The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
45
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structure length |
45
|
Chain Sequence |
EITKTLLNIRSLRAYARELTIEQLEEALDKLTTVVQERKEAEAEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Vibrio cholerae
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| publication title |
The Crystal Structure of the N-terminal dimerisation domain of VicH, the H-NS-like protein of Vibrio Cholerae
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VicH protein
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| total genus |
14
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| structure length |
45
|
| sequence length |
45
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NR7 A; 1NI8 A; 1OV9 A; 1LR1 A; 2MW2 B; 4ICG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SZT A; 1KEC A; 2O57 A; 1COW G; 2ZD9 A; 2YSU B; 3SPJ A; 1SA0 B; 1M1K W; 4TV8 B; 4I5S A; 1HNZ O; 1SF9 A; 2Z0A A; 4GX1 A; 4LF4 O; 2ITC C; 2X6A A; 5C93 A; 2B1I A; 3E35 A; 5LYJ B; 4GX5 A; 3OMN B; 1YTF D; 3MHS C; 4GKK B; 1JFF A; 2UXX A; 3R65 A; 2R72 A; 4X64 O; 1G4Y B; 4J80 A; 2ZIN A; 5KHI A; 2ETN A; 2HP8 A; 4DV3 B; 4K3A A; 5EK0 A; 1B3Q A; 2IH1 C; 2UU9 O; 3QO8 A; 4J10 A; 4X20 B; 2ZE8 A; 3CXC U; 2EIJ B; 1FXK C; 3OEH G; 4HYO A; 1K33 A; 4F6E A; 2ZQM A; 5C8Y B; 1P49 A; 4JPR A; 1AI7 A; 2LP7 A; 3ZN0 A; 1K3E A; 1WAZ A; 3JAL A; 3JD0 A; 1OCZ B; 5H9C A; 3KCY A; 2XAJ A; 3E22 A; 4JZG A; 3QTC A; 4RAI A; 4DW1 A; 5EC2 C; 1YJ9 V; 4NVP A; 3CYO A; 1DF5 A; 2P22 C; 1HNW O; 4I55 A; 1SS3 A; 3UKM A; 4N21 A; 2WWW A; 2E5L B; 5LHG A; 2F66 C; 2UXD B; 2FYU H; 2Y0P A; 4LF6 B; 2QR4 A; 3CRC A; 1FJG B; 2EIK C; 5KA5 A; 1JQ0 A; 3ZMS A; 3K08 A; 1Y67 A; 2QKS A; 2B1G A; 1SQB H; 1P7B A; 5BR8 B; 1EN5 A; 3FX7 A; 3FB7 C; 4PA9 A; 4QE9 A; 1T5E A; 2LFS A; 1KD1 W; 1SKV A; 3ASN C; 1R6T A; 2LW7 A; 3CJH B; 2PYL A; 1AI4 A; 3G80 A; 1V54 C; 1RP3 B; 4JI2 B; 3ETD A; 2XAG A; 5IYC O; 5FPO A; 4LFA B; 2QM8 A; 1RFY A; 3SJQ C; 2UUA O; 3N2G B; 3AK3 A; 4B3R B; 5GW7 A; 