The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
76
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structure length |
64
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Chain Sequence |
NINKLKSSIESTNEAVVKLQETAEKTVYVLTALQDISSQISSMNQSLQQSKDYIKEAQRLLDTV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Nipah virus
|
| publication title |
Crystal structure of Nipah Virus fusion core
rcsb |
| molecule keywords |
fusion protein
|
| total genus |
33
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| structure length |
64
|
| sequence length |
76
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | YojJ-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FZ1 A; 3IJ4 A; 2QTS A; 1WP8 A; 4NTW A; 1WP7 A; 3S3X A; 4NTX A; 4NYK A; 3S3W A; 2FB5 A; 2L35 A; 4NTY A; 3N27 A; 4FZ0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HG5 C; 3K5O A; 4OX9 B; 1JPX A; 1I94 B; 2YEV A; 3STZ C; 2WPD G; 4JI2 O; 4ZOL B; 4WBN B; 4X1Y A; 1J5E B; 1XQ8 A; 3OFN G; 2UU9 O; 2FKX A; 2OT5 A; 4GX1 A; 4P30 A; 2JEU A; 4WCE V; 4LH6 A; 3JSL A; 3K59 A; 5IYB O; 4JZ2 A; 3ABT A; 3K5L A; 1NVP B; 3F7Y C; 1NVP D; 3WB2 A; 2UUA O; 4EB6 B; 2CUG A; 3JAR B; 2Q7E A; 5GON A; 1QHT A; 2F1M A; 5B1O A; 4U7N A; 3FFQ A; 4FM2 A; 1F4N A; 2JVD A; 1OV9 A; 4ZHQ B; 1JFF B; 3MHH C; 2EIJ B; 4EFB A; 4FLY A; 3OUS A; 1DTO A; 2CH7 B; 3JAW A; 2LGQ A; 3TCU A; 1GKF A; 3VQW A; 2DOS A; 4O2A B; 1PNL A; 1CXZ B; 2IM9 A; 4DR2 O; 1KP2 A; 2H3O A; 3OTF A; 1MOF A; 2XHB A; 2LP7 A; 4FLX A; 1GAX A; 1G1X B; 3B77 A; 3SJA C; 3N27 A; 4BR6 A; 1WN7 A; 5E79 Z; 2Q4P A; 3GVM A; 2YIB D; 5LMU O; 4TQF A; 4QPK A; 1FXH A; 2DYS C; 4PHZ A; 3AG3 B; 4HAM A; 4B3T O; 1HNZ O; 1S72 V; 3JAT B; 4UCU A; 1ZLZ A; 1V54 C; 4LFC B; 3CJH A; 2BCC H; 1WPB A; 5LYJ B; 2QGN A; 3ASO B; 3MD0 A; 3H1I H; 4OGQ B; 1SS3 A; 5B1B B; 4ZIB A; 4X64 O; 1WJZ A; 