The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVMQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRMLIEKLGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the S15-rRNA complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RRNA FRAGMENT
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| molecule tags |
Ribosome
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| source organism |
Thermus thermophilus
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| total genus |
17
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-12-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OX9 O; 4LF4 O; 5FLX N; 2N74 A; 4DV6 O; 4DUZ O; 4DR3 O; 4B3R O; 3T1Y O; 4JYA O; 5BY1 A; 4B3M O; 1NS1 A; 2ZM6 O; 1HR0 O; 2HHH O; 4JI8 O; 1KUQ A; 4DUY O; 1X59 A; 4DR6 O; 3RT3 C; 1N32 O; 2Z0A A; 4LFA O; 4JI2 O; 4K0K O; 5LMN O; 2DJV A; 1HNX O; 4JV5 O; 5LL6 Y; 1XMQ O; 4DV5 O; 1XNQ O; 3R66 A; 1I94 O; 2UUB O; 4B3S O; 4LFB O; 1N34 O; 5IWA O; 3OTO O; 4OPH A; 2JRI A; 2UU9 O; 4GKK O; 5BXZ A; 4X66 O; 3J81 N; 4X64 O; 2UXD O; 4JI4 O; 4JI7 O; 1R1B A; 2DOS A; 4DR1 O; 1XEQ A; 1IBM O; 4JI3 O; 4JI6 O; 1G1X B; 5H5N A; 3SDL A; 1FJG O; 4KHP O; 4LFC O; 4JI5 O; 1R6T A; 4DV2 O; 4LF7 O; 1IBL O; 4DV7 O; 2E5L O; 4DV0 O; 4OPA A; 2LW7 A; 3F5T A; 3M8A A; 1A32 A; 1DK1 A; 3O65 A; 1FKA O; 1AIL A; 1AB3 A; 2FKX A; 4DV3 O; 4YY3 O; 4DR7 O; 2AGA A; 2F4V O; 1IBK O; 2ZKO A; 1XNR O; 4LF8 O; 1F7Y A; 4DV1 O; 4DR4 O; 4B3T O; 3T1H O; 2UXC O; 4LF5 O; 1N36 O; 4GKJ O; 2UUC O; 2VQF O; 5A2Q N; 4LF6 O; 4NXM O; 4JI0 O; 3J80 N; 4X62 O; 4X65 O; 3J7A U; 4A5U B; 1YZB A; 4DV4 O; 4DR2 O; 1J5E O; 2VQE O; 1N33 O; 4NXN O; 5IT9 N; 4YHH O; 3JAM N; 1D2D A; 1FYJ A; 4LF9 O; 1HNW O; 4JI1 O; 5BR8 O; 2UXB O; 5LMU O; 2UUA O; 1XMO O; 1HNZ O; 4DR5 O; 4AQY O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FXH A; 4O4J A; 2XTA A; 3BY6 A; 2NNU A; 4DV6 O; 2L35 A; 3LDD A; 1VEW A; 1QLN A; 1HDJ A; 3APQ A; 1BMF G; 3W7U A; 2XAS A; 3L73 H; 3OTO B; 3ML0 A; 3RW0 A; 2UU9 B; 1TUE