The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
77
|
structure length |
77
|
Chain Sequence |
AKQDYYEILGVSKTAEEREIRKAYKRLAMKYHPDRNQGDKEAEAKFKEIKEAYEVLTDSQKRAAYDQYGHAAFEQGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The influence of C-terminal extension on the structure of the "J-domain" in E. coli DnaJ.
pubmed rcsb |
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
DNAJ
|
| total genus |
10
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-08-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00226 | DnaJ | DnaJ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | DnaJ domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PF4 E; 2L6L A; 2EJ7 A; 3APO A; 1N4C A; 2CTW A; 3UO3 A; 4J80 A; 2DMX A; 2QWN B; 4RWU A; 1BQZ A; 4IT5 A; 2CUG A; 2M6Y A; 2YUA A; 3UCS C; 1IUR A; 1HDJ A; 3BVO A; 2OCH A; 2YS8 A; 2KQX A; 2N05 A; 1FPO A; 2LGW A; 1GH6 A; 3UO2 A; 1BQ0 A; 3APQ A; 2GUZ B; 2QWP B; 2Y4U A; 1NZ6 A; 2CTP A; 1XBL A; 1WJZ A; 2GUZ A; 2LO1 A; 2QSA A; 4J7Z A; 2QWO B; 2N04 A; 1FAF A; 3AG7 A; 2QWR B; 2DN9 A; 2CTR A; 2CTQ A; 2QWQ B; 2Y4T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B3R B; 1KMI Z; 1VF6 C; 1RSO A; 4B7E A; 2CH7 B; 1GRJ A; 2EIN C; 5B3S B; 5IWA B; 4FLY A; 4DV2 B; 4LFC O; 1XL4 A; 2QEX V; 2DYR C; 4O4J A; 4CH4 A; 4KHP O; 2RCV A; 4WFF A; 4X20 A; 3TXS A; 3ZHT A; 2YSU B; 4PV1 B; 1Q86 W; 1OHH G; 3ABM C; 2O57 A; 1NTZ H; 2KB1 A; 3K04 A; 3W7U A; 5LMN B; 4RWU A; 1TUB B; 2VRZ A; 1S3J A; 4TOI A; 2CGO A; 1R6T A; 3B8N A; 1Q90 D; 2F23 A; 3D3Q A; 3RYH A; 4LFB B; 5KAI Z; 5JH7 A; 2QM8 A; 3F7Y C; 3ZIA G; 5J2T B; 5JQG B; 2Q6A A; 5IDJ A; 4LC1 A; 3EVK A; 1YJN V; 1Q8I A; 4JI5 B; 3D3I A; 2CTR A; 1QHT A; 2CUG A; 1E79 G; 4UVB A; 1XQ8 A; 3L70 H; 3R66 A; 4TQD A; 3S3W A; 5IYD O; 1L1F A; 2E3C A; 1GN4 A; 1SA0 A; 1K73 W; 3SYP A; 5LHH A; 4NKG B; 1K7D A; 1G6U A; 2AZ2 A; 3E8F A; 1H2M A; 3QO5 A; 1WPX A; 3N2K A; 2VQF B; 2P22 C; 4U3J B; 2YIA A; 4HYO A; 4NVP A; 1D5A A; 4IL6 Z; 1IBK B; 2H94 A; 2B1I A; 3LNM B; 1S77 D; 