The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF8 O; 2LW7 A; 4DR1 O; 1YZB A; 4JI2 O; 1HNZ O; 1I94 O; 4JI0 O; 4GKJ O; 2UUB O; 4LF6 O; 4JV5 O; 1J5E O; 2N74 A; 2UU9 O; 4LF9 O; 2HHH O; 4OX9 O; 5FLX N; 4X64 O; 5BR8 O; 3J7A U; 4JI7 O; 4JI3 O; 1FJG O; 4LFB O; 3R66 A; 1G1X B; 5BXZ A; 4A5U B; 4JI1 O; 4B3T O; 3JAM N; 4JI5 O; 4X65 O; 4DR7 O; 3J81 N; 1F7Y A; 4K0K O; 3F5T A; 4NXM O; 1DK1 A; 1XNR O; 1R6T A; 4KHP O; 2F4V O; 2E5L O; 3SDL A; 4NXN O; 2UUA O; 1N32 O; 4LF7 O; 4DR4 O; 1IBL O; 2JRI A; 4DV6 O; 4DR5 O; 3RT3 C; 4AQY O; 4DV7 O; 4LFA O; 4DR6 O; 5BY1 A; 1IBK O; 2ZKO A; 4DR3 O; 2VQE O; 4JI6 O; 4GKK O; 4DV5 O; 1D2D A; 2DOS A; 5IWA O; 1IBM O; 1HNW O; 2UXB O; 1N34 O; 1XMO O; 2DJV A; 4B3M O; 3O65 A; 2ZM6 O; 4YHH O; 1R1B A; 4B3R O; 4DUY O; 2Z0A A; 1X59 A; 3T1H O; 1FYJ A; 2AGA A; 2UXD O; 4DV1 O; 4B3S O; 1AIL A; 1AB3 A; 4DV3 O; 2UUC O; 1HR0 O; 4DV4 O; 1XNQ O; 4OPA A; 4JI4 O; 4JYA O; 4LF4 O; 1N36 O; 4DUZ O; 4OPH A; 1NS1 A; 5LMN O; 1XEQ A; 3M8A A; 4LFC O; 2VQF O; 4DV2 O; 4DV0 O; 5H5N A; 3OTO O; 4DR2 O; 1KUQ A; 4YY3 O; 2FKX A; 2UXC O; 5LMU O; 4JI8 O; 3T1Y O; 1FKA O; 1HNX O; 5A2Q N; 1N33 O; 3J80 N; 5LL6 Y; 4LF5 O; 4X62 O; 1A32 A; 1XMQ O; 4X66 O; 5IT9 N; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JAW B; 2DWD C; 3WFV A; 4YJ2 B; 3ASO C; 1BCC H; 4FIP C; 2AZ2 A; 3CPW U; 1WAZ A; 1LNQ A; 4TV9 B; 4H37 A; 5EC2 C; 1AJN A; 4X1Y B; 3FYE B; 1XMQ B; 4B3T B; 1J5E O; 1P4R A; 1Q3E A; 2FML A; 4OX9 O; 1XUQ A; 2BSK A; 1I7F A; 3QO8 A; 2QWP B; 3LNN A; 4MVR A; 2WA3 A; 4BIO A; 4A5U B; 2PGG A; 4E4E A; 4JYY A; 2LP7 A; 5EK0 A; 4AQY B; 1AI4 A; 2GV9 A; 4PA3 A; 1ROP A; 3ASN B; 4X65 O; 2IJK A; 3ZHV A; 4IL6 Z; 3BA8 A; 4J41 A; 4F6E A; 1QLN A; 3K08 A; 2XTA A; 4HAM A; 3B2E E; 5IJ0 B; 4PI2 A; 2YDE A; 2IU0 A; 4PA6 A; 1RFY A; 5KLV H; 2KB1 A; 3RYH B; 1BS3 A; 5EZY A; 4JI6 O; 3FB7 C; 1IXM A; 1XNQ B; 3JD2 A; 1K97 A; 1BQZ A; 4DR1 B; 2HHH