3ETD A; 1Q6I A; 2VWK A; 5BMV A; 1G8M A; 4X65 B; 3CCV V; 5H6Q A; 2IU3 A; 4U3J A; 1V55 C; 3B09 A; 2P90 A; 4GX0 A; 4OX9 O; 2X0L A; 5KHK A; 1BMF G; 1I94 O; 5EC2 C; 2H94 A; 1TVK B; 3EFF K; 1NR7 A; 1J5E O; 1FXK A; 1GM9 A; 2WLN A; 1YXB A; 1GM7 A; 3S3X A; 4J80 A; 4J7Z A; 5IYC O; 1DF5 A; 2DYS B; 2OCH A; 1UJW B; 2P6J A; 3AG1 C; 3B40 A; 3MDS A; 2ADP A; 4TUY B; 3L73 H; 1MNG A; 2EZO A; 2ZNI A; 2QWQ B; 4GKJ B; 2W0F C; 3A0R A; 1K4C C; 2BOC C; 1AR4 A; 1V54 B; 1COW G; 3ZHV A; 2EIL C; 4LF4 B; 2YDE A; 1CP9 A; 3QVN A; 1VAR A; 4RQF A; 2QDO A; 4DV0 B; 4PA4 A; 5KUM A; 2QWP B; 4JYB A; 4U3F H; 3E35 A; 5CN0 A; 1FAF A; 5H9C A; 4BIZ A; 4DV5 B; 4IIJ B; 1QR9 A; 1ORQ C; 3J81 N; 1V55 B; 3RYI B; 5CA1 B; 2FB5 A; 1NKD A; 1AI6 A; 3JD1 A; 4C7U A; 2XAS A; 2GHY A; 4JF3 A; 2B1I A; 2Y48 A; 3D3I A; 3IGA C; 4RAI A; 3E22 A; 3K04 A; 3ZMU A; 2JDI G; 5JQG B; 2JEX A; 1NH2 B; 5LHG A; 5KMG B; 1EN5 A; 3AG1 B; 1SKV A; 5JVD B; 3C90 A; 1IBL B; 1K73 W; 2CTQ A; 5IJ9 A; 3P3P A; 1N33 B; 1YCI A; 2GSM B; 2EIL B; 2XT9 A; 4LFC O; 1XEQ A; 4I50 B; 4PI0 A; 1N0N A; 3ZJZ A; 2A3Q A; 3JAK B; 1WA8 A; 3CYO A; 4FPP A; 1SES A; 2KG7 A; 3RN4 A; 5KAI Z; 3G6E V; 4MVR A; 4X65 O; 2Y0I A; 5ITZ A; 4RQE A; 4JV5 B; 1AI5 A; 3VBB A; 3K57 A; 2IJI A; 2IJJ A; 1RSO B; 3D3Q A; 3N2K B; 3EVK A; 1R6T A; 3OEE G; 3SYO A; 1BSM A; 4BW9 A; 2AHY A; 4DK1 A; 2YIA A; 2PTM A; 4BAY A; 1VQ8 V; 4FLW A; 2WLI A; 3SYP A; 3T1C A; 1AR1 B; 4GKJ O; 3ZRX A; 1QNM A; 1GN3 A; 1QLE C; 3BY6 A; 1BHA A; 1R3K C; 4DYL A; 3SJC C; 4QJF B; 5IYZ B; 1Y67 A; 3L70 H; 4LF4 O; 2D3O W; 3OMN B; 4EKW A; 2WLL B; 3OW2 U; 2OYQ A; 4UCS A; 5H2F Z; 5J2U A; 1ZX3 A; 5FNV A; 4TQD A; 4DV0 O; 4CH4 A; 2QKS A; 4TT3 G; 3K79 A; 3W7T A; 4IYI A; 4DV5 O; 3RT3 C; 2Q73 A; 2V4D A; 4CH5 A; 3K58 A; 3CC7 V; 1P4R A; 2LQT A; 1JCH A; 5CBH A; 2WA4 A; 5L3G A; 2P4K A; 2JS5 A; 1US6 A; 3CE2 A; 4JAS A; 2EUL A; 3KCX