The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
ARPLPQDFETALAELESLVSAMENGTLPLEQSLSAYRRGVELARVCQDRLAQAEQQVKVLEGDLLRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit E.C.3.1.11.6 (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Bordetella pertussis tohama i
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| molecule keywords |
exodeoxyribonuclease VII small subunit
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| total genus |
26
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| structure length |
68
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| sequence length |
68
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
3.1.11.6: Exodeoxyribonuclease VII. |
| pdb deposition date | 2004-10-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02609 | Exonuc_VII_S | Exonuclease VII small subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Exonuclease VII, small subunit |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VP7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NTW A; 1PL4 A; 1FKA O; 1NT2 B; 1W0K G; 4YJ2 B; 1BZK A; 2B9Z A; 1F4M A; 4K8Z A; 5JQG A; 1SF9 A; 2UXD B; 2PY5 A; 1URF A; 1VQP V; 1N8R W; 3WB2 A; 4YXW G; 1B6Q A; 3VQW A; 3S3X A; 2YXY A; 4LWS A; 1YHQ V; 2QWP B; 3UQ8 A; 2A9H A; 2YI9 A; 3LDD A; 2JIZ G; 2OCC B; 4KFM A; 4YY3 B; 4FPP A; 4RUE A; 1W2B U; 3ZCC A; 3BY6 A; 3H1L H; 3L9D A; 3Q4H A; 3EFF K; 4DV2 B; 1K3E A; 1QBZ A; 3K79 A; 2BOB C; 3F5T A; 1VQ6 V; 5JCO A; 1SES A; 1MSW D; 1AI6 A; 1I94 O; 4O2B A; 3HB3 B; 3CC7 V; 4JI6 B; 1IX9 A; 3H01 A; 3CRC A; 4W4K A; 1ZUQ A; 3HKC A; 2X6A A; 1BQZ A; 1X59 A; 1M93 A; 4NTY A; 4DW0 A; 5L3G A; 1DK1 A; 1RSO A; 3AG2 C; 1T5E A; 3CX5 F; 3CXH F; 3RBZ A; 3TGU H; 3RT3 C; 1RPO A; 2EIM C; 5JH7 A; 5GTI Z; 3JAK B; 1HNX B; 3JSL A; 3N2G B; 5JVD A; 2AHY A; 3ZMZ A; 4DV5 B; 1SQB H; 2QM8 A; 4FLW A; 2HKO A; 3U11 A; 2E5L O; 3B4S A; 5GW7 A; 4Z2W A; 2UUA O; 1R6N A; 3ABM C; 1US6 A; 1K8A W; 1KU9 A; 1EZV H; 1CPY A; 3QO7 A; 4U3F H; 3CRR A; 1BSM A; 2DWE C; 3HPL C; 4JI5 B; 4QGP A; 4FLV A; 3ZX6 A; 