The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
31
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQE O; 1DK1 A; 3RT3 C; 1N34 O; 2UXC O; 4JI0 O; 4X66 O; 5BXZ A; 1A32 A; 2F4V O; 4GKJ O; 1R6T A; 4DR7 O; 1HNW O; 1N33 O; 3R66 A; 4DV6 O; 4LFA O; 4DR6 O; 2UUA O; 4B3T O; 4AQY O; 1XNR O; 4JI2 O; 4A5U B; 2UUB O; 3OTO O; 4JI5 O; 4JV5 O; 4GKK O; 2ZM6 O; 4LF8 O; 1FKA O; 4LFB O; 3T1Y O; 4OX9 O; 4DR3 O; 4JI6 O; 4B3M O; 5LMU O; 5LMN O; 1IBM O; 4JYA O; 1R1B A; 4X62 O; 4DR4 O; 1HR0 O; 1F7Y A; 4JI8 O; 1YZB A; 4DV5 O; 4OPA A; 2LW7 A; 4DR1 O; 4DR2 O; 3T1H O; 5BY1 A; 5FLX N; 5H5N A; 1XEQ A; 5LL6 Y; 1XMO O; 2JRI A; 4DV2 O; 5IT9 N; 4DV7 O; 4DV3 O; 1J5E O; 4LF7 O; 1N32 O; 4DV1 O; 1FYJ A; 4LF6 O; 1HNX O; 4X65 O; 3J7A U; 2DOS A; 2ZKO A; 4YY3 O; 2UUC O; 1HNZ O; 4LF9 O; 4JI3 O; 4YHH O; 1KUQ A; 2HHH O; 4B3S O; 2UXB O; 4DUY O; 4LF5 O; 2UXD O; 5BR8 O; 4OPH A; 2AGA A; 1IBL O; 4NXN O; 4LFC O; 3J80 N; 2VQF O; 1AIL A; 1XMQ O; 1N36 O; 1I94 O; 4JI7 O; 4NXM O; 1XNQ O; 3M8A A; 4LF4 O; 1NS1 A; 1X59 A; 1G1X B; 3O65 A; 2N74 A; 4X64 O; 3SDL A; 1AB3 A; 4JI1 O; 1FJG O; 2FKX A; 3J81 N; 4JI4 O; 4K0K O; 4KHP O; 1D2D A; 4B3R O; 3JAM N; 5IWA O; 2DJV A; 1IBK O; 2UU9 O; 2Z0A A; 4DV0 O; 5A2Q N; 4DV4 O; 2E5L O; 3F5T A; 4DR5 O; 4DUZ O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VQE O; 2UXN A; 1U97 A; 1F4M A; 3ZJZ A; 1A32 A; 4JAS A; 5LYJ B; 4JYB A; 5BZB A; 4JI2 O; 3VQV A; 2IU0 A; 3H1I H; 2W6I G; 4PI0 A; 4U7O A; 3OTO B; 5B1A C; 4B7K A; 3K03 A; 2OT5 A; 3VOU A; 3QVN A; 3AK3 A; 2HJD A; 1VP7 A; 2JS3 A; 3OT7 A; 2RDC A; 4QJF B; 4R7C A; 2V7Q G; 1YSC A; 2CE4 A; 2NR5 A; 3CJH A; 3OEH G; 2WSS G; 2CH7 B; 1MNG A; 2A79 B; 3E2E A; 3SYA A; 3JCU Z; 1G6U A; 2OTL V; 3IC9 A; 4DR4 O; 1FPO A; 1KEC A; 1YZB A; 3FYE B; 2EIL C; 4MVS A; 3WG7 C; 4OGQ B; 1PP9 H; 3RYF B; 4DRX B; 2IM9 A; 3ZRW A; 4EKW A; 4YJ3 B; 1OCR C; 3K57 A; 2EJ7 A; 4JV5 B; 2N05 A; 3BCC H; 2FB5 A; 