The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
b'MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein 1
|
| molecule tags |
Electron transport
|
| publication title |
Crystal Structure of Monomeric Photosystem II from Thermosynechococcus elongatus at 3.6-A Resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
22
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5B5E Z; 5KAF Z; 5B66 Z; 3JCU Z; 4UB6 Z; 3A0B Z; 5GTH Z; 5TIS Z; 1S5L Z; 5H2F Z; 4UB8 Z; 3A0H Z; 4PJ0 Z; 5E79 Z; 3WU2 Z; 3KZI Z; 4IL6 Z; 5GTI Z; 5KAI Z; 2AXT Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZED A; 1K97 A; 4TSF G; 5K1P A; 1FJG O; 4DUZ B; 4QJF B; 3RYC A; 1US6 A; 5JQG A; 1RSO B; 3CRR A; 3F5T A; 5KAI Z; 1XHZ A; 2ILM A; 4Q6G A; 2JVD A; 2NLJ C; 2DYR C; 5IY5 B; 2PYL A; 1IBK B; 1GN3 A; 4TQF A; 2ZNI A; 1Q90 D; 1OHH G; 3E22 B; 5LBQ A; 2AGA A; 4JI8 B; 1XL4 A; 2KQX A; 1Y76 A; 2EJ7 A; 3PJS K; 4DK1 A; 4DW0 A; 3LDE A; 4NTW A; 1HR0 B; 1A32 A; 4XDJ A; 1JA8 A; 3M7M X; 2V4D A; 4DV6 B; 4LFB B; 1W59 A; 5EYP A; 4I0X A; 4AIL C; 1F23 A; 4O2B A; 3JAM N; 4MTG A; 2JGD B; 1XRE A; 2Y69 C; 1Y76 B; 4LFA B; 4I9W A; 4DV6 O; 2CUG A; 4DV0 B; 3IJ4 A; 5JH7 A; 1KYO F; 4JI4 B; 1M57 B; 1U97 A; 5HFL A; 1GM7 A; 4YJ2 A; 1M4U A; 2UXC O; 1M1K W; 3RW0 A; 1NTZ H; 4PA3 A; 4F6E A; 1XMQ O; 3CXH F; 4OGQ B; 1J5E B; 1HDJ A; 3ZRW A; 2E5L O; 2KG7 A; 2ITC C; 4UCS A; 2XND G; 2OYQ A; 1S72 V; 1QCE A; 3R65 A; 3DXR B; 3VQW A; 3K5L A; 1Y66 A; 3SYC A; 2UUB B; 2IU0 A; 4J9Y B; 2CTW A; 4X65 B; 1ZUQ A; 5H6R A; 3U10 A; 4EB6 B; 3UT5 B; 4K3A A; 1WJZ A; 1TVK A; 5J9P C; 4GZR B; 1Y6X A; 5JVD B; 5B5E Z; 2VQF B; 1H2S B; 4QE7 A; 3OTO O; 1VQP V; 5EBM C; 1MA1 A; 1ZTE A; 1I94 B; 3HKD A; 4I7Z B; 3ABL C; 3D36 C; 1XOU A; 2QKA A; 2ZE7 A; 2CTQ A; 1JJO A; 3T1Y B; 4WFF A; 1F7Y A; 4MW8 A; 5IE9 A; 1N33 B; 3QNE A; 4LF9 B; 1YHQ V; 1BSM A; 2AHY A; 4GKK B; 3BFR A; 3GWK C; 1L1F A; 4BAY A; 4E2L A; 2YSU B; 3P30 A; 1GM8 A; 2EIN B; 3MD0 A; 1PV0 A; 4IYI