The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
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| total genus |
20
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| chains with identical sequence |
z
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A0B Z; 3JCU Z; 1S5L Z; 3A0H Z; 5TIS Z; 5GTH Z; 4UB6 Z; 5B5E Z; 5H2F Z; 3KZI Z; 4PJ0 Z; 2AXT Z; 4UB8 Z; 5KAI Z; 5B66 Z; 5E79 Z; 4IL6 Z; 5KAF Z; 3WU2 Z; 5GTI Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NH2 B; 1XMQ B; 4DV1 O; 1JCH A; 1GAX A; 5IT9 N; 2GV9 A; 2YXL A; 3NR7 A; 1VF6 A; 2P4V A; 3MDS A; 1K97 A; 4LF7 B; 3SGI A; 1YIT V; 3CD6 V; 2YI8 A; 3C3T A; 4LNU A; 4UVB A; 2ZR2 A; 2JGD B; 4NTX A; 4PA6 A; 1LUW A; 4CZZ A; 5KAF Z; 1S77 D; 1R3L C; 2AZ0 A; 2VQF O; 3OW2 U; 3OGC C; 3N2G B; 3ZRW B; 4X9Q A; 2WPD G; 4JV5 B; 1F51 A; 4FFK A; 5J2T B; 3ETD A; 4O4L A; 4O4I B; 3RW0 A; 1R6N A; 1VQN V; 1ENV A; 1MG1 A; 4JYB A; 1YSC A; 4MW8 A; 1EN4 A; 1K3E A; 2VWK A; 1THZ A; 3D3Q A; 4PDR A; 4WFE A; 4NR1 A; 4DR2 B; 1Q82 W; 1F4M A; 4PDV A; 3VQX A; 4K8Z A; 1Q8I A; 2ZE8 A; 1JQ0 A; 1N36 B; 3UKM A; 3CC7 V; 4FZ1 A; 2H8P C; 2OCH A; 2OCC C; 5CB4 A; 1P7B A; 2X7R B; 4X1Y A; 1A32 A; 4TQF A; 5D5Q A; 4U3F H; 1Q6H A; 4DYL A; 3CC4 V; 3E86 A; 2UXC O; 2ETN A; 3RBZ A; 2EJR A; 1M56 C; 3APQ A; 4WFG A; 1EN6 A; 4X66 B; 1K92 A; 5ITZ A; 1LUV A; 4JI4 O; 1R73 A; 4UCU A; 4X65 O; 5IYB O; 4NB5 A; 4LH7 A; 3OGI B; 1QLE C; 2ZXW B; 2PY5 A; 4FM2 A; 1ZL8 A; 1DK1 A; 4B3M O; 4J11 A; 2NN4 A; 1Y67 A; 1N33 O; 3L74 H; 2UU9 B; 3CXC U; 2RN9 A; 1JA8 A; 1K33 A; 4O4H A; 1OJH A; 3TCU A; 1GMG A; 3H1H H; 4BIO A; 5EIB D; 4I55 A; 4P9P A; 2ZT9 B; 1H8H G; 2ZIN A; 4CS4 A; 3W7X A; 3U10 A; 4QNH B; 4FVM A; 5E1A C; 4FJC C; 4DUY B; 1HNW B; 4MVU A; 1DGS A; 3AG1 B; 4GX1 A; 5LGU A; 4DR6 O; 1PPJ H; 1W59 A; 1AR1 B; 1P7G A; 1B6Q A; 1WB8 A; 1UPG A; 5CB4 B; 3EVK A; 2EIK C; 3SPJ A; 2L6L A; 4GX0 A; 1XL6 A; 3CCV V; 3K0D A; 4DK0 A; 4X1I B; 1VQK V; 4MVS A; 