The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
48
|
structure length |
48
|
Chain Sequence |
HMPVPSFGEAMAYFAMVKRYLTSFPIDDRVQSHILHLEHDLVHVTRKN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the human centromere protein B (CENP-B) dimerization domain at 1.65-A resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Major centromere autoantigen B
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
17
|
| structure length |
48
|
| sequence length |
48
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-05-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Dimerisation domain of CENP-B |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UFI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UO2 A; 3ASN B; 4O2A A; 5LHI A; 2YC0 A; 3D8C A; 3BVO A; 4LFB O; 3CMA V; 2YSU B; 4MSW C; 4R50 A; 2L6L A; 4X66 B; 3JAS A; 3ZHS A; 1ORQ C; 2ZDI C; 3N27 A; 1EZJ A; 4LC1 A; 1DF5 A; 3ETG A; 3SJA C; 1LUV A; 1HR0 B; 2JGU A; 1KBH A; 1MZE A; 4LF5 O; 3T1C A; 4CC5 A; 1P7G A; 2DN9 A; 4QPJ A; 5FL7 G; 5CBG A; 1W0K G; 3L73 H; 2D3O W; 3ZRV A; 2OIE A; 5LOV B; 2HHH B; 2KSD A; 4CH3 A; 3ZN1 A; 2UU9 B; 1GM7 A; 2YIA A; 3A0R A; 4FVM A; 1K5S A; 3LDE A; 4NTX A; 1Q90 D; 1DK1 A; 1Y66 A; 3ETE A; 3FYE B; 1FXV A; 5LA6 B; 2UXB O; 2DWD C; 5FPR A; 2CAZ C; 1NJI W; 2DMX A; 3N2K B; 3CXC U; 2KB1 A; 2ZIN A; 4IYH A; 4EB6 B; 2DYR B; 3ZRW B; 4JPR A; 1FXH A; 1QVG U; 3W7T A; 5KHJ A; 1H2S B; 5L3F A; 1AI7 A; 3BY6 A; 5JJE B; 2Q0O C; 3JAL A; 1X59 A; 2X7R B; 3QO5 A; 3CPW U; 2ILM A; 4PDR A; 1FFX B; 4DV1 O; 2AHY A; 4WFH A; 5A9G A; 1NQT A; 5CA1 A; 4JV5 B; 3SGI A; 1CEZ A; 3N2G A; 3OEE G; 2Q7H A; 3DTU B; 1SC5 B; 4DO2 A; 1L8D A; 2YXL A; 5IWA B; 3W7X A; 4OX9 O; 3B40 A; 4KL1 A; 1M57 B; 1HNX O; 2W6J G; 2P5O A; 4JI7 O; 2JJ1 G; 1Y76 B; 2Q4P A; 1R73 A; 2EUL A; 2E3C A; 1OCC C; 3U0Z A; 1KC8 W; 2JS5 A; 