The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| total genus |
32
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NXN O; 4DV2 O; 4NXM O; 4B3T O; 1J5E O; 4DUY O; 4YHH O; 4JI7 O; 2ZM6 O; 1FKA O; 3RT3 C; 4LF4 O; 2E5L O; 2UUA O; 1YZB A; 1R1B A; 4OPH A; 1HNW O; 4LFA O; 5H5N A; 4JI3 O; 1R6T A; 5A2Q N; 4DR4 O; 4DV6 O; 1XMO O; 4DR2 O; 1XNQ O; 2VQF O; 5IWA O; 1KUQ A; 4X65 O; 4DV1 O; 5IT9 N; 2UUB O; 1N34 O; 5BY1 A; 4X64 O; 1NS1 A; 4A5U B; 4GKK O; 4JYA O; 3O65 A; 2VQE O; 1N33 O; 4GKJ O; 3SDL A; 5FLX N; 1IBL O; 1N32 O; 1X59 A; 4DR6 O; 1HR0 O; 4DV7 O; 4B3R O; 2LW7 A; 4OPA A; 1XEQ A; 4JI5 O; 4DR5 O; 1G1X B; 4YY3 O; 1FJG O; 1HNZ O; 4DV4 O; 4JI2 O; 4DV0 O; 4DR7 O; 2JRI A; 3T1H O; 4LF5 O; 2DJV A; 1I94 O; 4AQY O; 5LMU O; 4DV3 O; 2UUC O; 2F4V O; 3F5T A; 5BR8 O; 4LF8 O; 2UXD O; 2HHH O; 1D2D A; 4JI6 O; 4LF9 O; 1XNR O; 2UXC O; 4LF7 O; 3J81 N; 3R66 A; 4JI0 O; 4JI1 O; 4LF6 O; 2DOS A; 4KHP O; 1FYJ A; 3T1Y O; 2UU9 O; 4DR3 O; 2FKX A; 2N74 A; 3M8A A; 4DV5 O; 4X62 O; 1AIL A; 2ZKO A; 1F7Y A; 4LFB O; 1XMQ O; 4B3S O; 1A32 A; 4OX9 O; 1AB3 A; 3OTO O; 1HNX O; 3J80 N; 5LL6 Y; 1N36 O; 4DUZ O; 5LMN O; 4K0K O; 3JAM N; 3J7A U; 4X66 O; 4JI8 O; 1IBM O; 4LFC O; 4B3M O; 2UXB O; 1IBK O; 4JI4 O; 4DR1 O; 4JV5 O; 2AGA A; 1DK1 A; 5BXZ A; 2Z0A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EBO A; 1ZL8 A; 3FB8 C; 1XDC A; 3SYC A; 5L3B A; 3OT7 A; 4DUY O; 4NB5 A; 3K06 A; 3KG2 A; 1YJW V; 1KKC A; 3AG4 C; 1SQF A; 1US6 A; 4QJF B; 3E8B A; 1JFF B; 3AG2 C; 4R7C A; 2HJD A; 1M57 B; 1Y76 B; 2OT5 A; 5K1X A; 4YXW G; 3K5O A; 2P5O A; 2RNB A; 3WFV A; 4F4L A; 4O4H B; 1SRY A; 2AZ0 A; 3AK1 A; 2E74 B; 3L71 H; 1BT8 A; 2LW7 A; 1FJG O; 4O2B B; 3N2K B; 5CA1 B; 4CH3 A; 3BA8 A; 4QE7 A; 5CBG A; 3CWB H; 1I94 O; 5EZY A; 1WB7 A; 2R9I A; 3AK2 A; 1HP8 A; 4CC5 A; 2VWK A; 5JH7 B; 4LBE C; 4GX2 A; 2CUG A; 3CS5 A; 4PDR A; 1Q82 W; 4X62 B; 1AP6 A; 3RYI B; 3R66 A; 2AXT Z; 1GM8 