The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
33
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI0 O; 1I94 O; 4OX9 O; 4DV0 O; 2UUB O; 4JI6 O; 1D2D A; 4X64 O; 4LF7 O; 4DV6 O; 4X66 O; 4B3M O; 3JAM N; 1HNW O; 3R66 A; 4AQY O; 2UUA O; 5FLX N; 4JI2 O; 4JV5 O; 4GKJ O; 4LF5 O; 3OTO O; 4JI7 O; 1N33 O; 1IBL O; 4JI8 O; 2FKX A; 1XNQ O; 4DV5 O; 4DV2 O; 4DR5 O; 3O65 A; 1XMO O; 5IT9 N; 2UXC O; 4B3R O; 4NXN O; 2VQE O; 4DV7 O; 4A5U B; 4KHP O; 4JI4 O; 2N74 A; 4JI5 O; 1AIL A; 4X65 O; 4DV4 O; 2UXD O; 4B3S O; 5IWA O; 4DV3 O; 3T1Y O; 4DR2 O; 4LFA O; 4JYA O; 1YZB A; 1R6T A; 5LMU O; 3J80 N; 4K0K O; 5LMN O; 4DR3 O; 4YY3 O; 4LFC O; 4OPA A; 4DR7 O; 2ZM6 O; 4GKK O; 2AGA A; 3F5T A; 1N34 O; 4YHH O; 1N36 O; 2ZKO A; 4B3T O; 3J7A U; 2DOS A; 5BY1 A; 4JI1 O; 1G1X B; 1XEQ A; 1J5E O; 1AB3 A; 3J81 N; 1N32 O; 2F4V O; 1FJG O; 1A32 A; 1IBK O; 1DK1 A; 4LF6 O; 2LW7 A; 4X62 O; 5A2Q N; 2UUC O; 4DUY O; 2DJV A; 4DV1 O; 5H5N A; 2VQF O; 2UU9 O; 4LF8 O; 1F7Y A; 1HNZ O; 4LF9 O; 1HNX O; 5BR8 O; 5BXZ A; 2HHH O; 1XNR O; 1XMQ O; 4DR4 O; 1X59 A; 2E5L O; 1FYJ A; 3T1H O; 3SDL A; 4JI3 O; 5LL6 Y; 2UXB O; 4DR1 O; 1KUQ A; 3RT3 C; 4NXM O; 1HR0 O; 3M8A A; 4DR6 O; 1R1B A; 4LFB O; 1NS1 A; 2Z0A A; 4OPH A; 2JRI A; 1IBM O; 4LF4 O; 4DUZ O; 1FKA O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1R73 A; 5F2V O; 1R6N A; 5IYC O; 4CH6 A; 4YJ2 B; 1PNK A; 1IBM B; 4JTD B; 4TT3 G; 3E8H A; 3RYC A; 1TVK A; 3DC5 A; 5CN0 A; 4ZOL A; 3WB1 A; 5CA0 B; 3F5W C; 3QG5 A; 1YIT V; 4DV5 O; 1XRE A; 3B40 A; 4PA9 A; 2JEU A; 4B3R O; 2VQE O; 5J2U A; 2EZP A; 3T4D A; 2QWR B; 3DGE A; 3HR0 A; 2OIE A; 4JI4 B; 2R9I A; 3HKD B; 4X1I A; 1W0K G; 5LMN O; 1YHQ V; 3LDD A; 4DR3 O; 4MVM A; 3OEH G; 2FML A; 2WLM A; 1X4T A; 2PI5 A; 4NTY A; 2EX3 A; 3W7X A; 3UKM A; 1WB7 A; 2B5U A; 4U3J A; 2KKW A; 2YI8 A; 4TQF A; 2PZS A; 3JD3 A; 1SRY A; 1OCO C; 4GX5 A; 4J7Z A; 5LA6 A; 1JJ2 U; 4J7K A; 3ZED A; 3E8B A; 