The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
46
|
structure length |
46
|
Chain Sequence |
SEALKILNNIRTLRAQARECTLETLEEMLEKLEVVVNERREEESAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The H-NS dimerisation domain defines a new fold contributing to DNA recognition
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
DNA-binding protein H-NS
|
| total genus |
16
|
| structure length |
46
|
| sequence length |
46
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-12-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NI8 A; 4ICG A; 3NR7 A; 2MW2 B; 1LR1 A; 1OV9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PL0 A; 2ZM6 B; 4DK1 A; 3FB7 C; 4JV5 O; 1ZSP A; 1OCZ C; 2JGD A; 4RAI A; 4MS2 A; 2Y69 B; 4LCU C; 5H5N A; 4MVS A; 2XAF A; 2YIB A; 3LDD A; 3B40 A; 2ADQ B; 4LFC B; 1X59 A; 4X1I A; 2K9P A; 4DR2 B; 1I5Y A; 3ABM B; 4BAY A; 4K0K B; 1OJH A; 2UXD O; 1OCC B; 4B3T B; 4H33 A; 2VWK A; 1VAR A; 4X65 B; 2YC0 A; 3STZ C; 1WN7 A; 4U3J A; 5CB4 A; 3CP1 A; 5KHK A; 2LW7 A; 3L74 H; 4UB8 Z; 1KP3 A; 4FFK A; 2EIN C; 3N2G A; 1GM9 A; 1JOY A; 3OUS A; 2EIK B; 3L70 H; 4JI3 B; 2ZIM A; 3CRM A; 4DXW A; 4NB5 A; 5K1P A; 2WLL B; 4U3F H; 2BE3 A; 1N33 B; 3MHS C; 1I94 B; 4I55 B; 4J41 A; 5LBQ A; 4FLU A; 1QR8 A; 1S5J A; 1K7D A; 4MSW C; 2HHH O; 4OXS A; 1Y6X A; 3ABT A; 4JI5 O; 1O9H A; 1R3I C; 4DK0 A; 5JH7 B; 3QO7 A; 3JCU Z; 1COW G; 5EZY A; 3AK2 A; 1GAX A; 2FML A; 3F7Y C; 5BZB A; 1GN6 A; 5EBM C; 3ZCC A; 2V7Q G; 1IBK O; 4YHH B; 1BMF G; 4GLX A; 4N23 A; 5LP6 C; 2DW4 A; 1B3Q A; 4Q20 A; 2IJJ A; 1XMO O; 3IC9 A; 3CJH A; 3OTO O; 3SYP A; 1YIT V; 2XND G; 1K9M W; 3OD4 A; 4J42 A; 5TIS Z; 1D5A A; 4IIJ A; 4AI8 A; 2KQX A; 1QR9 A; 4WCE V; 3OE7 G; 3L72 H; 2CTQ A; 4TUY A; 3T2M A; 3HR0 A; 1VQM V; 4BIU A; 4D7S A; 2QEX V; 1JMK C; 5CA0 B; 2DYS C; 4LF8 B; 3RYC A; 4WFF A; 