A; 3CC2 V; 2CTP A; 1M9N A; 2ZKO A; 1YIJ V; 1A32 A; 2ATK C; 5L3F A; 3WU2 Z; 1FXK B; 1S5J A; 4UVB A; 2XTA A; 4QPK A; 2A0L A; 2JVD A; 5B66 Z; 3RYF A; 2YIB D; 3HPL C; 3ABK B; 2EIL B; 2Q68 A; 2XOK G; 4IHJ A; 3QO5 A; 4JI8 O; 2ZE7 A; 4B3M O; 5FL7 G; 5EBL C; 4HYO A; 3BHP A; 3VBB A; 1N32 B; 4X1I A; 5GON A; 3B40 A; 3IFX A; 4MVQ A; 3HKC A; 5GTH Z; 4DR2 B; 1NI8 A; 4CH6 A; 1WP8 A; 4TWK A; 2UUA O; 2LW1 A; 3UT5 B; 4DV3 B; 1KB9 F; 4FM0 A; 1M57 C; 3EVK A; 2ITC C; 1KMI Z; 3ZRW B; 5IWA O; 2PI4 A; 3FKS G; 1E1R G; 4QNH B; 4ZOL B; 4GKK O; 3U11 A; 1FFT B; 4CH5 A; 1N33 O; 2Q6A A; 1Y74 B; 2WLL B; 2WA4 A; 2BTQ B; 3IC9 A; 1K34 A; 1CPY A; 4OPA A; 3CC7 V; 2IJJ A; 3FB7 C; 4O4L B; 1FS0 G; 3BPZ A; 1GM7 A; 1PNK A; 2IW5 A; 2JEX A; 1S5H C; 1JCH A; 2PF4 E; 4D7S A; 2B9Z A; 1W0J G; 1SQX H; 3ZS8 C; 5IYC O; 3T1Y B; 2ETN A; 4UCS A; 1IVS A; 4GX1 A; 2QWO B; 4BIZ A; 4NXN B; 4DV2 B; 5CA0 A; 2DOS A; 2HKO A; 4GLX A; 1DF5 A; 4DV5 O; 2ZM6 B; 2G38 A; 3JAS A; 2CE4 A; 4LFB O; 4UXN A; 5E1A C; 5C8Y A; 1TUB A; 5GW7 A; 1N36 B; 1EZJ A; 1ZAU A; 2ZIM A; 1QLE B; 3N2G B; 3F5W C; 4O2A A; 1K7D A; 1BMF G; 3LDC A; 5B5E Z; 2QDO A; 2HVK C; 1XBL A; 3CEI A; 4FLZ A; 2R9A A; 1H38 A; 2BCC H; 2Q5Z A; 4WCE V; 1QLN A; 4DUY B; 5KX5 A; 1DGS A; 2YIC A; 2MW2 B; 2PUS A; 4TUY A; 2DQ3 A; 1IXB A; 1S3J A; 4ZI7 A; 1WP7 A; 4JI7 O; 3CB2 A; 3OR6 C; 5CBH A; 2HG5 C; 5JWP A; 3MDS A; 4I7Z B; 1EBO A; 1BL8 A; 2V4D A; 4X1K B; 4I5S A; 3I5D A; 1YSC A; 4HNA B; 1ZL8 B; 4UCO A; 2N05 A; 1NS1 A; 5B1B B; 4XDL A; 1PL0 A; 1VQK V; 1SA0 A; 3E8F A; 5B1N A; 1I94 B; 2KB1 A; 4DR5 O; 2R9R B; 5KAI Z; 3SJQ C; 1HNZ O; 4LF5 O; 4WFB V; 5LGN A; 1NZ6 A; 1BS3 A; 1MG1 A; 2EIN B; 4KP4 A; 4ZBM A; 2QKC A; 4K3A A; 2X6A A; 5EIB C; 2ZNJ A; 3UO2 A; 1RP3 B; 4NTY A; 4HBN A; 1GRJ A; 4KHP O; 4MVS A; 3BFR A; 2CTR A; 4QGP A; 3QO8 A; 4PA6 A; 1NBM G; 5E79 Z; 3RYC A; 3W7S A; 1Q6I A; 1VMG A; 3TGU H; 2ADP A; 1QLE C; 1WPX A; 5EZY B; 1FXV A; 