The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
|
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| total genus |
20
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
z
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KZI Z; 4UB8 Z; 5B66 Z; 4UB6 Z; 5H2F Z; 5B5E Z; 3A0H Z; 5KAF Z; 3A0B Z; 3JCU Z; 5TIS Z; 1S5L Z; 3WU2 Z; 4PJ0 Z; 5E79 Z; 5GTI Z; 5GTH Z; 2AXT Z; 4IL6 Z; 5KAI Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FFB A; 3WB2 A; 4J42 A; 1P84 F; 5C8Y B; 1KB9 F; 3OUS A; 1JR9 A; 1AR1 B; 3IC7 A; 4BIO A; 2LW1 A; 4RQF A; 4DW1 A; 1JVM A; 2AW9 A; 2DYR C; 3S3X A; 2RQ6 A; 2ZR3 A; 4YJ3 A; 3ASN B; 3ZRS A; 2F66 C; 4JTA B; 5JQG B; 1N34 B; 3KCY A; 4PA3 A; 1F7Y A; 3DC5 A; 3RWR D; 1PL4 A; 3QG5 A; 3ASO B; 2ODM A; 3E86 A; 1N32 B; 2UUB O; 2CE4 A; 2YUA A; 1WB7 A; 2F1M A; 2HJD A; 1AJQ A; 4JAV A; 3OGC C; 4LF6 O; 1V54 C; 1H2L A; 3MHS C; 3RYI B; 4LF5 O; 4JTD B; 1JA8 A; 2AHZ A; 4U3J A; 4CBC A; 5KLV H; 4KUM A; 4NTY A; 4F6E A; 2YSU B; 4IGG A; 2ILM A; 4B7E A; 2RDC A; 2DN9 A; 4QGP A; 1S5J A; 5J2T B; 1Z5V A; 3K04 A; 1NR7 A; 5ITZ A; 1YXB A; 1M56 B; 4YJ2 B; 1Z5W A; 2HVK C; 4DYL A; 1SET A; 2RN9 A; 1XMO O; 2BE3 A; 1BHB A; 2XTA A; 5LXT A; 3CYO A; 4DR1 O; 1D5N A; 1XL4 A; 2X6B A; 5H2F Z; 3RFR A; 4K8X A; 2ZIM A; 1MZE A; 3JAM N; 2YIC A; 4LH7 A; 4DUZ B; 4FLZ A; 2P4V A; 3K5O A; 3GWO A; 4RAI A; 1WA8 A; 4LR3 A; 2NN4 A; 1S72 V; 5CA3 A; 1KQS U; 2Q7E A; 1N8R W; 2YIA A; 4B3T O; 4HNA B; 1R3K C; 3QO8 A; 2Q73 A; 1OCO B; 5C93 A; 1MSD A; 2WLI A; 1IBK O; 1W0K G; 1SZT A; 4BW9 A; 5CA1 B; 2BOB C; 4ZKI A; 5BMV B; 4NYK A; 4DV7 O; 2IH3 C; 1X59 A; 2F93 B; 1NJI W; 1PPJ H; 4F6R A; 4FZ1 A; 1W0J G; 1XL6 A; 1Y76 A; 1R3I C; 2BTQ B; 3JAW A; 1OCZ B; 5BR8 O; 2LP7 A; 3TXS A; 2KG7 A; 1M9N A; 4DV6 B; 4RUF A; 3DGE A; 4PDM A; 2GV9 A; 3I55 V; 1P7G A; 4E2L A; 4O2A A; 2CK3 G; 3ZS8 C; 5LA6 B; 1Q82 W; 4IHJ B; 2XAQ A; 1N33 O; 5LHH A; 5KUK A; 3GVM A; 3CCM V; 1US6 A; 4UVC A; 3FKS