The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Electron transport
|
| publication title |
Crystal Structure of Monomeric Photosystem II from Thermosynechococcus elongatus at 3.6-A Resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein 1
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| total genus |
22
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UB6 Z; 5GTI Z; 5B5E Z; 3WU2 Z; 3JCU Z; 3KZI Z; 3A0B Z; 5KAI Z; 4UB8 Z; 5B66 Z; 5GTH Z; 1S5L Z; 5H2F Z; 4IL6 Z; 4PJ0 Z; 3A0H Z; 5E79 Z; 2AXT Z; 5KAF Z; 5TIS Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z1V A; 2KQX A; 3G67 A; 2P5O A; 1YHQ V; 1N32 O; 4B3M O; 4O4H B; 4IHJ B; 2YXH A; 4MVQ A; 5KAI Z; 1W0J G; 1FKA O; 3ABU A; 2FL4 A; 3A2F A; 3E22 A; 4J7K A; 2QM7 A; 2LGQ A; 4GKK O; 1AP5 A; 1BZK A; 4JI1 O; 2QKC A; 3T1H B; 1S3J A; 5HFM A; 3AG4 C; 3ZMZ A; 4CZZ A; 1FXV A; 1OCZ B; 1M1K W; 3D3I A; 2WWW A; 2AGA A; 5LMU O; 4OPA A; 2YXY A; 5JCO C; 4X62 O; 3SGI A; 3T1Y O; 2IH1 C; 1Q8I A; 4WFE A; 5LYJ A; 4R7C A; 5IY5 B; 1R3K C; 3SJC C; 4KUM A; 5JQG B; 2Q7E A; 4UB8 Z; 3K57 A; 1E1R G; 1QLE B; 3K5O A; 2AHY A; 2B1I A; 4X64 O; 5J2T B; 4J41 A; 4NTX A; 1VQ4 V; 1WPX A; 4ZKI A; 1IBL O; 3SR2 C; 2HVJ C; 3VQY A; 1IBK O; 4F6R B; 1FYJ A; 4ZHQ A; 3OR7 C; 4XDJ A; 3JAT A; 2YSU B; 1QR8 A; 3WU2 Z; 4CS4 A; 1RSO A; 2A06 H; 2LO1 A; 3N2G B; 3CWB H; 1TVK B; 1G6U A; 1FXK C; 3OR6 C; 3QO7 A; 1KU9 A; 5CA1 A; 2IW5 A; 4FK5 C; 4I4T A; 3WFV A; 1WB8 A; 2R70 A; 4J7J A; 2P22 C; 4EFB A; 3LUT B; 5EZY B; 1VQK V; 3AK3 A; 5LHG A; 5EIB C; 5LP6 A; 4DR7 B; 5CA3 A; 2G38 A; 3K59 A; 2GSM B; 3IJ4 A; 3LSS A; 2ZD9 A; 3OEE G; 1L0L H; 1SQX H; 1M93 A; 1SKV A; 2ZE5 A; 4UVB A; 4B3R O; 5BY1 A; 3ZRX A; 1PKX A; 1NS1 A; 1XHX A; 1US6 A; 1X59 A; 2DW4 A; 1Q81 W; 2WA4 A; 4DV5 B; 1P84 F; 1H38 A; 3CC2 V; 3JAL B; 3RYH A; 2P7T C; 4BIZ A; 2VWJ A; 2GDS A; 3ZRW A; 1IX9 A; 1VQ7 V; 4QE9 A; 2LQT A; 5B1O A; 2PY5 A; 3OM3 B; 2EIJ C; 5BMV B; 1J5E B; 5B66 Z; 4UVC A; 2QTO