3TXQ A; 4B3M B; 4FM2 A; 2AZ0 A; 4GLX A; 1K5S A; 1SQG A; 3E89 A; 3OR7 C; 1RM1 B; 2UUC O; 3CEI A; 4K35 A; 3KKY A; 5IWA O; 5JQG B; 3OW2 U; 2K1E A; 5EYP A; 3PN1 A; 4DR2 B; 3ZHT A; 2EIN B; 5LA6 B; 2EUL A; 5BXZ A; 1VF7 A; 1HNX O; 5IJ9 A; 1VF5 B; 4QIW F; 4LWS B; 4Q6G A; 1I7F A; 2JIZ G; 4X1Y A; 2IW5 A; 2UXB B; 3RYI A; 1FFT B; 3T1H B; 2P4K A; 3AG3 B; 4YJ2 A; 3W7X A; 2Q7E A; 1GMG A; 2Z3Y A; 2D2C B; 3ZHS A; 1NTZ H; 2JJ1 G; 5L3D A; 4YHH O; 1GM7 A; 5HFM A; 3FKS G; 3RBZ A; 1M9N A; 1A32 A; 4GUN A; 3ABU A; 1VQP V; 3VQX A; 4DUY B; 1NKD A; 5KX5 B; 4FM0 A; 4JAV A; 1ZUQ A; 4LF9 B; 4PI0 A; 1V55 B; 1GN6 A; 4U3J B; 5IYD O; 4PA3 A; 4LF7 B; 1F23 A; 4BIO A; 4CH5 A; 3U11 A; 1NR1 A; 1WPB A; 3A0R A; 1H2G A; 1LUW A; 3CPW U; 1BGY H; 1D5A A; 1IBK O; 5LYJ A; 3D3I A; 4UCT A; 4YY3 B; 3CD6 V; 2XT9 A; 1FFX A; 4GZR B; 4EEQ A; 1ORQ C; 1CXZ B; 4AQY O; 3ETE A; 4NXN O; 1XMO B; 2LFR A; 5TIS Z; 3STZ C; 5CBF A; 1AP6 A; 4BW9 A; 2CGO A; 5LL6 Y; 2W0F C; 3JAM N; 4EKW A; 3ASO B; 2OYQ A; 4DV5 O; 4I50 A; 1VQ8 V; 2KG7 B; 1IDS A; 2RNB A; 2KKW A; 1OCO C; 5DED A; 1JR9 A; 4BR6 A; 2N04 A; 3DC5 A; 1K9M W; 2L35 A; 1VAR A; 1TA8 A; 2ZXW C; 3TET A; 5EZY B; 4LF6 O; 1K34 A; 1PNM A; 5AG2 A; 5CMU A; 4JTA B; 4PA4 A; 4E2L A; 5LBQ A; 4NYK A; 1Q6U A; 3ZRW B; 3J81 N; 1BSM A; 5LMU B; 2OCC C; 4UCU A; 4G27 B; 4TT3 G; 3RYH B; 3CE2 A; 4YIO A; 3DXR A; 2Y4U A; 4O4I B; 3SPC A; 1SQV H; 3IC9 A; 1I0H A; 3FFQ A; 2F43 G; 1FXH A; 1R6K A; 1I5X A; 2ZE5 A; 3CC4 V; 4DR6 B; 4AHC A; 2P7T C; 3SGI A; 1K4C C; 2P4V A; 3GVM A; 5JJE B; 4FLV A; 4FLU A; 2GBO A; 4DR1 B; 2OTJ V; 1YJN V; 1S76 D; 5ITZ B; 4ICG A; 1WA8 A; 4B3M O; 2ITD C; 3AK2 A; 3K06 A; 2UXC O; 2VQF B; 3P30 A; 5GON B; 1IBL O; 1WJZ A; 4O2B B; 1M93 A; 3H01 A; 4I0X B; 4JI4 O; 2HJF C; 1VQK V; 1SZX A; 3BPZ A; 1IBM B; 2WPD G; 4DR2 O; 4FIP C; 3MHH C; 5CN0 A; 2YID A; 1YDX A; 4DYL A; 1KB9 F; 1XNQ B; 1HW7 A; 4UVA A; 4LNU B; 4MTO A; 1UFI A; 5H2F Z; 4FZ0 A; 1M56 C; 4UB6 Z; 2JDI G; 2UXB O; 1JOY A; 1ZL8 B; 3TGU H; 4QNH B; 3AG7 A; 3DTU B; 2CGN A; 4FLY A; 1AJQ A; 2Q68 A; 1FXV