The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
77
|
structure length |
77
|
Chain Sequence |
AKQDYYEILGVSKTAEEREIRKAYKRLAMKYHPDRNQGDKEAEAKFKEIKEAYEVLTDSQKRAAYDQYGHAAFEQGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The influence of C-terminal extension on the structure of the "J-domain" in E. coli DnaJ.
pubmed rcsb |
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
DNAJ
|
| total genus |
10
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-08-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00226 | DnaJ | DnaJ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | DnaJ domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QWO B; 2EJ7 A; 1BQZ A; 1FPO A; 2QWR B; 2DMX A; 3UO2 A; 2DN9 A; 2Y4U A; 2LGW A; 1N4C A; 2QWQ B; 2CTQ A; 2M6Y A; 2N05 A; 1IUR A; 2CTW A; 3BVO A; 4IT5 A; 1GH6 A; 2QSA A; 1WJZ A; 2LO1 A; 2CTR A; 1XBL A; 4J7Z A; 2L6L A; 2CTP A; 2CUG A; 2GUZ A; 1BQ0 A; 4RWU A; 2Y4T A; 3UO3 A; 2OCH A; 2KQX A; 2PF4 E; 1NZ6 A; 3APO A; 1HDJ A; 2N04 A; 3APQ A; 2YUA A; 2QWP B; 1FAF A; 2GUZ B; 3AG7 A; 3UCS C; 2YS8 A; 4J80 A; 2QWN B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IX9 A; 3K9S A; 3ASN B; 3RVZ A; 1GN4 A; 2P90 A; 1Q8I A; 1Q5O A; 4U7O A; 4JI7 O; 5ITZ B; 4JI8 B; 1Y76 A; 3S3X A; 3T1H O; 5CA3 A; 2MK3 A; 2RCV A; 1XNR B; 4O2B A; 4DK0 A; 3RYH A; 2HG5 C; 3SYP A; 4ZOL A; 3AK2 A; 3W7T A; 5CA1 B; 5H9C A; 1RSO A; 2A0L A; 4LH6 A; 3AG1 C; 2IW5 A; 2ADP A; 1OJH A; 4WF9 V; 5KMG A; 4YXW G; 3B2E E; 3ZHV A; 4EB6 A; 3OTO O; 1G8M A; 2WA3 A; 4JI5 O; 3FX7 A; 1ORQ C; 2GTA A; 1DGS A; 4I5S A; 1M4U A; 3P3P A; 2F43 G; 1QCE A; 2QWO B; 3AEI A; 4QIW F; 2ZIO A; 1UJW B; 4B3M O; 3W7W A; 3K0D A; 3CP1 A; 1SS3 A; 2WLK A; 2PGG A; 4JTD B; 3RWR D; 4OGQ B; 1D5A A; 2EJR A; 2IJJ A; 3RFR A; 3CS5 A; 3ZRX A; 3LDD A; 2EIL B; 3SJQ C; 4LR3 A; 1KQS U; 4DV2 B; 2ATK C; 5DM6 V; 5IJ9 A; 2LQT A; 2LGW A; 5L3G A; 4E4E A; 5H6R A; 2V1D A; 4UVA A; 1ZL8 B; 1XMO O; 2QSA A; 1SQP H; 3SDL A; 2UXD O; 1SQB H; 5LHG A; 2Q5Z A; 4JI1 B; 4F6R A; 