The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
35
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AIL A; 3R66 A; 4JI6 O; 2ZM6 O; 1G1X B; 4JI8 O; 4LF8 O; 4DUY O; 1XMQ O; 2UUB O; 5H5N A; 5IT9 N; 1HNX O; 4DV7 O; 3J80 N; 1R6T A; 5IWA O; 4JI1 O; 4X66 O; 1FJG O; 2FKX A; 2Z0A A; 1DK1 A; 4B3R O; 1XNR O; 2VQE O; 3JAM N; 4LF9 O; 1KUQ A; 1F7Y A; 2UXC O; 4GKK O; 4DV5 O; 4DV6 O; 2ZKO A; 4JYA O; 4JI5 O; 1FKA O; 2UU9 O; 3T1H O; 4DV2 O; 2HHH O; 4DR3 O; 4DR7 O; 4NXM O; 1N32 O; 5LMN O; 2UXD O; 1N33 O; 3M8A A; 4DV4 O; 4LF7 O; 2DJV A; 2UUC O; 4X65 O; 2N74 A; 4OPA A; 4B3T O; 1XEQ A; 5A2Q N; 4JI4 O; 4NXN O; 4DUZ O; 4LFB O; 1D2D A; 1XNQ O; 1HNW O; 2VQF O; 4DV3 O; 4DV0 O; 4OX9 O; 4X62 O; 4JV5 O; 3T1Y O; 1IBL O; 4LF6 O; 3J81 N; 1IBK O; 1AB3 A; 1XMO O; 3RT3 C; 4YY3 O; 4DR2 O; 4DV1 O; 2JRI A; 4B3S O; 3OTO O; 5LMU O; 4K0K O; 2F4V O; 4AQY O; 2UXB O; 2AGA A; 4X64 O; 5LL6 Y; 1R1B A; 3O65 A; 4DR4 O; 1NS1 A; 4GKJ O; 4JI0 O; 4LFC O; 2LW7 A; 2E5L O; 4DR6 O; 1HNZ O; 4A5U B; 5BY1 A; 3J7A U; 1J5E O; 1N34 O; 1HR0 O; 1N36 O; 5BR8 O; 2UUA O; 4JI3 O; 1YZB A; 1IBM O; 4OPH A; 1X59 A; 4JI7 O; 4KHP O; 3F5T A; 1A32 A; 4DR5 O; 4LF4 O; 5BXZ A; 4JI2 O; 3SDL A; 1I94 O; 4LFA O; 4B3M O; 4DR1 O; 1FYJ A; 5FLX N; 4LF5 O; 2DOS A; 4YHH O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4G28 B; 2Q0O C; 3L73 H; 4PA6 A; 3ABU A; 5JWP A; 3JSL A; 1H2K A; 3BHP A; 3BCC H; 1GN2 A; 4GX5 A; 5H5N A; 2YXY A; 4X66 B; 5B1B B; 3RYF B; 1ARO P; 2A79 B; 4NR1 A; 2RN9 A; 5IE9 A; 4OX9 B; 2N04 A; 2OCC C; 3VQV A; 1FFX A; 3AG7 A; 4B7E A; 4LWS B; 3KCY A; 5LA6 B; 5LGU A; 1RFY A; 3LUT B; 1GO3 F; 4DR2 B; 1KP2 A; 3LDC A; 1OHH G; 2D3O W; 4U3J B; 2HR3 A; 5LHI A; 1YJ9 V; 3E83 A; 3F5W C; 2YID A; 1F4M A; 2OIE A; 1Y66 A; 2QTS A; 2P4K A; 2UUC O; 2P06 A; 2IH1 C; 3E35 A; 4NXN O; 3ZS8 C; 1BHB A; 1SQV H; 2QWO B; 3ABL C; 4GZR B; 5CA3 A; 4R8C A; 1QBZ A; 2AW9 A; 3IGA C; 1XBL A; 2A9H