G; 4LFB O; 2QJ1 A; 4FIP C; 5KA6 A; 3JAK A; 2UUB B; 2Q9L A; 4DUY O; 3FYI B; 4LF6 B; 1LUW A; 4LF5 B; 5CBH A; 3RYH B; 3T1Y O; 2ZDI A; 1VQN V; 4CH6 A; 3ZMZ A; 4RWU A; 3SPC A; 1TUB B; 2WSS G; 4GKK B; 2VWJ A; 4JI1 O; 4UFZ A; 2IBZ H; 3SYQ A; 4LFA O; 5B1O A; 2WAM A; 2ZDI C; 1YHQ V; 1T5E A; 3EXA A; 5B3S C; 4TOI A; 5BZB A; 4OPH A; 3N2G B; 1KU9 A; 1NTM H; 1VF7 A; 4OPA A; 1V55 C; 4YIP A; 1L0N H; 3RYF A; 1V9P A; 1M5I A; 1N4C A; 3K59 A; 3SYA A; 2W0X A; 1XMO B; 1VP7 A; 2P67 A; 2YI8 A; 4LWS A; 2X6C A; 1Q90 D; 4IYI A; 4L87 A; 3F5T A; 2ZE6 A; 4DR1 B; 4XDK A; 4O4H A; 5JVD A; 3CD6 V; 1M57 B; 5IWA O; 4OX9 O; 1ZAU A; 4WFH A; 1J5E O; 5EK0 A; 3ABU A; 4LF7 O; 4DR2 O; 4FM2 A; 4LBE C; 5JCO A; 4LF8 O; 4AQY O; 1XBL A; 4UUJ C; 3TJT A; 2PZS A; 1VQ4 V; 4GLX A; 3IFX A; 1PKX A; 1VF5 B; 4G27 B; 3ML0 A; 1JQ0 A; 1X4T A; 5JCO C; 4B3T B; 2UUC O; 3CEI A; 5LP6 A; 5FPO A; 5LYJ A; 1WNS A; 1Y74 A; 4LNU A; 4X1K B; 3RVZ A; 3DXR B; 1IBK B; 2Y4U A; 4JI4 O; 4J7J A; 5LP6 C; 3CRQ A; 2B1G A; 2JVD A; 4JV5 O; 4UCV A; 4PHZ A; 5B1A B; 4DV7 B; 2HLD G; 4X65 O; 2XND G; 1GMG A; 2KKW A; 3AK1 A; 4UCT A; 4GX1 A; 4JI6 B; 1K8A W; 1B06 A; 3JD0 A; 3RYC A; 2R9I A; 5BR8 B; 1I7F A; 1F23 A; 4TT3 G; 3CXC U; 5BY1 A; 4FK5 C; 3CC4 V; 1FXK A; 1QVG U; 4QNH B; 2KQX A; 4YIO A; 3JAL B; 2BSK A; 3QO5 A; 5EBM C; 1FXK C; 3STZ C; 4CS2 A; 4TV9 A; 1JMK C; 4L8J A; 3J81 N; 1N33 B; 1H2N A; 3P3N A; 3NR7 A; 4O4L B; 3MHH C; 1GK9 A; 1WAZ A; 3WFV A; 4P9P A; 1IVS A; 3AG4 B; 1DGS A; 4LFB B; 3CS5 A; 1EN5 A; 2EIK C; 4NVP A; 3RN4 A; 4CC5 A; 1AB3 A; 4DK1 A; 4DUY B; 3HKC A; 1YZB A; 2BOC C; 4FZ0 A; 3H1J H; 2F4V O; 3T1Y B; 2DWE C; 3HKD A; 1GM7 A; 2P06 A; 2CTW A; 2D2C B; 3OD4 A; 3OW2 U; 3LDC A; 4LFA B; 1FKA O; 1JCH A; 3T1C A; 1OCR C; 1ZL8 A; 4HBN A; 4O4I B; 2PY5 A; 4RO2 A; 2ZD9 A; 2YXH A; 1BE3 H; 4PDL A; 3S3W A; 1YDX A; 2WLN A; 5CA0 A; 4UV9 A; 4PA4 A; 3WU2 Z; 1RM1 B; 4JF3 A; 4W4K A; 3T2M A; 1M90 W; 3CP1 A; 2EIM C; 4B3S O; 5IY5 