The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
48
|
structure length |
48
|
Chain Sequence |
SLAALKSELQALKKEGFSPEELAALESELQALEKKLAALKSKLQALKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Design of three-dimensional domain-swapped dimers and fibrous oligomers.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
|
| molecule keywords |
DOMAIN SWAPPED DIMER
|
| total genus |
21
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| structure length |
48
|
| sequence length |
48
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1O9G A; 2QJ1 A; 2ZNJ A; 3DSQ A; 4TQF A; 2Q7E A; 2Q7H A; 4CS4 A; 2R70 A; 4CS2 A; 2HEP A; 5K1P A; 1O9H A; 2RJZ A; 2YI8 A; 2ZIN A; 2ZIO A; 3VQW A; 2RQ6 A; 2ZCE A; 3QTC A; 3VQX A; 3BHP A; 2PUS A; 2YIA A; 2PGG A; 4CH4 A; 2E3C A; 2Q7G A; 3ZED A; 4TQD A; 2JVD A; 4CS3 A; 4CH6 A; 4BW9 A; 4CH5 A; 2R72 A; 1G6U A; 3VQV A; 3VQY A; 4ZIB A; 2YIB D; 2YI9 A; 2ZIM A; 5K1X A; 2YIB A; 4BWA A; 4CH3 A; 4Q6G A; 2ZNI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BY6 A; 2LO1 A; 4DW1 A; 1HNZ B; 5DED A; 3N2G B; 2QR4 A; 5JH7 B; 1H2K A; 4X1I A; 3U11 A; 4U7O A; 3ZRW B; 5HFM A; 1ZLZ A; 5LBQ A; 3A0B Z; 2VWK A; 3AG1 B; 5KHK A; 2F4V B; 3WG7 C; 3L71 H; 2XUM A; 1XQ8 A; 3QO7 A; 4DW0 A; 2V4D A; 4AQY B; 2ADQ B; 2Q4P A; 3F7Y C; 4IYI A; 3CS5 A; 1OZ0 A; 4I9W A; 5J9P C; 1P4R A; 3QO5 A; 1GM8 A; 1QNM A; 1AR5 A; 5B66 Z; 3SDL A; 5IDJ A; 3CC4 V; 3ZIA G; 3DXR B; 1PNK A; 2HJD A; 1F4M A; 1NVP D; 1K4C C; 1JPX A; 4LNU A; 1FJG O; 2VQF B; 5GW7 A; 4E4E A; 1M9N A; 1JMK C; 4EEQ A; 1ENV A; 4DV6 B; 1MZF A; 4JI1 B; 1VQ8 V; 1HP8 A; 4B3M B; 2FTK A; 4CH5 A; 1NS1 A; 2R9R B; 4U3J A; 4JI5 O; 3TXS A; 4O4I A; 1G4Y B; 2UUB B; 1MAB G; 3OD4 A; 4DRX A; 2P7T C; 3RW0 A; 4PDM A; 4UCV A; 2E5L O; 1VMG A; 3AK2 A; 4WFH A; 4WFE A; 2ZIN A; 2Q9L A; 2Y48 A; 1WPX A; 3MAQ A; 3VQX A; 3BA9 A; 3APQ A; 1M57 B; 4X64 B; 5KUM A; 3OUS A; 4MVQ A; 1K34 A; 1WB7 A; 2QM4 A; 2EUL A; 1I0H A; 3WB2 A; 4PDL A; 4K0K O; 2LW7 A; 1H8H G; 4DR1 B; 