The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
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| total genus |
31
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3T O; 4LF6 O; 1FYJ A; 4DR7 O; 4YY3 O; 3O65 A; 2N74 A; 4GKJ O; 2UUA O; 4NXN O; 1R6T A; 2VQE O; 4AQY O; 2ZM6 O; 1IBL O; 4JI1 O; 4JI7 O; 1XMO O; 4JV5 O; 4DUY O; 4DUZ O; 2ZKO A; 4LFA O; 4JYA O; 2UXB O; 5BY1 A; 2FKX A; 5FLX N; 4DV6 O; 3T1Y O; 5LMN O; 5IWA O; 4JI8 O; 3J7A U; 4B3M O; 1I94 O; 1AIL A; 2AGA A; 1HNZ O; 1A32 A; 4GKK O; 4LF7 O; 4YHH O; 4B3S O; 3RT3 C; 2DJV A; 3J80 N; 1FKA O; 5A2Q N; 4LF8 O; 5BR8 O; 2JRI A; 2DOS A; 1R1B A; 4B3R O; 4DR6 O; 2E5L O; 4DV0 O; 1YZB A; 1DK1 A; 1AB3 A; 1XMQ O; 4X64 O; 2UXD O; 4X62 O; 4DR3 O; 4DV4 O; 3JAM N; 4LF9 O; 2F4V O; 3OTO O; 1N32 O; 2LW7 A; 1HNW O; 1FJG O; 4A5U B; 4OPH A; 4DV2 O; 4DR4 O; 4OPA A; 1IBM O; 2UU9 O; 4LF4 O; 4DR5 O; 2UXC O; 5H5N A; 3SDL A; 1N33 O; 4KHP O; 4X65 O; 1XNR O; 4LFC O; 4DV1 O; 2HHH O; 4DV5 O; 1N36 O; 2UUB O; 4OX9 O; 4LFB O; 1G1X B; 3J81 N; 1F7Y A; 5LL6 Y; 4JI2 O; 3F5T A; 3R66 A; 1XNQ O; 4JI4 O; 4X66 O; 4JI3 O; 2VQF O; 4JI6 O; 1HR0 O; 1J5E O; 4JI5 O; 1XEQ A; 4K0K O; 4DV7 O; 1IBK O; 4DR1 O; 5BXZ A; 4NXM O; 2Z0A A; 5IT9 N; 1HNX O; 3M8A A; 3T1H O; 2UUC O; 4LF5 O; 4JI0 O; 1KUQ A; 1X59 A; 4DR2 O; 1D2D A; 5LMU O; 4DV3 O; 1NS1 A; 1N34 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O4J B; 3FB8 C; 4B3T O; 1E1Q G; 3CC7 V; 3H9V A; 3ZRW A; 2KB1 A; 3DTU B; 5E79 Z; 2GUZ A; 1FXV A; 3K79 A; 4HYO A; 4AQY O; 2ZM6 O; 4G28 B; 3ZMU A; 3FKS G; 3JAK B; 3K3W A; 4BIZ A; 1K33 A; 1KEC A; 4JYA O; 2F93 B; 1OCZ C; 3RYH B; 3T1Y O; 3K03 A; 2UU9 B; 1YTF D; 5FL7 G; 3IAY A; 4FFK A; 2PYL A; 1X4T A; 1YF2 A; 2HVK C; 1OCO B; 1Z5W A; 4J11 A; 2CK3 G; 5GTH Z; 4CH6 A; 5BR8 O; 5CB4 B; 1P49 A; 2X6A A; 3LSU A; 2W6I G; 3QNE A; 4CC5 A; 3HKE A; 2UXD O; 4DV4 O; 3EFF K; 5LGN A; 1J5E B; 5KLV H; 1OCO C; 1IBK B; 4FM0 A; 2Q4P A; 