The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
65
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structure length |
60
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Chain Sequence |
GIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQAGGWMEWDREINNYTSLAHSLIEESQNQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interhelical interactions in the gp41 core: implications for activation of HIV-1 membrane fusion.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transmembrane glycoprotein GP41
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
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| total genus |
25
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| structure length |
60
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H01 A; 1DF5 A; 2LP7 A; 3P30 A; 1F23 A; 1JQ0 A; 4FJC C; 4N23 A; 4JGS A; 1MOF A; 1QR8 A; 1I5Y A; 1QR9 A; 1ENV A; 1QBZ A; 5KA5 A; 4E2L A; 1MG1 A; 1JPX A; 3MHH C; 1DLB A; 5HFM A; 3WFV A; 3B77 A; 3M99 B; 2P6J A; 2M7W A; 3CYO A; 2X7R B; 1Y66 A; 4JF3 A; 4JPR A; 5KA6 A; 1EBO A; 2EZP A; 5H9C A; 1Y4M A; 3B8N A; 2OT5 A; 2EZO A; 2MK3 A; 4FIP C; 2EBO A; 5HFL A; 4FK5 C; 4G2K A; 1K34 A; 3MHS C; 5CMU A; 5CN0 A; 1DF4 A; 1K33 A; 1I5X A; 1QCE A; 3B8M A; 3CP1 A; 3GWO A; 4N21 A; 1SZT A; 3K9A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQK V; 4JI0 O; 3ZRW A; 3FB8 C; 2QE7 G; 2VQE O; 1PP9 H; 2VWK A; 3P3N A; 4H0L B; 3CRQ A; 3B2E E; 3HKB B; 1S5J A; 5CA0 B; 3SYP A; 4UUJ C; 2KG7 B; 4DYL A; 4DV2 O; 3HKD A; 2AGA A; 4OXS A; 5LYJ A; 4PV1 B; 4FMT A; 1LNQ A; 5GW7 A; 1R3I C; 4TV9 A; 1K34 A; 5KMG A; 1H8E G; 1HNX O; 2UUB O; 1WLE A; 1NBM G; 3OEH G; 2F93 B; 1I5Y A; 1ZAU A; 2ZDI A; 3MAQ A; 4JI3 O; 2CH7 A; 4R6Z A; 5D5Q A; 1JX9 A; 4DV5 O; 2EZP A; 2PTM A; 4NVP A; 2A7W A; 5IWA O; 3RW0 A; 3ZHR A; 3FFQ A; 2CGO A; 2PYL A; 4DUY O; 3A8T A; 4H13 B; 2ZIN A; 4RUF A; 3RGB A; 3HKC B; 2EJ7 A; 1NTZ H; 3AK1 A; 3OR7 C; 3K03 A; 5EZY A; 3G6E V; 3RFR A; 2P5O A; 2D2C B; 1PV0 A; 1Q6U A; 4H44 B; 1TVK B; 4B3R B; 2N04 A; 1MSW D; 1FXK C; 3L9D A; 2L6L A; 3K08 A; 2LQT A; 1XNR B; 2XUM A; 5IJ0 B; 1VQ7 V; 3CPW U; 2EIK B; 3E8H A; 3ASN B; 1QVG U; 1VEW A; 5LMN B; 2ZXW C; 1H38 A; 1W0J G; 2L35 A; 3H1K H; 2QWR B; 1E1Q G; 4L8J A; 2XOK G; 3LSQ A; 4FIP C; 4GYC B; 