3APQA

Crystal structure of j-trx1 fragment of erdj5
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
IQNFYSLLGVSKTASSREIRQAFKKLALKLHPDKNPNNPNAHGDFLKINRAYEVLKDEDLRKKYDKYGEKGLEDNQGGQYESWSYYRYDFGIYDDDPEIITLERREFDAAVNSGELWFVNFYSPGCSHCHDLAPTWREFAKEVDGLLRIGAVNCGDDRMLCRMKGVNSYPSLFIFRSGMAAVKYNGDRSKESLVAFAMQHVRSTVTEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of an ERAD pathway mediated by the ER-resident protein disulfide reductase ERdj5.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DnaJ homolog subfamily C member 10
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
total genus 65
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF00226 DnaJ DnaJ domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.287.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helix Hairpins DnaJ domain 3apqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3apqA02
3GL5A 3LJRA 4ZBBA 1HYUA 5HFKA 1YEXA 4DVCA 4OFMA 1K3YA 4EE0A 4K6XA 1AIUA 3GTUA 11GSA 3SWLA 1XIYA 2OKAA 2VL2A 3D22A 1FVKA 1HNCA 4I2TA 2PVOC 1S3AA 1AQVA 3GH6A 5AIXA 4HQZA 3KGKA 1EV9A 4WR5A 4ZB9A 1GSSA 3GH9A 3RHCA 2EJ7A 3UVHA 4K7NA 4G2EA 4AJ7A 1E6BA 2GQLA 4MP4A 2K18A 4V1Ag 4HDEA 1A2LA 1ZYQB 2IN3A 4X1UA 2MMZA 5DJLA 2LRNA 4PURA 2CV4A 1PX6A 3WGDA 4PUAA 2N5AA 2PGTA 5IM9A 2FWHA 1PMTA 3NZNA 3MSZA 1XFLA 2DBCA 2CTPA 3FRCA 4EDZA 2PBJA 3I6AA 3HVVA 2LO1A 1T7PB 2CVKA 2AB6A 4IQAA 2X64A 4TR3A 2GQMA 1LBKA 2R37A 3FK8A 5KN3A 3FEUA 2NDOA 1OC8A 2NTOA 1B8XA 5D9VA 5EPFA 1PL1A 3CBUA 5AISA 4DEJA 3P7XA 3IPZA 2K9FA 2IMDA 1H75A 3ZFBA 1BEDA 4H86A 1DE2A 4N0VA 3F8UA 1WOUA 2M46A 5DBQA 5HR1A 4XS4B 1TU7A 1GSEA 2WULA 5AIVA 4V2LA 5GSTA 3GFKA 3UVTA 1MTCA 4ILFA 3UAPA 3QDNA 1GTUA 9GSSA 1O8XA 3KD0A 4QQ7A 3GL3A 