The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYREIVEKLGLRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 angstroms resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
23
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNX O; 4JI5 O; 4K0K O; 1R6T A; 1J5E O; 4JI6 O; 4B3T O; 4LF8 O; 2N74 A; 2HHH O; 1IBM O; 1KUQ A; 4DV1 O; 3T1Y O; 4LF4 O; 1N36 O; 4DR2 O; 3J81 N; 4B3M O; 3OTO O; 4DV3 O; 5LMU O; 2DJV A; 4JI7 O; 2VQF O; 4DV2 O; 1NS1 A; 1N32 O; 4NXN O; 2UXB O; 1HR0 O; 4LF9 O; 1XEQ A; 5A2Q N; 2UUA O; 4LF6 O; 1N34 O; 4JI4 O; 4DR1 O; 2ZM6 O; 1FKA O; 2FKX A; 3J80 N; 1HNZ O; 3T1H O; 3M8A A; 3O65 A; 1N33 O; 2LW7 A; 4JI1 O; 2UXD O; 4JV5 O; 4JI0 O; 4X65 O; 2UU9 O; 2VQE O; 4AQY O; 4KHP O; 1F7Y A; 4DUY O; 4B3S O; 1XNR O; 1IBK O; 3R66 A; 5IT9 N; 4OX9 O; 4JI2 O; 1FJG O; 5FLX N; 3F5T A; 5IWA O; 4JI8 O; 4NXM O; 2F4V O; 5BY1 A; 4DV0 O; 4LF5 O; 1HNW O; 4DUZ O; 5LMN O; 4OPA A; 2UXC O; 4LFA O; 4DV7 O; 1XNQ O; 3SDL A; 4GKK O; 1XMO O; 4LF7 O; 3J7A U; 5BXZ A; 4X66 O; 4DV5 O; 1I94 O; 4DR4 O; 4GKJ O; 2ZKO A; 4DR7 O; 4LFB O; 4JYA O; 2UUC O; 1IBL O; 1G1X B; 5LL6 Y; 1AB3 A; 3JAM N; 2E5L O; 2UUB O; 1YZB A; 1AIL A; 1D2D A; 4DV6 O; 1R1B A; 4JI3 O; 4X64 O; 1FYJ A; 4YY3 O; 4DR6 O; 2AGA A; 1DK1 A; 2JRI A; 1A32 A; 4B3R O; 4YHH O; 4A5U B; 3RT3 C; 2Z0A A; 2DOS A; 4DR5 O; 4LFC O; 4X62 O; 5BR8 O; 5H5N A; 4OPH A; 1X59 A; 4DR3 O; 1XMQ O; 4DV4 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZE5 A; 4I55 A; 4O4J B; 4W4K A; 4WBN A; 2A0L A; 2UUB B; 5JVD A; 1WLE A; 2D2C B; 3AG1 B; 5C93 A; 3N2K A; 1S76 D; 5C8Y B; 1XDC A; 3OW2 U; 1KP3 A; 2VQF O; 3OAA G; 4X1K A; 1W2B U; 3T1C A; 3WFV A; 2Q0O C; 1GN6 A; 1SRY A; 1MOF A; 3HKC B; 1Y66 A; 1FKA O; 4C7U A; 1URF A; 1WP8 A; 3CP1 A; 5IE9 A; 1R3J C; 3VQX A; 4PI2 A; 4CH6 A; 4JTC B; 3JAS A; 1NH2 D; 1VQO V; 2B5U A; 1N32 B; 2QGN A; 1UJW B; 1YIT V; 1S0V A; 3OGC C; 2LP7 A; 4O4I B; 1JFF B; 1FJG O; 1G6U A; 1U97 A; 2QA4 V; 4MW8 A; 1BMF G; 4JI8 O; 1Y74 B; 3LNN A; 1B3Q A; 1QBZ A; 2HVJ C; 3K9S A; 1Y67 A; 1ENV A; 3A0B Z; 3JD2 A; 5GTI Z; 4ABM A; 1DF5 A; 5KMG A; 3MHS C; 4J41 A; 1P4R A; 2Q68 A; 1FXK C; 3CCM V; 2GSM B; 1K92 A; 2E5L O; 3RGB A; 1AR1 B; 4FLY A; 4NXM B; 5JJJ B; 2C2A A; 2P4K A; 1JA8 A; 1S5L Z; 4O2B B; 4WFF A; 4DR5 O; 1P7G A; 4LP8 A; 4GUN A; 4YJ3 B; 4CS4 A; 3ASO C; 1BL8 A; 4UCV A; 2CTQ A; 4BAY A; 1HNX O; 4NVP A; 4JI5 O; 3ASN C; 3DSQ A; 3K0G A; 2R9I A; 4B3M O; 2XAS A; 5FPO A; 3LDE A; 5EIB C; 2OYQ A; 1QHT A; 4KXR A; 2Z5U A; 5KHH A; 5CA1 B; 4DW0 A; 2EX3 A; 1Q82 W; 3O9O A; 4JYY A; 1NTK H; 1GM8 A; 4O4L A; 2EIN C; 4J7Z A; 1N36 B; 1OV9 A; 5L3C A; 5TIS Z; 2P67 A; 2YI9 A; 3GWO A; 2JVD A; 3ZRS A; 2LJ2 A; 2XAG A; 3X2Q C; 3BEH A; 5GW7 A; 5KUM A; 2CH7 B; 4DV2 B; 2UXB B; 1HR0 B; 2G38 A; 3W7T A; 4FIP C; 3HR0 A; 5HFL A; 2UXX A; 3F5T A; 2LQT A; 2YC0 A; 4HAM A; 4LCU C; 3JAR A; 1ROP A; 3CD6 V; 1K97 A; 4FJC C; 4TWK A; 4EKW A; 1SET A; 2WLI A; 2AHZ A; 4X66 O; 2ITC C; 4PHZ A; 2WA4 A; 3G6E V; 3LSS A; 2F66 C; 1IBL O; 3CB2 A; 2XOK G; 2MK3 A; 1DTO A; 5IWA B; 1FYJ A; 2IW5 A; 1ZLZ A; 2Q4P A; 4DR6 O; 5LOV B; 4MVO A; 4F6R B; 3P3P A; 5KUK A; 4UV8 A; 4I50 A; 4WFG A; 1O9H A; 1S5H C; 4DR3 O; 2M7W A; 4FLZ A; 4JTA B; 3CCS V; 3G71 V; 1O9G A; 4O4J A; 1FXV A; 2YIB A; 3OUF A; 4O4H B; 2WLH A; 2HHH B; 3FKS G; 4D7S A; 3W7W A; 2NR5 A; 1NH2 B; 1IUR A; 3CCU V; 1VF5 B; 5C8Y A; 3FX7 A; 1OHH G; 3UT5 B; 3E8G A; 1MSD A; 4LFC B; 2V4D A; 3ABM B; 1WB7 A; 4AHC A; 3TCU A; 3ZRW A; 5HFM A; 3ZN0 A; 1GK9 A; 1KP2 A; 2H3O A; 3H1L H; 4P9O A; 3SPI A; 3NR7 A; 5LXT B; 3FB7 C; 3ZHU A; 4TSF G; 3ABK C; 3JD0 A; 1PKX A; 4Z1M G; 4EFB A; 4TV9 A; 1AVM A; 4H44 B; 4I9W A; 1L0N H; 2QWN B; 4DV3 B; 2IU3 A; 3B2E E; 3WB0 A; 4KHP O; 1R3I C; 2DYS C; 3ETG A; 4R50 A; 2LW1 A; 4O4I A; 1JFF A; 1P84 F; 1K34 A; 2ILM A; 1Y74 A; 4L87 A; 2P06 A; 3AG3 B; 5B1A B; 4LF5 O; 1SER A; 1AI6 A; 5K1X A; 2ZCE A; 4JI0 B; 3AEI A; 4DV5 O; 1I94 O; 5IYB O; 3THO A; 1ZL8 B; 1E79 G; 4FM1 A; 1AB3 A; 3ZCC A; 3ZED A; 2BTQ A; 2A3Q A; 3OR7 C; 3AK2 A; 2QTO A; 1WA8 B; 1R6K A; 2UXC B; 1IZ3 A; 2Y0P A; 2OIE A; 3IFX A; 4LF7 B; 5BZB A; 1L8D A; 2UUC B; 1QU7 A; 5E1A C; 2OCC B; 2ZDI C; 3SGI A; 2A9H A; 5CBH A; 1RM1 C; 3BFR A; 2YEV B; 1KUQ A; 4KL1 A; 4H33 A; 1M57 B; 2DWD C; 2H8P C; 4YHH B; 4F4L A; 2IH1 C; 1YHQ V; 4K8X A; 2FTK A; 2CGO A; 3JD1 A; 3R65 A; 2XAH A; 2UUA O; 4P30 A; 3RN4 A; 1Q81 W; 3UQ8 A; 5B3S C; 3OUS A; 1OCC C; 2XAF A; 4J11 A; 3H01 A; 