The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
31
|
| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1R1B A; 4OPH A; 1D2D A; 2LW7 A; 3JAM N; 1HNZ O; 2UUA O; 4DV0 O; 4LF4 O; 4DV5 O; 2DJV A; 1KUQ A; 5IT9 N; 1IBL O; 3M8A A; 4DUY O; 4AQY O; 4LFA O; 3O65 A; 4LF8 O; 4OX9 O; 3T1Y O; 1AB3 A; 4K0K O; 4B3S O; 1YZB A; 2F4V O; 3R66 A; 2DOS A; 2Z0A A; 4B3R O; 4X64 O; 1N36 O; 4DV4 O; 4DR1 O; 2UUC O; 4DR5 O; 4LFB O; 2ZM6 O; 4LF6 O; 5LL6 Y; 1NS1 A; 3T1H O; 4DV3 O; 3OTO O; 3J7A U; 4JI0 O; 5IWA O; 2UUB O; 1FYJ A; 4KHP O; 1DK1 A; 4NXM O; 1A32 A; 2UU9 O; 2VQE O; 4A5U B; 4JI8 O; 4LF9 O; 4JI6 O; 4JV5 O; 1X59 A; 5H5N A; 4DR6 O; 4DR4 O; 1HNX O; 1R6T A; 4OPA A; 5LMU O; 3F5T A; 4GKK O; 1N34 O; 2UXC O; 3SDL A; 4DR3 O; 1F7Y A; 4YHH O; 1XEQ A; 2UXD O; 2N74 A; 1IBM O; 1N32 O; 2FKX A; 4X65 O; 1XMQ O; 3J80 N; 4X62 O; 4DV1 O; 1XNR O; 4GKJ O; 2UXB O; 1HR0 O; 4X66 O; 1G1X B; 4JI5 O; 1IBK O; 4DUZ O; 4DV2 O; 5BY1 A; 1HNW O; 4JI3 O; 4DV7 O; 2JRI A; 2ZKO A; 5FLX N; 2VQF O; 4JI2 O; 1N33 O; 4JI4 O; 1J5E O; 2HHH O; 1XMO O; 5A2Q N; 4B3M O; 2AGA A; 4B3T O; 4YY3 O; 1AIL A; 4LF7 O; 2E5L O; 4JI1 O; 4NXN O; 3J81 N; 4DR2 O; 4DV6 O; 4LFC O; 4JYA O; 4LF5 O; 1XNQ O; 1FJG O; 4JI7 O; 5LMN O; 5BXZ A; 3RT3 C; 1I94 O; 1FKA O; 4DR7 O; 5BR8 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BRC A; 1YF2 A; 1M5I A; 1R3I C; 2JDI G; 2E5L B; 4I50 A; 4JYA B; 1FJG B; 3OMA B; 2P4K A; 2NNU A; 3O65 A; 5L3F A; 1ZL8 B; 1NT2 B; 2HVK C; 4L87 A; 4QGP A; 4DV5 B; 3RVY A; 2XAJ A; 1NVP D; 1GH6 A; 3K06 A; 2M6Y A; 4NTW A; 1RM1 B; 3B09 A; 2RDC A; 3JAK A; 3OR7 C; 3ZMT A; 1UJW B; 4XDL A; 1TUB B; 5CB4 A; 4WCE V; 1BS3 A; 3OTO O; 3H1H H; 2EIN C; 2UUB O; 3OEE G; 1LUW A; 4WFH A; 4TV8 A; 2ZD9 A; 2YUA A; 4JI6 O; 2CK3 G; 2QE7 G; 3CRC A; 2ZIN A; 3JAW A; 2PY5 A; 1FXK B; 3KZI Z; 2HKO A; 1T5E A; 4I9W A; 5KMG B; 3TXQ A; 1JOY A; 4GKK O; 5J2U B; 2HFE C; 2UU9 B; 3T2M A; 1S76 D; 1WP8 