5J3RA 3ZMLA 2E2GA 1GUHA 2IL3A 3EINA 4TOPA 1K0NA 2CQ9A 4BWSA 1EOHA 1TOFA 2VCWA 5IIZA 1A8LA 4J57E 2ZUPA 2EIQA 2LQQA 1B4PA 2VD1A 5B6NA 1EOGA 5D93A 1ACVA 1FPOA 4HQSA 3LYKA 2JZRA 5F8BA 4WF5A 2V32A 2H0IA 1ZYEA 3ME7A 3FYGA 2LJKA 3D5JA 4HJMA 2HFDA 4KAEA 2D2ZA 1YEPA 1A23A 3IBHA 4G10A 3BJ5A 1QMVA 5ECIB 2F8FA 2JADA 1F37A 3FR6A 3H4KA 1FG4A 4JEDA 1V58A 4F9ZA 1AQXA 1NSWA 2N04A 3UO2A 4FYBA 3LYPA 4K0NA 2I1UA 3DGQA 1K0BA 2VL9A 2N5FA 2WJUA 2OA7A 4I97A 6GSUA 3D21A 2C0DA 2O85A 3WD6A 2WZ9A 3GX0A 3HZ8A 4Q5RA 4TXVA 3F6FA 4L0WA 4F0BA 4G19A 5KN1A 4N0ZA 4ACSA 3UO3A 4KGIA 2DMMA 2CVBA 4X0XA 3HDCA 2IIYA 1FOVA 2LS5A 4D73A 2NPBA 1JHBA 2B1LA 2YUAA 4IJ3A 2VUPA 2GQKA 3F63A 1NHYA 4IVFA 2C3QA 1ERWA 5KN2A 1SYXA 5D73A 4RI6A 5B6MA 4O92A 3C8EA 2RM5A 2MBSA 3ZIJA 2E0QA 2WS2A 2L57A 2N05A 4LA1A 4TRXA 3TKPA 2DJ0A 3C73A 3WT1A 3GUSA 3GV1A 5ECNB 2FA4A 1M9AA 5DAKA 1EEMA 1BQ0A 2YZHA 3F4TA 1T4YA 1M9BA 4CDOA 2E7PA 2AHEA 4NHZA 2ZNMA 2L5OA 1FO5A 6GSXA 3UMAA 2B5YA 1X9MB 2LRTA 2FWFA 3DKSA 5JCUA 4MH2A 4QL9A 4JE1A 3GURA 1XCCA 3HCZA 3IE3A 3ZLPA 2DIYA 2JZSA 2NVLA 4XS1A 4MPGA 2CX4A 5D9WA 5DALB 2WGRA 1PX7A 2IFQB 2LGWA 1A0FA 3QCPA 4NXIA 2X99A 1JFUA 2F8AA 4I5QA 2C80A 2V2GA 2WFCA 3W8JA 1KNGA 1HNAA 1K0MA 3KEBA 2I81A 4WF4A 5H5SA 2XC2A 3ZRDA 3RBTA 1PD21 4K2DA 1QUWA 3HZ4A 1ILOA 3VPQA 3APQA 4ECCA 3IAM2 4O7HA 2F9SA 3O6TA 1OKDA 1TRVA 5ABRA 6GSSA 1N8JA 3DEXA 3RAZA 5ECLB 3VI5A 1J0FA 2HRNA 1C72A 3IDVA 3ED3A 5GSSA 5ECKB 5CRWA 5J9BA 3BD2A 1GSYA 1E2YA 1F9MA 1SJ6A 4O32A 1MD3A 5AN1A 4HU7A 3C1SA 3A2WA 1GSFA 4ML6A 1U88A 1BYEA 3Q74A 3KCMA 2GUZA 3IHQA 3F3RA 4WXTA 1B48A 1XPVA 3A3TA 1PGTA 1B4QA 4Q5FA 4K7OA 4GQCA 4NMUA 4TR1A 2G2QA 3CTFA 4FIWA 2C0EA 2HZEB 2WCIA 3HA9A 4JRRA 4IHUA 3GSSA 1YKCA 2AYTA 4MJCA 2DMLA 1DSBA 