OR7 C; 3SPJ A; 5B3S C; 2WLJ A; 4TWK A; 1S5H C; 3FB6 C; 4H37 A; 5IY5 C; 3FB7 C; 3E8B A; 4JTD B; 3TET A; 3SPC A; 3TCU A; 4PA3 A; 3R65 A; 2DYR C; 4MVZ A; 3SPG A; 4P9P A; 4WFF A; 3SYP A; 1KKD A; 5EK0 A; 2K1E A; 1JVM A; 5EBM C; 2EIJ C; 4XDJ A; 5BZB A; 4R50 A; 5EC1 C; 4MVR A; 4JTA B; 3F5W C; 4MTG A; 4J9Y B; 3WG7 C; 4CBC A; 4R8C A; 2WLI B; 3SYA A; 3EFF K; 4X89 A; 5B1B C; 3ABK C; 2AHY A; 2HVK C; 3AG4 C; 2HFE C; 3AG3 C; 3K03 A; 1M56 C; 4HZ3 A; 2X6B A; 3T4Z A; 2HG5 C; 1M57 C; 2DWE C; 4I9W A; 1K4D C; 3STL C; 2WLK A; 2ATK C; 3K08 A; 3F7V C; 4XDL A; 2JK5 C; 4WFG A; 5E1A C; 3ZJZ A; 2EIN C; 4LCU C; 4WFE A; 3E83 A; 4MVO A; 5KUM A; 3RVY A; 4MVM A; 1OCC C; 3K06 A; 3OUF A; 4PDM A; 2ZD9 A; 3E89 A; 4P9O A; 3OGC C; 4DXW A; 2ITC C; 2HVJ C; 2HJF C; 4R6Z A; 3SYQ A; 3T4D A; 2QKS A; 3ASN C; 4GX5 A; 4X8A A; 4BW5 A; 4J9Z B; 3AG1 C; 5CBH A; 3K0G A; 4OXS A; 2R9R B; 3LDD A; 2Y69 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQP V; 4BW9 A; 2GUZ A; 3TGU H; 4DRX A; 3SJA C; 2B1I A; 2EIM B; 1V55 C; 3CCE V; 4JYY A; 4O4H A; 4B3M B; 1H2M A; 3WB2 A; 1XI1 A; 2UXB B; 4PJ0 Z; 3P3P A; 5DED A; 2OCC C; 1YZB A; 4UV8 A; 3CME V; 4JI6 B; 4MTF A; 4QNH B; 1M4U A; 2F66 C; 3TJT A; 2AW9 A; 3W7X A; 3E8H A; 5CB4 A; 1XNR B; 1H8E G; 3LSU A; 4PA9 A; 1U97 A; 3OAA G; 4PDV A; 2P6J A; 1FYJ A; 4LP8 A; 2C2A A; 4LF5 B; 1BZK A; 1PD3 A; 5CBF A; 4JI0 B; 1DF4 A; 2YIA A; 1VQ8 V; 1X4T A; 4BWA A; 5D5Q A; 3HKD B; 4DR1 O; 1MA1 A; 5HFL A; 3JD0 A; 3UCS C; 1XMO O; 1GTO A; 4JTD B; 5KHK A; 2NNU A; 2P67 A; 4ZHQ A; 4B08 A; 2Q0O C; 4IYI A; 2ZM6 B; 1MSD A; 4XDJ A; 3JAT A; 4JYC A; 4PV1 B; 2Q7G A; 3CHX A; 3OT7 A; 3ZHS A; 3JD4 A; 3ZHQ A; 3STL C; 4XBF A; 3TXS A; 1CXZ B; 4KP4 A; 5A2Q N; 5EZY B; 2DN9 A; 5AG2 A; 3HKD A; 3O9O A; 4J7K A; 3JAL B; 2OWO A; 2BCC H; 2BE3 A; 1XDC A; 1M9N A; 5KAF Z; 4DR4 O; 2VQF B; 1SKV A; 