The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
TVLHVQEIRDMTPAEREAELDDLKTELLNARAVQAAGGAPENPGRIKELRKAIARIKTIQGEEGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
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| total genus |
24
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| W | PF00831 | Ribosomal_L29 | Ribosomal L29 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CC7 V; 3CD6 V; 2OTJ V; 1VQ7 V; 2OTL V; 3CCL V; 1YJN V; 3CCS V; 3I56 V; 1N8R W; 1VQM V; 1VQK V; 1Q82 W; 3CCQ V; 1K8A W; 3CC4 V; 1Q81 W; 1VQL V; 1VQ6 V; 1YIJ V; 1R73 A; 1W2B U; 3CCV V; 3I55 V; 1VQ8 V; 4WFA V; 1K73 W; 1Q86 W; 1KC8 W; 3CCM V; 2D3O W; 1KQS U; 1VQ4 V; 3CC2 V; 1JJ2 U; 5DM6 V; 1YIT V; 1QVF U; 4WCE V; 1K9M W; 3CCJ V; 1M1K W; 3CXC U; 3CCE V; 1YHQ V; 1NJI W; 3CME V; 3CPW U; 1S72 V; 3CCR V; 3CMA V; 1QVG U; 1M90 W; 2QEX V; 3G71 V; 1VQ9 V; 1YJ9 V; 1KD1 W; 4WFB V; 1Q7Y W; 1VQ5 V; 3CCU V; 2QA4 V; 1YI2 V; 3G4S V; 3OW2 U; 1VQP V; 1VQO V; 1YJW V; 4WF9 V; 1VQN V; 3G6E V; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LSQ A; 4X8A A; 4UCV A; 1K8A W; 4LF4 B; 2R72 A; 1QLE C; 3OGI B; 1OV9 A; 2YIC A; 4LFB O; 2D2C B; 4LFA O; 4XDJ A; 2B1G A; 1FXK B; 2ATK C; 1FFX A; 4GT1 A; 2YI9 A; 1YTF B; 1K97 A; 3RN4 A; 5IYB O; 3AG4 C; 2JIZ G; 5LL6 Y; 4P30 A; 3BFR A; 4OPH A; 1PD3 A; 5LP6 B; 2E75 B; 4MVZ A; 4WBN A; 3LSU A; 2CK3 G; 3CC2 V; 4PI2 A; 2XAQ A; 4I55 A; 4X66 O; 4ZHQ A; 4TQD A; 4X20 B; 3X2Q C; 1TVK B; 1YEW A; 3AG3 B; 2CTQ A; 2V7Q G; 4EEQ A; 4GKK B; 1VQ7 V; 4PDR A; 1KEC A; 5BMV A; 3A0B Z; 2QM4 A; 4U3J B; 1XMQ O; 3STL C; 2XAJ A; 5KUK A; 4DUZ B; 3L70 H; 3CRQ A; 2RNB A; 4FJC C; 4LR3 A; 3DXR A; 3HR0 A; 3HKB A; 3IGA C; 5IWA O; 1AJQ A; 1XIL A; 1IBK B; 2UUC B; 2Q7G A; 2CGO A; 1VQO V; 1NVP B; 1W0J G; 1IBM B; 1QR8 A; 3WB0 A; 4L87 A; 5JCO C; 3K3W A; 1OCR C; 3ASO B; 2N05 A; 1BQ0 A; 1JVM A; 3H01 A; 5H6R A; 3WU2 Z; 1SQG A; 3ZHS A; 1TUB A; 1AP5 A; 4GKJ B; 1M1K W; 1YHQ V; 4I5S A; 2GUZ A; 3FB8 C; 