The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
32
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR1 O; 3SDL A; 4DR3 O; 1XNR O; 4LF6 O; 3R66 A; 4JI4 O; 4DV7 O; 4DUZ O; 1DK1 A; 5H5N A; 4K0K O; 4DUY O; 2UXD O; 4OX9 O; 3J80 N; 2UUA O; 5IWA O; 1I94 O; 4DV0 O; 4LFC O; 1FJG O; 2UUC O; 3J81 N; 2E5L O; 1N33 O; 3O65 A; 4DV2 O; 1A32 A; 5FLX N; 1XEQ A; 1X59 A; 4JYA O; 4LF7 O; 4JV5 O; 2DOS A; 1NS1 A; 4DR2 O; 1J5E O; 4NXM O; 2DJV A; 4LFA O; 4JI2 O; 5BXZ A; 2F4V O; 5IT9 N; 4DR5 O; 1KUQ A; 1N36 O; 4DV5 O; 4KHP O; 1IBM O; 1R6T A; 1HR0 O; 1AIL A; 1F7Y A; 1HNX O; 4X62 O; 2UXC O; 5BY1 A; 2HHH O; 2FKX A; 4DV4 O; 1YZB A; 4A5U B; 1IBL O; 3J7A U; 2VQF O; 4NXN O; 2Z0A A; 1FYJ A; 4JI3 O; 2JRI A; 1HNZ O; 4X64 O; 2UU9 O; 1IBK O; 4LF5 O; 1XMQ O; 4B3M O; 1G1X B; 3JAM N; 4DR7 O; 5BR8 O; 1R1B A; 1HNW O; 4OPA A; 1D2D A; 4DV6 O; 4DV1 O; 4YY3 O; 4OPH A; 1XMO O; 1N34 O; 4X65 O; 4AQY O; 4B3S O; 3RT3 C; 4DR4 O; 4DR6 O; 4DV3 O; 5LMU O; 4LFB O; 2AGA A; 2UXB O; 4GKK O; 1AB3 A; 1FKA O; 4JI1 O; 4B3R O; 4LF8 O; 4X66 O; 5A2Q N; 3OTO O; 3M8A A; 4JI5 O; 3T1H O; 1XNQ O; 5LMN O; 4JI8 O; 4B3T O; 4LF4 O; 2VQE O; 3F5T A; 2ZM6 O; 4JI0 O; 5LL6 Y; 2N74 A; 4LF9 O; 4GKJ O; 4JI6 O; 1N32 O; 2LW7 A; 4JI7 O; 2UUB O; 2ZKO A; 3T1Y O; 4YHH O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EC2 C; 2ZIO A; 4AQY B; 4BR6 A; 3W7W A; 2RQ6 A; 4JPR A; 2M6Y A; 2Z3Y A; 2V1D A; 1V54 C; 5KMG B; 1PNM A; 4DUY O; 4QPJ A; 3QG5 A; 1XNQ B; 1OCO C; 2UUA O; 1YTF D; 2ATK C; 2BTQ B; 2DYR C; 2LFR A; 1BHA A; 4XBF A; 5AG2 A; 1Q90 D; 5FLX N; 5BZB A; 4L8J A; 4OXS A; 3AK2 A; 4QJF B; 5LOV B; 1XBL A; 3PJS K; 4X1I B; 5IT9 N; 5LGN A; 4GX1 A; 4TSF G; 5IE9 A; 4KHP O; 4BW9 A; 3K79 A; 1SRY A; 1F7Y A; 1HNX O; 4JAU A; 1V55 B; 2QGN A; 1MZE A; 2X6B A; 1IDS A; 2CUG A; 3IFX A; 2QA4 V; 2GDS A; 4MVS A; 2P6J A; 1S5H C; 4XDJ A; 3P3P A; 3RFR A; 1OCR C; 1VQK V; 2Y4T A; 1P49 A; 4MVM A; 1M1K W; 