1YXB A; 3AG2 B; 2OTL V; 1E1R G; 2OIE A; 3N27 A; 1IX9 A; 2R72 A; 3E8H A; 1VQN V; 1H8E G; 1XNR O; 3SYO A; 1E1Q G; 2Q5Z A; 3DXR A; 4JYA B; 3AK1 A; 1S0V A; 1IBM O; 1DF4 A; 2E5L B; 1YTF D; 2NR5 A; 3ETG A; 1KMI Z; 1GN3 A; 1V54 B; 1B6Q A; 4DV1 O; 2EIL B; 2UU9 B; 3CCQ V; 3HKC A; 4MW8 A; 1W59 A; 1TGO A; 2G38 A; 4D6T H; 4P9P A; 3SGI A; 3QO5 A; 4ZI7 A; 5LMU B; 4GUN A; 1L0N H; 5LHH A; 4J80 A; 1VP7 A; 3HKD B; 1OCO B; 5KX5 B; 1HR0 B; 3I56 V; 2OCH A; 1WAZ A; 3RYF A; 2XT9 A; 3GWO A; 1HNZ B; 3DC5 A; 4DR6 O; 4HBN A; 1QHT A; 4LFB B; 1MZE A; 3U0Z A; 1SQQ H; 1KBH A; 4JZ2 A; 4UUJ C; 4GCZ A; 1WJZ A; 3CCV V; 2UUC O; 3ZMT A; 2GUZ B; 4CS4 A; 5LGT A; 1EZV H; 1X4T A; 2B9Z A; 1P4R A; 3CRR A; 2W6J G; 4GKJ O; 4I9W A; 2KKW A; 3RVY A; 2WA3 A; 4QNH B; 4TQF A; 4FZ1 A; 2DOS A; 4X62 O; 1PL4 A; 3KCX A; 5DM6 V; 1Q82 W; 1MG1 A; 4IGG A; 4CS3 A; 2IJI A; 2VQF B; 2YID A; 2WLL A; 4QPK A; 2JRI A; 2ITD C; 4I55 A; 3OTF A; 4RWU A; 3EHB B; 5JJJ B; 3MAQ A; 1DF5 A; 1K33 A; 4B3S O; 4OX9 B; 3K58 A; 4DUZ O; 1LR1 A; 1J5E O; 4I9Q A; 1FD9 A; 1HWY A; 1BSM A; 1AI7 A; 3CC7 V; 3IGA C; 5JH7 A; 1XDC A; 4TOI A; 4F6E A; 4IL6 Z; 4BIZ A; 3FX7 A; 1JVM A; 5H2F Z; 2HVK C; 4JV5 B; 1AI4 A; 4YXW G; 1S5L Z; 4IYI A; 5B66 Z; 3ASO B; 1SES A; 3A0H Z; 5IY5 C; 1BHB A; 1R6N A; 3LSS A; 4LF5 O; 1AI5 A; 1DTO A; 2CK3 G; 5KAI Z; 3L71 H; 1FJG O; 3MDS A; 2PI4 A; 1BGY H; 2HJD A; 3K59 A; 4DW1 A; 3CCJ V; 3O65 A; 1H2N A; 2YIC A; 3QO8 A; 3QVN A; 4JTA B; 2Q0O C; 1YZB A; 1QU7 A; 2ZXW C; 3VQX A; 1VQ5 V; 4X64 O; 5EC1 C; 2ZIN A; 4FLT A; 2LW1 A; 4CC6 A; 4D7T A; 1VQL V; 5CA0 A; 1MMM A; 2DYR C; 3CYO A; 1ORQ C; 1SQP H; 3LNM B; 1K3E A; 4WFA V; 3RT3 C; 4TQD A; 1YI2 V; 1H2S B; 2ZD9 A; 5KMG B; 1K34 A; 3APQ A; 1I08 A; 4LF9 B; 4MT8 A; 3JD0 A; 4NVP A; 2QGN A; 2JIZ G; 4DYL A; 5JJE B; 4PA3 A; 1SZT A; 4QE9 A; 4JI5 B; 1AP5 A; 4HZ3 A; 3A8T