3BA8 A; 3CCR V; 3RYF B; 5J2U B; 2LO1 A; 3RN4 A; 4FLX A; 4DV1 O; 2HHH B; 1DGS A; 3OR6 C; 4LFB O; 1NH2 B; 2YXH A; 4NXM O; 2Q73 A; 2CGO A; 5CA1 B; 4PI0 A; 4LF9 O; 1VF5 B; 3FB5 C; 1KC8 W; 2XAG A; 3THO A; 5BXZ A; 2YXY A; 2KSD A; 2N05 A; 1B06 A; 1V54 C; 2ZXW C; 3LUT B; 1ORQ C; 4HYO A; 1K33 A; 2Y4T A; 2EUL A; 2Q9L A; 3DXR B; 1F51 A; 3T1C A; 2YEV A; 3GWO A; 2KKW A; 1VQ7 V; 4X9Q A; 2E5L B; 1L1F A; 4IHJ B; 5J2U A; 3AG2 B; 1SER A; 3CJH A; 2B5U A; 3DTU B; 4UCT A; 2HR3 A; 2GDS A; 2LGW A; 3SR2 C; 2CUG A; 3JAW B; 1SQV H; 2EIL C; 5CA1 A; 1YI2 V; 1D2D A; 2LW7 A; 2UUA B; 1GO3 F; 2KB1 A; 2QGN A; 1W0K G; 1PM9 A; 5FLX N; 2P06 A; 1G6U A; 1RPO A; 2A79 B; 3OR7 C; 2HLD G; 5A9G A; 5LA6 B; 3FB6 C; 3E8B A; 3CC7 V; 1K92 A; 4DR5 B; 1F7Y A; 4IHJ A; 4U7N A; 4YJ2 B; 1LR1 A; 1TAE A; 1NR1 A; 2VWJ A; 5EC1 C; 2O57 A; 4X64 O; 4QPK A; 3ABK C; 3CCL V; 1M56 C; 4TV9 B; 1M1K W; 3HKB B; 3JAW A; 1FFX B; 5LBQ A; 2QTS A; 4LNU B; 5CA3 A; 2Y0I A; 4LCU C; 1WNS A; 5LP6 C; 1ENV A; 4DV6 O; 2XUM A; 4DV3 B; 1IX9 A; 3RFR A; 3T4D A; 1KKC A; 5LA6 A; 2GSM B; 1TUB B; 1VQ5 V; 2JEU A; 1WB7 A; 3FX7 A; 4FM1 A; 3K9S A; 3NXS A; 2UXC O; 3K0D A; 1OCR C; 2XOK G; 3M7M X; 1OHH G; 3ZRX A; 3AK2 A; 4DO2 A; 1ARO P; 1AI5 A; 2PYL A; 3WFV A; 4DR7 B; 1ZWI C; 3CCM V; 3ZMV A; 1NJI W; 1BT8 A; 3RBZ A; 3GVM A; 2AXT Z; 3SPH A; 4X20 B; 4DV5 O; 2OTJ V; 3IAY A; 2FB5 A; 2Q7E A; 4I7Z B; 4YHH B; 4CH4 A; 4PA7 A; 1Z5V A; 1NKD A; 1XUQ A; 1Y76 A; 4MT8 A; 1TUB A; 1N33 B; 4X88 A; 1OJH A; 4UB6 Z; 2LJ2 A; 4AIL C; 2UUC O; 5TIS Z; 3IJ4 A; 2Q67 A; 4RUF A; 1GAX A; 4JF3 A; 1KB9 F; 4G27 B; 1GK9 A; 3S3W A; 4DR2 B; 2QE7 G; 2W6I G; 5LL6 Y; 4DUY B; 4O4J B; 3VBB A; 4WF9 V; 2B9Z A; 1SQF A; 3CPW U; 1Q7Y W; 1NI8 A; 4PA3 A; 3F5T A; 5LGN A; 4J80 A; 2R9A A; 1O9H A; 3CRA A; 1HP8 A; 3FAV A; 5FNV B; 2PI5 A; 4R8C A; 5LP6 B; 5KHJ A; 2UUB O; 2X6B A; 