5A9G A; 2IU0 A; 1IUR A; 1SQQ H; 4H0L B; 1Q43 A; 4DR1 B; 3H1I H; 4O2B A; 1XOU A; 1T5E A; 4JI0 O; 3K03 A; 4JI1 O; 1NJI W; 1KYO F; 1FXK C; 2OT5 A; 4LFB B; 2OCC B; 2ZD9 A; 5CBF A; 4LFA B; 3N2G B; 2A3Q A; 5JCO A; 1BL8 A; 3DGE A; 3CWB H; 1PL4 A; 4JZG A; 2WLK A; 5LP6 C; 3CCL V; 4HAM A; 5KHK A; 1RM1 B; 2BTQ B; 1GH6 A; 5IYC O; 2WLL A; 4CS3 A; 3SJB C; 4LF8 B; 3CX5 F; 4DXW A; 4RO2 A; 4DRX A; 1VF6 C; 3OFN G; 4AIL C; 4JI7 B; 3CXC U; 1KQS U; 2UUB B; 1GN6 A; 3CME V; 3AG3 C; 4X66 B; 4J7K A; 4IT5 A; 2PZS A; 2EZP A; 2YIB D; 2EZO A; 1GM8 A; 1THZ A; 1WN7 A; 1TAE A; 4I0X B; 3K9S A; 1K4C C; 2VQE B; 5EK0 A; 2E5L O; 4UB6 Z; 3OR6 C; 1XMQ B; 4MT8 A; 3BY6 A; 2XND G; 2LP7 A; 1ZL8 B; 2XAS A; 1UJW B; 2IU3 A; 4MVM A; 3ZX6 A; 1AI7 A; 2N04 A; 1QQC A; 3TET A; 3HKE B; 5LP6 A; 1Q7Y W; 3JCU Z; 4CH3 A; 4FVM A; 3GVM A; 4EB6 B; 2PY5 A; 4P2Z A; 2EIK B; 1FPO A; 3ASO C; 1QLN A; 1H38 A; 1VF6 A; 4FLZ A; 3ETQ A; 4FFB B; 2XAH A; 4W4K A; 2LGQ A; 3P3P A; 1MSD A; 1EZV H; 1MAB G; 5LA6 B; 4WFB V; 1B06 A; 2IBZ H; 2QKA A; 4U3J A; 1YZB A; 4KHP O; 2JJ2 G; 1YXB A; 3AG1 B; 3CHX A; 3LDE A; 4RAI A; 2JGD A; 4X65 O; 1DLB A; 3FFQ A; 1XNQ O; 4O2A A; 1AR5 A; 4P9O A; 3K04 A; 5FNV B; 3VQW A; 5KHG A; 1G1X B; 2QTS A; 3IJ4 A; 1FKA O; 4HYO A; 4JI0 B; 2GTS A; 1LNQ A; 4JI1 B; 2Q73 A; 2ZXW B; 3OGC C; 1WP8 A; 3CEI A; 1BSM A; 1Y4M A; 2H94 A; 3KKY A; 1RM1 C; 5KHJ A; 4MW3 A; 2QWO B; 1ZX3 A; 4MVR A; 1IVS A; 5EC1 C; 4DW0 A; 4PDV A; 5E1A C; 5LXT B; 2IJK A; 3E89 A; 1EFR G; 3G4S V; 3JAM N; 4UUJ C; 3G6E V; 4DR3 B; 4E4E A; 2P7T C; 3B8N A; 4Q20 A; 5IE9 A; 4UFZ A; 3E8H A; 2UXC O; 2RDC A; 4PHZ A; 2QM7 A; 1SC5 B; 4UB8 Z; 1BT8 A; 2E74 B; 5JH7 B; 3N2G A; 3TGU H; 4WFH A; 2P5O A; 1KD1 W; 1I94 O; 2M7W A; 1SES A; 2QWR B; 4FFK A; 1PNK A; 2EIK C; 1JOY A; 5KAI Z; 3BAB A; 5JQG B; 3ZN0 A; 1HW7 A; 3ABM B; 4JGS A; 1VQ4 V; 3CS5 A; 1V54 B; 1WA8 B; 4D7T A; 3M7M X; 4N21 A; 2HHH O; 4YIO A; 1SRY A; 1EZJ A; 3B2E E; 2YXH A; 3H9V A; 2ZIM A; 3AG1 C; 1NKD A; 1MG1 A; 5AG2 