The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Cricetulus griseus
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| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| total genus |
18
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1999-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV1 O; 5BY1 A; 1KUQ A; 2UXD O; 1A32 A; 1J5E O; 1N33 O; 1XNQ O; 4DR2 O; 4YHH O; 5BR8 O; 4LFB O; 2ZM6 O; 1YZB A; 5LMU O; 4X66 O; 2UXB O; 3J81 N; 4JI7 O; 1AB3 A; 1X59 A; 4JI2 O; 1N36 O; 4JI0 O; 4JI4 O; 4NXM O; 1FKA O; 4LF5 O; 4JV5 O; 4KHP O; 1N34 O; 2F4V O; 2VQE O; 1IBM O; 4NXN O; 4X64 O; 2ZKO A; 2FKX A; 4AQY O; 1N32 O; 1IBK O; 4B3T O; 1IBL O; 4B3S O; 5A2Q N; 1XMO O; 4B3M O; 2E5L O; 2JRI A; 4JI5 O; 1XNR O; 5LMN O; 4X62 O; 1DK1 A; 1AIL A; 4B3R O; 4JI8 O; 3T1Y O; 5LL6 Y; 2UUC O; 3R66 A; 4DUZ O; 4DV2 O; 1HR0 O; 4OPA A; 2UUB O; 4K0K O; 2LW7 A; 3J80 N; 2UXC O; 4LF6 O; 5BXZ A; 4A5U B; 1NS1 A; 2DOS A; 2AGA A; 1XMQ O; 5FLX N; 3RT3 C; 1D2D A; 3SDL A; 2UUA O; 4DR3 O; 4DV6 O; 1FYJ A; 1HNW O; 3J7A U; 4DV0 O; 2DJV A; 4DR4 O; 1R1B A; 1R6T A; 4DUY O; 4LF7 O; 3T1H O; 5IT9 N; 5IWA O; 4DV7 O; 2UU9 O; 4OPH A; 4X65 O; 4DR7 O; 1F7Y A; 4LF8 O; 4DV3 O; 4JI6 O; 4DV5 O; 1HNZ O; 1I94 O; 3JAM N; 4LFA O; 4DV4 O; 4JI3 O; 1HNX O; 4DR6 O; 4LF9 O; 3F5T A; 2N74 A; 4OX9 O; 4GKJ O; 1FJG O; 2VQF O; 4LF4 O; 3OTO O; 3O65 A; 4JI1 O; 2HHH O; 1XEQ A; 3M8A A; 4DR1 O; 5H5N A; 1G1X B; 4YY3 O; 4LFC O; 2Z0A A; 4DR5 O; 4JYA O; 4GKK O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EBO A; 2K9P A; 2HJD A; 3RGB A; 4I50 B; 1WP7 A; 5KHG A; 1K5Q A; 1Y74 B; 1QR9 A; 3U11 A; 3BRC A; 2HP8 A; 4GLX A; 3CCJ V; 4H0L B; 1N36 O; 3ZX6 A; 4JI4 O; 4JYA B; 5B66 Z; 2H8P C; 3K79 A; 4EKW A; 1Y4M A; 1OCR C; 1AJN A; 1BL8 A; 5IJ0 A; 3CJH B; 4FFB A; 4I5S A; 5IYB O; 1AJQ A; 1M57 B; 3LDD A; 2Q4P A; 4PDV A; 2LFR A; 2NR5 A; 3TET A; 4X66 B; 3VOU A; 5FNV A; 2WLL A; 3AG3 C; 1IXM A; 1K73 W; 3RYI B; 4QE9 A; 5EC2 C; 