The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| publication title |
Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
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| total genus |
20
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KAF Z; 5KAI Z; 5E79 Z; 4PJ0 Z; 3A0B Z; 3WU2 Z; 5B5E Z; 3A0H Z; 4IL6 Z; 1S5L Z; 2AXT Z; 4UB6 Z; 5H2F Z; 3KZI Z; 5B66 Z; 5GTH Z; 3JCU Z; 4UB8 Z; 5GTI Z; 5TIS Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OE7 G; 4NYK A; 2GUZ B; 5GW7 A; 3BRC A; 2EJ7 A; 1R3L C; 2QKC A; 2YEV A; 3H1L H; 1GN2 A; 1X59 A; 2CGN A; 1OHH G; 2LGW A; 2HHH O; 4GT1 A; 1HNW O; 2N04 A; 3FYI B; 1R73 A; 1LUW A; 2NN4 A; 4C7U A; 3RYI A; 4PDV A; 4DV1 O; 4U3J A; 1BGY H; 1SQX H; 1JQ0 A; 2CK3 G; 1F4M A; 5F2V O; 2AZ0 A; 4B3M B; 2QA4 V; 3L70 H; 2BSK A; 4X20 A; 2JS3 A; 4I7Z B; 4BIZ A; 1ZL8 A; 5ITZ A; 2CH7 A; 1PNM A; 3ZMS A; 3SJQ C; 3SYC A; 1EZJ A; 2Y0P A; 1S76 D; 2QSA A; 5KHG A; 2CUG A; 2DYR C; 3CB2 A; 1JA8 A; 1Q43 A; 4JI3 B; 5E79 Z; 4UV8 A; 3I5D A; 4JI8 O; 2IJK A; 3ZHV A; 1HDJ A; 2W0F C; 4X89 A; 2WSS G; 4PI2 A; 1GK9 A; 3DXR B; 1PPJ H; 3N2K B; 4LF8 B; 4U7N A; 5JJJ B; 2R72 A; 5H6R A; 4UCO A; 4MVR A; 3ZRS A; 4D7S A; 4JPR A; 2Y69 B; 3ETQ A; 2F95 B; 4TUY A; 2ZE7 A; 4UVA A; 3ZN0 A; 4ZBM A; 3W7W A; 5IJ9 A; 2GDS A; 3P3N A; 1VF6 C; 1CEZ A; 4PA3 A; 5IDJ A; 4LFA B; 2A3Q A; 4DW0 A; 3F5W C; 3K9S A; 4X66 B; 1RM1 C; 4EKW A; 2PI5 A; 1FXH A; 1VAR A; 2RJZ A; 2KG7 A; 3HKD A; 1MSD A; 1YSC A; 2OCC C; 2F23 A; 4WBN B; 5IY5 B; 4K8X A; 2F1M A; 3OT7 A; 1FJG B; 5J2U A; 1PV0 A; 1YEW A; 2JS5 A; 4Q20 A; 2OCH A; 3E22 A; 4EFE A; 4JI5 O; 5AG2 A; 2MW2 B; 5EBL C; 2WLI B; 4YIO A; 1FXK C; 5J9P C; 3JAS B; 4K3A A; 3B4S A; 1JJO A; 1KP2 A; 5FPR A; 3IC7 A; 4HYO A; 3QVN A; 3OW2 U; 5KA6 A; 1P7B A; 3ASN B; 2M6Y A; 2YIC A; 2Y48 A; 1MNG A; 3L73 H; 1PNL A; 3K79 A; 5J2T B; 4CH6 A; 3F7V C; 2YIB A; 3C3T A; 4UV9 A; 1WB8 A; 3THO A; 4BIO A; 4OGQ B; 4LF9 B; 2LFS A; 3MD0 