A; 3OEH G; 4GZR B; 4ZOL B; 4BW5 A; 1ZL8 A; 1HNZ B; 1WB8 A; 4X62 O; 3HKE A; 4X65 B; 1XNQ B; 3JSN A; 4EB6 A; 1P4R A; 2Q4P A; 2JDI G; 2RN9 A; 2ZXW C; 1DF5 A; 1F4N A; 4MS2 A; 1K5S A; 1ZTE A; 2JVD A; 3WG7 B; 2YSU B; 1AIL A; 4FFB A; 4B3R B; 3GWO A; 1QHT A; 1EN4 A; 3AK2 A; 5LA6 A; 3D36 C; 4PD4 F; 1IDS A; 4GX0 A; 2EIM C; 3N2K B; 2OWO A; 1XUQ A; 1GN4 A; 5LMU O; 2L35 A; 5FNV A; 1AI5 A; 1XQ8 A; 3CRM A; 4I50 B; 1J5E O; 1Q86 W; 4UCS A; 5L3C A; 2QTO A; 1BZK A; 2MW2 B; 4LH7 A; 3CCE V; 4MVU A; 3SPJ A; 5GW7 A; 2JS3 A; 4OX9 O; 4EKW A; 2ZE7 A; 2EIJ B; 1YI2 V; 1H8E G; 1RFY A; 4DUY O; 1PNL A; 2DWE C; 1QBZ A; 3CRA A; 3W7T A; 5B66 Z; 3ABM C; 2F93 B; 3D36 A; 1V54 C; 1DK1 A; 2AHZ A; 1WB7 A; 5LXT A; 3AK1 A; 4F4L A; 3LUT B; 3JD4 A; 3SYO A; 4FM0 A; 2BOC C; 3G67 A; 1S3J A; 2ZT9 B; 1UPG A; 1Y74 B; 4QJF B; 3ZRS A; 2HHH B; 1E79 G; 4KP4 A; 4TSF G; 1YSC A; 4JAA A; 2ZE8 A; 1KC8 W; 2DMX A; 1S77 D; 2G38 A; 1N0J A; 1MNG A; 5FPO A; 3RGB A; 2ZQM A; 3JAL B; 1P7G A; 4X62 B; 2UUA O; 5JJN B; 1AJN A; 2RCV A; 1PNM A; 3RYI B; 4JI2 O; 5IJ9 B; 5JQG A; 1E1Q G; 4K3A A; 4TQF A; 4YJ3 B; 3WG7 C; 2DWD C; 3QF7 A; 3SPC A; 2N74 A; 3MDS A; 1F23 A; 3SJC C; 2ETN A; 4ASU G; 1Q8I A; 1JMK C; 1NS1 A; 4XDL A; 3WFV A; 4MTG A; 3RBZ A; 3ABU A; 5H2F Z; 5KMG B; 3T1Y O; 4O4L B; 1M93 A; 5FPR A; 4LNU B; 5EBW C; 3N27 A; 3WB2 A; 2VS0 A; 2Q69 A; 3KCY A; 4JTC B; 3ABK B; 4WFE A; 4IHJ B; 3F7Y C; 2YUA A; 4OGQ B; 4JYB A; 1BQZ A; 3FD9 A; 3TJT A; 5IJ0 B; 4UCU A; 4FLU A; 1RPO A; 4IYI A; 1J5E B; 2GV9 A; 2W6J G; 4R6Z A; 2WAM A; 2EIJ C; 3BRC A; 2JK5 C; 1SA0 B; 5KA5 A; 1CPY A; 4DUY B; 3BHP A; 5L3E A; 2LO1 A; 1EM1 A; 3JAS B; 5CA1 A; 2V4D A; 3L71 H; 5IYZ B; 3E83 A; 4UCR A; 4DR5 B; 4BIZ A; 3FYI B; 5CA0 B; 3OW2 U; 4Z2W A; 5ITZ B; 3S3X A; 1J95 A; 3ZMZ A; 2IW5 A; 5CA3 A; 4O4I B; 2Q0O C; 3RYC B; 2ZR2 A; 5D5Q A; 3K06 A; 4CBC A; 2NNU A; 3CE2 A; 1YTF D; 1VAR A; 1L0L H; 1OZ0 A; 1NH2 B; 4IL6 Z; 3HPL C; 4BW9 A; 3APQ A; 5H6Q A; 1N34 B; 1SER A; 2CTR A; 2F43 