A; 2ILM A; 5H6Q A; 2Q7G A; 3JAT B; 5BMV B; 2JS3 A; 4K35 A; 1SQG A; 3RFR A; 2CTR A; 2HJF C; 3H9V A; 2JJ2 G; 3U11 A; 2W0X A; 2Q7H A; 2IJH A; 1FXV A; 4TV8 B; 4GZR B; 1QQC A; 3K3W A; 4C7U A; 5A9G A; 3OEH G; 3T1C A; 4GKK O; 4LH7 A; 5FLX N; 1JJO A; 3JD1 A; 5DED A; 3HKD A; 2H3O A; 3OTO B; 2AHY A; 1M56 C; 2F43 G; 4RQF A; 3SYA A; 1RP3 B; 3JD4 A; 1LNQ A; 3FB6 C; 4O4L B; 4FZ0 A; 3OGC C; 1GN2 A; 4JF3 A; 3CSX A; 3RGB A; 2RQ6 A; 5B3S B; 3G6B A; 3AG3 C; 3K0G A; 4GYC B; 3ZHQ A; 1EN6 A; 3OUF A; 5B1A C; 5JCO A; 2C2A A; 3O9O A; 3B8M A; 5IDJ A; 1MZF A; 1URF A; 1N8R W; 3E8G A; 1HW7 A; 1YF2 A; 4UV9 A; 4X20 B; 3B77 A; 2XAQ A; 3VQW A; 1Q81 W; 3NR7 A; 3T1Y O; 2IW5 A; 1NVP B; 2F4V O; 3BVO A; 2EIM B; 2QKA A; 4LWS B; 3HKB B; 5KHH A; 3MD0 A; 2UXB O; 3TET A; 4DV5 B; 4UXN A; 5IYZ B; 4DV1 B; 1N0N A; 4FM0 A; 2QDO A; 1XL4 A; 1TUB A; 1OV9 A; 2JJ1 G; 1UFI A; 1K5Q A; 1MNG A; 2GTA A; 2LO1 A; 4B3M O; 1I7F A; 1AJN A; 2JEU A; 2ZDI C; 4J11 A; 5HFL A; 5L3G A; 1F4N A; 3BCC H; 3K0D A; 3W7T A; 1TVK B; 4DR6 B; 4RUE A; 1IDS A; 2YSU B; 4JTD B; 2Q0A A; 3AG4 B; 3RYI B; 5J2U B; 4EB6 A; 5KA5 A; 1EN4 A; 4MVO A; 3A0B Z; 2F23 A; 3ZN1 A; 3D3I A; 3F5T A; 2HVJ C; 4JYC A; 3CCR V; 2UUC B; 4JI8 O; 5ITZ A; 1FYJ A; 2EIJ C; 1G1X B; 4ZHQ B; 1NR1 A; 2GV9 A; 1FFX A; 4H37 A; 5LYJ A; 4EEQ A; 1K8A W; 1L0L H; 1YHQ V; 5L3D A; 4FVM A; 2A79 B; 1HNW B; 2QKS A; 3ZS8 C; 5HFM A; 3MHH C; 4LFA O; 4LNU A; 5EBL C; 1PNL A; 5BR8 O; 4DR1 B; 3VOU A; 1FKA O; 4I4T B; 1YDX A; 3ZHS A; 3SYQ A; 4NXN O; 4O2A B; 3JYC A; 5L3F A; 1RPO A; 3T4D A; 3D36 C; 4KHP O; 2Q6A A; 2YIB D; 4G2K A; 2XAS A; 4B3S B; 4DUZ B; 1GMG A; 1R3J C; 2IU3 A; 4UV8 A; 5JVD A; 5IYD O; 3JSN A; 1WPB A; 5FNV B; 1KC8 W; 2BOC C; 1J95 A; 4YIO A; 2ETN A; 1A32 A; 1N34 B; 1U96 A; 4TV8 A; 3NXS A; 1PV0 A; 4LF7 O; 1K4C C; 4FM1 A; 1K97 A; 4LF5 B; 3DTU B; 3ABL C; 