B; 4PI2 A; 1THZ A; 3ZRW B; 4D6T H; 1EZV H; 1FFX A; 2PI5 A; 5IWA B; 4OX9 B; 2RJZ A; 4ZIB A; 2UU9 O; 3D36 A; 1J5E B; 1SA0 A; 3AG3 C; 3D8C A; 4LF7 B; 2WLJ A; 2IM9 A; 4DR2 B; 2GUZ B; 1H2G A; 2ZM6 B; 4U7N A; 2IJI A; 3HKE B; 3ETQ A; 4LF8 B; 4AQY B; 3D36 C; 3G4S V; 3K9S A; 2QA4 V; 3W7S A; 2DE0 X; 1SQQ H; 1CEZ A; 3OMA B; 3CHX A; 5LHI A; 2UUC B; 1DF5 A; 1AI6 A; 3MDS A; 4I0X B; 1GAX A; 2QTS A; 1KKD A; 4NTW A; 1NQT A; 2IJH A; 1W59 A; 4TUY A; 4MVU A; 3KCX A; 4JV5 B; 3CJH A; 2LO1 A; 3CCU V; 4X65 B; 2HFE C; 3UT5 A; 5LOV A; 4EB6 B; 2VRZ A; 5KUM A; 3K03 A; 5CB4 A; 1MMM A; 3NXS A; 2UXN A; 2OYQ A; 5LGN A; 4H13 B; 3R65 A; 5LL6 Y; 4MTF A; 3E35 A; 3ZIA G; 2PTM A; 1XHX A; 3H1K H; 3SDL A; 4HAM A; 3BPZ A; 1LUV A; 3E89 A; 3A8T A; 3LSQ A; 1WN7 A; 3G67 A; 4CH4 A; 3L74 H; 1A32 A; 4DRX A; 4AHC A; 1XHZ A; 2Z5U A; 5FNV B; 1URF A; 3OMI B; 3E8G A; 3AG1 C; 5KAF Z; 4JAS A; 4GX5 A; 1M1K W; 2A9H A; 3TK1 A; 3MAQ A; 2Q68 A; 3BA8 A; 5AG2 A; 2E75 B; 2P22 C; 3IGA C; 5IJ9 B; 2F4V B; 1ARO P; 4MT8 A; 4Z1V A; 4ZI7 B; 5J2U A; 4X88 A; 1UJW B; 1BSM A; 2YID A; 3OT7 A; 2QTO A; 4X62 O; 2QM8 A; 1OHH G; 1PD3 A; 1G8M A; 4U7O A; 2QWR B; 2HG5 C; 1HW7 A; 2A0L A; 1UPG A; 1SS3 A; 2N05 A; 2ITD C; 4N21 A; 5IE9 A; 5B66 Z; 3ABT A; 4LFC O; 1AI5 A; 3JAT B; 1HR0 O; 3A0H Z; 2YC0 A; 2QSA A; 3ZHS A; 4B3S B; 3SJA C; 4DK0 A; 1VQK V; 3SJC C; 3CXH F; 4DV1 O; 2UU9 B; 4DR6 O; 3PJS K; 1IZ3 A; 4BAY A; 2YIB A; 1I08 A; 5JH7 A; 3O65 A; 2HJF C; 2DYR B; 1HWY A; 5EYP A; 2CH7 B; 2IJJ A; 1P7B A; 2YEV A; 3B09 A; 3JD2 A; 1YTF D; 4B7K A; 5E1A C; 5KHH A; 2N04 A; 2ZXW C; 5GTI Z; 5KMG B; 4YJ3 B; 2JGD A; 3H1H H; 3BAA A; 1UFI A; 1AJP A; 5IYZ B; 2BTO A; 3K9A A; 1HNZ B; 2N74 A; 3JAR A; 2JS3 A; 4RQE A; 2DJV A; 3TXQ A; 2GSM B; 5IJ0 A; 1J95 A; 3B40 A; 2NLJ C; 5IDJ A; 1XMQ B; 1Q86 W; 4U3J B; 2IU3 A; 1MNG A; 3DC6 A; 4GCZ A; 5KAI Z; 1U97 A; 1B6Q A; 1L8D A; 1FFT B; 4ZOL A; 4O2B A; 1OV9 A; 2EJR A; 2WWW A; 4FLT A; 1VQP V; 3HB3 