5H6R A; 5KHJ A; 1UJW B; 2D3O W; 2HFE C; 1EBO A; 2DOS A; 4DV7 B; 4JI3 B; 2ZT9 B; 4FLV A; 2UUC O; 4UB8 Z; 4GX2 A; 4X9Q A; 3ZMV A; 4JGS A; 5F2V O; 1QNM A; 2IU3 A; 1QHT A; 1V9P A; 3M7M X; 1BSM A; 5B1B C; 3UT5 A; 1KMI Z; 3HKC B; 2ADQ B; 5LBQ A; 3AK1 A; 3FX7 A; 3W7T A; 1AIL A; 4ZIB A; 4U3J A; 1I94 O; 4YIP A; 3K58 A; 3CC2 V; 1NVP B; 3F7V C; 4CH4 A; 1FJG O; 1UFI A; 4TOI A; 4I0X A; 3TXQ A; 4ZHQ A; 1Y74 B; 3H1K H; 5JJE B; 2VQF B; 1JFF A; 1OCZ C; 2ZE8 A; 1OCZ B; 2NLJ C; 2FYU H; 3B40 A; 4I0X B; 2G38 A; 3K79 A; 2F4V O; 3QG5 A; 2X0L A; 4O4L B; 5IJ0 A; 1BMF G; 2JGD B; 3FFQ A; 4TV9 B; 4P9O A; 2QWR B; 4A5U B; 3D36 A; 3AG2 C; 4DV3 B; 1SQF A; 4B3R B; 2Q7E A; 1IVS A; 4ZOL B; 5BMV B; 2XAQ A; 1OCC C; 2RMK B; 4DV1 B; 4K0K B; 3N2G B; 4FJC C; 1QLN A; 2QTO A; 4NKG B; 4WFE A; 2IBZ H; 4J42 A; 4FLX A; 5KAI Z; 1CEZ A; 1JQ0 A; 3BPZ A; 2P7T C; 5CMU A; 4J80 A; 3T1Y B; 2IJK A; 4DV5 O; 3OMN B; 3OGC C; 3CC4 V; 2WA3 A; 2YXH A; 3E8H A; 4TQF A; 5H5N A; 3UT5 B; 1OCR B; 1HNZ B; 1K33 A; 3K0D A; 3OGI B; 2L6L A; 5LGN A; 5IT9 N; 4JI5 B; 5LHI A; 2Q4P A; 3WG7 B; 4MTF A; 3SR2 C; 3CXC U; 2PI5 A; 4KP4 A; 5KUM A; 4LF6 O; 1SQV H; 5IY5 B; 5J2U B; 2AZ2 A; 4KXR A; 5J9P C; 2UXC B; 4E2L A; 1HDJ A; 1E1Q G; 4YXW G; 3T2M A; 5JJN B; 4AHC A; 1P7G A; 3ZHS A; 3ZIA G; 4WFH A; 2WLI A; 1YF2 A; 4NXN O; 4DR5 B; 1R3I C; 1HP8 A; 1BGY H; 3J80 N; 1IBM B; 1IBK B; 2DW4 A; 4BAY A; 1AR5 A; 2Q73 A; 4MTO A; 3WB1 A; 3JD4 A; 3P3N A; 1AP5 A; 2R9R B; 3AG3 C; 4LF4 B; 2YIC A; 3JAT B; 4PHZ A; 2Z0A A; 1OCO C; 4NVP A; 3K5O A; 4LFB B; 4O2B B; 1YTF B; 2Y48 A; 5FNV B; 3SPI A; 2IH1 C; 3HKD A; 5IYZ A; 2W0F C; 2P5O A; 2P22 C; 2HKO A; 3A0R A; 5KHK A; 5KHG A; 2GTS A; 2V4D A; 2LFR A; 1WB7 A; 1AI6 A; 2ARH A; 1Q81 W; 1K7D A; 3OMA B; 4I50 B; 4LP8 A; 4MS2 A; 4H33 A; 1I7F A; 4X66 B; 4LF8 O; 4WFF A; 3G4S V; 1S5L Z; 1WNS A; 3AG4 C; 4X62 B; 1N36 B; 4B3M B; 3LUT B; 5LMN O; 4UVC A; 3LNN A; 2XTA A; 4DR1 O; 