A; 2O57 A; 4J10 A; 3OE7 G; 1KBH A; 4X65 O; 5FPR A; 4DR4 B; 1VF6 A; 2OTL V; 1PKX A; 1R3L C; 1PM9 A; 2A06 H; 4FFK A; 2UXD B; 4KP4 A; 5KLV H; 3MHH C; 2PI4 A; 5E1A C; 2X0L A; 2ZKO A; 5KAI Z; 4N23 A; 3ZHQ A; 5EZY B; 4B3T O; 1AIL A; 1EN4 A; 3RN4 A; 2XOK G; 3VOU A; 4WBN A; 3A8T A; 2OIE A; 1DF5 A; 2IH3 C; 1H2K A; 1RPR A; 2FML A; 2PGG A; 2A3Q A; 1FD9 A; 4NXN B; 1JVM A; 1AJN A; 4DV0 O; 1IVS A; 2XAS A; 1GM9 A; 1I94 B; 3RFR A; 3CCM V; 5JQG A; 1Q43 A; 3GWK C; 2OWO A; 4K0K O; 5GW7 A; 1BE3 H; 5IYD O; 1IDS A; 1HNZ B; 4FZ0 A; 5LHH A; 2AHY A; 3W7W A; 3R65 A; 1DF4 A; 2UUC O; 5DN6 G; 3CWB H; 1OHH G; 4EFE A; 4FIP C; 4LP8 A; 3SPJ A; 5B3S C; 1AP6 A; 4YJ2 B; 5IE9 A; 1P7G A; 3L72 H; 2ZR3 A; 5LP6 C; 4B3R B; 4LNU B; 3RYH A; 1K92 A; 2WLK A; 2G38 A; 2B9Z A; 4G2K A; 1Z5W A; 4AIL C; 3QG5 A; 1K8A W; 1AR5 A; 1MA1 A; 4WFB V; 1X59 A; 3F7Y C; 3AG7 A; 4NVP A; 4OPA A; 1MNG A; 1MOF A; 1SQG A; 1AI7 A; 2DW4 A; 3C3S A; 3K79 A; 1F7Y A; 2ADQ B; 3PJS K; 3OUS A; 4DV1 O; 2WLL B; 5LMU B; 4X9Q A; 2WLI B; 2W6J G; 1L1F A; 4X66 O; 4O4J A; 2CH7 B; 3SJQ C; 2IJH A; 4DK1 A; 3FD9 A; 1H2M A; 3E8B A; 3LNM B; 1XNR B; 2JGD B; 2QR4 A; 3HKC A; 1GAX A; 3K03 A; 2QTS A; 1N4C A; 1COW G; 3JAT A; 2E5L O; 2Y0P A; 5LXT A; 4EB6 A; 1M90 W; 4PD4 F; 4JYA O; 5GON B; 1FJG O; 5B1A C; 1JJO A; 4JAV A; 2D3O W; 5CA1 A; 1D2D A; 3ASO C; 3G4S V; 4DR2 B; 4UCS A; 3JAM N; 4DV5 O; 1MSW D; 2WLH A; 1V55 C; 3SR2 C; 4EEQ A; 3VQW A; 4FMT A; 4HAM A; 3E83 A; 1OJH A; 4CS3 A; 3D8C A; 1VEW A; 3LSQ A; 4X89 A; 1WPX A; 3X2Q C; 2EIM C; 1S77 D; 1I08 A; 1YI2 V; 4ZHQ B; 1NZ6 A; 2HJF C; 3ABL B; 1H8E G; 1M57 C; 1JQ0 A; 1FYJ A; 1A32 A; 1X4T A; 2UU9 O; 2Y0I A; 4UB6 Z; 5LGU A; 2QTO A; 1NU1 H; 2GV9 A; 2LGW A; 2MK3 A; 2QKS A; 1D5N A; 3CMA V; 1EM1 A; 1V9P A; 5B5E Z; 2LO1 A; 2VWJ A; 3CCV V; 4DR4 O; 3OAA G; 3DSQ A; 4G28 B; 3HKB A; 3HKD B; 1BT8 A; 4OGQ B; 2UXD O; 4E2L A; 1ZX3 A; 3CRM A; 2AZ2 A; 4TWK A; 1ZL8 A; 2UXC