A; 4LC1 A; 2ZIM A; 2NR5 A; 1GAX A; 2EJR A; 5DN6 G; 4LWS A; 3QF7 A; 4DUY O; 3HB3 B; 4U7N A; 2MK3 A; 1XL4 A; 4QPK A; 4JI7 B; 2GUZ A; 3L72 H; 4JV5 O; 4J7Z A; 3RT3 C; 4JI1 O; 1XUQ A; 4J7K A; 2OT5 A; 5F2V O; 4ZOL B; 1WNS A; 3BHP A; 2CTP A; 2E74 B; 2QJ1 A; 5CB4 B; 3E8H A; 1AB3 A; 3N2K A; 3LSU A; 1Q5O A; 3LDE A; 2KSD A; 1YJW V; 5FNV A; 1JA8 A; 4EFB A; 2IBZ H; 3LDC A; 1MSD A; 2EIL C; 1W0K G; 3ZHQ A; 5B3S C; 5JVD B; 2OIG A; 4MSW C; 2WLM A; 4MVR A; 3ZBH A; 3F7V C; 2BTQ A; 3WB0 A; 1VQ4 V; 2BE3 A; 1EZV H; 3JAW A; 4DV6 B; 2V7Q G; 2H94 A; 2IU0 A; 3WG7 C; 3T1Y O; 4UV8 A; 3ML0 A; 1YCI A; 5KAI Z; 3E8B A; 1E79 G; 5JJJ B; 5A2Q N; 5KUM A; 4Z2W A; 4UCO A; 3SYQ A; 3ZRS A; 3JAS B; 2CE4 A; 3KZI Z; 1VP7 A; 2LGQ A; 1N34 B; 1FXK B; 1OZ0 A; 3EFF K; 2Q4P A; 2YC0 A; 2ZE7 A; 5EZY A; 1AVM A; 1WP7 A; 4TV9 B; 1Z5W A; 2DYR C; 1N32 B; 2QM4 A; 2VRZ A; 4X1I B; 1W0J G; 2JEX A; 3JCZ A; 2GHY A; 4JI8 O; 2EZO A; 2XOK G; 4O4I A; 3B8N A; 2WLK A; 4JGS A; 2DQ3 A; 2ODM A; 1OCR C; 1I5Y A; 1BZK A; 3OAA G; 1GN3 A; 1MMM A; 4U7O A; 1MA1 A; 3QG5 A; 4K8X A; 2NLJ C; 1ARO P; 4JF3 A; 5CA0 B; 2EIK B; 3ABL C; 2XAS A; 4JYA B; 2JJ2 G; 4MTG A; 3TK1 A; 2DMX A; 1NTM H; 1LUV A; 2ZE6 A; 5GON A; 3KG2 A; 3RYF A; 1NR7 A; 4I0X A; 2VWK A; 1IXB A; 1US6 A; 1E1Q G; 2JGU A; 3ZS8 C; 3CCV V; 3JD4 A; 3NR7 A; 3ASN B; 4X1K A; 3RYC A; 3D36 C; 1YIJ V; 1XNR B; 2ARH A; 1U97 A; 1ZX3 A; 1M4U A; 2QA4 V; 3CCQ V; 1SQP H; 5BMV A; 4ZI7 A; 4DV2 O; 3CRM A; 1NBM G; 2JS5 A; 4K0K O; 4TUY A; 4DV4 B; 4DK1 A; 4RUF A; 1VQL V; 2F4V O; 3CXH F; 4PDV A; 1CP9 A; 2JGD B; 5LP6 A; 3CRA A; 5JCO C; 4PDL A; 2BCC H; 2CUG A; 3DC6 A; 4EFE A; 4DR3 B; 3MAQ A; 2XAQ A; 1K5Q A; 4LF5 O; 3JD2 A; 3P3N A; 4F4L A; 3SYA A; 1NI8 A; 5JH7 B; 3CCR V; 1KQS U; 4LH6 A; 2YDE A; 3EXA A; 4OGQ B; 1XEQ A; 4J9Z B; 1S3J A; 4B3T B; 4ZOL A; 3CHX A; 1VQ9 V; 4JAS A; 1AIL A; 1GTO A; 1VQM V; 5IYB O; 1NVP D; 5FL7 G; 5CB4 A; 3MD0 A; 2Q69 A; 4UV9 A; 4AI8 A; 3JAR A; 3L73 H; 1NQT A; 1TUB B; 1AI6 A; 4O4L B; 1I08 A; 5EIB C; 3LDD A; 3ZHU A; 1Q82 W; 1W2B U; 1IX9 A; 5CBH A; 4L87 