A; 2ZXW C; 2HJF C; 2CGO A; 3J81 N; 1XL4 A; 2LGW A; 4R7C A; 4IYI A; 3ZED A; 1I94 B; 3ASN C; 4O4J A; 4BAY A; 4O2A B; 3HPL C; 2UXB O; 4BWA A; 3CRR A; 4FZ1 A; 2GBO A; 1Y4M A; 5HFL A; 1AJN A; 4MTG A; 4F4L A; 3RFR A; 2BTQ A; 3K0D A; 4RO2 A; 4XDL A; 1KKC A; 3T1C A; 1A32 A; 4JYA B; 4LP8 A; 4DR1 O; 1RSO A; 4DR7 B; 2UXD B; 1N33 B; 3SYA A; 1MAB G; 4FLX A; 1RPO A; 4LF8 O; 3HR0 A; 4DRX B; 4CS4 A; 4DO2 A; 4Z2W A; 2BSK A; 1P7G A; 5LYJ A; 2YSU B; 3CJH A; 2A0L A; 3QF7 A; 1AI6 A; 1T5E A; 1R6T A; 1BE3 H; 4GKK B; 1W2B U; 3WG7 B; 3K59 A; 1FPO A; 3X2Q B; 2VQE O; 4UVC A; 1TVK A; 3LSS A; 4YY3 B; 2EX3 A; 2ZKO A; 4X1K B; 1I08 A; 2EBO A; 4JI5 O; 3I56 V; 2CUG A; 4U7N A; 5H2F Z; 1R3I C; 4G2K A; 4NXM O; 1Q90 D; 4F6R B; 1VF7 A; 2BE3 A; 4X64 B; 1OJH A; 4CH4 A; 1DF5 A; 1ZSP A; 3JD2 A; 4P30 A; 2VWJ A; 4PHZ A; 4WBN B; 4J42 A; 1N34 B; 1HR0 B; 4JV5 O; 3ZHQ A; 1R3L C; 2P7T C; 1XQ8 A; 5JH7 B; 3ABK B; 2P67 A; 3VBB A; 4DR5 B; 1VP7 A; 4FMT A; 4LFA B; 1LUV A; 1M1K W; 3CCU V; 2XAG A; 3D3I A; 1TUE B; 3JCU Z; 1Q6H A; 3RN4 A; 2XUM A; 2VRZ A; 1QHT A; 1GMG A; 1S76 D; 2EIL B; 3CHX A; 1AI4 A; 4JAS A; 2EIJ B; 4GX0 A; 1QU7 A; 4TT3 G; 1VQ7 V; 3UO2 A; 1EM1 A; 1HNZ O; 1F51 A; 2EIN B; 2FTK A; 2W6I G; 2XAS A; 1QCE A; 4H37 A; 1PL4 A; 1R3K C; 1ROP A; 4JI2 B; 2X6B A; 4X9Q A; 1VQ4 V; 5KUK A; 3QNE A; 3AK3 A; 4MVQ A; 2YIB D; 1KU9 A; 1NTK H; 1QR8 A; 2GUZ B; 2PYL A; 1SQX H; 5LA6 A; 4LF7 B; 1YEW A; 4E4E A; 2EIK C; 2EZP A; 3QO7 A; 1YIJ V; 2PTM A; 1IXM A; 3SJA C; 1XNQ B; 3A8T A; 1K3E A; 1YTF B; 3IC7 A; 5JVD B; 1NR1 A; 1Z5V A; 3K5N A; 3ZMS A; 5CN0 A; 4KP4 A; 4JF3 A; 3RYI B; 2V7Q G; 3Q4H B; 5LOV B; 4LF9 O; 4FLW A; 1KC8 W; 4WFH A; 2Y69 C; 3CXH F; 1M56 C; 1N32 O; 2IU3 A; 2ZIM A; 5KHK A; 1QVG U; 1OCO C; 3ZCC A; 4PEL A; 2QWQ B; 4DUZ O; 3KZI Z; 1WB8 A; 1RM1 B; 2XAJ A; 4O2A A; 2GTS A; 3AEI A; 1KD1 W; 3W7S A; 3K3W A; 1S5L Z; 2R70 A; 2R72 A; 2RJZ A; 1WA8 B; 2QKC A; 5CB4 A; 4LF6 O; 