4DR4 B; 2V7Q G; 2EIJ B; 1SQV H; 2YEV B; 4J9Y B; 2DQ0 A; 2HHH O; 2LFR A; 3OAA G; 4J7K A; 2JRI A; 4U7N A; 4DR5 B; 1BT8 A; 4MVS A; 1MZE A; 3F5W C; 1PM9 A; 4NB5 A; 5LP6 C; 1Q82 W; 3B8N A; 1GAX A; 5C8Y A; 2LJ2 A; 2XHB A; 1VEW A; 4I50 B; 2WLI B; 5LHH A; 3N2K A; 4B3S B; 5JJN B; 2IM9 A; 4BWA A; 5L3D A; 1R6K A; 1IBL O; 4YY3 O; 2ZXW B; 1MMM A; 3NR7 A; 4DV5 O; 2ZM6 O; 4MTX A; 3AG2 C; 1JFF A; 4I4T A; 1KBH A; 1OCR C; 1FXK B; 5FPR A; 1NZ6 A; 1YIT V; 5KAI Z; 5LBQ A; 3TK1 A; 2JIZ G; 1TVK B; 4PHZ A; 1H2N A; 1YJN V; 1AVM A; 1QR8 A; 4PDL A; 3VQV A; 3JAK B; 4NYK A; 1B3Q A; 2DN9 A; 5ITZ A; 5JQG B; 1J95 A; 2RJZ A; 2JEX A; 5K1X A; 4PDV A; 3E86 A; 5EIB D; 1NU1 H; 3I56 V; 3B77 A; 3CE2 A; 1FJG B; 1GMG A; 2RMK B; 1CEZ A; 1K5S A; 2R9I A; 4K35 A; 4UFZ A; 3JAR B; 5CA1 A; 1VQM V; 3QO5 A; 5LGN A; 2Q7H A; 3U10 A; 4GX2 A; 2VQF B; 3ZCC A; 3G80 A; 5CB4 B; 1K5Q A; 4IT5 A; 4CH5 A; 3CWB H; 4JI4 B; 3E83 A; 4DR3 B; 4NKG B; 4N21 A; 2HVJ C; 1KUQ A; 3UO3 A; 3B09 A; 1YHQ V; 2JS5 A; 4TV8 B; 3T4Z A; 3E8G A; 4PD4 F; 1WB7 A; 1IBK O; 4O4L B; 1DLB A; 5E1A C; 1VQ5 V; 4X1K B; 1NTM H; 2UXN A; 4JYA O; 5IYZ A; 4LF4 O; 4LF6 O; 3GB7 C; 3OEH G; 2E3C A; 4B08 A; 4O4J A; 3ABL B; 5LA6 B; 1N0N A; 1VF6 A; 3ZN1 A; 4UVB A; 1GO3 F; 5JCO A; 2DYS C; 1S77 D; 1MZF A; 4QPJ A; 2LGQ A; 4BIZ A; 3ABU A; 1Z2G A; 2Y0I A; 4KHP O; 2ZIN A; 4N23 A; 2YIB A; 2F1M A; 4WFA V; 4LFC B; 4R6Z A; 2OIG A; 2F66 C; 3HR0 A; 5KHI A; 4DV6 O; 2PYJ A; 1L0L H; 2Z5U A; 3CCQ V; 1YTF D; 3WB0 A; 2LFS A; 5IY5 C; 4JI8 O; 1G1X B; 3SYQ A; 1Z5W A; 3K06 A; 3JSL A; 3J7A U; 1HW7 A; 3X2Q B; 4K0K B; 3KCY A; 1K4C C; 3ZRW A; 4LF7 O; 2CTW A; 3BA8 A; 3HKE A; 1MSD A; 3CRQ A; 4Z1V A; 2F4V B; 2QE7 G; 4LFA B; 5EBL C; 2JJ2 G; 1XHZ A; 4OX9 B; 4GT1 A; 3CPW U; 1YVW A; 2YIA A; 2NNU A; 2QWP B; 1JX9 A; 4DV1 O; 1EFR G; 5JWP A; 5D5P A; 3THO A; 3ETD A; 3KZI Z; 2DWE C; 3AG3 C; 4MVU A; 1W0K G; 3W7S A; 2IJI A; 4FFB B; 2Q7E A; 2UUA O; 1KKC A; 4UXN A; 2DJV A; 4UB6 Z; 5LP6 A; 1US6 A; 5J2U B; 1TVK A; 4RWU A; 1Q7Y W; 2YID A; 5LOV B; 1S5H C; 4ICG A; 