The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
33
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR2 O; 2UUB O; 4JI4 O; 1N33 O; 4OPA A; 1NS1 A; 1XNQ O; 3O65 A; 4LF6 O; 1G1X B; 1XEQ A; 1AIL A; 5LMU O; 4JV5 O; 3J7A U; 1FJG O; 1FKA O; 4GKJ O; 4KHP O; 4DUZ O; 1HNZ O; 4DV5 O; 3R66 A; 5IT9 N; 2LW7 A; 1YZB A; 5H5N A; 4X64 O; 1F7Y A; 4JI3 O; 1R1B A; 4AQY O; 4NXM O; 4JI0 O; 4LF7 O; 3M8A A; 4K0K O; 4JYA O; 2Z0A A; 4LFC O; 4DR7 O; 4B3T O; 1HR0 O; 4DV7 O; 2DOS A; 2HHH O; 4DV1 O; 1N32 O; 3RT3 C; 4OPH A; 5BR8 O; 4OX9 O; 1XMQ O; 1KUQ A; 4JI6 O; 4X66 O; 4DV6 O; 4DV4 O; 1IBL O; 2FKX A; 2AGA A; 3J81 N; 2ZKO A; 2UXB O; 2DJV A; 4LFA O; 2ZM6 O; 4X65 O; 1J5E O; 1HNX O; 4DR5 O; 4LF9 O; 4DR4 O; 2VQF O; 2UUA O; 4YY3 O; 4JI2 O; 2E5L O; 4LFB O; 4LF5 O; 3J80 N; 2UXC O; 1AB3 A; 1IBM O; 4X62 O; 1A32 A; 1XMO O; 1I94 O; 3SDL A; 4JI5 O; 2UUC O; 4A5U B; 1X59 A; 4NXN O; 2JRI A; 3JAM N; 4DR3 O; 5BY1 A; 3OTO O; 2N74 A; 4DV2 O; 5LMN O; 1IBK O; 4DR6 O; 4DUY O; 1HNW O; 2UU9 O; 4B3R O; 3T1H O; 4JI8 O; 4YHH O; 2F4V O; 4LF8 O; 1FYJ A; 4GKK O; 4B3M O; 1N34 O; 1XNR O; 4DR1 O; 4JI7 O; 4LF4 O; 1N36 O; 2VQE O; 1DK1 A; 5FLX N; 3F5T A; 1R6T A; 3T1Y O; 5LL6 Y; 4DV3 O; 5A2Q N; 1D2D A; 4DV0 O; 2UXD O; 4JI1 O; 5IWA O; 5BXZ A; 4B3S O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y69 B; 1YCI A; 3ZMS A; 3B8M A; 3OMN B; 1XEQ A; 5CA3 A; 5LMU B; 1MOF A; 1KMI Z; 4X8A A; 2A7W A; 2YIB D; 3MDS A; 3OMI B; 4O4J A; 1S5H C; 3NXS A; 1N34 B; 1XNR B; 1BHA A; 1AI6 A; 4I4T A; 4JI7 B; 4DUZ B; 1CPY A; 1Q6H A; 2ITC C; 2LW7 A; 1TVK B; 5EK0 A; 2DYS C; 4X89 A; 2V7Q G; 2A3Q A; 3AK2 A; 3E89 A; 4PA9 A; 3ETQ A; 5J2U B; 5EC2 C; 5B66 Z; 3D36 C; 4F4L A; 4NXM O; 1RPR A; 1DLB A; 3K5L A; 2YXY A; 4C7U A; 4DR7 B; 1TVK A; 4B3T B; 3TGU H; 1JCH A; 5KUK A; 1FXK C; 2Q7G A; 1PL4 A; 1H38 A; 2R9I A; 3RYF B; 3MHH C; 2OT5 A; 1VIB A; 3JAT A; 1WLE A; 2R70 A; 3CC7 V; 4X66 B; 4DV4 O; 