B; 2BOB C; 3JD0 A; 2YXH A; 2Y0P A; 2WPD G; 5LMU B; 2VQF B; 4PHZ A; 1AJP A; 1YEW A; 5CA0 B; 5LXT A; 4JYA O; 1XL4 A; 1VQ4 V; 4LF4 O; 3APO A; 1KEC A; 2EIJ C; 2Q7E A; 3X2Q B; 2WA4 A; 1NJI W; 2WLH A; 2PI5 A; 2XAS A; 1VF6 A; 1VF7 A; 2QTS A; 3K3W A; 3RYI A; 1N33 O; 1I5X A; 1ZL8 A; 5LL6 Y; 4CBC A; 1S5L Z; 4LF6 B; 1OJH A; 2PI4 A; 4LNU A; 5EIB D; 4JAS A; 4UCS A; 3BVO A; 1VF6 C; 3CRM A; 2QTO A; 4MTX A; 3UO2 A; 3U0Z A; 2F1M A; 3B4S A; 5D5P A; 1I5Y A; 3DGE A; 3C3T A; 4WFB V; 2XUM A; 1IBL B; 2HHH O; 5IJ9 A; 3HKB A; 4DV3 B; 4JI3 O; 1TVK A; 2OCC B; 3FAV A; 2A06 H; 1JA8 A; 1TUB A; 1JR9 A; 1BT8 A; 1ZX3 A; 2BTO A; 2N05 A; 3LNM B; 1F23 A; 3EXA A; 5L3B A; 1Q7Y W; 2MK3 A; 5L3F A; 3L70 H; 2Q0A A; 4AQY O; 3RBZ A; 2BTQ B; 2VQE O; 4GKK O; 2EIN C; 3MAQ A; 4O4H B; 2JK5 C; 2IJH A; 3UO3 A; 4N21 A; 1Y67 A; 4GT1 A; 3S3X A; 4I50 A; 1GMG A; 3T2M A; 3WU2 Z; 4U3J A; 3ABK C; 1FYJ A; 1XQ8 A; 3AK3 A; 1MSD A; 4WBN B; 2P4K A; 4F4L A; 2F4V B; 1EN4 A; 3DC5 A; 1HR0 O; 3ZRW B; 2ZNJ A; 1DLB A; 5DN6 G; 5JCO C; 1H2M A; 5F2V O; 2E75 B; 2UU9 B; 3MHS C; 4DW0 A; 4DR3 B; 1YHQ V; 3QNE A; 1YXB A; 3HKC B; 2PUS A; 4DV0 O; 5GTI Z; 5ITZ A; 4CH6 A; 2A3Q A; 3BAB A; 1N36 B; 4CH3 A; 3JCU Z; 4WFA V; 4DV4 B; 4U3F H; 3SJC C; 2IM9 A; 1XDC A; 1LR1 A; 4CS4 A; 4UVA A; 2XAQ A; 4X9Q A; 2P22 C; 1Q5O A; 4YJ2 A; 2C2A A; 1VEW A; 4UCO A; 4JI0 O; 4IHJ A; 4X1I B; 4O2A A; 3F7Y C; 1K8A W; 4JV5 O; 3W7T A; 2P6J A; 1K34 A; 1KB9 F; 4JI4 B; 3HB3 B; 1NTM H; 4FLU A; 1H8E G; 2B1I A; 4TUY B; 2ZCE A; 5LHI A; 2WLI B; 1IZ3 A; 2CDY A; 2QEX V; 4FPP A; 1RSO B; 3HKD A; 2CUG A; 4UV9 A; 5BXZ A; 2CGN A; 2ZIN A; 3G67 A; 5CBG A; 5LOV B; 4WFF A; 1FXH A; 2HFE C; 3ETE A; 4QIW F; 2F93 B; 1N34 B; 2PYJ A; 5CA1 A; 4ZIB A; 4X1I A; 3JSN A; 4JI5 B; 2WWW A; 4DV2 B; 2PYL A; 4JAA A; 2KG7 B; 5LYJ A; 5EBL C; 1L0N H; 5IYZ A; 4I4T B; 4X1Y A; 2X6B A; 4DR6 B; 1SQG A; 5CB4 A; 5KHI A; 2ADP A; 1XOU A; 2XT9 A; 