The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
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structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
|
| structure length |
88
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| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DUY O; 1IBK O; 1F7Y A; 4JV5 O; 3J81 N; 4DR2 O; 4DR6 O; 1XMO O; 2VQE O; 4DV2 O; 4LF8 O; 3J7A U; 2DJV A; 5BR8 O; 2ZM6 O; 2F4V O; 1HR0 O; 4OPH A; 3T1H O; 1HNW O; 4LFC O; 1G1X B; 3SDL A; 4DV5 O; 4JI1 O; 4X64 O; 3F5T A; 4JI6 O; 3OTO O; 1IBM O; 1IBL O; 4YHH O; 2FKX A; 4LF4 O; 5LMU O; 3J80 N; 5BY1 A; 2JRI A; 2UXC O; 5LMN O; 2UUB O; 3JAM N; 1AIL A; 4DV0 O; 4A5U B; 4JI7 O; 1X59 A; 4DV6 O; 4AQY O; 1N32 O; 2AGA A; 2UU9 O; 4B3M O; 1A32 A; 4X65 O; 4DR7 O; 2Z0A A; 2VQF O; 2UUC O; 4LF9 O; 1YZB A; 2E5L O; 3O65 A; 4B3S O; 2UXD O; 4X62 O; 4GKK O; 2N74 A; 4DV1 O; 4NXN O; 4KHP O; 4JI2 O; 4LF6 O; 1AB3 A; 4GKJ O; 4DV7 O; 1FKA O; 4JYA O; 1R1B A; 5A2Q N; 2UXB O; 1NS1 A; 5BXZ A; 1XNQ O; 1XNR O; 2ZKO A; 1N33 O; 1N34 O; 1DK1 A; 4LF5 O; 4DR4 O; 4LF7 O; 4B3R O; 1J5E O; 2HHH O; 1HNZ O; 1XMQ O; 4K0K O; 1I94 O; 4LFA O; 4JI0 O; 3RT3 C; 1FJG O; 4OX9 O; 4X66 O; 1D2D A; 3T1Y O; 4DV3 O; 3R66 A; 1KUQ A; 2LW7 A; 4DR1 O; 2UUA O; 1R6T A; 4LFB O; 1FYJ A; 5LL6 Y; 4DR5 O; 4JI5 O; 4DR3 O; 1XEQ A; 4DUZ O; 5H5N A; 3M8A A; 1N36 O; 4JI4 O; 4OPA A; 4B3T O; 4JI3 O; 4DV4 O; 4YY3 O; 2DOS A; 5IT9 N; 4JI8 O; 5IWA O; 4NXM O; 1HNX O; 5FLX N; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ABU A; 4GCZ A; 4DUY O; 4FJC C; 3PJS K; 4UXN A; 1TGO A; 3ABM B; 1OCZ C; 4UB6 Z; 2ADQ B; 4DV5 B; 3FYI B; 1KMI Z; 1YJ9 V; 3OTO O; 3VQY A; 1IBM O; 4DV0 B; 4PA9 A; 3E8F A; 2Q6A A; 3F5W C; 2F95 B; 2ZE6 A; 2PGG A; 2LFR A; 2DYR C; 2HVK C; 1GTO A; 1VQ8 V; 1X59 A; 2ZE7 A; 4FK5 C; 3PN1 A; 2EIK B; 2W6J G; 1RM1 C; 3L9D A; 2VQF O; 3ZJZ A; 3ZMZ A; 4RAI A; 5IJ9 A; 2E5L O; 1GKF A; 4O4I B; 2ARH A; 4B3S O; 3KKY A; 1FFX B; 1NT2 