B; 4ABM A; 3BFR A; 2CAZ C; 2IH1 C; 3WFV A; 1URF A; 5IY5 B; 1NKD A; 1O9G A; 2YEV A; 1TUB A; 4I50 B; 2UXB B; 1Q8I A; 4H0L B; 4IYI A; 5DM6 V; 2QDO A; 2PYL A; 4JI5 B; 4NXN O; 3CS5 A; 1GN6 A; 3OW2 U; 1F4N A; 4PDL A; 1N33 B; 1YTF D; 1J5E B; 3UKM A; 4ZKI A; 1I94 O; 2HHH B; 2YI9 A; 2N04 A; 1FXK A; 2KQX A; 2B1I A; 5KMG A; 3RYI B; 1SKV A; 4IL6 Z; 4QNH B; 1HNZ O; 4LFC B; 3JAK B; 1I5X A; 1Y76 A; 1ZAU A; 4DYL A; 1CXZ B; 2ZE8 A; 2P6J A; 3ABT A; 4EKW A; 4I7Z B; 2JJ2 G; 4J11 A; 2WLM A; 4TV8 B; 4TUY B; 1BZK A; 1KP2 A; 2P7T C; 4B3R O; 1F4M A; 3G6B A; 1VQ9 V; 1KKC A; 5HFM A; 1BQZ A; 4B3S B; 1YSC A; 2XAH A; 1SQV H; 5J2T B; 2BSK A; 2QWP B; 1J95 A; 3MAQ A; 3A2F A; 4O4I A; 2EX3 A; 3ZHS A; 5LMU O; 2OCH A; 1R6K A; 3SDL A; 2Y69 C; 4WFG A; 1H38 A; 3GB7 C; 2EIL B; 1DLB A; 4LF9 B; 5IYB O; 2QM8 A; 2YXH A; 5KHI A; 1VIB A; 4DW1 A; 3C90 A; 1XNR O; 4WBN B; 3SPG A; 1K73 W; 5KHJ A; 1GRJ A; 3GWO A; 4XBF A; 3L75 H; 4Q6G A; 1M1K W; 1Y6X A; 5A2Q N; 2L6L A; 3QTC A; 4NB5 A; 2XAG A; 4KUM A; 1OCZ B; 4LNU A; 4JI3 B; 4DR2 O; 4TOI A; 2NLJ C; 5JQG B; 2HR3 A; 1MSD A; 4JI4 B; 3AG2 B; 4JTA B; 4PJ0 Z; 2DYR B; 3WU2 Z; 1R1B A; 1HW7 A; 3FB6 C; 1GN4 A; 1TAE A; 4TQD A; 3QO8 A; 3M99 B; 2DJV A; 4MW8 A; 3CRQ A; 5BR8 B; 1K97 A; 4JYY A; 2XAQ A; 1YCI A; 2WLI A; 1JR9 A; 2FYU H; 4U3J A; 4FLT A; 2WAM A; 3R66 A; 2ARH A; 3BEH A; 2OCC B; 3ZS8 C; 2YIB A; 2JGD A; 2XND G; 3CC2 V; 1KQS U; 3U0Z A; 4LCU C; 2EBO A; 1NS1 A; 4GX2 A; 4F6R A; 3FX7 A; 1NH2 D; 2Q7H A; 1VQN V; 4CBC A; 2P67 A; 4J7Z A; 4Z2W A; 1W0J G; 2ZDI C; 2VRZ A; 3AK2 A; 4O2A A; 5LBQ A; 2PUS A; 2UXC O; 3MHS C; 1LR1 A; 3ASN B; 2IJJ A; 4P2Z A; 3HKC B; 4Z1V A; 1VF7 A; 4GYC B; 4W4L A; 2UXB O; 4JI5 O; 4H37 A; 4NTX A; 1K34 A; 5DED A; 3NR7 A; 2Q9L A; 1P84 F; 4Q20 A; 3APO A; 1N33 O; 4K3A A; 1J5E O; 2JIZ G; 3T4Z A; 1M56 B; 2ZE5 A; 2DYS B; 4ZHQ A; 2HHH O; 5LHI A; 1K5S A; 4ASU G; 1EN6 A; 1L8D A; 5KUK A; 3QO7 A; 4DV7 B; 1K5Q A; 