2EC4A 1VF2A 2O87A 5ECOB 3UOMA 3LEFA 5F07A 4EF0A 1XW5A 3TJGA 1SKSB 5ID2A 2IMEA 2KP1A 3DMLA 2O89A 3G7JA 4GCIA 1SJIA 1MDKA 5CAXA 1A0RP 2H01A 2XPEA 3APOA 4XIHA 1USBA 4KW6A 1WRYA 2RIIA 2YWOA 4TXOA 3CSHA 2Y4UA 2PU9C 5GZZB 1O8WA 1T1VA 2CA8A 1ERUA 1Y25A 3ZYWA 3GTUB 4JBBA 1K3OA 4GSNA 3KXOA 3NIVA 5IMZA 4TW5A 1PKZA 4ML1A 4TKYA 1XVWA 2GTUA 1PA3A 1AC1A 3L9UA 3KIJA 3NOFA 3QR6A 5HFIA 1M0UA 3KP9A 1XOAA 2WDUA 4RQRA 2XPDA 1CQGA 1S3CA 3CRTA 1TU8A 4IT5A 2IMKA 2MBTA 2I9HA 3TKSE 2LV3A 1XVQA 4KDXA 3LFLA 5G30A 4TN8A 3A5WA 1FAFA 1XWGA 3KZQA 2GS3A 1OAZA 3RPPA 3M9KA 2H70A 2DIZA 4KDUA 3P8WA 1TKDB 2RUFA 5F05A 1HD2A 2MYGA 4WKWA 4POMA 1SKRB 3TKSC 2FA8A 3H93A 3ZIVA 1SK2A 4MJEA 1SK1A 3J7Yb 4WETA 3DXBA 4Q5NA 3H8QA 3MNGA 2YZUA 4GQFA 1XBSA 4BPYA 4DSSA 1GUKA 3RDWA 2YN1A 1JZDA 2YOIA 3Q6OA 1EV4A 3VLNA 1ABAA 1YKAA 4PQ1A 1R26A 4FYCA 4GLTA 2YWMA 2YP6A 2X8CA 4PGTA 1TRUA 4K0GA 1F6MC 2GZYA 2X8HA 4ULXA 3FW2A 3U6VA 3VWVA 4BVXA 1R4WA 1F2EA 1Z9HA 1ST9A 4PXOA 4XCSA 3GX8A 2DJ2A 4OCFA 1GRXA 1GSQA 3LGCA 1FW1A 1Z5YE 2J23A 2H75A 2H76A 3DVWA 5DJMA 2L6LA 2H1GA 1G7EA 5ECQB 4GTUA 4BVYA 3MAKA 5ECMB 5E59A 2LRCA 2GSSA 4ZXGA 5HQPA 2IWTA 4PNFA 17GSA 2GDRA 3KH7A 4IJIA 1I9DA 1X5EA 2H6ZA 2DJ3A 1U3IA 4IBPA 1TRWA 3QPMA 4N10A 2CVDA 2QWRB 2GVPA 5DQSA 2JSYA 1WIKA 1WMJA 3FZ4A 2OJLA 1FHEA 2GGTA 3DVXA 2HYXA 1MDIA 3M1GA 2A4VA 4RI7A 2HT9A 3W6GA 2P5QA 3M0FA 4I2UA 2KQXA 1LJRA 2DSAA 3HJMA 2HXKA 2CTQA 1FB0A 3EC3A 4KH7A 4FH8A 2AUVA 3L78A 1VRSD 1QQ2A 4PUFC 3P90A 1J08A 2ES7A 4E8EA 2M72A 4IW9A 1Z6MA 4GSSA 2EIOA 1YJ6A 2LTKA 1M99A 5IO0A 2YJ7A 3IOSA 1U87A 3PR8A 1YY7A 2VLUA 7GSSA 2DC5A 2VCTA 3OR5A 2HRFA 1PRXA 1NW2A 1TK5B 1Z6NA 2WB9A 2C8UA 1R5PA 5A4UA 1XZOA 2TRXA 2G0FA 3EMXA 2P5RA 3FZ9A 5B7CA 4RWUA 3TRPA 6GSVA 4KSMA 