4HNA A; 4O4I A; 1V9P A; 4N21 A; 1D5N A; 5B66 Z; 3ABM B; 4F6E A; 3OD4 A; 4R7C A; 3THO A; 3LUT B; 2Y69 C; 4MVO A; 4JYC A; 3K59 A; 4HBN A; 2HFE C; 4I9W A; 4JI4 B; 4WBN B; 1N36 O; 1BSM A; 2ZE7 A; 1JOY A; 5KHH A; 4JGS A; 1AR1 B; 2E74 B; 1XIL A; 2DOS A; 4YHH B; 1MOF A; 3JD4 A; 3RFR A; 1BT8 A; 3HKE B; 1JFF A; 2VRZ A; 1XMO O; 3ABK C; 3LNN A; 1HP8 A; 2ATK C; 3UM7 A; 5IYZ A; 3L9D A; 3JAR A; 2WLI A; 1M5I A; 2OCC B; 3VOU A; 3CHX A; 1QU7 A; 3SR2 C; 3BAA A; 1D2D A; 4DK0 A; 5KA5 A; 3OMA B; 4LFC B; 3RYH A; 5CBH A; 1FXK A; 3FB5 C; 2QE7 G; 1P4R A; 4J42 A; 2ZIO A; 1OCZ B; 3BEH A; 4JI6 B; 2R9R B; 5J2T A; 5CN0 A; 3QO7 A; 4JYB A; 1EM1 A; 2RDC A; 4DR6 B; 5LL6 Y; 4GT1 A; 2CUG A; 4DV4 B; 1RP3 B; 5DEC A; 5L3D A; 4B3S B; 1E1R G; 2JK5 C; 1THZ A; 4JI1 B; 5IJ0 B; 4LH7 A; 2O57 A; 4WFB V; 5FPO A; 3JCU Z; 2NR5 A; 2XAF A; 1MNG A; 4JI8 B; 2Q68 A; 1N33 B; 4DR2 O; 2QTS A; 1SQQ H; 4O4H B; 4FLT A; 1VQ4 V; 1B3Q A; 4DR4 B; 5A2Q N; 3LNM B; 4FZ1 A; 2LGW A; 1F4N A; 4WFF A; 1L1F A; 1FAF A; 1WN7 A; 4PDM A; 1YF2 A; 2Q8V A; 5JCO A; 2LP7 A; 3CRQ A; 3LSS A; 1Y6X A; 5CA0 B; 3SPG A; 3BCC H; 3JSN A; 1YSC A; 4MT8 A; 3RYF A; 1YI2 V; 1HR0 O; 1M56 C; 4O2B B; 3G4S V; 2HVJ C; 4X1I A; 3W7U A; 4DUZ B; 2WLM A; 5LGT A; 4U3F H; 5JVD A; 5KMG B; 3WB1 A; 1E1Q G; 4LF8 B; 4RQF A; 4JAV A; 2GV9 A; 2V4D A; 3ASO C; 1EZV H; 2HHH O; 3JAK B; 5DN6 G; 1WP7 A; 2LGQ A; 1EN6 A; 2GTS A; 1RSO A; 3ZHU A; 2DYS C; 2CTW A; 3DXR B; 2ADP A; 4JAA A; 1AJQ A; 5LXT B; 3K3W A; 4TQF A; 4UCO A; 2Q0A A; 5EYP B; 4MVU A; 4D7S A; 2BCC H; 3QO8 A; 4PD4 F; 3CCV V; 5EBW C; 4PDL A; 5KAI Z; 1FYJ A; 2ZM6 O; 2JDI G; 5IYD O; 2F4V B; 4Z1M G; 2YEV B; 4U3J B; 4I55 A; 2AZ2 A; 4JV5 O; 3RVZ A; 1K3E A; 2Y4T A; 5IWA O; 5E79 Z; 1KD1 W; 3APQ A; 4NTY A; 4WCE V; 1XEQ A; 4X64 B; 1Q3E A; 1ZUQ A; 3AG4 C; 4JI3 B; 1NR1 A; 2WLH A; 4H44 B; 4FLW A; 1WNS A; 1GH6 A; 1HNW B; 1A32 