4MVO A; 3TXS A; 1KEC A; 1Z5W A; 4FLZ A; 1JR9 A; 3EVK A; 4IHJ B; 1Q3E A; 1HNX O; 2H94 A; 4F4L A; 1AI5 A; 2XND G; 2KB1 A; 1QR9 A; 4I4T A; 3P32 A; 2HFE C; 2Q8V A; 3T1H O; 1EN5 A; 4X20 B; 1XHZ A; 3JAR A; 2CTR A; 2ILM A; 1FFX B; 4UCU A; 2CGN A; 3RYI B; 3CRC A; 4GYC B; 2WSS G; 2HVJ C; 3SPG A; 4JV5 B; 2JRI A; 1ZL8 A; 3ETE A; 1K97 A; 5EC2 C; 1Q7Y W; 1VQ5 V; 4K8Z A; 4DV2 B; 5JCO A; 3AG2 C; 1KP2 A; 2R70 A; 1F51 A; 2X6C A; 4NB5 A; 4LH6 A; 3CCQ V; 2HEP A; 4EFB A; 4F6R B; 5FLX N; 4TOI A; 4JAU A; 4LF5 O; 1YIJ V; 1MA1 A; 3K59 A; 2AZ2 A; 4O2B B; 1V9P A; 2YXY A; 1AR1 B; 5EIB D; 2BE3 A; 5IT9 N; 3M99 B; 3G71 V; 5IYB O; 5KHJ A; 2ZD9 A; 5ITZ B; 5LGN A; 1K4D C; 1XNQ B; 1ZUQ A; 1OCZ C; 3B2E E; 3TET A; 3CD6 V; 3H1I H; 2H8P C; 4G27 B; 2UXD O; 2GUZ B; 1L0L H; 4O4J B; 1AI4 A; 4O4H B; 3LNN A; 1TVK B; 5CBH A; 3K79 A; 4ZOL B; 1S5L Z; 5E1A C; 1PM9 A; 4I55 B; 1EZV H; 4LH7 A; 1PL0 A; 2LGW A; 1K33 A; 2EUL A; 2IU3 A; 1JFF A; 2ZXW B; 1YJW V; 5J2U B; 4EB6 A; 1BL8 A; 4JAA A; 2DOS A; 1F4N A; 3K0G A; 4WBN A; 4X89 A; 4NKG B; 4I9Q A; 2A79 B; 1L0N H; 2P5O A; 3E8G A; 2X6A A; 2Y69 C; 4DR6 B; 4PDR A; 4X1I B; 5KA5 A; 4RUE A; 3JD0 A; 5KAF Z; 2QDO A; 3OUF A; 3X2Q C; 4DR4 O; 3N27 A; 4U3J B; 3N2K A; 4X8A A; 4O4I A; 4JI3 O; 3OMI B; 1YJ9 V; 1JA8 A; 2UXB O; 4JZ2 A; 5B1N A; 5LA6 B; 4MVQ A; 1VQ4 V; 4MTF A; 4NXM O; 5C93 A; 2WLH A; 1NS1 A; 3MD0 A; 1GN4 A; 3L70 H; 5KHK A; 3DTU B; 3K5O A; 5CA1 A; 4EEQ A; 2GSM B; 4EFE A; 4DR5 B; 1I7F A; 3H1H H; 4D7S A; 3G67 A; 3LSU A; 1I08 A; 1TAE A; 4AQY O; 3ZMS A; 3OGC C; 3N2G A; 1RPO A; 2JGD A; 3SR2 C; 4DV4 B; 3ABL B; 5LP6 B; 2E75 B; 2QEX V; 1BSM A; 1SQP H; 3K57 A; 1M9N A; 4DV3 B; 4UCR A; 2YEV A; 2GV9 A; 4NXN O; 3GVM A; 4QPJ A; 3ZHV A; 1ZL8 B; 1O9H A; 1YDX A; 2VQE B; 3CRR A; 1YEW A; 3CYO A; 3SJB C; 1Y4M A; 2Q73 A; 1K92 A; 4F6E A; 2IW5 A; 4L87 A; 3PJS K; 1P4R A; 2Y48 A; 4JTA B; 1IBK B; 5A9G A; 3U10 A; 4X62 B; 3D36 C; 3ABM B; 