4JAU A; 4FIP C; 1M5I A; 2WLJ A; 4JI8 B; 4B3M B; 4C7U A; 3IC7 A; 2OIE A; 2VQF B; 1VQ8 V; 2OTL V; 1K9M W; 1K4C C; 3CSX A; 3JAM N; 3CRC A; 1BQ0 A; 1NT2 B; 5DN6 G; 2Y0I A; 4PEL A; 2RQ6 A; 1W0K G; 2FB5 A; 3M7M X; 4UCR A; 3DC6 A; 5FNV A; 1H2S B; 5LHI A; 2ODM A; 2UUA B; 2CGN A; 1AJQ A; 2CH7 A; 3ASO B; 3K08 A; 5LP6 C; 2YC0 A; 3A0R A; 4I50 A; 4F6R A; 1PKX A; 3HKB A; 1SET A; 5IWA B; 3CJH A; 1R1B A; 1AR5 A; 4IHJ B; 4KUM A; 4LFA O; 2X7R B; 1QBZ A; 2OCC B; 3SJB C; 4NVP A; 3E89 A; 5KHH A; 1FXH A; 1G8M A; 3TJT A; 4JYB A; 1N8R W; 2A3Q A; 1MSW D; 5B1B C; 2UUB O; 4X1I B; 5GON B; 2UXX A; 4UVC A; 5LHH A; 3HR0 A; 4JYA O; 3B4S A; 3G67 A; 1F4M A; 2EZP A; 1NVP D; 2P7T C; 5IJ9 A; 3UCS C; 3HKC B; 5FLX N; 1URF A; 1VQP V; 1GN4 A; 3THO A; 4PDL A; 4MTF A; 1GMG A; 5CA1 A; 5JQG A; 4XBF A; 3CHX A; 4TQF A; 1RFY A; 3UQ8 A; 1U96 A; 2ZXW C; 2UXD O; 3LNN A; 2L6L A; 2WLM A; 2QGN A; 2DYR B; 1YI2 V; 1AI5 A; 3BAA A; 3W7T A; 2DW4 A; 4LFB B; 3G71 V; 4JZG A; 3TXQ A; 2XAG A; 3ZHV A; 4W4K A; 4LH6 A; 5EBW C; 1SZT A; 4RUF A; 2PY5 A; 3KCY A; 4MVO A; 2QWP B; 4MVM A; 4P2Z A; 4PDV A; 3G6B A; 1M1K W; 2QWQ B; 2QKS A; 4FVM A; 3RVY A; 2UXN A; 5CA0 B; 4DV1 B; 1P4R A; 2IJK A; 1XI1 A; 2YXL A; 1WAZ A; 3L9D A; 3JAS B; 2QE7 G; 2R72 A; 5C8Y B; 1TUB B; 3CXC U; 2W6J G; 2OWO A; 2FYU H; 2Y48 A; 1GTO A; 4CC6 A; 1XUQ A; 2P90 A; 3LUT B; 2JS3 A; 1QVG U; 4O2A B; 2YIB A; 3D8C A; 1XHX A; 3GB7 C; 5EC2 C; 1WNS A; 2VS0 A; 3CE2 A; 2OCC C; 2IH3 C; 5H5N A; 3U10 A; 2HHH B; 3WG7 C; 5ITZ B; 4J41 A; 4LF9 B; 1XMO O; 4ZKI A; 1K97 A; 2IH1 C; 4JAV A; 2A06 H; 4WBN B; 4ZIB A; 5KX5 B; 4X65 O; 1VQN V; 4X1Y A; 1M56 C; 4ABM A; 5JCO C; 1HNZ B; 4TUY B; 5BMV A; 4UCV A; 4ZI7 B; 3VQY A; 2ADQ B; 4LF5 B; 3ML0 A; 3O9O A; 1WJZ A; 1N32 O; 4NTX A; 1HW7 A; 1KP2 A; 3AG1 B; 4B3R O; 1ROP A; 1PV0 A; 4J7K A; 3K57 A; 3WB1 A; 4TOI A; 3AG4 B; 2IU0 A; 3ZMU A; 2JRI A; 2IJH A; 4RAI A; 1W59 A; 3T2M A; 1EN4 A; 3AG2 B; 4AQY