The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
69
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structure length |
67
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Chain Sequence |
AQITGRPEWIWLALGTALMGLGTLYFLVKGMGVPDAKKFYAITTLVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Photoreceptor
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| molecule keywords |
BACTERIORHODOPSIN
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| publication title |
Three-dimensional structure of (1-71)bacterioopsin solubilized in methanol/chloroform and SDS micelles determined by 15N-1H heteronuclear NMR spectroscopy.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Halobacterium salinarum
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| total genus |
23
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| structure length |
67
|
| sequence length |
69
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1993-10-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BHB A; 1BHA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QQC A; 4LFB O; 2R72 A; 3WG7 B; 1XDC A; 3B8M A; 2HEP A; 1N32 O; 4X88 A; 4ABM A; 5EBL C; 4F4L A; 2YDE A; 2P90 A; 2P7T C; 4XDJ A; 1BCC H; 1H8E G; 4TWK A; 1Q82 W; 5DEC A; 4FMT A; 5JVD B; 4X89 A; 3J81 N; 4JTD B; 1JOY A; 3ZS8 C; 5CA0 B; 3JD4 A; 2Q7G A; 2UUC B; 4DUY B; 4PD4 F; 4KHP O; 4UVB A; 4LF6 B; 3FAV B; 2R9I A; 1AIL A; 4UCT A; 2OCH A; 4JAU A; 1Y67 A; 4JZG A; 4UFZ A; 2Q7E A; 3AG4 B; 3AG2 C; 4LF5 B; 2ZE5 A; 1SER A; 2M6Y A; 2DWD C; 3CEI A; 1YEW A; 2IJJ A; 3BA8 A; 1XNR B; 1HNZ B; 1AR4 A; 4WBN A; 4NB5 A; 3MAQ A; 5LXT B; 3N2K B; 1W59 A; 1QHT A; 5A2Q N; 3RYI A; 3DXR A; 1CXZ B; 2UXX A; 3KCX A; 5LP6 C; 1J5E B; 2DQ0 A; 3B40 A; 3BCC H; 4FZ1 A; 4MTO A; 1IDS A; 2RQ6 A; 4OPA A; 3JAM N; 4FFB A; 4JYB A; 4KXR A; 2LO1 A; 1NH2 D; 4NKG B; 1JCH A; 3OTO B; 3H1I H; 2CTQ A; 1M56 C; 1DLB A; 1VQK V; 1PKX A; 4B3S O; 4PA9 A; 2YIC A; 4LC1 A; 4HZ3 A; 4HNA A; 3W7T A; 3ETQ A; 3ABM C; 3UKM A; 1SQQ H; 3CP1 A; 3R65 A; 3LUT B; 2IH3 C; 4PDR A; 1B3Q A; 2JS3 A; 2AXT