The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
48
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structure length |
48
|
Chain Sequence |
SLAALKSELQALKKEGFSPEELAALESELQALEKKLAALKSKLQALKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Design of three-dimensional domain-swapped dimers and fibrous oligomers.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DOMAIN SWAPPED DIMER
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| molecule tags |
De novo protein
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| total genus |
21
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| structure length |
48
|
| sequence length |
48
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BHP A; 3VQY A; 4CH4 A; 2Q7H A; 2Q7G A; 4TQD A; 2YIB D; 2JVD A; 2PGG A; 2YIA A; 2ZCE A; 2Q7E A; 4TQF A; 4CH3 A; 2PUS A; 3QTC A; 2R72 A; 1O9H A; 2RQ6 A; 4CS3 A; 4ZIB A; 2E3C A; 1O9G A; 3ZED A; 2ZIN A; 4CH5 A; 4CS4 A; 2ZNJ A; 2HEP A; 2YI9 A; 5K1P A; 3VQW A; 2YI8 A; 4Q6G A; 2ZIM A; 2RJZ A; 4CS2 A; 1G6U A; 4BWA A; 2ZIO A; 2YIB A; 3VQV A; 3VQX A; 5K1X A; 2ZNI A; 2R70 A; 4BW9 A; 3DSQ A; 4CH6 A; 2QJ1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IWA O; 1JFF A; 4LWS A; 4PDL A; 1JCH A; 5LP6 C; 4TUY A; 3LNM B; 2H94 A; 2ZDI C; 2ZE5 A; 1IBM B; 1M57 B; 1NH2 D; 1M9N A; 1FXH A; 1DF4 A; 1W2B U; 1DK1 A; 1SZX A; 2ATK C; 3OMA B; 5CB4 A; 2A06 H; 3M99 B; 4LF8 O; 2AZ2 A; 1M56 C; 1Q90 D; 3VQX A; 1ARO P; 3H1I H; 4G27 B; 5EBW C; 2QJ1 A; 2K1E A; 4ZOL B; 5KAF Z; 1Q5O A; 1P49 A; 4CBC A; 1PNK A; 1VQ8 V; 3A2F A; 1SET A; 1VF6 A; 1FJG B; 3JD1 A; 4LF5 O; 1FPO A; 1XDC A; 1KEC A; 3JYC A; 4LC1 A; 4NYK A; 1JJ2 U; 1N33 O; 4JI6 O; 4FFB A; 2XAQ A; 4XDJ A; 1VQ9 V; 5LMU O; 3RVZ A; 4P9O A; 3BFR A; 4JV5 O; 4X65 O; 2YC0 A; 2JS5 A; 3K04 A; 5LBQ A; 1MZE A; 1Y74 B; 3RGB A; 2EUL A; 4TT3 G; 4TV8 B; 4YXW G; 2QKS A; 1Y67 A; 1WLE A; 1XEQ A; 5L3D A; 3CS5 A; 4MTG A; 4GKJ B; 5JVD A; 3VQV A; 4JAU A; 5A9G A; 1YTF D; 2YXL A; 3CC2 V; 4TV9 A; 1SQG A; 2JGD B; 3UO2 A; 5JQG A; 