The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
VPATRILLLVLAVIIYGTAGFHFIEGESWTVSLYWTFVTIATVGYGDYSPHTPLGMYFTCTLIVLGIGTFAVAVQRLLEFLI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crucial points within the pore as determinants of K+ channel conductance and gating
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
|
| molecule keywords |
Calcium-gated potassium channel mthK
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| total genus |
30
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-03-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4P2Z A; 2ZD9 A; 3F7Y C; 4PA4 A; 1K4C C; 4HZ3 A; 2X6C A; 3JYC A; 4TWK A; 4R7C A; 1XL4 A; 4MVS A; 3K08 A; 1ZWI C; 4XDK A; 3SPG A; 3E8B A; 4MVR A; 3E86 A; 3EFF K; 3ASN C; 3OR6 C; 2BOB C; 2DWD C; 3OUF A; 3K0G A; 4MS2 A; 3T2M A; 4MTF A; 5IY5 C; 3TCU A; 3HPL C; 2AHZ A; 2DYR C; 2IH3 C; 1OCZ C; 3FB5 C; 4PA9 A; 2WLI B; 3VOU A; 1QLE C; 2AHY A; 2DYS C; 4MVO A; 4PDL A; 5EBM C; 3LDD A; 3E8G A; 3AG3 C; 3FB6 C; 2W0F C; 2K1E A; 4PDR A; 2WLK A; 4JTC B; 4JTA B; 1JVM A; 1R3J C; 2Y69 C; 2A79 B; 4PDM A; 4RAI A; 4H33 A; 2EIM C; 1G4Y B; 5B1A C; 2DWE C; 2P7T C; 3FB7 C; 2Q67 A; 4XDL A; 3R65 A; 3K06 A; 3E83 A; 4WFE A; 4P9P A; 4R50 A; 3SPI A; 2WLI A; 3OR7 C; 2ATK C; 4KFM A; 4OXS A; 1ORQ C; 3GB7 C; 4LBE C; 1J95 A; 3STZ C; 4GX5 A; 1R3I C; 4RUE A; 4EKW A; 1OCC C; 2WLH A; 3PJS K; 2Q68 A; 2WLL A; 3STL C; 1M57 C; 5KUK A; 2X6B A; 2KB1 A; 4MTG A; 3LUT B; 5EK0 A; 1V55 C; 4J9Y B; 5EC1 C; 2A0L A; 4XDJ A; 3F7V C; 1OCO C; 3ABL C; 5E1A C; 2EIL C; 3RW0 A; 3SYP A; 3SYQ A; 4MVM A; 3ZRS A; 4PA7 A; 3LDE A; 1LNQ A; 4GX2 A; 1V54 C; 2ZXW C; 4X89 A; 2WLL B; 2EIN C; 4MTO A; 4R6Z A; 4MSW C; 3SPC A; 5B1B C; 5BZB A; 3UM7 A; 4RO2 A; 3SYA A; 1K4D C; 4CBC A; 1R3L C; 5CBH A; 3T1C A; 4MVZ A; 2H8P C; 3ASO C; 3K03 A; 4ZBM A; 3E89 A; 3KG2 A; 2QTO A; 3LDC A; 4LP8 A; 2ITC C; 4X8A A; 3UKM A; 2X6A A; 4F4L A; 3IFX A; 4GX0 A; 4PDV A; 4P30 A; 2EIK C; 4MVU A; 3ABK C; 3SJQ C; 2ITD C; 2WLM A; 3F5W C; 