Z; 2G38 A; 2QTS A; 2UXC O; 1FJG B; 3ASN B; 1TAE A; 1F7Y A; 3E2E A; 5LMU O; 2BSK B; 2Q6A A; 1NI8 A; 3UO3 A; 5LL6 Y; 4JI4 B; 4I55 B; 4W4K A; 3QG5 A; 2AW9 A; 4LF7 O; 1NZ6 A; 2PYL A; 5CA3 A; 1X4T A; 5JVD A; 1RM1 C; 3ML0 A; 1NU1 H; 1DGS A; 5CA0 A; 1HNX O; 4FK5 C; 2JK5 C; 3AG1 B; 4X1I B; 2WLJ A; 3CJH B; 5CMU A; 2F66 C; 1S5L Z; 1ROP A; 2ARH A; 2ZIM A; 3AK1 A; 3FAV A; 3OUF A; 3T1H B; 4K8X A; 4GKK B; 2ZD9 A; 4B3T O; 4RWU A; 2UUB B; 4DR1 B; 4B7K A; 1D5N A; 2DYS C; 1Y4M A; 3G6E V; 1Q7Y W; 2Y69 C; 1FAF A; 4DUZ O; 1FFX B; 3L72 H; 1AP6 A; 4QE9 A; 2Z0A A; 3E35 A; 4Z1V A; 1YI2 V; 2DWE C; 1BS3 A; 1XMQ B; 2AHY A; 4AQY O; 4NYK A; 3CC4 V; 5LXT A; 2K9P A; 3N2K A; 1PNM A; 1P7G A; 1N33 O; 2GTA A; 4J10 A; 4GX1 A; 1CEZ A; 5DM6 V; 3CCQ V; 5LHI A; 2HP8 A; 4NVP A; 5IT9 N; 2CE4 A; 4MVO A; 1IZ3 A; 2GV9 A; 4DV0 B; 3ZMV A; 5JJE B; 1ENV A; 3CCV V; 4LP8 A; 3SJC C; 2DYR C; 4I0X B; 1GN4 A; 3E83 A; 1JA8 A; 4J11 A; 4FFK A; 1NTZ H; 2HG5 C; 4GYC B; 1KB9 F; 1NTM H; 3APQ A; 4I7Z B; 2F4V O; 2W6J G; 3H1J H; 1AJN A; 3JAT B; 5BXZ A; 1K8A W; 4DV4 O; 4U3J B; 3RYF B; 1XQ8 A; 4UCU A; 1VQ8 V; 1N0J A; 2F95 B; 3ETG A; 2BSK A; 3A0B Z; 4NXM B; 4K3A A; 1VQ7 V; 1IVS A; 4OXS A; 4I55 A; 3CXC U; 2QWQ B; 4BIU A; 3J7A U; 1GRJ A; 2IJH A; 4H13 B; 4FM0 A; 2IU3 A; 3RT3 C; 4F6R B; 4O4L B; 4X1I A; 1TVK B; 3QTC A; 3CJH A; 4MSW C; 3QF7 A; 1BQ0 A; 3ZHT A; 2PI5 A; 1WA8 B; 3CC7 V; 5JCO A; 4O2B B; 4UCV A; 1H2G A; 3E8G A; 1YIJ V; 2QTO A; 1R3J C; 3K58 A; 4LFC O; 2JJ1 G; 4KHP B; 1LUW A; 1FFX A; 3OGI B; 3SPJ A; 1PD3 A; 4JI5 O; 2X6C A; 4X1Y B; 1AJP A; 3A2F A; 3C3T A; 2E3C A; 3HB3 B; 3UT5 B; 2ZNI A; 4U3F H; 5B1A C; 3PN1 A; 1R3K C; 2PZS A; 1SA0 B; 4QNH B; 2QE7 G; 5LA6 B; 3SGI A; 3OW2 U; 1R6T A; 4JI2 O; 1MAB G; 4F6E A; 2PTM A; 4X64 O; 1I08 A; 3AEI A; 2Y48 A; 2KQX A; 4WCE V; 4DR6 O; 4YXW G; 5L3G A; 3AG2 B; 1F23 A; 5B1B B; 1PP9 H; 1XUQ A; 1XI1 A; 3WG7 C; 3H1L H; 4I0X A; 2IJK A; 1VF6 C; 4WFE A; 1YHQ V; 3QO5 A; 4FVM A; 4DR4 O; 4IGG A; 3DSQ A; 1I94 O; 3A8T A; 4MVR A; 1JR9 A; 2ZDI C; 4LR3 A; 3SYC A; 4FLX A; 1QLN A; 3JAT A; 2Q8V A; 3CME V; 3ZED A; 4U3J A; 1RPR A; 