A; 4DUZ B; 1YJN V; 4YJ2 B; 2UU9 O; 1Q6I A; 4PDV A; 3LDC A; 2IJI A; 3FAV A; 1BQ0 A; 1F7Y A; 1FFT B; 1OCC C; 4YJ3 B; 2OIG A; 3L74 H; 1R3I C; 4NVP A; 2WLH A; 2ADP A; 1B06 A; 4J10 A; 1GO3 F; 2JJ1 G; 1BCC H; 1Y74 B; 1YTF D; 4LF6 B; 3ZMV A; 2ETN A; 1OCR B; 2RDC A; 4O4L A; 4R50 A; 3EVK A; 1TUB A; 1NTK H; 3HKE A; 4HNA B; 1R3L C; 2Q7G A; 2QEX V; 1I5Y A; 3ASO B; 5IYZ A; 4EKW A; 2HJD A; 4LFB B; 4A5U B; 1HNX O; 1P7G A; 4JYA B; 3JAW A; 1V55 C; 1GN2 A; 3E8G A; 3G6B A; 1XNQ O; 4MVZ A; 4WCE V; 2GTS A; 2CE4 A; 1V54 B; 5TIS Z; 4DK1 A; 1FFX B; 3ABK C; 1Q6H A; 2ADQ B; 3CCR V; 2ZNJ A; 1V9P A; 3ML0 A; 4FFB B; 2QA4 V; 1Q86 W; 5KMG A; 4LBE C; 1YIT V; 3JYC A; 1Y6X A; 2RJZ A; 5J2U A; 4B7K A; 4LFA O; 2ZDI C; 4O2A B; 2IM9 A; 2XND G; 1S72 V; 2A9H A; 3MHS C; 2W6I G; 5B5E Z; 4MTO A; 4MS2 A; 2KSD A; 1PNK A; 2B5U A; 1EN6 A; 2QSA A; 1VAR A; 4DR6 B; 4MW8 A; 5KUK A; 2R72 A; 5L3E A; 3CJH B; 3AG4 B; 3OMN B; 2BSK A; 2JGD A; 2Q4P A; 3JAK A; 4WF9 V; 2W0X A; 2WA3 A; 4FZ1 A; 3N2K A; 1N33 B; 4QJF B; 4N21 A; 3CPW U; 4LC1 A; 5GW7 A; 3T2M A; 1XNR B; 2YEV A; 4I50 A; 2Q6A A; 4FPP A; 1VQM V; 3A8T A; 1SES A; 2CGO A; 4UCV A; 4YIO A; 1VF7 A; 4J42 A; 4MW3 A; 1WPB A; 2DYR C; 4RUF A; 2K1E A; 4PEL A; 4JI2 B; 1Z5V A; 4P9O A; 5H6R A; 5KHK A; 2GUZ A; 1GKF A; 1KKD A; 4RQF A; 1X4T A; 1XMQ B; 1RM1 C; 2VWK A; 2O57 A; 3ZHS A; 4LFC O; 2ZM6 B; 5EYP A; 5LA6 A; 3OGC C; 4JI6 O; 2KB1 A; 1Y4M A; 4PA9 A; 5B1A B; 5JH7 A; 3D3Q A; 2YIB D; 4ZI7 B; 1NZ6 A; 2FTK A; 2HP8 A; 3ZJZ A; 4B3T O; 1VQ9 V; 2HHH B; 4MTF A; 3FB7 C; 3W7W A; 1VQN V; 1FXK B; 3VBB A; 4DR2 B; 1LNQ A; 3TK1 A; 5IE9 A; 2LP7 A; 3M8A A; 5JVD A; 1GMG A; 1XDC A; 3FB8 C; 1TUE B; 1XQ8 A; 3SPI A; 5E1A C; 1FS0 G; 1AI4 A; 2D2C B; 3BY6 A; 4J11 A; 1I08 A; 1KYO F; 1MZF A; 2VQE B; 4JV5 O; 3CCS V; 4CH6 A; 3B40 A; 3ETD A; 3K08 A; 4UCS A; 4DV2 O; 1D5A A; 1NR1 A; 4K0K B; 3MDS A; 2JJ2 G; 2ZNI A; 3CEI A; 2P6J A; 4KHP B; 2QWN B; 2OCC C; 4G2K A; 4WFB V; 3CCM V; 3ZHR A; 4LWS B; 1H2N A; 3LSU