3EXA A; 4UB8 Z; 2HJD A; 3VBB A; 1Q6U A; 4WBN B; 2LW7 A; 1US6 A; 4N21 A; 5JVD B; 3L75 H; 3ABU A; 2YIA A; 4WFB V; 3OTO B; 4JV5 O; 1FD9 A; 4JYB A; 3JAK B; 4FLX A; 3JAL A; 1PL4 A; 2CH7 A; 2DYR B; 1SKV A; 3AG4 C; 4JTD B; 3UCS C; 2EZO A; 1FS0 G; 4QPJ A; 1M9N A; 1VF6 A; 1NZ6 A; 4DR1 B; 1SQB H; 4RAI A; 4U3J B; 2QDO A; 1GKF A; 1IX9 A; 3SYA A; 3VQV A; 2FL4 A; 4DV0 O; 1J95 A; 3H1J H; 5LMN O; 1H2N A; 3ZRV A; 5FNV A; 3JAS B; 5JJN B; 3ZIA G; 2F93 B; 2Y69 C; 3E22 B; 2F23 A; 1EFR G; 4GKJ O; 1GN3 A; 2DWE C; 4X9Q A; 1G1X B; 1FPO A; 1VQM V; 3OR6 C; 3E8B A; 4J9Z B; 3APO A; 1ZWI C; 4LH7 A; 4A5U B; 1SES A; 2LFR A; 1MNG A; 3D36 C; 1PP9 H; 1M56 B; 4X62 O; 1PPJ H; 1DLB A; 5CB4 B; 5D5P A; 5IY5 C; 4B3T O; 1V54 C; 2JIZ G; 2ZIO A; 4ZOL B; 4O4H A; 2EIK C; 4JYC A; 3CEI A; 2LFS A; 3S3W A; 1IBM O; 1IXB A; 3UT5 A; 2QM7 A; 1Z5V A; 4JZG A; 2E74 B; 1KB9 F; 5B1O A; 4PJ0 Z; 3ABL C; 3CSX A; 5A2Q N; 3RBZ A; 3E89 A; 1Y4M A; 4UXN A; 4UCT A; 1P7B A; 4CH3 A; 5LXT A; 1KEC A; 1QNM A; 3TXQ A; 1HNZ O; 1Q8I A; 4RUE A; 3ETQ A; 3T1H O; 4FZ0 A; 4DV1 B; 3M8A A; 2EIJ B; 1FFT B; 3ZMT A; 3CRA A; 2K1E A; 3D3Q A; 1W0J G; 4LF9 B; 1NTZ H; 2JS3 A; 1SA0 A; 2Q7G A; 5IT9 N; 4JI2 O; 5L3B A; 1FJG B; 2ZM6 B; 3ZMZ A; 4ASU G; 1VIB A; 3MHH C; 3N2G A; 3W7X A; 2ZQM A; 2W0F C; 3HKD B; 1B04 A; 1H2K A; 3AG1 C; 4JI1 B; 5KX5 A; 4LFA O; 4MVS A; 1N0J A; 4FLU A; 3E35 A; 1L0L H; 1LNQ A; 4FPP A; 4GX1 A; 1WB8 A; 4FM0 A; 4CBC A; 1IBK B; 1I7F A; 5LL6 Y; 1JJO A; 2ODM A; 2DQ3 A; 2DN9 A; 1Q3E A; 5F2V O; 4DV6 O; 2F4V B; 4RO2 A; 4ZHQ A; 3TET A; 1A32 A; 1XHX A; 3JAR B; 3FB8 C; 4Z1V A; 1ZSP A; 1BCC H; 4HNA A; 3CMA V; 1RPR A; 1XI1 A; 1IXM A; 5KAI Z; 3K79 A; 1RFY A; 4GKK B; 5H5N A; 2ARH A; 1K4D C; 1XMO B; 4PD4 F; 4XDJ A; 1ZUQ A; 2WLI B; 1HNX B; 5JCO C; 5EBW C; 2BSK A; 4LF8 O; 2EIM B; 2P5O A; 2QWR B; 4GT1 A; 4NYK A; 2E76 B; 4DRX A; 1E1R G; 2PZS A; 2OTJ V; 4FFB A; 3FB5 C; 1BSM A; 3STL C; 3EHB B; 3CC2 V; 1QQC A; 3E83 A; 2Q0A A; 1VP7 A; 4JI4 O; 1JX9 A; 3UM7 A; 1NU1 H; 2XHB A; 2QKA A; 3MD0 A; 3T1Y B; 3D3I A; 3JAK A; 1DGS A; 1YIJ V; 3WG7 B; 3L9D A; 4PV1 B; 3IJ4 A; 3SJA C; 1AJQ A; 2P7T C; 4U3J A; 3N27 A; 3ZHT A; 3K9A A; 3ZRW B; 5EZY A; 4ZBM A; 3MDS A; 4N23 A; 2ZXW