The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZM6 O; 5BXZ A; 3M8A A; 4DV5 O; 4JV5 O; 2HHH O; 4JI1 O; 3J80 N; 4DV4 O; 4LFA O; 2E5L O; 1FKA O; 1R6T A; 1AB3 A; 1A32 A; 4NXM O; 4JI7 O; 1XEQ A; 2LW7 A; 5LMN O; 2UUB O; 4X65 O; 4X64 O; 1HR0 O; 2DJV A; 4X66 O; 5LMU O; 4B3T O; 5BR8 O; 4LF5 O; 1XMQ O; 1XNR O; 1N32 O; 4JI4 O; 4LFB O; 4YY3 O; 4B3S O; 3R66 A; 4DV1 O; 5IWA O; 2DOS A; 4GKJ O; 1XMO O; 4JYA O; 1NS1 A; 1R1B A; 1D2D A; 5FLX N; 2UUC O; 1X59 A; 3OTO O; 1FJG O; 1J5E O; 4LF8 O; 1HNX O; 2ZKO A; 2N74 A; 3T1Y O; 4LF4 O; 1XNQ O; 1G1X B; 3F5T A; 3SDL A; 4A5U B; 4DUY O; 1IBM O; 2UU9 O; 4DV2 O; 3J7A U; 3J81 N; 4JI6 O; 4K0K O; 4LF9 O; 1N34 O; 2F4V O; 4GKK O; 2UXB O; 1N36 O; 4LFC O; 4DV7 O; 4JI0 O; 2Z0A A; 4DR1 O; 4LF7 O; 5LL6 Y; 1FYJ A; 2VQF O; 5A2Q N; 4NXN O; 5IT9 N; 3O65 A; 4JI3 O; 1YZB A; 4AQY O; 3T1H O; 4DR6 O; 2FKX A; 1KUQ A; 1HNW O; 4OPH A; 4OPA A; 1F7Y A; 4LF6 O; 5H5N A; 4B3M O; 4DV3 O; 2UXC O; 1DK1 A; 1AIL A; 4DR4 O; 1N33 O; 4DR7 O; 2UUA O; 4KHP O; 1IBL O; 4JI2 O; 4DR3 O; 3RT3 C; 1IBK O; 4OX9 O; 4YHH O; 4DR5 O; 2AGA A; 3JAM N; 2UXD O; 4X62 O; 4DV0 O; 2JRI A; 4B3R O; 5BY1 A; 4DUZ O; 4DR2 O; 1HNZ O; 4JI8 O; 2VQE O; 4DV6 O; 1I94 O; 4JI5 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DLB A; 1AR4 A; 5IYZ B; 1V54 C; 3FX7 A; 2HR3 A; 3L73 H; 2Y4U A; 1MG1 A; 4DW0 A; 3AG1 C; 1XL6 A; 1EN4 A; 2YI9 A; 4XDL A; 2EZP A; 2WLL B; 3TGU H; 4YJ3 A; 2PI4 A; 5H2F Z; 1LR1 A; 5H6Q A; 2CTW A; 1EN5 A; 2WLI B; 1YF2 A; 4I4T A; 5IY5 C; 2UUC O; 4B7K A; 2GV9 A; 1TUB B; 3H9V A; 4PI0 A; 2CTR A; 4DR5 B; 3ETG A; 4X1K A; 2AXT Z; 3OMN B; 2OTJ V; 1L0L H; 3E83 A; 3LSQ A; 3P32 A; 2QA4 V; 4UCR A; 1N34 O; 1V55 B; 3STZ C; 1R3J C; 5LP6 C; 2ATK C; 2E76 B; 2ZIO A; 1L0N H; 3OW2 U; 3K5L A; 2E3C A; 2ZIM A; 4H37 A; 3JAR A; 5C8Y B; 3O65 A; 3F7V C; 3VQX A; 5EIB D; 5DM6 V; 5EK0 A; 4LF4 B; 2E75 B; 4MVR A; 4TV8 A; 4OPH A; 4I55 A; 3QTC