4DW0 A; 1D5N A; 1EFR G; 2F95 B; 2ZE5 A; 1YSC A; 3ZHV A; 2X6C A; 4K3A A; 3L75 H; 1FJG B; 1PM9 A; 2QM4 A; 2OT5 A; 2ARH A; 3ZRS A; 1H2G A; 2CH7 B; 1QLE C; 2LFR A; 4O4L A; 4KFM A; 2BCC H; 1CEZ A; 1IBL O; 4DR5 B; 4R7C A; 4JAA A; 2B1G A; 1YIJ V; 1AVM A; 4DR3 O; 3K57 A; 1ZTE A; 4N21 A; 2A06 H; 2LJ2 A; 1Q6U A; 1R6K A; 3RBZ A; 1XNQ O; 1XIL A; 3FAV A; 3IFX A; 3LDE A; 3WG7 C; 4TWK A; 2FKX A; 4NYK A; 4X20 A; 1QBZ A; 2B1I A; 2B5U A; 2E3C A; 1H2M A; 2CDY A; 1K92 A; 4MVQ A; 2GTS A; 3OR6 C; 1ZL8 B; 3FKS G; 2O57 A; 4ICG A; 4LWS A; 1S76 D; 2JDI G; 1M9N A; 1WNS A; 1WP7 A; 4JI2 O; 4OPA A; 3CCS V; 5IYZ A; 5J2T A; 3LSQ A; 2P4V A; 4AQY O; 5K1X A; 5IJ9 B; 4UVB A; 3JAS A; 2CGN A; 3GWK C; 1IZ3 A; 2ZKO A; 2GHY A; 2UUA O; 1XEQ A; 4HYO A; 1WA8 B; 1R6T A; 4MVU A; 4LC1 A; 5L3B A; 2LGW A; 3JSL A; 2JS5 A; 3VBB A; 4XDJ A; 3RYI A; 5J2U A; 1FXK C; 4JAU A; 4EFE A; 1SQX H; 2BTO A; 4R8C A; 3K79 A; 1N32 O; 4BR6 A; 5IE9 A; 4ZHQ A; 4LH6 A; 1VIB A; 3CD6 V; 2ZNJ A; 2F93 B; 5CBH A; 3FB8 C; 2EBO A; 2YI9 A; 4X8A A; 2BSK A; 1RSO B; 4JI6 O; 5GON A; 3T1Y B; 4PA4 A; 2F4V B; 1VF6 C; 1QVG U; 1OCZ B; 3U10 A; 1AR4 A; 2E76 B; 4O2A A; 1Q6I A; 1XL6 A; 3JAL B; 4MVM A; 1PKX A; 3E86 A; 4IYH A; 3G80 A; 2RMK B; 1SA0 B; 1YJN V; 1GTO A; 5DN6 G; 3BY6 A; 4DV7 O; 3OMI B; 3SJA C; 2RJZ A; 4Z2W A; 1GRJ A; 1Q3E A; 1WPX A; 2EJR A; 2XTA A; 4B3M B; 5H9C A; 1LUW A; 1KKC A; 4DV4 O; 3LDC A; 3SPH A; 3BEH A; 5LMN B; 5FNV A; 2ZT9 B; 3H1J H; 5LXT B; 5JQG B; 1M57 C; 1QNM A; 4GX0 A; 4B3R O; 2EIN B; 3M99 B; 3RYH B; 2NN4 A; 3B8N A; 1Y76 B; 2IH3 C; 2YUA A; 1JFF B; 3I5D A; 2AW9 A; 4JGS A; 1JQ0 A; 2WLI A; 4JI8 B; 1GKF A; 2WWW A; 1SZX A; 1MA1 A; 2XAH A; 2DMX A; 4PA9 A; 3TGU H; 2UXC O; 3SPI A; 3JCZ A; 4JI1 O; 2A7W A; 2AXT Z; 1MSW D; 4I0X B; 5IWA O; 3OM3 B; 4IHJ B; 2X7R B; 4DV3 O; 5JJN B; 5BR8 B; 2WLK A; 2DWE C; 4O4H