A; 3HKC B; 2UXD B; 1KP3 A; 3E89 A; 3PN1 A; 2IJJ A; 4J7K A; 4EFB A; 1H2N A; 4JV5 O; 3TJT A; 1KEC A; 2Q68 A; 4F6E A; 2LP7 A; 1P4R A; 2QWP B; 4JYB A; 1QLE B; 3STZ C; 1Q6U A; 3CMA V; 4W4L A; 4B7K A; 4LF4 B; 3CJH A; 3OTF A; 4O4L A; 2DYR B; 4FLY A; 4WCE V; 1K7D A; 1A32 A; 4AHC A; 3LDC A; 4DV0 O; 5IJ0 A; 1FPO A; 1QR8 A; 5HFL A; 1LUV A; 2D3O W; 3QO7 A; 1YIT V; 4BWA A; 1Z5W A; 1Y74 B; 1XUQ A; 3JAR B; 2VQE B; 2RN9 A; 4LF6 B; 4CH4 A; 3LSQ A; 1FS0 G; 1N33 B; 4IHJ B; 5FNV B; 3ZMV A; 4J10 A; 4J41 A; 5DED A; 4CS2 A; 3RYC B; 5CA0 B; 1XHZ A; 1EFR G; 3CHX A; 4LFC O; 4Q6G A; 2A06 H; 5LA6 A; 1BCC H; 1BMF G; 5JQG B; 4YJ3 A; 5LMU O; 4DRX B; 2UXC B; 3W7S A; 1NTM H; 3TK1 A; 2XTA A; 3ZMT A; 4PI0 A; 1SA0 A; 1VQ6 V; 3OMN B; 1QVF U; 4CS4 A; 4MVS A; 4GX2 A; 2YEV B; 3LNN A; 2AW9 A; 1H2L A; 3UKM A; 4MTF A; 3TXQ A; 5JH7 B; 3SGI A; 2EIJ C; 3UQ8 A; 4B08 A; 4U3J B; 3ZED A; 2IW5 A; 4I50 A; 1DF5 A; 5C8Y B; 1XNQ B; 1K4C C; 2BSK B; 3FAV A; 4WFA V; 3AK2 A; 5ITZ B; 4LH7 A; 4I0X A; 1YTF D; 3N2G B; 1AVM A; 4CZZ A; 3ZRX A; 2HG5 C; 3WU2 Z; 1M4U A; 1KD1 W; 3OMA B; 1YJW V; 4UB6 Z; 4GX1 A; 2W6I G; 4P2Z A; 1IBM O; 3IFX A; 4ICG A; 3E8B A; 1AI6 A; 3JCU Z; 5K1P A; 1WA8 A; 3H1K H; 1KB9 F; 1N8R W; 3SPI A; 1HNZ O; 1VQL V; 4KFM A; 2PYJ A; 4DR6 B; 3DTU B; 1NH2 B; 1N36 B; 2FL4 A; 3JD1 A; 2P7T C; 1S5L Z; 2NR5 A; 1NJI W; 1S5J A; 1B3Q A; 3CCJ V; 3G4S V; 4DUY B; 3KCX A; 3K58 A; 2HVJ C; 3D3I A; 2JGD A; 1IDS A; 4DV6 B; 2RNB A; 4LF7 O; 5B1O A; 4J7J A; 2XAQ A; 3ZHQ A; 3BAB A; 4DV7 O; 4F6R B; 1IVS A; 3HKD B; 1LR1 A; 1V55 C; 4O4I A; 4IIJ B; 2CAZ C; 3X2Q B; 1ZX3 A; 4QPK A; 4R50 A; 4LP8 A; 2GUZ A; 2UUC B; 3MHH C; 4JI1 B; 3ZJZ A; 3JSN A; 3JAT A; 3ABK C; 3PJS K; 3L75 H; 3T4Z A; 1U97 A; 2KB1 A; 4K0K O; 1SQP H; 1Y67 A; 1TUE B; 4KL1 A; 1J95 A; 1GM8 A; 4FLT A; 4BIU A; 4WFG A; 2B9Z A; 4DR3 B; 1IBL O; 4J80 A; 4NXM B; 4JI4 O; 5DN6 G; 4QIW F; 4BW9 A; 5JVD B; 1WLE A; 4MVO A; 4X1K A; 3JD2 A; 2EZP A; 2ADP A; 