The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
78
|
structure length |
78
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Chain Sequence |
b'GSSGSSGDYYEILGVSRGASDEDLKKAYRRLALKFHPDKNHAPGATEAFKAIGTAYAVLSNPEKRKQYDQFGSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of J-domain from human DnaJ subfamily B menber 12
rcsb |
| molecule keywords |
DnaJ homolog subfamily B member 12
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Chaperone
|
| total genus |
20
|
| structure length |
78
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| sequence length |
78
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00226 | DnaJ | DnaJ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | DnaJ domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CTW A; 1GH6 A; 2GUZ A; 3AG7 A; 1WJZ A; 1NZ6 A; 2CTP A; 2QWO B; 2CTQ A; 2YUA A; 2QWQ B; 2M6Y A; 1BQZ A; 2DN9 A; 2YS8 A; 1HDJ A; 3UO3 A; 1N4C A; 2QWN B; 2LGW A; 2L6L A; 2DMX A; 1BQ0 A; 2CUG A; 3APQ A; 4RWU A; 4J7Z A; 2N04 A; 3APO A; 2GUZ B; 2N05 A; 1IUR A; 3BVO A; 4J80 A; 2QWR B; 2Y4U A; 2Y4T A; 3UO2 A; 2LO1 A; 2EJ7 A; 2QWP B; 3UCS C; 2QSA A; 2OCH A; 1FAF A; 2CTR A; 1XBL A; 2KQX A; 2PF4 E; 1FPO A; 4IT5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AXT Z; 3JAK B; 1BQZ A; 2RNB A; 2HP8 A; 5EIB C; 1N36 O; 3CC2 V; 1FXK C; 1VF5 B; 4EB6 B; 1P7G A; 3B77 A; 2IM9 A; 2P67 A; 1R73 A; 3EVK A; 2BE3 A; 3CSX A; 1YHQ V; 5CB4 B; 2LFR A; 2QWR B; 1AR1 B; 1S76 D; 3JAL B; 2F93 B; 4LF9 O; 2KB1 A; 2FB5 A; 2PGG A; 1WPX A; 1XDC A; 5LMN O; 1IVS A; 4O4H A; 5E1A C; 2ZDI A; 3QO8 A; 3CRQ A; 1KEC A; 1XI1 A; 1YXB A; 2ZR3 A; 1QHT A; 1K73 W; 3VQW A; 2A0L A; 1FS0 G; 5IWA O; 3K3W A; 1VQ5 V; 3TXS A; 3RYC A; 3AG1 B; 4LF5 B; 4KFM A; 4L8J A; 4UCT A; 1CEZ A; 3BEH A; 5BY1 A; 2Y4U A; 4FK5 C; 2EX3 A; 4DV5 B; 4I50 B; 1VQ6 V; 3B8N A; 1FYJ A; 5GON B; 1K5Q A; 1QU7 A; 3B40 A; 2E75 B; 4QIW F; 2FYU H; 4B3T O; 1SZT A; 1KQS U; 1QLE B; 1G6U A; 4HAM A; 2ZE8 A; 4X9Q A; 4MW3 A; 3ETG A; 3OUS A; 5LGN A; 4GX0 A; 2EIL C; 2CE4 A; 1SES