A; 2E76 B; 1FJG O; 4TQD A; 5LGN A; 1IXB A; 5B1A C; 4FJC C; 2Y69 B; 5KX5 B; 2QWO B; 2A7W A; 5LMN B; 3CCM V; 3OUS A; 4WBN A; 1I94 B; 1BS3 A; 4LNU B; 4J80 A; 5BMV A; 1ENV A; 5BR8 O; 1BGY H; 3HKE A; 4GKK O; 1GK9 A; 2EJR A; 2N05 A; 4DRX B; 4NR1 A; 1CXZ B; 1XDC A; 4OGQ B; 4FFB B; 4RUF A; 3RYI B; 4DYL A; 4B3M B; 3ABK B; 1SER A; 5C8Y B; 3ZX6 A; 4LF9 B; 3A2F A; 2OTL V; 2HR3 A; 4QNH B; 4YHH O; 1DGS A; 5EZY A; 3K5M A; 4CS2 A; 1S5H C; 2LO1 A; 4DR3 B; 1NT2 B; 3LDC A; 1GTO A; 3D36 C; 4G27 B; 2QEX V; 2DWE C; 3DC6 A; 5EK0 A; 1KYO F; 2BTQ A; 2UUC O; 2YI9 A; 4FZ0 A; 4O4J B; 3ZIA G; 5DED A; 1YIT V; 1N34 O; 4X1K B; 1FS0 G; 4E2L A; 4DV3 B; 1KKD A; 4BW5 A; 3ABU A; 5CB4 B; 3FAV A; 3G6B A; 1PL0 A; 2CGO A; 2CE4 A; 3AG7 A; 2EZP A; 3L74 H; 2ZKO A; 1QLE C; 2F23 A; 3CJH A; 1HNZ O; 1H8E G; 4DV4 O; 3BHP A; 5FNV B; 3RYC B; 4X89 A; 4KHP B; 1VF7 A; 4O4H A; 1JX9 A; 2X6B A; 4JZ2 A; 2BSK A; 3ZHR A; 2DE0 X; 3K9S A; 1M4U A; 3CCJ V; 4JI8 O; 3OE7 G; 1N33 O; 3UQ8 A; 1S77 D; 1E79 G; 1AI5 A; 4UB6 Z; 3BFR A; 5CA0 A; 3DC5 A; 3HKB B; 4X1Y A; 4DV7 B; 2KG7 A; 2ZNI A; 4LCU C; 2VQE B; 1Q86 W; 1P49 A; 2JGD B; 3G67 A; 3ZHQ A; 3LDD A; 1QQC A; 4J9Z B; 2D2C B; 1M56 B; 1K5Q A; 5CBF A; 5FLX N; 4JYA B; 4IHJ A; 3LSQ A; 5BZB A; 5KHG A; 3TCU A; 5LP6 A; 2YIC A; 3QG5 A; 4CBC A; 1RM1 C; 1CP9 A; 3ASO B; 1NR7 A; 2Q9L A; 1S0V A; 1ZL8 B; 2Z3Y A; 4DUZ O; 4XBF A; 3HKC A; 4LR3 A; 4LF4 B; 4DW1 A; 4F6R A; 1NS1 A; 4LF8 O; 3F5T A; 1US6 A; 3W7W A; 1OHH G; 2DYS B; 4K3A A; 4B08 A; 4LBE C; 5JWP A; 1AJN A; 4BAY A; 2AZ0 A; 2XAH A; 2ZXW C; 5KAF Z; 4I0X A; 1QHT A; 3QTC A; 4YY3 O; 1MSD A; 1Y74 A; 1VIB A; 4LF7 B; 4DR7 B; 3OR7 C; 2A79 B; 4P9P A; 1XNQ B; 5B1N A; 3UT5 A; 1S5L Z; 3CRC A; 2CH7 B; 2F4V O; 2FTK A; 1JVM A; 3E8F A; 2RQ6 A; 3MHH C; 4PA9 A; 2Q67 A; 4J11 A; 4FLZ A; 4AI8 A; 1RPO A; 4MTF A; 5H6Q A; 2PGG A; 1T5E A; 4BWA A; 4PI0 