5GON B; 4CC5 A; 2UUB O; 1I7F A; 4DV5 O; 1G1X B; 1QBZ A; 1V54 C; 4PDL A; 2YI9 A; 2EIL C; 2B1I A; 3N2K A; 2HJF C; 3N27 A; 1NVP D; 4O2B B; 3CME V; 1HR0 O; 1BQZ A; 3LNM B; 3FX7 A; 4DR2 O; 1ZLZ A; 2MK3 A; 5A2Q N; 3M7M X; 1WB7 A; 3K03 A; 1JX9 A; 1W0K G; 5IJ0 B; 3JD4 A; 5KUK A; 1JOY A; 4ZKI A; 3JAK B; 1K34 A; 4FJC C; 3WG7 B; 4KUM A; 1DLB A; 4FM2 A; 3R66 A; 4FZ0 A; 5JJN B; 2W0X A; 2UXB O; 4DO2 A; 4DR4 O; 4P9O A; 1PM9 A; 1H2G A; 3H1I H; 2QJ1 A; 4WBN A; 2CGO A; 3TXS A; 2P90 A; 3W7X A; 3KZI Z; 1R3K C; 5LA6 B; 2P6J A; 3D36 C; 1CP9 A; 3AG1 C; 4MW8 A; 4KHP B; 4AQY B; 3G80 A; 2ZR3 A; 2EUL A; 5D5Q A; 1HP8 A; 1I94 O; 1EN5 A; 2PY5 A; 1SA0 B; 5LHH A; 1IZ3 A; 5DEC A; 1VF5 B; 4JZG A; 4DV3 B; 1HNX O; 2UU9 B; 5LHI A; 2JRI A; 1B06 A; 2PI4 A; 4DK1 A; 3GB7 C; 1NR7 A; 5J2T A; 1GMG A; 1M57 C; 4DV1 B; 4UB8 Z; 5GTI Z; 3ZX6 A; 5TIS Z; 1M56 C; 5L3C A; 5EYP A; 1HWY A; 3APQ A; 5EC1 C; 4HNA B; 3HKC A; 2EX3 A; 3APO A; 1NI8 A; 2Z3Y A; 1T5E A; 1AP6 A; 5IYC O; 5LMN O; 1IX9 A; 1XEQ A; 5BMV A; 4TSF G; 2YIA A; 4H44 B; 1DTO A; 2N05 A; 1X4T A; 3HB3 B; 1WJZ A; 4QJF B; 4CH3 A; 3BFR A; 1E79 G; 1MMM A; 4XDK A; 3P30 A; 1SQB H; 2RDC A; 2Y0I A; 2HP8 A; 4MT8 A; 3P3P A; 1VEW A; 4W4K A; 1F51 A; 1OV9 A; 4WFF A; 2AGA A; 2QR4 A; 4QNH B; 2DYS C; 3RWR D; 1Y74 A; 3CD6 V; 5CMU A; 1V54 B; 2ZE8 A; 3NR7 A; 4IHJ A; 5FNV A; 1H38 A; 5IE9 A; 4IL6 Z; 3RYC A; 4LFB B; 2LQT A; 2YXY A; 3M8A A; 1BSM A; 3RYH B; 1AI5 A; 3B8N A; 4QE9 A; 3CRM A; 4CS3 A; 1Y4M A; 4QE7 A; 3OTO O; 4B3S B; 3LSS A; 4DRX A; 5LP6 B; 2RQ6 A; 2EZO A; 4DXW A; 1VF6 A; 4P30 A; 2HFE C; 5IWA O; 4CC6 A; 1NH2 D; 1URF A; 1MZE A; 1G6U A; 1RPR A; 1GH6 A; 4R8C A; 3JSL A; 4QGP A; 2PZS A; 3CX5 F; 2ODM A; 5KHK A; 2Q8V A; 2AXT Z; 3JAT B; 1SS3 A; 5EZY A; 1SF9 A; 1WAZ A; 5LGT A; 4PD4 F; 1VF7 A; 1OCC B; 1JFF B; 5JH7 A; 5GTH Z; 4JI6 B; 4X8A A; 1XMQ O; 3HPL C; 1FXK A; 4E2L A; 4FM1 A; 5IYZ B; 1WPB A; 1O9G A; 1YJN V; 5C8Y A; 5BR8 O; 2ZKO A; 4FIP C; 3CSX A; 