A; 4KL1 A; 1TUB B; 5EK0 A; 2B1G A; 1NR1 A; 1VQ4 V; 1CXZ B; 4P2Z A; 4TSF G; 3ASO C; 1XQ8 A; 3OR6 C; 3JCZ A; 3SJA C; 1NH2 B; 1XIL A; 2QTO A; 2OIG A; 1K3E A; 1YTF B; 2PZS A; 1I5X A; 2QM7 A; 2Z5U A; 3H1H H; 3O65 A; 3QG5 A; 1ZL8 B; 3ZN1 A; 1DGS A; 5EZY A; 2Z0A A; 3CP1 A; 3N2K A; 5EBW C; 3LNM B; 4PJ0 Z; 3ABT A; 3FYE B; 3P32 A; 2AGA A; 3SYP A; 5ITZ A; 2V7Q G; 4ZI7 A; 2UUC B; 4LF5 O; 3SR2 C; 2A06 H; 4QGP A; 4JGS A; 2ITD C; 4X1I A; 3JAT A; 4CC6 A; 2GBO A; 4DV5 O; 2OWO A; 4NYK A; 1G8M A; 1QVF U; 1EZV H; 1OJH A; 3S3W A; 4ZIB A; 3DGE A; 1J95 A; 1L0L H; 3WB1 A; 1HW7 A; 2QTS A; 5KHH A; 3E83 A; 3H1I H; 5FNV A; 4K8X A; 2WLH A; 3K0D A; 2YXH A; 4XDK A; 5IDJ A; 2GHY A; 3BA8 A; 4FMT A; 4YY3 B; 3T1H O; 1Y66 A; 3OW2 U; 1SC5 B; 3T2M A; 2F4V B; 2EIM C; 4IIJ A; 4CS4 A; 3D3Q A; 4GX1 A; 1AVM A; 3ZS8 C; 1HP8 A; 1F4M A; 4AIL C; 4LP8 A; 4MSW C; 5KHG A; 2QGN A; 1O9G A; 3GVM A; 4NTX A; 5KHI A; 1PM9 A; 1YJ9 V; 2QR4 A; 3K59 A; 4LNU A; 1Q3E A; 4WFE A; 4FZ1 A; 1YF2 A; 4IL6 Z; 2WAM A; 1N33 O; 3GWO A; 4O4J A; 2PTM A; 1AJN A; 1SER A; 4G28 B; 3C3S A; 4DW0 A; 2CDY A; 3ETQ A; 5IE9 A; 4X1Y B; 3M8A A; 3CCS V; 3ZHU A; 2R9R B; 4EFB A; 3TJT A; 3JAK A; 5KX5 B; 5KAF Z; 2ZIN A; 3P30 A; 1R3K C; 2JEU A; 3AK2 A; 1BZK A; 5KUM A; 4DV4 B; 1RP3 B; 1WB8 A; 1DF4 A; 4DK0 A; 5IY5 C; 4OX9 O; 1OCZ B; 4DW1 A; 4R8C A; 2E5L O; 1RPO A; 3SPG A; 2YID A; 1GTO A; 3OAA G; 1AJP A; 3KZI Z; 5CB4 A; 3JAL A; 2CGO A; 4UB8 Z; 2X7R B; 2XAH A; 2ZE5 A; 4GCZ A; 3JCU Z; 1FJG B; 3SPJ A; 3APO A; 2VS0 A; 4YY3 O; 4JI6 B; 1W0J G; 1VAR A; 4UB6 Z; 2P4K A; 2F4V O; 4GKK B; 2EIK C; 4UVA A; 2LW7 A; 2EBO A; 1KB9 F; 2JRI A; 2XTA A; 5LYJ B; 1VIB A; 1L1F A; 1YJN V; 3ETD A; 2BCC H; 4DR3 B; 4DUZ B; 2DE0 X; 4I50 A; 3E8G A; 3HKE B; 1G1X B; 3IFX A; 2ZKO A; 4JPR A; 5B1A B; 2WWW A; 5GON A; 1ORQ C; 4GKJ B; 4KHP O; 4U3F H; 4X62 O; 5A2Q N; 5H2F Z; 3K57 A; 3FD9 A; 4O2B B; 3W7X A; 3ZMV A; 1MSW D; 3L72 H; 3HPL C; 3LSS A; 3UT5 B; 3VQX A; 1FFX B; 4RO2 A; 1XMQ O; 2XAS A; 1SA0 B; 3RGB A; 4E4E A; 1TUB A; 4BIO A; 4LH7 A; 1NBM G; 4AQY B; 3ZHT A; 