B; 2PTM A; 2GDS A; 5LGN A; 3HKC B; 2F43 G; 1NI8 A; 2EIL C; 3ZED A; 1XMQ B; 1LR1 A; 4GX2 A; 4WF9 V; 1FJG B; 4EB6 A; 4RQF A; 3T2M A; 2N04 A; 2LGQ A; 1SKV A; 2D2C B; 4R7C A; 3B09 A; 1S5L Z; 4JI2 B; 3EHB B; 4JI0 O; 1P84 F; 1PNM A; 1Z5W A; 3L73 H; 3T4Z A; 3RGB A; 1B6Q A; 3D36 C; 1PNK A; 1KUQ A; 3ZS8 C; 1W0J G; 5CB4 B; 2UXB B; 2P7T C; 3CYO A; 4CS3 A; 3SR2 C; 2BTO A; 2ZR2 A; 1IZ3 A; 3A0H Z; 5KUK A; 2JVD A; 5L3E A; 1RFY A; 1KC8 W; 3ETQ A; 1Y66 A; 4CS2 A; 1W0K G; 3APQ A; 2Y48 A; 2F93 B; 2QTO A; 4DR2 B; 2GTS A; 1GO3 F; 4LR3 A; 1X4T A; 5LOV A; 2YS8 A; 4Z2W A; 3VQV A; 3JAS B; 2QKS A; 1Z2G A; 4TOI A; 4ZBM A; 1N8R W; 1ZSP A; 1NH2 B; 2H8P C; 1PPJ H; 3ZHR A; 3CRR A; 2KB1 A; 2ZQM A; 4JI1 B; 4JI6 B; 2AXT Z; 4MW8 A; 1HNW O; 3C3S A; 4IYH A; 4DW0 A; 4MTF A; 5ITZ B; 5GON A; 1M57 B; 1P7G A; 1Q81 W; 1XQ8 A; 1M56 C; 5LP6 B; 2DQ3 A; 1K73 W; 2ZIM A; 4DRX A; 2C2A A; 3CCQ V; 1SES A; 2IM9 A; 4BIO A; 2UUC B; 1A32 A; 5JH7 B; 5KA6 A; 4GKK B; 3C3T A; 1HW7 A; 1VQN V; 2ILM A; 3K57 A; 2DMX A; 4Z1M G; 4XBF A; 2WLH A; 1QLE C; 2LFS A; 2UUB B; 4PJ0 Z; 3ABL B; 2X6C A; 5E79 Z; 1AI7 A; 1SRY A; 1RPR A; 1KBH A; 3WB0 A; 4WBN A; 4DR4 B; 1N33 O; 2ATK C; 2ZXW B; 1N34 O; 4N23 A; 4FLZ A; 1SET A; 4KHP B; 2Q68 A; 2Z5U A; 3RT3 C; 1N4C A; 4X66 O; 1H8H G; 4DV3 O; 4PA7 A; 4JF3 A; 3JAT B; 4JAU A; 4H13 B; 3QVN A; 3WU2 Z; 3BAA A; 1XNR B; 4U3J B; 1N36 B; 1NTK H; 3M8A A; 2Y69 B; 4IIJ A; 3E8B A; 3TXS A; 1QNM A; 4PEL A; 5KAF Z; 4RUF A; 1PKX A; 5KMG B; 3W7S A; 1R3K C; 3E89 A; 1NBM G; 1PL4 A; 4DR3 B; 1H2K A; 1MG1 A; 2DJV A; 2HG5 C; 1XHZ A; 3CEI A; 4TUY B; 2WWW A; 1YDX A; 2ZCE A; 4WFG A; 2VWK A; 4OPH A; 5B66 Z; 1VEW A; 5KX5 A; 5KAI Z; 4I50 B; 2XUM A; 4LF4 B; 4MVS A; 4JAA A; 4X64 O; 3N2G A; 2LGW A; 3OMN B; 2K9P A; 1OCC B; 2JRI A; 5FNV A; 1OCR C; 2Q73 A; 1NTZ H; 5IDJ A; 3ZHT A; 5BR8 B; 1JJ2 U; 4CH5 A; 4TSF G; 3A0B Z; 3JAM N; 1GN6 A; 3CX5 F; 1JX9 A; 3ASO B; 4NR1 A; 1NH2 D; 4AQY O; 2AGA A; 2V4D A; 2UXX A; 4BWA