The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
53
|
structure length |
53
|
Chain Sequence |
NIDTMAKALTTMQEQIDSLAAVVLQNRRGLDMLTAAQGGICLALDEKCCFWVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a pivotal domain of human syncytin-2, a 40 million years old endogenous retrovirus fusogenic envelope gene captured by primates.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein
|
| total genus |
17
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| structure length |
53
|
| sequence length |
53
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JQ0 A; 2EBO A; 3MHH C; 3B8M A; 1QR8 A; 2EZO A; 1DF5 A; 1I5X A; 4JF3 A; 3H01 A; 5KA5 A; 2OT5 A; 5CMU A; 4E2L A; 3B77 A; 3CP1 A; 3P30 A; 1K34 A; 1SZT A; 4JGS A; 4JPR A; 5CN0 A; 5H9C A; 4G2K A; 1F23 A; 5KA6 A; 1QBZ A; 3CYO A; 1I5Y A; 4FJC C; 4N21 A; 3K9A A; 5HFL A; 3GWO A; 1MG1 A; 1DF4 A; 4N23 A; 2P6J A; 3M99 B; 1MOF A; 1K33 A; 3B8N A; 1EBO A; 3WFV A; 1QCE A; 2X7R B; 1JPX A; 1DLB A; 2MK3 A; 4FIP C; 1QR9 A; 5HFM A; 4FK5 C; 1Y4M A; 1Y66 A; 2EZP A; 3MHS C; 2M7W A; 1ENV A; 2LP7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5D5P A; 4P9P A; 4X1K B; 1NU1 H; 1R3K C; 1COW G; 1KKC A; 1ZL8 A; 1YSC A; 1ARO P; 1CPY A; 2XAH A; 3E35 A; 1GH6 A; 3SYC A; 5B5E Z; 1QCE A; 2PYJ A; 4B3M B; 5J2U B; 3G6B A; 4DR4 B; 3HKC A; 5JQG A; 4B7K A; 1XQ8 A; 4UB8 Z; 3B2E E; 3ASO C; 2JEX A; 3Q4H B; 2DWD C; 1M9N A; 1PL0 A; 1Q5O A; 5L3B A; 5EIB D; 3RVZ A; 1Q3E A; 3UQ8 A; 3FD9 A; 2CTW A; 3KCY A; 5BY1 A; 1DTO A; 4JI1 B; 1R3J C; 3SYQ A; 2ZXW B; 3CMA V; 3B8M A; 5JJE B; 3P3P A; 4YJ3 A; 5LGT A; 4TOI A; 3AEI A; 1NS1 A; 5CN0 A; 5L3G A; 4G2K A; 4XDJ A; 3ZHQ A; 4OX9 B; 4X8A A; 3FAV A; 4O4I B; 1GM9 A; 5DEC A; 1SQB H; 3A0R A; 2AGA A; 1Q82 W; 4B3M O; 5JJJ B; 1H2L A; 4ASU G; 4DR4 O; 4J41 A; 4FK5 C; 2EIN C; 1CP9 A; 4R8C A; 1WN7 A; 3NR7 A; 4YY3 B; 2W0F C; 2ZKO A; 4WBN A; 1F51 A; 4WFA V; 3ETQ A; 3JAT A; 4DXW A; 4B3R B; 4I4T A; 2H8P C; 2AHZ A; 2AZ2 A; 3SDL A; 4JI1 O; 1M57 B; 3BAA A; 4IHJ A; 4MVZ A; 1RPO A; 3CB2 A; 1Q6U A; 4ZI7 A; 2XT9 A; 5LP6 C; 3OMA B; 3T1H B; 2R9I A; 4OX9 O; 4CH4 A; 2Q69 A; 4EFE A; 2NNU A; 2Q7G A; 4FLW A; 2RN9 A; 1M1K W; 3CC7 V; 3ABT A; 1Q6H A; 3APO A; 4UCS A; 1R1B A; 4H44 B; 3HPL