4FLV A; 3FB8 C; 3WB2 A; 1N0N A; 3WB1 A; 4UV8 A; 3ABU A; 4UVC A; 5KA5 A; 2DOS A; 3RVZ A; 4EB6 B; 1YI2 V; 3JYC A; 4UVB A; 2E3C A; 1XOU A; 4K8X A; 4B3R B; 2V7Q G; 4QJF B; 2P5O A; 3LUT B; 5D5Q A; 1VP7 A; 2RN9 A; 4H13 B; 3H01 A; 4YJ3 B; 2HVK C; 3H1K H; 1E1R G; 3RYC A; 3O65 A; 3VQW A; 1HNW B; 1KYO F; 1YDX A; 4X1K B; 3T1H B; 4X65 B; 3BHP A; 3SJQ C; 3SPG A; 3ZMV A; 1KU9 A; 3ASO C; 4DV4 B; 1EN5 A; 4DRX B; 2PF4 E; 2X6C A; 5CB4 B; 1HW7 A; 1GM8 A; 2A3Q A; 4GUN A; 4J41 A; 4X1Y A; 1DF5 A; 4Z1M G; 3JAR A; 5E79 Z; 4NXM B; 1AP5 A; 3BFR A; 3UM7 A; 1OV9 A; 4NXM O; 4GX5 A; 2XND G; 4O4I B; 3APO A; 2QM8 A; 3L72 H; 2OCH A; 4YJ2 A; 4UCR A; 3A8T A; 4ZOL A; 1XI1 A; 3RVY A; 2ATK C; 2Q0A A; 4NTY A; 4CS3 A; 2Q67 A; 1MSD A; 4YHH B; 3HKB A; 2ZM6 B; 4MVR A; 1V9P A; 1P84 F; 2H94 A; 1AIL A; 3JCZ A; 1NZ6 A; 4CH4 A; 3LSU A; 4O4H A; 1HR0 O; 4K0K O; 1NR1 A; 1OCZ C; 4O4J B; 2ADQ B; 4LF6 O; 1S76 D; 3ASO B; 2P4K A; 2A79 B; 1XMQ O; 4W4K A; 3APQ A; 1US6 A; 2GDS A; 2EJR A; 3C3T A; 4GX1 A; 4B08 A; 4JI8 B; 2EIK C; 4BR6 A; 2YDE A; 1R3J C; 3X2Q C; 3NXS A; 1Q6H A; 3B8M A; 4JI6 O; 2QM7 A; 1CEZ A; 2F66 C; 4X8A A; 1WPX A; 4CS2 A; 2P4V A; 1F4M A; 4BAY A; 1MMM A; 1WPB A; 3ZRS A; 5LA6 B; 2JGD B; 3KCY A; 4U3F H; 1MSW D; 1QR8 A; 1Q3E A; 3SPH A; 3T2M A; 2HEP A; 5BMV B; 4IYH A; 5B1B B; 3G6B A; 1BE3 H; 3ABL B; 3STL C; 2Z3Y A; 1NTZ H; 4X89 A; 4X20 B; 1CP9 A; 2EX3 A; 2LFS A; 3N2G A; 2DMX A; 5EBW C; 3L75 H; 3KCX A; 4GZR B; 2RCV A; 3ZRW B; 3K9S A; 3TXQ A; 1AI4 A; 1YIT V; 2PGG A; 3JAK A; 1PP9 H; 4NXN B; 4IIJ A; 3C3S A; 3MHH C; 2EIK B; 2ODM A; 3CYO A; 3RBZ A; 5L3C A; 2Q68 A; 4NXN O; 1W0K G; 4QPK A; 5CA1 B; 1SZT A; 2EIM B; 1PL0 A; 4FZ0 A; 1GM9 A; 1AR1 B; 1MZE A; 4I0X B; 5BR8 B; 2Y4T A; 5A2Q N; 4JI5 O; 1AR4 A; 5CA0 B; 1VQ4 V; 1B6Q A; 5EC1 C; 4LC1 A; 1RSO A; 1K7D A; 4DUZ O; 1UFI A; 1VF7 A; 2H3O A; 1GO3 F; 1D5A A; 3D8C A; 3ZHS A; 5KMG A; 5LOV A; 4X62 B; 2HR3 A; 3THO A; 2IJH A; 3T4Z A; 3CB2 A; 1ZX3 A; 4BIU A; 