B; 1SF9 A; 3P32 A; 5B1N A; 1PP9 H; 2A3Q A; 3CXH F; 4BW5 A; 4NXN B; 1XHZ A; 3BA8 A; 1T5E A; 5FPO A; 5LP6 B; 2Q68 A; 3GB7 C; 4PV1 B; 1VMG A; 2CUG A; 2FYU H; 3SJB C; 1ZL8 A; 4DR7 O; 1BL8 A; 5KAF Z; 4YIP A; 2Y48 A; 3OGI B; 3P3N A; 2ODM A; 4DR4 O; 2IM9 A; 3K9S A; 2QR4 A; 5IJ9 A; 3I55 V; 4LF7 B; 2GBO A; 1D2D A; 4JI0 O; 4XBF A; 4CH5 A; 3WU2 Z; 1WA8 A; 2DYS B; 3KG2 A; 1RFY A; 2PTM A; 5E1A C; 2RDC A; 4JYB A; 4L87 A; 4DV0 O; 1XMQ B; 3L9D A; 3WB0 A; 2IU0 A; 3OAA G; 5EIB D; 1VEW A; 1IXB A; 1Y74 B; 3ETE A; 3OMN B; 2F66 C; 1Q6H A; 1N36 O; 1SQF A; 2PGG A; 5LOV B; 4A5U B; 1Q86 W; 2ZR3 A; 4YJ3 B; 4UVC A; 2PUS A; 3S3X A; 4NTY A; 3IJ4 A; 4YY3 O; 2P4K A; 2KB1 A; 3DSQ A; 2ZE6 A; 1XNQ B; 4JYY A; 3E22 B; 2N74 A; 1NTK H; 4HAM A; 3CCU V; 2Q73 A; 3CMA V; 5LGU A; 2DE0 X; 1H8H G; 3JAR B; 2UXD B; 4JI2 B; 3JAL A; 4JTC B; 3LSU A; 1SET A; 3CEI A; 1SA0 A; 5LA6 B; 4CS2 A; 4AQY B; 1FFT B; 3FB5 C; 4UCO A; 4OPH A; 1E79 G; 4O4I B; 2R9I A; 5B5E Z; 2P6J A; 4X1Y B; 4FMT A; 4K8X A; 1GN4 A; 3D8C A; 4WFH A; 3WB2 A; 4WBN B; 4NTW A; 3P3P A; 2PY5 A; 5LXT A; 5JQG A; 4G28 B; 2AZ2 A; 2YI8 A; 1OCR C; 1KYO F; 1GK9 A; 4TSF G; 2HHH B; 3RYH A; 4LF6 O; 2ZM6 O; 3X2Q C; 3WB1 A; 2IH1 C; 2QA4 V; 1VQ4 V; 2WPD G; 1VQ8 V; 1UJW B; 1N32 B; 3ZHR A; 1HDJ A; 2E75 B; 1N4C A; 3ABU A; 1AR1 B; 2L6L A; 1S72 V; 1IBK B; 4MTX A; 3AG1 C; 2OWO A; 4FLZ A; 1NQT A; 2EJ7 A; 4I7Z B; 2OCC C; 2WLM A; 4I0X A; 1I5X A; 1RM1 C; 4K0K O; 1Q90 D; 2Z5U A; 3SYC A; 5JWP A; 1XMO B; 2E74 B; 5KX5 A; 4GT1 A; 5LHI A; 1NZ6 A; 4PI2 A; 2DQ3 A; 3ML0 A; 3SPC A; 3CXC U; 2JVD A; 2VWJ A; 1PNK A; 4PI0 A; 5LP6 A; 5IY5 B; 3CC4 V; 2JGU A; 5BXZ A; 1QLN A; 1V55 C; 4ASU G; 1Q43 A; 2Y4T A; 1PD3 A; 3QG5 A; 3CS5 A; 4JI3 O; 1L1F A; 4EKW A; 1KEC A; 2GUZ A; 4J7J A; 3FFQ A; 3CCL V; 2JEX A; 5L3E A; 3KZI Z; 3W7S A; 4ABM A; 2ZXW B; 3ZHU A; 3JAK B; 