3JAS B; 1AJQ A; 1I5Y A; 2QWR B; 4K8Z A; 1AB3 A; 1AI7 A; 4CS3 A; 4JZG A; 1ZLZ A; 5JJN B; 1BSM A; 4KFM A; 2WLI B; 1GK9 A; 1NH2 D; 3MHH C; 3L75 H; 2RMK B; 3FAV A; 1ENV A; 2K9P A; 1Q5O A; 5JCO A; 1PKX A; 2QM7 A; 1KMI Z; 3K79 A; 3B09 A; 4PA4 A; 1F23 A; 1PP9 H; 4DR4 O; 1L0N H; 3QG5 A; 4K3A A; 2E5L O; 4UV9 A; 1SQQ H; 3AG1 B; 4FLV A; 5GON B; 2W0F C; 2ITD C; 1VQL V; 4HNA B; 3OUS A; 4I9W A; 4UCO A; 4O4I B; 1XNR B; 1X59 A; 5KA6 A; 5FL7 G; 4DK1 A; 1K33 A; 4FM1 A; 2ZIO A; 4GLX A; 1SZX A; 3JD4 A; 4CC6 A; 3FFQ A; 4DV4 B; 2M6Y A; 3ZMZ A; 4X65 B; 1GKF A; 3C3S A; 3M7M X; 3E22 A; 4JYC A; 3RWR D; 1V9P A; 1K73 W; 4TSF G; 2LGQ A; 4DV0 B; 4TQF A; 4JTC B; 4NTX A; 2OWO A; 3GWO A; 4EKW A; 2XOK G; 2Z0A A; 4DK0 A; 2ZDI C; 3AG3 C; 1IBL B; 1KB9 F; 2WLL B; 2EUL A; 2CTR A; 4GT1 A; 2X0L A; 3K04 A; 2UXC O; 2QDO A; 3AK1 A; 1V55 C; 4WBN A; 3WB1 A; 2XND G; 1R3J C; 4NKG B; 2Y0P A; 5LMN O; 3GB7 C; 4TUY B; 2YIA A; 3HKD B; 4QNH B; 5JH7 A; 5EC1 C; 2GDS A; 1SES A; 4IL6 Z; 5CBG A; 1URF A; 2IJJ A; 3T4D A; 3TET A; 3ZN0 A; 1PM9 A; 2KKW A; 2QSA A; 1AR1 B; 3CCM V; 4PDM A; 2QWN B; 4J9Y B; 1OV9 A; 2Q9L A; 1N0N A; 5L3B A; 2WSS G; 2V1D A; 3CCJ V; 4NYK A; 3JD0 A; 1SZT A; 1FFX B; 5GW7 A; 2DYS B; 2YXH A; 2HVK C; 1MZE A; 3EVK A; 2ZE7 A; 2CE4 A; 5A9G A; 3OT7 A; 4DUY B; 4GCZ A; 1IZ3 A; 1L1F A; 1OCC B; 4L8J A; 1HNX B; 1XL6 A; 1EZV H; 2XAH A; 3OTF A; 1YJW V; 4Q20 A; 4JI0 O; 2CTW A; 2LW7 A; 2X7R B; 1KQS U; 1FJG B; 2UXX A; 1QLE C; 2UUA O; 3HKC B; 5JVD A; 1JX9 A; 1NBM G; 2ZE5 A; 3KG2 A; 3Q4H A; 2DOS A; 2KG7 B; 5LOV A; 4JI6 O; 3JCZ A; 2QWP B; 4OXS A; 5D5Q A; 4AIL C; 2Q7H A; 1XMQ O; 4FLU A; 1SA0 B; 2XT9 A; 3J80 N; 4OGQ B; 1BQZ A; 1SC5 B; 3ZMU A; 3SYP A; 3GVM A; 1VQP V; 4TV8 B; 1ZAU A; 3EHB B; 4NB5 A; 3K08 A; 3OFN G; 3HKE A; 1M4U A; 1B06 A; 4TWK A; 4P9P A; 5GTI Z; 3CMA V; 4QJF B; 4C7U A; 1FFT B; 2PUS A; 2KB1 A; 3BAB A; 3CRM A; 4B3S B; 3OTO B; 2PY5 A; 5IYZ A; 1OCZ B; 