3FAV A; 2Q9L A; 5C8Y B; 3OE7 G; 2N05 A; 2IJI A; 2YS8 A; 3F7V C; 4IL6 Z; 1AB3 A; 4IIJ B; 1Y67 A; 2A3Q A; 2Q0O C; 2Q7G A; 4H37 A; 2ITC C; 2EIJ B; 2DJV A; 4MTX A; 3K0D A; 3IFX A; 4LF8 O; 4LF9 O; 2EIL C; 1GN6 A; 2XT9 A; 4QGP A; 5IJ9 A; 3ZJZ A; 3P30 A; 1JFF B; 3CC7 V; 2ZE8 A; 3FYE B; 2VRZ A; 1HNX B; 4J42 A; 4EB6 B; 2V4D A; 2DN9 A; 4X66 B; 2PF4 E; 1AI7 A; 1HNW B; 5HFM A; 1FD9 A; 4CC6 A; 4MVZ A; 3TGU H; 4GX1 A; 3OTO B; 4LF4 O; 5L3E A; 1I5Y A; 3TCU A; 4FZ0 A; 4RWU A; 2WLL A; 2EBO A; 4X64 O; 4DV6 O; 2XAJ A; 3FB6 C; 3W7W A; 1V55 B; 3AG3 C; 3R66 A; 2KG7 B; 4G2K A; 5EBW C; 3OEE G; 2M6Y A; 4X65 B; 4O4I B; 2IBZ H; 3B8N A; 1EZJ A; 2LFR A; 4DR2 B; 3ZMT A; 2JEX A; 4LF5 B; 1M56 B; 1Y6X A; 2LO1 A; 5CA1 B; 1V54 B; 1IXM A; 1BS3 A; 1GTO A; 2C2A A; 3CJH A; 5KHH A; 1QHT A; 4X88 A; 1MZE A; 3KCY A; 1S72 V; 1UFI A; 2GTS A; 4W4L A; 3N2G B; 2EIM B; 4B3T B; 1Q81 W; 2ETN A; 2WPD G; 2JGD B; 2UXD B; 4J9Z B; 3SYQ A; 3J80 N; 3CCU V; 4WFG A; 2CH7 A; 4MTO A; 1R3L C; 4BIZ A; 5EZY B; 1YVW A; 2YEV B; 3CWB H; 1BT8 A; 1GM7 A; 1GH6 A; 3KG2 A; 2JJ1 G; 4MS2 A; 3WG7 C; 3J7A U; 5BY1 A; 2X0L A; 1FXK A; 2EJ7 A; 5EBL C; 2F23 A; 1P7B A; 2WLJ A; 1M57 C; 4K8X A; 3GB7 C; 1CEZ A; 2UU9 O; 4LCU C; 3RBZ A; 3RVY A; 3ABT A; 1VQP V; 4PI0 A; 5CBF A; 4BIO A; 2X7R B; 2DQ3 A; 5B1A C; 5KLV H; 1KKD A; 2MW2 B; 4P9P A; 4RO2 A; 4DR4 B; 4R8C A; 3THO A; 2OYQ A; 1I5X A; 1ENV A; 4GX0 A; 4NXM B; 3ASO C; 1H8E G; 2ZR3 A; 3AK1 A; 1FAF A; 4X9Q A; 1NT2 B; 4TUY B; 2R72 A; 4U7N A; 2O57 A; 5IJ9 B; 3RYF A; 3CPW U; 1QNM A; 1NJI W; 1NKD A; 1Y76 B; 1TUB A; 4DRX B; 2F43 G; 4JV5 O; 3RYH A; 1WJZ A; 4I50 B; 4AQY B; 2QM7 A; 4DV2 O; 1IUR A; 3JD4 A; 4FJC C; 5DED A; 4PDM A; 3R65 A; 1OV9 A; 1RM1 C; 1NTM H; 2RMK B; 1UPG A; 4X1K B; 4QNH B; 4I0X A; 5GTH Z; 1T5E A; 3ZMV A; 3RWR D; 2WLL B; 4NXN B; 3FYI B; 5LBQ A; 5KHG A; 4IT5 A; 3K9A A; 1YZB A; 2Q69 A; 1R6T A; 2JS3 A; 2QKC A; 3K5L A; 3H1L H; 3P3P A; 