The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Cricetulus griseus
|
| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
|
| total genus |
18
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1999-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3M O; 4B3S O; 1R6T A; 2FKX A; 2UUA O; 2VQF O; 1XMO O; 1IBK O; 4DV5 O; 2ZKO A; 3M8A A; 4DV1 O; 4JI1 O; 5LMU O; 4LF4 O; 4YY3 O; 4DV3 O; 5FLX N; 4LFC O; 3OTO O; 3J80 N; 4DR2 O; 3J81 N; 1NS1 A; 1FKA O; 5BR8 O; 3R66 A; 4OX9 O; 4JI8 O; 1FJG O; 4DV7 O; 2DJV A; 2AGA A; 5BXZ A; 3SDL A; 4DV2 O; 2UUB O; 1DK1 A; 4JYA O; 2HHH O; 2ZM6 O; 3RT3 C; 2N74 A; 1N32 O; 1IBL O; 5H5N A; 1N34 O; 4LF8 O; 2UXC O; 2DOS A; 2UXB O; 1FYJ A; 4X62 O; 2Z0A A; 4JV5 O; 5LL6 Y; 4B3T O; 1A32 A; 4JI6 O; 3T1H O; 4OPA A; 4JI5 O; 4LF5 O; 4LF7 O; 3F5T A; 4JI2 O; 4LFA O; 4DR1 O; 1AB3 A; 2UU9 O; 1G1X B; 1XNR O; 1N36 O; 2E5L O; 4JI4 O; 4DV6 O; 4YHH O; 4LF6 O; 4JI0 O; 1YZB A; 4B3R O; 5IWA O; 5LMN O; 1N33 O; 3T1Y O; 1XEQ A; 4DR6 O; 3JAM N; 4DV4 O; 1XMQ O; 4K0K O; 2UXD O; 4X65 O; 1IBM O; 4GKK O; 1X59 A; 4NXN O; 5IT9 N; 2UUC O; 1HNW O; 4DR3 O; 2VQE O; 1I94 O; 1HR0 O; 1R1B A; 4JI3 O; 4DUY O; 4DV0 O; 4DR7 O; 1J5E O; 1F7Y A; 4AQY O; 3O65 A; 4A5U B; 4LF9 O; 4LFB O; 2JRI A; 1AIL A; 4DR4 O; 4DUZ O; 3J7A U; 4X64 O; 5BY1 A; 1XNQ O; 1HNZ O; 2F4V O; 1HNX O; 2LW7 A; 4KHP O; 5A2Q N; 4OPH A; 4JI7 O; 4GKJ O; 1D2D A; 4DR5 O; 4X66 O; 4NXM O; 1KUQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MG1 A; 4JI3 B; 4DUY B; 2JJ2 G; 1OCZ C; 1K3E A; 1SZT A; 4AQY B; 4CS4 A; 1VEW A; 5CMU A; 2Q7H A; 2IJH A; 4I55 B; 4LNU A; 5LA6 A; 3AG4 B; 4TUY B; 3J80 N; 1VQO V; 3JAK B; 4R6Z A; 1XI1 A; 3FD9 A; 3OEH G; 1RPO A; 5JJJ B; 1M9N A; 3LDE A; 4TV8 B; 3R66 A; 2WLJ A; 4WFE A; 1VF6 C; 5L3D A; 4O2B B; 3AG3 C; 4UV8 A; 3ABM B; 1JJ2 U; 1X4T A; 2GTS A; 3ASN B; 5KUK A; 1RFY A; 3P30 A; 5HFM A; 1XUQ A; 5EZY A; 5B1B B; 2RNB A; 2OIG A; 4O2A A; 4UCS A; 3E83 A; 1MZE A; 