The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
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| total genus |
31
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JRI A; 2VQE O; 1XMO O; 4KHP O; 4DR2 O; 2AGA A; 4JI6 O; 4LF5 O; 1XNR O; 4JI2 O; 2E5L O; 3T1H O; 3JAM N; 4DV0 O; 1XNQ O; 4JI4 O; 2UU9 O; 4DV3 O; 4DR7 O; 3SDL A; 1R6T A; 1NS1 A; 4LF9 O; 4JYA O; 1HNW O; 1KUQ A; 2LW7 A; 2UXB O; 1IBK O; 4DR4 O; 1DK1 A; 5LL6 Y; 1HR0 O; 4DV4 O; 5BY1 A; 4LF7 O; 4OPH A; 1FKA O; 1A32 A; 3J81 N; 3J80 N; 5BR8 O; 4A5U B; 3T1Y O; 1I94 O; 1IBM O; 1HNX O; 5IT9 N; 4JI5 O; 4LF6 O; 4JI1 O; 5LMU O; 4DV5 O; 2UXC O; 4DR5 O; 3O65 A; 1N32 O; 2UXD O; 4DUY O; 1X59 A; 4B3M O; 4LFC O; 1J5E O; 2UUA O; 4GKJ O; 1N34 O; 4LF4 O; 1FJG O; 1AB3 A; 4YY3 O; 1F7Y A; 3R66 A; 3J7A U; 4NXN O; 4LFA O; 4DUZ O; 4X66 O; 4OPA A; 1R1B A; 2FKX A; 4JI0 O; 4K0K O; 4LFB O; 1XMQ O; 4GKK O; 4DV7 O; 2VQF O; 4DV6 O; 4JI8 O; 5A2Q N; 4DV1 O; 4AQY O; 1D2D A; 2DOS A; 2DJV A; 2N74 A; 3M8A A; 4JI3 O; 1XEQ A; 1IBL O; 1YZB A; 2ZKO A; 4X65 O; 4LF8 O; 1N33 O; 2Z0A A; 5BXZ A; 4X64 O; 1AIL A; 1N36 O; 2UUB O; 4JI7 O; 2F4V O; 1HNZ O; 4B3T O; 4B3R O; 3RT3 C; 1G1X B; 4DV2 O; 2UUC O; 5H5N A; 4DR3 O; 4X62 O; 4NXM O; 2HHH O; 4JV5 O; 4DR1 O; 4DR6 O; 5IWA O; 3OTO O; 1FYJ A; 4OX9 O; 5FLX N; 2ZM6 O; 4B3S O; 4YHH O; 3F5T A; 5LMN O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JSN A; 2BOC C; 2E74 B; 3M7M X; 1B06 A; 4HAM A; 2JJ2 G; 4X1I A; 2XAF A; 1GN2 A; 2X6A A; 3QG5 A; 1FPO A; 3SYC A; 1K9M W; 4LFB B; 4PA6 A; 2Q7G A; 1K33 A; 1YJN V; 2QJ1 A; 1V55 B; 1I7F A; 1VF6 A; 2UXX A; 2PF4 E; 4CBC A; 3AEI A; 4H37 A; 1RPO A; 5KA6 A; 1L0L H; 1S5H C; 3CCQ V; 1K8A W; 4X8A A; 3AG2 C; 3ZBH A; 1S76 D; 2LO1 A; 5LXT B; 4DRX B; 1WLE A; 5B1B B; 2QWP B; 3RW0 A; 2QKC A; 4DO2 A; 3OGI B; 3K9S A; 5KA5 A; 3ASO C; 1GK9 A; 2HHH B; 2KSD A; 3W7T A; 1AB3 A; 3D8C A; 5J9P C; 4YY3 O; 2ZT9 B; 3BAB A; 4RUE A; 1CXZ B; 