3GWK C; 2AZ2 A; 4JI2 O; 3ABM B; 3CC7 V; 4YIO A; 1Y66 A; 4W4K A; 2LW1 A; 4LFB O; 1QVF U; 1ZWI C; 1TGO A; 3STL C; 4EKW A; 2PYJ A; 4LR3 A; 5KX5 A; 5L3B A; 2WA4 A; 5BY1 A; 5KA5 A; 3BA8 A; 1FYJ A; 4YJ3 B; 2Y4U A; 5IJ9 B; 1BE3 H; 3X2Q B; 3OTF A; 3SR2 C; 1R1B A; 1NR1 A; 5KMG B; 5J2U A; 1AI5 A; 3GB7 C; 4O2B A; 3BHP A; 1WJZ A; 1V9P A; 1SS3 A; 3A0R A; 1VF6 C; 3JAT A; 5CB4 B; 3CMA V; 2A0L A; 3CCL V; 4FIP C; 4CC6 A; 2BTQ A; 4IIJ A; 1Q6U A; 1Q8I A; 4FM2 A; 4GX5 A; 4JI3 B; 3DC5 A; 2R70 A; 3CCV V; 4C7U A; 5IYB O; 2X6A A; 1V54 B; 3U10 A; 4YHH O; 5EK0 A; 1M90 W; 1X59 A; 1U96 A; 4KL1 A; 1PP9 H; 1WN7 A; 4O4J A; 2IH1 C; 3DXR A; 2E76 B; 3CCE V; 5J2T B; 3BCC H; 4LWS A; 1N36 B; 3ETE A; 2EX3 A; 2OYQ A; 1HNX O; 4G27 B; 2YUA A; 1IBM B; 1W0K G; 1THZ A; 4FLX A; 2ZQM A; 3MD0 A; 3JSN A; 4KXR A; 1IBL B; 2Y69 B; 5K1X A; 1L0L H; 4FM0 A; 2DYR B; 2W6I G; 3ETG A; 4KP4 A; 4DR6 B; 4FLT A; 2ZCE A; 4NTW A; 3FYI B; 2ZDI A; 2CK3 G; 2VRZ A; 3OAA G; 3A8T A; 2HG5 C; 2EZP A; 2YSU B; 3L70 H; 4LCU C; 4PDR A; 3H1H H; 1S5J A; 4J9Y B; 2Q7H A; 5IJ0 B; 3KCY A; 1VF5 B; 5GTH Z; 1NI8 A; 4X65 B; 4RUF A; 1VQK V; 1QU7 A; 4JYB A; 2RN9 A; 1MZE A; 1HDJ A; 3W7S A; 2JS3 A; 5LMN O; 1K92 A; 3H1J H; 4GX1 A; 4H44 B; 2F43 G; 2LP7 A; 4BIZ A; 1E1Q G; 5D5P A; 4P9O A; 4P9P A; 5A9G A; 1NTZ H; 4EFE A; 1JFF B; 4J9Z B; 4UVB A; 4YJ3 A; 4LF7 O; 1GK9 A; 3SPG A; 2Z0A A; 5LP6 B; 2QWO B; 1SZX A; 2UXB B; 4TT3 G; 1IUR A; 4JI8 B; 1OCO B; 3C90 A; 2YID A; 2HVK C; 4J7Z A; 1GN3 A; 2EIK C; 4DR5 B; 3P30 A; 2YI8 A; 4FPP A; 1L1F A; 3VQW A; 5F2V O; 5IWA B; 3K9A A; 1D5A A; 5FNV B; 4D6T H; 2PGG A; 1M5I A; 2P67 A; 4QNH B; 1KD1 W; 3E22 B; 1YJW V; 2QM8 A; 1GN4 A; 4LC1 A; 3G6E V; 3OE7 G; 2QWR B; 3CXH F; 3ABU A; 3JD2 A; 4GKJ B; 2ATK C; 2F4V O; 1R3K C; 1K8A W; 5CA3 A; 2IJJ A; 3RYI B; 3KG2 A; 4AQY O; 2EIN B; 3J81 N; 1IBK B; 3T4Z A; 1M57 C; 4WFG A; 3K58 A; 2WAM A; 4OPA A; 3RT3 C; 1EN5 A; 5FPR A; 2Q67 A; 3ABM C; 4WF9 V; 2VQF O; 4I7Z B; 1N4C A; 4O4L A; 4I50 B; 5CBG A; 3H9V A; 3JAK B; 2BOC C; 