2LGQ A; 3SPH A; 4JTD B; 4LNU B; 3CME V; 3H1L H; 1D5N A; 1NTK H; 5LA6 B; 3SJC C; 3OEE G; 3ZRS A; 1K4D C; 3GB7 C; 4BWA A; 2YXY A; 3LSU A; 2QM7 A; 2EIN B; 3VOU A; 3I56 V; 1K92 A; 1VQM V; 1BQ0 A; 1OCR C; 5CN0 A; 2W0X A; 5LP6 A; 4DR3 O; 3CCJ V; 3A2F A; 4UXN A; 1PNK A; 4GZR B; 5KX5 B; 4LFA B; 5HFL A; 1VF7 A; 1YVW A; 2HEP A; 1XIL A; 5EZY B; 1AIL A; 3ASO C; 4K35 A; 4RQF A; 4PA3 A; 4DR4 O; 4O2A B; 4HNA A; 2F93 B; 2Z5U A; 5A2Q N; 1PL4 A; 4YXW G; 1FXK A; 4PDR A; 4NXN B; 4TQD A; 3DXR A; 2ZR2 A; 1VIB A; 4FLZ A; 1E1R G; 2UUA O; 2VQF O; 1IBK B; 4RUF A; 5J2U A; 3K03 A; 1RP3 B; 1JVM A; 5LP6 B; 5IYZ A; 1Y4M A; 1YJN V; 4GX5 A; 2GTA A; 5LHI A; 4DW1 A; 4H13 B; 1BT8 A; 2EZP A; 4NXM B; 1FFT B; 3SPJ A; 1G8M A; 4MTO A; 4HNA B; 2V7Q G; 3L71 H; 3RT3 C; 1K7D A; 1L1F A; 1FXK B; 1NU1 H; 2LFS A; 2V4D A; 4LFC B; 4UUJ C; 5LOV B; 3DXR B; 2R9R B; 4DR2 B; 2P4V A; 3ETG A; 1KKC A; 5IE9 A; 4JI6 O; 1G4Y B; 5JH7 B; 5IDJ A; 1SQF A; 2QWO B; 3D3Q A; 4P9O A; 3U10 A; 3A8T A; 2Y48 A; 5IYZ B; 4LF6 O; 2Q73 A; 2IW5 A; 1Z2G A; 2XAG A; 3W7W A; 1RM1 B; 4I4T A; 3K5N A; 4YIO A; 4FFB B; 2JEU A; 1XEQ A; 3UQ8 A; 1N33 B; 1K9M W; 2VQE O; 1YIJ V; 4B3T B; 2ARH A; 3K9S A; 4DR7 O; 1FPO A; 3LNM B; 1ZAU A; 3G67 A; 4LF9 O; 3U11 A; 5KMG A; 1GRJ A; 1N36 B; 2E76 B; 2WLI A; 3P3N A; 1S5H C; 3AG1 C; 2CE4 A; 2BOB C; 2ZDI A; 1ZL8 B; 1THZ A; 4GUN A; 3L72 H; 4HAM A; 1GN6 A; 4MVO A; 4K0K B; 3DSQ A; 2Y4T A; 5IYC O; 2O57 A; 1VQ5 V; 2UUC B; 4Z2W A; 1VQL V; 2M6Y A; 3ML0 A; 1IBK O; 1BQZ A; 4DV5 O; 2ZKO A; 1ZTE A; 4O4H A; 3RYH B; 4D7S A; 2OCH A; 4X1I B; 2P06 A; 3CWB H; 4CH6 A; 5JVD B; 5FL7 G; 1WA8 A; 4ASU G; 1OCO B; 1US6 A; 2GDS A; 1L8D A; 4DW0 A; 3STL C; 5KMG B; 4DR5 B; 4NVP A; 2QM4 A; 2WLI B; 1DTO A; 4H37 A; 2BTQ A; 1GN3 A; 2NLJ C; 1Q8I A; 2ZIO A; 1AI4 A; 1N32 O; 4FPP A; 1H8H G; 3OUS A; 5KA5 A; 4X62 O; 1XQ8 A; 3K5L A; 4BW9 A; 3QO7 A; 1I08 A; 4O4H B; 1Q7Y W; 2EJ7 A; 4JI2 B; 5B3S B; 3RWR D; 4DV7 B; 2DMX A; 4ZKI A; 