4DR6 B; 5IWA B; 1DTO A; 2Q68 A; 4J41 A; 2ZM6 B; 3SYP A; 4DK1 A; 1Q6U A; 1AR1 B; 1I08 A; 1PD3 A; 2KKW A; 1W0J G; 2R70 A; 4HZ3 A; 1KD1 W; 2ZNI A; 1MAB G; 1Y74 A; 2Y4U A; 4DV0 B; 3JAW A; 1VAR A; 3HKB B; 5LYJ B; 4AQY O; 1M1K W; 3WB0 A; 2RNB A; 1VP7 A; 2BCC H; 3VQX A; 4CS3 A; 3TET A; 4HNA A; 3ZJZ A; 3A0R A; 3UO2 A; 1EBO A; 4LP8 A; 4JI7 O; 3IGA C; 1R3L C; 4UVA A; 4FLZ A; 4PDR A; 5D5Q A; 5LP6 C; 1SA0 B; 2YDE A; 5IJ9 B; 3KCX A; 4J7K A; 2BTQ B; 1P49 A; 5CN0 A; 1BGY H; 4LF6 B; 4Z1M G; 4YHH O; 4I55 B; 4I50 A; 4P2Z A; 4Z2W A; 2EIN B; 3DGE A; 3RWR D; 3ZIA G; 4FLU A; 1Y66 A; 5KAI Z; 1ZX3 A; 4FLV A; 4DV3 O; 3CCV V; 1VQN V; 4LF9 O; 2EIL B; 3UT5 B; 1AVM A; 1JFF A; 1FD9 A; 1XMQ B; 3EXA A; 2Q7E A; 1AI5 A; 3K0D A; 4AIL C; 2FB5 A; 4JI8 B; 2ODM A; 4UVC A; 2HG5 C; 1Q81 W; 5L3C A; 4O4J B; 4ZOL B; 4FFK A; 3ABL B; 1KEC A; 3T1Y O; 3TXS A; 4X64 B; 4UVB A; 3JAS B; 1Y67 A; 1RSO B; 3OR7 C; 4DR5 O; 2UXD O; 1SER A; 1CPY A; 1J5E O; 4O2B A; 3Q4H A; 1F7Y A; 1OJH A; 4WFB V; 1YTF D; 2XAS A; 3KG2 A; 3G6E V; 2AZ2 A; 2DW4 A; 4U7O A; 5LMN B; 2WLL B; 1YF2 A; 4TV8 B; 1GN3 A; 1ARO P; 1JJO A; 5IJ0 A; 1B3Q A; 5LOV A; 3L75 H; 4X88 A; 1H2S B; 5A2Q N; 1BL8 A; 4KXR A; 4TV9 B; 4O4L B; 4JI4 B; 2HJF C; 1IBL O; 1D5N A; 2JIZ G; 3IFX A; 1YIJ V; 1M93 A; 1PNL A; 3QVN A; 1S3J A; 2FTK A; 5B1N A; 2GBO A; 4DV4 B; 1JJ2 U; 1VF7 A; 1MNG A; 3D3Q A; 4FM2 A; 4YJ3 B; 2EUL A; 4X20 A; 1K4C C; 1VQ5 V; 2NLJ C; 1US6 A; 5JH7 A; 5BZB A; 5LP6 A; 4X62 O; 4DW1 A; 3TK1 A; 4IIJ B; 3AG2 B; 1ZL8 A; 4O4H B; 1FFX A; 4BAY A; 1WA8 B; 5FLX N; 1ZAU A; 1Y6X A; 4H13 B; 2VQE O; 4PI2 A; 1Y76 B; 1PKX A; 2OTJ V; 3THO A; 2AGA A; 1W59 A; 2OTL V; 2HVK C; 2W6J G; 3EVK A; 5DEC A; 1FJG B; 2E5L O; 5KMG A; 3DC5 A; 2P4K A; 1B6Q A; 4U3J A; 1TVK B; 2F93 B; 3HKE B; 4G27 B; 3B40 A; 2QR4 A; 2IJJ A; 2ZDI C; 4DR4 O; 3ZMS A; 4BIO A; 2AZ0 A; 3SPC A; 4Q20 A; 2IW5 A; 3N2G B; 1P7G A; 3DC6 A; 2K9P A; 1SES A; 1VQK V; 1XBL A; 3BA8 