1SF9 A; 2WLK A; 4DR3 O; 2D3O W; 1NZ6 A; 2Q7G A; 2IJH A; 1FFT B; 2AZ0 A; 4JI1 O; 4FZ1 A; 1FFX B; 1KYO F; 4F6R A; 2V7Q G; 1SZT A; 4B3M O; 1FAF A; 2ODM A; 3L73 H; 3IC9 A; 3ASN C; 1SRY A; 1QR9 A; 2GTA A; 1B04 A; 4H13 B; 3X2Q C; 2UUB O; 1GRJ A; 1YIJ V; 1DLB A; 3G6B A; 2Z3Y A; 3ZRV A; 3AG7 A; 5IJ0 A; 4QPK A; 4X1K A; 4MVR A; 3DC6 A; 3VQV A; 2B1G A; 2KB1 A; 2P4V A; 4LF8 B; 4X64 O; 1RM1 B; 4FMT A; 4KHP O; 3OMA B; 2R9I A; 1HNW B; 5JCO A; 1CXZ B; 1XL4 A; 4DR1 O; 5HFL A; 2YXL A; 1F4N A; 3FB7 C; 3R66 A; 4UB8 Z; 4IL6 Z; 2ZM6 B; 1KB9 F; 4HAM A; 2YIC A; 3L72 H; 1R73 A; 5LP6 A; 3HKB A; 2KKW A; 1NTK H; 2A3Q A; 4UCU A; 5KAI Z; 5LMU B; 3IAY A; 2W0X A; 2QM7 A; 4NVP A; 1XBL A; 4W4L A; 3GWO A; 1B3Q A; 2UU9 O; 1BQ0 A; 2PY5 A; 2ZE6 A; 3EHB B; 4H0L B; 1SER A; 1WB8 A; 4JTC B; 2HHH O; 4FFB B; 2Y69 C; 4JI4 B; 3F5T A; 1QQC A; 4UV8 A; 1AR1 B; 4RAI A; 4B3T O; 2CH7 A; 2YDE A; 1MOF A; 3B09 A; 4ZBM A; 4JI3 O; 3CCM V; 4LFA B; 3CCR V; 4DV4 B; 4Q20 A; 3AG2 B; 2GV9 A; 2HKO A; 3EVK A; 3RYI A; 1PNL A; 2DWE C; 1VAR A; 2XND G; 4DV1 B; 1TUB A; 4DV2 B; 1OJH A; 1QLN A; 2DYS B; 4PEL A; 3K5L A; 2NLJ C; 1BL8 A; 4O4H B; 4CS4 A; 3E83 A; 3THO A; 4LF6 B; 1BSM A; 2DE0 X; 5B1N A; 3K79 A; 2DWD C; 3CCJ V; 1Y74 A; 1N36 O; 2UXX A; 4I4T B; 1MSW D; 3K0G A; 4DUY O; 1Y76 A; 4CH6 A; 4X20 B; 1IBM O; 1BHA A; 3T1H B; 5EC2 C; 5IYZ A; 2JRI A; 4X89 A; 3CSX A; 5B3S C; 1AI4 A; 1R3J C; 4K3A A; 1H2L A; 1IBL O; 4ZHQ B; 4JI0 B; 3B2E E; 4G2K A; 3VBB A; 1J95 A; 5C8Y B; 3RGB A; 3CRA A; 1R6T A; 3OFN G; 2K1E A; 1EZV H; 2P22 C; 2WPD G; 3ABL C; 1ZUQ A; 1WP7 A; 3L9D A; 2W0F C; 1F23 A; 1XNQ B; 1O9G A; 4OXS A; 2CGN A; 4YIP A; 4EFB A; 4EB6 A; 2DOS A; 3Q4H B; 4ZOL A; 1J5E B; 2BSK B; 4OX9 B; 2RQ6 A; 1AVM A; 2HP8 A; 3ZMZ A; 4X65 O; 2QKA A; 1KKD A; 2WLM A; 2CDY A; 4LF5 O; 4NTY A; 3RBZ A; 5EBM C; 2Q68 A; 3CCQ V; 5IE9 A; 2FYU H; 2WLL A; 1VQM V; 5B1A C; 1ZL8 A; 2EIN C; 4RUE A; 2Q0O C; 1OCR C; 3IFX A; 3B77 A; 2UXC B; 1VQ4 V; 3J7A U; 3WU2 Z; 1VQ7 V; 1XEQ A; 2XAQ A; 3QG5 A; 1CP9 A; 