5JQG B; 3ML0 A; 1PNL A; 1CEZ A; 2C2A A; 2AZ0 A; 1XEQ A; 3E8H A; 1RSO B; 1YIT V; 4WFF A; 4WF9 V; 1K8A W; 1Y6X A; 3OE7 G; 3L74 H; 3FB5 C; 5BR8 B; 1BT8 A; 1Y74 B; 4WCE V; 2P90 A; 3RT3 C; 2BSK B; 5LBQ A; 2DE0 X; 3CJH B; 3E2E A; 3CS5 A; 1BQ0 A; 4X8A A; 4B3M B; 2OCH A; 3OEH G; 3KCX A; 4HNA A; 4AQY B; 3A0B Z; 4O4I A; 4YJ2 A; 5LMU O; 3FB8 C; 2OIG A; 3ZHU A; 2WPD G; 1B3Q A; 2A3Q A; 3SPI A; 4TV9 B; 5IY5 C; 1D5N A; 4GUN A; 3O65 A; 4DV7 B; 4GKJ O; 4KUM A; 4UVB A; 5IWA B; 3B2E E; 3OMI B; 1YJN V; 3ZHR A; 4FK5 C; 5F2V O; 4GX1 A; 1Q7Y W; 2A7W A; 1GRJ A; 1GM7 A; 2WLL A; 4HBN A; 4LF5 O; 2EIM B; 4ABM A; 2Q4P A; 4X1I B; 2F43 G; 1ZL8 A; 2DYR B; 1SQP H; 1G8M A; 4JTA B; 4B08 A; 3CRQ A; 4JAV A; 2UUB O; 2RDC A; 1XDC A; 2QJ1 A; 4TUY A; 3HKD A; 2ADQ B; 1YDX A; 4X66 O; 1YTF D; 1EN5 A; 3BFR A; 1X4T A; 3CC4 V; 1XMO B; 4NTW A; 1U97 A; 5FPR A; 4DV6 O; 2Y0I A; 5EK0 A; 1SQB H; 4UB8 Z; 1OCR B; 1YCI A; 3CPW U; 3HB3 B; 2F4V B; 5EIB D; 2ETN A; 4PI0 A; 1VF5 B; 3LSU A; 2IM9 A; 5IYD O; 4LFB O; 5L3F A; 2HP8 A; 4XDK A; 2Q8V A; 2JEU A; 1XHX A; 3CC7 V; 3OGC C; 3ETQ A; 3WB0 A; 5FPO A; 2PI4 A; 2ZD9 A; 3HKC A; 1XUQ A; 5B3S B; 1WB7 A; 4FFK A; 1MSD A; 4ZIB A; 2KG7 A; 1NJI W; 4FPP A; 3UKM A; 3OW2 U; 4LC1 A; 2WA3 A; 1J5E O; 5DED A; 4CH3 A; 1N36 O; 1XI1 A; 4ZBM A; 4W4L A; 1SA0 A; 1N4C A; 2KQX A; 2Q67 A; 2OT5 A; 4TV8 A; 1NT2 B; 5LGN A; 2JK5 C; 4UXN A; 5L3C A; 2H94 A; 2LQT A; 5CB4 B; 4YHH O; 1BZK A; 3FB7 C; 2D2C B; 2ZM6 O; 1G1X B; 1AVM A; 2UUC B; 3TXS A; 5LGT A; 4NXN B; 2XHB A; 3CCQ V; 4PDR A; 4BW9 A; 4J7Z A; 2E76 B; 3FAV B; 5JQG A; 5KA5 A; 3ABM C; 3THO A; 4U7O A; 2FKX A; 4B3R O; 2ZIN A; 5J2T B; 1NKD A; 3FX7 A; 1KUQ A; 3ZRS A; 1CXZ B; 1P49 A; 1K5S A; 4GKK O; 4JYB A; 3I55 V; 4DV5 O; 4MTO A; 1GN6 A; 1VQK V; 3K5L A; 2JGU A; 1HW7 A; 3JAT B; 4FIP C; 3T1H O; 4BIZ A; 2RQ6 A; 2HHH O; 1Y74 A; 4GYC B; 3AG4 C; 2YI9 A; 5CA1 B; 3FYE B; 4H44 B; 2UXB B; 3S3W A; 1PL0 A; 