A; 4J42 A; 4YHH B; 2HFE C; 1N32 B; 4ZBM A; 1WAZ A; 2C2A A; 2VQE B; 3UCS C; 3E8F A; 3P30 A; 1VF6 C; 5JJJ B; 4LR3 A; 1CEZ A; 4CS4 A; 3LSU A; 1VEW A; 2BE3 A; 2YS8 A; 2MK3 A; 2JRI A; 3JAS A; 2ZIM A; 2VWJ A; 3K03 A; 4GYC B; 1IBL O; 4O4H A; 2VQF B; 2Y4T A; 1QLE B; 5L3D A; 1D5N A; 1N33 O; 3SPG A; 3UT5 B; 1L8D A; 3MHS C; 2ZIO A; 1KB9 F; 3UO3 A; 1YDX A; 1NTK H; 1P84 F; 1SC5 B; 3EXA A; 5DED A; 3JD3 A; 5EIB D; 3OD4 A; 3SPH A; 4PDV A; 3CCM V; 4JTD B; 1K7D A; 1OCR C; 1WP7 A; 4FM1 A; 1VQ4 V; 2BTO A; 5IJ0 B; 3P3N A; 2WWW A; 2E76 B; 4X1K B; 2JJ2 G; 3F7V C; 1AVM A; 3FAV B; 1OJH A; 5L3F A; 4JV5 O; 4BW5 A; 4F6E A; 5AG2 A; 1HW7 A; 5K1P A; 2GTA A; 4OXS A; 1YHQ V; 1FXK B; 4E2L A; 3CHX A; 3M8A A; 1KKD A; 3E2E A; 1FFX B; 2PYL A; 3ABL C; 4XDJ A; 1SQB H; 4DK0 A; 1LUW A; 2WSS G; 4LWS A; 2JGD A; 2A06 H; 1VMG A; 5LP6 C; 1WNS A; 5LHI A; 3HKB A; 3ZRW A; 1RM1 C; 1WPX A; 1Q86 W; 1SA0 A; 1XHZ A; 3ZCC A; 4YIP A; 3UM7 A; 1MSD A; 3ZED A; 1XL4 A; 5KUK A; 4G28 B; 3HKD A; 1AP6 A; 4FFB A; 5KA5 A; 1JX9 A; 4MW3 A; 5B1A B; 3QF7 A; 2CE4 A; 2EIM C; 3A2F A; 4IYH A; 1Q5O A; 2G38 A; 1GH6 A; 4NTY A; 2ITC C; 4I7Z B; 2CDY A; 1PP9 H; 2PUS A; 1HR0 B; 1OCR B; 5JH7 B; 4JI5 B; 4I4T A; 4O2B A; 3OGI B; 3JAM N; 3FD9 A; 2QR4 A; 3DXR B; 5C93 A; 1FXV A; 1TUE B; 4MVS A; 2CTW A; 2W0X A; 4YY3 B; 3D8C A; 1QVG U; 3ZMZ A; 3HKE A; 5KA6 A; 2YI8 A; 1IX9 A; 2NR5 A; 3U11 A; 3T1Y B; 3IJ4 A; 4YHH O; 1N32 O; 3HPL C; 3W7W A; 4X9Q A; 4LCU C; 4WF9 V; 2VQE O; 3ETQ A; 5LP6 B; 2W6J G; 1RM1 B; 1NR1 A; 4B7E A; 2PYJ A; 2GTS A; 4UXN A; 1I5X A; 5EBW C; 5C8Y B; 1Q3E A; 4TV8 A; 3KKY A; 2A7W A; 1H38 A; 1EN4 A; 2VQF O; 4UV9 A; 3JCZ A; 1SQG A; 3K3W A; 4XDK A; 4RO2 A; 4LF5 B; 3STL C; 4PDL A; 5GTH Z; 4DV2 B; 2CTP A; 3HKC A; 3TXQ A; 2EIM B; 3T2M A; 4F4L A; 3RVY A; 1YJN V; 2NN4 A; 1QVF U; 4I55 B; 3G4S V; 3CP1 A; 2E74 B; 1MZE A; 1Y6X A; 1KU9 A; 