A; 4K8X A; 2P4K A; 4JTA B; 4X1I B; 1ENV A; 3QVN A; 4ASU G; 1HR0 B; 2KG7 A; 2EJR A; 3HR0 A; 1IBL O; 1IBK O; 4OX9 O; 1KBH A; 3JAL B; 2VWK A; 1UPG A; 4IHJ B; 4YJ2 A; 4DUZ O; 1RP3 B; 5DED A; 4GX2 A; 3ZRW B; 4CS3 A; 2XAG A; 3A0H Z; 4XBF A; 1L1F A; 3D36 A; 2UU9 B; 2YID A; 3AG1 B; 5IJ9 B; 5KAI Z; 4TSF G; 4LR3 A; 4I0X B; 1UJW B; 3UO2 A; 1XQ8 A; 3W7T A; 1COW G; 2Y4T A; 2Q8V A; 5KX5 A; 1H38 A; 2XT9 A; 5IYB O; 2B1G A; 1JJO A; 5LMU O; 2V7Q G; 2LFR A; 4IL6 Z; 3K58 A; 4O4J B; 4DYL A; 4B3M B; 3WB2 A; 3ZRV A; 3ZHQ A; 1FXK B; 5LA6 B; 2LGW A; 3ZMU A; 1K4D C; 4D7T A; 2ZKO A; 2EIM B; 2YXL A; 3F5T A; 3OEE G; 4MVQ A; 3APO A; 1WA8 A; 4B3R B; 3B8M A; 5JCO A; 3M99 B; 5L3B A; 4X66 B; 4LF5 B; 1SRY A; 1Y6X A; 4GKK O; 2Z0A A; 5JQG B; 2QGN A; 1GN2 A; 5K1X A; 2VQF O; 1VF7 A; 2LGQ A; 4PJ0 Z; 2CUG A; 1K5S A; 3P30 A; 4I50 B; 3FB5 C; 4AQY O; 3T1H O; 4DR6 O; 1SS3 A; 3UT5 A; 5CBH A; 1HNW O; 5LMN B; 3ABU A; 1DF4 A; 4OPA A; 1PM9 A; 5CBG A; 1FFT B; 4AI8 A; 3EXA A; 3HKD A; 1N32 B; 1XNR B; 3OT7 A; 3I5D A; 1JFF B; 1XIL A; 1E79 G; 4MW3 A; 4O4I B; 1Z5W A; 3OD4 A; 3QNE A; 4BIU A; 2FL4 A; 4D7S A; 1WN7 A; 4ZOL B; 2ZNI A; 1BQZ A; 3VQY A; 1K4C C; 4LP8 A; 2XOK G; 3AG2 C; 4DO2 A; 1JA8 A; 3ETE A; 5A9G A; 1OHH G; 4FLT A; 1WP7 A; 2ZDI A; 5J9P C; 1K5Q A; 5BMV A; 3RYC B; 4LFA O; 4TUY A; 4DR7 B; 3AEI A; 2EIJ C; 2QJ1 A; 3AG7 A; 1A32 A; 2AZ2 A; 5B1N A; 1H2N A; 4E2L A; 3E8F A; 1I5X A; 3RW0 A; 4YXW G; 2EX3 A; 1NTK H; 2A9H A; 4U7O A; 2LQT A; 3RYF B; 3ZED A; 3GWO A; 5E79 Z; 2ZM6 B; 3E8G A; 1D2D A; 5FLX N; 1ZSP A; 1S5L Z; 4I5S A; 4JI2 B; 4L87 A; 3E86 A; 3KCY A; 4LF4 O; 1MAB G; 4FM2 A; 2ZR2 A; 3FKS G; 1Q8I A; 3PJS K; 4D6T H; 3X2Q C; 4BW5 A; 2PZS A; 4ZBM A; 1N36 O; 4IGG A; 1CPY A; 2BSK A; 1XMO B; 5ITZ A; 1L8D A; 1JPX A; 1H2L A; 3C90 A; 4NVP A; 1Q7Y W; 1O9H A; 1Z2G A; 3D36 C; 4JF3 A; 3GWK C; 4CS2 A; 3HKC B; 5IJ0 B; 2HFE C; 3I56 V; 3SPC A; 3ZRS A; 5KHI A; 