A; 5F2V O; 1S5H C; 4O4I A; 1H8H G; 1VQO V; 1GM9 A; 1KUQ A; 1XL6 A; 2P5O A; 4JI7 O; 3D36 A; 2W0F C; 2K9P A; 3K06 A; 2N74 A; 5LXT A; 3HKE B; 2OTL V; 1FFX A; 3ETQ A; 4TV8 A; 4DRX B; 3TGU H; 4LWS B; 1K5Q A; 1PNK A; 1LNQ A; 4UB8 Z; 3LNM B; 2ZM6 O; 3LSS A; 1CP9 A; 2GV9 A; 4QPJ A; 2DOS A; 3RT3 C; 2VQF O; 5CMU A; 3OTO B; 4CH4 A; 1SKV A; 5LMU O; 3JAK B; 1NQT A; 2QWQ B; 2QDO A; 2DQ0 A; 2F1M A; 4WF9 V; 1JR9 A; 3QTC A; 3T2M A; 1OV9 A; 5L3F A; 1QR9 A; 3IC9 A; 1RP3 B; 1BHA A; 1XHX A; 5LP6 A; 2YI8 A; 4DV2 O; 1V54 C; 3STL C; 5LHH A; 3O9O A; 2X0L A; 2Q4P A; 2YXH A; 1S5J A; 2IJI A; 3DTU B; 4GX1 A; 1YSC A; 2P6J A; 4X20 B; 3HKB B; 5CBG A; 4TOI A; 1RM1 B; 3L70 H; 4DV2 B; 2W0X A; 5CN0 A; 4GKJ B; 3CRM A; 1N0J A; 4LF8 O; 2JIZ G; 4DR6 O; 1B3Q A; 1ENV A; 3UT5 A; 2UUA B; 3QF7 A; 2A79 B; 2LO1 A; 4FZ0 A; 3CMA V; 3RVZ A; 1KB9 F; 4O4I B; 4JYB A; 3E8F A; 1HW7 A; 3BHP A; 4FFK A; 1SES A; 4EFE A; 1YJ9 V; 3RN4 A; 1E79 G; 3TK1 A; 5GON A; 3A0B Z; 4F6R A; 3UKM A; 1PKX A; 5LGN A; 2VQE B; 3APQ A; 1QHT A; 2ZE5 A; 5LYJ A; 1YTF D; 2EX3 A; 2OCC B; 2UXD O; 1KQS U; 3MHH C; 3ZRS A; 2ZNJ A; 4H13 B; 2PTM A; 2IJK A; 4FLY A; 1NTK H; 2Q73 A; 2X6B A; 5BXZ A; 2GUZ A; 1Y74 A; 3AG4 C; 4JI1 B; 4FLW A; 5LOV A; 1P84 F; 2NN4 A; 1XIL A; 2QTS A; 3ZHQ A; 2IM9 A; 4NKG B; 1XUQ A; 3OMI B; 2OCC C; 4J80 A; 1H2M A; 4CBC A; 1MNG A; 4PV1 B; 3SYO A; 1JFF A; 1WAZ A; 3CD6 V; 4TV9 B; 5CA0 B; 2NNU A; 2Y0P A; 3G71 V; 4JI6 B; 3FAV B; 4RQE A; 4UVB A; 4ZBM A; 2Q0A A; 4JV5 B; 3OEE G; 2LW1 A; 3F7Y C; 4IYH A; 2W6I G; 4XDL A; 4I9Q A; 1LUW A; 1W0J G; 4DV3 O; 4JI0 B; 2G38 A; 1Q8I A; 3RWR D; 3M99 B; 2FYU H; 1HWY A; 5BR8 O; 4DUY O; 4RAI A; 2Q6A A; 2WPD G; 2EBO A; 2ZXW C; 2ITD C; 4BIO A; 1TA8 A; 5DN6 G; 3MHS C; 3N2K A; 4DR3 O; 3OMA B; 1NH2 B; 3OE7 G; 4DUY B; 3H9V A; 5LOV B; 1QVG U; 5DED A; 1BQ0 A; 1GO3 F; 2BTQ A; 3WFV A; 3HPL C; 4GT1 A; 5A9G A; 1FXK B; 1OCR C; 3RYC B; 1H2K A; 4DO2 A; 4KXR A; 4WFH A; 1VQK V; 3AG7 A; 4JI3 O; 4YIP A; 5B1B B; 3WB1 