4UCO A; 1DF5 A; 1E1R G; 1QR9 A; 4DV4 O; 1MNG A; 2QEX V; 1IZ3 A; 2EIN B; 3CRR A; 1JA8 A; 4DV3 B; 1WA8 B; 4DXW A; 3RWR D; 4JYA B; 4N23 A; 5FPO A; 3B2E E; 4GX2 A; 1M1K W; 3OMN B; 2JDI G; 3W7T A; 3JD3 A; 3W7W A; 1JOY A; 2QWQ B; 1FJG O; 1ZL8 A; 1I94 B; 3T4Z A; 2LFS A; 1W0K G; 2UXN A; 4WFH A; 2Q67 A; 1M57 B; 2Q8V A; 2ZD9 A; 4PDM A; 2BOC C; 4PD4 F; 2CAZ C; 4WFA V; 2JS3 A; 3ETE A; 5JVD B; 1BT8 A; 1R3I C; 1D2D A; 3CRA A; 4DR3 O; 3I5D A; 1YIJ V; 1NT2 B; 3QO5 A; 1R6T A; 2L35 A; 3I56 V; 2WLI B; 5B1O A; 2DYR C; 2ODM A; 1GN4 A; 5DED A; 2AHZ A; 2R72 A; 3J80 N; 3ZBH A; 3JD2 A; 4FLW A; 4PI2 A; 3BRC A; 5LGU A; 2VRZ A; 4JTD B; 3CRC A; 2UXB O; 3JAR B; 2W0F C; 4JI8 B; 1DTO A; 4AQY O; 4W4K A; 2ZE7 A; 3SPH A; 1VQ9 V; 4JTC B; 1IBM O; 1GKF A; 4JYA O; 3T4D A; 4LFB B; 5EYP B; 5L3B A; 3H9V A; 2UU9 B; 3QTC A; 1VF6 A; 2CK3 G; 1GO3 F; 2H8P C; 1GN6 A; 2M6Y A; 3U10 A; 4LFA O; 3CCQ V; 4JI1 O; 3G6E V; 5H6R A; 2N05 A; 4LF7 O; 4J42 A; 2F95 B; 4NVP A; 1B3Q A; 3SGI A; 3OE7 G; 1R6K A; 3UO2 A; 4X1Y A; 2RN9 A; 3F7V C; 3EXA A; 4JV5 B; 4I7Z B; 2VWJ A; 5KX5 A; 4TV9 A; 5BXZ A; 3CE2 A; 3ZMT A; 3GB7 C; 2ZNJ A; 2YIB A; 3SPC A; 2MK3 A; 5CA1 B; 4YIP A; 4K0K B; 3ZRX A; 5JCO C; 1IXB A; 4I55 B; 1FAF A; 1YCI A; 4MT8 A; 3OEE G; 4TV8 A; 1OCC B; 1XMO O; 3OFN G; 1OCO B; 2YS8 A; 3E86 A; 1N4C A; 3ZJZ A; 5LYJ A; 2HJF C; 4ICG A; 2DYS C; 4LFB O; 3BVO A; 2EIJ B; 3J7A U; 3E8F A; 5D5Q A; 2UU9 O; 5EC1 C; 1P4R A; 5LXT B; 3IC9 A; 3HKE A; 4NKG B; 1YEW A; 3CHX A; 2Y0P A; 3ABK C; 2ADP A; 3FB5 C; 2IJK A; 1IBL B; 1NTM H; 1OCR C; 5EZY B; 3UT5 A; 3JD0 A; 4PI0 A; 2ZIM A; 3FFQ A; 2IW5 A; 4J7Z A; 2HHH O; 3C3T A; 2QKA A; 1MAB G; 1JMK C; 1K4D C; 3E89 A; 1SA0 A; 1Q6U A; 1R3J C; 4FLY A; 1FXV A; 2EJR A; 4X1I B; 3ZN0 A; 2ADQ B; 1S3J A; 5A9G A; 3G6B A; 1JFF B; 4JI0 O; 4MVZ A; 1JVM A; 3AEI A; 1BCC H; 2DOS A; 4PDV A; 3ZHV A; 4K0K O; 4RWU A; 1WA8 A; 3W7U A; 1TGO A; 2X6B A; 3GWK C; 1XBL A; 1K9M W; 2CTW A; 4LF9 B; 4IYH A; 5AG2 A; 3SDL A; 5CA3 A; 3KCY A; 4IYI A; 4D6T H; 5K1P A; 5JVD A; 5IWA B; 1EFR G; 2RMK B; 5KMG B; 