2E5L B; 4UB8 Z; 5KHK A; 3FYI B; 2W6I G; 1WA8 B; 4X9Q A; 4DK0 A; 3AG1 B; 4J10 A; 5HFL A; 3R65 A; 3CHX A; 5D5P A; 4JI0 B; 3CC7 V; 1VQO V; 4GKK B; 2ZXW C; 1EN4 A; 4EKW A; 2NR5 A; 4X1K B; 3E83 A; 1IZ3 A; 2P5O A; 3UM7 A; 4DR2 O; 4B3T B; 1HWY A; 2WA4 A; 1Z5W A; 3CRR A; 3DC6 A; 4UV9 A; 5BMV B; 3LUT B; 2QGN A; 3EXA A; 4PI2 A; 2UUC B; 1BT8 A; 2GHY A; 4X88 A; 2JIZ G; 2DQ0 A; 3OMI B; 3HKE A; 4PDM A; 1ZUQ A; 1BL8 A; 4UCT A; 2ATK C; 3RYI A; 4GT1 A; 4I5S A; 5JVD A; 5KA5 A; 5LYJ A; 3A0B Z; 1E1Q G; 4LNU A; 5CB4 B; 4JI4 O; 3ZMU A; 5A2Q N; 2HLD G; 3OMA B; 5KX5 A; 3OR7 C; 1S5H C; 4IIJ A; 3GWK C; 5ITZ B; 3U10 A; 1JQ0 A; 1PL4 A; 3M7M X; 1HR0 B; 4DRX B; 1Y67 A; 4BW9 A; 2ZR3 A; 2K9P A; 1HNW O; 4K8X A; 2P06 A; 1K92 A; 1YHQ V; 1L0L H; 3E89 A; 2CH7 A; 2QJ1 A; 2AXT Z; 1GH6 A; 4TUY B; 4YY3 B; 3CCL V; 3A0R A; 4JF3 A; 1QBZ A; 1CXZ B; 3K5N A; 3N2G B; 3K5M A; 2LGQ A; 1VQ9 V; 2Q7G A; 4K8Z A; 1S5L Z; 4B3S O; 1TUB A; 2XAQ A; 4O2B B; 2ZIN A; 3LSU A; 2PI5 A; 3Q4H B; 3DTU B; 4JI1 O; 3OAA G; 2PI4 A; 4MVQ A; 5J2T A; 2F4V B; 2WLK A; 3E22 B; 3NR7 A; 5JQG A; 4JI2 O; 4CS3 A; 1TAE A; 1NR1 A; 2UUB B; 2Q73 A; 5BR8 B; 4R6Z A; 4BIZ A; 4DR6 O; 1K8A W; 3ZN1 A; 3ZJZ A; 1OCO B; 2YEV B; 1XNR O; 2RQ6 A; 1XBL A; 1ARO P; 1QNM A; 3OR6 C; 3EHB B; 1S0V A; 2Q4P A; 4U7N A; 4ZHQ B; 3ZHV A; 2XHB A; 4GLX A; 2KSD A; 4U3J A; 4DR4 O; 5LHG A; 4BIO A; 4GX2 A; 1RP3 B; 4QPJ A; 1KEC A; 4NR1 A; 5GTH Z; 3LDE A; 5KLV H; 3JAW B; 1WA8 A; 5CBF A; 5BZB A; 2CTW A; 2UXC O; 2F43 G; 2RJZ A; 2HG5 C; 2A06 H; 5LXT B; 4X1K A; 4FM1 A; 2BCC H; 4DR5 O; 2NN4 A; 3CRM A; 3K08 A; 2IJH A; 3SYC A; 4X65 O; 1CP9 A; 4H44 B; 3CS5 A; 2XT9 A; 4D7S A; 3RGB A; 2XUM A; 3OD4 A; 4GX1 A; 5BMV A; 2LW7 A; 1BHB A; 3GVM A; 1O9G A; 1MOF A; 1N32 O; 4MVR A; 3BA8 A; 2ZE8 A; 2M7W A; 1ZWI C; 2QM7 A; 3L73 H; 1KC8 W; 5CB4 A; 3FFQ A; 1SQG A; 2LO1 A; 1D2D A; 1N0N A; 3ASN B; 2QWR B; 3JAT B; 3ZHS A; 2LJ2 A; 1PKX A; 5ITZ A; 1K5S A; 5J2U B; 1BE3 H; 1Q5O A; 4DRX A; 1XNQ O; 4JGS A; 1G8M A; 1P7B A; 3MDS A; 2IM9 A; 1G4Y B; 4K0K B; 1Z2G A; 