O; 4DV3 O; 1R3L C; 1L0L H; 1VP7 A; 1SQB H; 1ARO P; 2DYR C; 4UV9 A; 1IBM B; 1SQV H; 4R50 A; 3L75 H; 1J95 A; 3HKE B; 3QVN A; 4GX5 A; 4UVA A; 1G4Y B; 1PL4 A; 2QWN B; 1Y6X A; 4CS4 A; 4JAA A; 4IYH A; 4EKW A; 1JA8 A; 1WA8 A; 3E8G A; 1Q5O A; 1Q6U A; 1ZX3 A; 2ILM A; 1V55 B; 3AG3 C; 1SQQ H; 3F7V C; 4Z1V A; 5KAF Z; 3G4S V; 3IAY A; 1S5L Z; 1F4N A; 5IYD O; 2W0F C; 2P4V A; 1OJH A; 4IYI A; 3APO A; 4WF9 V; 4DR1 O; 2LJ2 A; 2F66 C; 1MZE A; 3JAR A; 3RYC B; 4NXN O; 4WFF A; 4YIO A; 4DV2 O; 1GN6 A; 4ASU G; 1JR9 A; 3ZHU A; 4YY3 B; 1FPO A; 2JEU A; 1M90 W; 1CP9 A; 5LP6 A; 1V9P A; 4CZZ A; 2ZM6 O; 1Q86 W; 4GX0 A; 3H1H H; 2F4V B; 2UUB B; 5JJN B; 1JVM A; 4DK0 A; 5J2T A; 2JGD A; 3RW0 A; 1Q3E A; 1T5E A; 3K0D A; 4HNA A; 5FNV B; 1YIT V; 5IT9 N; 1N34 O; 1X4T A; 2CH7 B; 5DEC A; 3E22 A; 2YUA A; 4I50 B; 4F6R B; 2AHY A; 3HKB B; 2ZIN A; 3AG1 C; 3SDL A; 2Q0O C; 1SQP H; 2XAQ A; 3CJH B; 4B08 A; 2NLJ C; 1NH2 D; 2UXD B; 4DV4 O; 3T4Z A; 1THZ A; 2DJV A; 4WFA V; 1BZK A; 2Q7E A; 4G28 B; 3CX5 F; 4RO2 A; 3TXS A; 2DQ0 A; 4U7O A; 2EIM C; 3B09 A; 1I5Y A; 1XNR O; 2UXC O; 5IJ9 B; 1K3E A; 4B3T B; 3IJ4 A; 2P67 A; 4JAS A; 1XRE A; 2QM7 A; 1FYJ A; 2CDY A; 4I9W A; 5FPO A; 3M8A A; 1JQ0 A; 2E76 B; 3C3T A; 1V55 C; 5JQG B; 2YEV A; 1AIL A; 1K33 A; 4PA7 A; 1EFR G; 3OGI B; 2WSS G; 2CGO A; 4OX9 O; 4JYC A; 2YDE A; 3J80 N; 1YXB A; 2QWR B; 4MTO A; 4YJ2 A; 1FAF A; 2PI5 A; 1XOU A; 3CCV V; 4MSW C; 5DM6 V; 1BSM A; 2F43 G; 3K5N A; 4FFB B; 3JD0 A; 2RN9 A; 3OR7 C; 5KUM A; 3K5M A; 1AI7 A; 4JV5 O; 5BXZ A; 4DXW A; 4EFE A; 1V54 C; 2YI9 A; 2F23 A; 4O4I A; 2KG7 B; 3K04 A; 4JI5 B; 3C90 A; 5LGT A; 4PHZ A; 1VF6 C; 4BR6 A; 1S72 V; 4I9Q A; 4DR7 B; 2WPD G; 1XMO B; 2DMX A; 4CBC A; 4U3J A; 2E5L O; 5LOV A; 1N0N A; 4FLY A; 3ABL C; 4X65 B; 3OTF A; 1MOF A; 5H9C A; 3QO7 A; 1XIL A; 4PA9 A; 3B2E E; 5CN0 A; 2Z3Y A; 2VQF O; 4HAM A; 1ENV A; 1JJO A; 1KP3 A; 3RFR A; 2Q73 A; 1ZWI C; 4B3R B; 3AEI A; 4A5U B; 