3SYO A; 1KKD A; 3AG1 C; 4UUJ C; 2OCC C; 2Q69 A; 3SPH A; 3AG4 C; 3K04 A; 5CBF A; 2HG5 C; 3T4Z A; 4DXW A; 1OCR C; 4GX1 A; 3ZJZ A; 3E8F A; 1BL8 A; 3E8H A; 4HYO A; 4J9Z B; 4LCU C; 3IGA C; 3RVZ A; 3LNM B; 2QKS A; 1S5H C; 4JTD B; 4X88 A; 4WFH A; 3SYC A; 5CBG A; 2R9R B; 3AG2 C; 1XL6 A; 2HVK C; 5EC2 C; 4PA6 A; 2HFE C; 4MVQ A; 4MW8 A; 3X2Q C; 2HJF C; 1R3K C; 3RVY A; 1M56 C; 2NLJ C; 4WFG A; 3TET A; 2HVJ C; 4PA3 A; 4P9O A; 4RUF A; 5EBL C; 5EBW C; 5J9P C; 3SPJ A; 2BOC C; 4H37 A; 3BEH A; 5KUM A; 5B3S C; 2A9H A; 2YEV A; 4BW5 A; 4G28 B; 3K0D A; 3OGC C; 4MW3 A; 2WLJ A; 2EIJ C; 2Q6A A; 2WLN A; 4QE7 A; 3ABM C; 2JK5 C; 4WFF A; 2IH1 C; 4QE9 A; 3FB8 C; 4R8C A; 3RBZ A; 1P7B A; 4G27 B; 3T4D A; 3WG7 C; 4QNH B; 4I9W A; 3OUS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TUE B; 1US6 A; 4JI2 B; 4DR6 B; 3MDS A; 2BOB C; 2Z3Y A; 1N4C A; 4J41 A; 3N2K B; 2DYR C; 1OCZ C; 5DED A; 2AHY A; 3JCU Z; 2LGQ A; 3T1Y B; 3CC2 V; 3E8G A; 3L73 H; 5J2U A; 3BA9 A; 1NH2 B; 1Q5O A; 3K9S A; 5IYB O; 5B1N A; 1EZV H; 2Q67 A; 4O4I A; 5LOV A; 3K9A A; 2Y4U A; 4LC1 A; 1OCR B; 2QGN A; 2FKX A; 3AG2 B; 4IIJ B; 4GKK O; 5B66 Z; 4IHJ A; 4DW1 A; 3CCV V; 4JI4 B; 3UT5 A; 3SYQ A; 4LFA O; 1URF A; 4W4L A; 1PNK A; 4TV8 A; 4DV4 B; 5IJ9 A; 2L35 A; 1GN6 A; 3ABU A; 3SPC A; 4D7T A; 5CBH A; 3K5M A; 4MVZ A; 1HNX O; 1H2K A; 2GV9 A; 4O4J B; 2F4V O; 5CN0 A; 5H2F Z; 1ROP A; 5LA6 A; 3SPH A; 1DF4 A; 4WBN A; 1NTZ H; 2HP8 A; 3FAV B; 1YIT V; 4J9Z B; 1YTF B; 3N27 A; 3AK2 A; 3JD2 A; 4J42 A; 2HVK C; 5K1P A; 2M7W A; 4FM0 A; 1R3K C; 2ZE5 A; 1EN6 A; 1L0L H; 5EBL C; 4YHH O; 2ZE6 A; 4LH7 A; 1Y4M A; 2YDE A; 4C7U A; 5HFL A; 2Q5Z A; 1YF2 A; 3RWR D; 3OE7 G; 4JYB A; 4J80 A; 4X1Y A; 2Y4T A; 1IUR A; 1BS3 A; 4JI3 B; 3FX7 A; 1VQ8 V; 5LYJ A; 3CPW U; 3QO7 A; 1AR1 B; 3SGI A; 4DR3 O; 3RYF A; 1SES A; 3CEI A; 5GON B; 4DV3 O; 3RN4 A; 2P22 C; 2VQE O; 1YHQ V; 1EM1 A; 4FM1 A; 2Q9L A; 3ZED A; 3N2G A; 3VOU A; 3B8N A; 2P67 A; 1QLE C; 3ASO B; 4DR2 O; 1VQ5 V; 1H38 A; 4FFB B; 2QJ1 A; 2RDC A; 2Y69 C; 3K79 