The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
149
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sequence length |
303
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structure length |
303
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Chain Sequence |
TITRPIIELSNTVDKIAEGNLEAEVPHQNRADEIGILAKSIERLRRSLMRTVGDVRNGANAIYSGASEIATGNNDLSSRTEQQAASLEETAASMEQLTATVKQNAENARQASHLALSASETAQRGGKVVDNVVQTMRDISTSSQKIADIISVIDGIAFQTNILALNAAVEAARAGEQGRGFAVVAGEVRNLAQRSAQAAREIKSLIEDSVGKVDVGSTLVESAGETMAEIVSAVTRVTDIMGEIASASDEQSRGIDQVGLAVAEMDRVTQQNAALVEESAAAAAALEEQASRLTEAVAVFRIQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Axial Helix Rotation as a Mechanism for Signal Regulation Inferred from the Crystallographic Analysis of the E. Coli Serine Chemoreceptor.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Archaeoglobus fulgidus
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| molecule tags |
Signaling
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| molecule keywords |
HAMP, METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN I
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| total genus |
149
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| structure length |
303
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| sequence length |
303
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00015 | MCPsignal | Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Methyl-accepting chemotaxis protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CH7 A; 2CH7 B; 3G6B A; 3ZX6 A; 3G67 A; 1QU7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JAV A; 4NTW A; 3OD4 A; 3M8A A; 2DYS B; 3L73 H; 1I5Y A; 3CE2 A; 1FJG B; 2V4D A; 4YJ3 B; 1JFF B; 1XEQ A; 4YJ2 B; 4U7N A; 2ZQM A; 4WFH A; 3OM3 B; 4JPR A; 4X66 O; 2Y69 B; 3SR2 C; 2QKA A; 2HHH B; 4RUF A; 2P4K A; 4B3T O; 3T1H O; 1PPJ H; 1AR4 A; 5BR8 O; 4JZG A; 2WPD G; 3ZIA G; 5CMU A; 5FPR A; 5KHI A; 2XAH A; 2JEX A; 5EC1 C; 3CC2 V; 3UQ8 A; 4X1Y A; 2PY5 A; 1V55 C; 5JQG A; 1SQQ H; 2ZM6 O; 3H1L H; 2H94 A; 4JYC A; 1NH2 D; 1S72 V; 3A2F A; 5D5P A; 3T1Y O; 4ZIB A; 3S3W A; 2BTO A; 3F7V C; 5CA1 A; 3IGA C; 3SYP A; 1FXK C; 5KHJ A; 