4RAI A; 2VQF B; 1GM8 A; 3P3N A; 4QE7 A; 5ITZ B; 4LF4 O; 3AG4 C; 5IWA O; 1KC8 W; 1KKC A; 4UVC A; 2A0L A; 4DV5 B; 4JPR A; 1HNX O; 5HFL A; 3DC6 A; 2CH7 A; 3CRM A; 2WAM A; 4R6Z A; 1HWY A; 1YHQ V; 2Q7E A; 3OMI B; 3CRC A; 4I9W A; 3AG7 A; 1PKX A; 1JFF A; 2ADQ B; 3P30 A; 2HG5 C; 4O4H B; 2Q6A A; 5IY5 B; 1SRY A; 1S0V A; 3OAA G; 3SYC A; 1H8E G; 2WLI A; 4I55 B; 4RQE A; 1VF7 A; 2BOC C; 4G2K A; 1FXK A; 1HR0 O; 1AIL A; 2D3O W; 2QSA A; 3O65 A; 3CRA A; 2UXC B; 1NU1 H; 4P30 A; 3QNE A; 1ORQ C; 2ZIO A; 1GN3 A; 3ZHU A; 2P4K A; 4FLY A; 3TET A; 1JJO A; 4PV1 B; 4JI4 B; 4HNA A; 2QTS A; 4X65 B; 1Y6X A; 4UV9 A; 5CA1 A; 3WB0 A; 1I0H A; 3OE7 G; 4RO2 A; 5EYP A; 1K34 A; 1BMF G; 2JS5 A; 2P06 A; 2YXY A; 3HKB B; 3J80 N; 3G4S V; 4PDL A; 3L72 H; 3OTO O; 1N33 B; 1VAR A; 3W7T A; 3JYC A; 4ZOL A; 3MHS C; 3SDL A; 3CHX A; 1E1R G; 4MTX A; 4HBN A; 4AHC A; 4X8A A; 4J9Y B; 2E5L O; 2Y48 A; 2O57 A; 5H6R A; 3A2F A; 2AHZ A; 4YXW G; 4EKW A; 2EIM B; 4RWU A; 2CH7 B; 1MAB G; 4JAA A; 3QVN A; 1K73 W; 5IJ9 A; 1JFF B; 1TUE B; 1JMK C; 3JSN A; 3JD2 A; 3GVM A; 4DR6 B; 4JZ2 A; 3K0G A; 5C93 A; 1U97 A; 1VF6 C; 4W4K A; 1FXK B; 3ZS8 C; 3ZHT A; 1X59 A; 2DOS A; 4LF9 O; 1ARO P; 1XNR B; 2ZXW C; 5CA0 A; 2P7T C; 2EIN B; 2GHY A; 3E8B A; 1NQT A; 1SZX A; 3D3I A; 2LGW A; 3W7S A; 1AJQ A; 2XUM A; 3APO A; 4LF4 B; 3AG2 B; 3FB5 C; 1GM9 A; 3HKD A; 3CC2 V; 2ZIM A; 3TXQ A; 1M93 A; 5CA1 B; 1FFX A; 3KCY A; 1KKD A; 4MW3 A; 4XDJ A; 1HNX B; 1BQZ A; 2GTA A; 3T2M A; 2A3Q A; 1QR9 A; 1K7D A; 3N27 A; 2LGQ A; 5B1B B; 1IX9 A; 4IYH A; 4ZOL B; 3STZ C; 5EC1 C; 3AG1 C; 4LFA O; 2YID A; 3T1C A; 4YJ2 A; 3ZRS A; 1MZF A; 1XI1 A; 3FYI B; 4FK5 C; 3J81 N; 2E3C A; 2Y0P A; 3UQ8 A; 4FLX A; 5IJ9 B; 3ABM B; 4EFE A; 3F5W C; 5LL6 Y; 1RM1 B; 5D5P A; 5LHH A; 4FPP A; 4K0K O; 1JOY A; 1E1Q G; 4NYK A; 2XAF A; 2WLJ A; 1MNG A; 3OTO B; 2CAZ C; 1Q6U A; 2HHH O; 4ZBM A; 1COW G; 4D7T A; 2NR5 A; 2EIJ B; 3CCM V; 5IY5 C; 2E5L B; 1NKD A; 4UXN A; 3B8M A; 1GK9 A; 