1NU1 H; 3HKD B; 3SGI A; 1GRJ A; 2HFE C; 1F7Y A; 1K4D C; 2XAQ A; 4FM2 A; 2LQT A; 3AG4 B; 5JH7 A; 3SYC A; 5EBL C; 3N2K B; 1YEW A; 3OE7 G; 5ITZ B; 5TIS Z; 3UT5 B; 5JVD B; 4F6R A; 2ITD C; 3UO2 A; 2ZDI A; 5H6Q A; 5IWA B; 4DR7 B; 2KQX A; 2OT5 A; 2WWW A; 5CBF A; 2F95 B; 1I94 B; 2QWP B; 2PZS A; 4WFB V; 4RUF A; 2Z5U A; 2CTQ A; 5BY1 A; 4GKJ B; 4ABM A; 3AG2 B; 4FLW A; 5K1P A; 4FLY A; 4J7Z A; 3OTO B; 1MZF A; 4AHC A; 1SQB H; 2CH7 A; 4LFB O; 5L3B A; 2XOK G; 4EFB A; 4NVP A; 1V54 B; 3SYP A; 2QWQ B; 3JAS B; 3KKY A; 2ZXW C; 4F6E A; 1OCC B; 2VQE O; 1MNG A; 2P7T C; 4TV9 A; 4PA6 A; 1BHB A; 5H6R A; 1YJN V; 5FL7 G; 4PA9 A; 2OTL V; 2F43 G; 5JQG B; 3WG7 C; 4B3T O; 1UJW B; 2JRI A; 1J95 A; 2ZIO A; 1DF4 A; 4FIP C; 4FFK A; 4NTX A; 4ZI7 B; 2E75 B; 4LP8 A; 3O9O A; 3B40 A; 2IU0 A; 1P7B A; 3TCU A; 2LW7 A; 4O4L A; 4XDK A; 2YEV B; 4X64 B; 1BSM A; 3CRA A; 3DXR A; 2JJ1 G; 3RFR A; 2JS3 A; 1IBL B; 3RT3 C; 3ABK C; 3BY6 A; 1P49 A; 1SZX A; 1RPO A; 4QGP A; 1YF2 A; 5KX5 B; 4DV7 O; 3K58 A; 3BAB A; 3K57 A; 4DV3 O; 1S5H C; 2Y48 A; 4CZZ A; 2ZDI C; 3N27 A; 4O2A A; 5IYZ B; 1Z5V A; 2DYR C; 2P06 A; 2AZ2 A; 1Y76 A; 5KHK A; 4Q20 A; 4PA7 A; 4OX9 O; 5B1N A; 4I4T A; 2Q7H A; 1XEQ A; 4I50 A; 3M8A A; 4DR1 O; 3K5M A; 5J2U B; 4AI8 A; 3CRM A; 3WG7 B; 3C90 A; 4LH6 A; 4MVQ A; 3SPJ A; 3ZS8 C; 4LF8 B; 2IH1 C; 1QHT A; 5LYJ B; 1Y74 A; 2Z0A A; 2V4D A; 2XHB A; 3W7W A; 1ARO P; 5EIB D; 1RM1 B; 3CHX A; 2JS5 A; 3S3W A; 1KP3 A; 2UXN A; 3W7U A; 2HHH B; 1VQK V; 2Q73 A; 1N33 O; 1XNQ O; 2YID A; 4LBE C; 3RYH B; 2M7W A; 1L0L H; 1O9H A; 2ZQM A; 3ZMT A; 3GB7 C; 1GN4 A; 3IFX A; 4YY3 B; 3J81 N; 1HWY A; 4WFH A; 4JI7 O; 1AB3 A; 4PV1 B; 3EFF K; 4P2Z A; 1H38 A; 1M56 B; 3RYI A; 1FD9 A; 4J80 A; 4LNU B; 3CXC U; 2B1G A; 4DR2 B; 4B3S O; 5L3G A; 4D6T H; 4PA3 A; 3E22 B; 1NI8 A; 4RO2 A; 2QM4 A; 4G27 B; 2Y69 C; 3CXH F; 1DK1 A; 1VF6 A; 5C8Y B; 4DV2 B; 5FPR A; 4TSF G; 1NR7 A; 2QTS A; 1EFR G; 4DV2 O; 1SQG A; 2VRZ A; 2UUB O; 2AW9 A; 2UXC O; 