C; 3X2Q C; 3QTC A; 5EZY A; 4H13 B; 4LH7 A; 2HR3 A; 3H1J H; 1K4D C; 2B9Z A; 3L70 H; 4YY3 O; 3BFR A; 5ITZ B; 2WLN A; 4NXM B; 4O4L A; 1JJO A; 1ROP A; 2VS0 A; 4JAA A; 4B3R O; 2W0X A; 3CS5 A; 3H1I H; 1D5A A; 1R3I C; 4UUJ C; 3T4Z A; 4DR2 B; 2QE7 G; 4PD4 F; 3CX5 F; 2YEV B; 2ATK C; 3OM3 B; 1FYJ A; 5IT9 N; 3T1H O; 1NBM G; 3K04 A; 3RYH A; 2QR4 A; 2PI5 A; 2XUM A; 4GX2 A; 1ORQ C; 1V55 B; 1YXB A; 3L72 H; 4CH6 A; 4JAV A; 3GB7 C; 1EM1 A; 2P6J A; 1R3L C; 3CHX A; 1QNM A; 3ETE A; 3D36 A; 5KA5 A; 1I5X A; 4GLX A; 5IYZ A; 5KX5 A; 4NXM O; 2ZE5 A; 1US6 A; 4CC5 A; 2Z0A A; 3APQ A; 1S72 V; 2XAG A; 1IUR A; 2Q67 A; 1XMQ B; 2PI4 A; 3JD2 A; 4CC6 A; 4X89 A; 3JAR A; 1XDC A; 3QO5 A; 4D7S A; 4DR2 O; 4F6R A; 3ZED A; 1WPX A; 1FFT B; 1H2G A; 1NR7 A; 4WF9 V; 4KUM A; 4F6E A; 4LF8 B; 5CB4 B; 2ZE6 A; 2H3O A; 2G38 A; 3ZHU A; 5FLX N; 3HKB A; 5IYD O; 4RAI A; 3CSX A; 2RNB A; 1OCR B; 2EIJ B; 4CH5 A; 4UCV A; 4MVQ A; 2DJV A; 4IT5 A; 2FTK A; 3H01 A; 5L3C A; 3OEE G; 3LDC A; 1HNZ B; 3JD4 A; 1XNQ B; 5IJ0 A; 1XMQ O; 2V1D A; 2VQE B; 1R6T A; 4DRX B; 1VQ6 V; 1AJN A; 3I56 V; 5JWP A; 1LNQ A; 3K3W A; 4LH6 A; 2CE4 A; 3K59 A; 1KKD A; 2YIA A; 2ITC C; 3K9S A; 1WA8 A; 4FFB B; 1AIL A; 2Q5Z A; 3HB3 B; 1YTF D; 1KU9 A; 1GN4 A; 4MVU A; 1FXK B; 4MS2 A; 1V54 C; 4X1K A; 5LBQ A; 4JI8 B; 3HR0 A; 2Q0A A; 1AI7 A; 2QGN A; 2ZR2 A; 1JX9 A; 3LNN A; 1N4C A; 4FIP C; 3AG4 C; 2IU3 A; 3U0Z A; 4B3T B; 1VQ5 V; 2Y0I A; 5J2U A; 2E76 B; 1HNZ O; 1H8H G; 3CP1 A; 4JZG A; 3SJQ C; 4XDL A; 1U96 A; 4X1Y B; 1XNQ O; 3WG7 C; 4H33 A; 3E8B A; 3Q4H A; 1PNL A; 3MD0 A; 1N36 B; 2DWE C; 2VQE O; 3ZRS A; 1MG1 A; 3QO8 A; 4FLX A; 4RWU A; 1QLE B; 1X59 A; 1SET A; 1XL6 A; 3RBZ A; 3FKS G; 4JTC B; 4JYA B; 3K79 A; 2IJK A; 1Q8I A; 4BIU A; 2YIB A; 1K97 A; 1MZE A; 1TUE B; 1OCO B; 4JI8 O; 2JEU A; 3ASN C; 1AR1 B; 4NXN B; 3O65 A; 1R73 A; 3WFV A; 2UU9 B; 4X65 B; 2LJ2 A; 3OR7 C; 2UXN A; 4PA9 A; 1WNS A; 1XHX A; 2LGQ A; 1KMI Z; 2PUS A; 3OGI B; 1SER A; 1QHT A; 2EIL B; 2WLM A; 1PL4 A; 4W4K A; 1UPG A; 4PI0 A; 2UUB B; 2P22 C; 2ZDI A; 4FZ0 A; 1S5L Z; 1MA1 A; 2F95 B; 4J7Z A; 4PV1 B; 2ZT9 B; 3RWR D; 4JYA O; 2DYS C; 1ZAU A; 1NT2 B; 1HW7 A; 4XDK A; 1UFI A; 3CRQ A; 1OV9 A; 2XHB A; 4DR1 B; 3KG2 A; 5IDJ A; 2H94 A; 3ZN1 A; 4NXN O; 1Y67 A; 