The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
TVLHVQEIRDMTPAEREAELDDLKTELLNARAVQAAGGAPENPGRIKELRKAIARIKTIQGEEGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The kink-turn: a new RNA secondary structure motif.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
23S RRNA
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| total genus |
25
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-07-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF00831 | Ribosomal_L29 | Ribosomal L29 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N8R W; 1YJW V; 1M1K W; 1VQO V; 3CME V; 1S72 V; 3CCE V; 1KD1 W; 1VQN V; 3CCQ V; 3CCJ V; 1VQ6 V; 1K9M W; 3CC7 V; 1QVF U; 3CD6 V; 1VQK V; 1VQM V; 2OTL V; 2QA4 V; 1R73 A; 4WCE V; 1W2B U; 1Q82 W; 1Q86 W; 3CPW U; 1NJI W; 1M90 W; 3CCU V; 1JJ2 U; 4WF9 V; 4WFA V; 1KC8 W; 1VQ8 V; 1VQL V; 5DM6 V; 3G4S V; 4WFB V; 3G6E V; 1VQ9 V; 2OTJ V; 3CCS V; 3I56 V; 1VQ7 V; 1K8A W; 1YIT V; 2QEX V; 2D3O W; 1K73 W; 3CC4 V; 3G71 V; 3CXC U; 3OW2 U; 1YHQ V; 1Q7Y W; 3I55 V; 3CMA V; 3CCR V; 1YIJ V; 1VQ4 V; 3CCL V; 1YI2 V; 3CCM V; 1QVG U; 3CCV V; 1VQ5 V; 1YJ9 V; 1KQS U; 3CC2 V; 1Q81 W; 1VQP V; 1YJN V; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I5D A; 3BA8 A; 2N05 A; 4RAI A; 3L75 H; 3KCY A; 4RQF A; 4J9Z B; 1NZ6 A; 4D7S A; 3BHP A; 5TIS Z; 2WWW A; 2QKS A; 1P84 F; 3H01 A; 4DV7 B; 5D5Q A; 4X65 B; 2NLJ C; 4YJ2 B; 2QM8 A; 4G2K A; 1X59 A; 3FKS G; 3RW0 A; 4DV0 B; 2QWN B; 2F4V B; 1QVG U; 1G8M A; 2P4K A; 1M57 B; 3K0D A; 4YJ2 A; 3GWK C; 3RBZ A; 1MAB G; 1M9N A; 1GN6 A; 4LF4 O; 4H13 B; 2ZDI C; 3KZI Z; 1W0K G; 1M5I A; 5B1B C; 2WLJ A; 5KMG B; 4QE7 A; 4Z2W A; 1IBM B; 3ETQ A; 2JEU A; 4MTO A; 4LF6 B; 1PL0 A; 4W4L A; 2BTO A; 2B1G A; 1H2S B; 2Q5Z A; 2JK5 C; 3A2F A; 2RCV A; 4UVC A; 5KMG A; 4NB5 A; 1FJG B; 2ZE5 A; 4AIL C; 3JSL A; 3P3P A; 3J80 N; 2YID A; 1BE3 H; 3UO2 A; 2WLI B; 4JZG A; 2Y4U A; 4O4L B; 2DW4 A; 3AG2 C; 5LGT A; 1JA8 A; 2K1E A; 4UXN A; 4EB6 B; 4JI2 O; 4UCT A; 4FZ1 A; 4CC6 A; 