2WA3 A; 4R50 A; 1DF4 A; 5L3G A; 2P90 A; 3K5O A; 3T4D A; 4JTC B; 3ASO B; 2YIC A; 4XDK A; 3RYC A; 4LF5 O; 4YJ2 B; 3IAY A; 2H94 A; 2M6Y A; 2CTW A; 5JJE B; 3E22 A; 5KHJ A; 2QM4 A; 2FML A; 1N32 O; 1WLE A; 2PI5 A; 3WG7 B; 1YIJ V; 4PDM A; 3E89 A; 4JAS A; 5H9C A; 4FMT A; 4PI2 A; 1NS1 A; 5EK0 A; 1BS3 A; 4UB8 Z; 2DN9 A; 2V4D A; 3RYF A; 1US6 A; 4B3S O; 2JK5 C; 2EIM C; 2JS3 A; 2QM7 A; 4CS3 A; 1XMQ O; 4CBC A; 4LFA B; 5C8Y A; 3ZRV A; 1L0N H; 4GX2 A; 4LFC O; 1ZTE A; 1V55 B; 5CBF A; 2XT9 A; 2QWP B; 1GH6 A; 4PA4 A; 4JYA O; 3H9V A; 2DQ3 A; 2A9H A; 2WLM A; 3ML0 A; 5GTH Z; 2EIN C; 4N23 A; 3Q4H B; 4YIO A; 3CME V; 4EB6 A; 2WA4 A; 1UJW B; 1NI8 A; 3RYC B; 1VQO V; 1QHT A; 3K5L A; 3MHH C; 1Z2G A; 3LNN A; 3AG2 C; 4K0K B; 2QGN A; 1M4U A; 4DW1 A; 4DR4 O; 2IM9 A; 3WU2 Z; 1RPO A; 3CWB H; 2YUA A; 2ADP A; 1OCO B; 1FXH A; 1HDJ A; 4OX9 B; 5B1B C; 5LHG A; 1H38 A; 2F95 B; 4MT8 A; 2HHH B; 5IE9 A; 1QLN A; 5CBG A; 1YF2 A; 3RYF B; 4DV6 B; 5F2V O; 2ZD9 A; 2P6J A; 1YZB A; 4QPJ A; 1H2N A; 4MVQ A; 1YI2 V; 1XUQ A; 3CCQ V; 2JGD A; 2AW9 A; 2FTK A; 2QKS A; 2AGA A; 2UXX A; 2CUG A; 4UB6 Z; 5H2F Z; 5C8Y B; 4LF8 O; 3JAR B; 4LWS A; 2ILM A; 5KMG A; 3JAM N; 4C7U A; 1RM1 C; 1TVK A; 3DTU B; 4O4I A; 1HNZ O; 4IHJ B; 1NT2 B; 1SA0 A; 3OMA B; 4E4E A; 4OPH A; 2C2A A; 3ICX A; 3L73 H; 2DW4 A; 4N21 A; 1VIB A; 3CS5 A; 3FKS G; 2KG7 B; 1PP9 H; 2XOK G; 4PI0 A; 1Q3E A; 4P9O A; 3GWO A; 4UCR A; 3JAT A; 4FLU A; 3BHP A; 1VQ5 V; 2EIJ C; 3A8T A; 4I4T B; 4F6E A; 4B3S B; 1M9N A; 5GON A; 3AK2 A; 2W0F C; 4MSW C; 4ZIB A; 4J41 A; 5EIB C; 3CCJ V; 4MVM A; 3FB7 C; 1L0L H; 1VQ6 V; 1XEQ A; 4GKK O; 4DO2 A; 2UUA B; 5BXZ A; 4RUE A; 4FLV A; 1PM9 A; 2IW5 A; 1AI6 A; 2FKX A; 3M99 B; 4H33 A; 5JVD A; 3ASO C; 2QWN B; 4LFC B; 1Y74 A; 2BSK B; 4O2B B; 1G8M A; 4NTW A; 4JYA B; 2WSS G; 3G71 V; 3IC7 A; 3CCE V; 1XNQ O; 1GM7 A; 4U3J A; 4QJF B; 3WG7 C; 4X64 O; 2HLD G; 4GT1 A; 4DUZ B; 2UUC O; 2HR3 A; 4J10 A; 4B7E A; 2A7W A; 4J9Z B; 4LWS B; 