4HYO A; 2W6J G; 3T1H O; 2JIZ G; 1QR8 A; 5FLX N; 3CC7 V; 3R65 A; 1BQ0 A; 2OCC C; 2YXL A; 3EXA A; 5JH7 B; 4QE7 A; 1J5E B; 5GTI Z; 3J7A U; 3DXR B; 4HBN A; 4MVO A; 5EZY A; 2Y0I A; 3SPC A; 4F6R B; 1M90 W; 2Q9L A; 2JGD A; 3ZED A; 4LF7 B; 4J7Z A; 2HVK C; 1OCC B; 3P32 A; 4IGG A; 1WAZ A; 4MVM A; 4BIO A; 3FKS G; 5EBW C; 4FM1 A; 2DQ3 A; 5A2Q N; 4O2A A; 3DXR A; 3K5M A; 1L1F A; 4DR3 B; 5B1N A; 3RT3 C; 4DUZ O; 4CZZ A; 1Q6H A; 2A3Q A; 2QA4 V; 1TA8 A; 1S77 D; 4FFB A; 3LDC A; 1YVW A; 1FD9 A; 4GT1 A; 1WP7 A; 1YJ9 V; 3JCZ A; 2DWD C; 3IGA C; 1N32 B; 1AP6 A; 1YTF D; 2A0L A; 3E8B A; 4BW9 A; 4B7E A; 2YI9 A; 2Y0P A; 2ZR2 A; 4W4K A; 3SJC C; 3CRR A; 4K8Z A; 4IHJ B; 3CCS V; 4JI8 B; 2ZE7 A; 3K3W A; 4DK0 A; 2EZO A; 4GKK B; 3KG2 A; 4J9Y B; 2OWO A; 4DR2 O; 2H94 A; 3GWO A; 1V54 B; 2QM4 A; 1YJW V; 1VAR A; 2JK5 C; 4UVB A; 2IJI A; 4X88 A; 3RVY A; 4RWU A; 4X20 A; 4GYC B; 5LP6 A; 3D3I A; 3I5D A; 4O4J A; 4GX5 A; 3LSU A; 1GKF A; 2EJR A; 1S3J A; 1JOY A; 4B08 A; 3HKC A; 1HNW B; 4DR6 B; 3I55 V; 3E8G A; 2QWN B; 1KUQ A; 4BIZ A; 1IXB A; 4DUY O; 5IWA B; 1I0H A; 1NH2 B; 1RSO A; 4UCO A; 4RAI A; 5IYD O; 2QKS A; 3JSL A; 4LC1 A; 3G6B A; 4YJ2 A; 1WPB A; 2CAZ C; 2C2A A; 3LDD A; 1G1X B; 2GUZ A; 4IHJ A; 1OCO B; 1Q3E A; 3TET A; 2M7W A; 1T5E A; 2P6J A; 4JYA B; 3ABL C; 3JAM N; 5IWA O; 3RYH B; 1H2L A; 3CWB H; 4PA4 A; 1COW G; 3E86 A; 1NZ6 A; 2OTJ V; 4EFE A; 5B1B B; 2P06 A; 2ZNI A; 4GX1 A; 5KLV H; 4NTX A; 4IIJ A; 3H9V A; 2QM7 A; 3AG1 B; 2DWE C; 1RSO B; 1N33 O; 2Q7G A; 2UUA O; 4UCT A; 2UUB O; 3GVM A; 4I7Z B; 4BIU A; 4DV0 B; 4UV9 A; 5L3E A; 1IDS A; 2BTO A; 3OE7 G; 2ATK C; 4UXN A; 3WFV A; 1XOU A; 4GKK O; 2QWO B; 3CCM V; 2XUM A; 3CX5 F; 3ZMU A; 4PDL A; 3VQY A; 2JEX A; 3ETQ A; 5KHH A; 3X2Q C; 2WAM A; 4LNU B; 1GN4 A; 5B66 Z; 3FAV A; 4ZI7 A; 5LMU B; 2LW1 A; 2XAG A; 1NR7 A; 3GB7 C; 5BY1 A; 3VQX A; 5BMV A; 1H2S B; 1SRY A; 3NR7 A; 1XNQ B; 3RYH A; 1SKV A; 1P49 A; 2P4V A; 