1NU1 H; 1GKF A; 4QIW F; 3L74 H; 3O65 A; 3JSN A; 4ZHQ A; 5JCO A; 2QM4 A; 4AQY B; 1IDS A; 3D36 C; 1OCC C; 3L70 H; 4J42 A; 3OFN G; 5LMU O; 5L3E A; 4E4E A; 4X1Y B; 2RCV A; 5KA5 A; 3E86 A; 3EFF K; 3HKD A; 2Q9L A; 1SER A; 1YEW A; 2LP7 A; 5BMV B; 4B7K A; 4JI1 O; 5L3C A; 1NR1 A; 1YHQ V; 2V7Q G; 1YF2 A; 4PJ0 Z; 2Y69 C; 4PV1 B; 1XL6 A; 4YHH B; 4X20 A; 2VRZ A; 2YXY A; 1ZUQ A; 1Q90 D; 2Z5U A; 3ZMV A; 2Q8V A; 3AG7 A; 3JAT A; 4TT3 G; 1LNQ A; 3NXS A; 1VQL V; 1W2B U; 4JTC B; 4DR1 B; 2YIA A; 3UM7 A; 4CH4 A; 5LBQ A; 5LL6 Y; 5LMN O; 2R70 A; 2JIZ G; 2K1E A; 3K9A A; 1NJI W; 4X66 O; 5KHI A; 2VQE B; 2B5U A; 5JJE B; 1WA8 B; 4J9Y B; 2V1D A; 3OEH G; 4U3F H; 4BAY A; 2VWJ A; 4DW1 A; 5KHK A; 3H9V A; 3SPJ A; 3ZED A; 3OM3 B; 1D5A A; 4UCT A; 1QNM A; 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3JAW A; 3GVM A; 4JI3 O; 5A2Q N; 1P84 F; 4KXR A; 4UUJ C; 1KC8 W; 1TVK A; 3K03 A; 5B3S C; 4U7N A; 5IY5 B; 1CXZ B; 1KUQ A; 4O4I B; 3JD1 A; 1WB8 A; 3CCM V; 5BY1 A; 1VQ7 V; 3OAA G; 2ARH A; 1ORQ C; 5IJ0 A; 3W7W A; 3LSS A; 1EZV H; 3OEE G; 4U3J B; 5LMU B; 3FAV A; 5LOV B; 4YY3 O; 3D36 A; 4DV0 O; 1Z5V A; 5D5Q A; 4LWS A; 1GAX A; 3WG7 B; 1PNL A; 4PDM A; 4JI1 B; 4FFK A; 2GBO A; 2F4V O; 1BQZ A; 4LF8 O; 2ZD9 A; 3A0B Z; 4LFC B; 3TET A; 3Q4H A; 1LR1 A; 1M56 B; 2N04 A; 4ZHQ B; 4X88 A; 3RVZ A; 3UO3 A; 4FZ0 A; 4GYC B; 2WLH A; 1YDX A; 2HP8 A; 3SPG A; 3KZI Z; 1QU7 A; 3B8M A; 2GHY A; 4I4T A; 3RWR D; 5LMN B; 1AB3 A; 3ETD A; 1NKD A; 3ZRV A; 4X66 B; 1JX9 A; 1NVP B; 3HKD B; 5HFL A; 5C93 A; 2YSU B; 2YXH A; 5J2U A; 3ZIA G; 2CAZ C; 2XAF A; 4K0K O; 4PI2 A; 5CB4 A; 4TQD A; 4FFB A; 4FLV A; 2EIK B; 2Z0A A; 4X20 B; 3CCR V; 1RSO A; 4B3T O; 1QR9 A; 2KG7 A; 1HR0 B; 3JAT B; 2FL4 A; 3AG3 B; 4IT5 A; 1VQO V; 5EC1 C; 1E79 G; 2PZS A; 3RT3 C; 1I7F A; 4RUE A; 5CBF A; 2DN9 A; 1UPG A; 1NTK H; 5IY5 C; 3ZMT A; 3ZHT A; 3IGA C; 5JVD B; 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