4YHH O; 1Q82 W; 3K57 A; 3CRQ A; 3EHB B; 1Q6I A; 1THZ A; 4RWU A; 4TSF G; 5L3E A; 2Y69 B; 2CK3 G; 4DV1 O; 3ZRX A; 2DE0 X; 5B1A C; 4FZ1 A; 1DGS A; 3CJH A; 1E79 G; 3F7V C; 5LP6 A; 5CMU A; 1N36 O; 1KYO F; 4JF3 A; 2ZE8 A; 4I0X B; 3H1L H; 2VQF O; 5IYZ B; 1ZAU A; 2DQ3 A; 1KUQ A; 5GTH Z; 2B1G A; 2A0L A; 3K5O A; 3CCS V; 3M99 B; 2RNB A; 4QGP A; 1NI8 A; 2DYR B; 3ETG A; 1P84 F; 4FFK A; 1JVM A; 2GBO A; 3QVN A; 3JAL A; 3L72 H; 3Q4H A; 1K3E A; 4O4J B; 1XHX A; 4I55 B; 3SPC A; 1K4C C; 1Y74 B; 1IDS A; 4JI7 O; 3JAW A; 1Q8I A; 4MS2 A; 4H44 B; 3PN1 A; 2AHZ A; 2VS0 A; 3A0B Z; 4FLT A; 4DRX B; 1SC5 B; 3RW0 A; 1AP6 A; 4RQE A; 5J2U B; 2ZNI A; 4NB5 A; 3W7X A; 1DTO A; 2YIC A; 3CP1 A; 1WLE A; 5B3S B; 2OYQ A; 3CC7 V; 3IGA C; 1YCI A; 4J42 A; 4N23 A; 3MDS A; 4BIZ A; 2A79 B; 2YXL A; 3FKS G; 5IYC O; 3CCE V; 4NTX A; 1GRJ A; 4JYA B; 4O4J A; 3DC6 A; 1U96 A; 3VQV A; 1GH6 A; 3GWO A; 1VMG A; 3L71 H; 2X7R B; 4XDJ A; 2HR3 A; 3IC7 A; 1S72 V; 5TIS Z; 4HYO A; 4P30 A; 4U3J B; 2CH7 B; 3SPI A; 4GX0 A; 1VQL V; 1AB3 A; 4RQF A; 3TJT A; 3AG1 C; 3CXC U; 1QHT A; 5LBQ A; 2LO1 A; 2NLJ C; 1Y76 A; 4DR2 O; 2UXC O; 2Q68 A; 4JI8 O; 1W0K G; 3K5M A; 1FFT B; 2D3O W; 1IVS A; 5CA0 A; 3WB2 A; 4IIJ A; 5C93 A; 2KSD A; 2PY5 A; 3OTF A; 3MHH C; 5IY5 B; 2CH7 A; 3X2Q C; 4FFB B; 2P90 A; 4K8X A; 1M4U A; 2GHY A; 1Q81 W; 3N2K A; 4PDM A; 4CH4 A; 3CRR A; 3KZI Z; 2JGU A; 3HPL C; 5EYP B; 5KX5 B; 4K0K O; 3JAS B; 5KA5 A; 5LA6 B; 4XDK A; 3SYP A; 2LQT A; 4CS3 A; 1HW7 A; 3I5D A; 4NXN O; 3D36 A; 3CC2 V; 4LH7 A; 1VQ9 V; 2QJ1 A; 2DQ0 A; 3OMA B; 4DR6 O; 2QSA A; 3ABL B; 1HDJ A; 3AG2 C; 4TQD A; 3D36 C; 2EBO A; 2GSM B; 4K35 A; 3TET A; 1SRY A; 2E5L B; 2R70 A; 3ZHQ A; 3R65 A; 3OM3 B; 2QWO B; 3CS5 A; 2GTA A; 4GUN A; 3ASN C; 1W59 A; 1WP7 A; 4KUM A; 4J7J A; 4QPK A; 3AK2 A; 1R6K A; 2AGA A; 2YIB D; 1URF A; 1FFX B; 2CTR A; 4DV6 B; 1QR8 A; 1QVF U; 1SA0 A; 4W4L A; 4DV5 B; 1OCC C; 4MSW C; 4O4H A; 