4RUE A; 4YJ3 B; 4MT8 A; 1QVF U; 2R72 A; 2OTL V; 3AG4 B; 4J10 A; 4JZG A; 1GM8 A; 4B3R B; 1P4R A; 3K58 A; 4KXR A; 4X20 B; 4CC6 A; 1Q6I A; 2LGW A; 2IJK A; 2BE3 A; 5LL6 Y; 1IXM A; 2WLJ A; 4U3F H; 5KHK A; 2EX3 A; 4EB6 B; 3SPI A; 2YIC A; 1K73 W; 3OR7 C; 3ZIA G; 3W7T A; 4O4H A; 2F95 B; 4O4J B; 3DC5 A; 3GWO A; 4U3J A; 2HP8 A; 4JI1 B; 5BY1 A; 5JH7 A; 3CCR V; 2IW5 A; 4IT5 A; 4DUZ O; 4LF6 O; 1GN2 A; 2EIK B; 2CTR A; 4QIW F; 3AG3 C; 3F5T A; 4MTF A; 1XMQ O; 2DYS B; 1BHA A; 1G6U A; 1R3J C; 1G1X B; 1WAZ A; 3ABK C; 2ZD9 A; 5BZB A; 3LSS A; 1T5E A; 2WLN A; 3OFN G; 1AJQ A; 1GH6 A; 2P6J A; 5IJ0 B; 2OIG A; 1O9H A; 2XT9 A; 3ZRW B; 4R6Z A; 2PY5 A; 1A32 A; 3B4S A; 1HW7 A; 4JI5 B; 4X1I A; 3SYC A; 5EYP B; 2GHY A; 4UCT A; 4B7K A; 1KQS U; 3A0B Z; 4QPJ A; 4N21 A; 2JK5 C; 2KG7 A; 1IX9 A; 1RSO B; 1Z2G A; 4JZ2 A; 2WA3 A; 4RO2 A; 4LF7 O; 4I55 B; 2CH7 B; 3ZN1 A; 2RN9 A; 2XOK G; 4X1Y B; 1WP8 A; 2ZIN A; 2N05 A; 2IU3 A; 2LGQ A; 1WNS A; 5B1A B; 1XIL A; 2KKW A; 2WLK A; 2Q5Z A; 1FXK B; 3ZHR A; 4WFH A; 3MD0 A; 4KFM A; 5LOV A; 3P32 A; 5KA5 A; 1SES A; 1OCZ C; 3JAL B; 2QA4 V; 2CGN A; 3CE2 A; 1SZT A; 2GUZ A; 3BCC H; 4UB6 Z; 4TSF G; 1N0N A; 1W0K G; 1AI5 A; 1BGY H; 5LMN B; 3E86 A; 2ZIO A; 2UUA O; 2VWJ A; 5BXZ A; 4KUM A; 5EBL C; 4DV2 B; 1EN6 A; 4TQF A; 1VF7 A; 1I0H A; 4P9P A; 4JYC A; 3HKD A; 4IYH A; 3B8M A; 1K7D A; 4JI0 O; 3W7U A; 3X2Q B; 3ZHS A; 5LXT A; 5LA6 A; 4DR1 O; 2FKX A; 1MZF A; 3CCV V; 3ICX A; 1XMO O; 4B08 A; 1I08 A; 4YJ2 B; 1TUB A; 2QDO A; 1SQB H; 5JCO C; 1MSD A; 2K9P A; 3K9S A; 3ZMV A; 4MVS A; 2Q73 A; 4FZ1 A; 4J41 A; 4CH5 A; 4O4I A; 3EFF K; 3G4S V; 3FYI B; 3CCM V; 2DWE C; 4PDV A; 1KUQ A; 1KP2 A; 2Y0P A; 4J7Z A; 2LFR A; 3CYO A; 1FAF A; 5CN0 A; 4UCR A; 2Q6A A; 1L1F A; 4HBN A; 4O4L B; 5EZY A; 1NH2 B; 2E74 B; 3SPJ A; 1H2M A; 1V55 B; 5C93 A; 1BL8 A; 3ZRX A; 4DV3 O; 1JFF B; 4PDR A; 2L35 A; 4TUY B; 3NXS A; 1SF9 A; 1ORQ C; 4D7S A; 4DV7 O; 3EVK A; 2HJF C; 5AG2 A; 3AG1 C; 2BTQ A; 4DR3 B; 4DUY O; 1QR9 A; 1ROP A; 1H2L A; 2Y0I A; 3FFQ A; 1K4C C; 3F7Y C; 3OTO O; 1K33 A; 