4X1Y A; 1WA8 A; 2DWE C; 2P4V A; 4J9Y B; 3JSL A; 1IXB A; 3SDL A; 2N05 A; 1WNS A; 1WPB A; 2IJK A; 3D3I A; 4LR3 A; 4LFB O; 2DE0 X; 4PDM A; 3W7X A; 3AK2 A; 3ZHQ A; 5EZY A; 1XNQ O; 2OCH A; 4LF8 B; 1GKF A; 1R3J C; 4R6Z A; 4PDL A; 4HAM A; 1V55 B; 4B3R B; 2OWO A; 2NR5 A; 2YIB D; 3R65 A; 1XMO B; 3CRC A; 2IJJ A; 2W6J G; 4TQD A; 3TXS A; 1YCI A; 3F7Y C; 3APQ A; 3BA9 A; 1L1F A; 1HNX O; 1CPY A; 1K5Q A; 2O57 A; 1KKD A; 1NR7 A; 2YIB A; 1EM1 A; 5KHG A; 4BAY A; 1VAR A; 1MOF A; 5JJJ B; 2ZE5 A; 4MW8 A; 4DV3 O; 5L3G A; 1V55 C; 2ZR2 A; 2PZS A; 1AJQ A; 4I50 A; 1VQO V; 1VP7 A; 3H1H H; 2N74 A; 3E8B A; 4YY3 O; 3SGI A; 2F23 A; 5KA5 A; 1PNL A; 3JAR B; 4DV0 B; 1M4U A; 3HKB A; 1SKV A; 4ABM A; 1R6N A; 5EC1 C; 4UFZ A; 3RWR D; 2ITC C; 3D3Q A; 4B3M O; 4B08 A; 2YIA A; 3HKD A; 3UCS C; 2MW2 B; 1VQ4 V; 2Q7G A; 4CC6 A; 4YJ2 B; 1BHB A; 1UFI A; 4LWS A; 2A7W A; 2QKS A; 4DR6 O; 3JD1 A; 4NTX A; 5L3B A; 2P06 A; 3G67 A; 4UB8 Z; 4IHJ A; 2DYR B; 3GWK C; 3CE2 A; 5KUK A; 5KX5 A; 1PD3 A; 2OIE A; 3CRQ A; 2RCV A; 3N2G A; 4KHP O; 2AW9 A; 2LFR A; 2M7W A; 4GLX A; 4X1K B; 4X88 A; 4DV5 O; 3A0R A; 2LGQ A; 3RYC A; 2HJF C; 1CP9 A; 1BMF G; 2XHB A; 3H1J H; 1N34 B; 4X20 A; 2WWW A; 3HKC B; 2DYR C; 4JAU A; 1ROP A; 2OIG A; 1UPG A; 3EVK A; 1R3K C; 4JI3 O; 2EX3 A; 3BHP A; 3FAV A; 3WB0 A; 1Y67 A; 5EK0 A; 1SF9 A; 4NKG B; 1XMQ B; 4RUF A; 2BTQ A; 2H94 A; 3JD0 A; 1BQ0 A; 1PP9 H; 4I55 B; 4O4I A; 5LA6 B; 2F4V B; 1L0L H; 4NYK A; 1Y76 A; 1HNZ B; 3JAS B; 2JGD B; 2NLJ C; 1MMM A; 4JAA A; 3I56 V; 1RP3 B; 2JS3 A; 3CS5 A; 2JJ1 G; 4IGG A; 2JEU A; 2CDY A; 3FB5 C; 3SYO A; 2AZ2 A; 3LDC A; 1BL8 A; 4OX9 B; 1VQ5 V; 4AIL C; 2IBZ H; 5C8Y B; 5CBF A; 3K5L A; 3BFR A; 2YXY A; 1SQX H; 5K1X A; 3AEI A; 3VOU A; 5JVD B; 1U96 A; 2HP8 A; 2Z3Y A; 4GCZ A; 2AHY A; 1FXK A; 3DGE A; 4BW5 A; 4GX2 A; 2L6L A; 3UT5 B; 1GM9 A; 1VEW A; 2V1D A; 1B04 A; 1QVF U; 1G6U A; 2Q5Z A; 1QNM A; 1KC8 W; 5IJ9 A; 2RJZ A; 1ZWI C; 4XDL A; 1AP6 A; 