2JJ1 G; 3B8M A; 3CXC U; 2L35 A; 5IJ0 B; 2WLI A; 2ZE6 A; 4O4L A; 4B3M O; 2LQT A; 4J41 A; 4DR5 B; 4EB6 A; 1PNL A; 4PJ0 Z; 4X66 B; 1K9M W; 4FFK A; 1VQ8 V; 1THZ A; 1AI6 A; 5IJ0 A; 1F4N A; 4MW8 A; 1P7G A; 1YVW A; 2OCC B; 3W7T A; 1AJN A; 2ZT9 B; 2Q67 A; 3JCU Z; 3CC2 V; 3VQY A; 4JAS A; 4WFH A; 3CB2 A; 2Y0I A; 1H2M A; 3CJH B; 1KMI Z; 3ZS8 C; 3TCU A; 3I56 V; 2N04 A; 1XEQ A; 1IUR A; 5CBG A; 2AZ2 A; 5JCO A; 3H1J H; 4P9P A; 1RPO A; 3CS5 A; 1RP3 B; 1UFI A; 1IDS A; 3CJH A; 3S3W A; 3N2K B; 2ZM6 O; 5FPR A; 2ADP A; 4P30 A; 3CPW U; 2ADQ B; 4DXW A; 2F95 B; 2WPD G; 3OTO B; 3E86 A; 3QO5 A; 3FB7 C; 2EIM C; 2W6J G; 4X20 B; 3N2K A; 4HZ3 A; 4JI3 O; 2UUA B; 1VEW A; 1WA8 B; 1W59 A; 3E8B A; 4FPP A; 2YXY A; 5EYP B; 3ZRS A; 5KA6 A; 4DV2 O; 1L1F A; 3QNE A; 1NTM H; 1SQV H; 4DW1 A; 1N36 B; 4X64 O; 4DR4 B; 4AI8 A; 2PUS A; 4KFM A; 1T5E A; 5KA5 A; 1PPJ H; 4LCU C; 1QCE A; 3ASO B; 3P32 A; 1MMM A; 3ZMT A; 3K9S A; 2WLL B; 1H38 A; 2CTW A; 3ZED A; 2RN9 A; 1OZ0 A; 1GO3 F; 2W0F C; 5GTH Z; 1XHZ A; 3A8T A; 4QJF B; 1UPG A; 2WLL A; 3D8C A; 4PA3 A; 3OUF A; 1YF2 A; 2ZIM A; 1HR0 B; 3B40 A; 3E22 B; 2OIG A; 1RFY A; 3K59 A; 5L3F A; 2FML A; 1Y76 B; 3FD9 A; 5KHI A; 1Z2G A; 3ZHT A; 2H94 A; 3FX7 A; 4R8C A; 2MK3 A; 2IU0 A; 3ZBH A; 1SF9 A; 3E22 A; 1Y76 A; 3SDL A; 4WFF A; 2ODM A; 3N27 A; 2AGA A; 3DTU B; 4FLX A; 4NKG B; 3THO A; 2ZDI A; 3SJQ C; 4O4I B; 3JD2 A; 4OXS A; 1GN4 A; 1WJZ A; 1E1R G; 1NQT A; 1AJP A; 2HFE C; 3VQX A; 2BTQ B; 5B3S C; 3CSX A; 3K5N A; 3CCV V; 1QLE B; 1JJO A; 2QKA A; 3DGE A; 3JYC A; 4O4I A; 2Q73 A; 3CX5 F; 1OJH A; 4JAU A; 3W7S A; 4BR6 A; 1X4T A; 2BTQ A; 4UV8 A; 4GYC B; 2ZCE A; 3ZIA G; 1DGS A; 2IJH A; 1VQL V; 3SGI A; 2YXL A; 4DV4 O; 1NS1 A; 4N23 A; 4PDM A; 5LP6 C; 1NH2 D; 3SYQ A; 4JI6 O; 5C93 A; 2C2A A; 3ZMZ A; 1TGO A; 1Q90 D; 3ABL B; 4U3J B; 1I94 B; 4TOI A; 4NXN O; 2DQ3 A; 1OCC C; 3CRR A; 1M90 W; 1JCH A; 4YY3 O; 1AP6 A; 4JYC A; 2FB5 A; 2YUA A; 4BIZ A; 3R65 A; 2QM4 A; 4XDK A; 1B6Q A; 2WA4 A; 3JCZ A; 5EIB D; 4U3J A; 3OR7 C; 4TV9 B; 