A; 1JFF B; 3L71 H; 3FB8 C; 1NTM H; 5EBL C; 2CH7 B; 1EN4 A; 3BCC H; 4DK0 A; 3KZI Z; 2PGG A; 2D3O W; 1GN6 A; 4LF6 B; 2Y4T A; 1K3E A; 2V1D A; 4UCU A; 4O2B B; 4JI1 O; 1L0L H; 4I50 B; 1JJ2 U; 1OCC B; 2OIE A; 5KUM A; 1ROP A; 5KX5 A; 3RBZ A; 3AG3 B; 4CC6 A; 2Q5Z A; 5KA6 A; 2R70 A; 3U11 A; 3LDC A; 5L3G A; 3IAY A; 5B1A C; 3L74 H; 3MAQ A; 5KX5 B; 4LFB O; 2HHH B; 3JD2 A; 3CHX A; 2E75 B; 2GDS A; 4O2A A; 2DMX A; 4GX2 A; 1P4R A; 3OFN G; 3LUT B; 1R6K A; 1UPG A; 2KB1 A; 4DV4 B; 3ZS8 C; 3B2E E; 2HHH O; 5B1A B; 4RUE A; 4LWS A; 3CCQ V; 2QTO A; 4J10 A; 1RSO A; 4R8C A; 4MVS A; 2P4K A; 5CA3 A; 4NTX A; 4PDR A; 1SQV H; 1I5Y A; 3P32 A; 3C3T A; 2LP7 A; 2ZQM A; 3GWO A; 5JQG B; 3CJH B; 4ZI7 B; 5IJ0 B; 1JCH A; 1F4N A; 3ZHS A; 2DYR B; 4WFB V; 3ASO C; 2EIN C; 2QWR B; 3APO A; 1AP6 A; 4TV9 A; 4UUJ C; 4LFA O; 1XMO B; 2AZ0 A; 3CCS V; 2BTO A; 1XI1 A; 2XHB A; 5H9C A; 3SYQ A; 4IHJ B; 4HAM A; 2PYJ A; 3H1K H; 4DR4 B; 4RWU A; 2YS8 A; 4ASU G; 4P2Z A; 5KAF Z; 1SA0 A; 3E8H A; 4UCR A; 4KL1 A; 4UV9 A; 2JJ1 G; 1MAB G; 4BW5 A; 1YF2 A; 3K58 A; 4KUM A; 5JJJ B; 1MOF A; 2Q0O C; 4DR4 O; 1VQ6 V; 1WA8 A; 2EIL B; 2WWW A; 1AR5 A; 4PD4 F; 4D6T H; 3S3W A; 1K4C C; 3CRC A; 5L3C A; 5B1N A; 1B04 A; 4W4L A; 4ZHQ B; 3OUS A; 5KA5 A; 3TET A; 4NXM O; 1YTF B; 4TV8 B; 4DRX A; 2KG7 B; 1CXZ B; 2AZ2 A; 4FLV A; 1SQQ H; 2ZDI A; 4GX5 A; 4LCU C; 4X1K B; 5KMG A; 1EM1 A; 2R9R B; 1Q86 W; 3OR6 C; 4CH5 A; 2VWK A; 4B3T O; 1VP7 A; 1PL0 A; 2ZIN A; 4U3F H; 1AI7 A; 1GN4 A; 4JTC B; 2DYS B; 4UB6 Z; 1VF5 B; 3N2G B; 3SPC A; 4Z1M G; 2EIK B; 3SPH A; 3G6B A; 4GYC B; 1S77 D; 5IT9 N; 2CE4 A; 4X64 B; 3FB7 C; 3K0G A; 4TQD A; 1AP5 A; 2HG5 C; 4B3R B; 1XNQ O; 2XAF A; 2H8P C; 4JI7 B; 4A5U B; 3RYF B; 1NJI W; 2Z0A A; 4ZOL A; 2UUB O; 1I08 A; 1ZX3 A; 3CCV V; 1IBM O; 3AG2 B; 1Z5V A; 4TT3 G; 3B09 A; 2UXN A; 1IXM A; 5BMV B; 4UFZ A; 2UUA O; 4MTO A; 1P7B A; 2D2C B; 2HR3 A; 2HVK C; 3ZHV A; 5LHI A; 5IJ0 A; 4CH3 A; 1IZ3 A; 5D5P A; 3T1Y O; 4H37 A; 4H33 A; 1M5I A; 4DV1 