2Q0O C; 4I4T A; 4NYK A; 1U97 A; 4DW0 A; 4IGG A; 4QE9 A; 4AQY O; 1NT2 B; 1M90 W; 4DK1 A; 4O4H A; 4JZG A; 4UCV A; 4HNA A; 1IBM B; 1TAE A; 3VQY A; 3RW0 A; 3BCC H; 4ABM A; 1BL8 A; 1KP3 A; 2JJ1 G; 2XOK G; 5L3E A; 1XNQ O; 1JOY A; 4FLX A; 3VQW A; 1PP9 H; 1M93 A; 3PN1 A; 2ODM A; 4MW8 A; 5EYP A; 3F5T A; 3CCQ V; 4NTY A; 5KHJ A; 2XHB A; 3TGU H; 4LF5 B; 3FKS G; 4B3M B; 1KKD A; 3A0B Z; 2N74 A; 2QKC A; 2ETN A; 4JYY A; 3SGI A; 1CPY A; 1FFX A; 4N23 A; 3W7S A; 4KUM A; 4PEL A; 1Q6I A; 4O4L B; 3TXS A; 4WFA V; 3L71 H; 3E8F A; 3SJA C; 2KB1 A; 4K0K O; 3K9S A; 3ZRW A; 3N2G A; 4IIJ B; 2HP8 A; 1VQP V; 2A79 B; 1V55 C; 5H6Q A; 1WPB A; 1K4D C; 1FFT B; 5ITZ B; 1V9P A; 2QWP B; 4D7T A; 4IT5 A; 2UUB B; 2GSM B; 5LMU B; 2BOB C; 1VF6 C; 3KKY A; 4X20 A; 2LFS A; 2V4D A; 3L74 H; 3L75 H; 1NU1 H; 3CMA V; 4U7N A; 1PNK A; 1IBM O; 4RWU A; 3WU2 Z; 1FXV A; 2X7R B; 2ADP A; 3MHH C; 5CA3 A; 1XHZ A; 2DE0 X; 1WP8 A; 4Z1V A; 4K35 A; 2EZP A; 4CS2 A; 2EUL A; 2JGD A; 3BA8 A; 4JYC A; 2ZIN A; 3JCZ A; 4FFB B; 4LF5 O; 4DR1 B; 1Q86 W; 4B3M O; 1BZK A; 3E35 A; 4GX0 A; 3LSS A; 1Y74 B; 1GO3 F; 3HPL C; 1UPG A; 3JAW B; 2IU0 A; 1L0L H; 2AGA A; 2CAZ C; 3BAB A; 2A7W A; 1SA0 B; 4H13 B; 5FNV B; 3N2K B; 1BQ0 A; 1K5S A; 2QKS A; 3I56 V; 2EIN B; 4UB8 Z; 4WFF A; 2IBZ H; 4CC6 A; 3H01 A; 3SJB C; 4JAA A; 1EZV H; 3DC5 A; 2OCC B; 4RO2 A; 4H0L B; 5D5P A; 1CEZ A; 3JCU Z; 2UUB O; 2ZQM A; 4L87 A; 1ZSP A; 2KG7 A; 2LGQ A; 2UXN A; 4W4K A; 3VQX A; 5DN6 G; 4XDL A; 5CB4 B; 2E76 B; 4JAS A; 4RUF A; 2EBO A; 3CX5 F; 1PNL A; 1D5N A; 3CP1 A; 3ZBH A; 3JAR A; 4DR7 B; 5H6R A; 1JVM A; 3H1H H; 4JYA O; 3OUS A; 2DN9 A; 2W0F C; 1FPO A; 1NH2 D; 2PGG A; 3ABU A; 3N27 A; 3CWB H; 3ZMV A; 1K34 A; 1KUQ A; 4TUY B; 3CJH A; 2WLI A; 1Q8I A; 1DTO A; 1SQF A; 1QCE A; 1KD1 W; 5TIS Z; 5LXT A; 4DV4 O; 3ZHQ A; 2EIN C; 2JIZ G; 3TET A; 2DYS B; 3LSU A; 1Q81 W; 2Y0P A; 2JRI A; 1DGS A; 3E8G A; 4PJ0 Z; 3O9O A; 3CE2 A; 2OCC C; 