The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
GAVFIFVGALTVLFGAIAYGEVTAAAATGDAAAVQEAAVSAILGLIILLGINLGLVAATL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
SENSORY RHODOPSIN II
|
| publication title |
Molecular Basis of Transmembrane Signalling by Sensory Rhodopsin II-Transducer Complex
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Natronomonas pharaonis
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| total genus |
25
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-08-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WB2 A; 2F93 B; 1H2S B; 2V4D A; 5JJN B; 3WB1 A; 3BRC A; 1T5E A; 5D5P A; 4L8J A; 5JJE B; 1RSO A; 4DK1 A; 2F95 B; 5D5Q A; 3LNN A; 2F1M A; 4GYC B; 1VF7 A; 3WB0 A; 5JJJ B; 4DK0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E75 B; 2OCC C; 4B3R O; 3OUF A; 3ZRX A; 1U97 A; 4ZOL B; 1QLE C; 1W2B U; 4G28 B; 1QU7 A; 3KKY A; 1HNW B; 1EBO A; 1I94 B; 1ZSP A; 1QVF U; 3S3W A; 3RWR D; 1H8E G; 3PJS K; 4RQE A; 5IYZ B; 2XHB A; 1NVP B; 2AZ2 A; 3OUS A; 4DR1 O; 4Z1M G; 4JF3 A; 5GTH Z; 2VQE B; 1NH2 B; 2PY5 A; 5CA1 B; 4LF4 O; 2YS8 A; 1B3Q A; 5EBM C; 1JX9 A; 5JWP A; 1O9G A; 3R65 A; 1F7Y A; 5B5E Z; 3H01 A; 3FAV A; 5ITZ B; 1XMQ B; 2GUZ B; 4TQD A; 3WU2 Z; 1KB9 F; 2Q73 A; 4CH5 A; 3ETE A; 5B1A C; 5H2F Z; 2Q7H A; 1M90 W; 3CRM A; 3WFV A; 3BEH A; 1VQ4 V; 1QR8 A; 3STL C; 1E1R G; 4JI8 O; 3TET A; 5IJ9 A; 4KL1 A; 2A7W A; 1NI8 A; 1AJN A; 2GV9 A; 2QA4 V; 5KX5 A; 1YCI A; 3BY6 A; 4DV3 O; 3ZJZ A; 5A2Q N; 1ZX3 A; 1L1F A; 1Q6I A; 3ZRV A; 4NXN B; 2LW7 A; 5B66 Z; 2X6C A; 3JAW A; 1P7B A; 4FVM A; 5IWA B; 1K4C C; 3VQV A; 2HHH O; 1SQP H; 5JJE B; 1SES A; 1N36 B; 1GM7 A; 4JAV A; 4DV2 B; 3CME V; 5EYP B; 2Q7G A; 4CC5 A; 2WLL A; 4IYI A; 1DF4 A; 2L6L A; 5EIB C; 2W0F C; 2XND G; 4J9Y B; 3KCX A; 2DE0 X; 1P4R A; 4Q20 A; 1CP9 A; 2R70 A; 3OAA G; 4NVP A; 4J7J A; 4QPK A; 1GM8 A; 2F4V O; 5LP6 C; 5B3S B; 4JYA B; 1KC8 W; 4EKW A; 3AG2 B; 2EIM B; 4ZIB A; 4ZHQ A; 4YJ2 A; 3OMI B; 5E79 Z; 2ZDI A; 1VQM V; 