1XOU A; 2DOS A; 2ZE6 A; 4PA4 A; 3OMI B; 4MVM A; 1VF5 B; 3OUS A; 1XRE A; 4UV8 A; 3JAL B; 3OR6 C; 4J9Z B; 1M90 W; 4DV2 O; 3JAT A; 1H2S B; 2CUG A; 2OTJ V; 3L72 H; 4B3R O; 5CB4 A; 2M7W A; 1ENV A; 4LWS B; 1M1K W; 3ETG A; 4DR4 O; 3VOU A; 2IJH A; 1I94 B; 2X6B A; 4TV8 A; 3D36 A; 5FPO A; 1HR0 B; 2CAZ C; 2OCH A; 1DF4 A; 1EZJ A; 3OEE G; 3G71 V; 1Q6U A; 4DR5 O; 1V55 C; 3J80 N; 5IJ0 B; 3DGE A; 1GN6 A; 1TUB A; 1OCZ B; 2ILM A; 2IU3 A; 3CXC U; 2H94 A; 3OMA B; 2IH1 C; 3ZHT A; 4CS3 A; 3DXR A; 3A0R A; 4JAU A; 1IXM A; 1EN4 A; 2OIE A; 4WFG A; 4B3S O; 3E89 A; 1BCC H; 4TT3 G; 3KKY A; 2ZDI A; 3WB1 A; 1FKA O; 1OV9 A; 2F93 B; 1Y74 B; 4DO2 A; 1I08 A; 1YSC A; 4YJ3 B; 1EZV H; 4X89 A; 1WNS A; 3I5D A; 3E2E A; 3G6B A; 2UXC B; 2HLD G; 1LNQ A; 3F5T A; 1R73 A; 1K34 A; 3N2G A; 2VQE B; 3JYC A; 3CJH B; 4TSF G; 4XDK A; 1Y76 B; 3K03 A; 4GUN A; 1BGY H; 1XNQ B; 3S3W A; 4D7T A; 3W7X A; 1ZLZ A; 1AR4 A; 4BIU A; 1JCH A; 4QJF B; 4O2B B; 2YXH A; 1FJG O; 3JAM N; 1WPX A; 3RYH B; 2DW4 A; 2Q68 A; 4ZBM A; 4ZOL B; 1T5E A; 3KG2 A; 1RSO B; 1VQ6 V; 4MTF A; 1H8H G; 1XBL A; 3G67 A; 4R50 A; 3K5M A; 5KMG B; 2VQF O; 2VS0 A; 4EB6 B; 2D2C B; 1SF9 A; 4NXN O; 3CRA A; 4JI4 O; 3QVN A; 5KHJ A; 4DR3 O; 5BZB A; 3ZHU A; 2RNB A; 3H1K H; 1IUR A; 5LGU A; 1OCO C; 3ABK C; 1Z5V A; 5LOV A; 4X1Y A; 5GW7 A; 1L8D A; 4FVM A; 1CPY A; 4CBC A; 1W59 A; 2W0F C; 4KL1 A; 1H2K A; 1NVP D; 3M7M X; 2KSD A; 5B1N A; 3N27 A; 2AXT Z; 2YIC A; 1EM1 A; 5KX5 A; 1M57 C; 1NTK H; 3M99 B; 5DEC A; 4O4H A; 5IJ9 B; 2XAH A; 2LP7 A; 1HNX B; 2RDC A; 1HP8 A; 4MVZ A; 4DR1 B; 1Y4M A; 2PF4 E; 3OE7 G; 4UUJ C; 4FM0 A; 5B1O A; 1VQ4 V; 3JD3 A; 4QE9 A; 4LFC O; 1WA8 A; 3OT7 A; 4F6R B; 1YDX A; 4WCE V; 3SPC A; 1HNW O; 2ETN A; 4HYO A; 1VP7 A; 2QTO A; 4JI3 B; 4K0K O; 2P4K A; 5IE9 A; 2X6A A; 1FAF A; 5C8Y B; 4YIP A; 4LF9 B; 2QM8 A; 5BMV A; 2R72 A; 2F4V O; 2QWR B; 3U0Z A; 2OTL V; 4LFA O; 4OX9 O; 1PP9 H; 4AQY B; 3SYA A; 2QEX V; 2EIK B; 4CS4 A; 4OXS A; 3PJS K; 5H2F Z; 3K08 A; 1GKF A; 1LR1 A; 4JTC B; 4YHH O; 1JA8 A; 1PPJ H; 2CGN A; 3MHH