5G5FA 1BAYA 5A5KA 2AV4A 5CP1A 2TIRA 3KM6A 1G6WA 4POLA 1G6YA 4YAPA 3QMXA 4TR4A 1EP8A 3ZREA 4LLRA 4KSOA 4G9HA 4L0UA 4POKA 1TI3A 3ZVJD 4AF2A 4JR4A 4N11A 2QWPB 4GF0A 4HOJA 2YANA 3CXGA 3QAWA 5HFGA 1G0TA 1X5DA 3GKXA 1EZKA 5E4WA 4JU5A 2CX3A 2PPTA 2V6KA 3QAGA 1Z3EA 2PN8A 2IMFA 3HVXA 5A4VA 1GNEA 3HVSA 1NZ6A 4HEA2 4YQUA 1SYRA 5D96A 4KCEA 3ZMKA 2MMNA 3WGEA 2VCXA 2PWJA 2YPMA 3IRAA 1UA5A 4MMMA 1GUMA 4NHWA 3TRXA 2CT6A 1K0CA 3E9JB 4L5OA 3GKKA 2LQOA 1I5GA 5JCWA 3G7YA 1OC9A 4IGJA 1X0RA 3CSIA 1IYHA 3GN3A 1ERVA 2AAWA 4ECJA 3BOAA 4ZB6A 1TTZA 3HKRA 3LG6A 1R7HA 3US3A 1OKTA 1T3BA 1BG5A 5A4WA 2LUSA 1YF1A 3LWAA 5ECRB 4L8EA 1CQHA 1TW9A 1WJZA 3PGTA 4K8MA 3TJJA 5D8IA 1J9BA 2A2RA 3TJBA 3IV4A 3HJOA 1WPIA 1Z7PA 1QK8A 4NV2A 4EL1A 3E0UA 3ERWA 5EL8A 2CZ2A 1K0AA 2P0GA 2L4CA 5DCGA 1A24A 2GUZB 3HYPA 3TKQA 5FT3A 3C7MA 5CRGA 1GTAA 1OC3A 4TR1B 5KEJA 4MK3A 5CRDA 4ZBDA 2BJXA 2JL4A 2ON7A 1QXHA 4ZL8A 1TRSA 3BCKA 2PF4E 4P3YB 2YV7A 14GSA 3FZAA 2HZFA 5ID2B 1YQ1A 3HXSA 3L9VA 5G5EA 19GSA 3EWLA 1OVNA 2KP2A 4MF5A 2LJAA 1TK8B 5JCGA 5D9XA 1N4CA 4V1Ap 2M6YA 4MABA 3APSA 2FY6A 2GZZA 3IA1A 12GSA 2H6YA 2VAFA 5IQYA 3O76A 1V98A 1T4ZA 4XRDA 4IN0A 2X8GA 13GSA 3M8NA 3Q18A 1FVJA 2QSIA 5D9TA 3F3QA 4MZWA 1AUCA 2HLSA 2R4VA 3CMIA 1F3AA 1EWXA 2OBKA 1V2AA 2V1MA 3TGZA 1R5AA 3BCIA 3N9JA 16GSA 1ZMAA 3TUEA 3FKFA 2N5BA 4F2IA 2JZTA 3KTLA 4K7IA 2R3XA 1XWKA 2CTWA 3IC4A 2L4QA 4E8HA 5H5RA 1TI1A 4MCUA 3KTBA 4MJAA 5JWRB 20GSA 2K8VA 2VOCA 3IR4A 2WRTA 3K8NA 2K8SA 3LORA 2VM2A 4V2NA 1URMA 2LJRA 5G2ZA 3TRQA 3ZTLA 4POBA 2LNSA 1SKWB 4DSSB 4OO5A 4XHMA 5ECHB 2FCHA 3UIWA 3TKRA 4ZIJA 1X9WB 5DVBA 1AQWA 3BBYA 1XBLA 1ZL9A 3G7IA 4V2MA 2H1DA 1SJZA 1SL2B 3VURA 2YS8A 4HUAA 4EO3A 3I43A 4HZ4A 3DIEA 4AJ8A 4WR4A 4F0CA 2B7KA 2L6DA 2VLTA 