1ROP A; 1RPO A; 1H2K A; 1ZL8 B; 1ZTE A; 2CUG A; 5E1A C; 3L74 H; 4P30 A; 1Q86 W; 1BCC H; 4DR3 O; 4LFB B; 5EC1 C; 2IH1 C; 1SET A; 1W59 A; 3AG1 B; 3B4S A; 4GUN A; 1I08 A; 2RNB A; 1PL0 A; 2DYS C; 3WB2 A; 1J5E O; 5IY5 B; 3HKB A; 2RN9 A; 3D3Q A; 2IJI A; 1MG1 A; 2ZT9 B; 1XL6 A; 2FB5 A; 1QR9 A; 4BIU A; 3NXS A; 3OT7 A; 1VQP V; 2K9P A; 4DV0 B; 4LR3 A; 3ZCC A; 1VQ8 V; 1EN5 A; 1FJG B; 4AQY B; 2EX3 A; 2OT5 A; 2A0L A; 4XBF A; 3T1H B; 4U3J B; 3HKE B; 3CCL V; 3B40 A; 3ABU A; 4LFC O; 3BVO A; 1M4U A; 4ZOL A; 3CRC A; 2CK3 G; 2Q67 A; 3FYI B; 4WFF A; 2LW1 A; 3JSN A; 4OX9 B; 2EIJ B; 1VP7 A; 1MAB G; 3HPL C; 2PYJ A; 3W7X A; 2IM9 A; 5KHG A; 2WWW A; 3AG7 A; 4DR6 O; 4FFK A; 1L0N H; 5J9P C; 5LOV B; 2P06 A; 2QDO A; 5CA1 A; 4FFB B; 2Y69 B; 1K4D C; 1H2G A; 4O4L A; 4PA6 A; 1XMO B; 2EUL A; 2ZE5 A; 4DV6 B; 5ITZ A; 3H1H H; 1R3L C; 2NN4 A; 2GUZ A; 4R8C A; 5B1B C; 1YEW A; 2EIN C; 3C90 A; 1K7D A; 2GHY A; 1A32 A; 4JI1 O; 4B3R B; 4I50 B; 2ODM A; 4Z1V A; 4J42 A; 4UB8 Z; 3E89 A; 2RQ6 A; 1PD3 A; 3SJA C; 4TWK A; 3B77 A; 1G4Y B; 4CH4 A; 1MMM A; 2PTM A; 3F7Y C; 1S3J A; 3HB3 B; 4UXN A; 2ZE8 A; 2ZKO A; 1XHZ A; 1I5Y A; 4XDJ A; 2JGU A; 4CBC A; 4DR2 B; 2X0L A; 4Q6G A; 5DN6 G; 4HNA B; 4QIW F; 2HEP A; 5EYP A; 3W7S A; 3OE7 G; 3LNN A; 4PV1 B; 3G67 A; 4XDL A; 2E5L B; 2QTS A; 2JJ2 G; 2QWN B; 3EFF K; 2CAZ C; 1WP8 A; 4PDV A; 5LHI A; 4JI8 B; 4ASU G; 1WNS A; 3TXS A; 1HNZ B; 1NT2 B; 2CTQ A; 2RMK B; 2LFS A; 3ZED A; 2WA4 A; 4IHJ B; 1Q43 A; 4FLX A; 4JI5 O; 2D2C B; 4ZBM A; 3SYQ A; 3CJH B; 2P4V A; 2YC0 A; 1ZL8 A; 2DYS B; 1SER A; 2JDI G; 4TV8 A; 1Q7Y W; 3IJ4 A; 2ZR3 A; 1XIL A; 2BTO A; 2HHH B; 1K92 A; 1S72 V; 1IXM A; 5LHH A; 4X1K B; 4FM0 A; 3BAA A; 1HNW O; 2ZE7 A; 4GKK O; 3ML0 A; 5C93 A; 4G27 B; 3P32 A; 3FX7 A; 1JJ2 U; 4ZI7 A; 1QBZ A; 5GTI Z; 4DV1 O; 4EEQ A; 3QF7 A; 3X2Q C; 4I4T B; 2IBZ H; 2EZP A; 2ZDI C; 1IX9 A; 5IDJ A; 4WCE V; 2P5O A; 1SZT A; 4GX5 A; 1YJN V; 2VQE O; 2NLJ C; 1SQQ H; 1WB8 A; 5DED A; 1FFX B; 3K9S A; 2KQX A; 2F4V B; 4MVO A; 5BXZ A; 3B09 A; 3QO8 