4JYB A; 1JA8 A; 3TK1 A; 3GWK C; 3L70 H; 1N34 O; 1H2N A; 2IJJ A; 2CK3 G; 4R50 A; 3CCL V; 1IDS A; 3FD9 A; 2R9I A; 4LF4 B; 5L3F A; 2G38 A; 4HNA B; 3BEH A; 3EHB B; 4JZ2 A; 2CE4 A; 3JCU Z; 1ZL8 A; 2ZCE A; 1IBK O; 3OEH G; 4J7K A; 4JZG A; 1THZ A; 4JYA B; 4NR1 A; 4I9W A; 1HNZ B; 3OE7 G; 3K03 A; 5JWP A; 1GAX A; 4B3R O; 2X0L A; 2ZKO A; 4RUF A; 4JAV A; 2YEV B; 4WFH A; 3W7X A; 2XAS A; 2PI4 A; 3UCS C; 3RYC B; 4J80 A; 3FKS G; 2JS5 A; 1IBL B; 3OD4 A; 2P90 A; 1J5E O; 4TOI A; 3K0D A; 3CB2 A; 5H2F Z; 2ZXW B; 1SET A; 1L0L H; 3ABK B; 4TSF G; 4X1I B; 1KQS U; 4I50 B; 4D7S A; 3CCU V; 1I7F A; 5BXZ A; 4JTC B; 2ZNI A; 1G6U A; 4GT1 A; 2IW5 A; 5LP6 B; 1KEC A; 2KG7 B; 1Y67 A; 4DR3 B; 5EIB C; 4DR4 B; 2HLD G; 4MTO A; 3ZRV A; 1FPO A; 4I0X A; 1SQF A; 1Q86 W; 4WF9 V; 3SYQ A; 4PDR A; 4GX5 A; 5BZB A; 4LFA B; 1K34 A; 3AG3 C; 3HR0 A; 4DUZ O; 2JK5 C; 3X2Q B; 2UUC B; 1H2K A; 4DV7 O; 4BIZ A; 1AI5 A; 4CC5 A; 3M7M X; 1IUR A; 4N21 A; 3JAW A; 5KHG A; 4BAY A; 3RYF A; 4BR6 A; 3JAT A; 3QO5 A; 1K73 W; 2WLI B; 5CMU A; 1XMO O; 1P4R A; 2WPD G; 3ZMV A; 3THO A; 3AG1 B; 1AI7 A; 2DOS A; 1E1R G; 4DO2 A; 1ENV A; 3AG4 C; 3VBB A; 3DXR A; 1MOF A; 4E4E A; 3HKE A; 3T1H B; 5B1N A; 1WAZ A; 4CZZ A; 2P67 A; 2W0X A; 5IYD O; 1R3K C; 1YZB A; 4J41 A; 5ITZ B; 2P7T C; 3QTC A; 1QVF U; 1XNQ B; 3CME V; 4NXN O; 3CEI A; 1XOU A; 5IY5 C; 4PJ0 Z; 1EBO A; 3WG7 C; 3JAR A; 3G71 V; 2N05 A; 3LSU A; 2BCC H; 2X6B A; 2DJV A; 2UXC O; 1XMQ O; 5IE9 A; 5CA1 B; 2DYR C; 2Q69 A; 5C8Y B; 4PV1 B; 5BMV B; 1FFX A; 2ZNJ A; 4MTX A; 4XBF A; 1NVP D; 3OTO B; 1XL6 A; 2F4V O; 2XAJ A; 3NR7 A; 2AZ0 A; 1FXV A; 1P7B A; 1AP6 A; 1YDX A; 1Z2G A; 5J2T B; 4JI3 O; 3T4Z A; 2BE3 A; 5EIB D; 4WBN A; 2FML A; 1G4Y B; 2JDI G; 2P6J A; 3STL C; 1G8M A; 2HP8 A; 4TV8 A; 1LUV A; 5B3S B; 5IWA B; 1UPG A; 1XHZ A; 1JMK C; 3UT5 A; 1QNM A; 3OUS A; 3VQX A; 1H8H G; 2QKA A; 1UJW B; 3HKD A; 2Q68 A; 1ZX3 A; 5KMG B; 1RFY A; 1F7Y A; 1SC5 B; 2MK3 A; 1P84 F; 3NXS A; 4MSW C; 1M4U A; 2AGA A; 4X8A A; 4GLX A; 2N74 A; 2QWO B; 3H1I H; 3E22 B; 5LMU O; 4FLU A; 4ZOL B; 5EZY B; 1CP9 A; 5B5E Z; 3ZHR A; 4JI8 B; 2A06 