B; 1Y67 A; 1GM8 A; 1AP5 A; 2CTR A; 3B2E E; 1H2M A; 2LFS A; 4J9Y B; 3ZMU A; 1OJH A; 3CCE V; 2JEU A; 4HYO A; 1F4N A; 4JI2 B; 4GZR B; 2AGA A; 1GH6 A; 3APQ A; 2QDO A; 4B3M B; 5D5P A; 1JOY A; 5JQG A; 5CBF A; 4TSF G; 3ABM B; 3CME V; 3RT3 C; 4AI8 A; 1K33 A; 4YY3 O; 4IIJ A; 4JTC B; 1WB8 A; 4ICG A; 3EHB B; 1WA8 B; 4X62 B; 1Z2G A; 3ZRX A; 2IW5 A; 3K58 A; 4LP8 A; 1EM1 A; 4XDJ A; 1ZWI C; 2NR5 A; 1CXZ B; 2WA3 A; 1H2K A; 4KFM A; 5KA5 A; 3FX7 A; 4PV1 B; 4TV8 B; 2E74 B; 4LFC B; 1ZLZ A; 1Q7Y W; 4FLX A; 1HR0 B; 5GTH Z; 5K1X A; 1L1F A; 1B04 A; 3WG7 C; 3I5D A; 4DR5 O; 5KHK A; 3UM7 A; 1SC5 B; 5GON B; 4DV3 O; 1HNX O; 2OCC C; 5J2T A; 1Q81 W; 4TWK A; 1L0L H; 4DV1 B; 4F6R B; 3M8A A; 1YJN V; 4DR6 B; 5EIB C; 4YXW G; 1LR1 A; 1XRE A; 1ORQ C; 2A79 B; 2OT5 A; 3K57 A; 1PM9 A; 3E83 A; 4O2A B; 1CP9 A; 3J7A U; 1QCE A; 1K3E A; 1R6T A; 4WBN A; 3IC9 A; 2UXD O; 2YDE A; 5H9C A; 1ROP A; 3VBB A; 3G71 V; 3P30 A; 2HHH O; 2GTS A; 4MW3 A; 4HNA A; 1NT2 B; 4FFK A; 3F7Y C; 4O4J A; 2ZR2 A; 4X1I A; 4EEQ A; 5L3G A; 1BS3 A; 2OTJ V; 1FS0 G; 3K5M A; 2EBO A; 4IYH A; 2B5U A; 1OCO C; 2JJ1 G; 2FTK A; 2QM4 A; 5BMV A; 1NI8 A; 5B3S B; 4DR4 O; 3RVY A; 5DEC A; 1V55 B; 2UUA O; 1QLE C; 2XAF A; 1P49 A; 2CUG A; 1Q8I A; 2BTQ A; 2X0L A; 4H44 B; 1S0V A; 1Q5O A; 3QNE A; 3SPI A; 2FKX A; 4N23 A; 4H0L B; 1NVP D; 2ZE7 A; 2XAJ A; 3RYF B; 3BCC H; 1COW G; 2EIJ C; 3J80 N; 1VQ8 V; 5IYB O; 1EN6 A; 3W7W A; 3B8N A; 1ZUQ A; 1K7D A; 4ASU G; 2Y0P A; 4X20 B; 5LA6 A; 3ZHR A; 4LWS B; 2QR4 A; 4IHJ A; 3SPJ A; 3ZHQ A; 2Y48 A; 4I7Z B; 4ABM A; 2VQF O; 2YI9 A; 4W4L A; 4U3F H; 4BW5 A; 1K5S A; 2RNB A; 5TIS Z; 1GTO A; 3E22 A; 3JSL A; 2DQ3 A; 3N27 A; 2Q67 A; 1R1B A; 1VMG A; 2OCH A; 4NTX A; 3OAA G; 5LP6 B; 2WPD G; 5LYJ B; 3CC2 V; 4Q20 A; 1IXB A; 5IYD O; 4WFF A; 5D5Q A; 2EIN B; 5EIB D; 3N2G A; 4DR5 B; 1Y66 A; 4DV3 B; 1HNX B; 1RP3 B; 4UCS A; 1XIL A; 3QVN A; 2CTQ A; 1Y6X A; 3SR2 C; 2DMX A; 2E5L O; 1AJN A; 3H1L H; 2YS8 A; 4UB6 Z; 