5KMG B; 2DE0 X; 2Q8V A; 1TVK B; 4TSF G; 4YIP A; 4DV5 O; 1PD3 A; 1GN4 A; 4DR4 B; 1SQQ H; 1XQ8 A; 4WFH A; 2R72 A; 1SA0 B; 4X62 O; 1OZ0 A; 4DRX B; 4YJ3 A; 2RDC A; 4K8X A; 3AEI A; 1IBL O; 5FPO A; 3OT7 A; 1NVP D; 4JAV A; 1EFR G; 2ZCE A; 3JAT B; 1ZWI C; 2BTQ A; 2CTP A; 3B8N A; 4GKJ B; 1OV9 A; 2JGU A; 5KX5 A; 4BW5 A; 1Y76 A; 1V55 C; 5JCO A; 4Z1V A; 2WLH A; 5GON B; 4X1I A; 2LP7 A; 4EEQ A; 2EZO A; 2DYR B; 3K9A A; 1LNQ A; 4L8J A; 1IXM A; 3TGU H; 3HKE A; 3ZIA G; 1AB3 A; 4LF8 B; 1PNL A; 5JVD B; 4MVO A; 1OHH G; 1Y74 B; 3TJT A; 5EC2 C; 2HFE C; 3ZN1 A; 1EN5 A; 2PUS A; 1HNZ B; 4O4J B; 2ZE7 A; 2HVJ C; 5LMU O; 1FKA O; 4U3J B; 2QKC A; 4ZHQ A; 3ZMS A; 4QPK A; 1F23 A; 2Y4U A; 3KKY A; 1IUR A; 1OCO C; 3L9D A; 3LDE A; 4X89 A; 4CC5 A; 4O2A B; 1VQ4 V; 1Q81 W; 3ZX6 A; 2AHY A; 4EFB A; 4FM1 A; 1AP6 A; 3K04 A; 4PJ0 Z; 3LUT B; 2H3O A; 3C90 A; 4G28 B; 1YJN V; 4BWA A; 4HYO A; 4JGS A; 3ZN0 A; 3IC9 A; 4YJ3 B; 4GKK B; 3QO7 A; 2CGO A; 1XMO O; 1YTF D; 3OM3 B; 1GTO A; 2BTQ B; 3JAS B; 4DR1 B; 4B3T O; 4IIJ B; 5CA3 A; 1BHA A; 5KX5 B; 5B5E Z; 1KQS U; 1SQP H; 1Q5O A; 2YDE A; 2KKW A; 1Y76 B; 2X6A A; 2DWE C; 1VQP V; 1XNR O; 3HKB A; 5KLV H; 1R3K C; 1XNQ B; 2RJZ A; 4WCE V; 2K1E A; 5FLX N; 4PEL A; 4X64 B; 1P49 A; 1IBK B; 3SR2 C; 2RCV A; 2UUC B; 1OCC B; 3HKE B; 2EX3 A; 3SYQ A; 2VWJ A; 4LBE C; 1GKF A; 1N4C A; 3A0H Z; 1OCR B; 2HKO A; 1WP8 A; 4ABM A; 1AI7 A; 1SER A; 1NZ6 A; 1W0K G; 4X62 B; 4Q20 A; 4ZHQ B; 3H1L H; 4I50 A; 2UXD O; 1KMI Z; 5LXT A; 3MAQ A; 2YIB D; 1IBL B; 2K9P A; 3S3W A; 5IYC O; 3JAK B; 1NBM G; 2Y69 B; 3ZMT A; 3UO2 A; 2F4V O; 1MSW D; 5DED A; 5DN6 G; 3OMN B; 3K79 A; 2Z0A A; 4DV2 O; 4QE9 A; 1JJ2 U; 4YHH B; 4FIP C; 2DYS B; 4YY3 B; 3G6E V; 3ZHV A; 1PL0 A; 4LC1 A; 1NTM H; 4F6R A; 3G6B A; 1TAE A; 4W4L A; 4PA7 A; 1DF5 A; 3BAB A; 3J7A U; 1FD9 A; 2QR4 A; 2B5U A; 3ETG A; 1FJG O; 1H2L A; 1R3J C; 3KZI Z; 3OUS A; 3GWK C; 5LMU B; 2AXT Z; 2IH1 C; 2IJH A; 5IYZ B; 5FPR A; 1FS0 G; 4I5S A; 