4QPJ A; 4B3T B; 4YJ3 A; 2GTA A; 4PA4 A; 4JI5 B; 2M6Y A; 2ZM6 B; 2YEV A; 1JVM A; 5ITZ A; 3AK1 A; 2N04 A; 1RPR A; 1VF6 C; 4J9Z B; 2IM9 A; 4JYA B; 2OT5 A; 2HHH O; 1DLB A; 1SES A; 4P30 A; 2FML A; 2NNU A; 3WG7 B; 4J42 A; 4TV9 A; 3TJT A; 1H2M A; 2EIL B; 4D7T A; 2YI9 A; 5KMG B; 4RQE A; 3K04 A; 5BR8 B; 1R6K A; 1JJ2 U; 3RW0 A; 2UXD B; 4DV4 B; 4NXM O; 1N0J A; 4MVU A; 3WG7 C; 4LCU C; 2C2A A; 2EIL C; 1KUQ A; 3D36 A; 2F95 B; 3K08 A; 1MAB G; 2IJI A; 1X59 A; 4LBE C; 4DRX B; 1NS1 A; 1VQ6 V; 1NZ6 A; 3U11 A; 1AI6 A; 1FS0 G; 4PA7 A; 1Y74 B; 2HG5 C; 3LDE A; 4LFB B; 1NI8 A; 2V4D A; 1NR1 A; 1Q81 W; 4OGQ B; 1XNQ B; 4I4T B; 2ZKO A; 5JCO C; 1QR9 A; 4DV2 B; 3CCJ V; 4W4L A; 4ZOL B; 3QTC A; 3H1L H; 2PI5 A; 4NVP A; 4MSW C; 3UO3 A; 4K35 A; 1WLE A; 2LQT A; 1HNX B; 5JH7 B; 1Z5V A; 3CXC U; 3CWB H; 4CH3 A; 2WLI B; 1K9M W; 1AR1 B; 2XAH A; 2WA3 A; 1NQT A; 5FNV B; 4U3J A; 4GX5 A; 4P9P A; 2E76 B; 3SYQ A; 1ENV A; 1J95 A; 2LW7 A; 3CCS V; 5LYJ A; 4E2L A; 4H13 B; 3CB2 A; 1FPO A; 3ZS8 C; 2UXC O; 1Y4M A; 2ARH A; 5EC2 C; 4Z1M G; 1JA8 A; 5B66 Z; 2YSU B; 1SA0 B; 2WAM A; 4UVC A; 1JCH A; 3RYI A; 1TA8 A; 4X65 O; 1T5E A; 2ZNJ A; 4LFC O; 3DXR A; 4QE9 A; 3PN1 A; 3E2E A; 1EFR G; 4FLZ A; 4DR2 B; 3E8G A; 1O9H A; 1H38 A; 2XAS A; 3FX7 A; 1K7D A; 1QCE A; 3MHS C; 2HKO A; 1FFX A; 4X66 O; 2JJ2 G; 2ZR3 A; 1TUB A; 2X6C A; 2VQF O; 4JI6 O; 4CS2 A; 3CD6 V; 4TUY A; 3LUT B; 2BCC H; 3CSX A; 1XUQ A; 4HBN A; 4JI7 B; 2P5O A; 4QIW F; 3E83 A; 3T2M A; 2Z5U A; 4JI8 B; 3CX5 F; 4DO2 A; 1VQ8 V; 3BCC H; 1P7G A; 4JF3 A; 1Q82 W; 5B1O A; 2ADQ B; 1P84 F; 4BIO A; 4D7S A; 1PNK A; 2FYU H; 2QKA A; 1FYJ A; 4ZKI A; 4ZI7 B; 3N2K B; 4UVA A; 1O9G A; 2ILM A; 1IBL O; 1Q43 A; 3NXS A; 2DW4 A; 4RWU A; 1N32 B; 5L3E A; 4DUZ O; 1N8R W; 2Y4T A; 4P9O A; 5BMV B; 1OHH G; 3SPI A; 4LF7 O; 4YHH O; 1KP3 A; 1ZX3 A; 5L3C A; 1IVS A; 4PA6 A; 1WB8 A; 1IX9 A; 4X1I A; 1DF4 A; 3JAW A; 4RQF A; 5LHG A; 3JAT A; 3ZRS A; 4MVR A; 4X64 