4CZZ A; 4WCE V; 2N04 A; 5H5N A; 4MVR A; 1GTO A; 1ZUQ A; 4LFA O; 2XAS A; 4ASU G; 3ZRS A; 3ABM C; 3UT5 B; 2O57 A; 1XUQ A; 1GM9 A; 4KP4 A; 4FFB B; 2D3O W; 4F6R A; 2OCC B; 4JAV A; 2ZXW C; 1NS1 A; 1VP7 A; 4PEL A; 3STL C; 3RYF A; 2WLH A; 2F4V B; 1Q7Y W; 1GM7 A; 1R3K C; 2ZNJ A; 4L8J A; 1YTF B; 4EKW A; 1PL4 A; 3L75 H; 4F4L A; 3CCE V; 1S5J A; 3WFV A; 1NTZ H; 1TAE A; 4YY3 B; 2P06 A; 1Y6X A; 3CB2 A; 2VQF O; 2B1I A; 5JQG B; 1D5N A; 4UCU A; 5GON A; 4X66 B; 5H9C A; 1TUE B; 5L3C A; 2F43 G; 1XL6 A; 4JAA A; 1VQN V; 2HHH O; 2E5L B; 3AG2 C; 2MW2 B; 1KKD A; 2XHB A; 4JI3 O; 3LDC A; 3E8F A; 4AI8 A; 1LR1 A; 3BVO A; 2UXB O; 2JGD A; 1M57 C; 1S5L Z; 2X7R B; 2HFE C; 4JF3 A; 4MS2 A; 2YID A; 2QM4 A; 2FYU H; 1RFY A; 5D5Q A; 4LFB O; 4GT1 A; 2JJ1 G; 4D6T H; 4U3J B; 1HNW O; 2B9Z A; 4PA9 A; 4GZR B; 4JI7 O; 2YSU B; 3G6E V; 2W0F C; 1QR8 A; 4H33 A; 1N36 B; 3RFR A; 4PI0 A; 1H2S B; 1SS3 A; 3B8N A; 3H1K H; 3N2G A; 4DV6 O; 3K9A A; 1BT8 A; 3LDE A; 2UXD B; 3D36 A; 2CTP A; 4O4J A; 1S3J A; 2EIJ B; 2R9R B; 2H8P C; 2LFS A; 1N34 B; 3ZS8 C; 4DR4 B; 5L3B A; 3K3W A; 4QGP A; 3SPH A; 4UV8 A; 5GTH Z; 4DV1 B; 1GK9 A; 1P7B A; 1XOU A; 3N2K A; 5A2Q N; 5J9P C; 1RPO A; 4LF4 O; 3G80 A; 4X1I B; 4BW9 A; 4DR2 O; 4MVU A; 4WFF A; 2WAM A; 3W7X A; 3BAA A; 1YVW A; 4DR7 B; 5FPR A; 3B09 A; 1BQZ A; 4GX5 A; 2OCH A; 2ZE7 A; 2JVD A; 2QEX V; 2KG7 B; 3IFX A; 5HFM A; 4Z2W A; 4WFG A; 3G6B A; 3ABT A; 2JEX A; 5IYC O; 5EYP A; 2VS0 A; 1I7F A; 1F23 A; 1NT2 B; 3T1C A; 4QPK A; 3U11 A; 3QO8 A; 1VEW A; 3CSX A; 1MG1 A; 1Q81 W; 2QGN A; 1IBK O; 5IWA B; 1L0L H; 1QLN A; 2P4K A; 1JR9 A; 1PPJ H; 4QE7 A; 4FLU A; 2NN4 A; 1WB8 A; 3CXC U; 4B7E A; 1BE3 H; 3ZHT A; 1AI4 A; 3EXA A; 1H2K A; 3D36 C; 1S72 V; 3T1H O; 1FXK A; 4A5U B; 4LF8 B; 5E1A C; 3ZMS A; 4LFC O; 4WFB V; 3QF7 A; 4GKK O; 1Z5W A; 3LDD A; 1COW G; 3LSU A; 3H1J H; 4DO2 A; 2DYS C; 1S77 D; 3HKD B; 1E1R G; 2VRZ A; 3CX5 F; 5LXT B; 5LA6 B; 2XTA A; 3B77 A; 1K9M W; 2EBO A; 4LF5 B; 1B04 A; 4UCO A; 3F5W C; 4MW3 A; 1N33 B; 1NQT A; 4JI6 B; 3B40 A; 1PV0 A; 5F2V O; 5LMU B; 