A; 3ASN C; 5K1P A; 3L71 H; 2EIJ B; 4IT5 A; 4H33 A; 5BZB A; 4QPK A; 3D36 A; 1QLE C; 1K7D A; 1FPO A; 2KG7 B; 1GTO A; 1NKD A; 2WLL B; 1N32 B; 2BOB C; 2CUG A; 3SYP A; 4B3M B; 4ASU G; 1YJ9 V; 2F1M A; 4K35 A; 2ZR2 A; 2H94 A; 4DYL A; 3O9O A; 5FPR A; 5CBG A; 4JGS A; 4GKK B; 5DEC A; 1VQ6 V; 2DE0 X; 2ITD C; 4JI1 B; 4LH7 A; 4PI0 A; 3BEH A; 4PA4 A; 3SPC A; 1XHZ A; 1DF5 A; 1S5J A; 2BTQ A; 1A32 A; 3JD4 A; 4MTX A; 2ZE7 A; 1F51 A; 4G28 B; 1QBZ A; 3ZMS A; 4X20 B; 3RYF A; 4I5S A; 3RYC A; 4FLT A; 4R8C A; 2HEP A; 2F93 B; 3W7X A; 2CTQ A; 5LMU B; 2JEX A; 5EC2 C; 4X62 B; 1VQP V; 1O9H A; 3T1Y B; 5L3B A; 1BHA A; 3B09 A; 1URF A; 3DSQ A; 1V55 B; 3GWO A; 2PUS A; 3WB0 A; 3T1C A; 5D5Q A; 2QTS A; 3CX5 F; 4XDK A; 1Y76 A; 4B3S O; 4DR3 O; 3U11 A; 4AQY O; 4QIW F; 4X64 B; 4EB6 B; 2QE7 G; 2ZR3 A; 3ABK B; 3T4Z A; 1IBL B; 1K9M W; 1IBK B; 3ABM C; 2Q9L A; 3KKY A; 2Q68 A; 3ABL C; 1K97 A; 2Y4T A; 3G6E V; 1SQV H; 3JSL A; 2Q0O C; 5IJ0 A; 4WBN A; 4P30 A; 1H8H G; 2QJ1 A; 1M90 W; 3QTC A; 3OAA G; 1GM8 A; 1B04 A; 1EBO A; 1UFI A; 3FB6 C; 4GX5 A; 4K8Z A; 2DJV A; 1JFF A; 5H6Q A; 3UCS C; 4TUY B; 3CME V; 1JA8 A; 4TV8 B; 1VQ8 V; 1SA0 B; 4TWK A; 3H01 A; 5FNV B; 3CC4 V; 3M99 B; 1ZSP A; 2JVD A; 2QR4 A; 1K8A W; 2JEU A; 3UO2 A; 1YZB A; 3JD2 A; 1YXB A; 4B3R B; 2VS0 A; 1MSW D; 2QWR B; 1VMG A; 3HR0 A; 3ASO C; 4HAM A; 2ARH A; 4FFK A; 2DYR B; 1SQP H; 5EK0 A; 3RVY A; 1SET A; 2PYJ A; 2EX3 A; 4UXN A; 2WSS G; 2YI8 A; 4DR5 O; 2E5L O; 4FLY A; 2P06 A; 4X89 A; 4JI0 O; 3AG1 C; 5CB4 B; 3ZHQ A; 3CC7 V; 4PDR A; 4IIJ A; 1WJZ A; 2YXL A; 3OTF A; 4JI7 O; 4YXW G; 1N0N A; 1RM1 B; 2UU9 B; 1EN4 A; 5LHH A; 3L75 H; 3A0B Z; 3APQ A; 5IJ9 B; 3E22 B; 4WFH A; 4KFM A; 1MZE A; 3CHX A; 3ZED A; 2MW2 B; 3CCV V; 1M57 C; 2LFS A; 3W7T A; 4LR3 A; 2P4V A; 1NH2 B; 4LF4 O; 2ZIM A; 1F23 A; 2A3Q A; 1TAE A; 2E3C A; 3HKC A; 2AZ0 A; 3ZHT A; 2RQ6 A; 4RWU A; 3JCZ A; 4CH4 A; 4H37 A; 1HR0 O; 1QR9 A; 3UT5 A; 3QVN A; 4MT8 A; 5CA0 B; 5LYJ B; 1MNG A; 1OZ0 A; 5LXT A; 