5IY5 C; 2AZ0 A; 5KUK A; 2JIZ G; 2AGA A; 4YJ3 A; 4NTW A; 4XDL A; 1L8D A; 5KUM A; 5DN6 G; 4DV0 O; 1I5X A; 3P30 A; 4I7Z B; 2D3O W; 4LF7 O; 2Y0P A; 3CCL V; 3KG2 A; 2G38 A; 1OZ0 A; 1HP8 A; 3H1H H; 4X1K A; 3ZHT A; 4DV5 O; 1GTO A; 3CX5 F; 2YXY A; 3JAM N; 4JYB A; 4LFA O; 3FD9 A; 2WLH A; 3OMI B; 2X6B A; 3LNM B; 1GK9 A; 3ASN B; 4LF4 O; 4DRX A; 1FXH A; 1JVM A; 2RMK B; 3JSN A; 1KC8 W; 5CB4 A; 1ZWI C; 3ZHQ A; 4J42 A; 4TQF A; 3BAA A; 1IXB A; 3ZMS A; 2CGN A; 3W7T A; 1IUR A; 3OAA G; 4H37 A; 5EYP B; 1WA8 B; 1UPG A; 2F23 A; 5LP6 C; 1M57 C; 3TGU H; 1GN6 A; 1Y6X A; 3OEH G; 5B3S C; 3AEI A; 4O4I A; 1GM7 A; 3FB7 C; 5KAF Z; 5AG2 A; 2W6I G; 4OGQ B; 1XQ8 A; 2AHY A; 1NQT A; 1F4N A; 3OD4 A; 1QCE A; 2P6J A; 1KMI Z; 4MVM A; 1RFY A; 4MW3 A; 1S0V A; 4JTD B; 2B1I A; 4UUJ C; 3K5N A; 1Z2G A; 1FFX B; 1VF6 C; 4JAA A; 2Q0O C; 3ZHU A; 2PYJ A; 4FLU A; 1M5I A; 3KZI Z; 3HKC B; 3TK1 A; 2DW4 A; 3QO7 A; 1N36 B; 4JI4 B; 3QVN A; 2XT9 A; 4OPA A; 3DTU B; 1B3Q A; 5BXZ A; 3DSQ A; 3H1J H; 3B4S A; 4DR3 B; 2Q7G A; 4K8Z A; 5LP6 B; 4DR3 O; 5B3S B; 2QKC A; 4TV8 B; 4DK0 A; 4CS4 A; 5LA6 A; 2CDY A; 2JGD A; 3OR6 C; 2RJZ A; 4X1I B; 4TQD A; 4G28 B; 1YCI A; 2ZR2 A; 4DR6 O; 3A0H Z; 1AVM A; 3B09 A; 1WAZ A; 1V55 B; 3SYO A; 2ZCE A; 3B8N A; 2ITC C; 2KKW A; 2XAJ A; 1JR9 A; 1QLE C; 1XDC A; 5KLV H; 4DO2 A; 4NKG B; 2QGN A; 1XL4 A; 3UQ8 A; 5J2T B; 1J5E B; 2Q5Z A; 3ABM B; 1J5E O; 2O57 A; 5LGT A; 2UXX A; 3ETG A; 4WBN B; 2QE7 G; 3ETE A; 5CBG A; 5CBH A; 4G2K A; 2WA4 A; 2EIL B; 3ZMU A; 4JI2 O; 3CC7 V; 3AG7 A; 3MDS A; 3QO5 A; 2WLN A; 4JI0 O; 1M93 A; 5B1O A; 2KSD A; 4WFF A; 3VQV A; 4BIO A; 2HKO A; 1GKF A; 1IBM O; 1FAF A; 1LUV A; 5DED A; 1PKX A; 4MSW C; 3FFQ A; 2YIC A; 4UB8 Z; 1OCO C; 1WP8 A; 4BWA A; 3T1Y O; 4LCU C; 3T1C A; 3HKE B; 5A9G A; 2KG7 B; 3FB6 C; 3D3I A; 2PUS A; 3HKD A; 1R3I C; 2Q8V A; 1S5J A; 2QEX V; 4R50 A; 4HYO A; 1D5N A; 1QLE B; 1NBM G; 4R7C A; 4LWS B; 1WB8 A; 5LHG A; 1SQP H; 2BOB C; 1R6T A; 5EK0 A; 3N2K A; 