4X64 B; 4O4H A; 3K9S A; 4FFK A; 1H2S B; 4FMT A; 4X89 A; 3L70 H; 3K5O A; 4GCZ A; 3AG2 B; 5B3S C; 4I4T B; 2BTQ A; 3OTO B; 2KSD A; 3JCU Z; 1Y4M A; 1JQ0 A; 2PI5 A; 3JYC A; 2JEU A; 5JH7 A; 5EBM C; 2BTO A; 1AR1 B; 1YJN V; 4DV5 O; 2CH7 B; 4JV5 O; 2JS3 A; 1Q43 A; 1PP9 H; 4DV4 O; 1Y74 A; 5GON B; 4O4L A; 1D5N A; 5JCO C; 2RDC A; 3RYH A; 2OCC B; 2YS8 A; 4P2Z A; 4O2B A; 4LWS A; 1Q5O A; 4X66 O; 4LF5 O; 3JAS B; 2XHB A; 3L75 H; 2HG5 C; 2FB5 A; 2VWJ A; 1AJQ A; 3CS5 A; 4DK1 A; 4FIP C; 2F93 B; 3K3W A; 1ZTE A; 3BAB A; 1X59 A; 3AK3 A; 3WB1 A; 3G4S V; 2YEV A; 4P30 A; 3CCQ V; 1WAZ A; 2QWO B; 3T1Y O; 1VQO V; 1XNQ O; 2CTP A; 1I0H A; 4A5U B; 4UUJ C; 2QEX V; 3OR6 C; 1GH6 A; 3CRM A; 2JVD A; 3OGC C; 3SPG A; 3CCL V; 1QVG U; 3VQW A; 1S72 V; 3Q4H A; 3RYI A; 2JGU A; 5LGN A; 4DRX A; 5JJN B; 3L72 H; 3K79 A; 3IC9 A; 1IBM B; 1CXZ B; 3UO3 A; 2DN9 A; 2GTA A; 5B3S B; 4ZI7 A; 1E1Q G; 4K0K B; 4GX1 A; 5JJJ B; 1N4C A; 4DR7 O; 4DR3 O; 3RT3 C; 4K8Z A; 2F95 B; 1ZL8 A; 2HP8 A; 3BPZ A; 3HKE A; 2GBO A; 5LYJ A; 5KHJ A; 4H0L B; 1IXM A; 1ORQ C; 1Q81 W; 2QWQ B; 1BT8 A; 1S5H C; 1RPR A; 4G28 B; 1NH2 D; 3EHB B; 1XDC A; 4BAY A; 3BRC A; 1WA8 B; 1WB8 A; 2ZM6 O; 4OGQ B; 1VQ5 V; 1N34 B; 3M7M X; 1N0N A; 5FPO A; 3SPJ A; 4UFZ A; 1GN3 A; 2PGG A; 3CD6 V; 1AB3 A; 4UB6 Z; 2H94 A; 4UV9 A; 4PA9 A; 1BHA A; 3N2G B; 4FFB A; 3NR7 A; 5KA6 A; 2QKC A; 2IH3 C; 3MD0 A; 4MVZ A; 4UXN A; 1GO3 F; 3H1H H; 3RWR D; 3ZHV A; 5CN0 A; 1WPB A; 2DOS A; 3ML0 A; 1XMO O; 2QWR B; 1R1B A; 3CB2 A; 1M1K W; 1IBL B; 4OX9 B; 1S3J A; 4ZHQ B; 2AW9 A; 3W7U A; 1QHT A; 4JTD B; 3BY6 A; 4PEL A; 1G1X B; 1MNG A; 3RN4 A; 3UQ8 A; 2EIL C; 2GTS A; 1JVM A; 1AR5 A; 2EUL A; 1UFI A; 4EFE A; 4DUZ B; 2P90 A; 1IUR A; 2EIK C; 5IWA B; 5GW7 A; 3JD1 A; 1BL8 A; 4H44 B; 3CCU V; 1LUV A; 3OEH G; 4HBN A; 2V1D A; 3G80 A; 3JAW B; 5D5Q A; 2A0L A; 1FFX B; 3ETQ A; 2P67 A; 3N2K A; 3D3I A; 1YVW A; 1I08 A; 3BHP A; 1DGS A; 4QPJ A; 