1IBK B; 3H01 A; 3K06 A; 1OCO C; 2ZQM A; 3N2G A; 2GTS A; 1JVM A; 3ASO C; 3UT5 B; 4LH6 A; 4WFB V; 2X0L A; 2VQF O; 1R6T A; 1J5E O; 2UUA O; 3W7U A; 4X1K B; 5LOV B; 4OX9 B; 1LNQ A; 2N74 A; 3A0R A; 4PDR A; 3IJ4 A; 4OPH A; 3H1H H; 3BA9 A; 3MDS A; 1JR9 A; 3CRA A; 3T2M A; 3ZMU A; 1ORQ C; 4JI2 B; 1QVG U; 2L6L A; 4O4J A; 4ASU G; 2QGN A; 2Y4U A; 2YIB D; 2ETN A; 4PA6 A; 4GKK O; 1ROP A; 4B3R B; 1RPO A; 2YID A; 1S3J A; 3CWB H; 3ABU A; 4GZR B; 2A7W A; 3CEI A; 2P67 A; 2ZM6 O; 1NS1 A; 4B3T O; 3K5M A; 3SPH A; 1YVW A; 4DR1 O; 3HR0 A; 5B1A C; 2XUM A; 1PP9 H; 1K33 A; 2PTM A; 3RGB A; 4F6R A; 3K0G A; 1TGO A; 1JMK C; 2R9I A; 4JI0 O; 2Q6A A; 4YJ2 A; 4DUZ B; 1HW7 A; 2DYS B; 4IIJ A; 3K04 A; 2Q7E A; 1L1F A; 1Q6H A; 3DC5 A; 3IGA C; 4B7E A; 4YY3 O; 1S5H C; 3B77 A; 4GCZ A; 4GUN A; 3NXS A; 5LMU B; 3BEH A; 2P06 A; 4IYH A; 3U11 A; 4DR7 O; 1V9P A; 4X64 O; 3CYO A; 1BHA A; 1GM7 A; 2QDO A; 2BOC C; 1D5A A; 2ZNI A; 5IYB O; 4GX0 A; 1KU9 A; 3KKY A; 5KHI A; 1YDX A; 2EIN B; 1R6K A; 1QNM A; 1P84 F; 1Y66 A; 1L0L H; 4WFH A; 5CBH A; 4UXN A; 2JGU A; 1GN4 A; 5EYP B; 4TV8 A; 4RUF A; 4MVU A; 5JVD A; 4RO2 A; 2WLN A; 2ZT9 B; 2QKS A; 1F23 A; 4B3M O; 2BTQ B; 3CC4 V; 1SZT A; 5GON A; 3SYQ A; 2QTO A; 4A5U B; 3SJB C; 5LGN A; 1N32 B; 4DR5 B; 3MHS C; 5BMV B; 4R6Z A; 4FMT A; 1VQ5 V; 4TT3 G; 1US6 A; 3OGI B; 1NZ6 A; 4O2B A; 3B09 A; 3P32 A; 2Z0A A; 4NR1 A; 3CCE V; 3M99 B; 4JYA B; 3SYA A; 1N0J A; 1M90 W; 4X65 B; 3K5N A; 3JAK A; 1U96 A; 4G27 B; 4FK5 C; 2Y4T A; 4NTY A; 1SRY A; 1NU1 H; 2ZE6 A; 2PGG A; 4YHH B; 1NKD A; 5CBG A; 3EHB B; 3I56 V; 1TAE A; 3QO8 A; 1MA1 A; 1YZB A; 1KQS U; 4LNU A; 4LF7 B; 1H2M A; 1Y76 B; 2V4D A; 3LDD A; 4JAA A; 4H33 A; 2YS8 A; 1AI4 A; 4BR6 A; 3LDE A; 2EIK C; 1I08 A; 4LFA O; 1ZTE A; 1E1Q G; 2DQ3 A; 3QO5 A; 4LCU C; 4X66 O; 4UCV A; 5KX5 B; 2E74 B; 2ZIN A; 2IH1 C; 2R9A A; 3A8T A; 1RM1 B; 2CTQ A; 2Q0O C; 4FFB A; 1NT2 B; 1FJG O; 2EIM C; 1CPY A; 3SR2 C; 5EZY B; 3U0Z A; 4TV9 B; 2OCC