3THO A; 4GX0 A; 4P2Z A; 1YJ9 V; 2V1D A; 1QVF U; 1BCC H; 3K06 A; 3AG2 B; 3ZN0 A; 1IX9 A; 5HFM A; 3LSS A; 2BSK B; 4QJF B; 3VOU A; 2WLL A; 4DW0 A; 3N2K B; 3SYO A; 1M57 C; 5LGT A; 1NH2 D; 1H8E G; 2L35 A; 3OTO O; 2HHH B; 4LF9 O; 4C7U A; 2Q0A A; 1FXH A; 3QO7 A; 2QEX V; 4PEL A; 1XQ8 A; 1S3J A; 2E3C A; 1JFF A; 5J9P C; 2JK5 C; 3JYC A; 3JCZ A; 3L72 H; 1S77 D; 3B4S A; 3HR0 A; 2ZE5 A; 1M4U A; 1WJZ A; 4QPJ A; 3HKD B; 3IJ4 A; 3OM3 B; 4H33 A; 5CMU A; 4E4E A; 2E76 B; 2OTL V; 2FYU H; 4X1Y B; 5B5E Z; 3B77 A; 2UUA B; 1I0H A; 4OGQ B; 3Q4H A; 1YEW A; 1AI4 A; 3T4D A; 1K97 A; 2DW4 A; 5H6R A; 3CCR V; 2ZT9 B; 3JAS A; 3LSU A; 1PP9 H; 5CA0 B; 5A2Q N; 4JI1 B; 3M99 B; 3JAL A; 3FD9 A; 3O9O A; 2WLK A; 2A7W A; 1JJO A; 5L3C A; 1JPX A; 2Y69 B; 4UCU A; 4X89 A; 1AP6 A; 3BAB A; 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1K4D C; 5FPR A; 5LHG A; 1IUR A; 5E79 Z; 3CRC A; 3F5W C; 1BZK A; 1NZ6 A; 2DYS B; 1S76 D; 3OUF A; 2YXY A; 3SPH A; 3OR6 C; 3L73 H; 4KXR A; 5JJJ B; 3M7M X; 1E79 G; 2V7Q G; 3HKB A; 1VQO V; 4QPK A; 1I94 O; 1FPO A; 3ZHU A; 4MVM A; 4I9W A; 3FFQ A; 1YIJ V; 4R8C A; 1G6U A; 4BWA A; 2Q4P A; 3FYE B; 4JYA B; 5FNV A; 5KHG A; 2X7R B; 1VQ7 V; 2P6J A; 4DV2 B; 1SQX H; 2HP8 A; 4MVZ A; 4IL6 Z; 2Q7G A; 4UVA A; 3FAV B; 3FB7 C; 4GKJ O; 2GHY A; 1QNM A; 5EC2 C; 4PDR A; 2XAG A; 4FMT A; 1YCI A; 1SQG A; 5EYP B; 3QF7 A; 1N36 B; 3L71 H; 2ZXW B; 5IJ9 A; 4JI3 O; 2KB1 A; 4DUZ O; 2YEV B; 3CMA V; 3GWK C; 2WA4 A; 2ATK C; 2ZE8 A; 4MSW C; 3CWB H; 4MTO A; 3W7X A; 1AVM A; 3APO A; 3X2Q C; 2JGD B; 5JWP A; 2A06 H; 4DXW A; 3SJB C; 1PNL A; 4FFB B; 3P32 A; 1XI1 A; 1XNQ O; 3JAR B; 3K0D A; 4NXN B; 4G28 B; 1QQC A; 1YSC A; 2ADP A; 1TVK A; 4X64 O; 4JI7 B; 4NXM O; 2DOS A; 3PN1 A; 5LMN B; 3BA9 A; 1D5A A; 1Q6I A; 4WCE V; 2QKC A; 1GN3 A; 3JD1 A; 1G4Y B; 4MVR A; 2O57 A; 3GB7 C; 5IT9 N; 1V54 B; 3CPW U; 1EZJ A; 1QU7 A; 4AIL C; 5L3B A; 5CN0 A; 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