4JI6 B; 4K8Z A; 1T5E A; 4FLY A; 3O9O A; 5LP6 C; 3OTO O; 2RDC A; 4CC5 A; 4J11 A; 1MOF A; 1COW G; 5BR8 B; 1HNX O; 1AR5 A; 2JGD A; 2UUB B; 5B66 Z; 5AG2 A; 2WLL A; 2QKA A; 5C8Y B; 4WF9 V; 1FD9 A; 1ZTE A; 2B5U A; 1MSW D; 4C7U A; 1QCE A; 1R3K C; 3ABL C; 2KQX A; 1KU9 A; 4NVP A; 1LUV A; 4LH6 A; 2XAF A; 4D7S A; 4ZBM A; 5KX5 A; 4PV1 B; 2UXB B; 1GTO A; 3FB8 C; 1NH2 D; 4LCU C; 1DF5 A; 5KA6 A; 3SPG A; 2OWO A; 3G71 V; 1XBL A; 4GKK B; 2QWQ B; 1YSC A; 3E22 A; 3BA9 A; 1V54 B; 4EFB A; 5B1B B; 3OUS A; 2LW1 A; 1OCR C; 1JMK C; 1YI2 V; 1EN5 A; 1FXV A; 3CCL V; 4DUZ B; 3OFN G; 2ZIO A; 3K0G A; 2G38 A; 5EIB C; 1IXB A; 1MG1 A; 4QNH B; 3CB2 A; 2JRI A; 4DR5 O; 2IBZ H; 1GN3 A; 1NU1 H; 3RT3 C; 3IFX A; 1PL4 A; 1JOY A; 4DYL A; 4DR3 O; 2YEV B; 4IGG A; 4U7O A; 4GZR B; 3RVZ A; 2ODM A; 5LOV A; 3JD1 A; 5IWA O; 3FB5 C; 1I0H A; 4QJF B; 1XL6 A; 1AI7 A; 1KMI Z; 4P9P A; 2DW4 A; 5IE9 A; 2CE4 A; 3A2F A; 3SYA A; 1SF9 A; 3A0R A; 3H1H H; 3ZHR A; 4YHH B; 2UXD O; 3SPJ A; 1WPX A; 3ZX6 A; 4IYI A; 1SES A; 3OEH G; 4H0L B; 1AIL A; 3E8B A; 3M7M X; 1XNQ O; 2ZR2 A; 3ZS8 C; 2QGN A; 4IYH A; 1NR1 A; 3NXS A; 3L9D A; 2E3C A; 3UKM A; 3L74 H; 2VQE B; 3CC4 V; 2VWK A; 5D5Q A; 3ABU A; 4LBE C; 5KMG B; 1L8D A; 3GB7 C; 1HNZ B; 2Q7H A; 4B3M B; 3ZBH A; 5A2Q N; 4J10 A; 1Y4M A; 5JJN B; 1SZX A; 1OCO C; 1H8H G; 3HR0 A; 5KAF Z; 3CCR V; 4TV9 A; 1BZK A; 3FB6 C; 5CBF A; 2QR4 A; 4DR2 B; 3ZMU A; 4X20 B; 4XDL A; 3CJH B; 1ZWI C; 4DO2 A; 1S5H C; 4I5S A; 2N74 A; 2R9A A; 2WLN A; 2HEP A; 3J7A U; 2JEU A; 4JZ2 A; 4RO2 A; 4ICG A; 4G27 B; 4FK5 C; 4I9Q A; 1SQB H; 5EYP A; 2Q7G A; 1DK1 A; 2UXX A; 1G6U A; 3APQ A; 1WJZ A; 4LFB B; 4I9W A; 2EZP A; 4JI3 B; 2RQ6 A; 2OTL V; 2ZXW B; 4LC1 A; 5BMV A; 1NZ6 A; 1JJO A; 4YXW G; 4ZOL A; 5E1A C; 2O57 A; 5CA1 B; 1OCR B; 1SQX H; 2NN4 A; 4DV7 O; 5B1B C; 4TQF A; 3K5N A; 1S77 D; 1I08 A; 1H2G A; 4XBF A; 1B06 A; 1J5E B; 2HKO A; 3JAT B; 1JQ0 A; 4JZG A; 4DUY