4LFC O; 4PDV A; 1ORQ C; 3K0G A; 3L9D A; 4B7K A; 1FKA O; 4B3M B; 4DO2 A; 2GSM B; 4B08 A; 3ZRV A; 3ZHT A; 2FL4 A; 1AJP A; 5KX5 B; 4D7S A; 3JD2 A; 3FKS G; 4XDK A; 2EUL A; 5GTI Z; 4DR7 B; 4FJC C; 1V54 C; 4PA9 A; 1PV0 A; 3ABM B; 4E4E A; 1XUQ A; 4B3S O; 1RSO A; 2OYQ A; 1ARO P; 5IY5 C; 2V4D A; 2WPD G; 3P30 A; 2ZQM A; 3A0R A; 2EJR A; 3K9S A; 4PDM A; 4HYO A; 5B66 Z; 3HKB B; 3BA8 A; 2RCV A; 5EC2 C; 1YXB A; 1FPO A; 4DV4 B; 3AK3 A; 5C8Y A; 3OGC C; 5D5Q A; 4DW0 A; 4LF9 O; 1PP9 H; 3CCR V; 1WPB A; 3RYI A; 3ZX6 A; 4MTG A; 1JX9 A; 1NTK H; 1BCC H; 2AW9 A; 3THO A; 5IWA B; 3NXS A; 5L3C A; 2PYJ A; 2K9P A; 5IJ0 A; 4KHP B; 1Y66 A; 4NXM B; 3ZMU A; 2W6I G; 4Z1M G; 3TET A; 2YEV B; 1S3J A; 4GLX A; 1IBM O; 3G80 A; 4B7E A; 1ZLZ A; 3E89 A; 1H2L A; 3N2K B; 3ZMZ A; 3H01 A; 1M4U A; 3W7T A; 4TUY A; 2Q67 A; 1XDC A; 3K59 A; 1QLE C; 4YHH B; 2C2A A; 2CGO A; 1N32 B; 4JI3 O; 1OZ0 A; 2R9I A; 4FPP A; 3FAV A; 3TGU H; 1US6 A; 4JI4 O; 1WB8 A; 2H3O A; 4W4K A; 1HDJ A; 4UVB A; 1Q7Y W; 2AGA A; 5J2T A; 2CGN A; 1Y76 B; 1VF6 C; 1NTM H; 2E3C A; 4NYK A; 2WA3 A; 4TQF A; 3D3I A; 1B3Q A; 2WWW A; 1DTO A; 3ZIA G; 5BR8 O; 4QIW F; 5KAF Z; 4KXR A; 2EIL C; 4J9Y B; 3G71 V; 1AI5 A; 3STL C; 4R50 A; 5B1B B; 3B40 A; 2ZXW B; 1P49 A; 1AI4 A; 1M93 A; 4BAY A; 2BSK B; 4BW5 A; 2Q4P A; 2JGU A; 1NI8 A; 4MTX A; 4MVR A; 1OCR B; 2DOS A; 2E74 B; 4J7K A; 4O4I B; 3HB3 B; 4R6Z A; 3ZRW A; 5CA0 B; 1TGO A; 3TJT A; 1JFF A; 3EVK A; 4UB8 Z; 2XHB A; 3E22 A; 1WAZ A; 1QLN A; 2GTA A; 1W0K G; 3LDE A; 3UT5 A; 2ITC C; 3AG2 C; 1SQP H; 2DYR C; 3RBZ A; 1FAF A; 3SYA A; 3B4S A; 5H6Q A; 2IU3 A; 2EIJ B; 2P4V A; 4FM0 A; 1R6T A; 3ZJZ A; 4DV3 B; 4UCV A; 3MD0 A; 1W2B U; 4R8C A; 5C93 A; 2BTQ B; 1YEW A; 4JV5 B; 2V1D A; 3CME V; 5J9P C; 1VP7 A; 3ETD A; 2PF4 E; 4TT3 G; 3H1J H; 2EZP A; 4J42 A; 1Q3E A; 4JAA A; 1GMG A; 1OV9 A; 1Q6U A; 2YID A; 4QJF B; 4DV7 O; 1AI6 A; 1D5A A; 4K8X A; 5B1O A; 3ZN0 A; 3ZED A; 1VMG A; 