1MZE A; 1Q82 W; 5JH7 B; 4DR1 O; 1DF4 A; 2RQ6 A; 4FK5 C; 4J7K A; 4ABM A; 4K0K B; 1HDJ A; 1L0N H; 1TUB B; 3H1I H; 1N0J A; 5DEC A; 1IX9 A; 3ZHT A; 2DMX A; 4J11 A; 2F1M A; 3BEH A; 3H1L H; 2ZE7 A; 3BRC A; 1SQB H; 1QLE B; 3EHB B; 4TOI A; 4B3T O; 1G6U A; 3B09 A; 3Q4H B; 2IH3 C; 2YS8 A; 3HKE A; 3RYF A; 3K9A A; 1N34 O; 5IYZ A; 5L3D A; 5FPO A; 1NI8 A; 5B1B B; 2ZQM A; 3K57 A; 1FFT B; 2YI8 A; 4I50 A; 1YXB A; 1NU1 H; 1FAF A; 2LFR A; 1HW7 A; 3CRR A; 3W7X A; 1ZL8 B; 3BFR A; 2GSM B; 5C8Y A; 2MK3 A; 2FB5 A; 4CC6 A; 4O4J B; 4EB6 A; 2Y48 A; 3ASO B; 1FXK A; 2E75 B; 2GTA A; 1KEC A; 2QWO B; 5L3B A; 5H6R A; 2X6C A; 4GT1 A; 3OTF A; 3B40 A; 2N05 A; 2OCH A; 4FLT A; 1EN6 A; 1NKD A; 3LNM B; 3TET A; 2AXT Z; 3OT7 A; 2LGQ A; 2V1D A; 4U7N A; 4LFC O; 2R70 A; 4MVR A; 3JD4 A; 4IYH A; 3FAV A; 1FS0 G; 1XBL A; 4TQF A; 3K5N A; 1CPY A; 3TGU H; 4Z1M G; 4B3S B; 1MA1 A; 2UXD B; 1V54 B; 4BW9 A; 1HR0 O; 3AG1 B; 1YIJ V; 3MD0 A; 3IFX A; 4LF7 O; 4YJ2 B; 4X66 O; 2IU3 A; 1GAX A; 5IJ9 A; 4J7Z A; 1Q3E A; 5KHH A; 2WLI B; 2EBO A; 5BMV B; 1WB8 A; 2P7T C; 1VQ8 V; 1N0N A; 2QM8 A; 4JI2 O; 5KX5 A; 1BCC H; 2OCC B; 4TUY B; 3E22 A; 5CA3 A; 4LF4 O; 2QWQ B; 4GCZ A; 2YI9 A; 1M93 A; 1TUE B; 4X1K A; 2B9Z A; 1NVP D; 4B3M O; 4TV8 B; 2FYU H; 2JS3 A; 5LP6 C; 1GM7 A; 1SRY A; 2AW9 A; 3K79 A; 5CB4 B; 1TA8 A; 1KP2 A; 4YXW G; 3APO A; 3RYI B; 4D7T A; 3JAT A; 3ABK C; 3SGI A; 4YIO A; 4J9Y B; 4JI8 O; 1JQ0 A; 2HVJ C; 1XOU A; 1XRE A; 4PA3 A; 2ITD C; 1I08 A; 1R3J C; 3ZHV A; 1UJW B; 1SET A; 4BAY A; 2QTO A; 3K5L A; 5LHI A; 2JEU A; 3CCL V; 1VQ6 V; 2GUZ A; 1GM9 A; 4JYB A; 3OUS A; 4JAV A; 4DV4 O; 2PZS A; 1KBH A; 1AVM A; 1OCZ C; 3A0R A; 4UCT A; 4DV7 O; 5GTH Z; 4GX5 A; 3K58 A; 3T4D A; 2PF4 E; 2XT9 A; 2H8P C; 4ASU G; 2E3C A; 5GON B; 3CC4 V; 5JVD B; 4TT3 G; 3F7V C; 3S3X A; 3K5O A; 4DK1 A; 4DW0 A; 1R3K C; 2BTQ A; 3L72 H; 1S72 V; 1MAB G; 1KKC A; 4IL6 Z; 2IU0 A; 1Q6H A; 3IGA C; 4FFK A; 4IHJ A; 3RYC A; 4Z2W A; 1XMO B; 4MVU A; 3U11 A; 1M56 C; 3QTC A; 3TXQ A; 4OGQ B; 5LP6 A; 3T1C A; 2BSK A; 1YTF D; 4KL1 A; 1QLN A; 3SYC A; 5IYC O; 2Y69 C; 4EFB A; 2WLK A; 4FLU A; 4YHH O; 4U7O A; 3KG2 A; 3CC7 V; 1P7G A; 3SYO A; 5LHH A; 2AZ2 A; 4QPJ A; 2YID A; 1AR5 A; 2E5L B; 1Y74 B; 4PEL A; 2EIJ B; 1SQP H; 4TSF G; 2JGU A; 1ZX3 A; 4X65 O; 1OCR C; 5A2Q N; 3QNE A; 1RPR A; 