G; 2UXN A; 3IFX A; 1TUE B; 1AI4 A; 3FAV B; 1WAZ A; 2PGG A; 2FB5 A; 1BS3 A; 3LNN A; 4QPJ A; 4DR4 O; 4PDL A; 1QR9 A; 4PEL A; 1YF2 A; 1N33 B; 5FLX N; 2IM9 A; 3B77 A; 1SS3 A; 1OCC C; 4TUY A; 3ML0 A; 5J9P C; 3K5M A; 1V9P A; 4DV2 B; 1ZLZ A; 1Y74 A; 4GX2 A; 4JYY A; 2NLJ C; 2HG5 C; 5GTH Z; 4FK5 C; 1ZUQ A; 3CJH B; 3ABK C; 3UQ8 A; 1HR0 O; 1M57 B; 4FLY A; 1NTZ H; 3L75 H; 1S5J A; 3JAL A; 1NVP D; 5B3S B; 1JA8 A; 2NN4 A; 3RYI A; 2CH7 B; 3JAW B; 5IJ9 A; 5IYD O; 5LYJ B; 4YJ3 A; 4LFC O; 2L6L A; 2Z3Y A; 2UXB B; 1NZ6 A; 2HKO A; 4GUN A; 4MTO A; 4PA3 A; 1KP2 A; 4BIU A; 1VQL V; 1MZE A; 2Z0A A; 3RYF A; 3ZHR A; 4DV7 O; 2ZIN A; 4KUM A; 2EUL A; 2OYQ A; 3K9A A; 2JGU A; 2P6J A; 4YHH O; 2WWW A; 3U0Z A; 2JJ1 G; 3OMN B; 4J9Z B; 4LNU A; 1H2K A; 5B1A B; 4IHJ A; 4BAY A; 3GB7 C; 4K8Z A; 2BTO A; 1JX9 A; 4E2L A; 3IAY A; 5IJ0 A; 1Q81 W; 1GK9 A; 3A0H Z; 1FXV A; 5KX5 B; 3EFF K; 1O9H A; 3E35 A; 2QKS A; 3U10 A; 1SA0 A; 4FZ0 A; 3S3W A; 4O4J B; 3ZMU A; 2LFR A; 1VQP V; 3K59 A; 3G6B A; 3ETD A; 3FKS G; 5GTI Z; 2JRI A; 4DR4 B; 3I55 V; 4YIP A; 3K5L A; 1F51 A; 3OUF A; 3CCM V; 2QKC A; 4XDK A; 5CA0 A; 2XT9 A; 5ITZ A; 3B09 A; 1IXM A; 2A9H A; 3RYC A; 4JZ2 A; 3RVY A; 2F1M A; 1ZAU A; 1GO3 F; 1N0N A; 1VF7 A; 3G80 A; 1M57 C; 4U3F H; 3P3N A; 2QR4 A; 4X1K A; 4DV4 O; 1HR0 B; 4X1I B; 4FM1 A; 3K57 A; 2ZKO A; 5GON A; 2GDS A; 4WCE V; 5B3S C; 4IGG A; 3FAV A; 3BA8 A; 5KHH A; 2AHY A; 4GYC B; 1Q90 D; 5K1P A; 1PKX A; 2XHB A; 2UXD O; 3B40 A; 4FZ1 A; 4JTD B; 2F95 B; 3E8B A; 1G4Y B; 5BXZ A; 1BGY H; 5JJE B; 1SQB H; 1I5Y A; 2ZR3 A; 2WLJ A; 4DW1 A; 5LHG A; 1FXK A; 1YIT V; 1KMI Z; 4DV7 B; 3H1H H; 4DV5 O; 1NTK H; 1U96 A; 3JSL A; 5B1A C; 4YHH B; 1B6Q A; 4K8X A; 2Q68 A; 2DN9 A; 3OAA G; 5IWA B; 1XNR O; 1YJN V; 3HKD B; 1SZX A; 1AP6 A; 1R6N A; 4NR1 A; 2R9I A; 3ZCC A; 3KZI Z; 4X20 A; 1TVK A; 4ZBM A; 2ODM A; 3JAW A; 3L74 H; 3L9D A; 2GSM B; 1WP7 A; 1W59 A; 5IT9 N; 4FLV A; 1Q5O A; 2ADP A; 4DK0 A; 1VQ9 V; 4J7J A; 1SKV A; 5BR8 O; 4A5U B; 4J10 A; 