4HZ3 A; 3ZIA G; 3ICX A; 1HNX B; 1SQQ H; 4WFG A; 3K0D A; 3BVO A; 3TCU A; 3P3P A; 1GK9 A; 1XNQ B; 3ETE A; 1FXH A; 3RW0 A; 3OUS A; 1AB3 A; 2OTJ V; 3E35 A; 2OCC B; 2UXD O; 1AP6 A; 4X1Y B; 4JYC A; 4YHH O; 3ASN B; 1WP8 A; 2YUA A; 1IBM O; 1RSO B; 3RYI B; 1IUR A; 4LFA B; 3RWR D; 3TXQ A; 5CA1 B; 4O4H A; 4I4T B; 1EM1 A; 2CH7 B; 2Y0I A; 2N04 A; 1JX9 A; 3P32 A; 1S5L Z; 1FD9 A; 4BW5 A; 4DXW A; 4DV3 O; 5LP6 B; 3RFR A; 4JI4 O; 4LF8 O; 1XRE A; 2XAH A; 5B1A C; 3UQ8 A; 3JD1 A; 1WNS A; 1ROP A; 5IYD O; 1RPR A; 5ITZ A; 1NU1 H; 3K9S A; 4E4E A; 4MVU A; 2UXB O; 2M6Y A; 1ENV A; 3ZMU A; 4QNH B; 2WAM A; 1YDX A; 2M7W A; 3AG7 A; 3JSN A; 3ZRW B; 5FPO A; 2ZE8 A; 4X88 A; 1IXB A; 4O4I A; 2EIK C; 4CS3 A; 5GON B; 4RUE A; 1N36 O; 1GM7 A; 5J2T A; 2BE3 A; 3TXS A; 4ABM A; 2UUB O; 1YI2 V; 2KKW A; 3AG2 C; 2V4D A; 4LFC B; 4ZOL A; 2WLN A; 2R9R B; 2XAQ A; 1W59 A; 4JI6 B; 3ABM B; 1VF6 A; 2CTR A; 3ABL B; 1QVG U; 2ZE6 A; 2QDO A; 1F4M A; 1JPX A; 3DGE A; 3N2G A; 2E75 B; 4O4L B; 3TET A; 2RMK B; 5H2F Z; 2UXN A; 2L35 A; 5BXZ A; 4B3T B; 4MVM A; 2XAS A; 1B3Q A; 4DV1 O; 5EZY A; 1HNW O; 3D8C A; 4X1K B; 3DXR A; 1KB9 F; 4GLX A; 2ZT9 B; 1XL6 A; 4K8X A; 1R1B A; 3JAS B; 1EZJ A; 2ZKO A; 4O4J A; 1GH6 A; 3L72 H; 5LMN B; 4X1I B; 4LF5 O; 3SYA A; 4PDM A; 1B6Q A; 1KP3 A; 2EUL A; 4DW0 A; 2HLD G; 4JV5 B; 2FML A; 3IC7 A; 1KBH A; 1JJO A; 4DUY O; 1K33 A; 3SDL A; 2IJK A; 4DV2 B; 4MTG A; 2ATK C; 3H1H H; 1MAB G; 3RVZ A; 3K79 A; 1UPG A; 5KMG B; 5J2U B; 1HW7 A; 3A0H Z; 1P4R A; 2UUA O; 4JI8 O; 3AG1 B; 1PP9 H; 1ZTE A; 3CRR A; 1IVS A; 4NXM O; 1R73 A; 2NR5 A; 4X9Q A; 4YJ3 A; 2LGW A; 1XI1 A; 1TGO A; 1P7B A; 2W6J G; 2GHY A; 2HVK C; 4DV0 O; 1K92 A; 3LSQ A; 4NB5 A; 5BR8 B; 2OCH A; 2A79 B; 4PD4 F; 2Q0A A; 3NXS A; 2BSK B; 2JGD B; 1T5E A; 2HFE C; 3CS5 A; 1MMM A; 3A0R A; 3N2K B; 1M57 B; 4FJC C; 1SRY A; 4U7O A; 1VEW A; 4J9Z B; 4I50 B; 1BL8 A; 1AI6 A; 5IT9 N; 2LJ2 A; 2JDI G; 2RCV A; 5JJJ B; 5B3S B; 1GN4 A; 3FX7 A; 5LGN A; 3SJB C; 4EEQ A; 4GYC