1WA8 A; 1H2G A; 1S5L Z; 1M4U A; 1FXK B; 2ZR3 A; 1XQ8 A; 3BA9 A; 5KHK A; 3B77 A; 1NI8 A; 3UT5 B; 2CH7 B; 4PI2 A; 3M8A A; 5LGT A; 4LF7 B; 1J5E B; 1LR1 A; 4MSW C; 1XMQ B; 2E74 B; 3CPW U; 1TUB B; 3BAA A; 2IH1 C; 3JD0 A; 2WAM A; 4P9P A; 4D6T H; 3HKC A; 1BS3 A; 4HAM A; 4AI8 A; 3CC7 V; 1AR5 A; 1HWY A; 3VQV A; 3H9V A; 1PM9 A; 1DK1 A; 2LQT A; 1VQ8 V; 4B3R B; 1E1R G; 2IJI A; 5E1A C; 4HNA B; 2DYS C; 1BHB A; 4EFE A; 2MK3 A; 2RJZ A; 1KQS U; 3P30 A; 4ZIB A; 4O4I A; 3H1L H; 2Q67 A; 3G67 A; 2D3O W; 4BIZ A; 1ZTE A; 4ZKI A; 1RSO B; 3K9A A; 5EYP B; 3DXR B; 4MT8 A; 3RGB A; 1FXK C; 1M57 B; 5FL7 G; 1BCC H; 1T5E A; 3K5L A; 4IYH A; 3OGI B; 4JI5 B; 2PI5 A; 2UXD B; 1FFX B; 1RP3 B; 2P90 A; 4J11 A; 2ZDI C; 3FD9 A; 1I94 B; 1S5J A; 1FJG B; 4B08 A; 2E75 B; 1R6K A; 5JCO A; 1N33 B; 3N2G B; 3P3N A; 1XMQ O; 4PV1 B; 3JAM N; 5C93 A; 4J9Y B; 4PDM A; 2KSD A; 1JQ0 A; 3B40 A; 3OT7 A; 1YTF B; 4CZZ A; 3K03 A; 1TUE B; 1VF7 A; 1K9M W; 1SQV H; 4X62 B; 4B3R O; 4J7J A; 5BMV A; 3ASN B; 5A2Q N; 2N04 A; 3K57 A; 2E5L B; 1MSW D; 1XIL A; 3T1H O; 1Q82 W; 1JX9 A; 5FPO A; 3ICX A; 2QE7 G; 3OR6 C; 4OGQ B; 4LF4 O; 3P32 A; 4BAY A; 4O2A A; 1VQ5 V; 2PI4 A; 4JI0 O; 1F23 A; 2F4V B; 1IVS A; 3ZMT A; 2EIJ B; 5CMU A; 2NLJ C; 2PY5 A; 4HYO A; 2HVK C; 1M57 C; 1EN5 A; 3LSQ A; 4X65 B; 1X4T A; 4DR6 B; 2DQ0 A; 1ENV A; 2KKW A; 3R65 A; 2DWD C; 2LJ2 A; 2P5O A; 2K1E A; 1LUW A; 2UXD O; 3UKM A; 2Y0I A; 3CCJ V; 1I94 O; 3OTF A; 1FJG O; 4O2B B; 1B04 A; 1N33 O; 1VQM V; 5JVD B; 4TQD A; 1XUQ A; 5J9P C; 1O9G A; 2XAQ A; 4UCU A; 1PL0 A; 2ITC C; 3OR7 C; 4JI2 O; 2Q7H A; 4UVB A; 4LF6 B; 4PA9 A; 3C90 A; 1VQL V; 5A9G A; 4FLW A; 1R6T A; 2QR4 A; 1N8R W; 3D8C A; 1COW G; 2CTQ A; 2KG7 B; 4X62 O; 2JJ2 G; 1EFR G; 3ASN C; 2FKX A; 5IWA B; 4A5U B; 3FYE B; 3C3T A; 4LF9 B; 3FYI B; 1SET A; 2O57 A; 2OTJ V; 2IU3 A; 1PPJ H; 2EIJ C; 4LR3 A; 3B09 A; 3RYI A; 4TV8 A; 4OPA A; 1FD9 A; 3M7M X; 3CCV V; 2EZO A; 1H8H G; 4X65 O; 4DUY B; 2AZ0 A; 2Q7G A; 4DR6 O; 3JAT A; 1S72 V; 3JAL A; 3VOU A; 4DRX A; 4NTW A; 2PF4 E; 2IW5 A; 3ZMS A; 4NTX A; 2WA3 A; 3IAY A; 4MVR A; 1SQX H; 3CJH B; 3ZN1 A; 2WLI B; 5H2F Z; 2IM9 A; 2P06 A; 5LXT B; 3ZX6 A; 1S76 D; 3JSL A; 1AI5 A; 4KHP B; 5JJE B; 1XMO B; 3ZJZ A; 4CS3 A; 2KQX A; 1EN4 A; 4LF6 O; 3R66 A; 1XL4 A; 5LP6 A; 4LF8 B; 1BQZ A; 2C2A A; 1ZLZ A; 2EJR A; 5CA0 A; 4MTF A; 3S3W A; 5IWA O; 3RYC B; 4EB6 A; 2M7W A; 3H1J H; 4TWK A; 1K33 A; 3CSX A; 3SPG A; 1CXZ B; 1GKF A; 3CCU V; 1H2M A; 3AG4 B; 2PYJ A; 4UVA A; 1P4R A; 4G28 B; 5EZY A; 1OCC B; 4F6E A; 5JH7 B; 1QBZ A; 1JJO A; 3CRM A; 3HKC B; 5HFL A; 2VRZ A; 3FB7 C; 4EKW A; 1GN4 A; 5J2T A; 2H3O A; 2VWJ A; 5C8Y B; 2XT9 A; 2G38 A; 4Q20 A; 5LHI A; 2AHY A; 5IDJ A; 3ZRV A; 1VQ9 V; 4AHC A; 2YIA A; 1KKC A; 3AG1 B; 1WPX A; 1AP5 A; 1VF5 B; 4J9Z B; 3CS5 A; 3SYP A; 4DV1 O; 2ITD C; 1XMO O; 4K0K B; 4ZHQ B; 5IY5 B; 1GN2 A; 4WCE V; 2WLN A; 3T1C A; 4DXW A; 1S77 D; 3EXA A; 1NZ6 A; 5LYJ B; 4LF8 O; 1B3Q A; 1YJN V; 3HKD A; 4TV9 B; 1TVK A; 1KBH A; 2CE4 A; 3CCL V; 2A9H A; 4YJ3 A; 3CC4 V; 1JPX A; 5LL6 Y; 1R3I C; 5LA6 B; 2YUA A; 4K3A A; 3AG4 C; 4LH6 A; 5HFM A; 1Z5V A; 4PDL A; 1W2B U; 4DR3 O; 1OCC C; 3IJ4 A; 4F6R A; 2UXB B; 4FZ1 A; 5IYZ A; 2IJH A; 3AK1 A; 4UUJ C; 5L3B A; 5B5E Z; 5H5N A; 2YSU B; 3ZIA G; 3QTC A; 4I9W A; 3UM7 A; 1QHT A; 2QJ1 A; 5JWP A; 4FZ0 A; 5B3S B; 3LDC A; 2FML A; 1ZX3 A; 4P9O A; 1BMF G; 1X59 A; 5IYD O; 3AG1 C; 4I5S A; 2HJF C; 4RUE A; 1KYO F; 4JAV A; 1QVG U; 4NVP A; 3FFQ A; 4CH5 A; 2P4K A; 3JAS B; 5IY5 C; 2HG5 C; 1YIJ V; 1YVW A; 1N36 O; 1P7G A; 2NR5 A; 3TJT A; 2Q0A A; 5CBG A; 2B1G A; 3A8T A; 1H2N A; 1W0J G; 4JGS A; 3IGA C; 2X0L A; 2QWO B; 3I5D A; 3APQ A; 1N0J A; 5B1O A; 5KHH A; 3QO8 A; 5L3D A; 5L3C A; 4FFK A; 3ZHS A; 4BIU A; 1VQ4 V; 5KAI Z; 2GUZ A; 4X1Y A; 5GTI Z; 2YIB D; 2Q6A A; 3D3Q A; 1YI2 V; 1MMM A; 3ML0 A; 2QTS A; 2UXB O; 2QWN B; 4X1K B; 2X6C A; 2ZT9 B; 