B; 3TCU A; 1VQ7 V; 2ITD C; 2UXD B; 3F7Y C; 4L87 A; 2YXL A; 3FKS G; 2R9A A; 4O4I A; 3ZN1 A; 1J95 A; 1I94 O; 1V54 B; 2KG7 B; 3ZHT A; 5IWA O; 1MA1 A; 5JVD B; 4B08 A; 3BVO A; 2JVD A; 4DV7 B; 4U3F H; 4FPP A; 4G28 B; 4J41 A; 1P7G A; 1XEQ A; 3CSX A; 4WBN A; 2CUG A; 4PHZ A; 1SRY A; 4UVB A; 4DV2 O; 3CCR V; 2LO1 A; 3OMN B; 2EIK B; 4ZI7 B; 3G4S V; 4DR4 B; 4ICG A; 3SPI A; 4PDV A; 2XUM A; 4JAV A; 2BTQ B; 5KUM A; 1W0J G; 4DR7 O; 2HVK C; 3RYI B; 3X2Q C; 4YIP A; 2DQ0 A; 3RGB A; 4UVA A; 2GUZ B; 1BT8 A; 3HKB A; 1N33 B; 5CA0 B; 3ASO B; 4I0X B; 3RYC A; 2QKC A; 3SYP A; 5A9G A; 4YXW G; 2KQX A; 1NTK H; 1DF5 A; 2QWQ B; 3O9O A; 3CCM V; 1QQC A; 1Q43 A; 3ZMV A; 5IJ0 B; 3HKC B; 1R3K C; 3KCX A; 4TV9 B; 5CA1 B; 1ARO P; 5IT9 N; 2WA4 A; 2WA3 A; 2DN9 A; 3HKE B; 3Q4H A; 4JI8 B; 4DR5 O; 4DUY B; 3T1C A; 2CAZ C; 3OFN G; 4O4L A; 1PNM A; 1YSC A; 2YDE A; 1WP8 A; 3ABM C; 1KQS U; 1XNQ B; 2CGO A; 1Q82 W; 4ZHQ B; 4B3S B; 1AI7 A; 4HNA B; 2Z0A A; 4LFA O; 4FLX A; 1PPJ H; 1WNS A; 2M6Y A; 4Z2W A; 5IY5 C; 1KKC A; 4X64 B; 2OCH A; 2JEU A; 3SYQ A; 2HVJ C; 3MD0 A; 3E35 A; 3CRA A; 2JDI G; 1VIB A; 4I55 A; 3PN1 A; 1R6K A; 1PM9 A; 1WAZ A; 3AG2 C; 3G6B A; 5BXZ A; 5J9P C; 2KSD A; 1JQ0 A; 3TGU H; 2QR4 A; 2QM7 A; 3N2G A; 4JI6 O; 3A0R A; 2ZDI C; 2YS8 A; 3STZ C; 5FNV B; 3CC2 V; 3AK1 A; 4HBN A; 3D36 C; 2QWR B; 4RUF A; 5EBL C; 1K92 A; 3JD0 A; 4DV1 B; 4NTY A; 5FPO A; 1ZTE A; 1FXK B; 1RFY A; 2F4V O; 2IM9 A; 3OTF A; 2D3O W; 4QJF B; 4D6T H; 2FB5 A; 4WCE V; 2EIL C; 4TV8 A; 2LP7 A; 1DF4 A; 1SS3 A; 3NXS A; 2PGG A; 1KYO F; 2EIM C; 1WA8 A; 2ZXW C; 3CRQ A; 4DRX A; 5DED A; 1IXM A; 4BW9 A; 2LGW A; 5B3S C; 4LF9 O; 2ZM6 B; 3ZRW A; 1H2S B; 2ZCE A; 5CN0 A; 2EX3 A; 2CTP A; 3GB7 C; 4JI2 B; 4PA4 A; 1EN4 A; 1ZWI C; 3ZHR A; 5KUK A; 3A2F A; 4DR5 B; 2YID A; 4ASU G; 2LGQ A; 1VF6 C; 4J80 A; 3N27 A; 1JVM A; 2DE0 X; 5LMN O; 2EUL A; 3SYC A; 4CS4 A; 1NTM H; 1H2L A; 1XIL A; 4O2A A; 3N2K A; 4JI3 B; 5LYJ A; 2HJF C; 3KG2 A; 4G2K A; 1ZX3 A; 2YIA A; 2IJH A; 2E5L B; 1PKX A; 4F4L A; 3IFX A; 3JAR B; 1AI4 