2RQ6 A; 2C2A A; 4PD4 F; 2ZIO A; 3OD4 A; 4JAV A; 4DR4 O; 2KB1 A; 2WLN A; 4ZKI A; 5KA6 A; 4J7K A; 4NVP A; 4E4E A; 1NKD A; 3J80 N; 1IBM O; 3ZMV A; 2EZP A; 1TUB B; 4JZ2 A; 4F6R B; 2Y0I A; 1PPJ H; 3ZRW A; 3JAW A; 3ABK B; 3UKM A; 3K3W A; 1JJ2 U; 3ASO B; 2AHZ A; 1YF2 A; 1K33 A; 2F93 B; 1IBK O; 2V1D A; 1XL6 A; 4PA6 A; 4F6R A; 3JCZ A; 3STL C; 2AZ2 A; 1KEC A; 5BMV A; 4LF5 B; 4LF4 O; 1NVP D; 5LA6 A; 4R50 A; 5F2V O; 1DK1 A; 2A0L A; 5LL6 Y; 4FJC C; 4PJ0 Z; 1D2D A; 1GM8 A; 4JI5 B; 2PUS A; 4UB8 Z; 5H2F Z; 1Q43 A; 2UUB O; 1W0K G; 1G1X B; 1NS1 A; 4LF6 O; 3K9A A; 2Q0A A; 2Q7H A; 4CC6 A; 4U3F H; 3T2M A; 1CP9 A; 3BCC H; 3BY6 A; 1P49 A; 5IWA B; 3K5N A; 5D5P A; 1R3K C; 5L3G A; 5LGU A; 1K73 W; 3CRC A; 3AG3 B; 1WA8 B; 1BMF G; 3AG4 B; 2ODM A; 1VAR A; 4JGS A; 1PNK A; 4DV7 O; 2WLL A; 3L70 H; 1FS0 G; 2PZS A; 1JOY A; 1IDS A; 5EIB D; 1M57 B; 3CCE V; 4X9Q A; 1NQT A; 1GN3 A; 2BE3 A; 2ZIN A; 5CBF A; 1VMG A; 3E8F A; 2Q6A A; 5JJE B; 2IW5 A; 1V54 B; 4DV6 B; 2ZKO A; 4FZ0 A; 2DJV A; 4TUY A; 1AR4 A; 1AJN A; 1HNX O; 2QWR B; 3OTF A; 2JEU A; 2IJI A; 1VQ9 V; 1NT2 B; 5LXT B; 2QWO B; 5DEC A; 2NN4 A; 1AB3 A; 1MSD A; 4PHZ A; 5IJ9 B; 1MNG A; 1S76 D; 2KG7 B; 1YXB A; 4L8J A; 1I7F A; 1WPX A; 1U97 A; 2P5O A; 2Y69 C; 4G28 B; 3RYH A; 1OJH A; 5K1P A; 4CS4 A; 3JAK B; 3JSL A; 2CTQ A; 2F66 C; 3A2F A; 2ETN A; 1WJZ A; 2XT9 A; 1ZWI C; 3VQW A; 1FFX A; 2EIN B; 1B6Q A; 4GT1 A; 1THZ A; 2ADQ B; 3THO A; 1EN6 A; 2WLI B; 3B2E E; 4DV2 B; 1QNM A; 1OCZ C; 4UV9 A; 1WB7 A; 4X88 A; 4TWK A; 5C8Y A; 2Z3Y A; 1IZ3 A; 1MG1 A; 2DQ3 A; 2MK3 A; 1W59 A; 1SQX H; 2KSD A; 3R66 A; 3UO2 A; 3RW0 A; 1SER A; 3F7V C; 3H1K H; 4JI3 O; 4WBN B; 3ZN1 A; 4JI0 B; 3HKE A; 4D7S A; 2XND G; 1K8A W; 3ABK C; 3NR7 A; 1I5Y A; 3ASO C; 4NYK A; 1K5Q A; 1I0H A; 5KLV H; 5K1X A; 4OPH A; 3SR2 C; 2QTO A; 3OEE G; 2WAM A; 3ETD A; 2AGA A; 5IJ0 B; 1ENV A; 4QE9 A; 2CGO A; 1J5E B; 3I56 V; 5KHI A; 4I50 B; 3ZHS A; 4E2L A; 