The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DJV A; 1A32 A; 4X65 O; 1N34 O; 4LFA O; 5BR8 O; 1XNR O; 4A5U B; 4JI4 O; 4X66 O; 3OTO O; 4YHH O; 4OX9 O; 4LFC O; 4KHP O; 2ZM6 O; 3J80 N; 1FYJ A; 4DV5 O; 2UXC O; 3SDL A; 4GKK O; 4K0K O; 2UXB O; 3M8A A; 1XMQ O; 2Z0A A; 4X62 O; 4DV4 O; 4DR1 O; 4LF6 O; 4JI6 O; 1HR0 O; 4DR2 O; 1I94 O; 1HNW O; 4JI3 O; 5A2Q N; 1HNZ O; 1R1B A; 1N32 O; 3T1Y O; 4NXN O; 3JAM N; 4DUY O; 1IBM O; 4DV7 O; 3RT3 C; 5LMN O; 5IT9 N; 2VQE O; 2FKX A; 4DV0 O; 5H5N A; 4YY3 O; 4DV3 O; 4JI5 O; 3J81 N; 1X59 A; 4DR7 O; 4DUZ O; 4OPH A; 1IBL O; 4DR4 O; 1R6T A; 4LF5 O; 1F7Y A; 1YZB A; 4B3M O; 4DR6 O; 4GKJ O; 4B3T O; 2ZKO A; 5LMU O; 4DR3 O; 2UXD O; 1G1X B; 4JI2 O; 1AB3 A; 1XMO O; 3R66 A; 2AGA A; 4LF7 O; 4AQY O; 2N74 A; 5BXZ A; 4JI1 O; 4LFB O; 5LL6 Y; 1DK1 A; 4JI8 O; 4DR5 O; 1FKA O; 1J5E O; 4LF9 O; 4DV1 O; 2LW7 A; 5IWA O; 1KUQ A; 2JRI A; 1AIL A; 4LF8 O; 1NS1 A; 3F5T A; 3O65 A; 1D2D A; 4DV6 O; 2VQF O; 4B3R O; 4JI7 O; 1IBK O; 2UUA O; 5FLX N; 2DOS A; 1XEQ A; 4B3S O; 4DV2 O; 1FJG O; 3J7A U; 2HHH O; 4JI0 O; 1XNQ O; 1HNX O; 4NXM O; 2F4V O; 3T1H O; 2UUC O; 4JV5 O; 2E5L O; 4LF4 O; 2UUB O; 1N36 O; 2UU9 O; 1N33 O; 4JYA O; 4OPA A; 4X64 O; 5BY1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5B5E Z; 1VQN V; 4LFA O; 1XHZ A; 1PV0 A; 4X89 A; 5FNV A; 4IT5 A; 3UCS C; 2X6B A; 2ZNI A; 4FZ0 A; 2YXL A; 4JI1 B; 1VQ4 V; 4FVM A; 3K5O A; 4DR5 B; 1TVK A; 2A7W A; 5DED A; 4X1K B; 2YS8 A; 3BVO A; 4TV9 B; 3H01 A; 1NBM G; 1OCO C; 3L73 H; 4B3R B; 2OIG A; 3JAS B; 4O4L A; 1VF7 A; 1R1B A; 3CPW U; 2E3C A; 2P6J A; 1XNQ B; 2FKX A; 1ZL8 A; 3ZMU A; 3OMI B; 2FTK A; 4PA4 A; 1IXB A; 2K1E A; 2JGD A; 1SC5 B; 1JCH A; 1IZ3 A; 3STZ C; 1XUQ A; 4UCT A; 5CA1 B; 1WA8 A; 4JI1 O; 4KL1 A; 3ZRW B; 2EIJ C; 4DR5 O; 5B66 Z; 5C93 A; 4TUY A; 4B3R O; 4EKW A; 1EFR G; 3LNN A; 3OD4 A; 2RMK B; 4DR1 B; 1SET A; 3OW2 U; 4CH6 A; 2WLL A; 1O9H A; 1AP6 