A; 4GX0 A; 1IBM O; 1YIJ V; 1TA8 A; 1Y76 B; 2Q5Z A; 1OCR B; 4KHP O; 4TQD A; 2A3Q A; 1IBK B; 3JAT A; 4W4K A; 1NVP B; 4GT1 A; 1ZAU A; 1F51 A; 2WLI B; 4LC1 A; 3SJA C; 4NYK A; 4K35 A; 2JEX A; 4W4L A; 4BR6 A; 1KMI Z; 4MW8 A; 2ZKO A; 1Y6X A; 1AVM A; 1JJO A; 3ETE A; 1QLE B; 4EKW A; 4ZBM A; 1THZ A; 1N0J A; 1H38 A; 4NXN B; 4UCR A; 3JCZ A; 4LBE C; 2Y48 A; 5LMU B; 4D7T A; 1VQP V; 3VQY A; 4X20 B; 4UCU A; 3DTU B; 4B3M B; 1VP7 A; 5KHG A; 3SPC A; 4P2Z A; 2HHH B; 3UCS C; 1RPO A; 2RMK B; 2N74 A; 1W0K G; 5LGN A; 4LF9 B; 5B1O A; 1JJ2 U; 1M93 A; 3TXS A; 5DM6 V; 1HNX B; 2DYS B; 3ZCC A; 1MG1 A; 4LWS B; 3JAL A; 1COW G; 1AP5 A; 5IYD O; 1N32 O; 2CGN A; 3ASO C; 2W0X A; 2F93 B; 2WLL A; 3CPW U; 4I4T A; 1BQZ A; 1P7B A; 2DJV A; 3ETD A; 3FAV A; 3CD6 V; 4YIO A; 2YI8 A; 3C90 A; 3JAK B; 5J2U A; 2X7R B; 1V55 C; 2UUB O; 3H1K H; 1M57 B; 3R65 A; 3H9V A; 2ZE7 A; 3CHX A; 3H1H H; 3ICX A; 4DV0 B; 4P9P A; 5K1X A; 2HFE C; 3I55 V; 1WN7 A; 4QIW F; 1W59 A; 1YF2 A; 1EN5 A; 4O2B B; 4ZKI A; 2LQT A; 4RO2 A; 2CDY A; 3THO A; 3UO2 A; 2D2C B; 4MT8 A; 3TET A; 2Q7H A; 2OWO A; 2HLD G; 1FKA O; 3CJH B; 2UUC B; 3CME V; 2ZDI A; 3A8T A; 1NU1 H; 3H1L H; 4FFB A; 1ZL8 B; 1AJN A; 2N04 A; 5CB4 A; 5CBG A; 2ZNJ A; 1NJI W; 4B3T O; 4KUM A; 4WFH A; 4FZ1 A; 2BSK A; 3LSQ A; 3D36 A; 1HNW B; 5JH7 A; 4FJC C; 1JFF B; 2P4V A; 1G4Y B; 1S5L Z; 4C7U A; 3RYF B; 4DUZ B; 3CB2 A; 2R72 A; 5GON A; 1QR9 A; 3T1Y B; 2OTJ V; 4JYA B; 2HP8 A; 3JAW A; 4XBF A; 1IUR A; 5EZY A; 4PA6 A; 3JD2 A; 4XDJ A; 2XT9 A; 4K0K B; 4J9Z B; 3UM7 A; 1FS0 G; 1ZSP A; 5EC1 C; 4I50 B; 3SPG A; 1JA8 A; 5ITZ A; 4CH6 A; 3ZHS A; 1NBM G; 1X59 A; 1FPO A; 2PZS A; 3ASN B; 3DXR A; 4I5S A; 3B8N A; 4JV5 O; 3QNE A; 1H2G A; 4UFZ A; 1N32 B; 1OV9 A; 3JSL A; 1RPR A; 1FJG B; 3OTO O; 4JI5 B; 5L3F A; 4BIU A; 5EIB C; 2UU9 O; 2CTW A; 1VF6 A; 4TUY B; 4GZR B; 1LNQ A; 1YTF B; 3AK2 A; 2UXD O; 4X1I A; 3RYH A; 3TK1 A; 3JAS A; 3QVN A; 1SER A; 4PJ0 Z; 1K33 A; 1I0H A; 4DV3 B; 1VQL V; 3ABK C; 4UB8 Z; 4LCU C; 4DV7 O; 1M56 B; 4MS2 A; 4PV1 B; 3QO5 A; 