4DR5 B; 1M4U A; 2OCH A; 2IJI A; 5FPR A; 2UU9 O; 1NJI W; 4X65 O; 3ZMT A; 5KUM A; 3P3N A; 1WB8 A; 3D3I A; 2RCV A; 4LF9 B; 5KUK A; 1Y74 B; 3JAM N; 1VQK V; 4UCO A; 4HBN A; 2UUB O; 4LF6 B; 2Z3Y A; 4R7C A; 2EUL A; 5ITZ A; 4FJC C; 3WB1 A; 2D3O W; 1FPO A; 1XMO O; 2Y4T A; 1VF5 B; 1S5H C; 2BOC C; 2FYU H; 5IYB O; 3E89 A; 1JQ0 A; 4LF4 B; 3ZRX A; 4GX5 A; 3TK1 A; 4O4L B; 2L6L A; 4DV2 B; 5KHG A; 4DV6 B; 1JOY A; 3OT7 A; 2JGD B; 4DR1 O; 4GKJ B; 1PNK A; 4MTX A; 2UXC B; 5B1A C; 4PA7 A; 4IGG A; 4DR5 O; 5LA6 B; 2O57 A; 3JD0 A; 3VBB A; 3CD6 V; 5JVD B; 4GUN A; 4P30 A; 1Q81 W; 2Q6A A; 4DV3 B; 3W7S A; 4LF9 O; 3UT5 B; 1SF9 A; 2QDO A; 1VQN V; 2Q0O C; 3CXC U; 4MVO A; 5EBW C; 4X64 B; 1XEQ A; 2PY5 A; 4TV9 B; 5BMV A; 3CC4 V; 3ZS8 C; 2F93 B; 2Q68 A; 3AG3 C; 1VQO V; 2LP7 A; 2VQF B; 4X66 B; 3UM7 A; 2ETN A; 3HKE B; 3RW0 A; 4YHH B; 4DV2 O; 4DV6 O; 3SYO A; 4QJF B; 4GKJ O; 2UXC O; 3G6E V; 5BXZ A; 5GW7 A; 3GWO A; 5CB4 A; 4HZ3 A; 4F6R B; 3CCV V; 3F5T A; 3CCM V; 2OCC B; 2ZR3 A; 1LUV A; 5B3S B; 3TCU A; 2M7W A; 4OGQ B; 3TET A; 5A2Q N; 4ZHQ B; 2ZCE A; 3CCU V; 1K92 A; 1XOU A; 2IH1 C; 1YVW A; 1VQ7 V; 2RQ6 A; 1QBZ A; 1MNG A; 4X64 O; 3SR2 C; 3ZMU A; 4ZKI A; 2L35 A; 4MTO A; 4DRX A; 2CAZ C; 3K06 A; 1EN4 A; 3IJ4 A; 4L8J A; 2VQF O; 4OPH A; 1LUW A; 1NTK H; 4X66 O; 4YHH O; 3ABM C; 2A7W A; 3C90 A; 5IJ0 B; 1RSO B; 1B04 A; 4FFB A; 2JVD A; 2OWO A; 2GDS A; 4TUY B; 5EBL C; 2M6Y A; 3OMN B; 4MSW C; 5IYC O; 1NTM H; 1SQP H; 2V7Q G; 3OEH G; 1MOF A; 1FXK A; 1OCZ B; 3CCR V; 4QPK A; 1GAX A; 5J2T B; 5LXT B; 1TVK B; 4HNA B; 4O2A B; 3ZRW B; 2P06 A; 4O4J B; 3LDD A; 3OE7 G; 4DR6 B; 3SPG A; 3QO7 A; 2YSU B; 4X1Y A; 1NH2 D; 1AVM A; 3OUF A; 1MAB G; 2EJR A; 4BWA A; 1IZ3 A; 3BRC A; 1FD9 A; 2EZP A; 2YI9 A; 2HVJ C; 2X6B A; 2JJ2 G; 5B1B C; 3IAY A; 2Y4U A; 5E79 Z; 5L3D A; 4LR3 A; 3ABL B; 2ZE8 A; 3SJB C; 2XAJ A; 4AI8 A; 5D5Q A; 3RN4 A; 3ZIA G; 2IH3 C; 1IDS A; 4Q6G A; 1IBK B; 2EIK B; 2JDI G; 1RM1 B; 2DOS A; 3ZHS A; 1MZF A; 1IXM A; 1KC8 W; 2K9P A; 4GX0 A; 3K5O A; 2ZNI A; 5CMU A; 3CCQ V; 3CRM A; 3J7A U; 1IBM B; 3ZMS A; 4TQD A; 4DR6 O; 1U97 A; 5LHH A; 5CBF A; 1WJZ A; 1K8A W; 1NR1 A; 3OTO B; 1ZSP A; 3OMI B; 2OTJ V; 4LFC O; 3I55 V; 2BE3 A; 2E75 B; 3K9A A; 3E2E A; 1BCC H; 2X6C A; 1BHB A; 2BTQ B; 