3JAL B; 4TV8 A; 4J7Z A; 2JIZ G; 5IY5 B; 2CH7 A; 4X1K B; 4DO2 A; 4R7C A; 1UPG A; 1XHZ A; 2QJ1 A; 3ETE A; 1NTZ H; 2HJF C; 5IJ0 A; 3ABU A; 1A32 A; 4I50 A; 1RSO A; 2RNB A; 5CMU A; 3JD3 A; 3ZCC A; 4TQF A; 5LP6 A; 4WFA V; 5CB4 A; 2DYR B; 2Q69 A; 4DV4 B; 4DR3 O; 2XUM A; 2R72 A; 1WP7 A; 1OCR B; 4UCV A; 1BHB A; 1HNW O; 1NZ6 A; 4DW1 A; 3JAS A; 2XTA A; 3S3W A; 2Q8V A; 5E1A C; 4I9Q A; 3EHB B; 2HVK C; 1N36 O; 3G6B A; 5JCO C; 1IBM B; 3DC6 A; 2RN9 A; 1VF6 A; 3L75 H; 2B9Z A; 1N4C A; 4B3S O; 3AG3 C; 4K8Z A; 2YXL A; 2YSU B; 2PI5 A; 5A9G A; 3RFR A; 1IBK B; 5KX5 A; 2D3O W; 5EBL C; 4B7K A; 5LMU O; 2A9H A; 1K3E A; 4ZHQ B; 3W7U A; 3J7A U; 1WPB A; 5IE9 A; 3DSQ A; 4LF4 B; 4GKJ O; 4DUZ O; 1V54 C; 4LC1 A; 3FX7 A; 5CBH A; 4DV5 B; 4CC5 A; 2O57 A; 1K4C C; 3ZRS A; 2HEP A; 3C90 A; 3RVY A; 4MVZ A; 2RMK B; 4NKG B; 2Y48 A; 5IYC O; 3SJC C; 1BSM A; 2UUB B; 4AIL C; 4K8X A; 5DED A; 4DR7 O; 4B3T O; 1Z2G A; 3CE2 A; 4FZ1 A; 3UT5 B; 1N32 B; 3TXS A; 1COW G; 2B1I A; 4X66 O; 1O9H A; 2JGD A; 5KAF Z; 1Q8I A; 3JAR A; 4JF3 A; 2ZM6 O; 3ZRX A; 3T1C A; 4LF9 O; 1Q86 W; 3UT5 A; 1GH6 A; 1BZK A; 2UUA O; 4JTC B; 3CSX A; 3JD0 A; 3OFN G; 4HNA B; 1TUE B; 4MVS A; 2IBZ H; 2WWW A; 4XBF A; 3TXQ A; 3K59 A; 2EIN C; 1Q7Y W; 1XQ8 A; 2XAS A; 1XMO O; 1R3I C; 4PA3 A; 4X1I A; 5CA1 B; 4GCZ A; 3D8C A; 1EFR G; 2FB5 A; 1QBZ A; 2X0L A; 3RN4 A; 4LWS B; 2EIJ B; 1MSW D; 4EFE A; 1HNX B; 5LHH A; 4B3R B; 3LSQ A; 2NR5 A; 4LP8 A; 4YHH O; 4LF8 O; 1N0J A; 1RFY A; 2RDC A; 3BFR A; 1QLN A; 4UCT A; 1F4M A; 2UXX A; 4JI1 O; 1B3Q A; 1W0J G; 4DR2 O; 3BPZ A; 4YJ2 A; 4DRX A; 2OYQ A; 2QTS A; 1P4R A; 4JAA A; 1Y76 A; 2V4D A; 2GTS A; 1GM9 A; 2PTM A; 5JQG A; 3AEI A; 5IYD O; 3ZHV A; 3ML0 A; 5EYP A; 2N04 A; 3OT7 A; 1MAB G; 2P90 A; 1YDX A; 5GW7 A; 1QVF U; 1B06 A; 4JPR A; 3K0D A; 1DGS A; 2QGN A; 2ZE5 A; 3GWO A; 4JTD B; 2Z0A A; 2P67 A; 2RJZ A; 4O4L B; 4FMT A; 4MTF A; 1NR1 A; 2ZE8 A; 3E8H A; 1H2M A; 3RT3 C; 