1VEW A; 3B4S A; 2YC0 A; 1SZT A; 3MDS A; 5IDJ A; 4HZ3 A; 1S5J A; 2YSU B; 4O4L A; 2VWK A; 1B3Q A; 1SC5 B; 3E35 A; 2X6A A; 3F5W C; 2QM8 A; 3BAB A; 2IJJ A; 2OYQ A; 4LF9 O; 4I55 A; 3G6E V; 1XIL A; 2PTM A; 3U11 A; 3CJH B; 1N0J A; 4NTW A; 3CME V; 3LDE A; 1IBL O; 2CUG A; 2FL4 A; 4P2Z A; 4O4I A; 2EIM B; 4HNA A; 3SJA C; 2P90 A; 3JAK B; 3JAL B; 3T1C A; 2OIG A; 2Q68 A; 2WLK A; 2ZM6 B; 2EIK C; 4TWK A; 4X8A A; 1GTO A; 2DJV A; 4JI6 B; 1D5N A; 2WLL B; 2WLN A; 5JVD B; 4MW8 A; 3ZX6 A; 4MTX A; 3CCL V; 3A0B Z; 2ITC C; 1P7B A; 4MSW C; 1KKD A; 2HG5 C; 3R66 A; 3RYI B; 4TV8 B; 1GH6 A; 2X6C A; 2FTK A; 3W7U A; 3L74 H; 1FXV A; 5KUK A; 5AG2 A; 4R50 A; 3T1H B; 4JI0 B; 2ZM6 O; 3IJ4 A; 1Q6U A; 1QLE C; 2LP7 A; 3W7X A; 4DR1 B; 1YIT V; 1PM9 A; 2L35 A; 5DN6 G; 4NR1 A; 3SPG A; 5EIB D; 2YDE A; 2YI8 A; 4B3M O; 2HLD G; 4NYK A; 4X62 O; 1F4N A; 1IBL B; 3OAA G; 5B1A B; 1SA0 B; 2LW7 A; 5EBM C; 2R9I A; 3L9D A; 1KBH A; 3QF7 A; 1K73 W; 1K4D C; 1NVP D; 1ZSP A; 5LL6 Y; 1SER A; 1VF5 B; 5IJ0 B; 1IUR A; 2JRI A; 3AG2 B; 2AW9 A; 2YIA A; 4K3A A; 1AR1 B; 1VIB A; 1L0N H; 1RPO A; 4I4T A; 2HP8 A; 5ITZ B; 2PGG A; 2HHH B; 1GO3 F; 1Y4M A; 3K59 A; 4B3T B; 4FMT A; 2ZDI A; 2PYJ A; 4RO2 A; 1ROP A; 1PL4 A; 2HHH O; 2BOC C; 1ORQ C; 1R3K C; 3T4Z A; 2A7W A; 1SES A; 3N2K A; 4DRX A; 5J2T A; 3BA9 A; 3FB7 C; 4TT3 G; 1B04 A; 4IT5 A; 1ZAU A; 1WB8 A; 3AG1 C; 4CS2 A; 5JWP A; 5L3G A; 2OCC B; 5IJ9 B; 1MAB G; 4MT8 A; 4UVA A; 5LA6 B; 2PI4 A; 2GHY A; 2N74 A; 4X64 B; 3KCY A; 1W2B U; 2EX3 A; 1GN6 A; 3OW2 U; 5C93 A; 3HR0 A; 2GDS A; 2UU9 O; 4DV0 O; 2MW2 B; 2UUB B; 1Q90 D; 3N2G A; 1K97 A; 1U96 A; 1JCH A; 2ADP A; 3D3Q A; 1N34 O; 4X1Y A; 2DQ0 A; 2UXC O; 4JI0 O; 1VF6 A; 1ZUQ A; 2PF4 E; 4DV6 O; 2B5U A; 1O9G A; 5LGT A; 1VQ6 V; 5EC1 C; 4JI5 O; 1RP3 B; 4XDJ A; 2JDI G; 3FB5 C; 3A2F A; 3CD6 V; 1VF6 C; 5B1O A; 1K3E A; 4NTY A; 2WLJ A; 3K06 A; 4IYH A; 3T1Y O; 3RVZ A; 4X89 A; 5CN0 A; 4JI6 O; 1Y6X A; 