3JCZ A; 3OTF A; 2ZXW C; 3BY6 A; 1I08 A; 1L8D A; 2CGN A; 3IFX A; 3ZX6 A; 1IBK O; 2HJD A; 4CS2 A; 3DTU B; 2MK3 A; 2LW7 A; 2Y69 B; 2X6A A; 3RT3 C; 3B09 A; 3CC2 V; 1IBM O; 2GTA A; 2JRI A; 3R65 A; 1Y74 A; 3TXQ A; 3CRR A; 3E8H A; 1VIB A; 5BR8 B; 2WLK A; 2Z5U A; 2ZDI C; 1CXZ B; 3OTO O; 5IWA B; 4FLZ A; 1PPJ H; 2OTL V; 4L87 A; 5K1P A; 3JAS B; 1M57 C; 1JA8 A; 3SGI A; 5J9P C; 1W0K G; 2Q9L A; 2IBZ H; 3B77 A; 1K3E A; 1W0J G; 2Y69 C; 3T4D A; 4FM2 A; 4NB5 A; 3JD3 A; 4IYH A; 2QJ1 A; 4PA3 A; 4JZ2 A; 1SQQ H; 5C8Y B; 2JGD A; 4DW0 A; 1HNX B; 4G28 B; 5H5N A; 5FPO A; 1SQG A; 5LA6 A; 2EIM B; 1AR5 A; 3A0H Z; 2QKA A; 4HAM A; 5JVD A; 1H2S B; 4G27 B; 1SQF A; 2LW1 A; 2A0L A; 2XND G; 2ZM6 B; 1TA8 A; 2N05 A; 2GUZ A; 3UT5 A; 1K5S A; 5BR8 O; 4JTA B; 4Z1M G; 2ADP A; 3QG5 A; 2Y0P A; 5IWA O; 3D3Q A; 4X9Q A; 4FMT A; 2YI8 A; 4TV9 A; 4YJ2 B; 3CRC A; 1NZ6 A; 2WLJ A; 2IJJ A; 3FFQ A; 2A9H A; 3D8C A; 3HKE A; 1XNR B; 2OYQ A; 5BMV B; 4DYL A; 1HNX O; 3TXS A; 2AXT Z; 4ZIB A; 4EFB A; 4I9Q A; 1IX9 A; 4C7U A; 1QQC A; 1VMG A; 1V55 C; 1P84 F; 3L74 H; 1Q90 D; 4DO2 A; 1YI2 V; 3IC9 A; 2P5O A; 4XBF A; 2DYR B; 3DC6 A; 3E8G A; 1RP3 B; 1M90 W; 5L3F A; 2YXL A; 3BCC H; 1BGY H; 2B1G A; 2NLJ C; 2WA4 A; 4ZHQ A; 2ZM6 O; 1V9P A; 3PJS K; 1M56 B; 2LFR A; 1GM7 A; 3DXR B; 5CA1 A; 4DR3 B; 3LUT B; 1KD1 W; 1KUQ A; 4MTF A; 1THZ A; 1D5N A; 2N74 A; 1XI1 A; 3JYC A; 2IM9 A; 4QNH B; 1AP5 A; 3ZHT A; 1DF5 A; 2HLD G; 1N34 B; 5H9C A; 1FJG B; 2BOB C; 5LGN A; 1XNR O; 2YC0 A; 4TSF G; 1RSO A; 5LGU A; 5L3E A; 1KBH A; 1GN2 A; 4TUY A; 3DC5 A; 1NKD A; 2PZS A; 1Z2G A; 1OCR C; 2EIJ C; 2EBO A; 4KL1 A; 5EC1 C; 5J2T A; 5LXT A; 1B3Q A; 1YHQ V; 1TVK A; 4HNA A; 4DK0 A; 4O2A A; 2BTO A; 1AB3 A; 3ZRW A; 4R50 A; 1B06 A; 2WPD G; 2YXH A; 4DR3 O; 1BE3 H; 4O4J A; 5FNV B; 2WLL B; 2RJZ A; 2KQX A; 5H6R A; 5EIB C; 5IY5 B; 4DK1 A; 2F43 G; 2HEP A; 1GMG A; 3IGA C; 4X88 A; 3BA9 A; 5LHI A; 1YDX A; 3CCE V; 1BQZ A; 4CH3 A; 4J42 A; 1ZX3 A; 1Z5W A; 1N34 O; 1ZWI C; 1H2K A; 1FJG O; 3AK3 A; 4I0X B; 2IU0 A; 3SPH A; 2OIG A; 1J5E O; 3LSU A; 3RFR A; 3VQX A; 1E79 G; 3ETD A; 2CTR A; 1FXK C; 1TUB B; 1BHA A; 3DGE A; 5HFM A; 4YIP A; 4MVS A; 4JF3 A; 1XUQ A; 2KB1 A; 4IYI A; 2ILM A; 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