4TUY B; 4FLV A; 2V4D A; 4FM2 A; 4CS4 A; 2EIL C; 4DV1 B; 2B9Z A; 3CME V; 2CUG A; 5L3E A; 5IDJ A; 1OHH G; 1FFX B; 1AJQ A; 4TV9 A; 4TUY A; 3RYH B; 4QPJ A; 1RM1 C; 3OGI B; 1OCO C; 4D7T A; 3B2E E; 3ABK C; 1PL4 A; 4LF5 O; 4DW0 A; 1FFT B; 4H33 A; 3TET A; 3BAA A; 1FFX A; 3ABM B; 4I5S A; 1D5N A; 1HP8 A; 3W7U A; 1BMF G; 1QNM A; 3APQ A; 3ZMV A; 1FD9 A; 3FFQ A; 3M99 B; 1Q82 W; 1AB3 A; 1PM9 A; 2VQF B; 4DR3 O; 1QLN A; 3SYP A; 1F51 A; 4J11 A; 1SKV A; 1GM7 A; 2YIB A; 5L3C A; 1SQF A; 3EHB B; 1XNQ O; 2UXD B; 3JD1 A; 5EBW C; 4JZ2 A; 4IIJ B; 3X2Q C; 3WFV A; 3FAV B; 5LMN B; 1OCZ B; 5LMU B; 5B1A B; 1N4C A; 1SC5 B; 3MDS A; 1CXZ B; 3RVY A; 3BEH A; 1NVP B; 4DR6 O; 1XMO B; 3QTC A; 5LBQ A; 1D2D A; 2XHB A; 1K73 W; 2OIE A; 4IIJ A; 2ZKO A; 3FAV A; 2OWO A; 3CXH F; 2UXB O; 5A2Q N; 4NXM B; 3UT5 B; 1S5L Z; 2EIN B; 1YSC A; 3U11 A; 2VWJ A; 5L3G A; 4R50 A; 2EIJ B; 1KUQ A; 1NBM G; 1B06 A; 1GKF A; 4OX9 O; 3C3T A; 1FXK C; 3UT5 A; 2EZP A; 3EVK A; 2HVJ C; 3ZCC A; 1AR5 A; 2R9R B; 3T1Y O; 3TK1 A; 2WLH A; 1J5E B; 2HP8 A; 4K0K O; 2EJ7 A; 4UV9 A; 5H2F Z; 4GKJ B; 2M7W A; 2VQE O; 2CTR A; 4JI8 O; 1IZ3 A; 1QU7 A; 2D2C B; 2BSK B; 4C7U A; 4KHP B; 4ZIB A; 4JF3 A; 3WG7 B; 1KYO F; 1HW7 A; 2A9H A; 2DYS C; 4CH6 A; 3ICX A; 2UXC O; 2P06 A; 1HNX O; 3SJC C; 2BSK A; 4LFB O; 4LFC O; 2LP7 A; 1GAX A; 4PI0 A; 1KD1 W; 4GKK O; 4JTC B; 2PY5 A; 2XND G; 1HNZ O; 3OD4 A; 1NTZ H; 3K08 A; 4B3T O; 1W2B U; 1KB9 F; 3SJA C; 3AG1 C; 1XMQ O; 2Q0A A; 1L0L H; 1VMG A; 4JI3 B; 3HKB B; 4GX5 A; 4FLW A; 1PD3 A; 1A32 A; 2D3O W; 4LF8 O; 4O2B B; 4K8Z A; 4DV2 B; 1L8D A; 2EJR A; 2YS8 A; 1US6 A; 2Z5U A; 1AIL A; 2A06 H; 2MW2 B; 4BAY A; 3HKB A; 1Q86 W; 1WN7 A; 4F6R B; 4YHH B; 2FTK A; 3DC6 A; 5KX5 B; 4HYO A; 1GH6 A; 5CA3 A; 5B5E Z; 1P49 A; 5KHH A; 1Z5V A; 3AG4 C; 3QG5 A; 4PV1 B; 5F2V O; 2UU9 O; 5KX5 A; 3RYI B; 4IT5 A; 2AXT Z; 4TQF A; 3G4S V; 2Y69 B; 1N32 B; 3PN1 A; 2UUC B; 4J7J A; 1XNR B; 3L9D A; 3WB0 A; 2QWP B; 3OE7 G; 2CDY A; 4J80 A; 4PD4 F; 1M56 C; 1XHX A; 1Y74 B; 4AQY B; 3RYI A; 1H8H