2PGG A; 1MNG A; 2IH3 C; 4GX0 A; 2X6A A; 4I5S A; 4JV5 B; 2Q69 A; 4O2B B; 5LHG A; 4X65 B; 2F93 B; 1S5H C; 3CRR A; 2A0L A; 2JIZ G; 4P30 A; 3CC4 V; 4O4I B; 1H2G A; 1KC8 W; 1SQP H; 1IDS A; 2QTS A; 4L87 A; 1JPX A; 2QWR B; 2V7Q G; 4ABM A; 3RYI A; 1NKD A; 3JD2 A; 5IYZ B; 3F7V C; 5B1A C; 5CA0 A; 1VQ5 V; 2IM9 A; 3ZMZ A; 3K03 A; 2W6J G; 2FML A; 1V9P A; 2QE7 G; 4DRX B; 5KHI A; 2CUG A; 2WSS G; 4IYI A; 4ZKI A; 5EIB D; 1AR5 A; 1XBL A; 1DF5 A; 3H9V A; 1FS0 G; 5CA3 A; 1R3L C; 2A9H A; 4FLW A; 1AJN A; 4UB8 Z; 2PTM A; 3ZHU A; 1BS3 A; 1B6Q A; 3JD0 A; 3CCJ V; 3MDS A; 4UXN A; 2Q9L A; 4RAI A; 4DUZ B; 4LF6 B; 1XHX A; 3DSQ A; 4I0X A; 3LUT B; 1XMQ B; 3SDL A; 3GVM A; 4F6R B; 1BHB A; 2Q7H A; 2A79 B; 4H13 B; 2VQE O; 2DN9 A; 3X2Q C; 4PA6 A; 3C3T A; 3RYF B; 3K57 A; 1QHT A; 5DM6 V; 1ZSP A; 3UT5 A; 3SPC A; 3UQ8 A; 3S3X A; 5LHI A; 2OT5 A; 1YJW V; 4X8A A; 1QBZ A; 3JCU Z; 4W4L A; 3ZBH A; 3MAQ A; 3CRM A; 4GX1 A; 3APO A; 5FL7 G; 1FFX A; 5L3E A; 3NR7 A; 3C3S A; 5BMV B; 1GRJ A; 3DTU B; 5GON B; 1AJP A; 4LF7 B; 3K79 A; 4E2L A; 4EFE A; 4R50 A; 4FLV A; 5FLX N; 1YIJ V; 1V55 C; 2RDC A; 5IE9 A; 4UVC A; 3E35 A; 2R70 A; 5KHH A; 1PKX A; 1YIT V; 5DED A; 4QE9 A; 1N32 O; 4NXM O; 3U10 A; 4DV0 O; 1HNZ O; 4QNH B; 5LGN A; 5KA6 A; 1QLE B; 1MAB G; 5JJE B; 1WPB A; 3ETE A; 4JI4 O; 3IGA C; 1F4M A; 5CMU A; 3CRC A; 2Q8V A; 5B1N A; 1XNQ O; 3UKM A; 3CHX A; 3HB3 B; 4JTD B; 5J2T A; 3N2G B; 1KD1 W; 1RPR A; 4YHH O; 3ETD A; 2UUA B; 2KQX A; 5LGU A; 2DJV A; 1VF6 C; 1SRY A; 2DE0 X; 2ZE8 A; 1VAR A; 4H0L B; 1H8E G; 2DYR C; 2XAH A; 4MTX A; 3TXQ A; 2YS8 A; 2YI8 A; 1WPX A; 3N2K B; 2OCC C; 5CBF A; 3P3P A; 4LNU B; 4CS2 A; 4JI0 B; 2EIM B; 2BTO A; 4DR1 B; 3ABL B; 2Q0O C; 4RQF A; 1OCO B; 4R8C A; 1XMO B; 2ILM A; 2F66 C; 3ZRV A; 1H2N A; 4LF9 O; 1Y66 A; 4PHZ A; 2D2C B; 2IU0 A; 3QVN A; 4MVZ A; 1HNX O; 1HR0 O; 1UPG A; 1W59 A; 2PZS A; 2YI9 A; 2YDE A; 3G67 A; 2AZ0 A; 3JD3 A; 4FLZ A; 1TVK A; 2EIL C; 3SYA A; 2QTO A; 3E8H A; 2ZE6 A; 4FM0 A; 4MVQ A; 1CEZ A; 4UVB A; 4LCU C; 1MMM A; 3C90 A; 3HKE B; 2IJJ A; 1E79 G; 