4HNA B; 2UXB O; 4YJ2 B; 3SYC A; 3U0Z A; 1GMG A; 1GH6 A; 4JI8 O; 1BGY H; 1WA8 B; 4BW5 A; 1P7G A; 3CRM A; 4PA4 A; 1K7D A; 4FZ0 A; 5EZY B; 3JAM N; 3ETQ A; 4I9Q A; 1EZJ A; 5IWA O; 3JAW B; 2QGN A; 1XMQ B; 5JQG A; 4NYK A; 5GON B; 3QNE A; 3CE2 A; 1E1R G; 4DV0 B; 3JD1 A; 3CCU V; 3CPW U; 4GKJ O; 1YF2 A; 2P5O A; 4OGQ B; 2EIK B; 1VF6 A; 1VQN V; 2ZR2 A; 4MT8 A; 2PI5 A; 4LH7 A; 1ZSP A; 3SYA A; 4UVA A; 4QGP A; 2YC0 A; 3OT7 A; 1JR9 A; 2MW2 B; 1BT8 A; 3ZMT A; 2NR5 A; 4QJF B; 4ZIB A; 3RWR D; 1RM1 C; 3CEI A; 2F23 A; 4F6E A; 1QR8 A; 3HKD A; 4WBN A; 1Q43 A; 4JTA B; 4X20 A; 3CRC A; 2JGD B; 2JK5 C; 1FD9 A; 1KP3 A; 2N05 A; 3RYH A; 3T1C A; 1K5S A; 2GUZ A; 2CTQ A; 2B9Z A; 4HBN A; 4X8A A; 3OTO B; 3D3I A; 4ZHQ A; 2JGU A; 3D36 C; 4PD4 F; 4JAS A; 5C8Y A; 4R7C A; 4LBE C; 3HPL C; 1COW G; 4FFK A; 4PI2 A; 5LOV B; 3IC7 A; 2EZO A; 1AB3 A; 1UPG A; 5CBF A; 4LF9 B; 2EIL B; 1Q3E A; 2X0L A; 1JA8 A; 1N34 B; 4WFF A; 5B5E Z; 3MDS A; 2KG7 B; 2PTM A; 2LGW A; 3Q4H A; 1RFY A; 3SPI A; 4MTG A; 4J10 A; 5EC1 C; 2L35 A; 4CH4 A; 3UO2 A; 3JAS B; 3ASN B; 4LF8 O; 1SA0 B; 2V1D A; 4O2A A; 4I0X A; 3SYQ A; 5KHI A; 1OCC B; 3AG2 C; 4MVZ A; 3B8N A; 3PN1 A; 1HNW O; 3RVZ A; 1I94 B; 3E8G A; 4JV5 O; 1SQG A; 1XDC A; 5KHJ A; 4P30 A; 1YHQ V; 2A06 H; 3N2G A; 3T2M A; 2XAF A; 3K5N A; 2DYS C; 5JH7 A; 1D2D A; 1F7Y A; 4R8C A; 3ETD A; 3W7T A; 2OTJ V; 5IYC O; 2QWP B; 4UCR A; 4FLZ A; 3ZRW A; 3OGI B; 5KA6 A; 4B08 A; 2H8P C; 1F51 A; 1DF5 A; 1SQF A; 5LMU O; 2DW4 A; 4NXN B; 4JZ2 A; 3LSS A; 1W2B U; 5L3F A; 5DN6 G; 4UCS A; 4JYC A; 5KHG A; 2AW9 A; 5BR8 B; 3E89 A; 4JI4 O; 1WP8 A; 3QO8 A; 2UUC B; 1S5H C; 3OUF A; 1AIL A; 2P06 A; 3FD9 A; 4MW3 A; 5JVD B; 3S3X A; 3UM7 A; 2VS0 A; 4NR1 A; 3D8C A; 1NR7 A; 3ZN0 A; 5L3G A; 4LFA O; 1L0N H; 4Z2W A; 4QE9 A; 3T4D A; 2HLD G; 4NTX A; 1PL0 A; 1KP2 A; 4B7K A; 1RPO A; 2EBO A; 3EFF K; 3OMI B; 1MMM A; 2LFS A; 2F1M A; 4DV1 O; 4DV2 O; 3EXA A; 3ZBH A; 3E86 A; 5AG2 A; 4BAY A; 1Z5W A; 5JJJ B; 1VIB A; 1K9M W; 2RDC A; 4J11 A; 5LYJ B; 2IU0 A; 4LF6 O; 