5B1B C; 5DEC A; 1Q6U A; 2QR4 A; 3CS5 A; 3ABL C; 1IZ3 A; 4KFM A; 4U7O A; 5ITZ A; 2UU9 O; 3UT5 A; 4FM0 A; 5JVD A; 1VQN V; 1HR0 B; 1LR1 A; 4XDJ A; 4K0K B; 1ZSP A; 4LF6 B; 2QSA A; 3F7Y C; 1XMQ B; 4FZ1 A; 1W59 A; 4QE7 A; 3VQY A; 2GSM B; 5JJN B; 3FAV A; 4RWU A; 1RPR A; 2EIN B; 4DXW A; 4UCS A; 2AXT Z; 2FYU H; 3W7X A; 3EHB B; 1IVS A; 3ZJZ A; 1JA8 A; 2IJJ A; 4JI6 B; 1TUB B; 2EIM C; 3JAW B; 4TUY A; 1OCO B; 3JAS A; 2WLM A; 1JCH A; 1GMG A; 1VQ6 V; 3LDC A; 1PD3 A; 1I7F A; 1KBH A; 4KL1 A; 4I55 B; 5LMU O; 2OIG A; 5JQG A; 2EIJ B; 3IC7 A; 4WFG A; 2R9R B; 3OGC C; 4ZI7 A; 5GW7 A; 4LF5 O; 3JD2 A; 1JMK C; 1QVF U; 3JAL B; 3B2E E; 2A0L A; 1N32 O; 4CBC A; 2C2A A; 2YEV A; 1XMO O; 2E5L O; 2WSS G; 4HBN A; 5LMN O; 4RUE A; 2YIA A; 5IE9 A; 4D7T A; 1VQM V; 3SJA C; 3AG4 C; 2EZP A; 4IT5 A; 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1YJW V; 2JJ2 G; 4B3T B; 3K3W A; 3BEH A; 1M1K W; 2IU3 A; 1GN3 A; 1RM1 C; 5IJ9 B; 2MW2 B; 5H9C A; 2Q7E A; 3CCM V; 1BT8 A; 3FYI B; 5EIB C; 4JI3 O; 2BTQ B; 4ASU G; 3CCS V; 4LF9 O; 2YS8 A; 5EYP A; 1WA8 A; 2IH3 C; 4FM1 A; 2VQF O; 4FLT A; 3ZIA G; 4GYC B; 3ZMZ A; 3WB0 A; 4DV7 B; 3G6E V; 4LFC O; 5HFM A; 4O2B B; 4DV3 B; 1M56 C; 2PI4 A; 2X0L A; 4DR5 O; 1QVG U; 3Q4H A; 3E2E A; 4DV1 O; 4MTX A; 4W4L A; 4OX9 B; 4MVO A; 3RN4 A; 4WF9 V; 4UCT A; 5JJE B; 3B77 A; 3K9A A; 1VAR A; 4DR1 B; 4CH6 A; 1FFX A; 1NH2 B; 4P9P A; 2UXB B; 3L73 H; 3LNN A; 4IIJ B; 1KP2 A; 5JCO C; 3JCU Z; 2UXB O; 2XUM A; 1E79 G; 2LJ2 A; 3HKC A; 4HZ3 A; 3CRQ A; 4FLX A; 2QWR B; 1KQS U; 4EFE A; 1AI6 A; 4KHP O; 1K8A W; 1F23 A; 1N34 O; 1XBL A; 4JZG A; 3SJC C; 1Y67 A; 2OCC B; 1N33 B; 2LO1 A; 5LHI A; 1XNQ B; 2ZKO A; 1YTF D; 1IBK O; 5J9P C; 4TT3 G; 4PA4 A; 3OEE G; 1MOF A; 2XAS A; 3CJH A; 1YTF B; 5LP6 A; 4JI7 B; 3BA9 A; 4GCZ A; 1XUQ A; 1H2L A; 1VQO V; 2IJI A; 1LUW A; 3R66 A; 4FK5 C; 1QLN A; 4WCE V; 2YXH A; 3ASN C; 1FFT B; 4JZ2 A; 1PNM A; 4IHJ B; 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