2K1E A; 3OEE G; 4RQE A; 1SES A; 1P7B A; 2VQF O; 2KG7 B; 2YIB D; 2YIB A; 2MK3 A; 3OFN G; 3AG3 C; 2QJ1 A; 4IT5 A; 2EIK B; 3MAQ A; 2H3O A; 3ASN B; 1D5N A; 2VRZ A; 5JH7 B; 4JV5 O; 4IIJ A; 4PA6 A; 4DV6 O; 4RAI A; 1JR9 A; 4AHC A; 1KKD A; 4JI3 O; 1UJW B; 3E83 A; 1L0L H; 1OCZ B; 5LOV A; 4YJ3 A; 2Y0I A; 1URF A; 4X65 O; 2RCV A; 1Y74 B; 2MW2 B; 5EZY B; 4G2K A; 1YVW A; 1RP3 B; 2ZKO A; 4KP4 A; 3B4S A; 2UXB B; 1FXK B; 4DV1 B; 4X66 B; 5D5Q A; 3OT7 A; 2DYR B; 4EKW A; 5IE9 A; 1EFR G; 4JV5 B; 4L8J A; 3CCJ V; 4WFB V; 2XUM A; 3OAA G; 3Q4H A; 4WBN B; 2IJK A; 1YJW V; 2VQE B; 4X62 O; 2AZ2 A; 3RVZ A; 4QIW F; 3TXS A; 3CXC U; 1F4M A; 3SDL A; 2DQ0 A; 4F6R A; 4X64 B; 3SPG A; 1Q8I A; 3JD4 A; 3C3T A; 2OTL V; 3CYO A; 1ZL8 B; 2KSD A; 1R6N A; 2F23 A; 2JGU A; 1XMQ O; 4QE9 A; 5KLV H; 1WAZ A; 1OV9 A; 1BCC H; 2WLN A; 3CCU V; 1XL4 A; 4XDL A; 4PI2 A; 1Y66 A; 2QWN B; 4TSF G; 4GYC B; 3FFQ A; 1BE3 H; 4FLZ A; 5KX5 A; 2R9R B; 5KMG A; 3GVM A; 2F43 G; 4LFB O; 4GT1 A; 2X7R B; 4TUY B; 4D7T A; 4DV4 O; 5GON A; 1BQ0 A; 4JI4 O; 1WJZ A; 1Q82 W; 1NBM G; 4RO2 A; 4JF3 A; 4PA3 A; 3F7Y C; 1E1R G; 2EIJ C; 5ITZ B; 3JSN A; 2ZT9 B; 4MW3 A; 1GN2 A; 2YI9 A; 3R66 A; 3H1I H; 3JAK B; 5BY1 A; 2LFR A; 2QKS A; 1XBL A; 2LW7 A; 3SYC A; 3TGU H; 4DK1 A; 3U0Z A; 3APO A; 4TUY A; 4I50 A; 2EIN B; 5IWA O; 3EXA A; 2GTS A; 3QF7 A; 2FKX A; 1YIT V; 4K8X A; 3TCU A; 4Q20 A; 3SJB C; 4K3A A; 3DC5 A; 5B1A B; 4HZ3 A; 2VS0 A; 1YDX A; 2AZ0 A; 4BWA A; 4BIU A; 3FB6 C; 5LMN B; 2RJZ A; 1KKC A; 2XAS A; 2KB1 A; 1HR0 O; 1TGO A; 1QVF U; 4IGG A; 3E89 A; 4X65 B; 4QJF B; 4PDL A; 5KAI Z; 2IJH A; 3C3S A; 3ETD A; 2ADP A; 1G6U A; 5A9G A; 4JI0 B; 1KP3 A; 1RFY A; 3THO A; 2CTP A; 3HR0 A; 1QLE B; 4ABM A; 1NVP D; 1N0N A; 2Y4T A; 4NR1 A; 2OYQ A; 2YIA A; 1L0N H; 1AR5 A; 4LWS B; 3E8H A; 3AG1 C; 5IDJ A; 1WNS A; 5IYC O; 4RUE A; 4IYI A; 4LCU C; 1N32 O; 4I55 B; 4DRX A; 5AG2 A; 2OTJ V; 1JJ2 U; 2GSM B; 3ZRS A; 5LP6 A; 2L6L A; 2OIG A; 1U97 A; 3STZ C; 2HFE C; 4BW9 A; 2FL4 A; 3RFR A; 2QM4 A; 1W2B U; 4B3R O; 3ZS8 C; 2XTA A; 4LFB B; 2IH3 C; 1SZT A; 2F4V O; 2DQ3 A; 3AK3 A; 3H1H H; 4UCT A; 2ZIN A; 5L3B A; 3QG5 A; 3CS5 A; 5LMU O; 3AG1 B; 2EIJ B; 2P6J A; 3ETE A; 2ZR2 A; 3OW2 U; 4DR1 B; 4OX9 O; 3VQX A; 3ZMS A; 2UXD O; 