A; 3JAW B; 3VQV A; 2IJK A; 5JJJ B; 5KLV H; 1UPG A; 3THO A; 5B3S B; 1TUB A; 1XNQ O; 1M57 B; 2F66 C; 4J7Z A; 4YJ2 B; 3FAV B; 4FJC C; 3JYC A; 3X2Q C; 4B7K A; 4X65 O; 1F4M A; 4LF5 B; 4I7Z B; 1RSO B; 1AI4 A; 2KQX A; 2B9Z A; 1OHH G; 1CP9 A; 2QE7 G; 4NTY A; 4FFB A; 1XMO B; 2IH3 C; 1UFI A; 5KX5 B; 2HJD A; 4DV1 B; 5LGN A; 4QE9 A; 4NTX A; 4DR1 O; 5L3B A; 1VEW A; 3FB7 C; 3T1C A; 4TQD A; 1IUR A; 1IBK B; 2PF4 E; 5A2Q N; 2WLJ A; 2JGU A; 4BW9 A; 4IL6 Z; 5CA3 A; 5LOV B; 1XQ8 A; 4G2K A; 4Z1V A; 1JOY A; 2HP8 A; 3OEE G; 2DYS B; 4LNU A; 3H1J H; 4LF5 O; 2WLI B; 1BS3 A; 2DYR C; 3KCY A; 1G1X B; 4UVA A; 1XMO O; 1NTK H; 4F6R A; 2Y69 B; 1SF9 A; 4BAY A; 1VQP V; 5HFM A; 4PEL A; 1FKA O; 3ABL B; 3A2F A; 3VBB A; 2YEV B; 4UXN A; 3FD9 A; 4DV1 O; 4MS2 A; 2E5L B; 1CEZ A; 4PA9 A; 4K0K B; 3S3X A; 4GT1 A; 1IBK O; 1S5H C; 1QLE C; 4DV4 B; 3RYF A; 5LA6 A; 1VQK V; 1V54 C; 5JJN B; 1AVM A; 4NB5 A; 1WJZ A; 3I55 V; 3TXS A; 1QR8 A; 2KB1 A; 2GSM B; 1G4Y B; 1Y74 B; 3E35 A; 5BMV A; 3T1Y B; 1Q81 W; 2X7R B; 4PDL A; 4G28 B; 5GTI Z; 4P9O A; 4X64 O; 4MVU A; 1W0K G; 2DJV A; 3O9O A; 4GUN A; 4WFB V; 4JI6 B; 3P3N A; 3PN1 A; 3A0R A; 2PYL A; 1FXK B; 4JAS A; 4ZI7 B; 1FYJ A; 1F23 A; 4JTC B; 3OUF A; 3CJH A; 3ZED A; 2OTL V; 4K0K O; 4DXW A; 3OR6 C; 4WFA V; 4LF8 B; 4DV4 O; 2QR4 A; 2OWO A; 3LDC A; 2LP7 A; 4DV6 B; 4GLX A; 4XDK A; 1SQB H; 5B1B B; 3W7T A; 3AG1 C; 3T1Y O; 3GVM A; 2Q0O C; 3CC4 V; 3E22 B; 3F7Y C; 1PNK A; 3ZHT A; 1I08 A; 4QGP A; 2XUM A; 5F2V O; 1NVP D; 1NTM H; 4X1I B; 4WFH A; 5J2U A; 4FLW A; 5H5N A; 4YXW G; 1S77 D; 1WPB A; 5KHI A; 2WLH A; 5BZB A; 1IDS A; 3DXR B; 4B3M O; 1VIB A; 1Q8I A; 2GHY A; 4YJ3 B; 3SYC A; 3AEI A; 2ZXW C; 2WLN A; 2IU0 A; 2CH7 B; 3JCZ A; 3H1L H; 3LUT B; 3D3Q A; 1VF6 A; 1Y6X A; 2ATK C; 3CWB H; 4C7U A; 2ZNJ A; 2ZM6 B; 1ARO P; 2M7W A; 1ZLZ A; 2F95 B; 3N2K A; 4LF8 O; 4I50 A; 1D2D A; 4DV6 O; 2UXB B; 3ABK B; 1SA0 B; 5CBF A; 1V55 C; 