A; 1G8M A; 3HKD B; 4JTC B; 1XMQ O; 4YJ3 B; 1YTF D; 3JD3 A; 4U3J A; 1OCC B; 3HKE A; 3CCU V; 4GKJ O; 4D7T A; 5JH7 B; 4X66 B; 1WA8 B; 3UCS C; 2XAJ A; 3E8B A; 2B5U A; 3OFN G; 3UO3 A; 1BHB A; 1D2D A; 1RSO B; 1YIJ V; 1EZJ A; 2UXX A; 4MW8 A; 1SQB H; 2ZQM A; 3TCU A; 5L3C A; 4GX1 A; 2Z0A A; 2UU9 O; 5B1N A; 1N4C A; 3STZ C; 4W4L A; 5LOV A; 4RUF A; 5IWA O; 1J5E B; 4FK5 C; 4FFB A; 4B3M O; 4CH3 A; 1JOY A; 2DWE C; 3I55 V; 1F23 A; 3QNE A; 3ZMV A; 1N36 O; 2P22 C; 4DV2 O; 3DC6 A; 2Q7E A; 3G4S V; 5H6Q A; 3GWO A; 5JJJ B; 4N21 A; 3RYC B; 5EIB D; 1H2L A; 2QR4 A; 4B7E A; 4I50 A; 4LFC B; 1SQF A; 2ILM A; 4ZKI A; 4DW1 A; 1GN3 A; 4MTG A; 1U96 A; 2CH7 A; 4FZ0 A; 4IGG A; 1JPX A; 4R50 A; 1ENV A; 1Q82 W; 3JD4 A; 2XT9 A; 1NR7 A; 1K33 A; 3CB2 A; 3ZHS A; 1IBK O; 2KKW A; 3OR7 C; 4FLV A; 1Q81 W; 1OZ0 A; 3CXH F; 4I7Z B; 4LH6 A; 5HFL A; 1FPO A; 5LP6 A; 1H8H G; 2PI4 A; 4HNA A; 4FJC C; 5CA3 A; 4UV9 A; 5JQG A; 1EN4 A; 2AHZ A; 1JFF B; 3AK3 A; 4FLZ A; 3K08 A; 2VWK A; 2L35 A; 1Z5W A; 3LNM B; 1NJI W; 4JI7 B; 1KKC A; 4JI1 B; 2ZXW B; 4H33 A; 3OR6 C; 3ZHR A; 2QM4 A; 3GB7 C; 4J7K A; 3K0G A; 3UT5 A; 2F95 B; 4FM1 A; 1FJG O; 4AQY O; 4GT1 A; 3T1H O; 1IUR A; 3CJH A; 2JK5 C; 4IT5 A; 1JMK C; 1WPX A; 3X2Q B; 4FPP A; 3ASN B; 3SR2 C; 5B3S C; 4X1K A; 3T1C A; 1VMG A; 4L8J A; 3AG2 C; 4OX9 O; 1FXH A; 2CE4 A; 5KAF Z; 1YVW A; 4JYC A; 2WLJ A; 2EIM C; 3UKM A; 3ZBH A; 1IBM O; 1LUV A; 3OTF A; 4NYK A; 2F93 B; 1R3J C; 2ZD9 A; 4O4I B; 4RO2 A; 3ZS8 C; 4PHZ A; 3THO A; 4DV6 O; 5LA6 B; 5J2U B; 3HKD A; 4K8Z A; 3L75 H; 2Y0I A; 1JR9 A; 1GK9 A; 3AG1 C; 4WFE A; 1TA8 A; 4OXS A; 3E8G A; 3OGI B; 1AR5 A; 3RGB A; 1OCZ B; 5JH7 A; 3E8F A; 3SYP A; 5IY5 C; 2P90 A; 1DF5 A; 4X62 O; 3K79 A; 2AXT Z; 2OTJ V; 2F23 A; 4LNU A; 5CA0 B; 4GKK B; 1BZK A; 2PUS A; 1ZAU A; 3JCZ A; 3CXC U; 1Y76 B; 3CCR V; 1M1K W; 2WA3 A; 4DV1 B; 4I0X B; 1R1B A; 4PDR A; 1AI4 A; 2JS3 A; 4TV9 B; 5KAI Z; 1S5J A; 5CB4 A; 1NTK H; 3CHX A; 2IW5 A; 1BQZ A; 4O4J B; 4DR2 O; 2RCV A; 1L0L H; 3L72 H; 1IVS A; 2G38 A; 2EIJ C; 4X64 O; 3I56 V; 1OCR C; 4UB6 Z; 5KHH A; 1H38 A; 1IDS A; 5GON B; 2JEX A; 1SQX H; 1Z2G A; 1V54 B; 4DUY O; 2E5L O; 1PNK A; 4GKJ B; 4X8A A; 4WBN B; 2Y69 C; 4CH6 A; 1K5S A; 1K34 A; 2ITC C; 3VQX A; 1XEQ A; 1BT8 A; 1HNZ O; 3SYO A; 2CGN A; 3HKC B; 4UVA A; 1DLB A; 2UU9 B; 5KHK A; 3T1Y O; 1M5I A; 4FLW A; 4KFM A; 2P6J A; 4B3M B; 4L87 A; 3OGC C; 3RYI B; 3C3S A; 5EZY A; 3OM3 B; 2P4K A; 1J95 A; 2UXN A; 1GKF A; 4FLY A; 3JD0 A; 3RFR A; 2PF4 E; 5DM6 V; 2DMX A; 4IYH A; 3QVN A; 2V4D A; 3JYC A; 1GRJ A; 2LFR A; 4X65 O; 1SKV A; 2ARH A; 4IIJ B; 3BHP A; 1Y4M A; 3DGE A; 3ZMS A; 3AG4 C; 5HFM A; 1ARO P; 2HFE C; 3CD6 V; 1M57 B; 3E22 A; 3JD1 A; 1IBK B; 4X66 O; 3ETD A; 5C8Y B; 2E76 B; 4JGS A; 3A2F A; 3SYA A; 4J7Z A; 3JCU Z; 1VF6 A; 1MNG A; 4UV8 A; 1YXB A; 2P7T C; 4F6R A; 1R6T A; 4I5S A; 2OYQ A; 2YEV B; 2W0X A; 2XAQ A; 3SDL A; 3AG3 B; 4NKG B; 4AIL C; 2N04 A; 1SQG A; 3MHH C; 5LA6 A; 5J2U A; 4A5U B; 4MVZ A; 3N2G A; 4O4H A; 1XRE A; 4WFB V; 4CC6 A; 1PPJ H; 3JAL B; 1F51 A; 2WLK A; 4TSF G; 1EFR G; 3NR7 A; 1NVP D; 5GW7 A; 4DUZ O; 3SPG A; 4PJ0 Z; 2CTP A; 3E2E A; 2ZE6 A; 1XQ8 A; 5L3E A; 1VQO V; 1NH2 D; 2HR3 A; 4PDL A; 5KMG B; 1N0N A; 3F7V C; 3SPJ A; 3P3P A; 2CTW A; 1OCR B; 1I5X A; 4FLU A; 3CC4 V; 3ZHQ A; 4BWA A; 2F1M A; 1I0H A; 1KU9 A; 1OCC C; 1IBM B; 4I0X A; 5IYZ A; 4WFA V; 4TV9 A; 4BIO A; 4PDM A; 1Q5O A; 1FAF A; 4DRX B; 1CXZ B; 3ABM B; 4QJF B; 2YXH A; 1VIB A; 4FZ1 A; 2WSS G; 4J10 A; 1FFT B; 1R6N A; 1TVK B; 2D3O W; 2DN9 A; 4H44 B; 1TAE A; 5GON A; 1KD1 W; 1K5Q A; 2X6B A; 1YI2 V; 4PI0 A; 2YUA A; 1WAZ A; 3CYO A; 1V55 C; 1FXK B; 1JJO A; 4H37 A; 4B3S O; 4JZ2 A; 3H9V A; 4WBN A; 4JI7 O; 2OTL V; 2XTA A; 1SA0 B; 4X62 B; 1AR1 B; 5LYJ B; 4UVB A; 3PN1 A; 2M7W A; 3FB7 C; 2R9R B; 1HP8 A; 4FM2 A; 4JPR A; 3U10 A; 1NTM H; 1SZX A; 5K1P A; 5BMV B; 4LF7 O; 2GDS A; 5BR8 B; 3RYI A; 3CS5 A; 4K0K B; 2EIL B; 2CGO A; 2ADQ B; 2NR5 A; 1VQ9 V; 4X64 B; 4O2B B; 1S5L Z; 3TGU H; 2QWP B; 4EB6 B; 4BR6 A; 2GTA A; 3AG4 B; 4OPH A; 3JAS B; 1YF2 A; 4HYO A; 2RDC A; 