A; 4RAI A; 4NXN B; 1YJN V; 2GBO A; 1E79 G; 2XUM A; 3FB7 C; 3I5D A; 4R50 A; 4DV5 B; 4LBE C; 1FKA O; 2GSM B; 1KKC A; 2WLL A; 1BSM A; 2LFR A; 5H5N A; 2LP7 A; 5GTH Z; 4GX2 A; 1V54 C; 3A8T A; 4LF8 B; 5EZY B; 4JPR A; 4CH3 A; 5B1B C; 4WF9 V; 1MAB G; 3IC7 A; 2IJJ A; 2QTO A; 1VF6 A; 2Q7E A; 1SQF A; 3LNN A; 1FXH A; 2EBO A; 2EJ7 A; 2AW9 A; 4BWA A; 3DXR A; 4JYA O; 2F66 C; 4GX1 A; 2Q7G A; 4OGQ B; 2QKS A; 1B06 A; 5KX5 A; 1XUQ A; 3RYC B; 1SA0 A; 4HNA A; 1NQT A; 3M8A A; 2CH7 A; 3ZX6 A; 3QVN A; 1WA8 A; 3IAY A; 1PKX A; 4RUF A; 3CXC U; 1NTM H; 4H37 A; 5KUM A; 1RM1 C; 1XDC A; 1IBL O; 1MG1 A; 4UVB A; 3WB0 A; 3OT7 A; 2V7Q G; 1H2M A; 4LWS A; 1JMK C; 4UXN A; 3ETG A; 4Z1M G; 4K35 A; 4TWK A; 1Q90 D; 2ZD9 A; 2Q8V A; 1PPJ H; 3BHP A; 3ZHS A; 2X6C A; 2QKC A; 4UCR A; 4MVS A; 3AG3 B; 3SJA C; 2UUB B; 1LUV A; 1K3E A; 2YS8 A; 5D5Q A; 4X1K B; 1TA8 A; 2IJK A; 4PD4 F; 4MTF A; 4PJ0 Z; 2C2A A; 1B04 A; 2WLI B; 5EYP A; 2F43 G; 4GKJ B; 3IC9 A; 4JI0 B; 4MT8 A; 4JZ2 A; 1I7F A; 3HKE A; 4E4E A; 4FLX A; 1XNR B; 4H33 A; 4CS2 A; 1N32 B; 4QIW F; 1COW G; 3JAM N; 3AG1 B; 3AG4 B; 3T1H O; 4O4H A; 3C3S A; 4FK5 C; 1Y74 A; 4LF5 O; 3JSL A; 1MA1 A; 4DR7 O; 2NN4 A; 3CRQ A; 4FLY A; 1PNM A; 5EK0 A; 2YID A; 5JWP A; 2WAM A; 4DV1 O; 1CP9 A; 3HKC A; 2UXN A; 2E74 B; 1M93 A; 4DR1 B; 4JI5 O; 1IDS A; 2UXC B; 4ZBM A; 3MD0 A; 2ZR2 A; 4I0X B; 1J5E B; 1G1X B; 2ETN A; 4X8A A; 3WG7 B; 1ZUQ A; 2ITD C; 3ZHT A; 4NXM O; 3ZMU A; 3CCJ V; 1OCR C; 4DUZ O; 1BQ0 A; 2WA3 A; 4GYC B; 1KBH A; 3AG2 C; 3E2E A; 2PI4 A; 3BAB A; 1AI6 A; 3K5L A; 5IYZ A; 3ZMV A; 4NYK A; 5EBW C; 2FTK A; 2BOC C; 3JAT A; 4TT3 G; 1XEQ A; 3BEH A; 4FVM A; 5B5E Z; 1HP8 A; 1PL0 A; 3SR2 C; 4MW3 A; 2NNU A; 3BVO A; 4FFK A; 1AIL A; 3E35 A; 4JI3 O; 1R6N A; 3RFR A; 1MSD A; 3F7Y C; 4NVP A; 1JJ2 U; 3ABL B; 2EIL B; 3BPZ A; 3E86 A; 4LF4 O; 1W0K G; 3T2M A; 1BHA A; 2IM9 A; 4PHZ A; 1Y66 A; 1RSO B; 3CD6 V; 2CGO A; 2RNB A; 1H2G A; 4I5S A; 4DV6 B; 1G4Y B; 3J80 N; 2P7T C; 2FB5 A; 2OCC B; 3HR0 A; 2V1D A; 1OJH A; 3OR7 C; 2RMK B; 