1YXB A; 1BHB A; 1HR0 B; 4RWU A; 4EB6 B; 2BTQ A; 3HKE A; 3SJC C; 5B1N A; 1SQG A; 4DUY B; 1EZV H; 5JWP A; 1UJW B; 1W0J G; 3SYO A; 2JEX A; 4FLY A; 1RPR A; 4DR4 B; 3F7V C; 1A32 A; 3WB1 A; 3CMA V; 4X62 B; 1DF5 A; 1N4C A; 2Q68 A; 4FLX A; 2R72 A; 2IU3 A; 3KZI Z; 1OCO B; 4QJF B; 4NYK A; 2ZM6 O; 1EZJ A; 4DK0 A; 1QLN A; 1K5S A; 3SYP A; 4XBF A; 4EFE A; 2UXB O; 4WCE V; 2Z0A A; 2EJ7 A; 1SQX H; 5JJE B; 3JAR B; 4J41 A; 4J10 A; 4ZOL B; 1SRY A; 4FLZ A; 2HKO A; 1HR0 O; 3RBZ A; 5JQG A; 2R70 A; 1FFX B; 4QNH B; 2ITD C; 3FB5 C; 4DUY O; 4JI2 B; 4TV8 B; 1X4T A; 2GTS A; 2W6I G; 2GV9 A; 4MW3 A; 2FYU H; 4IIJ B; 4DR4 O; 2Q6A A; 3QVN A; 4JYA B; 5IE9 A; 3K5L A; 2EIJ B; 3Q4H B; 3VQW A; 3OT7 A; 1EM1 A; 1M56 C; 1SS3 A; 4KUM A; 5BR8 B; 3B77 A; 4JI4 B; 1I7F A; 4FFK A; 1K5Q A; 1PKX A; 2JVD A; 3ZRX A; 3CCM V; 3IC7 A; 1NS1 A; 3F5T A; 4RAI A; 1FAF A; 2P7T C; 2C2A A; 3CP1 A; 5JH7 A; 4O4H A; 4F6E A; 1K9M W; 3BPZ A; 4K8X A; 4RUF A; 1EBO A; 1F51 A; 4XDJ A; 1P7B A; 3X2Q B; 1NJI W; 2LGQ A; 3C90 A; 1QQC A; 3OTF A; 4OX9 B; 5FPR A; 2YSU B; 4WBN A; 4NKG B; 4JYA O; 2AZ2 A; 2Q9L A; 4DV3 B; 3M7M X; 3LSS A; 1NR7 A; 3B40 A; 1AJQ A; 4NTW A; 5BR8 O; 3AG2 C; 4JI4 O; 1VQ9 V; 1MAB G; 2F43 G; 1KP3 A; 3QO8 A; 2H3O A; 2RJZ A; 4Z1M G; 1Q82 W; 4FPP A; 1WLE A; 5EIB D; 4DRX A; 1PPJ H; 3LSQ A; 4ZHQ B; 3UKM A; 4OGQ B; 4LF9 B; 4JAV A; 5B1O A; 3ZIA G; 1Y66 A; 4B7E A; 1AR5 A; 1XL4 A; 3JAK B; 1NH2 D; 5B1A C; 3CE2 A; 2Y0P A; 3SPH A; 2Q7G A; 5IJ9 A; 5J9P C; 2CTR A; 2ZIN A; 3K57 A; 3K08 A; 3D36 A; 1BGY H; 1FXV A; 4R50 A; 1ZUQ A; 1JPX A; 4H0L B; 5IT9 N; 2LQT A; 2DYR B; 4X1K A; 2OCC C; 1B04 A; 4DV3 O; 1R73 A; 4OPH A; 4PD4 F; 4ZIB A; 2QWQ B; 2UU9 B; 3K59 A; 4BIO A; 1G8M A; 3JAS A; 4O4J B; 4GKJ O; 1WAZ A; 5CA0 A; 4J7K A; 1N34 B; 4N21 A; 3OMA B; 2JDI G; 4NVP A; 2Q73 A; 4CS3 A; 1QLE B; 3BA8 A; 4MTO A; 3APO A; 4LF9 O; 3B4S A; 1K34 A; 3GB7 C; 3FKS G; 3TET A; 3DC6 A; 4UB8 Z; 