O; 1GAX A; 3LDD A; 4X62 O; 4DR3 O; 1ZUQ A; 2GSM B; 4LF9 O; 1BS3 A; 3ZJZ A; 3KKY A; 2ETN A; 2YID A; 1HP8 A; 3VBB A; 5IYZ B; 2XTA A; 4O2A B; 1GMG A; 2QM8 A; 4WBN B; 4GYC B; 2ZDI A; 2KG7 A; 1K92 A; 4FLY A; 2R70 A; 4MVO A; 2QEX V; 1SER A; 5B1A B; 4GT1 A; 4MS2 A; 1WPX A; 4GKJ B; 4K0K O; 3FFQ A; 1NH2 D; 4DR1 O; 4LH6 A; 3ETE A; 1PPJ H; 4LF5 O; 1MSW D; 3ZRW B; 1VQN V; 1NTK H; 2RQ6 A; 1I94 B; 3ZMS A; 3W7T A; 5B1A C; 3DSQ A; 3B77 A; 3L9D A; 4B3S B; 2WLN A; 1JMK C; 4L87 A; 3BEH A; 3QO7 A; 2HHH B; 2ZIN A; 3ZHT A; 4NXN O; 1R6T A; 5H6R A; 4JI1 O; 4UV9 A; 5EIB D; 2GTS A; 3TGU H; 1HNW B; 3CME V; 1XRE A; 2E75 B; 3WB1 A; 1YTF B; 4QJF B; 1IBM B; 4I9Q A; 1WP7 A; 1M9N A; 2PGG A; 3ETD A; 3HB3 B; 3U0Z A; 3TET A; 2P67 A; 1A32 A; 3BVO A; 5KHJ A; 3CC4 V; 3HKE B; 3B8N A; 4DV1 B; 4PD4 F; 1IXM A; 2DOS A; 3G6B A; 1DGS A; 1KB9 F; 3WFV A; 1S5H C; 2E5L O; 1DK1 A; 3AK3 A; 4JI2 B; 4FZ1 A; 5KAF Z; 4X1Y B; 1WA8 B; 1JX9 A; 1FXH A; 2CTQ A; 5CA3 A; 2JS5 A; 4PHZ A; 3STL C; 3OR7 C; 4LNU A; 1VMG A; 4NB5 A; 2A0L A; 3OUS A; 2VWJ A; 3B8M A; 1AI4 A; 2KQX A; 4R8C A; 2NN4 A; 2UUB O; 3QVN A; 4CZZ A; 3O9O A; 5DN6 G; 3ASN B; 4MT8 A; 1RM1 B; 1M57 B; 1Q5O A; 3RFR A; 1S76 D; 1IZ3 A; 4DR7 B; 1YSC A; 1IDS A; 5IYD O; 4W4K A; 5KA6 A; 1L8D A; 3N27 A; 5CA1 A; 2WLM A; 3OE7 G; 4WF9 V; 4O4J A; 4I50 B; 3ASN C; 4RAI A; 5H9C A; 1RM1 C; 1F4M A; 1H2G A; 1M57 C; 3KCX A; 2IH3 C; 3CCM V; 3HKB B; 3MHH C; 5KHK A; 5EBL C; 1E79 G; 2HFE C; 4X65 B; 4PDR A; 1XDC A; 1E1R G; 3ZMZ A; 2MK3 A; 4FK5 C; 5EBM C; 3LNN A; 3HKD B; 1EN6 A; 2P6J A; 1FJG B; 1Q8I A; 2UXB O; 2A3Q A; 2B1G A; 3SJQ C; 4JI6 B; 2VQF B; 5CB4 A; 4DR5 B; 1CEZ A; 3J7A U; 2PY5 A; 1AJN A; 4LWS B; 4K8Z A; 4OXS A; 2A06 H; 1N33 B; 5LGT A; 3KZI Z; 1XNR B; 3RT3 C; 3STZ C; 3RYF B; 1M5I A; 2JRI A; 4IHJ B; 2P22 C; 1Q6H A; 3CRR A; 4X8A A; 3VQW A; 4F6E A; 5KX5 B; 3JCU Z; 4JI4 B; 2HR3 A; 1XQ8 A; 3OEH G; 1VQP V; 1HR0 B; 4A5U B; 1P7B A; 2ADP A; 4LF4 