B; 1N34 B; 5B3S C; 3K08 A; 4GYC B; 2ZDI A; 3STL C; 3JD3 A; 2XND G; 1FXK B; 4O2A B; 1XQ8 A; 1RFY A; 3SJC C; 4U7O A; 4ZI7 B; 1DF4 A; 1QHT A; 4HNA A; 3SPJ A; 5EC2 C; 3AG4 C; 2B5U A; 2RMK B; 5FLX N; 3QG5 A; 3CRQ A; 1KUQ A; 2CE4 A; 3CS5 A; 4ZHQ B; 2GSM B; 5CB4 B; 1ZUQ A; 3T1Y B; 5EIB D; 4JTD B; 1WNS A; 4LF9 O; 4LC1 A; 2OTL V; 2K1E A; 2UUB B; 5LBQ A; 4F4L A; 4NXN B; 3GWO A; 3F5T A; 2UXD O; 1KMI Z; 3BPZ A; 4JI7 B; 1BHB A; 2F43 G; 4O4J B; 2ZCE A; 1PL4 A; 3OEE G; 1Q8I A; 1R3J C; 1HR0 B; 3K5L A; 5B5E Z; 1VQP V; 3BAA A; 2QM4 A; 3OR6 C; 4D6T H; 4LF4 O; 5D5P A; 2ZD9 A; 2YXL A; 1XI1 A; 3H1J H; 2A0L A; 2EJR A; 4XDJ A; 1OCZ C; 3QTC A; 1PKX A; 1S0V A; 3AG2 C; 3RYH A; 2CTP A; 4RAI A; 1O9H A; 1ZSP A; 1UPG A; 1AJP A; 3B2E E; 3ZIA G; 3D8C A; 1H2K A; 1I5X A; 2HEP A; 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1S72 V; 5DM6 V; 2KSD A; 4DR6 O; 1THZ A; 5KLV H; 1N36 O; 5K1X A; 3E35 A; 1FFX B; 4DUY O; 1P7G A; 1F4N A; 3FB5 C; 4LNU B; 5FPO A; 4EB6 B; 1B04 A; 4ZIB A; 3BY6 A; 4DV6 O; 1MAB G; 3TGU H; 5KA5 A; 4Z2W A; 4HBN A; 1OCZ B; 1EM1 A; 5CA3 A; 1QCE A; 4FFB B; 3ABM C; 2PF4 E; 4YIP A; 1SET A; 1VQN V; 3T1H O; 1IUR A; 2UUC O; 4U3F H; 1V55 B; 2HHH B; 1HNW B; 4JI1 O; 2H3O A; 1N4C A; 3CRR A; 3O65 A; 3K57 A; 3G71 V; 4IT5 A; 5KMG B; 1VQM V; 2YDE A; 4QPJ A; 2AZ2 A; 3ABK B; 2ITC C; 2DWD C; 2JEU A; 2D2C B; 3OAA G; 1RSO A; 3EVK A; 1KBH A; 1Q90 D; 3ICX A; 2BTQ A; 3L74 H; 2HKO A; 1COW G; 2XOK G; 3JAW A; 4DR3 O; 4UCU A; 3BVO A; 3H9V A; 1E1R G; 2JJ2 G; 4RQF A; 3ETE A; 4JI8 B; 4UUJ C; 1W2B U; 5LYJ A; 4J42 A; 4H13 B; 2Y69 C; 3CXC U; 5KHJ A; 1P49 A; 3T4D A; 1MSW D; 2LW7 A; 3Q4H B; 4D7T A; 2EIL B; 2HVK C; 4X1I A; 5EBM C; 1BL8 A; 2AHY A; 1Z5V A; 4O4H B; 1VMG A; 4TWK A; 1GKF A; 2G38 A; 1SKV A; 1Y76 A; 2VS0 A; 2V7Q G; 1OCR B; 1Q6I A; 5IY5 C; 4K8Z A; 1SQG A; 5H6Q A; 2UXN A; 4JI0 B; 1YIJ V; 1AR1 B; 4FFK A; 1SER A; 2LFR A; 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