1NQT A; 4JV5 O; 4W4K A; 1B04 A; 5EIB D; 3AG2 C; 3CPW U; 1YI2 V; 1G1X B; 3WG7 C; 4TUY A; 5B1A B; 4LFA B; 2AHZ A; 4X64 O; 5EBL C; 1MG1 A; 3T4D A; 4XDL A; 4KP4 A; 3N2G A; 3OE7 G; 3T1H B; 1I08 A; 4DR1 B; 2M6Y A; 5B1N A; 1VQL V; 3HKB B; 2QKA A; 4R8C A; 4BW5 A; 3AK2 A; 1AJN A; 1AR1 B; 4FPP A; 5EYP B; 4R50 A; 4O2B A; 5L3B A; 3JD1 A; 3Q4H A; 3WB2 A; 1OZ0 A; 3F5T A; 2EIN B; 2OTJ V; 1K97 A; 4JI1 B; 2FB5 A; 4B3M B; 1GN3 A; 4XDJ A; 4DUY O; 1S72 V; 2DYR B; 3E22 A; 4DV6 B; 3FB5 C; 3X2Q C; 1VMG A; 5B1B C; 1NTM H; 1ZSP A; 2ZE7 A; 2DYS C; 4LWS B; 1R3K C; 3B77 A; 4QNH B; 3ABM B; 3OMN B; 2HFE C; 1SER A; 4I0X B; 2JS3 A; 4K3A A; 3OGI B; 4UXN A; 4HAM A; 2EUL A; 1FXV A; 4DV5 B; 2IW5 A; 2YEV A; 4RUE A; 3RBZ A; 4PEL A; 2CTQ A; 2RN9 A; 2YS8 A; 4UCU A; 5IWA O; 4DV2 O; 5IJ9 B; 4CH6 A; 1SQX H; 1J95 A; 2ITD C; 2ZDI A; 1EN5 A; 4ZHQ A; 4DR7 B; 2Z0A A; 3PJS K; 4HZ3 A; 1ENV A; 4KXR A; 2PUS A; 1L0N H; 1WP8 A; 2EX3 A; 5IE9 A; 4RO2 A; 4ABM A; 5FNV B; 1M90 W; 2W0F C; 5LMN O; 2DJV A; 2XOK G; 3ETD A; 4IYI A; 4O4L B; 2UXB B; 1GO3 F; 4O2A B; 3JAW A; 3BA9 A; 4LFB O; 2H3O A; 1NI8 A; 3AG4 C; 4RUF A; 4X8A A; 1UPG A; 5LXT A; 3C3S A; 4JI7 B; 2FL4 A; 4JI5 O; 2H8P C; 1YDX A; 2GTS A; 3ZRS A; 2QKS A; 2W6J G; 3WFV A; 4GX5 A; 2P4V A; 3CME V; 1I5X A; 3ZRV A; 3CYO A; 5JJE B; 3TXQ A; 5HFM A; 1YF2 A; 4U3F H; 2EIJ C; 3KZI Z; 2RNB A; 3T4Z A; 1MNG A; 4J7J A; 1VF5 B; 2IH3 C; 2XAH A; 4GCZ A; 2QR4 A; 4JZ2 A; 2GV9 A; 5KUM A; 3HR0 A; 2Y4T A; 1QLE B; 3E2E A; 2VQF O; 1GKF A; 3JAT A; 1IBK O; 1I5Y A; 3ETG A; 2QDO A; 1H8E G; 1JR9 A; 2ZNJ A; 4I7Z B; 5J2U A; 3CEI A; 2E5L O; 1F51 A; 3WU2 Z; 2RDC A; 1MAB G; 1F4N A; 4J9Y B; 4UCV A; 1ZX3 A; 4JI0 O; 1OCR C; 2Q9L A; 1VEW A; 3O65 A; 3H1I H; 2X6B A; 3TJT A; 1AP6 A; 1R6N A; 3CSX A; 4ZOL B; 3ABL C; 1BQZ A; 4MVO A; 4DV0 O; 4JPR A; 4B3T O; 5GW7 A; 1NTK H; 4AQY B; 1M56 C; 4UUJ C; 1JJ2 U; 3HKC B; 1W2B U; 1XHZ A; 2UUC O; 3HKB A; 2AZ0 A; 2NLJ C; 4GZR B; 4FM0 A; 4JTC B; 3SYA A; 4GKJ B; 5K1X A; 3HKE B; 3BRC A; 5EYP A; 4ZBM A; 1EN6 A; 4B08 A; 1VF6 