C; 3APO A; 2A9H A; 3ASN C; 2Q73 A; 2XT9 A; 4MS2 A; 1Y74 A; 4I0X A; 4I4T B; 3SPI A; 1R3K C; 1R3I C; 2P06 A; 5H5N A; 3FB8 C; 4HZ3 A; 1LUW A; 3QG5 A; 1KU9 A; 5EC1 C; 5IWA B; 1FS0 G; 1A32 A; 5BXZ A; 3CJH A; 4H0L B; 3CSX A; 1CXZ B; 2B9Z A; 3CHX A; 1E79 G; 4JV5 B; 4TUY A; 1S5L Z; 2JS3 A; 3BRC A; 5IDJ A; 5LYJ A; 3RW0 A; 4BR6 A; 3RYC A; 1RFY A; 3ETE A; 3ZS8 C; 4FM1 A; 2JDI G; 3CD6 V; 3HKD A; 2P5O A; 1GTO A; 4GX5 A; 4LF8 B; 2QDO A; 3ZBH A; 4G28 B; 4FLY A; 2ZIM A; 3ZRV A; 4FLZ A; 1F51 A; 2QR4 A; 4GYC B; 1GN2 A; 4PA9 A; 1WPB A; 3G4S V; 1I94 O; 3GWK C; 4CC6 A; 4PA3 A; 3IAY A; 2ZE7 A; 2Y69 B; 4A5U B; 4R8C A; 5IYZ B; 1JPX A; 4H44 B; 1NH2 B; 1Q6I A; 1U97 A; 2HFE C; 3JD0 A; 4X1I A; 5LL6 Y; 1NH2 D; 4O4J B; 1KMI Z; 4LFB B; 3VQY A; 4FLU A; 2XAF A; 2NN4 A; 4X20 A; 2XAG A; 1HNZ B; 4UVC A; 4FMT A; 2M6Y A; 3MHS C; 1J5E B; 3E8H A; 4BW5 A; 3ZHQ A; 2VWJ A; 1K92 A; 2YIB D; 3JCZ A; 2QTS A; 1KYO F; 2UXC O; 2H3O A; 3RVY A; 3ZMV A; 4MTO A; 4WFF A; 3L74 H; 4DUZ B; 1COW G; 5B3S C; 2VQE O; 3NXS A; 5CBF A; 2EIM C; 4JI6 B; 4ZI7 A; 2UU9 O; 4I9Q A; 4UCR A; 4TOI A; 1XNQ O; 2Q9L A; 3JCU Z; 2FML A; 4CS2 A; 4IYI A; 2CH7 A; 3ZRW B; 1MG1 A; 2CK3 G; 3HKE B; 1N32 B; 2OYQ A; 4DV4 B; 2Z3Y A; 2ZE5 A; 2UUC B; 2F23 A; 1QLN A; 3CME V; 4FM2 A; 3WG7 C; 3RYF A; 5GTH Z; 1K73 W; 3FKS G; 1BQ0 A; 4IGG A; 4F4L A; 5LP6 B; 4DR7 B; 4OPH A; 4LC1 A; 5KHK A; 3ZMZ A; 5EYP A; 5EIB C; 4H37 A; 4JYC A; 3ZMS A; 4FPP A; 3MD0 A; 5EZY A; 1PL0 A; 2ZQM A; 3ASO B; 3HKB A; 4XBF A; 3BY6 A; 2X0L A; 1GM9 A; 3VQX A; 1YJ9 V; 3BVO A; 4DV7 B; 1H2M A; 1PKX A; 1N33 B; 4TV9 A; 3K0G A; 3FYI B; 3ZED A; 1X59 A; 4ZIB A; 2HP8 A; 4GKJ B; 4UV9 A; 3TJT A; 3JAT B; 1HWY A; 3AG2 B; 4D7S A; 1ZSP A; 3DTU B; 1HNX O; 2D3O W; 2Z0A A; 1IZ3 A; 4KP4 A; 1R3L C; 2QWQ B; 2CTQ A; 2OT5 A; 2WA4 A; 4B3T O; 2FL4 A; 3QNE A; 4JF3 A; 1GH6 A; 4JYB A; 4HNA A; 2YI9 A; 1I0H A; 4DUY O; 1NQT A; 1OCC C; 5D5Q A; 4I9W A; 4MTG A; 1E1R G; 1Y67 A; 3JAS A; 2Q8V A; 5KAF Z; 1JQ0 A; 2QM7 A; 4BAY A; 4EFB A; 2Q67 A; 3QO7 A; 2NLJ C; 4WFE A; 1VQP