3RYF A; 4G27 B; 3CRM A; 5J2T B; 4NTW A; 1U97 A; 4LCU C; 4CBC A; 5B1O A; 4BIZ A; 5LOV B; 1KEC A; 1XRE A; 2JGU A; 5FLX N; 4P9O A; 1I7F A; 2ZE7 A; 2UU9 O; 3FB7 C; 2UXN A; 2BOC C; 2UXC B; 4F6R A; 1NVP B; 3FB5 C; 5LMU B; 1K34 A; 3AG4 C; 4O4L A; 4EFB A; 1OCZ B; 1M56 B; 2WLH A; 1TVK A; 2ZIO A; 3D36 A; 2ETN A; 3WU2 Z; 1N36 B; 4LF7 B; 3ZMZ A; 2UXB O; 1WA8 A; 4O2B A; 4GX5 A; 2XAG A; 1HNX B; 1BL8 A; 5KX5 B; 3E8B A; 3SYP A; 4RO2 A; 4DR2 O; 3GWO A; 4PDV A; 4P9P A; 1EN4 A; 3LDE A; 3K79 A; 3DGE A; 4X8A A; 4WFH A; 4JI1 O; 4X1Y A; 4B3T B; 3TXS A; 3UT5 A; 3H1H H; 1R73 A; 2ZR2 A; 3ASO C; 4DUZ B; 2F43 G; 2RNB A; 3OMI B; 4EEQ A; 1SA0 A; 5LA6 A; 2A7W A; 3FX7 A; 1WP8 A; 1PNL A; 1Q3E A; 3CWB H; 3LSU A; 2WA3 A; 1QLE B; 3TXQ A; 4CC6 A; 3P3P A; 3F5W C; 2YIB D; 5JH7 B; 3DTU B; 4YIO A; 3K9A A; 4WF9 V; 5EIB D; 2DYS B; 2Y69 B; 1N33 B; 1SES A; 3QO8 A; 1GN6 A; 4D6T H; 2GUZ B; 3JD3 A; 5L3B A; 3L9D A; 4FLV A; 1NT2 B; 3CB2 A; 3CD6 V; 2OIG A; 3A0R A; 2NR5 A; 5BR8 O; 5LBQ A; 1VQP V; 1Q5O A; 1E79 G; 4NXN O; 1GM7 A; 3ZHV A; 4BIO A; 2WSS G; 3CCM V; 3CRR A; 2ZIN A; 2LQT A; 1H2S B; 3CRQ A; 3FYE B; 3P32 A; 5J2T A; 2VQE O; 3K5O A; 1F51 A; 2QSA A; 3KKY A; 1K5Q A; 2QM4 A; 4UCO A; 3T2M A; 2F4V B; 5LOV A; 1EM1 A; 5IYC O; 5JCO C; 4OPH A; 2A3Q A; 3T4D A; 4DV4 B; 1TUB B; 2NLJ C; 1HR0 B; 2ZE8 A; 1SZT A; 1WP7 A; 4ICG A; 4PEL A; 4MVQ A; 1FPO A; 4WFG A; 5EC1 C; 2QJ1 A; 2XTA A; 3OT7 A; 4J9Y B; 1EN6 A; 1N4C A; 3F7Y C; 1BHA A; 4UV8 A; 3WB1 A; 5GW7 A; 3R66 A; 5KX5 A; 3FFQ A; 2JJ2 G; 4PJ0 Z; 1VF5 B; 3CSX A; 1IBM O; 1SQV H; 1KD1 W; 3G71 V; 4JYC A; 1OCO B; 1YSC A; 4J7Z A; 1VAR A; 2E74 B; 3JD0 A; 3OEE G; 2P06 A; 4JI7 O; 4LFC B; 2WLL A; 4FZ0 A; 3LNM B; 2JGD B; 3LSS A; 1K4D C; 4JI5 B; 3HKB B; 4K0K O; 3X2Q C; 1YJN V; 4LH6 A; 5JH7 A; 1KP3 A; 3BAB A; 3RN4 A; 2HLD G; 4TQF A; 2H94 A; 1NH2 B; 1X59 A; 2V7Q G; 1M90 W; 1S5H C; 1P49 A; 5F2V O; 1JPX A; 2WLI B; 3GB7 C; 3RYC B; 2GUZ A; 3JAW B; 4X64 B; 1F4N A; 4DR6 B; 4TQD A; 1M4U A; 4JI6 O; 3NXS A; 1L1F A; 5KUM A; 3ZBH A; 4I9W A; 3IC7 A; 2JDI G; 4QGP A; 2XAF A; 3ZRS A; 1SQX H; 2E76 B; 5DED A; 4DR5 O; 2QM7 