A; 4RO2 A; 2IJH A; 3BCC H; 2PF4 E; 4BW9 A; 1F4M A; 1VMG A; 5B1A C; 1AR4 A; 3K59 A; 3MD0 A; 3SJC C; 2YSU B; 5HFM A; 1AB3 A; 2Q69 A; 5IYB O; 3H9V A; 3FKS G; 3G71 V; 3JAR A; 2ZIO A; 3RYF B; 3OD4 A; 1I94 B; 4MTO A; 3LDE A; 4LF5 O; 2ITD C; 1FXK A; 4HNA A; 4WFF A; 4DR1 B; 3BVO A; 4BIZ A; 1JOY A; 2EZP A; 1EZV H; 3WG7 C; 5EBW C; 3JD3 A; 1L0L H; 4MVZ A; 4U7O A; 1QVF U; 1SER A; 3K03 A; 1GRJ A; 3OT7 A; 3CXC U; 1XIL A; 1B04 A; 2R9R B; 3QF7 A; 4PDL A; 1NVP B; 4JI4 O; 3AG4 B; 4P9O A; 3CS5 A; 3OUS A; 2CDY A; 1OCO C; 3F7Y C; 4F6R B; 4J7J A; 4R8C A; 1YTF B; 4GX0 A; 2PI4 A; 1NKD A; 1KD1 W; 4WFA V; 3CJH B; 1BE3 H; 1VF7 A; 4XDL A; 5H6Q A; 1YEW A; 1G1X B; 1HNX B; 4RQE A; 3F5T A; 1IBL O; 3J80 N; 2IU0 A; 4G2K A; 5BY1 A; 2UXC O; 4FM2 A; 5LMN O; 2Q7E A; 3TXQ A; 4I0X A; 4J11 A; 2YEV A; 1QBZ A; 5C8Y A; 3CRM A; 1DF5 A; 1N0J A; 1ENV A; 5EBL C; 2K1E A; 4DK1 A; 2A9H A; 4PA3 A; 4LF9 O; 1PM9 A; 4X89 A; 3D8C A; 3GWK C; 4JYA B; 4PI2 A; 5JJE B; 4PA6 A; 3FYE B; 2Z3Y A; 1V55 C; 4TV9 B; 3CRC A; 5IYZ A; 1K34 A; 4TWK A; 1PP9 H; 1SZX A; 2QE7 G; 4LF7 O; 2JEX A; 4J42 A; 2EIJ B; 3THO A; 1GK9 A; 3NXS A; 3X2Q B; 3A0R A; 5IE9 A; 2P4K A; 1D2D A; 2CTW A; 1N0N A; 3ASN B; 3ZN1 A; 3HKB B; 5LL6 Y; 4Q20 A; 4JAS A; 4DR5 O; 1ZL8 B; 2QKA A; 3E8G A; 4B3R B; 1R6K A; 1KYO F; 3K79 A; 2DYS C; 3UQ8 A; 2FL4 A; 1GN3 A; 2BSK B; 4PV1 B; 3IAY A; 4R6Z A; 1JCH A; 3OTF A; 4DXW A; 5CBF A; 2Y4T A; 2WPD G; 1GM8 A; 1BSM A; 2ZD9 A; 1H2L A; 4W4L A; 2VQE O; 4DV2 O; 2QWP B; 2EIN C; 1TUE B; 4UV9 A; 2YXL A; 5CN0 A; 1NVP D; 5IWA B; 3OMA B; 1JA8 A; 5JVD A; 2BOB C; 4DR6 B; 1YTF D; 1FXK C; 1I5Y A; 1QLN A; 1VAR A; 4O2A A; 3ZCC A; 2YI8 A; 2OIG A; 5C93 A; 1SQX H; 4EFB A; 1XDC A; 5LYJ A; 4MVM A; 5KHJ A; 3EXA A; 2Y4U A; 4KFM A; 3JD1 A; 2UXN A; 4YJ3 A; 3FAV B; 1OCZ B; 5CA1 A; 2UU9 O; 2L6L A; 4Q6G A; 4JTA B; 3UT5 B; 2JEU A; 4ZIB A; 2H94 A; 5JJJ B; 3D36 A; 4X8A A; 4X62 O; 4NXN O; 4X20 B; 5DED A; 3MHS C; 4FLT A; 1AP5 A; 3ML0 A; 4F4L