1QNM A; 3WB1 A; 2YEV B; 2YXL A; 2WPD G; 1EM1 A; 3A2F A; 4JYA B; 5H9C A; 3KG2 A; 5B3S C; 4NXN B; 3JAK A; 4H33 A; 1GMG A; 4H44 B; 1K73 W; 4I55 A; 3Q4H A; 4LBE C; 3RYF A; 1TA8 A; 2WLJ A; 3OMN B; 4LCU C; 1UFI A; 2JEU A; 5GON A; 3K3W A; 3SDL A; 4B3S B; 2H94 A; 1Y76 B; 4DV4 B; 2Q69 A; 2RDC A; 3RYI B; 3B4S A; 3HKB A; 1FS0 G; 2QEX V; 4MS2 A; 1ZL8 A; 1YSC A; 2WLL A; 5B1B B; 4MTO A; 4CH4 A; 5EC1 C; 3TXQ A; 3E8B A; 2F43 G; 4QGP A; 3VBB A; 3JAL B; 3LUT B; 4GUN A; 2F93 B; 1R6N A; 1H2L A; 4JF3 A; 2D2C B; 2IH3 C; 4KP4 A; 2HVJ C; 3GWK C; 3ETD A; 3K06 A; 1Y67 A; 2QKA A; 5KHG A; 3NR7 A; 1MSD A; 4PDV A; 2GTS A; 3T4D A; 3ZRX A; 2LP7 A; 2RMK B; 3K04 A; 2B5U A; 5IJ0 A; 2GHY A; 2FTK A; 3AEI A; 5B1N A; 3LDD A; 4NXN O; 5CA1 A; 1Z2G A; 4DV2 B; 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5KA5 A; 4EFB A; 5LOV A; 1AR4 A; 1OCZ B; 5DEC A; 1P84 F; 4IL6 Z; 1H38 A; 3ABT A; 3CYO A; 4ZBM A; 5IYB O; 1JA8 A; 2QTO A; 3X2Q C; 3MDS A; 2CGN A; 3SYA A; 2OTL V; 4ICG A; 1AJN A; 1M9N A; 1Y4M A; 1SS3 A; 1IBL B; 3ZRW B; 5DM6 V; 3LNN A; 2EIM C; 4JI2 B; 1IXM A; 5IJ9 A; 4UXN A; 2P22 C; 1JCH A; 2HKO A; 5BR8 B; 3SJQ C; 4FPP A; 4JI7 O; 2CTW A; 5KHI A; 4DV6 B; 2ZD9 A; 5L3F A; 1FXH A; 3A0R A; 4X20 B; 3B8M A; 1XNR O; 4R7C A; 3CRA A; 1AVM A; 3HKE A; 4DV7 O; 5EBL C; 4DUZ O; 1KC8 W; 2AW9 A; 3CCS V; 3M99 B; 3F7Y C; 4X89 A; 4YIO A; 3DC6 A; 4MVQ A; 5LMN B; 1R3K C; 4JI8 B; 4B3T B; 2VQE B; 3AG2 C; 2JGD B; 2P7T C; 4B7E A; 1LNQ A; 1OCZ C; 2F66 C; 2OWO A; 1G4Y B; 3OEH G; 4D7S A; 3APO A; 4R50 A; 3I55 V; 1VQO V; 3D36 A; 4F4L A; 2L35 A; 3ABM B; 4E4E A; 5J2U A; 1SQG A; 5EIB D; 3SYO A; 3SJC C; 5K1X A; 5EBW C; 1HR0 O; 1DLB A; 1ZUQ A; 1YZB A; 1YCI A; 5ITZ A; 1IBL O; 3HKB B; 3ETE A; 1XHX A; 1SER A; 1HDJ A; 1ZL8 B; 4PA6 A; 2DWE C; 3UCS C; 5BR8 O; 3BY6 A; 4UV9 A; 1P7B A; 4DV6 O; 4YY3 O; 4X9Q A; 1VAR A; 2Z5U A; 4J41 A; 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