A; 4DR4 B; 2CGO A; 3OAA G; 1I94 B; 2GSM B; 1SKV A; 3D36 C; 3IAY A; 1QNM A; 5H2F Z; 4Q20 A; 4UV9 A; 1FYJ A; 4JV5 O; 3ZRX A; 3OR7 C; 1TUB A; 4BWA A; 2XOK G; 2YEV B; 2QWO B; 1FXK B; 1N8R W; 4D7T A; 4HYO A; 3KCY A; 3I55 V; 2ODM A; 1VF7 A; 3SJB C; 2UU9 B; 5KUK A; 5IDJ A; 1MG1 A; 2HJF C; 4UCR A; 3CYO A; 1LNQ A; 4DYL A; 2Q5Z A; 5B3S B; 3BY6 A; 4FLZ A; 2UXB B; 1WLE A; 3GVM A; 1WB7 A; 2WAM A; 4EKW A; 4LF4 B; 4FJC C; 3K04 A; 3CS5 A; 3S3X A; 4H33 A; 4DR2 B; 1IXB A; 4JI0 B; 1AI4 A; 2JGD A; 3JYC A; 1FS0 G; 4RQF A; 3VQX A; 1IXM A; 4OX9 O; 3CCU V; 4JI1 B; 3HKB A; 4GX2 A; 3TK1 A; 4J42 A; 3UO2 A; 5C93 A; 3OD4 A; 1MSD A; 1O9G A; 4DW1 A; 5B1B C; 4X65 O; 2YC0 A; 1G1X B; 2GDS A; 1OCR B; 5IYZ B; 2F1M A; 1XL6 A; 2OCC C; 3U11 A; 3AK2 A; 2CK3 G; 5D5Q A; 1DTO A; 4WFB V; 2WLI A; 3RYC A; 3JAW A; 3G6B A; 3BRC A; 3JAR B; 3ZRW B; 1YJ9 V; 3ASO B; 1GK9 A; 5KA5 A; 3ABU A; 3DC5 A; 1IBK O; 2Q68 A; 4JAS A; 3UCS C; 5BMV B; 1OV9 A; 2AZ0 A; 2P22 C; 3CCS V; 5BR8 B; 4NXN B; 1EZJ A; 1OCZ C; 2X7R B; 3HKC B; 2ZM6 O; 5KLV H; 1KKC A; 2YEV A; 2VQE B; 1G8M A; 4Z1M G; 3UM7 A; 2ZXW B; 3K0G A; 1K92 A; 1Y74 B; 3D3Q A; 5FNV A; 1FXK A; 1S72 V; 1VF6 A; 1S0V A; 3JAL B; 3K57 A; 1HDJ A; 4HBN A; 2ZDI A; 4LBE C; 5CBH A; 1ZAU A; 1VQ6 V; 1UPG A; 3SPH A; 3K59 A; 1P84 F; 3T4Z A; 4AHC A; 5L3F A; 1QLE C; 1OCC C; 1NQT A; 1M93 A; 4IIJ B; 4E4E A; 3IGA C; 4KUM A; 3AG3 B; 5IJ9 B; 4OGQ B; 4DV3 B; 1SQP H; 2K1E A; 1H2N A; 4GLX A; 3FYI B; 2MK3 A; 1H2M A; 4J7K A; 5CA1 B; 1XHZ A; 4JI7 B; 4MT8 A; 3H01 A; 3K0D A; 4B3R O; 2HR3 A; 2LW7 A; 5FPO A; 1L8D A; 1M57 B; 1AP5 A; 4K0K B; 1VQ4 V; 4JZ2 A; 5IYZ A; 2FYU H; 3SJQ C; 5LMN O; 3I5D A; 2IH1 C; 1Y76 B; 2EIN C; 3ZRW A; 3BFR A; 3JAR A; 1XOU A; 2EJ7 A; 4L87 A; 4MW8 A; 5B66 Z; 5IE9 A; 3SPI A; 2QWR B; 5LYJ B; 1MA1 A; 4ZKI A; 1KC8 W; 5BMV A; 3X2Q B; 5IWA B; 3BA9 A; 3GWK C; 1O9H A; 4CS4 A; 4PI0 A; 1I0H A; 4R50 A; 2EUL A; 4JI6 B; 2LGW A; 3HKD B; 2P4K A; 3OMN B; 3K08 A; 2RN9 A; 4IHJ A; 3HKC A; 4X20 B; 3E8H A; 3ZMS A; 4UVA A; 2FB5 A; 4MS2 A; 4O4I B; 4YY3 O; 2ITC C; 2Q69 A; 3M8A A; 4I50 B; 4DR5 B; 4JI8 O; 4B08 A; 1QR8 A; 