A; 5B1B C; 4AQY O; 5L3G A; 4X64 O; 4CH5 A; 4JI3 O; 3CME V; 4MW8 A; 1SQF A; 5B1A B; 4YJ3 B; 2PY5 A; 1WLE A; 5HFL A; 4L87 A; 4NTW A; 3I56 V; 1HNW O; 4YJ2 B; 2B1I A; 2CTP A; 1K33 A; 4DR5 B; 3VQV A; 1WAZ A; 5GTH Z; 1XL6 A; 2IU3 A; 5LMN O; 1I94 O; 3BAB A; 1VF6 A; 3AK2 A; 1I5Y A; 5KA6 A; 1R3K C; 4JZG A; 1VQP V; 3CRR A; 3OTO B; 4ZOL A; 1BQZ A; 4JAS A; 3H1I H; 5ITZ A; 4UVA A; 1K4C C; 5EC1 C; 1QNM A; 2RMK B; 2ZD9 A; 2IH1 C; 1MZF A; 5GON A; 1B6Q A; 4B3M O; 4IGG A; 4B7K A; 3GB7 C; 1PD3 A; 4LF9 O; 2XAG A; 4ZI7 A; 5KHI A; 2EZO A; 1WJZ A; 3S3W A; 1XHZ A; 2PF4 E; 4X8A A; 3CXH F; 3D3Q A; 3ZJZ A; 1I5X A; 1N32 B; 2FKX A; 1PNK A; 1L0N H; 3P30 A; 5B1O A; 2A06 H; 4DV0 B; 4TV9 A; 1R3J C; 5JJJ B; 1YEW A; 4IYI A; 3C3S A; 3P32 A; 2UUB B; 1QLE B; 4DV3 O; 3ZS8 C; 1AI6 A; 4JTA B; 4D7T A; 5JJN B; 5L3B A; 3CCR V; 4I50 A; 2WA4 A; 1LUW A; 1SRY A; 1WA8 B; 1N4C A; 2CK3 G; 4TUY B; 3VBB A; 4A5U B; 5F2V O; 1JCH A; 2GTA A; 3OGC C; 1AP6 A; 5LP6 C; 3AEI A; 2PI5 A; 4KHP O; 2ZE6 A; 2G38 A; 2WLN A; 1KQS U; 2XAS A; 1BMF G; 4FLV A; 5JQG B; 2P4K A; 3ICX A; 1NH2 D; 4B3R B; 1Z5V A; 2QSA A; 4LF6 O; 2YDE A; 4X65 B; 4O4L A; 2EIM C; 1MA1 A; 1R6N A; 1NVP D; 2OTJ V; 1ROP A; 4N23 A; 1G4Y B; 3HPL C; 2PZS A; 1SQG A; 1TVK B; 4J7Z A; 2ZT9 B; 1Q6H A; 1H2G A; 2JVD A; 2VQE O; 5EIB D; 4DV2 B; 3ZHT A; 5CA3 A; 5KUM A; 2K1E A; 1RM1 B; 1K9M W; 4NXM B; 4JYA O; 3EXA A; 3MD0 A; 1AVM A; 1B06 A; 4GKJ O; 5JH7 A; 4GZR B; 1V54 C; 2HEP A; 1H2M A; 2GUZ A; 4PEL A; 4X20 B; 3T1H B; 1F51 A; 2HP8 A; 4LF4 O; 2FML A; 1VQ7 V; 3AG2 C; 1FD9 A; 2ZXW B; 3AG3 C; 2A9H A; 4K35 A; 2JRI A; 1SKV A; 1MSW D; 3ABT A; 1TA8 A; 1IVS A; 4LF7 O; 1Q5O A; 4DR7 O; 5LYJ A; 1RFY A; 1J5E O; 4JI2 O; 4I4T A; 3E22 A; 2HG5 C; 1Q82 W; 4Q6G A; 4ZHQ A; 1UPG A; 2B1G A; 3FD9 A; 3CCE V; 3SPJ A; 1PKX A; 2Q6A A; 1CPY A; 1OCO C; 4TV8 A; 1IBK B; 1KMI Z; 4LWS A; 4JI0 