1NBM G; 1VQ9 V; 3APO A; 2ZM6 O; 1AI6 A; 3RGB A; 2LFS A; 4UVC A; 2WWW A; 1JPX A; 3CJH B; 1NVP D; 4FPP A; 4TV8 A; 4OGQ B; 2ZIN A; 3ZRX A; 1NTZ H; 1DK1 A; 3HKE A; 1Z2G A; 1IZ3 A; 4UCV A; 5FPO A; 2RJZ A; 2CH7 B; 5TIS Z; 4UVA A; 2QWQ B; 2AHZ A; 2BTQ A; 3DXR A; 4UV9 A; 1WB8 A; 4RQE A; 3AG7 A; 4MW3 A; 5LL6 Y; 4J10 A; 3ETQ A; 2E76 B; 4ABM A; 1OCR C; 1WPX A; 4DR6 O; 2DYR C; 1WPB A; 3AK3 A; 4LNU A; 4J41 A; 2B1G A; 2VS0 A; 3VQX A; 3GWO A; 3ABU A; 1BHB A; 1GN2 A; 2P6J A; 1SF9 A; 2LW1 A; 1H38 A; 1KYO F; 4LF4 B; 3JAM N; 1GK9 A; 1R3J C; 5JVD A; 2DYS C; 4DV6 B; 3CME V; 2VWJ A; 2FKX A; 3W7U A; 1CPY A; 2V7Q G; 3JD2 A; 4DR5 O; 3GWK C; 5J2T B; 3L75 H; 2YSU B; 3IAY A; 3FX7 A; 1SES A; 3AG4 C; 1ZSP A; 2FL4 A; 4DV4 O; 1US6 A; 4UVB A; 4N21 A; 1ZWI C; 4HNA A; 4B08 A; 1XIL A; 4DV3 O; 2BOC C; 3RYF B; 3JAL A; 2X6B A; 1TUB B; 3OAA G; 3SPI A; 3RYH B; 3ZN0 A; 2QJ1 A; 5JJE B; 3ZRW A; 2QE7 G; 3FD9 A; 1VMG A; 1N36 O; 2Q67 A; 3LDE A; 4AI8 A; 4I0X B; 1PD3 A; 4JI1 O; 1EN4 A; 1TA8 A; 1MOF A; 1QQC A; 1H2M A; 3H9V A; 3BEH A; 1IBK O; 3ABK B; 3JCU Z; 4X62 O; 1QCE A; 1JOY A; 1Q6H A; 5FL7 G; 1NQT A; 2B9Z A; 5B1B B; 2YID A; 2IJK A; 1F23 A; 2UU9 B; 4JI0 B; 3OM3 B; 4DV0 B; 2UUB B; 1H8H G; 4FM2 A; 1WP7 A; 3APQ A; 5IY5 B; 1KP3 A; 1KD1 W; 3CCM V; 3K03 A; 1H2N A; 2DWE C; 4TV8 B; 4MT8 A; 4GKJ B; 1VQK V; 3HKE B; 3L74 H; 3JAS A; 2YIC A; 4X66 O; 3FB7 C; 1HNW O; 2IH3 C; 2BTQ B; 1WAZ A; 4D6T H; 2PYJ A; 3OTO O; 4IGG A; 4ZHQ A; 3BVO A; 1OCC B; 2JK5 C; 4LNU B; 2UXX A; 2UXC O; 3FFQ A; 4MVR A; 4A5U B; 3A8T A; 2N74 A; 4X65 O; 4PA6 A; 4JYC A; 2AXT Z; 4O4L A; 4WFA V; 2DWD C; 2CGO A; 1BCC H; 4DR2 O; 3JAW B; 2NN4 A; 2WLI A; 4MVS A; 1SA0 A; 1ZX3 A; 2Y0I A; 5B3S B; 4PA3 A; 4H0L B; 4B3T O; 1GM8 A; 2ZM6 B; 3JD1 A; 3EFF K; 3J81 N; 3RYC B; 2E5L B; 4JTC B; 2ZDI A; 2Q4P A; 5B66 Z; 4QJF B; 3JAL B; 4DR1 B; 1MSW D; 3E83 A; 1SQG A; 3L71 H; 2XOK G; 5DN6 G; 4ASU G; 2D3O W; 3DSQ A; 