2Q7H A; 3CB2 A; 5FPO A; 1MMM A; 5GTH Z; 1BZK A; 3H1H H; 4U3J B; 2B1I A; 1M5I A; 3P3P A; 3O9O A; 2HEP A; 4LH6 A; 4JYY A; 4DV3 O; 1FXH A; 3BFR A; 1AI5 A; 1I08 A; 2O57 A; 4PV1 B; 1BQZ A; 4X65 O; 3HKE B; 4FLZ A; 2YIB A; 1FFX A; 4H44 B; 3JAR A; 2F23 A; 2A06 H; 3I56 V; 4X20 B; 4TSF G; 1BHB A; 1TUE B; 4DR2 B; 4JF3 A; 3RYI A; 1IX9 A; 1NBM G; 5DM6 V; 3AG4 B; 4JTD B; 4J7J A; 4NXM O; 1XNQ O; 4QGP A; 1NTZ H; 5FPR A; 1JA8 A; 1XQ8 A; 1ZL8 A; 5CBH A; 1JJ2 U; 4TUY B; 3ZHT A; 4NXM B; 1D2D A; 1YCI A; 1LUV A; 4CS3 A; 3JAR B; 1E1R G; 2QTS A; 2CTR A; 1XHX A; 1DK1 A; 4L8J A; 4UCS A; 1F51 A; 3P30 A; 3RGB A; 1H2K A; 1XDC A; 5IYC O; 1EN5 A; 4JTC B; 2EIJ B; 1JX9 A; 3JD2 A; 4X65 B; 4K8X A; 2JJ1 G; 3D8C A; 4GX0 A; 2BSK B; 1ZTE A; 4DW0 A; 4J41 A; 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1IBM O; 3ZRS A; 3FAV B; 3JD1 A; 2R70 A; 5D5Q A; 3CCQ V; 4PA6 A; 4I9Q A; 4O2A B; 1QVG U; 4FLW A; 2F66 C; 4YIO A; 4DV2 O; 5CBF A; 4ASU G; 4O4H A; 4LF7 O; 1KP3 A; 2XND G; 5EIB C; 4XBF A; 2X6B A; 1I5Y A; 2MK3 A; 4RQE A; 5C8Y A; 1HNZ O; 4J7K A; 1PNL A; 2R72 A; 3SYC A; 3K5N A; 4L87 A; 3A8T A; 2Q67 A; 4BW5 A; 4CC5 A; 3ABT A; 4DV5 B; 3PN1 A; 1MSD A; 2QR4 A; 2RJZ A; 2AXT Z; 3ASN B; 4EB6 B; 1PL0 A; 5KAF Z; 5D5P A; 1AJP A; 1V54 C; 3DSQ A; 3JAW A; 2DYR B; 3OTF A; 1AB3 A; 2QKA A; 3ZRW B; 3CRA A; 2FKX A; 1ZL8 B; 5JQG A; 1TVK A; 4K0K O; 4CH3 A; 1FXK B; 3DTU B; 5CA0 B; 5LMN B; 4B3R O; 2UXD B; 1US6 A; 3FB6 C; 2GV9 A; 1EZV H; 1JFF B; 1J95 A; 4LF8 B; 2LGW A; 3ICX A; 3CCJ V; 4X66 O; 2LGQ A; 4QE9 A; 4GKJ O; 4FPP A; 4LF9 B; 2A9H A; 4ZKI A; 2KQX A; 4CBC A; 4TV9 A; 3K9S A; 3ZRV A; 1BHA A; 3G71 V; 2AHY A; 5KX5 B; 1JR9 A; 1Q6I A; 5EZY B; 4O4I B; 1BT8 A; 1H8H G; 3TCU A; 5KA5 A; 2FML A; 4JAU A; 3TJT A; 3W7W A; 1AJN A; 4CH6 A; 5LXT B; 4LFB O; 2YEV B; 5GW7 A; 5CA1 A; 1JMK C; 5LYJ A; 5CA0 A; 2E3C A; 1IXM A; 1M57 B; 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