O; 2JJ2 G; 5FPR A; 2RCV A; 4B7E A; 1KP3 A; 4FJC C; 2ZE6 A; 4BW5 A; 5B1A B; 5JCO A; 1Q90 D; 5LP6 B; 1HP8 A; 3OT7 A; 1SKV A; 4TUY A; 1OCC B; 4PI0 A; 1WB8 A; 3WB1 A; 1JFF B; 3G80 A; 3B77 A; 4QE7 A; 4GYC B; 4DR1 O; 3E2E A; 1YZB A; 3B8M A; 5FNV B; 1S76 D; 3UM7 A; 4FM1 A; 1KKC A; 2YIA A; 5JQG B; 4EEQ A; 3ZN0 A; 4MW8 A; 3HKD B; 3Q4H B; 1V55 C; 3ABM C; 3RYF B; 1GKF A; 1TAE A; 1M57 C; 2CAZ C; 2JJ1 G; 3AG2 B; 3RFR A; 3JD3 A; 1SQP H; 2W6I G; 3OR6 C; 4G28 B; 1NQT A; 4LWS A; 2OCH A; 2ZR3 A; 2ZM6 B; 2Y48 A; 3N27 A; 1F7Y A; 1JJ2 U; 3ZRW A; 5H6Q A; 2ZD9 A; 1Q86 W; 3W7U A; 2HVK C; 3OW2 U; 1GN4 A; 1D5A A; 2V4D A; 1XIL A; 3UQ8 A; 2ZIM A; 3VOU A; 4MW3 A; 1EBO A; 2B9Z A; 3SJQ C; 3OEE G; 3I55 V; 1Z5V A; 5KHH A; 2DOS A; 1WA8 B; 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5FL7 G; 1VQM V; 1BGY H; 4BW9 A; 3M8A A; 4JI0 B; 2F66 C; 1R73 A; 4J7K A; 3RYH A; 1NKD A; 1B6Q A; 4WCE V; 3SR2 C; 1AVM A; 4X64 B; 4LF9 B; 2CTW A; 2Y69 C; 1SQF A; 1SET A; 3TXQ A; 2PF4 E; 2YS8 A; 1RPR A; 3L73 H; 1NTK H; 1AI6 A; 1F51 A; 1QQC A; 3CRC A; 1AR4 A; 3H1K H; 4L8J A; 3A0H Z; 3D3I A; 3CCM V; 4FLZ A; 4NYK A; 2AHY A; 3ZHU A; 4JTD B; 4UB8 Z; 1PNL A; 2E74 B; 1GM7 A; 1G4Y B; 1K92 A; 5BMV B; 3OTO B; 4DV1 B; 3FFQ A; 4LFC B; 3CE2 A; 2KKW A; 2ZE5 A; 2DMX A; 3QG5 A; 1WPB A; 2Y4T A; 3QF7 A; 4DW1 A; 4Z2W A; 4DR7 O; 5CN0 A; 3F5T A; 2VWJ A; 3JCZ A; 1R3L C; 5EC1 C; 1ZL8 B; 3STZ C; 4D6T H; 2WLI A; 1ORQ C; 4D7T A; 1YDX A; 3ZMS A; 2HVJ C; 3BY6 A; 4MVU A; 2CTQ A; 3OMN B; 1IBL O; 1SQV H; 3CEI A; 2GDS A; 2JS5 A; 1D5N A; 3KKY A; 3SYO A; 3ASO B; 2WLM A; 1XMO B; 1GM8 A; 4LF7 B; 3JYC A; 2R9R B; 1VQ7 V; 1O9G A; 2EIK B; 4UCV A; 2ADQ B; 2FB5 A; 2EJR A; 2NR5 A; 4B3R O; 4YIP A; 1X59 A; 3T1H O; 1Q6H A; 4ZHQ B; 2DYS B; 1S5J A; 2Q4P A; 4B3S O; 4TV8 A; 4DV3 O; 4FVM A; 2IH1 C; 2N04 A; 5EZY B; 1VQO V; 4JI4 O; 4X65 B; 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