4ZIB A; 2LO1 A; 2X6B A; 4DV3 B; 1Q6H A; 2HEP A; 3DC6 A; 2IJH A; 4DV7 B; 3OUS A; 4K8X A; 4HNA B; 3BHP A; 4DUY B; 5H6Q A; 1FFT B; 2L6L A; 1XHZ A; 2UU9 O; 2E3C A; 3OTO B; 3WB0 A; 4DR6 O; 2QKC A; 1W0J G; 4JI2 O; 5IJ9 A; 4NXN O; 1US6 A; 2EIJ C; 5IY5 B; 1YJN V; 5B5E Z; 2EIN B; 2XAJ A; 3MHS C; 3K08 A; 5FNV B; 2WLI B; 2QWN B; 3EHB B; 1VMG A; 3S3W A; 3ZCC A; 4FLT A; 3P30 A; 1EN4 A; 5CA1 B; 1VQO V; 4CS4 A; 1CXZ B; 2DQ0 A; 3ZJZ A; 4Q6G A; 1MA1 A; 1IUR A; 1K8A W; 4FIP C; 3I55 V; 4BAY A; 1Q82 W; 4JYY A; 4JYA O; 1M56 B; 3TXS A; 4X64 O; 1L8D A; 4X89 A; 2RMK B; 1BQ0 A; 3RYI B; 5CBG A; 1OZ0 A; 3OMI B; 1DLB A; 4O2B A; 3E83 A; 5H6R A; 2ZR3 A; 1QQC A; 2VQF B; 5CA0 B; 5K1P A; 1Y76 A; 3VQW A; 3HKB A; 4NVP A; 4MW8 A; 2P90 A; 2HHH B; 1THZ A; 2Y69 B; 4NKG B; 2FL4 A; 3FAV A; 4JI3 B; 1M5I A; 4E4E A; 1OCR B; 2UXB B; 1AIL A; 5IYZ A; 2BOB C; 4X1K A; 5EC2 C; 5GW7 A; 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2HVK C; 3BRC A; 4JAS A; 3ZMU A; 3R66 A; 3WU2 Z; 3PN1 A; 3CJH B; 4Z1M G; 1OJH A; 4KL1 A; 3R65 A; 5C8Y A; 1M1K W; 1OHH G; 5KMG B; 4LNU A; 3GWK C; 3OTF A; 1TVK B; 3ASO B; 4GUN A; 3E22 A; 5J2U A; 4FJC C; 1N8R W; 3IC7 A; 3AK2 A; 1MSW D; 4AHC A; 3FB5 C; 4GCZ A; 4WFE A; 3QG5 A; 4K35 A; 4D7T A; 2V4D A; 3K5M A; 1Y4M A; 5D5P A; 2ETN A; 1AB3 A; 1SC5 B; 2W0X A; 5BR8 O; 2EJR A; 5B66 Z; 5JJN B; 2RNB A; 4B3S O; 4DR5 O; 1YI2 V; 4CH4 A; 3AK1 A; 1ZTE A; 4G28 B; 1QLE C; 1SER A; 3AG4 C; 3D3I A; 4I50 B; 4DW0 A; 1V54 B; 3HKE A; 4BIO A; 4AIL C; 1AP5 A; 3GB7 C; 4UFZ A; 5KUK A; 4X88 A; 3L72 H; 3T1Y O; 4YY3 O; 3K59 A; 3TGU H; 2BSK A; 2CTQ A; 1AI6 A; 4OX9 O; 1P7G A; 2BCC H; 1PNM A; 1SQF A; 4HNA A; 1VF5 B; 5L3G A; 5IJ9 B; 1X4T A; 2Y48 A; 3SPG A; 3U0Z A; 3OMN B; 2EZP A; 3VBB A; 3CWB H; 1JA8 A; 2EIK C; 2VQE B; 5JWP A; 2UUB O; 2CK3 G; 1VQ6 V; 2EIM C; 1K34 A; 3ABL C; 1LUV A; 4NTY A; 1JQ0 A; 3WG7 B; 1VQ4 V; 1OCO C; 3BA9 A; 1GKF A; 4FLY A; 4JI8 O; 2QWQ B; 4XDL A; 1F7Y A; 1XNR O; 2BOC C; 5FNV A; 2WLI A; 4TQD A; 3BA8 A; 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