4JZG A; 2JEX A; 2UUC O; 2X6B A; 1ZX3 A; 5EC1 C; 4ZHQ A; 2RCV A; 3ZHR A; 1AJQ A; 4B3S O; 3VQY A; 1XBL A; 2BSK B; 5LHI A; 3OTO O; 1T5E A; 2LW7 A; 3ASO C; 4LP8 A; 1EN4 A; 1CEZ A; 2QM7 A; 4GX0 A; 4ZIB A; 3OEE G; 2R70 A; 4JI6 O; 3JAK B; 1KC8 W; 1IBM O; 4Z1V A; 2UXD O; 2K9P A; 3CRA A; 2GUZ B; 4UFZ A; 2A06 H; 1YI2 V; 4WFH A; 2Y0P A; 4X66 O; 4J7Z A; 5CBG A; 3JAR A; 2R9R B; 3CHX A; 2EUL A; 3W7W A; 4DO2 A; 5EC2 C; 4G2K A; 3CCL V; 2UXX A; 5JVD B; 4AIL C; 5LMN O; 2B1G A; 2VRZ A; 1GAX A; 2KG7 B; 2DQ3 A; 4CZZ A; 2QEX V; 5C93 A; 1HW7 A; 1VMG A; 1QLN A; 1HNW B; 3TK1 A; 2DOS A; 3K0D A; 2ZKO A; 4QE7 A; 3BA8 A; 3RGB A; 1P49 A; 1KMI Z; 3G4S V; 4U7N A; 3HKD A; 1BMF G; 1VF5 B; 3CRC A; 4Q6G A; 5IE9 A; 3JAW B; 2VWK A; 5BY1 A; 1IBK B; 2ZT9 B; 2QA4 V; 1FXK B; 1IXM A; 1I08 A; 2R9A A; 4PI0 A; 4U7O A; 3P30 A; 1L8D A; 4GKJ O; 3JAL A; 2Q73 A; 4JI0 O; 2FYU H; 2Q0O C; 4JAS A; 1UPG A; 2XAJ A; 4L8J A; 3ZRV A; 1XNR O; 1O9H A; 1S72 V; 5KMG B; 3OGI B; 3P3N A; 1N34 O; 2ATK C; 2EZO A; 4RUE A; 5B1B B; 4MTG A; 1XOU A; 4DR1 O; 1M56 B; 1GM8 A; 2AGA A; 4R6Z A; 3G71 V; 2QE7 G; 2VS0 A; 1Q6H A; 2IBZ H; 5ITZ B; 5FNV B; 3JAS B; 2XT9 A; 3LDC A; 4I4T B; 3UQ8 A; 1LUW A; 4JI8 B; 1QHT A; 4I7Z B; 1Y76 A; 1Q3E A; 5EIB D; 1KKD A; 3AG1 C; 2JVD A; 3AG4 C; 1IZ3 A; 5C8Y A; 1QU7 A; 2HG5 C; 1SQB H; 5CA3 A; 4TQD A; 5HFM A; 1BL8 A; 4JGS A; 3E8H A; 3GWK C; 3Q4H A; 3RYI A; 4E2L A; 4WCE V; 4DK0 A; 1K5S A; 2ZR3 A; 5LP6 B; 5J2T B; 4DYL A; 1S77 D; 1NR1 A; 2EIM B; 3FD9 A; 3H1H H; 4DR5 B; 2Q6A A; 1TUB A; 2WLN A; 5AG2 A; 2JK5 C; 3TGU H; 1SQP H; 1VQL V; 5BMV B; 2QM8 A; 4FLW A; 4IYI A; 3KZI Z; 1HWY A; 2ZE7 A; 4G27 B; 2D2C B; 3WG7 C; 2HEP A; 3G80 A; 5J2U B; 1YJW V; 5KHH A; 4NKG B; 4QGP A; 4MVR A; 4J7K A; 5CMU A; 4PI2 A; 1VAR A; 3ZHQ A; 2W0F C; 4X65 B; 2ZNI A; 4O2B A; 1NT2 B; 3VQX A; 1FPO A; 4EFB A; 2XAF A; 3O65 A; 2UXB O; 2P4V A; 4TV8 B; 5DEC A; 5IYD O; 1R6K A; 3D36 C; 5IYC O; 1R3I C; 5L3C A; 1KD1 W; 4DUY B; 2LW1 A; 5JH7 A; 2E5L B; 1GTO A; 3ABL C; 4H44 B; 3APQ A; 2EIL