O; 3RYC B; 1IBL B; 1SC5 B; 2QTS A; 1SQQ H; 3G6E V; 4MVS A; 4X20 B; 2EIM B; 4DUZ B; 2UUC B; 3BPZ A; 1D5A A; 1K3E A; 1RSO A; 2GHY A; 2JIZ G; 3OT7 A; 2PI4 A; 4IIJ A; 3AG4 B; 2Q8V A; 1NT2 B; 1M90 W; 4O4L A; 2BTQ B; 4ZHQ A; 1OCR B; 4IYI A; 4O4I B; 4B7K A; 3CYO A; 2CTP A; 1K4C C; 1EN4 A; 2EIM C; 1Y76 B; 1I5Y A; 5JQG A; 4JV5 B; 2CGN A; 4DK0 A; 1LUV A; 1K73 W; 4O2B A; 3IC7 A; 2K1E A; 4H44 B; 3AG4 C; 4TV8 A; 4JI0 O; 3K9S A; 1OCR C; 1GO3 F; 3E8F A; 2ODM A; 2XAQ A; 5GON B; 4UCR A; 1N4C A; 5HFM A; 5CMU A; 4PI0 A; 5CBH A; 2Y0P A; 1QQC A; 1MNG A; 3DC6 A; 1B3Q A; 5L3F A; 2FL4 A; 1AR4 A; 1L0N H; 1FXK B; 4LFA O; 4KP4 A; 4DR4 B; 2R72 A; 2FKX A; 3I5D A; 1ZTE A; 4YJ2 A; 1Q90 D; 2ZIO A; 4K0K B; 4TWK A; 4FM1 A; 4DR1 B; 4GKK O; 3T4D A; 2RDC A; 2EUL A; 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2Q6A A; 2QJ1 A; 1QR8 A; 1XL4 A; 4F6R A; 3RYI B; 1JFF A; 3OR6 C; 3DXR B; 5LXT A; 2UU9 O; 3CCE V; 3FYI B; 2FTK A; 2W0F C; 5KHH A; 2FB5 A; 1FFX B; 2QWQ B; 1TUB B; 3D8C A; 1G1X B; 4DV3 B; 3F5T A; 2AZ0 A; 4Z2W A; 4YY3 B; 3H1I H; 1M56 B; 3Q4H A; 5A9G A; 1J5E O; 1IBK O; 3JAL A; 4DRX A; 4WCE V; 3QO8 A; 4AI8 A; 3RGB A; 3M8A A; 4WFB V; 1NTZ H; 2DWD C; 5GTI Z; 4B3M B; 4UCU A; 3CXH F; 1NVP D; 4FMT A; 1WN7 A; 4EFB A; 1K8A W; 3TK1 A; 1M56 C; 1XOU A; 4YXW G; 3S3W A; 3DC5 A; 3RVY A; 4PA3 A; 3CJH A; 4FLT A; 1R73 A; 4DR6 B; 2Q69 A; 1BSM A; 3G80 A; 2QA4 V; 4JZG A; 1B06 A; 2BSK A; 1VQK V; 1XMO O; 1AI7 A; 2BE3 A; 1G8M A; 3OM3 B; 2Q7H A; 4DV6 O; 3PJS K; 2CTW A; 2EJR A; 1XIL A; 2E74 B; 1GN4 A; 3JAW B; 5FNV A; 3JAT B; 4KHP B; 4FM2 A; 4DV5 B; 1FKA O; 1KKC A; 2CGO A; 3BRC A; 1BHA A; 2LFS A; 1Q3E A; 2QWO B; 4DV0 O; 2BTO A; 4WFE A; 5CA0 A; 1SA0 A; 5DM6 V; 4YIP A; 4Q20 A; 4JI3 B; 1GN6 A; 5JJN B; 1N0N A; 3MDS A; 1YIT V; 4HZ3 A; 4MVZ A; 2KG7 B; 4JAS A; 4J7J A; 1KD1 W; 4ZIB A; 2ZIM A; 4BIU A; 4EKW A; 3C3S A; 2CUG A; 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