G; 5FNV B; 2EIK C; 5JJE B; 3VOU A; 3WU2 Z; 5IY5 B; 4LF7 B; 1NTK H; 3S3X A; 5CBF A; 5EIB C; 3CCU V; 2XUM A; 4E2L A; 2B1I A; 1Y74 A; 3RWR D; 1FKA O; 1GN3 A; 1VQ7 V; 3UQ8 A; 1IBL O; 5IWA O; 4X62 O; 3OM3 B; 2W0X A; 2V7Q G; 2HHH B; 1OCR C; 1LUW A; 4BIO A; 1JVM A; 5KLV H; 2ZXW C; 3BPZ A; 5GW7 A; 2P90 A; 2VS0 A; 3D36 A; 2AZ0 A; 3LDE A; 1UJW B; 1CPY A; 2DOS A; 4OGQ B; 4NTY A; 4DRX B; 2XAG A; 3VQW A; 5CN0 A; 4JI4 O; 3AG3 C; 1BL8 A; 3UO3 A; 3RT3 C; 4LFA B; 5E1A C; 5IYD O; 1GMG A; 3RVZ A; 2FYU H; 1NKD A; 2DYR C; 3JD0 A; 3ETE A; 1LNQ A; 4I55 B; 4DRX A; 2JVD A; 4J42 A; 1WPB A; 1YTF B; 3A0B Z; 3U0Z A; 1S77 D; 4JI5 B; 4MW3 A; 4IGG A; 2A0L A; 4RO2 A; 2KKW A; 5LXT A; 1JR9 A; 4I55 A; 5J9P C; 3CCR V; 3SYA A; 3VBB A; 1KKD A; 1Q81 W; 4FLU A; 4MTF A; 3HKD B; 2HJF C; 2LFR A; 3K03 A; 1MZE A; 3P30 A; 3JSN A; 2QWO B; 3G80 A; 4Q6G A; 3H9V A; 4DV5 O; 4UUJ C; 1PNK A; 4YJ3 A; 3HKD A; 2YDE A; 1BZK A; 1Q6I A; 4I4T B; 3I55 V; 1D5A A; 4DK0 A; 4PDL A; 3SPH A; 4PA7 A; 4H44 B; 2CK3 G; 5B1N A; 2JGU A; 5H6R A; 3H1L H; 1BHA A; 2P22 C; 2CGO A; 4B3S B; 4DUY O; 4I4T A; 1EBO A; 3K0G A; 4GX2 A; 1ORQ C; 2XAJ A; 4JI0 O; 4DR7 O; 4JYA B; 4HNA B; 5BMV B; 1V55 C; 4NVP A; 2IH1 C; 3OMI B; 4GCZ A; 4QIW F; 4ZKI A; 1Q7Y W; 3JAM N; 3IJ4 A; 4JI1 B; 1N0N A; 3JAT B; 1VQ5 V; 4ZI7 B; 1N8R W; 1K5Q A; 4HNA A; 5BMV A; 4JI7 O; 4FLT A; 1S0V A; 3JAT A; 1R3L C; 3JAK A; 1J95 A; 3M7M X; 4ZI7 A; 5BR8 O; 1Y6X A; 4QPK A; 3CC4 V; 1RPR A; 4DR2 B; 1CEZ A; 4CS2 A; 1IVS A; 4IYI A; 3QO8 A; 3ASN C; 5EZY B; 4DUZ O; 3KG2 A; 2Y4T A; 1N33 B; 1KP3 A; 3ETD A; 2BE3 A; 2XAH A; 5IYB O; 3CRM A; 2QM7 A; 2W6I G; 1AR1 B; 4B3R O; 5EZY A; 4QE9 A; 1YXB A; 2KG7 B; 5CA1 B; 1ZTE A; 4H37 A; 1Y4M A; 5KAI Z; 1P4R A; 1W0J G; 2G38 A; 1K92 A; 2WLM A; 1I08 A; 1YJW V; 1VIB A; 2KG7 A; 5CA1 A; 1K97 A; 2PGG A; 3RYC B; 5BY1 A; 4DV6 O; 4WFA V; 3JAR A; 4CZZ A; 1K33 A; 2LW7 A; 3R66 A; 4ABM A; 1ZAU A; 1HNW O; 2HG5 C; 4R6Z A; 5CB4 A; 3RYC A; 3A0H Z; 4O2A B; 2F23 A; 3O65 A; 3LSU A; 1YJ9 V; 3G6B A; 1N34 O; 