5EIB D; 1XUQ A; 2R9I A; 4WFB V; 4GX1 A; 3O65 A; 2FKX A; 2VQF B; 1RM1 C; 1GK9 A; 3RFR A; 3RWR D; 2UXN A; 1S77 D; 1YDX A; 2ZR3 A; 2P67 A; 5EBW C; 4IL6 Z; 4DR4 O; 5F2V O; 1OCZ B; 1SKV A; 1Q7Y W; 2UXB B; 1BHA A; 4FLV A; 3CX5 F; 5C8Y B; 2EIJ B; 4A5U B; 1OCR C; 2F95 B; 1K8A W; 1N33 O; 4B3R B; 2B5U A; 3VQW A; 1P49 A; 2KG7 A; 4IIJ B; 3BA8 A; 4J9Y B; 2YIC A; 1QHT A; 2R9R B; 1S5J A; 3ABU A; 4AQY O; 2IBZ H; 3U10 A; 4HYO A; 3MHH C; 4JGS A; 1MNG A; 1Q5O A; 2XHB A; 2ADP A; 4JI8 O; 1L0N H; 4DUY O; 2YEV B; 2XAH A; 1QLE C; 1AR5 A; 1NVP D; 2PI4 A; 3W7S A; 4ZI7 A; 2YI9 A; 4FLT A; 1KB9 F; 2BTQ A; 2H94 A; 1XNQ O; 1UJW B; 3RYI A; 2Q67 A; 4B3S O; 1PL4 A; 4RQF A; 2GUZ A; 5C93 A; 3CWB H; 4UV8 A; 3D8C A; 4JV5 B; 2DQ3 A; 3ZED A; 1K5Q A; 1EBO A; 1SZT A; 3JD3 A; 5CA0 A; 1IBL B; 2KKW A; 3BPZ A; 2ZE5 A; 4YJ3 B; 5EK0 A; 4X64 O; 4J10 A; 1Y74 B; 1URF A; 5LA6 B; 3I5D A; 1G1X B; 4Q20 A; 4LH6 A; 1NR1 A; 5IJ0 A; 1TAE A; 1AI6 A; 2DYS C; 3HKC A; 3QO7 A; 2EZP A; 1AJP A; 2P6J A; 4TV9 A; 5CA1 A; 2JK5 C; 3KCY A; 2A9H A; 1R73 A; 3K5O A; 2F66 C; 1N4C A; 4JPR A; 5IYZ A; 2OYQ A; 2Y4T A; 3HKE A; 3B77 A; 3ZRV A; 1VQM V; 1Q86 W; 3IC7 A; 1AB3 A; 2FYU H; 2HKO A; 4O4H B; 2P06 A; 3K59 A; 4FIP C; 2CH7 B; 4NTW A; 5B66 Z; 2QTO A; 5EYP B; 4DV1 O; 4DV4 B; 4DR2 B; 4ZHQ A; 1OJH A; 4HNA A; 1AI5 A; 2PUS A; 1XMO B; 3E89 A; 2ILM A; 4GX2 A; 4MTX A; 4CS3 A; 3VQV A; 2AHZ A; 3OE7 G; 1GH6 A; 1NT2 B; 3SR2 C; 1EM1 A; 2ZQM A; 4K3A A; 3EHB B; 2V1D A; 1K9M W; 3E8F A; 2GSM B; 3FX7 A; 2JJ1 G; 4B7K A; 4DW0 A; 4YJ2 B; 5JWP A; 1TUB B; 4L8J A; 1VAR A; 1KKD A; 1IX9 A; 2QGN A; 1AR1 B; 2BOC C; 2YC0 A; 1US6 A; 5KHJ A; 5FNV A; 1XMQ B; 2ZM6 O; 4AQY B; 2AW9 A; 2XAG A; 3CCS V; 1YEW A; 4LFB B; 2X0L A; 4TWK A; 5B1A B; 4JI2 O; 4PA7 A; 4BAY A; 1KU9 A; 3SYO A; 5LL6 Y; 4X66 B; 1FXK A; 3CP1 A; 2Y69 C; 3OUS A; 4I9W A; 3OAA G; 3P30 A; 4LF7 B; 4DO2 A; 4O4I B; 4I9Q A; 2V7Q G; 1FD9 A; 3K0G A; 4JI3 O; 1MAB G; 2DYR C; 1R6T A; 4MVU A; 2E5L O; 2BE3 A; 2RNB A; 2JJ2 G; 2DWD C; 1XNR B; 3F5T A; 1ZUQ A; 4FFK