1LNQ A; 2E3C A; 1U97 A; 2WLI A; 3JD1 A; 1SS3 A; 1Z5V A; 4BAY A; 4DV6 O; 3AG3 C; 1NH2 D; 1MZE A; 1GMG A; 1YTF D; 1IBL O; 3K08 A; 4PA6 A; 1B04 A; 3B8M A; 1GH6 A; 3E8B A; 4YXW G; 2V1D A; 1BMF G; 1ZAU A; 5CBG A; 2JK5 C; 2ZCE A; 3CCE V; 3JAR A; 5LOV A; 1SQX H; 3THO A; 3CJH A; 1NKD A; 3OMI B; 2DWD C; 3IJ4 A; 1M56 B; 3AK3 A; 4DV0 B; 1WLE A; 2XT9 A; 4PA3 A; 1RSO B; 3LDC A; 3P3P A; 5EYP A; 4OPH A; 4WCE V; 3VBB A; 3K5L A; 2HEP A; 1M9N A; 1KUQ A; 1KP3 A; 4FLX A; 2LGQ A; 3S3X A; 4MTO A; 1CP9 A; 1SF9 A; 4LCU C; 3CCL V; 4WFG A; 1NTK H; 1KYO F; 2N74 A; 4JAA A; 4UV8 A; 1FXK B; 3WG7 C; 3FB7 C; 3MDS A; 4J10 A; 2PY5 A; 5CMU A; 2FL4 A; 4NXM O; 2P6J A; 2VWK A; 4NTW A; 4H37 A; 4RUE A; 4L87 A; 1JCH A; 1ZTE A; 3N27 A; 4JYC A; 1HNZ B; 4DR2 B; 5CA1 A; 3KKY A; 3K04 A; 4FLT A; 1X4T A; 3ZMU A; 2DN9 A; 4ASU G; 1XUQ A; 2IH1 C; 3E2E A; 4I55 A; 1VQ7 V; 3JAS B; 2LW1 A; 4G2K A; 4MTG A; 5C8Y B; 4DV0 O; 1D5A A; 1A32 A; 1V9P A; 1L8D A; 4H0L B; 1PKX A; 2CTP A; 3L74 H; 4CH4 A; 3T1H B; 1Q82 W; 1OV9 A; 4X20 B; 4JI2 B; 3BCC H; 5B1B C; 5JCO A; 5LXT A; 4WFB V; 5L3F A; 4HNA B; 1LUW A; 2QJ1 A; 4UFZ A; 1IUR A; 2YXY A; 5FPR A; 1P84 F; 5E79 Z; 2EIL B; 4MTX A; 3RVZ A; 4BWA A; 3CB2 A; 2PYJ A; 3A8T A; 2E74 B; 3TCU A; 1K8A W; 4F6E A; 2QWO B; 3CC7 V; 4FM0 A; 1N33 B; 3ASO B; 2LP7 A; 1KKD A; 4YHH B; 3K9S A; 5CA0 B; 1JFF A; 2PI4 A; 1HNZ O; 4XBF A; 4DR2 O; 1SRY A; 4JZG A; 4OX9 B; 1NU1 H; 2E5L B; 1AB3 A; 1XOU A; 2IJH A; 1MZF A; 1F23 A; 2R9I A; 3H1K H; 4RQF A; 3EFF K; 4E2L A; 3G4S V; 3OMA B; 2QDO A; 2QWP B; 3L9D A; 4UVB A; 3FAV B; 2F1M A; 1N34 O; 1VMG A; 4Z1V A; 4JI2 O; 1XNR B; 4P30 A; 5KMG A; 5DEC A; 2LJ2 A; 1IDS A; 2PYL A; 1ARO P; 2WLL B; 1Y6X A; 1VQM V; 3D36 C; 1S72 V; 3R66 A; 3K79 A; 1BHA A; 1SQV H; 1I08 A; 4JI5 O; 4KHP B; 4X62 B; 2NLJ C; 1FPO A; 2Q6A A; 2P90 A; 4GZR B; 5FLX N; 3MHS C; 2Z3Y A; 4TUY B; 2EIM B; 4YHH O; 2RDC A; 1XMQ B; 4MS2 A; 3JD4 A; 4LF8 O; 5CBF A; 2QA4 V; 4I5S A; 1N0J A; 2F66 C; 5LHG A; 4TV9 B; 4PDL A; 1RSO A; 1HNX B; 2F43 G; 1F4N A; 3CS5 A; 2B5U A; 3BY6 A; 2HVJ C; 1NZ6 