3HKB A; 2Y69 C; 1QCE A; 3ZHR A; 5LMU B; 4QJF B; 1EN6 A; 1F4M A; 5CB4 A; 4ABM A; 3ASO B; 4JAS A; 2DYS C; 5B66 Z; 3CCE V; 2NLJ C; 2VQE O; 3LSS A; 1QLE C; 4UCU A; 1PKX A; 2V4D A; 2AZ0 A; 2XND G; 4NKG B; 3M8A A; 4JAV A; 4LF6 B; 4DV3 B; 1GM8 A; 1SC5 B; 2HHH O; 2R9A A; 3JD3 A; 4PA6 A; 4YIO A; 2KKW A; 2Z5U A; 1RM1 B; 4GKK B; 4RO2 A; 3FB8 C; 4E4E A; 2ZXW C; 2ZE5 A; 5J2U B; 3AK2 A; 3JAK B; 3RFR A; 2VQF B; 1BGY H; 1MMM A; 3AK1 A; 3ZHS A; 3SYO A; 3K08 A; 4EFB A; 4X65 O; 4X1Y B; 4F6E A; 3T1H B; 4LBE C; 1OCC B; 5E1A C; 4FLZ A; 4U7N A; 4PDV A; 1YI2 V; 2GHY A; 2W0F C; 4PDL A; 4HYO A; 4KFM A; 2EIL B; 1PD3 A; 2M7W A; 2QTS A; 2E5L B; 2F23 A; 1DTO A; 3OAA G; 1OCZ C; 1SQG A; 3K57 A; 3NXS A; 2EIK B; 4FPP A; 3STL C; 1IBM O; 1K73 W; 5C93 A; 4KUM A; 2D2C B; 4K0K O; 2LFS A; 4P9P A; 4EEQ A; 2WSS G; 1RSO A; 2WA3 A; 3G6B A; 4JYA B; 4LFA B; 2M6Y A; 2Y69 B; 4LF8 B; 2Q69 A; 1NI8 A; 2JDI G; 4O2B B; 1LUW A; 3WB0 A; 1DK1 A; 2H8P C; 2Q0O C; 1Q3E A; 1VQL V; 2H3O A; 1OCR C; 3B77 A; 4LF7 B; 3ASN C; 1WP8 A; 5CMU A; 3QO5 A; 1QLE B; 2WAM A; 4CH4 A; 2ITC C; 3LNN A; 4NTW A; 5BY1 A; 1BS3 A; 2YEV B; 2OIE A; 4YIP A; 2X6B A; 1M56 B; 3W7W A; 3SJQ C; 4J9Z B; 2RQ6 A; 2ZXW B; 3ABK B; 4O2A B; 3ZRX A; 5EZY A; 1N36 B; 2ADQ B; 1JX9 A; 1E1R G; 2PUS A; 2ZE6 A; 2XAS A; 1JCH A; 1PV0 A; 4Q20 A; 3O9O A; 3CXC U; 2UUB O; 1H8E G; 1KKC A; 4B3T O; 1V54 B; 4JI8 B; 3H1L H; 4FJC C; 4CH6 A; 5IWA O; 4CH3 A; 3TJT A; 2A7W A; 3BCC H; 2W6J G; 1IVS A; 1P49 A; 1BSM A; 2DW4 A; 1KQS U; 4OXS A; 1HNX O; 2QWN B; 5FL7 G; 1R6N A; 3QO8 A; 1DF5 A; 1GK9 A; 3KZI Z; 3J7A U; 4R50 A; 4IYH A; 1P7B A; 5EYP A; 4HNA A; 5IY5 B; 1OCO C; 4J7Z A; 1M57 C; 1QR8 A; 1TVK A; 2LW1 A; 2QKS A; 4YY3 B; 2Q7E A; 3K06 A; 4LC1 A; 3ZCC A; 1H2M A; 2AHZ A; 2ZIN A; 4DV5 B; 4JV5 B; 3A0R A; 4DV4 B; 3LSU A; 3F7Y C; 5CBF A; 4FLW A; 1WLE A; 1F51 A; 2EZO A; 3IC7 A; 5KUK A; 5J2T A; 1N8R W; 4Z2W A; 4KXR A; 5LP6 