A; 3CE2 A; 1TA8 A; 4NYK A; 4Q6G A; 3SJB C; 3RFR A; 2G38 A; 4LF8 O; 4MW8 A; 2XTA A; 1P84 F; 2QM4 A; 1NR7 A; 3UO2 A; 3ABK C; 5KHH A; 4LWS A; 1O9H A; 1HR0 O; 1VQ6 V; 4I0X A; 2B5U A; 4MTX A; 1QVG U; 3QO7 A; 3CCV V; 4JTD B; 3OW2 U; 3KKY A; 3B09 A; 4PHZ A; 5LL6 Y; 2E74 B; 5IJ9 A; 4YY3 O; 1YJW V; 3TCU A; 5EC2 C; 2Y0I A; 5H9C A; 5LHI A; 2ZQM A; 4LF4 B; 4R7C A; 1SES A; 1AR4 A; 2Q7E A; 2A3Q A; 1AB3 A; 4P30 A; 3FKS G; 3JD3 A; 4YJ2 B; 5FNV A; 3P32 A; 1F23 A; 3FYE B; 3JAK B; 1LUV A; 3UO3 A; 2XAS A; 4O4L A; 1TGO A; 1IUR A; 4H37 A; 1JVM A; 4O2A A; 1IBL B; 4P9O A; 4X1Y B; 1FJG O; 2IJK A; 2UUA B; 1XMQ B; 2F4V O; 2Q5Z A; 4FJC C; 1QLN A; 1GN2 A; 4LR3 A; 4MSW C; 4D7T A; 3ZS8 C; 5AG2 A; 2UUB O; 3CCU V; 5BR8 O; 1I94 B; 4QJF B; 3P30 A; 3CRC A; 1H2N A; 1YXB A; 4OGQ B; 3C3T A; 1PNM A; 1XUQ A; 5C8Y B; 3WB0 A; 1VQM V; 4LF7 B; 2VQE B; 4FVM A; 1KQS U; 3BY6 A; 1EBO A; 4JYA B; 3OEE G; 3RWR D; 4P9P A; 1GM7 A; 1GN6 A; 1R73 A; 3BPZ A; 4MVS A; 3STZ C; 3G67 A; 2XAJ A; 5EBW C; 5KAF Z; 5B1O A; 2YUA A; 2XAG A; 2IJJ A; 2CAZ C; 1FXH A; 3UT5 B; 3CJH B; 5JCO C; 2ZM6 O; 4X66 B; 2Q7H A; 4IYH A; 1NZ6 A; 4AI8 A; 2NNU A; 1Q3E A; 3AG7 A; 5IJ0 B; 4QGP A; 1B6Q A; 1HW7 A; 5F2V O; 4CS2 A; 1YIJ V; 3D36 C; 2EJ7 A; 3K79 A; 2QWN B; 3AK1 A; 2P67 A; 5LGU A; 4ZOL A; 3UCS C; 3DGE A; 4J11 A; 4DV7 O; 3DSQ A; 2Q8V A; 5LP6 C; 4DV0 B; 3THO A; 2OWO A; 4LF5 B; 1XOU A; 4MS2 A; 3HKC A; 2OCC C; 3JCU Z; 3STL C; 3EFF K; 1MSD A; 4MTF A; 1FFT B; 4CZZ A; 2V4D A; 3CCJ V; 2EIM C; 3QO8 A; 3AG2 B; 3F7V C; 4FZ1 A; 1QQC A; 2EIL C; 3CB2 A; 3CCR V; 3G6E V; 3WG7 B; 1JOY A; 2FTK A; 3RN4 A; 3AG3 C; 1YIT V; 4JAU A; 3WB1 A; 3ASO C; 4LF8 B; 2QTS A; 3CRQ A; 1ROP A; 3B2E E; 3FAV B; 1H2S B; 2BE3 A; 2GSM B; 3A8T A; 4DV3 B; 4DR3 B; 3TK1 A; 2HVJ C; 4LCU C; 3IJ4 A; 2DN9 A; 1FXK C; 3GWO A; 2YI9 A; 1F4M A; 1AJP A; 2BSK B; 3L71 H; 3CCE V; 2OYQ A; 4K0K O; 4DUZ B; 2JEU A; 2KQX A; 2N05 A; 1SQV H; 3SR2 C; 4DYL A; 1Y76 B; 4DV4 B; 3CCS V; 4I50 B; 4LFA O; 2P4K A; 3HKD B; 1I0H A; 2ADQ B; 1U96 A; 4Q20 A; 5B1B B; 1V55 