3SYA A; 3ZRW B; 2QA4 V; 1BGY H; 2XHB A; 1JVM A; 3C3T A; 4KFM A; 4QPK A; 3ZMU A; 3MHS C; 1K34 A; 1E1R G; 4OPH A; 2P67 A; 3OR7 C; 3JAT A; 1N33 B; 1FKA O; 4OX9 O; 2M7W A; 3UCS C; 5IYD O; 1XMO B; 1N0J A; 4XDL A; 3ZX6 A; 4FM1 A; 3QO5 A; 1EBO A; 4JI8 O; 2PTM A; 4YJ3 A; 1AVM A; 2OIG A; 2ZXW C; 2EZO A; 4JYA B; 1NVP B; 4ICG A; 3B4S A; 2ZQM A; 5LHI A; 4I4T B; 1H2G A; 3JAS B; 3H01 A; 4U3F H; 5H6R A; 3QNE A; 1SQF A; 2Q68 A; 3E8F A; 4IYI A; 3ICX A; 3JAR B; 1VAR A; 4KP4 A; 2W0F C; 2CTW A; 4ZHQ B; 4MVU A; 1HW7 A; 2HJD A; 4JPR A; 3ZS8 C; 1K9M W; 4CS2 A; 1YF2 A; 1B3Q A; 2VQF B; 1D5A A; 1ZTE A; 5BR8 B; 1L8D A; 4PI2 A; 5DEC A; 1XMQ B; 3OGI B; 4J9Y B; 3STL C; 2DW4 A; 2YI9 A; 4O4L B; 1N36 B; 2F66 C; 1U97 A; 3I5D A; 2OCC B; 4JI1 B; 3ASN B; 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1HNZ O; 1V55 C; 2JIZ G; 4BWA A; 3NXS A; 1MZF A; 4EKW A; 4DXW A; 1M90 W; 1FYJ A; 1PNL A; 4JI6 B; 4Z1V A; 3E89 A; 4B7E A; 1PP9 H; 1PL4 A; 2P4K A; 3K5M A; 4CH3 A; 4PDV A; 2JDI G; 2OTL V; 4LFB O; 4ZBM A; 1V54 C; 3CCS V; 2W0X A; 5K1P A; 2WLK A; 3CCE V; 4KXR A; 1MAB G; 3JSL A; 3RVZ A; 4JI0 O; 3OTF A; 4DV0 O; 2UUB O; 4PV1 B; 4DK0 A; 3HKC A; 3PN1 A; 1RPR A; 1Q82 W; 5B1O A; 2EIM C; 1NTK H; 4MSW C; 3FAV B; 4OX9 B; 2FTK A; 4JI2 O; 4GKJ O; 4PA7 A; 3CCJ V; 3HKB A; 2Q0A A; 3EHB B; 5JQG A; 2BSK A; 4P30 A; 3CCR V; 4MW8 A; 5FNV A; 1SQV H; 4PD4 F; 4TQD A; 4JI8 B; 1IDS A; 3AEI A; 4GLX A; 4YY3 B; 1FXV A; 4DW1 A; 3OR6 C; 1K7D A; 2A7W A; 1VQ6 V; 2EIN B; 3A2F A; 5IYZ A; 1HP8 A; 4LWS B; 1P49 A; 1HWY A; 1ZAU A; 1E79 G; 5EIB C; 1M93 A; 2P22 C; 4FZ1 A; 4H44 B; 2AGA A; 4Z1M G; 2HP8 A; 2E74 B; 3BAA A; 3WU2 Z; 4HZ3 A; 2HHH B; 4JGS A; 3K5N A; 4UUJ C; 1YJN V; 3Q4H A; 1K5S A; 3VBB A; 1IXB A; 1QR8 A; 2UXN A; 2XAS A; 3CS5 A; 4MTG A; 1KKC A; 4X1Y A; 3K9S A; 4ZIB A; 4O2A A; 2QWN B; 1KMI Z; 4DV1 B; 5CMU A; 5IWA B; 4WF9 V; 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