2HG5 C; 2DWE C; 5KA5 A; 1VEW A; 4WFE A; 1AI7 A; 2ZD9 A; 2CAZ C; 4P9O A; 3OGC C; 2EZO A; 1G8M A; 3UQ8 A; 5B1N A; 3BA9 A; 2HVJ C; 3BHP A; 4GX5 A; 3QF7 A; 3RYC A; 4EFE A; 3ABL C; 2DMX A; 3MHS C; 4RAI A; 2PTM A; 3GWK C; 1Q82 W; 3MHH C; 5LP6 A; 2WA3 A; 3P32 A; 4PA6 A; 2DYS C; 1QR8 A; 1FXK A; 3ZN0 A; 1F4M A; 4JYA O; 3QVN A; 4C7U A; 5B66 Z; 4X1Y B; 3QO8 A; 2ITD C; 2XHB A; 2FML A; 5LXT A; 3EHB B; 3JAK B; 3K9A A; 2DQ0 A; 4OPA A; 2ZCE A; 4LF6 B; 2EX3 A; 2ZNI A; 1AI4 A; 1K4C C; 5EBW C; 4X65 O; 1RP3 B; 2QTO A; 4F6R A; 4UVC A; 3CCS V; 1J95 A; 2EJ7 A; 1ZUQ A; 2RQ6 A; 5L3C A; 4GKK O; 3BRC A; 1FJG B; 1N34 O; 1Y4M A; 4D7S A; 3ZRW B; 1NTZ H; 1R6T A; 2PY5 A; 4TUY A; 1AB3 A; 3ETG A; 3CYO A; 2NR5 A; 4JI2 B; 1W2B U; 4H37 A; 1PV0 A; 3Q4H B; 4X1Y A; 4B3T O; 1FAF A; 1V9P A; 2JRI A; 1H8H G; 3SYP A; 3T1Y B; 1QU7 A; 2ARH A; 1PNK A; 4HNA B; 4A5U B; 2JS3 A; 4JAA A; 4MVR A; 3F5W C; 4LF4 B; 2IJK A; 2ZIO A; 4LFA B; 1Q90 D; 4X1I A; 4JI7 O; 2N74 A; 4YY3 O; 3CE2 A; 5CMU A; 1K34 A; 4KUM A; 3RVY A; 4DV2 O; 3BAA A; 1OCC C; 1OV9 A; 3OUF A; 3ZRW A; 2UXD O; 2LFR A; 3OEE G; 1TUE B; 4DXW A; 3SYQ A; 3D3I A; 4BW5 A; 2EJR A; 3AG1 C; 5IYB O; 1NT2 B; 4RO2 A; 4I4T B; 4J41 A; 4HNA A; 2MK3 A; 1GN3 A; 1H38 A; 2IU3 A; 2CK3 G; 4H33 A; 2E3C A; 5J2T B; 2BTQ B; 3A0R A; 5K1X A; 3K5N A; 1ZL8 B; 4Z2W A; 1P49 A; 4RUE A; 2F95 B; 3T2M A; 4J11 A; 4H44 B; 2N04 A; 2Z3Y A; 3G6E V; 3DSQ A; 4FFB B; 4AQY O; 2VS0 A; 2WWW A; 1E1R G; 3MDS A; 3ABM C; 2ZIM A; 2Q8V A; 3CSX A; 3K58 A; 4JI5 B; 5E79 Z; 4I4T A; 2W0F C; 1B3Q A; 3UKM A; 2YI9 A; 3C90 A; 5IWA B; 3B8N A; 4CH6 A; 1BQ0 A; 4OPH A; 2KQX A; 2Y4U A; 1K9M W; 2HJD A; 2AHZ A; 5LHG A; 2BTQ A; 3G6B A; 1SA0 B; 1MAB G; 4QE7 A; 4HBN A; 3CXH F; 2FYU H; 1KQS U; 4YJ3 B; 2ADP A; 3N2K B; 3ABT A; 4WFF A; 3WB1 A; 2F4V O; 5CA0 B; 2OCH A; 3FD9 A; 1XNR O; 3X2Q B; 4DR3 B; 