A; 3E35 A; 1US6 A; 1N32 B; 1NVP B; 3WU2 Z; 1I0H A; 2WA3 A; 1IX9 A; 4OPA A; 3RVY A; 1TVK B; 5EBL C; 3K58 A; 3X2Q C; 4TV8 B; 2MW2 B; 2UXD O; 2XAJ A; 1OHH G; 1WB7 A; 1KP2 A; 1MOF A; 1XNR O; 3R65 A; 3FKS G; 5GTH Z; 4BIZ A; 5LHI A; 1ZLZ A; 3SYC A; 1H2N A; 5IY5 B; 1RM1 C; 1FXK A; 3G80 A; 1QQC A; 1AR5 A; 4DV7 B; 3ZRV A; 4DUY B; 2Q7E A; 5KHK A; 2DW4 A; 5C93 A; 4NTY A; 1DLB A; 1MA1 A; 1TUE B; 5B5E Z; 1XL4 A; 2B9Z A; 4XDL A; 1YJW V; 2BSK B; 4B3S O; 1Q86 W; 4UCR A; 4ZHQ A; 1R3L C; 3VQY A; 2YSU B; 5LBQ A; 3K5O A; 3JAS A; 2EIK B; 1RM1 B; 5C8Y A; 2NR5 A; 3L75 H; 4CZZ A; 4UUJ C; 1TAE A; 5JQG B; 5LHH A; 2UXB B; 2OIE A; 1F51 A; 3CCJ V; 1JPX A; 4X66 B; 1HNX O; 2Q9L A; 2GV9 A; 4D7S A; 4WF9 V; 1V54 C; 4X20 A; 4RQE A; 3VQV A; 4YJ3 B; 3JAM N; 1N32 O; 4HNA A; 3QO7 A; 1IBM B; 1P49 A; 3OEH G; 5LGT A; 1WPB A; 1YSC A; 3SJB C; 3OTO B; 2WA4 A; 4JZ2 A; 4UXN A; 1K7D A; 4LF4 O; 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2Q0A A; 2QSA A; 4I0X B; 5L3C A; 1EM1 A; 3AG2 C; 2Y48 A; 1EN5 A; 2V4D A; 4TQF A; 4CS2 A; 3EHB B; 4NB5 A; 1XNQ O; 5KHJ A; 2P7T C; 3MD0 A; 4JI0 B; 1Q43 A; 1B06 A; 3BPZ A; 2JGU A; 2W6J G; 4P9O A; 4LFC O; 3T1Y O; 4JI7 O; 2KQX A; 1TVK A; 1H2G A; 1NS1 A; 3OD4 A; 4LC1 A; 2ITC C; 2ETN A; 4Q20 A; 4DR1 B; 4FFK A; 1BL8 A; 2YI8 A; 2X0L A; 3KCX A; 4GT1 A; 4QE7 A; 1YDX A; 3ABL C; 4WBN B; 2UUA B; 1GN3 A; 1Z2G A; 3QF7 A; 4DR6 O; 3O9O A; 2HR3 A; 3WB0 A; 4DV6 B; 3LUT B; 3IAY A; 2CTQ A; 1VQ8 V; 4X65 O; 2BSK A; 2ZXW C; 5H9C A; 1ROP A; 5HFM A; 5F2V O; 3B4S A; 1NJI W; 4B3M B; 2EZP A; 2CGN A; 4PHZ A; 5BZB A; 2YIA A; 2DYS B; 1N8R W; 5JQG A; 2AZ0 A; 5EIB D; 1QLN A; 1AIL A; 1KMI Z; 2WLK A; 3HB3 B; 4X64 B; 2FTK A; 2D3O W; 1JJ2 U; 2DQ3 A; 3PN1 A; 3K5M A; 4MVR A; 4AHC A; 4PA9 A; 3ABK B; 5D5P A; 1O9H A; 3UO3 A; 3ZMS A; 4MVS A; 2HFE C; 4B7K A; 4YJ3 A; 2VQF O; 1J5E B; 1FFT B; 1OCR B; 4IGG A; 4ZOL B; 5JJJ B; 3RYI A; 3Q4H B; 2WPD G; 1URF A; 3CCV V; 3LNN A; 2Y0I A; 1UPG A; 3DC5 A; 3ASN C; 3ABM C; 4DR1 O; 3FX7 A; 1XHX A; 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