5LYJ A; 4WFE A; 5KAF Z; 3VBB A; 1WN7 A; 5EC2 C; 4TT3 G; 1TVK B; 4HYO A; 1BSM A; 2ZM6 B; 4YY3 O; 2P4V A; 1KB9 F; 1O9H A; 4LF5 O; 5J2U B; 4W4L A; 1Z2G A; 5JH7 A; 3E22 A; 3FB7 C; 1BHB A; 3TK1 A; 2F4V B; 2HLD G; 2CH7 A; 4DR3 B; 3X2Q C; 4LF4 O; 2OIE A; 2V1D A; 2PZS A; 4LP8 A; 1EN6 A; 5LMU B; 4DUZ O; 1SQV H; 3IC9 A; 1Q43 A; 4B3M B; 2RNB A; 1WA8 B; 4DV5 O; 2P67 A; 2D3O W; 4UV8 A; 4FIP C; 3H9V A; 4FM0 A; 5E1A C; 4LF4 B; 2EIL C; 4I7Z B; 3ABT A; 1WPB A; 5CB4 B; 1YCI A; 5LGU A; 4HNA A; 2Q6A A; 1GMG A; 3ZHQ A; 5H6Q A; 1YEW A; 1MZE A; 1JVM A; 1PM9 A; 2LJ2 A; 1CXZ B; 3LDD A; 4WFF A; 1Y76 B; 4U3F H; 3JAM N; 1QLN A; 1EZJ A; 3HKE A; 4TQF A; 4JAU A; 4DUY O; 4JI2 O; 1FFX A; 3AG4 B; 4WBN A; 3ZHT A; 3ASO C; 1L8D A; 3OTO O; 2ZXW C; 1GKF A; 1G4Y B; 1RM1 C; 4JAA A; 1OJH A; 1ZL8 A; 5H9C A; 1LNQ A; 1YXB A; 5LHG A; 2GBO A; 1XOU A; 2XAG A; 1JPX A; 2WLK A; 4KUM A; 3DXR A; 2OT5 A; 1PL0 A; 2ZDI C; 5LGN A; 1DGS A; 2V7Q G; 3CJH A; 3CRR A; 3R65 A; 3AG3 B; 2CGO A; 3WB0 A; 1M57 C; 5LL6 Y; 4FLY A; 3UO3 A; 2UXN A; 4MS2 A; 3SJC C; 4MVO A; 2CTW A; 2UXC B; 3HKE B; 3ZHU A; 3T2M A; 3BAB A; 1BMF G; 3CCS V; 4IHJ A; 1B6Q A; 2YEV A; 2Q4P A; 3E8G A; 5DEC A; 2WA3 A; 4YY3 B; 1H8H G; 5IJ0 A; 4PDM A; 1F51 A; 3CRQ A; 1SQB H; 3ABM B; 3EVK A; 1ZWI C; 4NXM O; 4FLU A; 3CD6 V; 1XNQ B; 3L74 H; 3F5W C; 3C90 A; 4W4K A; 4K0K O; 2JS5 A; 4DR7 O; 1CP9 A; 1IBL O; 4LFC O; 2YUA A; 1Q5O A; 1VQ6 V; 4DV3 B; 2YI8 A; 3JD0 A; 1RPR A; 3K5L A; 1RSO B; 2PTM A; 2DJV A; 2QSA A; 3SJA C; 1B04 A; 4AQY O; 3UT5 B; 3T4Z A; 1VQ5 V; 1FXH A; 4CS2 A; 2Q7H A; 3WFV A; 1RPO A; 2ZE6 A; 1VP7 A; 4JI5 B; 2UUC B; 3BY6 A; 4EFB A; 5FL7 G; 1EN4 A; 5C8Y A; 3WG7 C; 1R3L C; 4DR7 B; 4B3R B; 4FLW A; 2IU3 A; 2LQT A; 2W6J G; 5IYZ A; 2JK5 C; 4G28 B; 1H2S B; 4PHZ A; 3RW0 A; 4R7C A; 2E74 B; 3K79 A; 2Q8V A; 2GHY A; 4DR2 B; 4TWK A; 3ZHV A; 3DSQ A; 2EIN C; 3N2K B; 4I4T A; 1H2G A; 3JAL B; 3BFR A; 1Y76 A; 5LA6 B; 4GZR B; 2JRI A; 3G67 A; 1CEZ A; 1AI7 A; 2BSK A; 2QWR B; 1TUB B; 4NB5 A; 2UUA B; 5KMG B; 1S5J A; 3JAS A; 3HKC B; 1IBK O; 3CXH F; 1GO3 F; 4KFM A; 1D5A A; 5CBG A; 1J5E O; 2RDC A; 1IX9 A; 2DE0 X; 5EBW C; 4GX0 A; 2XAF A; 2CDY A; 2IU0 A; 1VQ4 V; 1KMI Z; 1L1F A; 3E8F A; 1IBM O; 4MSW C; 2HHH O; 1FS0 