H; 1S5H C; 3K5O A; 2XAG A; 5LA6 B; 3ABT A; 3FYI B; 4PD4 F; 3RYH B; 3ZMT A; 1XRE A; 5JCO C; 1MAB G; 5BR8 O; 5DN6 G; 4FLZ A; 3ZRS A; 5GON B; 1YIT V; 2R70 A; 2RDC A; 1IBM B; 4CS4 A; 3K57 A; 2QM7 A; 2WLL A; 4U3J B; 4MTG A; 4TV9 B; 2YIB A; 2DN9 A; 1QLE C; 2ZR2 A; 4R6Z A; 1MSD A; 3VQV A; 1V55 C; 3QO8 A; 3RW0 A; 4GKK B; 1A32 A; 5LMN O; 1HW7 A; 3C90 A; 1WA8 A; 2ATK C; 4QNH B; 3CCR V; 5K1P A; 4B3T O; 5AG2 A; 3E8H A; 4LF9 O; 4DV0 O; 1WJZ A; 2B1I A; 5EBM C; 3AK2 A; 3I55 V; 5CB4 B; 2M7W A; 2YIA A; 4IYI A; 1QVG U; 5KUM A; 5KA5 A; 3UO3 A; 4Q20 A; 1ARO P; 3JAS A; 4KUM A; 2Y69 B; 2ZIN A; 3MD0 A; 2YS8 A; 3SYC A; 3CP1 A; 4JV5 B; 5KHK A; 3BCC H; 2ZE6 A; 4X65 B; 1OCR B; 4X1Y B; 2FB5 A; 4A5U B; 1BQ0 A; 3CJH A; 3O9O A; 4EFB A; 4LF5 O; 2FYU H; 1V54 C; 4J11 A; 2AHZ A; 4IIJ B; 1S3J A; 3APO A; 5H6R A; 2VQF O; 5J2U B; 4ZI7 A; 2UUB O; 1KP2 A; 3OGC C; 2BTQ B; 3STZ C; 4B3M B; 3TXQ A; 1S5J A; 5LYJ A; 1VF6 A; 4LP8 A; 3ZHT A; 2DQ3 A; 5KX5 B; 1NU1 H; 3FFQ A; 2HR3 A; 1L0N H; 1E1Q G; 3L74 H; 2QJ1 A; 5IJ9 A; 4LF7 B; 2GTS A; 4FFK A; 1HDJ A; 1RM1 B; 4AHC A; 4LNU B; 2IM9 A; 3H1H H; 4JYY A; 4JI2 B; 2IBZ H; 1U97 A; 3FYE B; 2UXD O; 1SZT A; 1KUQ A; 2Y0I A; 3I56 V; 2W0F C; 2NNU A; 4GKJ O; 1H2L A; 1TUB B; 1I5Y A; 2WSS G; 4LFB O; 1JFF B; 2XHB A; 2V4D A; 2ZE8 A; 5CBH A; 4CC6 A; 2Y4U A; 4O2A A; 4DV2 O; 4FK5 C; 4FZ1 A; 2B1G A; 4MVR A; 4Z1V A; 4GUN A; 3D3I A; 2WAM A; 1GTO A; 1SRY A; 3M8A A; 4KXR A; 3IC7 A; 3ABU A; 3E2E A; 1R6T A; 1LR1 A; 2VS0 A; 5B66 Z; 1NH2 B; 4HYO A; 4JI7 B; 3F7V C; 1MA1 A; 3SPI A; 1Q43 A; 5CBF A; 5IYB O; 5CA0 B; 3OGI B; 1VQK V; 3MHH C; 1AR5 A; 1P7G A; 3VOU A; 2DMX A; 1NZ6 A; 3AG2 B; 3TXS A; 4IHJ B; 1PD3 A; 3N2K B; 4L87 A; 2EIM B; 5JJN B; 1K33 A; 5IDJ A; 4DR7 O; 5LGN A; 4LH6 A; 4LF6 O; 1I5X A; 3GWO A; 4AI8 A; 3BRC A; 2IJH A; 4O4L A; 4O4I B; 5LGT A; 5LGU A; 4DV5 O; 4F6R B; 3ZRW A; 3BFR A; 1K4D C; 2YSU B; 1YI2 V; 3VQY A; 2QTO A; 1AR4 A; 1BL8 A; 1ZLZ A; 4CH6 A; 4I55 A; 3ASO C; 1Y6X A; 1FS0 G; 1PP9 H; 2A3Q A; 4RQF A; 1AJP A; 3B8M A; 1Y76 A; 4J7J A; 3AEI A; 4FM0 A; 1NS1 A; 3JAL A; 4K35 A; 2UXX A; 