3OMN B; 3CXH F; 4GKJ B; 2F66 C; 2Q0O C; 4B3M O; 3ZRX A; 1SER A; 1IBK B; 3AK1 A; 5KHH A; 3DTU B; 2WLJ A; 3AG4 B; 3ABK B; 2HP8 A; 4KFM A; 4U3J B; 1XMO B; 4DR7 O; 3KCY A; 3ASN C; 1SET A; 1U97 A; 1WA8 B; 4TSF G; 5ITZ A; 5K1X A; 4HNA A; 4YIO A; 2OIG A; 4O4H B; 4RUE A; 2DN9 A; 1VQ8 V; 3JD3 A; 2H94 A; 3C3T A; 5IJ9 A; 4H44 B; 5IT9 N; 4CZZ A; 5EK0 A; 2Q69 A; 1DGS A; 3DXR A; 4F6R B; 2UXX A; 5IYC O; 4LC1 A; 2Q5Z A; 2Z3Y A; 1QVF U; 1H2G A; 1EFR G; 4LF4 B; 2Z5U A; 1M56 C; 3CPW U; 4DV4 O; 4GX5 A; 1SQX H; 4O2A B; 4LFA B; 1QVG U; 2Q6A A; 1SC5 B; 4GCZ A; 4MTO A; 3J7A U; 2H8P C; 3ML0 A; 5IWA O; 4KHP O; 1U96 A; 4NXM O; 4UXN A; 3ETG A; 4RQF A; 1YTF B; 5KUM A; 2DQ3 A; 5L3G A; 5KX5 A; 2L35 A; 5JCO A; 1I5Y A; 1KD1 W; 3JAR A; 2XT9 A; 1VQ7 V; 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4MVU A; 4JI8 B; 2F43 G; 3J80 N; 3F5W C; 3E8F A; 4L8J A; 1LNQ A; 1OCR C; 4P9O A; 1HNX B; 4CS4 A; 5BMV B; 4GKJ O; 1Y4M A; 2EIN B; 4G27 B; 1IBK O; 4DR3 B; 4JZG A; 4DXW A; 3ABU A; 5CA0 A; 1XMQ B; 2ZIO A; 1ZTE A; 2PI5 A; 2AXT Z; 3CRA A; 1XMO O; 3CEI A; 1JJ2 U; 1NH2 B; 1NR1 A; 2JEU A; 2FB5 A; 4ZOL B; 1FFT B; 2EIJ C; 1GM7 A; 3IFX A; 1IUR A; 4IYH A; 3K58 A; 2X6B A; 2DWE C; 2QKA A; 3SYQ A; 4LF7 B; 3FYI B; 4JI1 B; 1O9H A; 4DV6 B; 3ZRW B; 3K5M A; 1JFF B; 4LF4 O; 2BTQ A; 4MVM A; 3RYC B; 3E22 B; 1G4Y B; 1GKF A; 4D7T A; 3E86 A; 1BHB A; 3A0H Z; 3H1L H; 3UT5 B; 4LFA O; 4ZI7 B; 3OGI B; 2GHY A; 5H6R A; 1MZE A; 2UUA B; 3RVZ A; 1SZT A; 3SYP A; 2E76 B; 1KC8 W; 3E8G A; 2A79 B; 4AQY B; 3UQ8 A; 3CCS V; 1Z2G A; 3K57 A; 3LUT B; 3UM7 A; 4MVS A; 1IZ3 A; 4I55 A; 3AG4 C; 2YC0 A; 1Q81 W; 1IX9 A; 1WP7 A; 2PZS A; 2GBO A; 3UCS C; 3CCQ V; 4DR5 B; 3HPL C; 1TUE B; 1HP8 A; 4RWU A; 4I9Q A; 4LF6 B; 1WA8 A; 4O4H A; 2ZE7 A; 1EN5 A; 3I56 V; 4QPK A; 4JAS A; 4PEL A; 2GDS A; 2XAF A; 4DR6 B; 4I5S A; 5B3S B; 1L0L H; 1QR9 A; 3OFN G; 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