O; 3T1H O; 4JI5 B; 3BAB A; 1RFY A; 1ZL8 A; 2DWE C; 1L0N H; 2WLI B; 2UXD B; 3N2K B; 1LR1 A; 3WG7 C; 4YY3 B; 5BMV A; 4DV5 O; 2JS3 A; 1IDS A; 3K5M A; 3WB0 A; 5FL7 G; 2ZCE A; 3OUF A; 2QWN B; 1S3J A; 4UVC A; 2F95 B; 3FD9 A; 3U0Z A; 4QPK A; 5C8Y B; 3L9D A; 1YZB A; 2VQE O; 3CYO A; 4BWA A; 4JAA A; 1VQ7 V; 4JAV A; 2ADP A; 2GHY A; 4WCE V; 3UO3 A; 1WB7 A; 2Z5U A; 2A0L A; 4O4H B; 3G4S V; 4JTD B; 4X20 A; 1NR7 A; 3BA9 A; 4MSW C; 4QIW F; 4DV7 O; 2P90 A; 2HLD G; 4LF6 O; 1O9G A; 5IJ9 A; 2RN9 A; 3ZX6 A; 2ZE8 A; 4DR3 B; 2XUM A; 1G1X B; 1BZK A; 5JJN B; 2X6A A; 3RFR A; 5IJ9 B; 5IWA O; 5KHH A; 3ZCC A; 1ORQ C; 1HNX O; 1OCC C; 2QE7 G; 1ZL8 B; 3HKE A; 1BE3 H; 2IH1 C; 2NR5 A; 1W2B U; 1YJN V; 4PDV A; 4KP4 A; 1PNL A; 1K34 A; 1D5A A; 2F4V O; 3CRQ A; 1Z2G A; 1NI8 A; 4D7T A; 5J2T A; 1K7D A; 2AXT Z; 1DK1 A; 5C8Y A; 2CH7 A; 4UXN A; 4GUN A; 4UV8 A; 1MSW D; 3JCZ A; 2BOC C; 3P3N A; 1AI5 A; 5GTI Z; 4JYA O; 3BRC A; 4MVQ A; 2FB5 A; 3IFX A; 3CCM V; 3GB7 C; 1ZLZ A; 1SC5 B; 4NTY A; 5EBW C; 1HNZ O; 1PNM A; 3TJT A; 3D3I A; 3EVK A; 4MTF A; 1N4C A; 4FMT A; 1Q82 W; 1KBH A; 4L87 A; 1HNX B; 4ZOL B; 2B9Z A; 3B4S A; 1R73 A; 4B3S O; 4LFC B; 2CAZ C; 1VQ4 V; 1H2G A; 2JGD A; 3AG4 B; 4PA6 A; 4EFB A; 4KHP B; 1N32 B; 1BS3 A; 3W7X A; 5H5N A; 2QM8 A; 1AJP A; 3CCU V; 2YID A; 1NH2 D; 3SJB C; 1R3K C; 4J42 A; 3QVN A; 1I0H A; 2UXX A; 3OT7 A; 4PJ0 Z; 2YI9 A; 3ABM B; 1VF6 C; 4DR1 O; 1LUV A; 4HNA B; 3CCJ V; 4JV5 O; 4PI0 A; 4JI8 O; 1GK9 A; 2OT5 A; 3J7A U; 1H38 A; 4FVM A; 1YJW V; 5LXT B; 1ARO P; 2WLL B; 3K9A A; 4YHH O; 2IW5 A; 2Z3Y A; 1K5S A; 3CE2 A; 3ABT A; 4UCT A; 2R9I A; 4DR1 B; 4RUF A; 3ASN B; 3B8N A; 1XMO O; 4FLT A; 1B6Q A; 1KEC A; 1OZ0 A; 2PF4 E; 3VQV A; 3A8T A; 4X88 A; 4NXM B; 3ABK B; 1XNR B; 4R6Z A; 4X8A A; 2F4V B; 3T4D A; 2N04 A; 3WG7 B; 3K0D A; 5LGT A; 5LMN B; 1FD9 A; 3J80 N; 5FPR A; 1BHB A; 1JMK C; 1M56 C; 4LF9 O; 3H1J H; 1M93 A; 1XNR O; 5IYZ A; 1N0N A; 3NXS A; 2ZD9 A; 1IBL O; 3W7W A; 2C2A A; 3CCE V; 1GRJ A; 5HFM