V; 4JI3 O; 3ABL C; 1TUB B; 2F95 B; 1WN7 A; 1BL8 A; 1XL4 A; 5LMN B; 3DXR B; 1R1B A; 3CRC A; 1XMQ B; 4CH6 A; 5AG2 A; 3I55 V; 3SPH A; 2NR5 A; 4P9P A; 1FXH A; 2EZP A; 2QM4 A; 3DC6 A; 3AG4 C; 4QPK A; 4JI0 O; 2B5U A; 2DMX A; 3SPG A; 1RM1 C; 2O57 A; 2KB1 A; 3E35 A; 4RQF A; 4Q6G A; 1O9H A; 4O4I A; 2K1E A; 5L3E A; 3N2G B; 2P67 A; 3U11 A; 5EC2 C; 5IWA O; 4ZHQ A; 1YEW A; 4J41 A; 2DYS B; 3P30 A; 1ARO P; 5KHH A; 2PZS A; 1XNR O; 1AJQ A; 1MSW D; 5LXT A; 5K1P A; 2V4D A; 4KXR A; 4JTA B; 1K8A W; 1VQ8 V; 1AP6 A; 1MAB G; 1EN5 A; 4DR6 B; 4J10 A; 3K58 A; 1SA0 A; 1I7F A; 4X62 B; 3SJC C; 2PTM A; 2Q0O C; 1VQL V; 1H2G A; 2UUB B; 1FFX A; 3F7Y C; 4JYY A; 1PV0 A; 2YI8 A; 3SYC A; 4PA7 A; 2LW1 A; 2KQX A; 3ML0 A; 2LW7 A; 2K9P A; 1F23 A; 4X1Y B; 5J2T A; 5DED A; 2BCC H; 2WLJ A; 1OZ0 A; 3K04 A; 1XEQ A; 3CB2 A; 1JR9 A; 4MVR A; 5JVD A; 1K3E A; 3LSS A; 1M56 B; 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4UCO A; 2QA4 V; 4DRX A; 3J81 N; 2YSU B; 4IL6 Z; 3E22 A; 1SQF A; 3ZMU A; 4F6E A; 1DK1 A; 4EKW A; 5C93 A; 1KP3 A; 4MVQ A; 1R3J C; 3BEH A; 5BY1 A; 2PI5 A; 5B1B C; 4IHJ A; 2X7R B; 4CH4 A; 3CXH F; 1IBL B; 1PNL A; 3KCX A; 1E1Q G; 1NTZ H; 4UB8 Z; 1AJP A; 2BOC C; 3CCJ V; 4E2L A; 2JGU A; 1KEC A; 4J80 A; 1AI6 A; 1SZT A; 4X1I B; 5LMN O; 2PUS A; 4ASU G; 4XDJ A; 1FPO A; 2BSK A; 2HVK C; 2P4V A; 1NKD A; 2EIN B; 2GTS A; 3BHP A; 3UKM A; 4X20 B; 4UCV A; 1JJO A; 1QHT A; 4PJ0 Z; 2VWK A; 4RUE A; 1VQO V; 5JJE B; 4JI2 B; 5JJJ B; 3ABT A; 1FD9 A; 3RGB A; 2IJK A; 5CA0 A; 1OCO B; 1TA8 A; 1R6N A; 3ABK B; 2OWO A; 1K33 A; 1AI7 A; 2ZE8 A; 3VBB A; 2W6J G; 3ZHR A; 2WLH A; 3JAW A; 4W4L A; 1YJW V; 1G4Y B; 2EJ7 A; 2JGD A; 2W0X A; 3A0H Z; 4Z1M G; 1BMF G; 1BSM A; 2Y4U A; 4GX0 A; 4DR2 B; 2GBO A; 2HR3 A; 3LDC A; 4CH3 A; 2AGA A; 5KA5 A; 1M57 B; 1I5Y A; 4ZI7 B; 4GKK B; 1SET A; 2JK5 C; 1F4M A; 1IXB A; 2CH7 B; 2YS8 A; 2EBO A; 2EIK C; 3A2F A; 5GON A; 5CMU A; 4DR6 O; 2GHY A; 2DYR C; 5KUM A; 1N0J A; 1IBK B; 1JVM A; 2ADQ B; 3RYF B; 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