3E83 A; 3T1Y O; 1YCI A; 4DR2 B; 5L3C A; 4ZHQ A; 1YXB A; 3MDS A; 1GM7 A; 1XHX A; 2RN9 A; 2PUS A; 4DUY O; 3F7Y C; 2CDY A; 5A9G A; 4LF4 O; 1B06 A; 1DLB A; 4UV8 A; 1KD1 W; 1PNM A; 4X66 O; 5KAF Z; 4K0K B; 4UCS A; 3E89 A; 3LNN A; 3LNM B; 4UV9 A; 4NKG B; 1OCO C; 4TQD A; 2DYS C; 1HNZ O; 2LW7 A; 3W7S A; 4MTF A; 4PA7 A; 4UVB A; 2Q6A A; 3I5D A; 4KP4 A; 3P32 A; 3ASN C; 3RGB A; 2X7R B; 4HAM A; 2BSK A; 4UXN A; 1JQ0 A; 3PN1 A; 1TA8 A; 3B09 A; 1N4C A; 3J80 N; 2GUZ B; 1VQ7 V; 1M57 C; 2YXH A; 1NVP B; 4WFF A; 3CRQ A; 3H1K H; 5B1A C; 4JAU A; 4RO2 A; 4JI1 B; 3ZS8 C; 3G4S V; 4DR3 O; 2GDS A; 4DR4 O; 1BGY H; 5FNV B; 1N33 B; 1AVM A; 5IT9 N; 3K06 A; 1GM8 A; 2WLK A; 2B5U A; 2W6J G; 4LF8 B; 2HG5 C; 1GK9 A; 4LFA O; 3T2M A; 4F4L A; 2UUC O; 2QWQ B; 2CTR A; 2QWR B; 1XNR B; 2PI5 A; 4I4T B; 3AG3 B; 4OXS A; 2EIL C; 2EIK C; 4CS2 A; 4J7Z A; 1PM9 A; 3SGI A; 2HVK C; 3B8N A; 2Q67 A; 3JD2 A; 4DR1 B; 1I0H A; 1QQC A; 1VQL V; 3RYI B; 1Y66 A; 1QHT A; 4U7N A; 5HFL A; 2UXN A; 3CPW U; 2NR5 A; 1Q5O A; 3T1H O; 4QE9 A; 3CSX A; 4P2Z A; 3J81 N; 3D36 A; 2L35 A; 1Q6I A; 5LHG A; 3SPG A; 2YUA A; 1JX9 A; 2XUM A; 4P30 A; 5KA6 A; 1SA0 B; 3FX7 A; 1N32 B; 4W4L A; 1NH2 D; 4DRX A; 1Q3E A; 1Y74 B; 4O4H B; 2E3C A; 4JTD B; 2E76 B; 2XOK G; 5IY5 B; 1Q90 D; 1FXK A; 2JRI A; 4LBE C; 3WG7 B; 5KUK A; 4YJ3 A; 5LXT B; 2JJ1 G; 5IJ0 A; 1M9N A; 2ZM6 B; 3E8G A; 4BWA A; 1G1X B; 4Z1M G; 4O4J A; 3E8F A; 3OTO O; 3BAA A; 3FAV B; 1TVK A; 2EIN C; 4J42 A; 4FJC C; 3A8T A; 3P3N A; 4X20 B; 1H2G A; 4DR5 B; 3ABL C; 2PYL A; 2BTO A; 1QLN A; 1YIJ V; 3APQ A; 4I9Q A; 5CBG A; 2KSD A; 1IXM A; 1VF5 B; 3ZMS A; 2GBO A; 1VF6 C; 4NB5 A; 4FFB A; 4JAS A; 4EB6 A; 2QKC A; 1GN3 A; 4PI0 A; 2FTK A; 2Z0A A; 2UUA B; 4B3S O; 4QE7 A; 1FXH A; 4D6T H; 1K5Q A; 4NXM O; 1AB3 A; 4WFB V; 1H2S B; 5EK0 A; 3K5L A; 1KC8 W; 3ZIA G; 4MW3 A; 5LOV A; 1BT8 A; 2EX3 A; 1S76 D; 4OX9 O; 2Q4P A; 5JQG B; 3G67 A; 3OUF A; 5GTH Z; 3PJS K; 5KHJ A; 4X62 O; 4LWS B; 1N34 B; 1NJI W; 5B1B C; 4LR3 A; 4CH5 A; 2CH7 A; 1R6K A; 3D3Q A; 3ZRX A; 1DF4 A; 5LHI A; 2ZIM A; 1SKV A; 1H8E G; 5DEC A; 1IXB A; 3Q4H B; 