A; 5EIB C; 4KFM A; 1VQ9 V; 5EZY B; 4EKW A; 2XTA A; 4DW1 A; 3EXA A; 1CPY A; 2EZP A; 3OEH G; 1Q6H A; 2CK3 G; 1V9P A; 2IU3 A; 2QA4 V; 5KHK A; 5IYZ B; 4N23 A; 3CPW U; 4U7O A; 2UU9 B; 5H2F Z; 4IT5 A; 3F5W C; 1BGY H; 1ZWI C; 2M6Y A; 1SQG A; 3D3Q A; 3HKC B; 2QGN A; 2RJZ A; 2DW4 A; 2HJD A; 3CRA A; 4J9Z B; 1XEQ A; 2OWO A; 2R9A A; 1IBL B; 1N36 O; 2DJV A; 1J5E O; 4ICG A; 1FFT B; 2WLH A; 4O4J A; 4P9O A; 4GKJ O; 1XNQ B; 2EUL A; 2EIM B; 2E3C A; 4FLU A; 1S76 D; 1WLE A; 4PA4 A; 4F4L A; 5IDJ A; 2P4V A; 1VMG A; 3OM3 B; 1GMG A; 3RVY A; 3JAW A; 1RPR A; 1F51 A; 3E83 A; 3ZMU A; 2ZXW B; 2IH3 C; 2EIM C; 2JEX A; 4UVA A; 3K5N A; 5L3E A; 4FFB A; 4DXW A; 1SQX H; 4FIP C; 5LMU B; 4B3T B; 2B5U A; 3JAS B; 4LNU B; 1OCZ B; 1IXB A; 3K04 A; 4DV1 B; 3SPG A; 1N33 O; 1HNZ B; 3K08 A; 4YIO A; 1CEZ A; 5B1B C; 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1VEW A; 2WAM A; 2KSD A; 1HP8 A; 1XDC A; 3ZBH A; 5KHI A; 2V7Q G; 1SZX A; 4DR5 B; 5CBF A; 4B7E A; 3OD4 A; 1MSD A; 1YDX A; 5EC1 C; 4LF4 O; 3BPZ A; 3AG3 C; 5FNV A; 1MMM A; 4KHP O; 1N32 O; 4JYY A; 3ML0 A; 3HR0 A; 3ZMT A; 4Z2W A; 4O2A B; 2VWJ A; 4MVZ A; 1D5N A; 4K8Z A; 3L75 H; 2EIJ B; 3A2F A; 2HJF C; 4I55 A; 1JOY A; 2WLM A; 3FYE B; 1THZ A; 1YIT V; 1QLE B; 5CB4 B; 3JAR B; 2N05 A; 2JEU A; 1WNS A; 3RGB A; 1V54 B; 3TXQ A; 5IYC O; 4CH6 A; 1TUB B; 2EIJ C; 1S0V A; 1BT8 A; 4U3J A; 5LA6 A; 3JSL A; 1RM1 C; 2PI4 A; 1QBZ A; 1YEW A; 4J7Z A; 3ZJZ A; 1K9M W; 3ZN1 A; 5JCO C; 2UUC O; 1GKF A; 5LMN O; 3TCU A; 4K0K B; 1XQ8 A; 4J41 A; 3ZHT A; 1BQZ A; 2ZIM A; 1WN7 A; 2Q69 A; 4YHH B; 3QG5 A; 4I4T B; 2YIB A; 1I5X A; 1U96 A; 4GLX A; 1RPO A; 2Q7G A; 2BOB C; 2RCV A; 5KHJ A; 1SQB H; 2YEV B; 4HYO A; 4WFA V; 3RYH B; 3Q4H A; 1WA8 B; 2ZIO A; 3CX5 F; 4MVU A; 3AG1 C; 5ITZ B; 3JAK A; 2P06 A; 2E76 B; 1Y67 A; 1I7F A; 4X1I B; 4O4L A; 2F23 A; 3W7U A; 2Y4U A; 3JAL A; 2Y0I A; 3JD0 A; 1JPX A; 1QR8 A; 2YIB D; 2H3O A; 4NB5 A; 2ETN A; 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