A; 4PA4 A; 2JS3 A; 1IBM O; 4QNH B; 4I4T A; 4CZZ A; 2QTS A; 3CME V; 2QA4 V; 4IT5 A; 1RPR A; 2JGD A; 1BS3 A; 3OEH G; 4EKW A; 4MVM A; 1YIT V; 5BMV B; 5CBG A; 1GM9 A; 4WFF A; 1R1B A; 2P67 A; 4K0K O; 3RVY A; 3PN1 A; 4GKK O; 3CB2 A; 1Z2G A; 1K73 W; 1MMM A; 3ZMT A; 3JSL A; 2ZKO A; 3BA9 A; 2X0L A; 5JJN B; 5C93 A; 5CA1 A; 1PNK A; 2LQT A; 1N33 O; 4P9O A; 3EHB B; 1FAF A; 3NR7 A; 2Q5Z A; 3JAK A; 5ITZ B; 3RFR A; 5H9C A; 3K0G A; 3P3P A; 5H2F Z; 1O9H A; 2QM8 A; 3PJS K; 4X1K B; 1AI4 A; 2UUC O; 3H1J H; 4PI0 A; 3ZCC A; 3R65 A; 1DGS A; 3OTO O; 1XOU A; 4JPR A; 1XMO O; 4UFZ A; 1K5Q A; 2FML A; 3CMA V; 1HP8 A; 2ILM A; 1I5X A; 3RYC A; 4DR7 O; 1FXK B; 4F4L A; 1R6T A; 2LW1 A; 2LFS A; 5C8Y A; 4R6Z A; 1YDX A; 2OYQ A; 5IYZ A; 1R6N A; 2DQ3 A; 2CGN A; 5JVD A; 4DV6 B; 3AG3 C; 1XHX A; 3G4S V; 1ZWI C; 2DYR B; 3IC9 A; 1NH2 B; 4LF8 B; 2R9R B; 3X2Q B; 3ML0 A; 4TOI A; 2KQX A; 2EZO A; 1N36 B; 3MAQ A; 1HDJ A; 3E89 A; 4JI5 O; 1PNM A; 1HNZ B; 1CEZ A; 5KUK A; 2Q7H A; 4B08 A; 4DV5 O; 2UXC O; 2BSK A; 4EFE A; 2AHZ A; 2WLH A; 4NXM B; 1S0V A; 5LGN A; 3QO7 A; 4UV9 A; 1FXV A; 5L3E A; 3APQ A; 3LSQ A; 4RWU A; 3JD4 A; 4ASU G; 3T4Z A; 5JCO C; 1IVS A; 2WLJ A; 2WLI B; 2H8P C; 1NH2 D; 4XDL A; 4WBN B; 4FLY A; 3OMA B; 4WFG A; 4YJ2 B; 4ZIB A; 1SQQ H; 2AHY A; 1XNR B; 3B8M A; 5EBW C; 2WA3 A; 3WU2 Z; 2DYS C; 2YIA A; 1SZT A; 3LNN A; 3G80 A; 2ZXW C; 4NTW A; 3IJ4 A; 1TUB A; 5K1X A; 1QLE B; 1OCO B; 2HJD A; 4RO2 A; 2GUZ B; 3VQV A; 5BR8 B; 5JQG B; 1SQX H; 2Z3Y A; 3LNM B; 1H2L A; 2KB1 A; 1P7B A; 2YIC A; 2DWD C; 5EZY B; 2XAQ A; 4JI1 B; 4UCS A; 2XUM A; 3ASN C; 4LFC B; 3LSU A; 4J7J A; 4FM1 A; 1Q5O A; 3T1H O; 1SKV A; 3SYO A; 4J80 A; 1G8M A; 1M90 W; 2WA4 A; 2NR5 A; 4DUZ B; 4X66 B; 1NQT A; 4JI0 B; 2ZCE A; 2X7R B; 2H94 A; 3RGB A; 1GN4 A; 1QLN A; 2VRZ A; 1YJ9 V; 3G67 A; 3H01 A; 5GON B; 5BY1 A; 4BR6 A; 4IHJ B; 1A32 A; 1O9G A; 5KX5 B; 1R3J C; 2O57 A; 5GW7 A; 1AP6 A; 5KLV H; 5LHG A; 1G4Y B; 4R50 