5LXT B; 4GKK B; 1XHX A; 5LHH A; 4DUZ O; 4MVU A; 1S72 V; 2QTS A; 1YI2 V; 2YXY A; 3T1H O; 1EN4 A; 2ZE8 A; 1YCI A; 4TQF A; 4PHZ A; 1XHZ A; 5BXZ A; 3CJH B; 3OMN B; 1PPJ H; 4J80 A; 4JI0 O; 4TV8 B; 4BIO A; 2ETN A; 2VQE B; 1Q81 W; 5BMV B; 1ARO P; 2BTO A; 1W59 A; 5CMU A; 2W6J G; 2WWW A; 2WLH A; 2QDO A; 2E75 B; 2HVJ C; 5D5Q A; 1S5L Z; 4UB6 Z; 5B3S B; 1Q6H A; 5KAF Z; 1I5Y A; 1XNQ O; 5EYP B; 3M8A A; 3CME V; 1W0J G; 3HR0 A; 1QVG U; 1AP6 A; 1EN6 A; 1I5X A; 3JAS A; 5IYD O; 1XIL A; 1SQV H; 3RYC B; 4DK0 A; 5IJ9 A; 2XOK G; 1GM7 A; 2IJI A; 3HKC B; 2NN4 A; 4MVO A; 3ABL B; 4RO2 A; 2XTA A; 5KMG A; 2ZE5 A; 3CRR A; 3N2K B; 4DXW A; 1BQZ A; 5CB4 A; 1H2M A; 2ZR3 A; 4GYC B; 2GTS A; 4IHJ B; 2DN9 A; 2P90 A; 3CYO A; 1HNZ O; 2R9A A; 2CE4 A; 4J7J A; 1R3I C; 3MHS C; 2WLJ A; 5L3D A; 1VQ5 V; 2QWN B; 4QPJ A; 3RN4 A; 4DR2 B; 1Q5O A; 2JIZ G; 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4HYO A; 2WSS G; 1Q7Y W; 4I5S A; 4X1I B; 5FNV A; 4WFA V; 1AJN A; 4UVC A; 3AG3 B; 3K06 A; 3FAV B; 1MG1 A; 1CPY A; 3ABT A; 3E22 A; 4JPR A; 3BRC A; 2DQ0 A; 2RMK B; 1B6Q A; 1M93 A; 4GX0 A; 2QA4 V; 4NXN O; 1X4T A; 2Q0A A; 3ZJZ A; 4AHC A; 3ZN1 A; 2JS5 A; 3H1I H; 4QIW F; 3JAR A; 3UQ8 A; 1NKD A; 1KU9 A; 2EIJ B; 2P6J A; 5BR8 O; 4JZG A; 3TXQ A; 2UUC O; 2EIM B; 1URF A; 4LNU B; 2Z5U A; 3BEH A; 2ADP A; 2G38 A; 2A7W A; 2PUS A; 2XT9 A; 2ZD9 A; 4UV9 A; 3CB2 A; 2YEV A; 4I50 A; 3A2F A; 4WFB V; 2ZIM A; 2X6C A; 1YVW A; 3JAK A; 4MTX A; 2Q8V A; 4TUY A; 3UKM A; 3SPH A; 2HEP A; 1FFX A; 2RJZ A; 4O4I B; 2ZIO A; 4NKG B; 3E2E A; 3BFR A; 3LNN A; 3K5O A; 2UXD B; 4DR6 O; 3B8M A; 2F93 B; 4HZ3 A; 2MK3 A; 1NQT A; 3LSU A; 5JCO C; 1XRE A; 1YDX A; 4MSW C; 4GKK O; 2YI9 A; 1ORQ C; 3C3S A; 3CX5 F; 4L87 A; 3K57 A; 4GZR B; 3BAB A; 4PA3 A; 1VF7 A; 2XAH A; 1VQL V; 2XAJ A; 3E35 A; 4X1Y B; 5B1O A; 4PA9 A; 1UJW B; 1VQO V; 1XI1 A; 4TOI A; 3HKE B; 2JEU A; 2OIG A; 1HR0 B; 1MA1 A; 4IT5 A; 3HB3 B; 4DK1 A; 5H9C A; 5CA1 A; 4JF3 A; 2M7W A; 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