3SDL A; 1BE3 H; 4BWA A; 5B5E Z; 1Y6X A; 2WSS G; 1Q82 W; 1D5N A; 4Z1M G; 1R73 A; 4UCT A; 1CXZ B; 4NYK A; 2YC0 A; 2RJZ A; 1XI1 A; 4EFB A; 3CB2 A; 1K9M W; 4CH5 A; 4JAS A; 2WA4 A; 2EJ7 A; 1OJH A; 2OCC C; 4YXW G; 3F5W C; 3BA9 A; 4B3M O; 3SPG A; 1AJP A; 4MW8 A; 3SR2 C; 1O9G A; 4NB5 A; 1EN5 A; 4F6R B; 1NR7 A; 4B3T O; 3VBB A; 2LW1 A; 5KX5 A; 3DC6 A; 3D8C A; 4GX1 A; 3ZHT A; 1SET A; 2LGW A; 3SPH A; 4LF7 O; 1DTO A; 2EX3 A; 4DV4 B; 3ZIA G; 1ZWI C; 4JAU A; 2PUS A; 5FL7 G; 3O9O A; 4JV5 O; 2UU9 O; 1IXB A; 2V1D A; 2OCH A; 3JD3 A; 4PJ0 Z; 3OTF A; 3W7W A; 1GKF A; 2PYL A; 1JJ2 U; 1SQF A; 3OE7 G; 2VWK A; 1HNX O; 2E5L B; 3UT5 B; 4UCO A; 3ABL B; 4DV5 B; 2YEV B; 3H1L H; 4LWS B; 1GTO A; 2BTQ A; 4IYH A; 3THO A; 4X1I A; 2A79 B; 1HNW O; 1Q6U A; 2HEP A; 3DTU B; 3OM3 B; 4H33 A; 4DV3 O; 4DV0 O; 4NKG B; 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2DW4 A; 2R9R B; 2OTJ V; 5EZY B; 3ETE A; 3B8M A; 2UXX A; 4OXS A; 1NTM H; 3CC4 V; 1R3J C; 2QJ1 A; 3HKC B; 5JH7 A; 2W0X A; 4TWK A; 2ZNI A; 4FLW A; 4R8C A; 4MSW C; 3JD1 A; 4JPR A; 2YEV A; 3GWK C; 3EVK A; 1NT2 B; 4LWS A; 3ZRW B; 5A2Q N; 4X64 O; 5L3B A; 4QE7 A; 2P06 A; 1BHB A; 4TOI A; 2DOS A; 4PV1 B; 4I7Z B; 3H1K H; 1N36 B; 3J81 N; 3OTO O; 5LOV A; 4I4T A; 1WA8 A; 3ZBH A; 2CAZ C; 2EBO A; 4WBN B; 3CYO A; 3W7U A; 1N4C A; 4JI6 O; 4I55 B; 2ZE6 A; 2PYJ A; 3OMA B; 2WLN A; 3OEE G; 5JVD A; 4LF4 O; 3K79 A; 3K58 A; 1GRJ A; 1OCO C; 2ITC C; 3RT3 C; 4ZOL A; 4JYA O; 1K5Q A; 2ZE5 A; 3JAR A; 1G6U A; 5HFL A; 3KG2 A; 3ICX A; 5BMV B; 2H8P C; 4G27 B; 2QM8 A; 1GMG A; 3E22 B; 2YDE A; 5LMU B; 1CEZ A; 3PN1 A; 2EJR A; 2KB1 A; 2F66 C; 1HDJ A; 4ABM A; 3KCX A; 1NI8 A; 2A0L A; 2YXY A; 3DXR B; 4O4H B; 2Y4U A; 4UV9 A; 3SPI A; 2X6C A; 2HJF C; 2WA3 A; 2HJD A; 1VIB A; 4RUE A; 4OX9 B; 1B04 A; 3ASN B; 4X1Y B; 4JI3 B; 2HP8 A; 4Q6G A; 1S76 D; 2VRZ A; 5C8Y B; 4TV8 B; 4U7O A; 2GHY A; 1NQT A; 5IY5 C; 3SYQ A; 3ZN1 A; 1TUB B; 5LHH A; 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