4X9Q A; 1Y74 A; 4JV5 B; 3JAL A; 2EIM C; 1OCO C; 3ABT A; 2PUS A; 3G67 A; 1XMO O; 3ZN0 A; 2Y4T A; 1PL0 A; 2JS5 A; 3CHX A; 4LFB B; 2OTL V; 1AI7 A; 1N32 B; 3ZJZ A; 2P4V A; 4JYA O; 4IIJ A; 3JD2 A; 3W7S A; 2M7W A; 3RVZ A; 5IJ9 A; 1K7D A; 2QWP B; 4AI8 A; 4R8C A; 1K3E A; 5C8Y B; 2IBZ H; 5LGN A; 5KA6 A; 4X66 O; 3AK3 A; 3RFR A; 1ORQ C; 3F5T A; 5CA1 A; 2GHY A; 3KZI Z; 1SRY A; 2WLM A; 4B3M O; 4CH3 A; 4YJ2 B; 4DV7 O; 4YJ3 B; 3OTF A; 1AR5 A; 4OX9 B; 1GO3 F; 1VMG A; 4JAV A; 1H2K A; 1Y76 A; 1SQB H; 3L75 H; 3CC2 V; 4I9Q A; 1KYO F; 3F7V C; 1GH6 A; 4DK0 A; 2QKS A; 2FL4 A; 3SYO A; 5LYJ A; 4FPP A; 2CUG A; 5EYP B; 1ZTE A; 1H38 A; 3MHS C; 2CTW A; 3OR6 C; 1IBK B; 3HKD A; 3IC9 A; 3PJS K; 1FXK C; 2RMK B; 3FKS G; 2HJD A; 4X20 A; 2OCC B; 3O65 A; 4BW5 A; 1UFI A; 1Y66 A; 3S3W A; 2OTJ V; 4O4I A; 1Y6X A; 3D3I A; 4I50 A; 1MMM A; 3RYH A; 1DF5 A; 5GTI Z; 1PV0 A; 4TUY B; 4B3S B; 5B3S C; 5HFL A; 2YS8 A; 4YHH O; 3MDS A; 3W7X A; 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5LGT A; 5L3E A; 4JI3 O; 3I56 V; 2YI9 A; 3OMA B; 2YXL A; 1XMO B; 2YI8 A; 4EFE A; 1VEW A; 4FLY A; 1H8H G; 1YTF D; 2LFS A; 2QR4 A; 3L73 H; 3T1Y O; 2AZ2 A; 1KP2 A; 2BE3 A; 2VQF O; 3EXA A; 3ICX A; 3SYA A; 2F23 A; 1M57 C; 3NR7 A; 3OE7 G; 1NR7 A; 3K06 A; 2CTP A; 4GUN A; 1VQN V; 1TA8 A; 4LF9 O; 2EIM B; 4Q6G A; 1VIB A; 2LW1 A; 4H44 B; 1K5S A; 1NS1 A; 2H8P C; 4X66 B; 1H2L A; 5FL7 G; 4PI2 A; 1YZB A; 4L8J A; 3HKE B; 3E22 B; 4TT3 G; 4DV7 B; 1HWY A; 3FD9 A; 4CH4 A; 3W7U A; 4YIP A; 2OWO A; 1QR9 A; 3CMA V; 2O57 A; 4JI2 B; 1NKD A; 1GMG A; 1XL4 A; 4G28 B; 4BW9 A; 4FLW A; 2X0L A; 1TUE B; 4GKJ O; 2V1D A; 3EVK A; 4NR1 A; 2ZCE A; 1RFY A; 2DMX A; 5ITZ A; 2NN4 A; 1A32 A; 4PDL A; 5A9G A; 2UUA O; 2LP7 A; 2YXH A; 2FTK A; 3ZHU A; 1EFR G; 3JCZ A; 1WN7 A; 3JSL A; 3OGC C; 3K5M A; 1GM8 A; 1M9N A; 2ZR3 A; 3C3S A; 4DV0 O; 3APO A; 1Q90 D; 1K33 A; 1XBL A; 3STZ C; 3CCE V; 2DJV A; 1LUV A; 1SC5 B; 2CH7 A; 4JPR A; 1YJW V; 1BE3 H; 2QKA A; 4QIW F; 1VP7 A; 1SET A; 1AI5 A; 4I5S A; 1GTO A; 3STL C; 1XNQ B; 2FML A; 4WFA V; 5FNV B; 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