4BIZ A; 4GX2 A; 3DC5 A; 4DUY B; 4KP4 A; 3B2E E; 3LDC A; 4YY3 O; 5L3B A; 2DJV A; 3FFQ A; 2LO1 A; 1IBL O; 3I5D A; 4I55 B; 2YSU B; 2VRZ A; 3T2M A; 4RQF A; 4LFA B; 5EBL C; 2IJH A; 1HW7 A; 4GLX A; 1M9N A; 1SRY A; 3K5M A; 3CX5 F; 5C8Y A; 2Z5U A; 1H2M A; 2ZIM A; 4UCO A; 1IXB A; 2A06 H; 2ZXW C; 3T1Y B; 4P9O A; 3BRC A; 2H8P C; 3OEE G; 1NTZ H; 4TQF A; 4RWU A; 2Y0P A; 3B8N A; 1YDX A; 1QHT A; 1HNX B; 5LBQ A; 2YEV A; 1ZUQ A; 1E79 G; 2HJD A; 3ASN C; 4X1I B; 3ZRW B; 1M56 B; 5IJ0 B; 4X65 B; 3T4D A; 3APQ A; 4LF9 O; 1HWY A; 1VF6 C; 4PD4 F; 1QNM A; 3ZHT A; 2YDE A; 2EIK B; 1B6Q A; 2KG7 B; 1FS0 G; 3ZIA G; 1PP9 H; 3JAL A; 4GX0 A; 4EFE A; 5KHJ A; 2Q8V A; 1PNM A; 3F5W C; 4JI3 B; 3JAT B; 1H2S B; 5IYB O; 3IAY A; 2K1E A; 2GSM B; 4U7O A; 3EHB B; 4OGQ B; 3LSU A; 4JI2 O; 1WP7 A; 2FYU H; 3RVZ A; 5BY1 A; 2A9H A; 1Z5V A; 3VQY A; 2FTK A; 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1PNL A; 3OEH G; 4KUM A; 2R9A A; 1Q3E A; 2Q0A A; 4YIO A; 2Z3Y A; 3E86 A; 4LF7 B; 3K03 A; 2ZNI A; 1AI6 A; 2E3C A; 3MDS A; 5DEC A; 4JTD B; 1KEC A; 1G6U A; 2CTR A; 4YJ2 B; 3U0Z A; 5IYC O; 3JAR B; 5FNV B; 1M57 C; 1OV9 A; 4I4T A; 1GN4 A; 5IYD O; 4OPA A; 2Y4U A; 4DR7 B; 4JI0 O; 3ZRW A; 3MHS C; 3HR0 A; 3N2K B; 2X6A A; 3IC7 A; 5IJ0 A; 1VQK V; 4LBE C; 2YI8 A; 1AR4 A; 1JVM A; 4TT3 G; 4YHH O; 1N32 O; 1FFX A; 5J2T B; 4YY3 B; 1VQN V; 1Q90 D; 2Q69 A; 1NR1 A; 2AW9 A; 1IBL B; 4YJ3 A; 2ZIN A; 2R72 A; 3K06 A; 4YXW G; 3WG7 B; 4B08 A; 1XDC A; 4UCT A; 3JAT A; 2ATK C; 4EFB A; 5A9G A; 2EJ7 A; 1AI7 A; 3AG3 C; 1WA8 A; 1WPB A; 4YIP A; 1MZF A; 5CBF A; 3OTO O; 4X89 A; 3K0D A; 1FD9 A; 5L3G A; 4W4K A; 1RSO A; 3ABK B; 2QGN A; 3SJQ C; 5H5N A; 3VOU A; 1VEW A; 1JQ0 A; 3K5O A; 2JGD A; 2OIG A; 3BCC H; 2MW2 B; 1L8D A; 5BR8 O; 4K0K O; 4JAS A; 2QJ1 A; 4LF9 B; 4O2A A; 2OWO A; 3EXA A; 3K5N A; 1KMI Z; 3ABL C; 1F4M A; 2V7Q G; 2QKA A; 4UUJ C; 3G80 A; 1AJQ A; 4U7N A; 3RYC A; 5CMU A; 3VBB A; 3CCM V; 4MVS A; 4K35 A; 3ABM C; 4X1Y A; 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