3ML0 A; 4LF8 O; 3WG7 C; 4JV5 B; 4O2B A; 2KG7 B; 1I5Y A; 4TOI A; 5JQG B; 1N4C A; 1M57 C; 3JAM N; 3L75 H; 1SZT A; 2BTO A; 5E1A C; 1XBL A; 1ZX3 A; 3AG1 B; 1BE3 H; 1SA0 A; 2LP7 A; 4ZI7 B; 4DV4 B; 3ZMS A; 4NTX A; 1Y74 B; 5LYJ A; 4D6T H; 1B04 A; 3PN1 A; 3N2K A; 2R72 A; 5BR8 B; 2GTA A; 2Y69 C; 1JA8 A; 5LMU O; 3VQV A; 5CA0 A; 4NB5 A; 4NR1 A; 4B3R O; 2ETN A; 4MVQ A; 5H5N A; 5JCO A; 1S72 V; 4DUZ O; 3LSS A; 2KG7 A; 4PDL A; 1XIL A; 3B77 A; 2YSU B; 5JQG A; 3CXC U; 4G2K A; 2BOB C; 3ABM B; 1TVK B; 1SRY A; 2CTW A; 1QVG U; 4BIO A; 4BAY A; 3K79 A; 4ZI7 A; 1N8R W; 2EIK C; 1HR0 O; 1OCO C; 4JI8 B; 1K97 A; 1WA8 A; 4MVS A; 3TXQ A; 2BSK B; 3M99 B; 4ZOL B; 4E2L A; 3OW2 U; 3W7U A; 4PA4 A; 5GW7 A; 2ILM A; 4I50 B; 2CE4 A; 2A0L A; 1OCZ C; 4U7O A; 3FFQ A; 2IJH A; 4MS2 A; 1T5E A; 3D36 C; 4W4L A; 1VQN V; 4K0K O; 3C3S A; 5IJ0 A; 5KLV H; 1MZF A; 4LFC O; 2ADQ B; 3L70 H; 3SJC C; 3U10 A; 5BZB A; 1PL0 A; 4CBC A; 3RGB A; 5EIB D; 4ZOL A; 3BPZ A; 2AHY A; 1NZ6 A; 4ZKI A; 3CX5 F; 4UB8 Z; 5BMV B; 2UXX A; 4I50 A; 3K3W A; 2ATK C; 4O2A B; 1SQX H; 2Y69 B; 2NN4 A; 3K06 A; 2ODM A; 2P5O A; 2ZE5 A; 3WU2 Z; 4FLU A; 2RNB A; 2JJ2 G; 2QM7 A; 2QWP B; 3FYI B; 4L8J A; 3U11 A; 3ETQ A; 2H3O A; 4E4E A; 1RM1 C; 3OD4 A; 4OXS A; 3I5D A; 4DR6 O; 2HKO A; 3EXA A; 3ASN B; 2L6L A; 2EIK B; 4KHP O; 1P84 F; 5BMV A; 1IBK O; 1X59 A; 3E2E A; 5KHG A; 4O2A A; 1QLN A; 1JQ0 A; 3HKE B; 2XAS A; 3ZHV A; 2YIC A; 2Q68 A; 4DV0 O; 1XQ8 A; 1V55 B; 4QJF B; 3H1H H; 1YCI A; 4GUN A; 1IBL O; 1YDX A; 1WB8 A; 1OCZ B; 2ZDI C; 4EKW A; 5LHI A; 4GYC B; 2OCC B; 1QLE C; 1R3I C; 5EZY A; 2YXL A; 1SZX A; 3J80 N; 2VQE B; 3JAL A; 2UU9 O; 4PDR A; 3RYI B; 4JAS A; 3RYF A; 1YJN V; 5KMG B; 2JGD B; 3HKE A; 1N36 B; 1N33 O; 5KAI Z; 3L73 H; 5EK0 A; 2K1E A; 4TQD A; 4FPP A; 2YS8 A; 4J9Y B; 1S5L Z; 2HVK C; 1PNM A; 1US6 A; 1AIL A; 1WP8 A; 1MG1 