5GON B; 3H1K H; 1Z5W A; 4H37 A; 4LH6 A; 1VAR A; 5FLX N; 3I56 V; 5IYB O; 1I94 B; 2DQ0 A; 5GW7 A; 1VQ8 V; 4MTX A; 5JVD A; 3H1H H; 1WN7 A; 1ENV A; 4IHJ B; 3B09 A; 2GBO A; 2Y0I A; 3RW0 A; 1JA8 A; 2UU9 O; 4UCU A; 2VQE B; 1KB9 F; 4GX5 A; 5LP6 A; 1S5L Z; 2AW9 A; 2FB5 A; 3E89 A; 3WG7 C; 1GKF A; 2EBO A; 1N34 O; 2ZIM A; 3CB2 A; 3T4D A; 1KMI Z; 5LMU B; 1GAX A; 4CS2 A; 4O2B A; 3MD0 A; 4MW8 A; 1H2G A; 3RYH B; 2V7Q G; 2HR3 A; 2YXY A; 3ASO C; 5ITZ B; 2FL4 A; 3AG1 B; 3M8A A; 2WLK A; 2QEX V; 1Q6H A; 4UCV A; 4U3F H; 3VQX A; 1I94 O; 2W0X A; 2ZE7 A; 3IAY A; 3D3I A; 5KAI Z; 4U3J B; 3RT3 C; 2KKW A; 5KX5 A; 2VQE O; 1QNM A; 1HP8 A; 2ZXW B; 3SPC A; 3RYI A; 1X59 A; 4PV1 B; 4U7O A; 1IXM A; 3TK1 A; 5LMU O; 2XAS A; 1XBL A; 2RCV A; 2ZR2 A; 3SYA A; 5LOV A; 1H38 A; 5IJ0 B; 1S72 V; 3JSL A; 1VQL V; 1DK1 A; 1V55 B; 2A06 H; 1JVM A; 5H6R A; 4MVS A; 1XI1 A; 2WA4 A; 1SZX A; 2PYJ A; 2AHY A; 2OT5 A; 3IGA C; 2YDE A; 1JFF B; 4D6T H; 3APQ A; 2B1G A; 3ABT A; 4GX2 A; 4FIP C; 3TXQ A; 4X65 B; 2QWO B; 4DR2 B; 2ITC C; 3ZN0 A; 1ZSP A; 1HNZ B; 5LYJ B; 3HKC B; 4NXN B; 4UUJ C; 3QO7 A; 5KUM A; 3W7X A; 1DTO A; 4OPA A; 1SQQ H; 2DMX A; 3LNM B; 1VQ5 V; 4YY3 B; 4LCU C; 1Y76 B; 2EJR A; 3N2G B; 3JAT A; 1Y74 A; 4WFF A; 1P49 A; 1M9N A; 2XAQ A; 3JD0 A; 2E76 B; 4LF7 B; 1KKC A; 4WFG A; 3RFR A; 2JJ1 G; 3ABU A; 1L0N H; 3AK1 A; 1OCR C; 1WPX A; 3OR7 C; 1Q86 W; 2KG7 B; 3U11 A; 5CB4 B; 3CCR V; 1F4N A; 4PA6 A; 4DR2 O; 5CBG A; 5LGT A; 1HNZ O; 3FYE B; 4NXN O; 1URF A; 4P9P A; 4X20 A; 1S5J A; 1WP8 A; 2N04 A; 1M56 B; 4NXM B; 4YY3 O; 3WU2 Z; 1YTF D; 2E74 B; 1QVG U; 1N33 B; 1WP7 A; 2WSS G; 4CC6 A; 3JD4 A; 2G38 A; 4JYY A; 1R3K C; 2ZKO A; 4JYC A; 5FNV B; 4LF7 O; 1GMG A; 3CS5 A; 4Q20 A; 4X1I A; 4B08 A; 4I55 B; 3JD1 A; 4LWS B; 4I0X A; 4TT3 G; 1XL6 A; 3CX5 F; 1KUQ A; 1YEW A; 5IYD O; 4ASU G; 3HKD A; 4X64 B; 3K03 A; 4FM2 A; 4MSW C; 4BIZ A; 1J95 A; 1EN4 A; 1MNG A; 1K33 A; 1HNW