A; 2UXC B; 2ZT9 B; 4WBN B; 4QGP A; 1IDS A; 3A0H Z; 2HG5 C; 4LF6 B; 4ZIB A; 2QDO A; 4NXM B; 5KHI A; 1IBK O; 4JI0 B; 4X65 B; 5KA5 A; 3CCU V; 1E79 G; 2N05 A; 5IE9 A; 2B1I A; 1QCE A; 2EIN B; 4X9Q A; 1ORQ C; 1P84 F; 1R6N A; 3CCJ V; 5LP6 B; 2GTS A; 5LHG A; 3DGE A; 4E4E A; 4GX5 A; 1YHQ V; 2JGD B; 2X6B A; 5JJE B; 3GWO A; 3CCE V; 4MW3 A; 5H6Q A; 4DR3 B; 4NXN O; 1D2D A; 4IHJ B; 1M56 C; 2IU3 A; 5LMU O; 1L8D A; 2IW5 A; 3B09 A; 2QWP B; 1NTZ H; 4LNU B; 1QVG U; 5IJ9 B; 1YTF D; 4MVZ A; 3JAR A; 2JS3 A; 1MZF A; 3OEH G; 3ZJZ A; 1Y76 A; 4B3M O; 1CEZ A; 1YI2 V; 1D5A A; 4KL1 A; 2HHH O; 2QSA A; 3BHP A; 4J7Z A; 3RT3 C; 1S5H C; 1OCZ C; 5LGU A; 1SA0 B; 2OIG A; 2Q4P A; 3U0Z A; 2VWJ A; 3U11 A; 2R70 A; 1HNX O; 4U3J B; 1R3L C; 2EIJ C; 2CTQ A; 3AG4 B; 4DR1 B; 4QE9 A; 1IZ3 A; 1M9N A; 4G27 B; 4GCZ A; 5FL7 G; 2Q7G A; 4JYY A; 2WWW A; 4FM0 A; 3RVZ A; 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3B2E E; 1R1B A; 1JFF A; 2MK3 A; 3N2K B; 5LYJ B; 1FJG O; 2ATK C; 1LR1 A; 2F43 G; 3RYF A; 2BCC H; 1H2M A; 3ZMZ A; 4JI5 O; 3K9S A; 4H13 B; 1BZK A; 1OCO B; 4LF8 B; 1Y67 A; 4UVC A; 3HPL C; 1Q6I A; 4DV3 O; 4FLW A; 2JGU A; 2PF4 E; 2OT5 A; 2B9Z A; 1H8E G; 4I50 A; 1F7Y A; 3B8M A; 3K3W A; 1HW7 A; 1J5E B; 1YJW V; 3K03 A; 3GVM A; 3FYE B; 1KBH A; 3E22 B; 5IYB O; 1SQP H; 2VQF O; 4PI0 A; 1BHB A; 2UUA B; 1WPX A; 1OCC B; 2NR5 A; 1KD1 W; 1NZ6 A; 1YXB A; 2JS5 A; 4CC5 A; 3FD9 A; 3CCQ V; 2QA4 V; 3JAM N; 5DN6 G; 1FYJ A; 4KFM A; 2UXB O; 1BL8 A; 1M1K W; 2FTK A; 2Q7E A; 3RN4 A; 1K97 A; 4D7S A; 1K5S A; 2PTM A; 4TUY A; 5LGT A; 3H1J H; 4B3R O; 3QO8 A; 2K9P A; 3DC6 A; 2A06 H; 3HB3 B; 4JZ2 A; 2BOB C; 5KMG B; 3AEI A; 4JYC A; 2Q0O C; 1VF5 B; 2EIN C; 1MSD A; 1NQT A; 5D5P A; 3L75 H; 4HAM A; 5LHH A; 4FVM A; 3MHS C; 1SQX H; 3L72 H; 2WSS G; 1QBZ A; 3K04 A; 3K9A A; 1GKF A; 5FPR A; 2OIE A; 2CE4 A; 4J42 A; 1N34 O; 1FXK C; 1ENV A; 5KX5 A; 2XOK G; 2DMX A; 4AI8 A; 4EFE A; 3J81 N; 3CCV V; 2IH3 C; 2DOS A; 5C8Y A; 3UKM A; 1N0N A; 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