3ZRX A; 2M7W A; 4YJ3 A; 1B6Q A; 2ZNJ A; 1WA8 B; 2RJZ A; 1TA8 A; 3G6B A; 2OT5 A; 2ZM6 B; 1N33 O; 3CCM V; 2IU3 A; 2YIA A; 4DV4 O; 1WNS A; 1EZJ A; 1SC5 B; 2BTQ B; 2CGN A; 2NR5 A; 3QF7 A; 1M93 A; 3B77 A; 3THO A; 1F7Y A; 1RPR A; 3W7S A; 2RMK B; 4IYI A; 3BVO A; 3O65 A; 4FFK A; 4LFB O; 3HKD A; 1GN2 A; 3C3S A; 4IIJ A; 5JJE B; 1R3I C; 4DV6 B; 3OR6 C; 3LSQ A; 2P6J A; 1AP6 A; 2NN4 A; 2YUA A; 1K5Q A; 1B04 A; 4UVB A; 1PPJ H; 5EC2 C; 4QGP A; 1V55 B; 1HNX O; 4I50 A; 1WB8 A; 2XAF A; 2R70 A; 5AG2 A; 1M56 B; 2HLD G; 1YEW A; 1HW7 A; 4YJ3 B; 1I94 B; 1RSO A; 1PD3 A; 4PDM A; 5KA6 A; 2W6I G; 4G27 B; 5E79 Z; 2Y0I A; 5FLX N; 2PY5 A; 2WLM A; 3RYF A; 3APQ A; 3L70 H; 1PM9 A; 2EIL B; 5H6Q A; 1Q5O A; 1QLN A; 3TGU H; 3EHB B; 4UCV A; 4KHP B; 1M57 C; 5LYJ B; 1WP7 A; 3HKD B; 4KP4 A; 2DJV A; 2AGA A; 4JAU A; 3X2Q C; 2CGO A; 3ABT A; 3D36 C; 3QG5 A; 3ZX6 A; 4UFZ A; 3FYE B; 1O9G A; 2CUG A; 3LNN A; 4I50 B; 2ZXW B; 5EYP A; 1RSO B; 5DM6 V; 5K1P A; 5LGT A; 4EKW A; 4ZI7 B; 4JI2 O; 1W2B U; 2A7W A; 5IJ9 A; 3CMA V; 4MTX A; 1KEC A; 3RYF B; 2JGU A; 1R6K A; 3WG7 C; 3HKE A; 4U3F H; 3CCU V; 3MHS C; 2IH1 C; 4LF8 B; 3QTC A; 1PL0 A; 1Y74 A; 2F1M A; 1XHX A; 4PI0 A; 4LF7 B; 1ZSP A; 1Q6U A; 3SYC A; 1QBZ A; 1VQP V; 3QVN A; 1V9P A; 3AG4 C; 3BCC H; 3N2G A; 4WF9 V; 3K3W A; 1QVF U; 3MD0 A; 1ROP A; 5BMV A; 2W0F C; 1AR4 A; 1SS3 A; 1EM1 A; 1XNQ O; 1AP5 A; 3KCX A; 3NR7 A; 1KP3 A; 1VQ8 V; 2QSA A; 3B2E E; 1S72 V; 3CEI A; 3ABM C; 2PGG A; 3TCU A; 3HKB A; 4TT3 G; 3HKE B; 4NB5 A; 3ASN C; 2PI5 A; 4NR1 A; 3RBZ A; 1AR1 B; 1WN7 A; 2OTJ V; 1Y74 B; 3ZHV A; 5B1B C; 4IHJ B; 3I5D A; 3A0B Z; 1YI2 V; 3AG2 B; 3WB0 A; 3J81 N; 1TVK A; 2YEV A; 4BIU A; 1XBL A; 1I0H A; 1MSW D; 3N2G B; 3E8F A; 4ZOL A; 2EBO A; 2EIN C; 3H1K H; 5KHH A; 2X6B A; 4W4L A; 3HB3 B; 5CA1 A; 3E8B A; 2N74 A; 3VQX A; 1L0L H; 4X88 A; 4R8C A; 1N0N A; 5L3F A; 3QNE A; 3H1J H; 1XDC A; 1VQK V; 4QPK A; 2GSM B; 2QM8 A; 1AJQ A; 2ZT9 B; 2DWD C; 2RDC A; 3G80 