G; 2R9A A; 3IC7 A; 3GWO A; 1IVS A; 4U3J B; 4LF5 B; 2WLL A; 1KEC A; 1KUQ A; 3N2K A; 2YID A; 3ZED A; 3L71 H; 1K73 W; 1US6 A; 2WWW A; 3RYC B; 2YC0 A; 4MVU A; 1Y74 A; 2ODM A; 1NJI W; 1P49 A; 1SS3 A; 2PF4 E; 5CB4 A; 1NTK H; 2FB5 A; 1NQT A; 2DOS A; 1IBL B; 2A3Q A; 4FK5 C; 2CGN A; 1VF6 A; 1D2D A; 4MTX A; 5EBM C; 5KUK A; 3O65 A; 2PYL A; 3KZI Z; 1YIJ V; 2CE4 A; 4I4T B; 4PJ0 Z; 2Q0O C; 1R3K C; 5KUM A; 3ABK B; 4LFC B; 1R3I C; 1ZLZ A; 3EHB B; 1NS1 A; 1H2M A; 1ARO P; 3MHH C; 5KHG A; 4J7J A; 3ZHR A; 1QR8 A; 1WLE A; 1HWY A; 3AG2 C; 4YIO A; 4LC1 A; 1B3Q A; 1S76 D; 4GX1 A; 2Q7G A; 1G1X B; 2DN9 A; 3W7S A; 3QO7 A; 2ZIM A; 2WLL B; 5CA1 B; 5LXT A; 4JI8 B; 4JI0 O; 4CS3 A; 1PV0 A; 2EIM C; 3BCC H; 4YIP A; 1ROP A; 2ZE8 A; 2QR4 A; 2DWE C; 1OZ0 A; 4CBC A; 4KHP O; 1HNZ B; 5FPO A; 3UO2 A; 3A0B Z; 5E79 Z; 3L72 H; 3K5N A; 2PGG A; 2UXC O; 2YXH A; 5ITZ A; 2QWQ B; 4X1Y B; 2GV9 A; 1LUV A; 4PDV A; 1FD9 A; 4DV3 O; 1F23 A; 2EIK C; 2VWJ A; 1HNZ O; 4QGP A; 1WPX A; 5L3G A; 4TV8 A; 4UUJ C; 2QEX V; 3HKC A; 4FZ0 A; 2JJ2 G; 1QVG U; 4LWS A; 1ZAU A; 3KCY A; 4BR6 A; 1JOY A; 4I0X A; 3JAW B; 4P2Z A; 2E75 B; 3VOU A; 3HKB B; 2AGA A; 3CCE V; 2E3C A; 1OCZ C; 3WB2 A; 2QDO A; 3HKD B; 5EK0 A; 5JCO A; 3QVN A; 2E5L O; 4O4J B; 3G71 V; 2NLJ C; 2X0L A; 3AK1 A; 4NVP A; 4LF9 O; 3FB5 C; 2L35 A; 3JCZ A; 1KQS U; 1JMK C; 1RM1 B; 1XIL A; 1VMG A; 4P30 A; 2ZNJ A; 2UUC O; 1P4R A; 3ZX6 A; 4TV9 B; 4WCE V; 3ASN C; 4I9Q A; 1QCE A; 2AW9 A; 2HVJ C; 2R70 A; 4DV0 O; 1R6K A; 1Q6U A; 1V54 C; 4B7K A; 4UB8 Z; 3D3I A; 2DMX A; 3QO5 A; 2YEV B; 4F6E A; 1QBZ A; 3B09 A; 3A8T A; 1AP6 A; 3CC7 V; 3P3N A; 1G8M A; 2JIZ G; 5C93 A; 4MTF A; 2IW5 A; 1N0J A; 2Q69 A; 2JJ1 G; 1PNM A; 1BS3 A; 5LMN O; 3VQV A; 4O4I A; 4ASU G; 1VQL V; 2F95 B; 5CA0 B; 1TVK A; 2WLI B; 1K5Q A; 3ZRW B; 4X64 O; 5J2T B; 3FYE B; 4Q6G A; 4CZZ A; 4FFK A; 3QO8 A; 3OGI B; 5IWA B; 5B1N A; 1SKV A; 2UXD B; 2FYU H; 2PI4 A; 2HJD A; 2HP8 A; 3AEI A; 2Q9L A; 3BEH A; 4J7Z A; 3JD3 A; 3DTU B; 4DR6 B; 2Q67 A; 4ZBM A; 3SPC A; 3X2Q B; 4FZ1 A; 1JFF A; 5CBH A; 3ZMV A; 2F66 C; 4KXR A; 3ABK C; 2UXX A; 4GKK O; 3E35 A; 1I7F A; 1YF2 A; 4LNU A; 4U7O A; 1SA0 A; 2QA4 V; 1KU9 A; 2BSK B; 2QTO A; 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