B; 1DTO A; 1I7F A; 5B1B B; 3H1H H; 2H3O A; 3CC7 V; 2WWW A; 2NN4 A; 3SYO A; 4X88 A; 4CH4 A; 5KUK A; 2V1D A; 3FYI B; 4P2Z A; 1GO3 F; 1PM9 A; 2YID A; 4DUY O; 2R9I A; 4LP8 A; 2P22 C; 4K0K O; 4J7J A; 3STZ C; 1KU9 A; 4P9O A; 1VMG A; 3EVK A; 1GN2 A; 3ML0 A; 1B04 A; 3E8G A; 3FX7 A; 2WA3 A; 2QM8 A; 5B5E Z; 3SJC C; 4X66 O; 2H8P C; 1S5J A; 3CX5 F; 1JA8 A; 3OTO O; 3WB0 A; 1IUR A; 1Z5W A; 1SQP H; 2YIB A; 4IL6 Z; 5LOV A; 5LMU B; 1M1K W; 2EIL C; 4E4E A; 2KKW A; 3R65 A; 4FLX A; 3IAY A; 4DR1 B; 2AGA A; 2FYU H; 3KKY A; 2QTO A; 3E86 A; 4PA7 A; 4LFA B; 2QM7 A; 5LA6 A; 3OTF A; 4LH6 A; 1JMK C; 4DV5 B; 3N2K A; 1N32 O; 2CTQ A; 2RJZ A; 2ODM A; 4EB6 A; 1VQO V; 2UU9 O; 1WP8 A; 3MAQ A; 3ZRW A; 5E1A C; 4IIJ B; 4DV0 O; 2ZQM A; 4DK1 A; 4KP4 A; 1S3J A; 1AI4 A; 1YTF D; 2X6C A; 5L3E A; 1VQM V; 4H33 A; 4GX5 A; 4UV9 A; 1NBM G; 1LR1 A; 1FFX A; 2IU0 A; 1YDX A; 1AJP A; 5JQG A; 3JAW B; 2WSS G; 1X4T A; 4EFB A; 2P6J A; 4HYO A; 2H94 A; 1TUB B; 3WG7 C; 5D5Q A; 3PJS K; 3DGE A; 2JS3 A; 3SDL A; 2DQ0 A; 1XNR B; 1ZX3 A; 4X62 B; 1TVK A; 3K04 A; 2VWJ A; 2XTA A; 1Y76 A; 4FFK A; 1SET A; 3F7Y C; 3J7A U; 4EKW A; 2CDY A; 2X6A A; 3SYQ A; 4X65 O; 1Q7Y W; 1V55 C; 3B8M A; 1P7B A; 4R8C A; 3K5N A; 2QWQ B; 3H1J H; 1OCC B; 4KUM A; 1Y4M A; 4EEQ A; 4ABM A; 4CH6 A; 4NXN B; 2EIJ C; 2Y0I A; 2Y4U A; 2ZCE A; 5K1P A; 1OZ0 A; 4DV2 O; 1ARO P; 1WPB A; 4GCZ A; 1V54 B; 1GRJ A; 1SA0 B; 3CWB H; 2QWP B; 2WLL B; 3TXS A; 4NXM O; 1DF4 A; 5B3S C; 4BIO A; 3B8N A; 2R9A A; 4NB5 A; 1FXK C; 1VEW A; 3JAT B; 1ZLZ A; 3T1H O; 2VS0 A; 1WPX A; 1XUQ A; 3AG3 B; 4JI4 O; 3BPZ A; 2K9P A; 3WU2 Z; 3X2Q C; 4TSF G; 2V7Q G; 2UXX A; 1XHX A; 2FB5 A; 3OW2 U; 3K57 A; 1LNQ A; 3IJ4 A; 1O9H A; 5EC2 C; 3TET A; 4HAM A; 3JCZ A; 3JD3 A; 4O2A B; 4UCV A; 4FM0 A; 4IT5 A; 4ZBM A; 2WAM A; 2JJ2 G; 2BOB C; 5EBL C; 5LBQ A; 3OEH G; 3JAS B; 3SPI A; 5BXZ A; 3ZN0 A; 4LFC