1M1K W; 3STZ C; 1FXV A; 1EZV H; 3IC7 A; 4EFB A; 5IJ9 B; 2P7T C; 3HKE B; 4O2A A; 3KCX A; 3G6E V; 3OMA B; 3E8H A; 4MTX A; 3K58 A; 2IBZ H; 4FZ0 A; 1TA8 A; 5IJ9 A; 1VQ4 V; 3ZMS A; 1Z5W A; 3NXS A; 2QWR B; 3HKE A; 1VQP V; 1VF6 A; 4JV5 B; 4MVZ A; 4I9Q A; 4J9Y B; 2UUB B; 3CEI A; 3BFR A; 1GK9 A; 2R70 A; 3WB2 A; 4LF8 B; 3LSS A; 2OCH A; 2DYR B; 4J10 A; 4K8X A; 3A0R A; 1GM9 A; 2DJV A; 5B1B B; 5JVD B; 3LNM B; 2HJD A; 3OTF A; 1KEC A; 3ZN0 A; 2E5L O; 4DO2 A; 2PI4 A; 2O57 A; 4DV3 O; 2BCC H; 5JVD A; 4DR1 B; 3D3Q A; 1SS3 A; 2FL4 A; 5AG2 A; 2B5U A; 3AG2 B; 2A7W A; 4UCO A; 1Q6H A; 3F7Y C; 4EEQ A; 2CTQ A; 3DC5 A; 1YZB A; 4WFE A; 1GN2 A; 5D5P A; 1K34 A; 2CGN A; 4UVA A; 4Z1V A; 4DV7 O; 2CE4 A; 5EBL C; 1M93 A; 2FKX A; 3OEH G; 4X65 O; 1DK1 A; 4BIU A; 2Q9L A; 2ZIO A; 3T1H B; 4DV0 O; 2AHZ A; 4LF9 O; 2F4V O; 2PYJ A; 1H2G A; 2P4V A; 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4ZBM A; 5BR8 B; 2HEP A; 3ZHU A; 2R9A A; 3MAQ A; 3F5W C; 2Y48 A; 3AEI A; 4X1I B; 1N36 O; 2DWD C; 2AHY A; 3K3W A; 4DR4 O; 2YSU B; 4YIP A; 1F4M A; 1FXH A; 4CH4 A; 4DUZ B; 2N74 A; 5ITZ B; 1WP8 A; 2ZM6 B; 2UXX A; 5EBM C; 1YDX A; 4P2Z A; 4GLX A; 4X89 A; 4U7N A; 1YCI A; 2Z3Y A; 4X1I A; 5B3S B; 3KKY A; 4UCR A; 2YEV B; 5ITZ A; 2OTJ V; 1GM8 A; 3K79 A; 4JGS A; 4GX0 A; 3HR0 A; 5KHK A; 3ZRX A; 3CCM V; 4G28 B; 4RUF A; 2YEV A; 4J7K A; 2RMK B; 2CTP A; 3L73 H; 4X64 B; 2OCC C; 4X1Y A; 1JPX A; 4B7K A; 5LP6 B; 1H2N A; 2QGN A; 2ZR3 A; 2Q7E A; 1AR4 A; 1HR0 O; 5B66 Z; 5JCO C; 4TSF G; 4G27 B; 4MSW C; 1OCC B; 1QQC A; 1YIJ V; 2EX3 A; 5LP6 A; 3E35 A; 1WAZ A; 4HAM A; 5JH7 B; 2JGD B; 1WB7 A; 3CYO A; 4FIP C; 1QHT A; 3FB6 C; 1KU9 A; 4NTW A; 2QTO A; 3IC9 A; 5JH7 A; 2EIL B; 2JGD A; 1K8A W; 2ZNJ A; 2H8P C; 1SQX H; 4I0X B; 1YHQ V; 3RGB A; 4MVU A; 2HVK C; 1ZSP A; 2OT5 A; 1RM1 B; 1JMK C; 1OCO B; 3W7W A; 2ILM A; 3CCE V; 3ABK B; 3M8A A; 3NR7 A; 4Q20 A; 5J2T B; 4I0X A; 1NVP D; 2DN9 A; 4JAV A; 1K5S A; 4X1K B; 1YIT V; 1QBZ A; 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