A; 2QGN A; 5EIB C; 2QKA A; 1TVK B; 2YEV B; 4JI0 B; 2XTA A; 5EBM C; 4WFH A; 1JQ0 A; 1NR1 A; 2PF4 E; 3FAV A; 4QJF B; 4GKK O; 4UV9 A; 4ZOL B; 4IL6 Z; 4X8A A; 3JD4 A; 4TOI A; 2IH3 C; 2QTS A; 4OGQ B; 1WPX A; 2OIE A; 2Q0O C; 3ZMU A; 5C8Y A; 1MZF A; 1J5E O; 1YJ9 V; 5LP6 C; 1SF9 A; 1N8R W; 4QNH B; 4AHC A; 2A06 H; 3L75 H; 4MSW C; 1YTF B; 1B3Q A; 4GKJ O; 2JGD A; 4RAI A; 3VQV A; 4JI7 B; 2Z3Y A; 4DR3 B; 4GCZ A; 3K04 A; 1OCC B; 3L74 H; 4X89 A; 1EFR G; 1XMO O; 2BOC C; 1SQX H; 3E2E A; 1FXK C; 3H01 A; 2DN9 A; 3FAV B; 1W0K G; 2LQT A; 4XBF A; 3K0G A; 4CH3 A; 3SGI A; 1AI6 A; 3RVZ A; 5C8Y B; 4U3J A; 2JJ1 G; 4MVS A; 4JI8 O; 1JFF A; 3B40 A; 1R3J C; 4WFB V; 1G6U A; 3ABK B; 4UCR A; 1MMM A; 3JAW A; 5L3B A; 1T5E A; 1M5I A; 4DK0 A; 4P30 A; 4CC5 A; 2UUA B; 1EN5 A; 2VQF B; 1ENV A; 1D5A A; 2JEX A; 3WU2 Z; 1JX9 A; 4UCU A; 2B1G A; 2JGD B; 2CTQ A; 1IBL O; 1WLE A; 1N34 O; 3RVY A; 2A9H A; 2V1D A; 3GWK C; 1FYJ A; 4JV5 O; 1KU9 A; 5LL6 Y; 4LF5 O; 2ADP A; 1Y6X A; 3GVM A; 5LHH A; 3CC7 V; 4FVM A; 2ZR3 A; 3GWO A; 4JZG A; 1YJW V; 1BMF G; 2LW1 A; 4JI0 O; 2ZE5 A; 1BL8 A; 1PP9 H; 1TUE B; 4EEQ A; 1TUB A; 2HVJ C; 3G6E V; 3G4S V; 1JFF B; 1FAF A; 5GW7 A; 1F4M A; 2EUL A; 3BAA A; 1BE3 H; 3SR2 C; 5JWP A; 3OUF A; 2CH7 A; 3E86 A; 4JI6 B; 3OAA G; 1QNM A; 1HR0 O; 3UKM A; 1N0J A; 5KAF Z; 1AI5 A; 2F43 G; 3OE7 G; 2LP7 A; 3CJH A; 4LF6 B; 3R65 A; 2QTO A; 2WPD G; 3J7A U; 1OCO C; 1FFX A; 3LSS A; 2WLL A; 5CA0 A; 1HNZ O; 2F4V O; 2LW7 A; 4JI7 O; 4OPH A; 4K8X A; 1UPG A; 3H1I H; 3D3I A; 2PTM A; 2VQE B; 4MVQ A; 3CCE V; 2BTO A; 3VBB A; 2ZIM A; 2ZDI C; 4JAS A; 3UO3 A; 4DR7 B; 4WFA V; 1QHT A; 3K79 A; 4LF9 B; 3E8G A; 4YY3 O; 1NH2 D; 3ZED A; 4B7E A; 1KP2 A; 4H0L B; 4FLT A; 3SYQ A; 1YDX A; 1FJG O; 2YDE A; 2BCC H; 3P32 A; 3CXH F; 3OTF A; 2DYS C; 2C2A A; 2WLH A; 1R3L C; 3NXS A; 3JSL A; 4MTF A; 1MAB G; 3TET A; 1FFX B; 2HR3 A; 2WLL B; 5CA0 B; 3JAR A; 3CPW U; 1M90 W; 4DV5 B; 3APO A; 1Q6I A; 3BEH A; 3K5O A; 2HHH