A; 1HNX O; 1P84 F; 1VF6 C; 3O65 A; 4GX0 A; 5LGU A; 2ZIO A; 2JK5 C; 2V4D A; 1WP7 A; 5CMU A; 1PV0 A; 3OMN B; 3ZHU A; 3J7A U; 5J2T B; 2P6J A; 4PA7 A; 1IDS A; 1KQS U; 3FAV B; 4OPA A; 4LFB O; 4ZHQ B; 4Q6G A; 5L3B A; 1EM1 A; 5LA6 A; 3A8T A; 2F66 C; 4UCT A; 3CEI A; 3CE2 A; 4B7E A; 2N05 A; 1IBK B; 3CC7 V; 2V1D A; 4U3F H; 3JAR A; 5LBQ A; 4H0L B; 4LF7 B; 2HFE C; 5J2U B; 4NVP A; 2HHH O; 3KZI Z; 3SPI A; 1YVW A; 3OAA G; 1BZK A; 4DR6 O; 5IWA O; 4FLT A; 2ZM6 O; 5A9G A; 2B9Z A; 4UCO A; 1Y4M A; 1IX9 A; 2EIK B; 3LSS A; 4DUY B; 1SQG A; 1Z5W A; 4LF4 B; 2YIB D; 3VQY A; 1OCR C; 4DV0 O; 1FFT B; 3VOU A; 4CC6 A; 3TGU H; 2GV9 A; 3SDL A; 1AJQ A; 1JMK C; 2PTM A; 3JAL B; 2CTW A; 1BT8 A; 3RN4 A; 4DV7 B; 3QO8 A; 2EIM B; 1E79 G; 5LXT A; 1FKA O; 3CCL V; 3HKC B; 4PDM A; 4TSF G; 1VQL V; 3CX5 F; 5EC1 C; 1QNM A; 4UCU A; 3B2E E; 4QJF B; 2DYS B; 2DE0 X; 3LUT B; 3ZX6 A; 2QTO A; 4AI8 A; 3ZN1 A; 4O4I B; 2HR3 A; 2AXT Z; 1PL0 A; 2P06 A; 3FYE B; 2X6B A; 4LF6 O; 1S72 V; 1YCI A; 1NZ6 A; 1M4U A; 3U0Z A; 4ZBM A; 4JYA B; 1X4T A; 5EIB C; 1T5E A; 1OCZ C; 4OX9 B; 1NTK H; 3HKB A; 1EZV H; 3BY6 A; 4K35 A; 2UXN A; 4GYC B; 4DR2 B; 1XMQ O; 1K34 A; 4LF5 B; 3W7X A; 3ASN B; 4DYL A; 4FFB A; 4JI8 O; 3ZHR A; 3ZHS A; 2DOS A; 2W0F C; 5B3S C; 5TIS Z; 2CH7 B; 2F23 A; 1M9N A; 1XRE A; 1QHT A; 1YHQ V; 4E4E A; 5IJ9 A; 3OD4 A; 5IE9 A; 3FX7 A; 2BTQ A; 2GTA A; 4X64 O; 1K7D A; 1AIL A; 3H1I H; 1H38 A; 1WP8 A; 1H2N A; 1K4D C; 3AK3 A; 3RT3 C; 2XHB A; 4H33 A; 4GX5 A; 3CP1 A; 4I55 A; 5H5N A; 5LGT A; 1WB7 A; 1N4C A; 2Z5U A; 4UUJ C; 3JD0 A; 4NR1 A; 1I94 B; 4GZR B; 3ETD A; 3O9O A; 5LMN O; 1I5Y A; 1OCC C; 3SYA A; 1M57 C; 3UT5 A; 1D5A A; 3K08 A; 3SJC C; 3ABT A; 1ROP A; 4N21 A; 4JI4 O; 1K92 A; 1S77 D; 1H8E G; 1IZ3 A; 4CS2 A; 4LFA B; 1KUQ A; 2YS8 A; 3CCU V; 3CD6 V; 3SJA C; 4CH5 A; 1UJW B; 4O4J A; 4FLX A; 2VQF B; 4I9W A; 1DF5 A; 4QPJ A; 1EFR G; 2PUS A; 4DV4 O; 3J80 N; 2Y69 C; 3A0H Z; 4YIO A; 4E2L A; 3JAS