2DYR C; 3H1J H; 1XMQ O; 1KUQ A; 1OCR C; 1FPO A; 1VF6 C; 4DV6 O; 3J81 N; 4ZOL B; 4JI3 B; 4BW5 A; 1MA1 A; 2YEV A; 2CGN A; 4DYL A; 1M90 W; 3HKC B; 3R65 A; 2WLM A; 5JJN B; 5FPR A; 3Q4H B; 3B77 A; 1K92 A; 5J2T B; 4BWA A; 4BR6 A; 1PV0 A; 4RQF A; 1H2N A; 2QWN B; 4A5U B; 1CXZ B; 1X59 A; 4Q20 A; 4QJF B; 3DC5 A; 3DXR A; 3OAA G; 3QO8 A; 3OTO B; 1RM1 C; 1XL4 A; 1BGY H; 2QM4 A; 3DTU B; 2UU9 O; 4JI8 O; 2GV9 A; 4MT8 A; 4H13 B; 2F4V B; 2PI4 A; 1NTM H; 4B3M O; 4IT5 A; 3ZIA G; 3FYE B; 4YXW G; 4FK5 C; 4TSF G; 5CBG A; 5BXZ A; 3F5W C; 4J11 A; 1RP3 B; 3P3N A; 3CCL V; 5L3C A; 4DR3 B; 3BA9 A; 1P7G A; 3JCU Z; 1HNW B; 4YIP A; 5EZY A; 5KHJ A; 5FNV A; 3CC2 V; 1FJG O; 1OV9 A; 1XI1 A; 3CRQ A; 1N36 B; 3ASN B; 3APO A; 1R6N A; 1GAX A; 1YTF D; 2DE0 X; 1V55 B; 5KHG A; 3N27 A; 3SJA C; 2E74 B; 1R1B A; 4O4I A; 3P30 A; 4YIO A; 2HLD G; 2GSM B; 4JI0 O; 4LF7 B; 2IH3 C; 3H1L H; 2AZ0 A; 1YJW V; 3SPI A; 4FLV A; 4PDM A; 2OIG A; 2OWO A; 3OUS A; 4GKJ B; 3QG5 A; 4PDR A; 4BAY A; 3GB7 C; 2VWJ A; 2EIJ C; 1BS3 A; 3CYO A; 4LFA B; 4X65 B; 1J5E O; 1VQ8 V; 2DMX A; 4WF9 V; 2GUZ B; 1QLE B; 1EN5 A; 2PF4 E; 1Y74 B; 4LFB B; 2QR4 A; 5J2U A; 3G80 A; 3CPW U; 5JWP A; 5L3F A; 1BCC H; 1T5E A; 1PNM A; 2P06 A; 2Y4T A; 1US6 A; 3CP1 A; 1H2S B; 2E3C A; 4Z1M G; 2XAQ A; 5BY1 A; 3RWR D; 5GON B; 2ZM6 B; 2OTJ V; 1SRY A; 2QE7 G; 4LF9 B; 3FB6 C; 1FYJ A; 3RYF A; 5LGT A; 1CEZ A; 2UUA B; 4DR1 O; 1K7D A; 3RVZ A; 3AG1 C; 1XUQ A; 4PI0 A; 4HAM A; 1XMO B; 1NJI W; 3LNM B; 4QE7 A; 1E79 G; 4U3J B; 1HW7 A; 5B1O A; 3L72 H; 1TUB A; 3FAV B; 5JVD B; 1PNL A; 4YHH B; 1KU9 A; 4AHC A; 4LF8 B; 3CRA A; 2MW2 B; 3AK3 A; 4FM2 A; 4KHP B; 5KMG B; 2QA4 V; 2Q67 A; 1Y6X A; 4DV5 O; 4FLT A; 5H5N A; 1UFI A; 4JI1 B; 3CRR A; 1XDC A; 4F6E A; 3LDC A; 2W6I G; 3F7Y C; 2F23 A; 4QNH B; 4W4L A; 4DR2 B; 4KUM A; 2CUG A; 4JYA O; 1FFT B; 1VF7 A; 4ZI7 B; 2R9A A; 3ZX6 A; 1EN4 A; 1N32 O; 1H2K A; 1QR8 A; 3WB1 A; 4JI6 O; 3K9S A; 