5IE9 A; 5CBF A; 1KC8 W; 1M4U A; 3WU2 Z; 4JTA B; 4PI2 A; 4QPJ A; 4YJ2 B; 4XDL A; 2UXN A; 4H44 B; 5A2Q N; 3JSN A; 4BIO A; 2HLD G; 2LFS A; 4MT8 A; 3U10 A; 2DWE C; 2IU0 A; 2KSD A; 1MSW D; 2Q9L A; 1TUB B; 2JK5 C; 2IH3 C; 1TAE A; 5DM6 V; 4UVB A; 4PD4 F; 1XNR B; 1AJP A; 4K0K B; 1N0J A; 2OIG A; 3JD2 A; 4W4K A; 1TGO A; 3A0B Z; 2F95 B; 3U0Z A; 1AR5 A; 4A5U B; 3T1H B; 1ZTE A; 1LNQ A; 4TV9 A; 3AG3 C; 1U97 A; 4P9P A; 4J41 A; 4FZ1 A; 3H1L H; 2Y0P A; 1ZL8 A; 3ASN C; 1YJW V; 4P2Z A; 4LFB B; 2FTK A; 1S5L Z; 1XOU A; 1HR0 O; 4FIP C; 4JI5 O; 1Y76 B; 3QO8 A; 4KXR A; 4B3R B; 4O4L A; 3ASO C; 3JYC A; 4PA3 A; 1JQ0 A; 4X88 A; 3ZN1 A; 1G6U A; 5B1B C; 1L0L H; 1YI2 V; 1YZB A; 3H1K H; 4YY3 O; 1R6K A; 3C3T A; 5GTI Z; 3FB5 C; 2F23 A; 2YID A; 3D36 A; 2UXB B; 5LXT A; 5CB4 A; 1FKA O; 3T1Y O; 4Z1V A; 2HEP A; 2ZNJ A; 4JYY A; 3N2G B; 4K3A A; 2Z0A A; 1OCC C; 5LOV B; 5EC1 C; 2LJ2 A; 4LNU B; 4MTF A; 2FYU H; 5J2T B; 4MW8 A; 4QIW F; 2ZQM A; 5EZY B; 3OGC C; 2X6C A; 3OMA B; 2Q6A A; 4LF5 O; 4R50 A; 1AJN A; 4H37 A; 3G6B A; 4DV2 O; 4LC1 A; 4CH6 A; 3ZN0 A; 1BL8 A; 1CPY A; 1ZUQ A; 1AI4 A; 3R65 A; 2ZE6 A; 3ASN B; 3ML0 A; 3DC5 A; 5LA6 A; 3KCY A; 3G71 V; 2GDS A; 1Q81 W; 1XHX A; 3K0G A; 1Y74 A; 2Q0A A; 2XTA A; 3RYF A; 3QTC A; 1O9H A; 5KX5 A; 1JVM A; 4B3S B; 4N23 A; 4GT1 A; 3RFR A; 5B5E Z; 4ZKI A; 4UB6 Z; 3ABK B; 4BIU A; 4FK5 C; 5LL6 Y; 3WB1 A; 2RQ6 A; 2X7R B; 3HKB B; 3HR0 A; 3CCR V; 4K8X A; 3JD4 A; 5EYP A; 2ARH A; 4IHJ B; 3M99 B; 1OCC B; 4FFK A; 4HNA B; 1DF4 A; 4R7C A; 3CC2 V; 1D5A A; 1JR9 A; 2N05 A; 5EBM C; 3CS5 A; 2ETN A; 1XNR O; 2F43 G; 2IW5 A; 4WFB V; 4K0K O; 2OTJ V; 1YIT V; 2WLK A; 2ZE5 A; 4J9Y B; 3CME V; 2GUZ A; 3SPI A; 2BTQ A; 4X20 A; 1ZWI C; 4UCR A; 4OPH A; 3T1H O; 3FB6 C; 1I08 A; 2QKC A; 3E8H A; 3F5T A; 2BSK B; 4I4T B; 3B8N A; 3ZHU A; 1VP7 A; 4LFB O; 1VF5 B; 2ZDI C; 4LP8 A; 2QWN B; 4W4L A; 1JJO