4U3F H; 2R9I A; 4MTX A; 1F7Y A; 2ZCE A; 3JAR A; 5B66 Z; 3O9O A; 4ZOL A; 4JI0 B; 1PNL A; 5BY1 A; 5B1N A; 5LGT A; 1NVP B; 1B04 A; 2QA4 V; 1MG1 A; 2XAS A; 1VMG A; 3L71 H; 3WFV A; 4X1I A; 4PA6 A; 4X9Q A; 2DQ3 A; 2CUG A; 3APQ A; 2HJF C; 3N2K B; 1M5I A; 2BOC C; 4LF5 O; 4DV0 O; 1HNX B; 2Q7H A; 1NJI W; 4IT5 A; 3M7M X; 2AHY A; 4LWS B; 4MVM A; 3BY6 A; 2ZE6 A; 1K92 A; 1OCO B; 3ABM B; 4JI3 B; 4DV5 B; 1Y4M A; 5K1X A; 2Y0I A; 1M57 B; 1VQM V; 2E76 B; 3IJ4 A; 2UUA O; 3W7U A; 2QGN A; 4DUY B; 4ZI7 B; 2FTK A; 3H9V A; 4X88 A; 2CGN A; 3ABL B; 3SPC A; 2WLL B; 2RJZ A; 1R6K A; 3ZRX A; 1DTO A; 4X64 O; 5KA6 A; 5IY5 B; 1FKA O; 5LMU O; 4KXR A; 4JAU A; 4BIZ A; 4WBN A; 3T1Y O; 3AG7 A; 3QO5 A; 1YZB A; 4J80 A; 1L1F A; 4DR2 O; 5GTI Z; 4K8X A; 1VAR A; 3JSL A; 4QIW F; 5CBG A; 3AG3 B; 1CXZ B; 5EIB D; 4JPR A; 4B7K A; 4K8Z A; 3JAK A; 2JGD A; 1OJH A; 1YTF B; 3JD1 A; 2ZM6 O; 4DV6 O; 1HNW B; 2P22 C; 1AP5 A; 1JR9 A; 4DR5 O; 1SER A; 3JYC A; 4IYI A; 5J2T A; 3AK3 A; 4JZG A; 4FLY A; 1JJO A; 1N4C A; 1B6Q A; 1RM1 B; 4O2A A; 3STZ C; 3AG2 B; 4B3T B; 4CH6 A; 2WLJ A; 2UUC O; 4LCU C; 1JMK C; 5BR8 B; 1IBK O; 4JYY A; 1WAZ A; 2UU9 B; 2QKC A; 1PKX A; 2NLJ C; 2YC0 A; 3N2G A; 2QM4 A; 1TGO A; 1XNQ B; 1R3L C; 2F43 G; 1T5E A; 1KP3 A; 1N34 B; 1QR8 A; 1YI2 V; 2WA4 A; 5KUM A; 1JCH A; 3UT5 B; 1PM9 A; 1QBZ A; 1YF2 A; 2W0F C; 3KKY A; 3JCU Z; 3ZJZ A; 2HLD G; 1W59 A; 4UV9 A; 2F4V O; 2LO1 A; 3QO7 A; 2Q7G A; 2ZKO A; 4Z1V A; 2RN9 A; 2M6Y A; 4X1Y A; 3K5M A; 2B1G A; 1Z2G A; 1Y76 A; 2QTS A; 2P06 A; 1JJ2 U; 4UCU A; 2UXC B; 5IE9 A; 3LDC A; 3CRC A; 5FLX N; 1VQL V; 1SA0 A; 1BHB A; 2Y4T A; 1DGS A; 1MMM A; 2G38 A; 1HWY A; 4GKK O; 4LFC B; 2YIC A; 2OYQ A; 5CA1 B; 2UXB O; 4LFB O; 5FPR A; 1P4R A; 4JV5 O; 4HYO A; 2MW2 B; 1QR9 A; 4XBF A; 2IJH A; 5EBL C; 1XQ8 A; 4DV1 O; 2V4D A; 4O4H B; 1BS3 A; 2OT5 A; 4X66 B; 1HNZ O; 4O4I B; 3WG7 B; 3UO3 A; 2HKO A; 2A0L A; 2CDY A; 1NH2 D; 1QVF U; 4JI2 B; 4LF6 O; 4U3J A; 2VQF O; 1KQS U; 2O57 A; 4LF4 B; 4EFE A; 1AI5 A; 2EX3 A; 1ENV A; 2JVD A; 5EYP B; 3RWR D; 2NR5 A; 4LFA O; 5LBQ A; 3CCE V; 1BE3 H; 2F23 A; 2Q0A A; 2QR4 A; 1N33 B; 4AQY B; 2CTR A; 4X20 A; 1SF9 A; 4FPP A; 5LL6 Y; 3E89 A; 4OX9 O; 2HVK C; 4PDR A; 2R72 A; 2EIK C; 5A9G A; 3ASN C; 3T4Z A; 5DN6 G; 1Q7Y W; 4XDL A; 4UFZ A; 1Q90 D; 3BAB A; 3ABU A; 1ZSP A; 1FXV