B; 3BA9 A; 3CRM A; 2F95 B; 3F5W C; 5F2V O; 1WA8 A; 3RGB A; 1G8M A; 1KKC A; 1JCH A; 4OX9 O; 4GKJ O; 1GN3 A; 1XL4 A; 1NVP B; 4IGG A; 1SQF A; 2Z5U A; 3G80 A; 4BR6 A; 4JYY A; 4B3S B; 4OGQ B; 4DR3 B; 1XUQ A; 1N4C A; 4AQY B; 1YJW V; 5EYP B; 4FFB A; 5LA6 B; 3FB5 C; 4UV9 A; 4N23 A; 3WG7 B; 1J95 A; 2PI4 A; 3VQV A; 2H8P C; 2LFR A; 3F5T A; 1HWY A; 3THO A; 1AVM A; 3K5M A; 4DV4 O; 2HR3 A; 1R6K A; 3J81 N; 1ZUQ A; 4I0X A; 4Q6G A; 3TGU H; 1EFR G; 4PV1 B; 4U3J B; 4FMT A; 4NYK A; 1PNL A; 3I56 V; 3FFQ A; 1BHB A; 1PNM A; 4ICG A; 3K06 A; 5GTI Z; 1QLN A; 2DQ0 A; 3JCU Z; 1H2S B; 2ZIO A; 3BRC A; 2JGU A; 1M4U A; 2GTA A; 1YCI A; 3AG3 C; 3OMI B; 3JD0 A; 4ZIB A; 2IH3 C; 5JCO A; 3CCJ V; 3ZX6 A; 4MVO A; 1NT2 B; 5D5P A; 3SYC A; 5LMN O; 3GWK C; 4IYH A; 3J7A U; 4JAU A; 1PV0 A; 4YY3 O; 4U3F H; 5J9P C; 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3I5D A; 3R65 A; 1JFF B; 5IDJ A; 1NR7 A; 4H13 B; 3KZI Z; 4HBN A; 1VF5 B; 4DV3 B; 2DQ3 A; 4UCR A; 3BHP A; 4JI4 B; 4LF8 B; 2JIZ G; 3ETG A; 4JAV A; 4HYO A; 4O2B B; 3C3S A; 3SYQ A; 3KCY A; 3L73 H; 5JWP A; 2UXB B; 1CEZ A; 2NN4 A; 2YID A; 2Y4U A; 1ZL8 A; 1JVM A; 4X65 O; 5C8Y A; 1NTZ H; 4AI8 A; 4FM1 A; 4FLV A; 5DN6 G; 4J7Z A; 4MSW C; 1OCO B; 1BT8 A; 4FM2 A; 3GB7 C; 5IWA O; 3CCQ V; 2BOC C; 3H1L H; 1N36 B; 4NXN O; 4FZ0 A; 4BIU A; 1Z2G A; 1AJN A; 2UUB B; 1SC5 B; 3H1K H; 5H9C A; 2DMX A; 4NR1 A; 1VIB A; 2B9Z A; 1VP7 A; 1KMI Z; 3K03 A; 5JJE B; 4KP4 A; 3HKD A; 2ZDI A; 3EXA A; 2EIN C; 5AG2 A; 3ZCC A; 3OE7 G; 1LR1 A; 3Q4H A; 2F4V O; 3L9D A; 3STL C; 4W4L A; 4LP8 A; 3R66 A; 4DV1 B; 3HKC B; 3U0Z A; 1HNW B; 2IJH A; 2ODM A; 2IBZ H; 1EZV H; 2K9P A; 1SA0 A; 3UT5 B; 4Q20 A; 2BCC H; 2QKA A; 3SPH A; 5L3F A; 4LF5 B; 1NQT A; 1YEW A; 5LGT A; 2HKO A; 2W0F C; 3BCC H; 3EFF K; 3C3T A; 4WFF A; 3CCE V; 1FJG O; 5KHG A; 2XTA A; 1BS3 A; 3QNE A; 3AG3 B; 4DUY B; 3K58 A; 1R3J C; 2YIC A; 5B3S C; 1DK1 A; 4LF9 O; 1XIL A; 3K5N A; 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