A; 4B3R O; 2IJK A; 4F6R A; 1M56 C; 3RGB A; 4EFE A; 3IFX A; 4NTX A; 4LFA B; 5LHH A; 4X1I A; 3RYH A; 1BQZ A; 2QJ1 A; 4JI7 B; 2UXB O; 1AP5 A; 3ZHT A; 4AIL C; 1VQO V; 4ZI7 A; 2NLJ C; 4O4I B; 1H2G A; 3ZIA G; 2W6I G; 4D6T H; 3E8B A; 3ETE A; 3BVO A; 4PJ0 Z; 1H8H G; 3K0D A; 4FLV A; 2LGW A; 1R3L C; 3AK3 A; 4I0X B; 2ADQ B; 1K5S A; 3OT7 A; 5DN6 G; 3I56 V; 3SYC A; 3WG7 C; 4NTW A; 1NH2 D; 5L3B A; 1ARO P; 3H1J H; 2EX3 A; 4DRX B; 2L35 A; 5EK0 A; 2OWO A; 3ETG A; 4WFG A; 4ICG A; 2E3C A; 1M9N A; 1H2N A; 1GTO A; 2M6Y A; 1IDS A; 2CAZ C; 5JCO A; 2P7T C; 2XUM A; 2R70 A; 1VQL V; 1M56 B; 4NXN B; 1LUV A; 4B3S O; 3OR6 C; 5H5N A; 4DW1 A; 4J10 A; 1S77 D; 2YEV B; 3RYC A; 4RUE A; 1E79 G; 1X59 A; 4YJ3 A; 3RWR D; 1KD1 W; 1BHB A; 1PL4 A; 4X1Y B; 1O9G A; 5LGN A; 5B66 Z; 4PEL A; 2CGN A; 3I55 V; 4J7K A; 4O4J A; 4ASU G; 1PNK A; 3ZMV A; 3WG7 B; 5JWP A; 1GM8 A; 1B04 A; 4UVA A; 1OCO C; 1ZAU A; 5CA0 A; 1BGY H; 4NKG B; 1OCZ C; 3CX5 F; 3KG2 A; 1BE3 H; 3E89 A; 4FZ0 A; 1GO3 F; 2PZS A; 2QE7 G; 2ZM6 B; 5GON B; 1M57 C; 1QR8 A; 1FFT B; 2HVJ C; 1H8E G; 4PDM A; 1BZK A; 4TOI A; 1HP8 A; 4H13 B; 3BA9 A; 4KHP B; 4J9Z B; 3QNE A; 1K5Q A; 3LDE A; 4LFA O; 2Q7G A; 1K4D C; 3JAW B; 3PJS K; 4ZOL A; 2H8P C; 4WBN A; 3OM3 B; 4JI7 O; 4CZZ A; 3BFR A; 3CCS V; 4UCV A; 3I5D A; 4R6Z A; 2RN9 A; 3LNM B; 1M93 A; 4UFZ A; 1FXK C; 4KP4 A; 3H1H H; 1YTF B; 2UXD B; 1R6N A; 4JGS A; 2CTR A; 2XAG A; 1YTF D; 3QO7 A; 4EB6 A; 3JAR A; 1JA8 A; 1K34 A; 3K08 A; 3LUT B; 1OCO B; 1N36 B; 1VIB A; 1OCZ B; 3CJH B; 1V9P A; 4JI0 B; 4JTC B; 4DR3 B; 4RUF A; 1NTM H; 4ZHQ A; 1M57 B; 1JFF A; 3WFV A; 2EIN B; 2PGG A; 1D2D A; 5B1A C; 2CH7 A; 5BMV B; 1GMG A; 4Z1M G; 1JMK C; 2ILM A; 4O2A A; 1UPG A; 4NXN O; 1PM9 A; 2R9I A; 4JPR A; 3AK1 A; 1F7Y A; 4U3J B; 2YUA A; 3OE7 G; 4UCO A; 5D5P A; 2P4V A; 2QWR B; 3ZBH A; 2Q7H A; 4Z2W A; 3HB3 B; 2ZE8 A; 1KP3 A; 4B08 A; 