A; 5IDJ A; 1VQ9 V; 1RSO A; 5IYD O; 2Q0A A; 3W7W A; 4C7U A; 2ZQM A; 5IY5 B; 4JYB A; 4LR3 A; 1XI1 A; 3JD1 A; 3GB7 C; 3N2K A; 3RYI A; 2CTP A; 4DR3 B; 3HPL C; 1FJG O; 3JAW B; 3OT7 A; 1RFY A; 1YTF B; 5FL7 G; 1BHA A; 5FPO A; 3R66 A; 1JVM A; 3HB3 B; 3S3W A; 4I0X B; 4B3S B; 2GDS A; 3W7U A; 2IJK A; 2R72 A; 3P3N A; 4O4L A; 4TV9 A; 3CS5 A; 3OE7 G; 4HNA B; 1SC5 B; 4JI2 B; 4JAU A; 1XNQ B; 3STL C; 2UU9 B; 4ZI7 B; 3AK2 A; 1QVG U; 3FYI B; 2JVD A; 1OCR B; 5E1A C; 5KHH A; 1MOF A; 2PYL A; 4KP4 A; 2WWW A; 1VQ7 V; 4N23 A; 4YJ3 A; 1Z5V A; 4TUY B; 1THZ A; 4IIJ A; 1UPG A; 4O4H A; 2DWE C; 4WFH A; 1JA8 A; 2N04 A; 1Q7Y W; 1Y76 A; 2AW9 A; 4FPP A; 1XUQ A; 1OZ0 A; 2OCC C; 2P22 C; 3CCJ V; 5CBH A; 5CB4 B; 5LMU B; 4X89 A; 1TVK A; 1NR7 A; 3M99 B; 2BE3 A; 4GKJ B; 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2BTO A; 2LGW A; 3P32 A; 3K58 A; 2LW7 A; 2LP7 A; 2CTQ A; 4GX1 A; 3AG4 C; 4W4L A; 5L3F A; 1HW7 A; 4JI3 B; 5BR8 O; 1K5S A; 3OMI B; 5CA3 A; 2EJ7 A; 4I5S A; 1VQP V; 3DXR B; 2UUB B; 3OEE G; 2X6C A; 1U96 A; 4J42 A; 4JI1 O; 4B3R B; 4RQF A; 3RYH A; 4LFC O; 2HEP A; 2WLI A; 5JJJ B; 1RM1 C; 3B8N A; 1WPB A; 2JS5 A; 4DR4 B; 2QE7 G; 3E86 A; 3L73 H; 2WLM A; 3JD2 A; 4YJ2 A; 5LHI A; 2WLN A; 4DUZ O; 4X66 O; 5CA1 B; 4JI0 O; 3CCS V; 1NBM G; 3JAK B; 4CH6 A; 2PGG A; 2XND G; 5KHK A; 3GWK C; 2ZE7 A; 1HNW B; 2E75 B; 4OGQ B; 2GUZ A; 1KBH A; 1S5L Z; 2CAZ C; 3L72 H; 4JTD B; 5FNV B; 3WFV A; 4FZ0 A; 3E8H A; 2RDC A; 4MTX A; 1Q82 W; 1KP2 A; 3ZRW A; 2P4V A; 4BWA A; 4UB8 Z; 1RP3 B; 2RN9 A; 5EZY A; 1XL4 A; 3K59 A; 3WB1 A; 3WG7 B; 2YXH A; 1YXB A; 5C8Y B; 3AG1 C; 3F5T A; 2BOB C; 2ZD9 A; 2PZS A; 3GVM A; 5IYZ B; 4B3M B; 4JAA A; 2UUA B; 4PA9 A; 2YID A; 2RMK B; 4LNU B; 5AG2 A; 1COW G; 5GON A; 1BCC H; 4IHJ A; 1IBK O; 4JZG A; 3SYQ A; 3T1C A; 1YJW V; 1AR5 A; 5KX5 A; 2XT9 A; 4JAV A; 5B1O A; 2OCH A; 4LF7 O; 4LH7 A; 2YXY A; 4GLX A; 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