4PA7 A; 1R73 A; 2QKC A; 3W7U A; 1XNR B; 1NH2 B; 4O4J B; 1IBM B; 4X88 A; 2DYR B; 5AG2 A; 2YXL A; 3ABK C; 1B06 A; 3RVZ A; 4JPR A; 2HEP A; 1OCR B; 3JD3 A; 3ZN0 A; 4YHH O; 4DUY O; 4X9Q A; 1Y74 A; 4FFB B; 1F7Y A; 1N0J A; 2D3O W; 5LOV A; 4X1I B; 2UXC B; 1IXM A; 2FTK A; 2YS8 A; 2V4D A; 4YJ3 A; 2DQ0 A; 5IYC O; 2QM7 A; 2WAM A; 2QSA A; 3OFN G; 5IWA B; 1M5I A; 4DV6 O; 2PZS A; 1KKD A; 4DV3 B; 2YEV B; 1NS1 A; 3F5W C; 5FL7 G; 4B08 A; 2N04 A; 3ASN C; 2W6I G; 2Z0A A; 3E22 A; 1NTZ H; 4XDK A; 4LP8 A; 4PD4 F; 3K5O A; 2OCC B; 2Q8V A; 2QWQ B; 4DR7 B; 1AIL A; 3J81 N; 1BT8 A; 2AGA A; 1M56 B; 2M7W A; 4G27 B; 2XAG A; 4DR4 B; 1Z5W A; 1H2L A; 5B1B C; 5LA6 A; 4GKJ B; 3C90 A; 3AG3 B; 3K03 A; 4JI0 B; 4O4I A; 1VF5 B; 2R9R B; 2OYQ A; 2QWN B; 2Y0I A; 4PA6 A; 5KHJ A; 5A2Q N; 4X62 B; 4X1Y A; 1THZ A; 5B1A B; 1M1K W; 4AHC A; 5LGN A; 3UQ8 A; 3ZRV A; 4UCV A; 2QJ1 A; 4WBN A; 1HNX O; 2UU9 O; 4DV0 B; 4CH6 A; 2Y69 C; 5KMG A; 5GTH Z; 1BE3 H; 5CA3 A; 2P5O A; 3AK3 A; 4ZBM A; 1J5E B; 1N36 B; 1NVP D; 4GX2 A; 3ABM C; 3CJH B; 3JAT A; 4TT3 G; 5BMV A; 3ZMV A; 3K9A A; 4NR1 A; 1TA8 A; 3S3W A; 1HNZ O; 1KD1 W; 4IIJ B; 4TV9 B; 4J10 A; 4PHZ A; 2ITC C; 2H94 A; 4PDV A; 4LFB O; 3SR2 C; 2P06 A; 1NTM H; 3CCM V; 1YEW A; 3TK1 A; 1DLB A; 3OEE G; 5KHI A; 2DJV A; 3CHX A; 3SPJ A; 2EIK C; 4QGP A; 1VQO V; 3E35 A; 2W0F C; 4CH3 A; 4H0L B; 1F23 A; 1JA8 A; 3UT5 B; 3CRC A; 4J9Y B; 4CH4 A; 2IBZ H; 2HLD G; 1DGS A; 3CRQ A; 3DXR B; 4GX5 A; 4E4E A; 4X64 B; 1ZAU A; 3EXA A; 5LL6 Y; 2GSM B; 1Y4M A; 2EIJ B; 1ROP A; 3JAM N; 1OZ0 A; 1MSD A; 1AI6 A; 1SKV A; 1CXZ B; 1JCH A; 3HKC B; 3JAK A; 4U7N A; 4B7K A; 3KCY A; 4J9Z B; 3E83 A; 2X6B A; 1Q7Y W; 1BCC H; 3UO2 A; 4LF6 B; 3EFF K; 3RN4 A; 5CBF A; 1M93 A; 3W7X A; 4F4L A; 5IYB O; 1NU1 H; 3HKB A; 2VRZ A; 1ZWI C; 1WLE A; 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