3U5RE 1GH2A 1KEBA 4KE3A 2EIRA 2H19A 3HD5A 4EUYA 3UCSC 1JZRA 3IAS2 4KDYA 4MZBA 2GLRA 3RPNA 5IO2A 3VWWA 3ERFA 3LQ7A 4IQ1A 2ALBA 4PQHA 1K0DA 1FAAA 2XBIA 3MWHA 1U6TA 2GT5A 4KX4A 2C3TA 2H73A 1SD9A 2AJQB 2VL3A 2FWGA 1V57A 5JWOB 4MPFA 5AGYA 3D0ZA 3GMFA 2KUCA 4TR0A 4FYUA 5CNWA 5COHA 2MZCA 2L5LA 3QFBC 2YV9A 4OWYA 2GSRA 2VCZA 3EE2A 3J7Yk 18GSA 4QL7A 1DE1A 3QOUA 3FR3A 3CSJA 4KA0A 1EP7A 1GP1A 2GSQA 4EDYA 1F3BA 3CRUA 2DJ1A 1T8EB 3LXTA 2CAIA 2C0GA 5ELAA 3EMPA 2ZCTA 6GSYA 4HU9A 5IMVA 1UN2A 5F0GA 1M2AA 1W89A 1PL2A 2J9HA 4EKZA 4DSRA 3O3TA 1PQNA 3UBLA 1MEKA 5DDLA 3D6IA 3FR9A 5FWGA 2R5GA 2VM1A 1RK4A 1RQMA 3E3EA 4KUNA 5B8BA 1ON4A 2PMTA 4YQVA 2B1KA 1O6JA 3P2AA 2CZ3A 5IOWA 5LNKe 2C1YA 5DCHA 1AXDA 3DD3A 4BL7A 5JWQB 1M2DA 2IPAA 3GSTA 2QWNB 2H72A 1TDIA 3L4NA 3LXZA 5G31A 4LL1B 1S3DA 1GLQA 1A8YA 2E2MA 8GSSA 1X5CA 3IK7A 5ECPB 2C4JA 3EU4A 3GKNA 1NHOA 5IPHA 3W8SA 4HI7A 5L71A 2QWQB 4J56E 2LNTA 2L59A 3EVIA 3F6DA 5HR3A 2MMOA 2REMA 4YQMA 4ECBA 2JSZA 1M2BA 4EVMA 4N30A 1O7UA 1DUGA 3KJYA 5ELGA 5HR0A 5IMCA 3GHAA 5EVOA 3TKSA 3F0IA 2O7KA 1GL8A 3IK9A 4AJ6A 3RHBA 5J4UA 3N5OA 4F82A 4IP6A 1O85A 1OE7A 2FD3A 1RW1A 2QC7A 4EXJA 4DSQA 4NAXA 4LL4B 2P31A 5CO3A 2H0HA 2HE3A 4PX1A 2OE3A 3VWXA 5LD0A 2GSTA 3HY2A 4D73B 1K3LA 4GSTA 3L0HA 1JLWA 3HJPA 1OC9B 4F03A 2H66A 6GSWA 3C1RA 1TK0B 3MDKA 3UJ1A 4X43A 4RQXA 4XS6A 2B3SA 2YCDA 3DYRA 3G9BA 3D4MA 3GNJA 4WEYA 3FY7A 2L6CA 2GZPA 3TOTA 1Q4JA 1PKWA 1O81A 2HI7A 2HNLA 3S9FA 3AG7A 3KMNA 4CHSA 1M7TA 4HZ2A 3F4RA 1NM3A 5DAKB 2XHFA 3QFAC 4OFNA 1WE0A 3ZVJA 1VF1A 1MD4A 5J41A 1GLPA 1JZWA 1ZCPA 2YWNA 3I9V2 5ECSA 1JZOA 5DQYA 2H1AA 3TJKA 2CUGA 1G7OA 2XBQA 3UL3A 5J5NA 1DBYA 1VF3A 1V9WA 1QFNA 1BQ7A 3FZ5A 3UEMA 1PN9A 2H71A 2H30A 1GTIA 4IP1A 1ZZYA 4NV5A 3ME8A 