2Q69 A; 5A2Q N; 4JI4 O; 2LP7 A; 3ZIA G; 4WFA V; 4MSW C; 5L3D A; 3SJC C; 1K92 A; 2R9A A; 3T1Y O; 4TV9 A; 3E22 B; 3K57 A; 3T4Z A; 2B1I A; 5H9C A; 1VF6 C; 2JJ1 G; 4DR1 B; 1S5H C; 1SQG A; 1J95 A; 3UM7 A; 3BVO A; 1FXK C; 3D36 C; 3OR6 C; 4LF8 B; 2BTO A; 1AR5 A; 4I7Z B; 1H2L A; 4JAA A; 2E75 B; 3L70 H; 1YHQ V; 1NVP B; 4X1I A; 3OD4 A; 4J11 A; 3OGI B; 2WLH A; 2YEV A; 2OYQ A; 3IAY A; 2CDY A; 3B8M A; 4I4T A; 3F7Y C; 4D7S A; 1L0L H; 1W59 A; 4JI3 O; 5B5E Z; 2VQE B; 2OTJ V; 4JI7 O; 3L9D A; 4JI5 B; 4JI2 O; 3DC6 A; 2IBZ H; 4NXM B; 4FM2 A; 2DN9 A; 1JFF B; 3CC2 V; 4LCU C; 1EN6 A; 1NZ6 A; 3NXS A; 4FVM A; 2PGG A; 2HG5 C; 4O4L A; 2JVD A; 3K5M A; 2QEX V; 3N2G B; 4YIO A; 3H1L H; 1WNS A; 3BEH A; 4IGG A; 4JV5 B; 1S5J A; 2CGN A; 3AG2 C; 1RP3 B; 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5BMV B; 5DM6 V; 1HNW O; 2E5L B; 2X6A A; 3RYC A; 3K06 A; 2VQF O; 4DV3 O; 1ZL8 B; 1VQO V; 3SPG A; 1PNM A; 1GN4 A; 4UUJ C; 5B1B C; 1VQ8 V; 3U10 A; 1NTM H; 1THZ A; 2LFS A; 5E79 Z; 4BR6 A; 1MMM A; 3BY6 A; 3ETE A; 4MW3 A; 3W7W A; 2IW5 A; 3I5D A; 3PN1 A; 3E8G A; 1JFF A; 1UFI A; 3J7A U; 2Q73 A; 2IJI A; 1MNG A; 1KEC A; 1YZB A; 2G38 A; 3W7T A; 4D6T H; 2UXC B; 2F1M A; 1M9N A; 3B40 A; 3N2G A; 3K0G A; 1FD9 A; 1ORQ C; 4J7J A; 4LF4 O; 1BCC H; 3E8F A; 3WU2 Z; 4LBE C; 5LMN B; 3IJ4 A; 1AIL A; 4J10 A; 3VQW A; 3CCV V; 5KHJ A; 2V4D A; 1M5I A; 2JGD A; 5H6R A; 3ZJZ A; 3D3Q A; 5CBF A; 5IT9 N; 1R6N A; 4JTD B; 2FML A; 4JZ2 A; 1ZTE A; 1PNK A; 1WP7 A; 5EC2 C; 2ATK C; 2QM4 A; 2IH3 C; 1VQ5 V; 5LP6 A; 2XAF A; 1F7Y A; 1MA1 A; 3ETG A; 3STL C; 1HWY A; 3ZRX A; 4FFB A; 4DR3 O; 1HDJ A; 4FJC C; 4DXW A; 3RVZ A; 2M7W A; 3ZHV A; 3KKY A; 1S72 V; 5H6Q A; 1IDS A; 5IJ9 A; 1DLB A; 3SYC A; 4JI0 B; 4EFE A; 1W0J G; 4O2B A; 2UUA B; 4X62 O; 4DW0 A; 5D5P A; 1Z2G A; 1IBK O; 2Y48 A; 3DSQ A; 1SER A; 1K34 A; 5EBL C; 2EIK B; 2JDI G; 4DV1 O; 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