B; 2W6I G; 5FNV A; 3CCV V; 4LF6 O; 2JGD A; 4DV3 O; 3ASN B; 1YJW V; 1AIL A; 1QVF U; 4DXW A; 2R70 A; 2F4V B; 2BE3 A; 1BHB A; 4QGP A; 1NR1 A; 1U97 A; 3KG2 A; 4EB6 B; 4MTX A; 1F4N A; 1JOY A; 5LXT A; 4J41 A; 3U11 A; 3C3T A; 3ZJZ A; 3B8N A; 4MSW C; 2YXY A; 5CA1 A; 2R72 A; 3T1Y B; 1XNQ B; 3B09 A; 2YSU B; 2QDO A; 3BA9 A; 3CE2 A; 4JI5 O; 3CHX A; 5K1P A; 2OTL V; 4RAI A; 1N33 B; 3W7X A; 2E5L O; 4LNU A; 2RCV A; 1ZLZ A; 1AI5 A; 3CJH A; 5LBQ A; 1NTM H; 3W7S A; 1K92 A; 2IU0 A; 3SR2 C; 3CWB H; 1QQC A; 4K3A A; 1X4T A; 4U3J A; 4LFB O; 1PL0 A; 4J7J A; 2X0L A; 4JYA O; 2D3O W; 3CCR V; 3BFR A; 2B1I A; 4IIJ B; 1SA0 A; 5CB4 B; 4DR3 B; 3SJC C; 1EZJ A; 2GUZ B; 3MAQ A; 1Y67 A; 1Q90 D; 4LF8 O; 2WWW A; 4RUE A; 4FLV A; 1OCO B; 1AVM A; 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4MTG A; 3VOU A; 1H2G A; 4JPR A; 5EC2 C; 1WNS A; 1XL4 A; 5HFL A; 3JAR B; 3VBB A; 2PY5 A; 4CS4 A; 2VQE B; 1WB7 A; 1S5J A; 2F4V O; 4TV8 B; 4LFC O; 4DV7 O; 4I55 B; 4BR6 A; 1TUB A; 3K9A A; 2KG7 B; 1FYJ A; 3HPL C; 2XAQ A; 1GM7 A; 1EM1 A; 4CH5 A; 2HHH B; 1PNM A; 3WU2 Z; 1FJG B; 1LNQ A; 3TCU A; 3X2Q B; 1VQN V; 4JYY A; 3APQ A; 2DWE C; 2IJI A; 3TXS A; 3CYO A; 4QNH B; 1US6 A; 4YJ2 B; 4X65 B; 2XAF A; 3VQV A; 1RPO A; 1F23 A; 3SYA A; 3G6E V; 3QG5 A; 1N33 O; 4P9O A; 5C8Y A; 4YHH O; 4FLX A; 1MOF A; 1NTZ H; 2ZNJ A; 1YDX A; 4NXN B; 2ZDI C; 4X1I A; 1HNZ O; 3U0Z A; 3ZHT A; 2RMK B; 4BIZ A; 5KX5 B; 2JEX A; 2BOB C; 2OWO A; 2Q0A A; 4B08 A; 2QR4 A; 3JD2 A; 3AG4 B; 1KP3 A; 1GRJ A; 4IHJ A; 1U96 A; 4KL1 A; 3MHS C; 2UUA B; 2FML A; 1KU9 A; 1FKA O; 4NYK A; 1R6T A; 2Q7H A; 3OTF A; 1K7D A; 1T5E A; 3ZRW A; 4NXM O; 2BCC H; 1NBM G; 4G27 B; 1XMQ O; 2ZD9 A; 5IJ9 A; 1NJI W; 3OM3 B; 3OMI B; 2JK5 C; 4I0X A; 5B1A C; 1NS1 A; 5IYD O; 4L8J A; 4Z1M G; 2W0X A; 2YIB D; 4TQD A; 1AI4 A; 2A06 H; 2AHY A; 4UVB A; 3SDL A; 4DUY O; 1M5I A; 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