A; 2QWN B; 4JI5 O; 4JAU A; 4PDM A; 3U0Z A; 2F95 B; 2CH7 B; 3K9A A; 1FS0 G; 4DV1 B; 4NKG B; 2HR3 A; 1XBL A; 3AK1 A; 3FYE B; 3AG1 C; 3E86 A; 5EC1 C; 3CC7 V; 1H2L A; 5KMG B; 4TWK A; 3H1J H; 3JCU Z; 1N34 O; 4TSF G; 5IYZ A; 2PTM A; 3E8G A; 2M6Y A; 3O65 A; 3BRC A; 3ZJZ A; 2JEU A; 4WFE A; 4MVQ A; 3ZMZ A; 1KU9 A; 2VS0 A; 5HFL A; 1PM9 A; 3RWR D; 4N23 A; 4LCU C; 4KL1 A; 3OGC C; 4UCR A; 3JAS A; 4D7S A; 1TGO A; 1FXK A; 1K8A W; 1OCO B; 4UCV A; 3HKD A; 4AIL C; 1XRE A; 1WN7 A; 4IYI A; 3X2Q C; 4DR5 B; 2QSA A; 5EBL C; 3ZRV A; 5L3F A; 2HEP A; 1ROP A; 3J80 N; 2QKC A; 3S3W A; 1EN6 A; 2PUS A; 4Z1V A; 4DR7 B; 1N36 O; 1X59 A; 2QE7 G; 3OUF A; 1HR0 B; 4GT1 A; 2MW2 B; 1DTO A; 3WB1 A; 3AG2 B; 2ZNJ A; 3OT7 A; 5DEC A; 2P5O A; 4JI6 B; 4RQF A; 4DUZ B; 2OCC B; 4ABM A; 2HJD A; 3P32 A; 2Y48 A; 1PD3 A; 4HBN A; 3RVY A; 2BSK B; 4WFB V; 4CH3 A; 3FB5 C; 1F4N A; 3E8F A; 1Q7Y W; 1IVS A; 2FTK A; 1AR1 B; 5CA0 A; 1XMQ B; 3BAA A; 5B1N A; 3M99 B; 4KFM A; 5CA1 B; 1ZWI C; 4CH6 A; 4KUM A; 2HLD G; 1NJI W; 3G6E V; 4CS3 A; 2EIM C; 2HHH B; 2RCV A; 5L3G A; 4NXM O; 4X62 B; 1Q6H A; 2ZM6 B; 2CAZ C; 4DR3 O; 1H38 A; 5J2U A; 4YJ3 A; 4O4H B; 4H13 B; 5KHG A; 1J5E O; 2OWO A; 1EN4 A; 3SPG A; 3H1K H; 3G4S V; 1M56 B; 1R3I C; 3HKE B; 3L9D A; 3JAT A; 2WLH A; 2PZS A; 2JK5 C; 4X88 A; 5JH7 A; 2BOB C; 1GN2 A; 4GKJ B; 3H9V A; 1MSW D; 1M57 C; 4PV1 B; 4L8J A; 4DRX B; 4ZHQ B; 1GM9 A; 3PJS K; 1R73 A; 4F6R B; 3W7W A; 4NTW A; 4CH4 A; 4GKK O; 2IJH A; 2EJ7 A; 4CC6 A; 5LMN B; 5LOV B; 1VF6 A; 4DV1 O; 1TUB A; 1SA0 A; 1M90 W; 2WLL B; 4TV8 A; 3K0D A; 4DV3 O; 1DK1 A; 4O4L A; 4LF8 B; 3N27 A; 3FB8 C; 3JSN A; 1R3J C; 2A0L A; 4XBF A; 3B40 A; 2YI9 A; 1NH2 B; 5L3B A; 4KHP B; 3ZED A; 2QWP B; 1OHH G; 3HKB B; 3G71 V; 4P30 A; 1R3K C; 2RMK B; 5H6Q A; 5B3S B; 4B3S B; 4NB5 A; 3MDS A; 4X20 A; 4MS2 A; 1HP8 A; 3DGE A; 2RQ6 A; 3B2E E; 4O2A B; 1VQ6 V; 1TAE A; 5LGN A; 5C8Y A; 4W4K A; 1L8D A; 4WFA V; 4CBC A; 1FD9 A; 3GWK C; 2ADP A; 3ABM C; 4DXW A; 3SJA C; 2HFE C; 2IM9 A; 3NXS A; 2E5L O; 4GX0 A; 2UXD O; 1F4M A; 1PNL A; 1PL4 A; 1FJG