1FJG B; 3U0Z A; 4B7K A; 1S72 V; 1IBK B; 1BHB A; 4K3A A; 3TJT A; 4JGS A; 4O2B B; 1PL0 A; 1SQQ H; 3LSS A; 1VQN V; 4R7C A; 1IBM O; 4I5S A; 4H37 A; 5FLX N; 1J5E B; 4ICG A; 1K92 A; 2RQ6 A; 3HKC B; 3ETD A; 1H38 A; 5C93 A; 2UXB B; 1RSO B; 1QLE B; 1KYO F; 2ARH A; 5JH7 B; 3OEE G; 1V55 B; 2ITD C; 4GKK O; 4PA6 A; 2YID A; 3WU2 Z; 5L3B A; 5IYZ A; 3CCM V; 5JVD B; 1M90 W; 3KZI Z; 4X64 B; 2ZE7 A; 1D5N A; 2EZO A; 4MVO A; 4D7T A; 4DV4 B; 4IL6 Z; 2LFS A; 1SER A; 3IAY A; 4H13 B; 2QGN A; 3BAB A; 4DK1 A; 4X1K A; 1OZ0 A; 3DC6 A; 3K0G A; 2JGD A; 5EYP A; 4DV7 B; 1PPJ H; 1ZAU A; 3BHP A; 4P9P A; 4BW5 A; 2EZP A; 2HJF C; 2Z5U A; 3JD1 A; 1SS3 A; 1Q81 W; 3G80 A; 4KL1 A; 1K97 A; 3CE2 A; 4DV1 B; 4UB8 Z; 1L8D A; 3K9S A; 4MW8 A; 2QEX V; 1WB7 A; 5K1X A; 3BA9 A; 1MG1 A; 1V54 B; 1KB9 F; 1AP5 A; 5KHH A; 1ZWI C; 4B3M O; 2F1M A; 3L73 H; 1ZL8 B; 3C3S A; 3GB7 C; 3CCQ V; 1Z5V A; 2EIJ C; 2F43 G; 3TCU A; 3P30 A; 3B77 A; 4DW1 A; 1GN6 A; 4NXN B; 5KHI A; 1XIL A; 1YF2 A; 4TUY A; 3SYA A; 2XAH A; 2C2A A; 4PDL A; 3E86 A; 4YJ2 A; 3CWB H; 3R65 A; 4UCV A; 4ABM A; 1EN6 A; 3JD4 A; 4J9Z B; 4JI2 O; 4OPH A; 2UXC B; 2NN4 A; 2LGW A; 4XDK A; 2DQ0 A; 3MAQ A; 4PDM A; 4LC1 A; 5L3D A; 4CBC A; 4PDV A; 2UU9 O; 2WWW A; 2YC0 A; 4LFC O; 4DK0 A; 3CCV V; 3JCZ A; 1NBM G; 2ODM A; 2CUG A; 4MVU A; 5HFM A; 1YTF D; 4I0X B; 1Q7Y W; 4JI4 O; 1HP8 A; 1NTM H; 1BS3 A; 3JSN A; 3ML0 A; 1MMM A; 2QSA A; 1KBH A; 2ZE5 A; 1RP3 B; 2GSM B; 1KP3 A; 2QR4 A; 1YJN V; 1Q8I A; 3A0R A; 1WLE A; 4MS2 A; 5DM6 V; 5KAI Z; 3JAW B; 5H6Q A; 2P4K A; 1SQG A; 2YI8 A; 3RYF B; 3JAT B; 2VWK A; 4MVM A; 2VWJ A; 2YIC A; 3OFN G; 3SJB C; 1M56 C; 3JAK A; 4WFE A; 1F23 A; 4UCO A; 2XND G; 2N04 A; 3N2G A; 5E1A C; 3DXR B; 1NR7 A; 2YDE A; 3HKE B; 3D36 C; 1WN7 A; 2XAF A; 2CTQ A; 4U7O A; 3SPC A; 2Y48 A; 2ZT9 B; 3CXC U; 4DV6 B; 1J95 A; 1V9P A; 1OCZ C; 3N27 A; 4YHH O; 3ASO B; 4GX1 A; 2R9A A; 3D8C A; 1FXK C; 1W0J G; 3JAR B; 3DTU B; 2LP7 A; 1OCC C; 2DWD C; 1FD9 A; 1GN4 A; 1K4C C; 3OR6 C; 1YSC A; 1D2D A; 4NYK A; 1FFX B; 3HKB A; 4HNA A; 4YY3 O; 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