B; 4D7T A; 2UXB O; 1KB9 F; 1GH6 A; 2R9A A; 5DED A; 2HKO A; 4JI5 O; 3B8N A; 4DXW A; 1JA8 A; 5JCO A; 4H33 A; 2B9Z A; 1I5Y A; 3CXC U; 5LGN A; 4MVZ A; 2WLK A; 1V55 C; 1LNQ A; 1N32 B; 2RQ6 A; 3FB6 C; 5FPR A; 1M56 C; 2P90 A; 3OM3 B; 3SJQ C; 5B5E Z; 1XMQ B; 4J10 A; 2UXD O; 2EIM B; 1IBM B; 1HNW O; 1F51 A; 4X62 B; 3JAR B; 4ZBM A; 1K5S A; 5J2U B; 4G2K A; 4J9Y B; 4PA7 A; 2DYR C; 2F66 C; 2HP8 A; 5B1A B; 2LFR A; 4PI2 A; 2QDO A; 4KXR A; 1ZUQ A; 2EIL C; 2EZO A; 4R50 A; 1VF6 A; 4BAY A; 2ZQM A; 2XAS A; 2IM9 A; 2QWQ B; 2YID A; 5EC1 C; 2CTW A; 4DV4 B; 4PV1 B; 3WB1 A; 4G28 B; 3K0D A; 3K59 A; 1QR9 A; 4F6R A; 2YIB A; 1YCI A; 5C93 A; 2ZXW C; 4QE9 A; 4RWU A; 3F5W C; 5FPO A; 4LFB B; 4DV3 B; 2MW2 B; 4FMT A; 4PDL A; 3CB2 A; 4MVU A; 5F2V O; 1CP9 A; 1NS1 A; 1WP8 A; 3CYO A; 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2EJR A; 2Y4U A; 2LO1 A; 4FLY A; 2A3Q A; 4UB6 Z; 2QWN B; 1VQ6 V; 4X20 B; 1Q81 W; 3JAL A; 4JYC A; 3CRR A; 3T1C A; 4N23 A; 4IIJ B; 2KKW A; 1G1X B; 2EIK B; 1CEZ A; 2E5L B; 2P7T C; 1SRY A; 1JMK C; 3RGB A; 3BA8 A; 2Q6A A; 1EN6 A; 3RYI A; 1P7G A; 1IVS A; 1JOY A; 1M4U A; 1H2L A; 1XL4 A; 5LXT B; 1SES A; 1X59 A; 1SA0 A; 3RYC A; 1OCC C; 3HPL C; 3SPI A; 3ZMV A; 3OR7 C; 4MS2 A; 4W4K A; 1H2G A; 1BZK A; 1Q90 D; 3IFX A; 3TJT A; 1GM8 A; 4PDV A; 1OHH G; 2JS3 A; 2P5O A; 3JAL B; 2LGW A; 4FLU A; 5BY1 A; 4FM2 A; 3IGA C; 1VQ9 V; 3ZHT A; 5CBF A; 1BSM A; 2RCV A; 3ABK C; 2K9P A; 4GKK B; 1KUQ A; 2B5U A; 3UM7 A; 1IZ3 A; 3RYI B; 1R6T A; 1J5E B; 2QKS A; 2L35 A; 1P49 A; 2R9I A; 2ADQ B; 5EYP B; 1SA0 B; 3RYC B; 3AEI A; 3CD6 V; 4GX2 A; 5EBW C; 1PNM A; 3ZRV A; 1H2M A; 1DF5 A; 5IJ9 B; 4GKJ B; 5EIB D; 2YSU B; 5E1A C; 3ABL B; 1HWY A; 1O9H A; 1XMO B; 1PKX A; 3FKS G; 1F4N A; 1YF2 A; 2HFE C; 2CK3 G; 1EN4 A; 1H2N A; 1WAZ A; 2F95 B; 4JI8 B; 4DR1 B; 1NBM G; 2Q0A A; 3CP1 A; 3M7M X; 3RFR A; 2E5L O; 3ZIA G; 5BMV B; 2QWP B; 1OV9 A; 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