2UUB B; 1G4Y B; 2EJR A; 2YIB A; 5BR8 B; 2DQ0 A; 5FLX N; 1Q6U A; 3K5N A; 3SYQ A; 1KYO F; 1R3I C; 1FS0 G; 3SJQ C; 2HJD A; 4GKK B; 5L3C A; 3TJT A; 1FD9 A; 2M7W A; 2XAF A; 3CXC U; 2RNB A; 1QU7 A; 2IJH A; 3BAB A; 3JAT A; 4IGG A; 4I5S A; 5LYJ A; 3APQ A; 1S0V A; 2E5L B; 1GN4 A; 2XAQ A; 3JAL A; 4Q6G A; 3BCC H; 3VQV A; 2EBO A; 5KAF Z; 2ZM6 O; 4WFE A; 3LSQ A; 4JI8 B; 4HZ3 A; 4HYO A; 4DR4 B; 2JJ1 G; 1DLB A; 1M1K W; 3NR7 A; 1IVS A; 2IBZ H; 4KHP O; 1EBO A; 2ZE7 A; 1L0N H; 1U96 A; 4GX5 A; 4ZI7 B; 4KFM A; 4QE7 A; 1KMI Z; 3ZRV A; 2Q0O C; 4PA6 A; 2A0L A; 3J80 N; 3E22 B; 1WLE A; 2A9H A; 1BQ0 A; 2FL4 A; 4PDR A; 4TUY A; 1KEC A; 2P22 C; 2YXH A; 5KLV H; 2UXD O; 2QM8 A; 2B9Z A; 1MAB G; 3W7S A; 4YIO A; 1YJ9 V; 1MA1 A; 1Z5W A; 4JI6 B; 3BAA A; 5LMN B; 4DO2 A; 3OTO B; 1Z5V A; 3R66 A; 3L9D A; 5IJ9 B; 2AZ2 A; 5K1X A; 4MTO A; 1NJI W; 1N36 O; 3K9S A; 4JI0 O; 3UQ8 A; 5CMU A; 3THO A; 4DR3 O; 2LFR A; 2OIE A; 4IIJ A; 4MTG A; 4QE9 A; 2WLM A; 1Q7Y W; 1WA8 B; 2ZCE A; 2RMK B; 3RYI A; 2DN9 A; 5CA1 A; 5BY1 A; 2KG7 B; 4K8Z A; 3CWB H; 1EZJ A; 3L72 H; 1GRJ A; 3CRC A; 2DE0 X; 5ITZ B; 4BWA A; 1URF A; 3DSQ A; 2UUB O; 4CBC A; 1B06 A; 1UFI A; 2X6B A; 2FML A; 4LF9 B; 5JQG A; 5BR8 O; 1IBK B; 2CK3 G; 5KMG A; 1QBZ A; 1R1B A; 1RPO A; 4GKK O; 5JVD A; 4O4J B; 3LDD A; 1NT2 B; 2DW4 A; 1GN2 A; 3CRA A; 1PPJ H; 2HHH B; 4H0L B; 4H33 A; 1S3J A; 4UUJ C; 2WLI B; 2F66 C; 4I50 A; 1M5I A; 2XAH A; 3CSX A; 4JAA A; 2ATK C; 1XMQ B; 4G2K A; 2E5L O; 1I0H A; 2QWO B; 1K92 A; 2HKO A; 4N21 A; 3CCE V; 3JAK A; 1SET A; 2Y69 C; 5J2U B; 2QA4 V; 5FNV B; 4JI8 O; 4DR4 O; 2XOK G; 3ZMS A; 1PNM A; 3AG2 C; 4CH3 A; 1ZSP A; 1RSO A; 3N2K A; 4IL6 Z; 1SQV H; 2Z5U A; 1IXM A; 3LNN A; 3C3S A; 2KQX A; 3ZX6 A; 1TA8 A; 3BA8 A; 4FVM A; 2N74 A; 1W0K G; 1YVW A; 3CMA V; 3FB7 C; 2WAM A; 3LDC A; 4X62 B; 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