A; 3HKB A; 5KA5 A; 5CA0 A; 3J7A U; 3E35 A; 3CWB H; 1R1B A; 2KG7 A; 5JJE B; 1AJQ A; 1E1R G; 4MW8 A; 3CD6 V; 2EZO A; 4BR6 A; 2YSU B; 3MHS C; 1DK1 A; 4JTA B; 2A06 H; 2WLN A; 4DV4 B; 2N74 A; 4UVC A; 3U0Z A; 2OTJ V; 1BGY H; 1PNM A; 5CBF A; 1QLE C; 4P2Z A; 2HHH B; 1GK9 A; 3JD3 A; 4YY3 O; 1FXH A; 3M99 B; 1S77 D; 3CXH F; 1AB3 A; 3S3W A; 1VF6 C; 3NR7 A; 3HB3 B; 5KHJ A; 2HG5 C; 4FLV A; 1GTO A; 2PGG A; 3FX7 A; 1U96 A; 4DR4 O; 1H8H G; 2PI4 A; 3BPZ A; 5B1B C; 3HKC A; 1KD1 W; 4JI7 O; 1R73 A; 2DYS B; 3JD0 A; 1ZUQ A; 4FLX A; 1D5A A; 1WP8 A; 1THZ A; 3LDD A; 4E4E A; 2JJ1 G; 1TVK A; 4KHP O; 3ASO C; 1K9M W; 2NNU A; 3ML0 A; 1XHZ A; 3AEI A; 5KHG A; 1NTM H; 5AG2 A; 5IJ0 A; 1SZT A; 4F6R B; 1NZ6 A; 3GVM A; 4JGS A; 2QM7 A; 4YHH B; 2VRZ A; 3F7Y C; 5LXT B; 4KP4 A; 4BWA A; 3SPI A; 2ZR2 A; 4D6T H; 4X65 B; 5JH7 A; 4I9Q A; 3UQ8 A; 1NH2 B; 4PI2 A; 1TUB A; 2JEX A; 1SC5 B; 2Z3Y A; 2RCV A; 1V54 C; 4P30 A; 1JOY A; 4DV3 O; 4J42 A; 1JPX A; 4O2B B; 1YVW A; 4QNH B; 1R6T A; 3Q4H A; 1PPJ H; 3E2E A; 3C3T A; 1VF6 A; 2OCC C; 2B5U A; 1GMG A; 1SQF A; 3DXR B; 2IH1 C; 3AK2 A; 4IIJ B; 2QWN B; 4MS2 A; 1FYJ A; 3L75 H; 4K3A A; 3BAA A; 4JI6 O; 1ZL8 A; 4I9W A; 4K35 A; 1LUW A; 4X89 A; 1N36 B; 4NXN O; 3VOU A; 2DJV A; 1WPX A; 4O4J A; 3CCJ V; 4MVQ A; 5HFL A; 2W6J G; 4W4K A; 1VIB A; 5CN0 A; 3B8M A; 3NXS A; 4DR3 O; 3CX5 F; 4JZ2 A; 2WA3 A; 4IIJ A; 1NQT A; 3X2Q B; 3OTO B; 4HNA B; 1H2M A; 1WA8 B; 1Z5W A; 3ETG A; 4UCV A; 5LHG A; 3CCM V; 4CH5 A; 1VQ9 V; 4J9Z B; 5K1P A; 3CSX A; 4NKG B; 4DW1 A; 3OGC C; 2LJ2 A; 3T1Y B; 3FB5 C; 1BL8 A; 1VQO V; 1NR1 A; 2ATK C; 4QE7 A; 1O9G A; 4NB5 A; 2JJ2 G; 1IDS A; 1QNM A; 3RBZ A; 5EC2 C; 3D3Q A; 4YJ2 A; 4GX2 A; 2WLI A; 5BMV A; 1S76 D; 4EEQ A; 4YJ3 B; 4JYA O; 3SJA C; 3U10 A; 4LF9 B; 2ZM6 B; 4DV6 B; 4TUY A; 1SS3 A; 1H2G A; 2WLH A; 5E1A C; 1Y67 A; 4WF9 V; 3IAY A; 4TV8 A; 4BIO A; 1AI4 A; 5CB4 A; 4CBC A; 2FL4 A; 5KAI Z; 3RYI A; 2IM9 A; 2XAQ A; 1V55 B; 3JAL B; 4LNU B; 2UUC B; 3OM3 B; 3ZMT A; 4EKW A; 4JI1 O; 1EZV H; 4ZHQ B; 1GO3 F; 1GM8 A; 2EIJ C; 1BQ0 A; 3EXA A; 4WFF A; 2YXH A; 1P7B A; 1N32 O; 3QG5 A; 2R9R B; 4AHC A; 2EUL A; 4LF8 O; 3ZCC A; 4XDK A; 1MOF A; 4QE9 A; 3ZHS A; 1H2L A; 1P49 A; 5F2V O; 4NYK A; 1M90 W; 5GON A; 1RSO B; 5JVD A; 3ZMS A; 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