A; 1FKA O; 1Q86 W; 3A2F A; 3A8T A; 3AG1 C; 3OR6 C; 4B3M B; 2DYR B; 1YJW V; 3AG3 B; 3LDD A; 4ZHQ A; 2HHH B; 2ZKO A; 4LFA B; 3G6B A; 1H2G A; 2Y0P A; 2GUZ B; 4YIP A; 3VBB A; 1ZLZ A; 3P30 A; 1F51 A; 1VQP V; 5E1A C; 1CEZ A; 1RM1 B; 1K7D A; 4QE7 A; 1Y74 A; 1EN6 A; 4HAM A; 5KUM A; 2LW7 A; 1NJI W; 4HYO A; 5LA6 B; 1WPB A; 4JAV A; 4L87 A; 4ICG A; 5KHI A; 2G38 A; 4MVQ A; 1JVM A; 4B3T O; 2Q9L A; 5FPO A; 2EIL B; 4NVP A; 1W59 A; 3LNN A; 2H3O A; 1MOF A; 3K5M A; 5EYP A; 4EEQ A; 2O57 A; 4G27 B; 5EIB C; 2RJZ A; 2F4V B; 4I55 A; 4FLW A; 1XMO O; 3OE7 G; 3SJB C; 3HKE B; 2A06 H; 1S72 V; 1DF4 A; 2LJ2 A; 5JQG A; 4BAY A; 3BEH A; 3D3I A; 4YIO A; 4UVA A; 5LMU B; 4ZOL A; 3STL C; 4MTX A; 5IJ0 B; 4I4T B; 3AG2 B; 1ARO P; 1NR7 A; 1EFR G; 3JAK B; 4J10 A; 3TCU A; 3ZRW B; 3HR0 A; 1SQG A; 2YIA A; 1VQ5 V; 3CCE V; 1YSC A; 3E86 A; 3T1H B; 4CZZ A; 1SA0 B; 2BTQ B; 3VOU A; 2PY5 A; 3H1L H; 4LH6 A; 2GV9 A; 4DV1 B; 2RDC A; 1YZB A; 2F66 C; 4CC6 A; 2Q8V A; 1R6N A; 4JI2 O; 4H33 A; 3K5O A; 5H6R A; 1TA8 A; 1XL4 A; 4DV7 O; 1GM7 A; 4QNH B; 5B5E Z; 2M6Y A; 2L35 A; 1K4D C; 2XTA A; 3O9O A; 5L3F A; 3JAW A; 1H2S B; 1HNZ B; 4FZ0 A; 2UXB O; 2CH7 A; 4OX9 B; 1R3L C; 5CB4 A; 3N27 A; 1YHQ V; 2XAJ A; 4K0K O; 4LF6 B; 3ZHU A; 4UCS A; 1U96 A; 2ZNJ A; 3IC7 A; 3T1Y O; 2GTA A; 2JGD A; 2JDI G; 3E83 A; 3CCU V; 1Q43 A; 1R6T A; 4TV8 A; 1WN7 A; 5LHH A; 2CUG A; 4DUZ O; 4LWS B; 1AJP A; 4OPA A; 2Q5Z A; 2BCC H; 1JFF A; 1MMM A; 2YID A; 2UUA B; 4MVR A; 1PD3 A; 1F7Y A; 3RW0 A; 4LF8 O; 1ZTE A; 2B1G A; 3FB5 C; 3LSS A; 2BOC C; 5LGT A; 4E4E A; 1WAZ A; 2QWO B; 3CCS V; 3OTO B; 4PDR A; 1IBK B; 4CBC A; 4BW5 A; 5LXT A; 3CB2 A; 3I55 V; 3DC5 A; 4ABM A; 2FYU H; 2UUB O; 1BGY H; 4FLV A; 1IUR A; 1D5A A; 3W7T A; 1QR9 A; 3RYC A; 4K3A A; 5IJ9 B; 1S76 D; 1VQ7 V; 3RYI A; 4LFC B; 4IHJ A; 2VQF B; 5FL7 G; 3FB6 C; 5L3G A; 1JR9 A; 4B3S B; 4D7S A; 5KHK A; 2HLD G; 1AJN A; 3L75 H; 1R3I C; 3ABM C; 4KHP O; 2V1D A; 5B1B C; 3LDC A; 3SJA C; 3FFQ A; 1N32 