1MMM A; 1RSO A; 3BEH A; 5EZY A; 3QTC A; 5H6Q A; 1DTO A; 5LBQ A; 2Q7G A; 2QJ1 A; 3CCR V; 4NTY A; 3PN1 A; 4NVP A; 1OCZ B; 3G80 A; 4CH4 A; 1IDS A; 3B09 A; 1FXV A; 3QO8 A; 5KA6 A; 5LP6 A; 4JYY A; 1G6U A; 3H01 A; 3HKC A; 4I50 B; 1VMG A; 2F66 C; 3S3X A; 3D36 C; 4HAM A; 1Q90 D; 1PNM A; 5LXT B; 2DYR C; 2Z3Y A; 3E35 A; 3NXS A; 1XMO B; 1B06 A; 1MZE A; 4RUF A; 4WFA V; 4FM0 A; 3L71 H; 4B3T B; 3LDD A; 3AG3 B; 3ZMV A; 4I9Q A; 1TUB A; 4H37 A; 2Y0I A; 2PYJ A; 3CMA V; 1GO3 F; 3UO3 A; 2OIE A; 1XHX A; 3SPH A; 3L70 H; 2LFS A; 1CPY A; 2XAJ A; 4WFB V; 4TV9 A; 1WN7 A; 4JF3 A; 4F6R B; 1SQB H; 4NKG B; 2VRZ A; 5LYJ B; 4OPA A; 3QO5 A; 4FLW A; 5H5N A; 4KL1 A; 4K3A A; 3ZCC A; 4NXN O; 2R9R B; 3WB2 A; 4GX5 A; 1D5A A; 4JI0 O; 1Q43 A; 2Q73 A; 1NR7 A; 1M1K W; 1AJN A; 2UXD B; 1RSO B; 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2QWQ B; 2OWO A; 4PA3 A; 2UUA O; 3JAW A; 3CRR A; 4UVA A; 2KSD A; 2XAQ A; 3JAR A; 5B66 Z; 5A9G A; 4JAU A; 2CGN A; 3H1J H; 3SPG A; 4H44 B; 2V1D A; 4X20 B; 4U7O A; 2XAH A; 2Z5U A; 4IHJ A; 3AG3 C; 4H0L B; 1BZK A; 1RP3 B; 4AI8 A; 2R9I A; 2VS0 A; 4HZ3 A; 4DV7 B; 4DUZ O; 2KG7 A; 3QF7 A; 2ZM6 B; 1BSM A; 1RPR A; 2F43 G; 4JI1 B; 1FYJ A; 3I5D A; 4I4T A; 2QTO A; 4UCO A; 3RN4 A; 3TK1 A; 4GCZ A; 3DC5 A; 1GRJ A; 2F93 B; 5B1N A; 5KUK A; 1VQ9 V; 4DV0 B; 3KG2 A; 4UCV A; 5L3B A; 2UXB O; 4JI5 O; 4DR5 B; 1R1B A; 4KP4 A; 2XAS A; 2BTO A; 3H1K H; 1JX9 A; 4JI6 O; 1AP5 A; 4GKJ O; 1IBM B; 2BSK A; 2ITC C; 1DLB A; 4G27 B; 4O2B A; 3B40 A; 2Q67 A; 1M5I A; 3W7W A; 5LOV B; 3CJH B; 2Q68 A; 1KEC A; 5GW7 A; 4TV8 A; 5LP6 C; 1ZX3 A; 3BCC H; 1WAZ A; 3C3S A; 3JAW B; 3JAL A; 2WWW A; 1Z5W A; 1R6T A; 3IGA C; 4KXR A; 3U0Z A; 3SJC C; 1URF A; 5IJ0 A; 1KBH A; 5JH7 A; 3RYH A; 2RMK B; 4I7Z B; 1SQV H; 1XIL A; 4DR7 O; 3ABL B; 2YEV A; 3BY6 A; 4DRX A; 2IBZ H; 3ABK B; 3FYE B; 4AQY O; 2YS8 A; 2JEX A; 3EFF K; 1WP7 A; 4CC6 A; 1O9H A; 3VQY A; 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