C; 4TQF A; 4D7S A; 3LDE A; 4BR6 A; 2P4K A; 5LA6 B; 3SJC C; 2OT5 A; 3E22 B; 3C90 A; 1I94 B; 3H1K H; 2X7R B; 1XMO B; 1ZSP A; 3DTU B; 3B8M A; 5LBQ A; 1TVK A; 4W4K A; 3D8C A; 2RN9 A; 4X62 B; 1S3J A; 3SJQ C; 4NR1 A; 1SER A; 2GTS A; 2OCC C; 2YIB D; 4JYC A; 5CBF A; 3CMA V; 3ZJZ A; 4I9Q A; 3E8F A; 2JJ1 G; 3ASN B; 4K8Z A; 3HB3 B; 4CS3 A; 2UUA B; 1AJP A; 2DYS B; 3L72 H; 2B5U A; 3CCU V; 4PA3 A; 3L75 H; 1HNW O; 2LGW A; 3ZN1 A; 1NVP D; 1SS3 A; 1GO3 F; 3MHS C; 2QKA A; 3OGC C; 1DGS A; 4B7E A; 2OTL V; 2P5O A; 1IBK O; 3N2G B; 2W0X A; 1WP8 A; 5JJE B; 1M57 B; 4F6R B; 1A32 A; 1K4C C; 2F95 B; 3N2K A; 3OFN G; 2PI5 A; 1W0J G; 1VQK V; 3OR6 C; 3THO A; 4LF9 O; 5KHI A; 1KU9 A; 1TGO A; 3ZRW B; 5CB4 A; 1S0V A; 2WLK A; 4JTA B; 1M5I A; 2PY5 A; 4JI7 B; 1M4U A; 2CGN A; 3I56 V; 4OX9 O; 4IIJ A; 4UV8 A; 1R1B A; 2JEU A; 1AI5 A; 1KP2 A; 1NJI W; 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1XI1 A; 2FL4 A; 4BIO A; 4X89 A; 4JV5 B; 3RYH A; 1XMO O; 3HKB B; 4I50 B; 4K8X A; 4CBC A; 4AQY B; 1Y67 A; 1ENV A; 2Q4P A; 2OCH A; 4JI1 B; 1VF7 A; 1G8M A; 1VQ4 V; 5JJN B; 1NS1 A; 1NH2 D; 4JI4 O; 4B3T B; 4AHC A; 1OV9 A; 3H1I H; 3K04 A; 4U3J B; 4TV9 B; 4NTY A; 4DXW A; 3JAT B; 4DV4 O; 4HAM A; 5IT9 N; 2YI9 A; 2AZ2 A; 1NKD A; 2QTS A; 3CJH A; 4PA6 A; 2QWN B; 1KEC A; 1SQX H; 2HHH B; 4WFG A; 4U3F H; 3QG5 A; 1PD3 A; 1KB9 F; 4DK1 A; 2YIA A; 4O4L A; 5KA6 A; 3ABT A; 2JS3 A; 2KKW A; 3RBZ A; 3CCE V; 4P2Z A; 2IJH A; 2JGD B; 1D2D A; 4X64 B; 1AJN A; 3ASN C; 3OUF A; 2R72 A; 5E79 Z; 2WPD G; 3FB5 C; 1YTF D; 1IXB A; 2DYS C; 4MVO A; 1FFX A; 2QR4 A; 4PDR A; 2QWO B; 2ZDI A; 3DC6 A; 4JI7 O; 1R3J C; 3TXS A; 4ZHQ B; 1JOY A; 2XAG A; 1Y6X A; 3ZBH A; 1WN7 A; 3K06 A; 1V9P A; 1XQ8 A; 3QNE A; 4QPK A; 3W7S A; 1M57 C; 3KKY A; 2KB1 A; 3LUT B; 3G6B A; 4LFC B; 4XDJ A; 3F7V C; 1SQV H; 5BR8 B; 4LFB B; 4NXN O; 1JFF B; 3CSX A; 4GT1 A; 3ABM B; 4DV5 O; 3M99 B; 1K92 A; 4YY3 B; 1EBO A; 3EVK A; 4DW0 A; 1N0N A; 5LGN A; 2L6L A; 2UU9 B; 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