O; 1KP2 A; 4UXN A; 4PI2 A; 3VQW A; 2QJ1 A; 2XT9 A; 1MAB G; 4G2K A; 5IJ0 A; 1K92 A; 3OFN G; 4JI6 O; 4TWK A; 2QGN A; 5JCO C; 3AK1 A; 5HFM A; 4JI0 O; 3RVY A; 4DR6 O; 2W0F C; 2QWN B; 2UXD B; 2BTO A; 4PJ0 Z; 4K8Z A; 4B3S O; 4JI1 O; 4BW9 A; 2UXB B; 1VP7 A; 4MVZ A; 2VQF B; 2ZDI A; 5IJ9 B; 2ETN A; 2PYL A; 1GAX A; 2QKS A; 3J81 N; 3JD2 A; 3G71 V; 4WFE A; 2ZE5 A; 4ASU G; 3ETD A; 3B09 A; 4DR4 O; 1YJ9 V; 1IX9 A; 3FB8 C; 2Y48 A; 2ARH A; 2ADQ B; 3U11 A; 2F95 B; 4O2B A; 2YUA A; 1TAE A; 2DJV A; 1W2B U; 1IXM A; 4OX9 B; 2Q7E A; 2IH3 C; 2Q5Z A; 1SQB H; 1D5A A; 4Z1V A; 5KMG A; 3CB2 A; 3JAL B; 4J9Y B; 3OM3 B; 5LMU O; 3L70 H; 3EFF K; 1J95 A; 3JAK A; 5H5N A; 4JI7 B; 1N0J A; 1XQ8 A; 5CA1 B; 4IIJ A; 4DR1 O; 3N2G B; 1S76 D; 2B5U A; 4MTO A; 1L0L H; 3K79 A; 1VQN V; 3DXR A; 3J80 N; 3JAM N; 1ZSP A; 3HKD B; 2HKO A; 2L35 A; 4QIW F; 5LXT A; 3OMI B; 1XRE A; 4QE7 A; 2GDS A; 1K97 A; 3OAA G; 4DV5 O; 5EYP A; 1DLB A; 2P67 A; 2E5L B; 1SES A; 4L8J A; 4KXR A; 4HZ3 A; 4HNA B; 4J10 A; 3ZMT A; 3WFV A; 2C2A A; 3D3I A; 4O4I B; 1Q6I A; 2EIN C; 3AK3 A; 1O9G A; 3CCS V; 1Q81 W; 1QR8 A; 1YZB A; 2QKC A; 3WG7 B; 2RNB A; 2YEV A; 2QDO A; 3P3P A; 4U3J A; 4ZIB A; 3W7S A; 3E83 A; 3P3N A; 3GWK C; 2LW1 A; 4NVP A; 3G6E V; 3BA9 A; 2UXN A; 1XL4 A; 4PHZ A; 1P84 F; 1ZAU A; 2PUS A; 1SQX H; 1XNR O; 5EIB C; 1V55 B; 3OMN B; 3OUF A; 1GM8 A; 4XDJ A; 3AG4 B; 1U97 A; 4W4K A; 3UKM A; 2IJH A; 5IYB O; 3H01 A; 4PA6 A; 1JFF B; 1JR9 A; 1FKA O; 2VWK A; 4FM1 A; 5KX5 A; 5KHK A; 1K73 W; 5IYZ B; 2UUA B; 3JAR B; 1N0N A; 2WLI B; 1SQV H; 4LNU A; 3ZRX A; 3B77 A; 5IE9 A; 2JIZ G; 1EFR G; 1KEC A; 4ZKI A; 4NXN O; 2XND G; 3JYC A; 1PNL A; 5B3S B; 3ZCC A; 3RYH B; 1FXK B; 4UCT A; 4DRX A; 2YIB D; 3K08 A; 2LFS A; 4FFB A; 3RYI A; 1WB8 A; 2X0L A; 1URF A; 5C8Y A; 1NI8 A; 2A3Q A; 3UCS C; 1RPR A; 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