5B3S B; 1O9G A; 3U11 A; 3X2Q B; 2DQ0 A; 3H9V A; 1XHX A; 4DR5 O; 2XAF A; 2CTP A; 2YID A; 2ZCE A; 4W4K A; 1WNS A; 3CCU V; 5JCO A; 3JYC A; 2Z5U A; 4FPP A; 2IJK A; 4PA4 A; 2UUC O; 1YEW A; 2YI8 A; 3MAQ A; 1XMQ B; 1WA8 A; 1PL0 A; 4NXN O; 2JRI A; 4TOI A; 1H8E G; 2FTK A; 5B1A B; 2YC0 A; 3WG7 C; 4H33 A; 1IXB A; 5L3D A; 4EB6 B; 2K1E A; 4B3R O; 4I5S A; 1JVM A; 3JD1 A; 1JPX A; 5KAI Z; 5IYZ B; 3ASN C; 3OR6 C; 1Q5O A; 1AP6 A; 4FM0 A; 1LUW A; 1R6T A; 3T1Y O; 1V55 C; 3L74 H; 4XDJ A; 5A2Q N; 3RYC B; 4NB5 A; 1SA0 B; 4YJ3 B; 3SYO A; 1Q82 W; 5LXT A; 1NTK H; 4RWU A; 2H3O A; 5GTH Z; 3ZRV A; 2WSS G; 4JI4 B; 1XNQ B; 2HR3 A; 4RO2 A; 2UU9 B; 5IJ9 A; 4JI8 B; 2KG7 A; 1L1F A; 4GX5 A; 2JDI G; 3MHS C; 2LO1 A; 4B3M B; 4FLY A; 2Q4P A; 3K0G A; 4ABM A; 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1VEW A; 4LF7 O; 3M8A A; 4RUE A; 3SGI A; 3RBZ A; 3TK1 A; 3B09 A; 3SPC A; 3AG7 A; 4FLZ A; 1Q6U A; 1M57 C; 4FLW A; 1I08 A; 1HWY A; 3AK1 A; 4EKW A; 2Q5Z A; 4B7E A; 1AJQ A; 4GYC B; 3RGB A; 5BR8 B; 4JYB A; 5HFL A; 3A8T A; 4UXN A; 3SYC A; 4ZHQ A; 1MMM A; 4LFA O; 3QNE A; 4N21 A; 4X65 O; 5C93 A; 1MZF A; 2EX3 A; 1F51 A; 5EC1 C; 4JYA B; 1S72 V; 3LDD A; 2E5L O; 4LFB O; 4X1Y B; 3ZHU A; 1AR1 B; 2ILM A; 1ORQ C; 4JAS A; 1FD9 A; 1E1Q G; 3L73 H; 4RUF A; 4JI6 B; 4BIZ A; 4FLU A; 3G67 A; 4X1Y A; 2N74 A; 4HZ3 A; 1SKV A; 3UQ8 A; 4DR5 B; 1VQK V; 4MTO A; 1YJ9 V; 4I55 B; 4WFE A; 2ATK C; 3GVM A; 4O2A B; 4LBE C; 1HP8 A; 1ZUQ A; 2VQE O; 2H8P C; 3UCS C; 3LSU A; 1I5X A; 5CN0 A; 4NTW A; 4DV0 B; 2WA3 A; 3C3T A; 2Q9L A; 4I55 A; 2UUC B; 4NXN B; 1WP8 A; 2A79 B; 2IU3 A; 4IIJ B; 4UCR A; 4HNA A; 2NLJ C; 1R73 A; 4CH6 A; 1JX9 A; 5KHH A; 3SYQ A; 2W0X A; 3APQ A; 3CJH B; 4UVA A; 1W2B U; 2Q7E A; 3ZS8 C; 4J9Y B; 1F23 A; 4I0X B; 3IJ4 A; 5CA1 A; 1FKA O; 2JGU A; 3RYI B; 4HBN A; 4KHP O; 2BSK B; 2P4K A; 3CHX A; 1HNZ O; 4U7O A; 3T1Y B; 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