B; 1OCR B; 4LH7 A; 4BIU A; 3B40 A; 1BL8 A; 1HDJ A; 1Z5V A; 4MT8 A; 1K8A W; 5BXZ A; 1XNR O; 2A79 B; 4JI0 B; 3JAL A; 5CA3 A; 2UXD B; 4NB5 A; 2OYQ A; 1FS0 G; 3DGE A; 2QSA A; 3ABK C; 2AHZ A; 4GT1 A; 3B8M A; 1R3J C; 5J2U A; 1ZWI C; 5B1A B; 2CGN A; 3R65 A; 3CCM V; 2EIK C; 2PI5 A; 4JPR A; 3ZHV A; 4DR3 O; 5LOV B; 3CRA A; 2XHB A; 1FAF A; 1WP8 A; 1WJZ A; 3NR7 A; 4U3F H; 4JI3 O; 5KHG A; 1YXB A; 4YY3 O; 2DOS A; 2ZE5 A; 2KSD A; 1BS3 A; 3UO2 A; 3QO8 A; 3T1C A; 2EIM C; 1B06 A; 4I50 A; 4FIP C; 1IDS A; 1ROP A; 3FX7 A; 3WG7 B; 1M9N A; 5BR8 O; 1HNW B; 5GON B; 2ZM6 O; 2LW1 A; 1BMF G; 2YI9 A; 5BMV A; 4DV4 B; 3ZX6 A; 1L0N H; 4NXM B; 3ABT A; 1URF A; 3CP1 A; 1SQP H; 4FFB A; 4DRX B; 3QNE A; 3M7M X; 4QPK A; 4YHH O; 2NLJ C; 1GN4 A; 1COW G; 1OCO B; 1YIJ V; 4XDJ A; 4GZR B; 3CC7 V; 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4N21 A; 3AK2 A; 2EIN B; 3OMI B; 1OJH A; 4DR7 O; 3KZI Z; 3JD4 A; 2JK5 C; 4QPJ A; 3SYP A; 1YIT V; 5EZY A; 1QCE A; 4GLX A; 1AVM A; 2OTJ V; 4K8Z A; 1I08 A; 1WA8 A; 4O2B A; 1FXK B; 2IU3 A; 4HNA B; 1DGS A; 4I9W A; 1K92 A; 4LNU B; 4B3R O; 3L70 H; 4F6E A; 2KG7 A; 3EFF K; 3HKB A; 4O4J A; 1XBL A; 1IXB A; 1ZL8 A; 4GKJ B; 4C7U A; 3W7U A; 4ZKI A; 2WA4 A; 3ICX A; 3K0G A; 2JGU A; 1Y67 A; 1H38 A; 4B7E A; 5L3B A; 5J2T A; 2CE4 A; 4P9P A; 5IT9 N; 1KEC A; 1JPX A; 3N2K A; 5IWA O; 2GBO A; 5HFL A; 3CCJ V; 2XAG A; 2OCC C; 3M99 B; 2BE3 A; 4LFB B; 2P5O A; 5CA0 A; 4DR6 O; 1Q8I A; 4QE9 A; 2DE0 X; 1RSO A; 3L71 H; 4MTG A; 2PYJ A; 2RNB A; 2Q67 A; 2HVJ C; 3GWO A; 1IBL B; 1FPO A; 4I0X B; 5K1X A; 2AZ0 A; 3ZN0 A; 4J41 A; 5LMN B; 3ZBH A; 5C8Y B; 2LO1 A; 2HR3 A; 1TVK B; 4YJ2 A; 2CAZ C; 2EBO A; 2A0L A; 4DW1 A; 1AIL A; 3C90 A; 2CK3 G; 1FFT B; 5JWP A; 2CTR A; 3IJ4 A; 4B3M O; 1YCI A; 5BZB A; 3OGI B; 4EFE A; 2N74 A; 5IYZ B; 4H44 B; 1WP7 A; 3DXR A; 4G28 B; 3UM7 A; 3BFR A; 3MDS A; 4JI7 B; 3WB1 A; 3CE2 A; 1NR1 A; 2R72 A; 2FB5 A; 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