O; 3K5L A; 1B6Q A; 2ZR3 A; 1ZAU A; 3OE7 G; 2E75 B; 1M5I A; 4IGG A; 1BT8 A; 1Z5V A; 3W7U A; 4P9P A; 3OFN G; 1AI5 A; 1L0N H; 5DM6 V; 2DWD C; 3BEH A; 3GB7 C; 5BR8 O; 1EBO A; 2BOC C; 4BW5 A; 4DV0 B; 4FM1 A; 1ENV A; 5KHH A; 3CP1 A; 1I94 B; 2ZR2 A; 3OM3 B; 1PV0 A; 3C3T A; 1Y6X A; 2AGA A; 2ZT9 B; 4WBN B; 4H37 A; 2DJV A; 2DYR B; 4JI2 O; 1CPY A; 2B5U A; 2P67 A; 3CRQ A; 4JI0 B; 1GO3 F; 3ABK B; 4LFA O; 2BSK A; 2PI5 A; 2YS8 A; 4DW0 A; 1RPO A; 3HPL C; 5JJN B; 4NR1 A; 3ZRX A; 1AR5 A; 5J2T B; 1BQZ A; 3OEE G; 4B3R O; 4X8A A; 3L71 H; 1OCR B; 4I9Q A; 1MZE A; 4MVZ A; 4UVB A; 3CCU V; 2QTS A; 3CJH A; 2W6J G; 4O4J B; 2PF4 E; 2A79 B; 4QGP A; 2E3C A; 5KLV H; 4MVS A; 3ABL B; 1H2K A; 3RFR A; 4RQE A; 4RUE A; 3N2G A; 3O9O A; 3P3P A; 5E79 Z; 3CCE V; 2Y0I A; 4X66 B; 2KB1 A; 4FLT A; 3VOU A; 2YEV B; 5B1B C; 1QHT A; 2FL4 A; 4C7U A; 4FFB B; 3APQ A; 3T1H O; 1D5N A; 2H8P C; 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4PA6 A; 1H2N A; 4UVC A; 5D5Q A; 4MVU A; 4DR6 O; 4UUJ C; 3APO A; 5EBW C; 4PHZ A; 1JJ2 U; 3LSS A; 4LR3 A; 2ZCE A; 1WB7 A; 3JAL B; 4X64 B; 3ZRW A; 1O9H A; 2PGG A; 4JI0 O; 4FLW A; 1L1F A; 1K97 A; 2YXL A; 4J9Y B; 4DR1 O; 1S0V A; 3E22 B; 1P7G A; 1WB8 A; 1R6N A; 2UU9 B; 3FD9 A; 2Y69 C; 4LBE C; 5GTH Z; 3RYH A; 4CS4 A; 4UCS A; 4YXW G; 4CC5 A; 1O9G A; 2VQF O; 2Q0O C; 3X2Q B; 4I55 B; 2WAM A; 3B09 A; 3K9S A; 3IAY A; 1Y66 A; 1IBM O; 3BA9 A; 3UO2 A; 2BTO A; 1YVW A; 3BY6 A; 5ITZ A; 3K57 A; 5K1P A; 1Y76 B; 2AXT Z; 5J2T A; 1XNQ O; 3UO3 A; 3S3X A; 4B7E A; 4B08 A; 1Q3E A; 1YTF B; 1HNW B; 1F51 A; 2CK3 G; 4O2B A; 2CTR A; 2DN9 A; 4O4J A; 3ZMT A; 4EB6 B; 4MTX A; 3ETQ A; 1Y74 B; 2IJJ A; 3KCX A; 3DSQ A; 4WFH A; 3E2E A; 1V54 B; 1GKF A; 4PJ0 Z; 3HR0 A; 1RSO B; 2QGN A; 4LNU A; 3UM7 A; 1TUE B; 1S5H C; 1J95 A; 4FFB A; 2EIM B; 4JI7 O; 1ZL8 A; 3ZHV A; 2FB5 A; 4WF9 V; 4NTY A; 5LP6 C; 1V9P A; 4TQD A; 4G28 B; 5EYP B; 1THZ A; 3F5T A; 2OIE A; 3M8A A; 2EX3 A; 4JYB A; 1TVK A; 2UUA B; 4KXR A; 1PKX A; 5B1O A; 1KKD A; 5IJ9 B; 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