C; 4DK1 A; 2DYS B; 2QWO B; 4CS4 A; 1FFX B; 3K5L A; 1EM1 A; 3T1H O; 4DR1 O; 3W7S A; 3H1K H; 4PDL A; 2LP7 A; 4YJ2 A; 1ZTE A; 2IU0 A; 5E1A C; 2CGN A; 5CMU A; 3JAK A; 4CH3 A; 1PV0 A; 3ABU A; 4FFB B; 3SYO A; 4OPA A; 4GX0 A; 3M99 B; 2YXH A; 2Y48 A; 4X1Y A; 2EZP A; 4B3M O; 1FJG B; 4PDR A; 2R72 A; 1V9P A; 4DV6 O; 1RFY A; 4JAA A; 1CPY A; 2WAM A; 4FIP C; 3JAM N; 5H6Q A; 1YVW A; 5A9G A; 1QR9 A; 2HP8 A; 3S3X A; 1VIB A; 4YHH O; 4ASU G; 1KP2 A; 1WB7 A; 4DV5 O; 4I9W A; 1N33 B; 2JJ1 G; 3JYC A; 5C8Y A; 1Q6I A; 2A79 B; 1PL0 A; 1VQ5 V; 4MW3 A; 1FYJ A; 1GM9 A; 1R3J C; 3AG4 B; 4NXM B; 2L6L A; 4JAV A; 3K59 A; 1RM1 C; 1COW G; 3HPL C; 2DMX A; 4DR7 O; 3K0G A; 5FPO A; 1SS3 A; 1URF A; 4MTO A; 2OCH A; 1AI4 A; 2CE4 A; 5KHG A; 1MMM A; 1Y6X A; 4WFB V; 2GUZ B; 1AI7 A; 3SPJ A; 3UT5 A; 3CJH A; 2UXB O; 2YI8 A; 4MVZ A; 3T2M A; 5LMU B; 2ZM6 B; 2EZO A; 2RMK B; 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5LGN A; 4WFH A; 4AIL C; 4PA7 A; 3W7T A; 3K9S A; 4YHH B; 4ZI7 B; 5H2F Z; 1XMO B; 5EK0 A; 1YSC A; 3MHH C; 4YXW G; 3L74 H; 4JYC A; 1X4T A; 1N34 B; 4UCO A; 3JD4 A; 3CP1 A; 4E4E A; 3VQX A; 1HDJ A; 4LF4 O; 3IGA C; 1ORQ C; 5JWP A; 4J42 A; 2E75 B; 2QTO A; 4EEQ A; 4NTW A; 4RQE A; 2GUZ A; 5LOV B; 4WBN B; 1M57 C; 3A2F A; 3VQW A; 2WLN A; 2R9I A; 1W59 A; 2EJR A; 2JDI G; 5GON A; 1K33 A; 1IBL O; 2UUA O; 2ZE5 A; 1XMQ O; 2WLL A; 2AHY A; 3SPG A; 4F6R A; 2WA3 A; 2KG7 A; 1KKD A; 4QIW F; 2JK5 C; 5B66 Z; 3JAS B; 3RYF A; 2FKX A; 1ZL8 B; 1BHA A; 1OCO C; 2IBZ H; 5EC1 C; 2KKW A; 1I94 O; 3B4S A; 3T1C A; 4TV8 A; 3QTC A; 2Z5U A; 4FMT A; 5L3E A; 3CCM V; 1NVP B; 2ZDI C; 2IU3 A; 2WLI B; 5L3F A; 4LF7 O; 3CCQ V; 3VBB A; 1AIL A; 2VQE O; 1BSM A; 3ZHQ A; 4RAI A; 3ZCC A; 4TSF G; 2ZXW B; 4JYA O; 3SDL A; 4TT3 G; 5B5E Z; 5LP6 B; 4LH7 A; 3UQ8 A; 1I7F A; 2K1E A; 3DXR A; 3FB6 C; 3MD0 A; 3OT7 A; 1GAX A; 2OCC B; 4F4L A; 1XEQ A; 4X66 O; 4RQF A; 5D5Q A; 3NXS A; 4CH5 A; 2EIM B; 3JD2 A; 3JSL A; 5FLX N; 3AG3 B; 1JJO A; 3ASO B; 1XRE A; 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