2YWIA 4BA7A 2CTRA 1BQZA 2B5EA 2R6KA 3ERGA 1XXUA 1AAZA 3ZITA 1A2MA 4XS4A 4KB3A 4Z7XA 2KLXA 4ID0A 1W4VA 3QAVA 4NPBA 2JACA 1WJKA 5CRHA 2VO4A 4MA9A 1BX9A 5GAND 5CREA 2DJJA 4JZQA 4WBJA 1SU9A 1SENA 5HR2A 1ML6A 3EURA 4BWQA 2VLVA 3ISOA 2IMIA 4J80A 3LSZA 1THOA 4RUVA 4ZBAA 4ZL9A 2VD0A 1HNBA 1YF0A 1GSDA 2NBSA 2FHEA 4Q5QA 3PINA 5J9CA 3TDGA 4YH2A 2O8VB 3BVOA 2YJHA 2HSHA 3C71A 1QGVA 1XW6A 3DRNA 5H5QA 5KN0A 2CAQA 2H6XA 4LMWA 2RLIA 3GIXA 2I3YA 1VF4A 3UARA 2F51A 3I69A 5CYYA 1Y6EA 5LCZA 1EEJA 2BTOT 1PSQA 2IJYA 4LMVA 1XW9A 1UC7A 2VCVA 3QD9A 3EU3A 3TJFA 3WGXA 4NWYA 2H0GA 2DMXA 3TB2A 2QSAA 2H74A 3IXRA 1UVZA 3WT2A 5INYA 1ERTA 1TXXA 3AY8A 4JR6A 4ZL7A 4TXOB 3KH9A 1B9XC 4J7ZA 1KBNA 3SBCA 4MLYA 2VCQA 1X9SB 2Y4TA 2FWEA 5IOXA 1XWAA 3F4SA 4MDCA 4ZB8A 2B6MA 3H1NA 4GXZA 2LKUA 2B7JA 3GA4A 5C04A 1SD8A 3M3MA 4PQIA 3UBKA 2OCHA 2C0FA 3M9JA 3JCML 4OFTA 3V1WA 1VGLA 3GKMA 2I4AA 3CTGA 2RUEA 1GULA 3DWVA 1OYJA 2HSYA 4MZCA 3A2VA 2KOKA 1JLVA 2OE0A 2PERA 3EYTA 3VFIA 4OCEA 1K0OA 2FUG2 2KHPA 3ZL5A 4ECIA 1XWBA 4GWRA 5EY6A 1WP0A 4MF7A 4J2FA 4PNGA 3H79A 2OBIA 4XTSA 4MF6A 2ON5A 2PVQA 3TOUA 3R2QA 4ISDA 1XOBA 1Q98A 1FB6A 5B8AA 4MH3A 2VL2C 2Z9SA 5DALA 2A2SA 1T00A 1BJXA 1YZXA 1Z7RA 2IFQA 2V6OA 2H8LA 4MJBA 1V40A 6GSTA 2M80A 2BMXA 1EGRA 1ZOFA 2RM6A 4OMVA 4HS1A 3VWUA 4CW9A 5GAPD 5G1KA 3FHKA 4GRFA 4I6XA 2OE1A 2YNXA 1GWCA 2C3NA 22GSA 2VIMA 2F3MA 3VPTA 1THXA 2DJKA 4K9ZA 4AGSA 1HDJA 1U3AA 1SL0B 2FGXA 2V41A 2FNOA 3Q19A 3WYWA 1SK0A 3TCOA 5IMFA 1GNWA 2TRCP 1TJDA 1LU4A 2QGVA 2OACA 1GSUA 2B5XA 1WWJA 4IELA 3KP8A 3ZFLA 3D4TA 3HHVA 5IMDA 1B9YC 2LEGA 3GYKA 1H4OA 1YDKA 2GT6A 3VI7A 4K1FA 3GRXA 5C00A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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