B; 2GTA A; 4O4L B; 2RN9 A; 3HKB A; 4CH5 A; 3G67 A; 4DW1 A; 4NXM O; 3AG2 B; 2JS5 A; 4HYO A; 3C3T A; 5LMN B; 1N33 O; 4X8A A; 4TSF G; 1ZL8 B; 3OGC C; 4CH3 A; 1SZT A; 1OCZ C; 2BSK A; 4KP4 A; 4JI5 B; 3ZHQ A; 4CBC A; 1GK9 A; 1IBL B; 5JCO A; 4P2Z A; 4DR6 B; 1JJ2 U; 4A5U B; 1HW7 A; 2ARH A; 2YI8 A; 4PI2 A; 2CE4 A; 3CRM A; 3CRQ A; 1IX9 A; 5EZY A; 4AQY B; 5B1A B; 1G6U A; 1K73 W; 3SJQ C; 2XAJ A; 3ETQ A; 3JD2 A; 3SDL A; 5IWA B; 4YIO A; 2ZE5 A; 5IY5 C; 1VQ6 V; 4TUY B; 1E1Q G; 5IYC O; 5E1A C; 1KKD A; 2ODM A; 4X9Q A; 1HNW O; 2OCC B; 2WLL B; 4B3M B; 3BCC H; 2ZR3 A; 4FZ1 A; 1K3E A; 5EYP A; 1TUB B; 2X0L A; 2CUG A; 3D8C A; 1K92 A; 5LMN O; 1YVW A; 4JZ2 A; 3T1H B; 5DM6 V; 3CCS V; 4JV5 B; 2AXT Z; 4JI5 O; 5EBW C; 1IBL O; 1R6T A; 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1P84 F; 5E79 Z; 1F7Y A; 1SQF A; 5EBL C; 1VQ7 V; 1R3I C; 2A9H A; 4RQE A; 3ABM C; 4X1Y A; 2ETN A; 1XNR B; 1DLB A; 1LUV A; 5KHJ A; 5LP6 C; 3GWK C; 5TIS Z; 1PM9 A; 5EK0 A; 4E4E A; 4KHP B; 2Q5Z A; 4CZZ A; 4Q6G A; 3E2E A; 4O4J A; 4UVB A; 4Z2W A; 4IGG A; 2XAH A; 4I4T B; 1H2L A; 2Y48 A; 2UUA O; 2YI9 A; 2W6J G; 4ZBM A; 1Z2G A; 1NT2 B; 1U97 A; 1LR1 A; 2UUB O; 5J2U B; 5GON A; 4RUE A; 2ZE8 A; 3JSN A; 2HG5 C; 1N0N A; 5K1X A; 2DW4 A; 1QHT A; 4LH7 A; 1GN6 A; 5HFL A; 4YIP A; 3RWR D; 3OFN G; 1XNR O; 1OCR B; 1M5I A; 3ZMS A; 1VF5 B; 3WFV A; 4IHJ A; 3F5W C; 4KHP O; 4LFB B; 1YIJ V; 2EIM C; 4H13 B; 2WA3 A; 3SPJ A; 4O4I B; 2EZO A; 1KP2 A; 2QTO A; 4CC5 A; 2QKA A; 3P32 A; 5H2F Z; 4GKJ B; 5LHH A; 3RYH A; 2BTQ B; 5L3E A; 5ITZ A; 4JAA A; 1PNM A; 1QU7 A; 4B3S B; 4R7C A; 3TJT A; 2K9P A; 1P4R A; 1HWY A; 3K9S A; 4MTF A; 3ICX A; 1WB8 A; 4I9Q A; 5EIB C; 1NZ6 A; 1N36 B; 1AJN A; 1NTZ H; 2A0L A; 4UV9 A; 4MTG A; 3R65 A; 1N8R W; 1ROP A; 2A3Q A; 2X6C A; 2NN4 A; 2KSD A; 5KA6 A; 4X66 B; 4LFB O; 4YHH B; 1Q5O A; 3OAA G; 3FFQ A; 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