A; 1M90 W; 3K08 A; 4DUY O; 4J42 A; 1RM1 B; 2R9I A; 3QTC A; 1UJW B; 1K3E A; 3DXR A; 1JOY A; 3G71 V; 4JPR A; 4TQF A; 1HNW O; 4IT5 A; 1FS0 G; 4DR1 B; 5KMG A; 1IXB A; 1GMG A; 4YIO A; 2JGD A; 1KYO F; 4K35 A; 4JI4 B; 1YF2 A; 1MNG A; 3K0G A; 1XNQ B; 3LDD A; 5GON B; 1XMO B; 4U3F H; 1AR1 B; 3HB3 B; 1FXH A; 1YIT V; 5EBL C; 1R3J C; 4R7C A; 1Q6H A; 3STZ C; 4O4I B; 1VQK V; 3OTF A; 3JAS B; 5D5P A; 1ROP A; 3KG2 A; 5K1P A; 2YIB A; 3JSL A; 1VF6 C; 2AZ0 A; 1HDJ A; 4L87 A; 1V54 B; 4QPJ A; 4YJ2 A; 2QWR B; 2ZXW B; 5ITZ B; 4DR4 B; 5GON A; 2PI4 A; 1N32 O; 4OGQ B; 4DV1 B; 3IGA C; 3RW0 A; 4TV9 A; 3OMN B; 3HKB A; 1FFX A; 2QDO A; 4LFB B; 4IL6 Z; 1KU9 A; 4LNU A; 1VF7 A; 2OIG A; 3N2G B; 4NXM B; 4AHC A; 1VQL V; 5B1A C; 1JFF B; 5LOV B; 1VQ9 V; 4LF9 B; 4AI8 A; 3JAS A; 3VOU A; 3ZHR A; 2EIL B; 4ICG A; 4WFA V; 1H2G A; 2WLJ A; 3CRM A; 2ZDI A; 3TCU A; 3R65 A; 2DYR C; 4NTW A; 2DJV A; 4J10 A; 1I08 A; 4I9Q A; 2UXN A; 5ITZ A; 2EIJ C; 3ZMU A; 2RJZ A; 2JIZ G; 1CP9 A; 5B1B C; 4X62 O; 2Y48 A; 4NYK A; 5FL7 G; 4DK0 A; 4NXN B; 1VMG A; 4TV8 B; 4X20 A; 3AG7 A; 1EBO A; 2JK5 C; 3N2G A; 1BSM A; 2IU0 A; 4CS3 A; 1J5E O; 1TGO A; 4JI1 O; 1K5Q A; 1Q43 A; 3ABK B; 1GN4 A; 1M56 B; 3EVK A; 1HNZ O; 3ZX6 A; 3RWR D; 3ETD A; 4Q6G A; 3BVO A; 1O9G A; 4CC6 A; 3T1H O; 2PUS A; 3RT3 C; 4LWS B; 3DGE A; 4FZ0 A; 4LF4 O; 2ZKO A; 3OTO B; 3KCY A; 1GN6 A; 3CC2 V; 2ZIN A; 2VWK A; 5LGT A; 3CS5 A; 1W0J G; 2ZE8 A; 4O4J A; 4DV7 O; 4X66 B; 1I94 O; 1GKF A; 4GKJ O; 1OCR B; 4LF7 O; 3GB7 C; 3QG5 A; 3VQY A; 1QBZ A; 4QGP A; 5L3B A; 1LNQ A; 5JJE B; 4DV6 B; 5FNV A; 4EFB A; 1K7D A; 3KKY A; 4JTC B; 1HNX O; 2E75 B; 4QE9 A; 1KD1 W; 4LWS A; 4UFZ A; 4EEQ A; 4EB6 B; 1MMM A; 2QWQ B; 2YID A; 4MTO A; 1GH6 A; 1IBM O; 2UXC B; 2GHY A; 3ASO C; 2DYR B; 4FVM A; 4I0X B; 1SET A; 3E35 A; 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