B; 4IYI A; 5CA3 A; 1YJ9 V; 1ZX3 A; 3PN1 A; 3RYH A; 1G4Y B; 4P2Z A; 4QNH B; 4TV9 B; 4DV7 O; 2DW4 A; 3E22 A; 4X65 B; 1XQ8 A; 4U7O A; 1OCO C; 3CRM A; 4PEL A; 1AJP A; 3CE2 A; 1JJ2 U; 4NKG B; 1JQ0 A; 2X7R B; 2WLL A; 1JR9 A; 2X6C A; 3HKB A; 4I4T A; 4R8C A; 3GVM A; 2DMX A; 1YJN V; 1K33 A; 3NXS A; 1Q7Y W; 3CCR V; 1HNW B; 2NNU A; 4NR1 A; 3CJH B; 2YID A; 3SPG A; 1AR5 A; 5CB4 A; 5BR8 O; 2PYJ A; 4DR3 B; 1XMQ O; 1WNS A; 4DV4 O; 4ZOL A; 1QLN A; 1EM1 A; 2NLJ C; 4K0K O; 2JGD A; 3L71 H; 1R73 A; 1BQ0 A; 3SYQ A; 4X64 B; 1M4U A; 4YY3 B; 2IJJ A; 2BTQ B; 3RYC A; 3JAT B; 1IDS A; 2VRZ A; 1GN4 A; 4BR6 A; 1AJN A; 4NXN O; 4OGQ B; 4R7C A; 2Z3Y A; 3CCE V; 1Q5O A; 4DO2 A; 3L74 H; 3K5N A; 5J2T B; 2R9A A; 3HPL C; 2HVK C; 2MW2 B; 1K73 W; 4MTX A; 3OMI B; 2XT9 A; 2W6I G; 2AZ0 A; 2QWO B; 3A0R A; 2RQ6 A; 1OCO B; 5LMU B; 4KFM A; 4JI7 B; 2UU9 O; 3JD4 A; 4DUY O; 3B8M A; 2Q67 A; 1EZJ A; 1FXH A; 3LUT B; 1OCR B; 3HKD A; 5B1B B; 1Q86 W; 5GON A; 1D5N A; 2JEU A; 5ITZ A; 5KHG A; 3LSU A; 1EN5 A; 2DE0 X; 2RJZ A; 1S5J A; 3JAL B; 1BHA A; 4MT8 A; 3ETE A; 2ZKO A; 5FL7 G; 4B3S B; 3ABM C; 1UFI A; 4DW1 A; 2UUB O; 5A9G A; 4LBE C; 2XUM A; 3KZI Z; 3OMA B; 2JRI A; 4PDV A; 3UO2 A; 3IGA C; 2NN4 A; 4FMT A; 4FZ1 A; 3SR2 C; 3CME V; 1GH6 A; 4CH5 A; 3PJS K; 3F7V C; 5FNV B; 2WLM A; 4AIL C; 4TUY B; 4J7J A; 4UCS A; 4HZ3 A; 1KYO F; 2IH3 C; 1BQZ A; 1NR7 A; 3AG3 C; 5B1A C; 3C3S A; 4PA6 A; 4MW3 A; 2A7W A; 1N32 O; 5EK0 A; 3L70 H; 2E75 B; 3APQ A; 1JMK C; 1L1F A; 3VOU A; 3K08 A; 3BCC H; 2N04 A; 3LNM B; 3CPW U; 1V9P A; 1W59 A; 3SJC C; 4JI6 B; 4LWS B; 2B1I A; 1GTO A; 1KQS U; 5DM6 V; 2Y0I A; 5LGN A; 4YIO A; 1V55 B; 1NKD A; 1N33 O; 1KMI Z; 4DR2 B; 4G27 B; 4IHJ A; 3QO5 A; 2EJ7 A; 1NI8 A; 1W0K G; 2V1D A; 3I5D A; 1Y6X A; 5FLX N; 2GV9 A; 4UVC A; 3SYO A; 4NXM O; 2RDC A; 3ZN1 A; 1THZ A; 2OCC C; 4X1Y B; 5LGU A; 3KG2 A; 4U7N A; 4MVZ A; 3ABT A; 1D5A A; 1PD3 A; 5JH7 A; 1M57 C; 1GN2 A; 2UXD B; 1VQN V; 1WPX A; 4ZIB A; 3T4D A; 4AQY B; 4DR4 O; 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2KQX A; 2VQE B; 3RYF A; 1MA1 A; 1JOY A; 1XNR B; 1OJH A; 3WB1 A; 3QF7 A; 4MVU A; 3K58 A; 5EZY B; 4QE7 A; 5KAF Z; 1Q6H A; 2GTS A; 3STZ C; 5KA5 A; 2EIJ C; 4EEQ A; 4DUZ B; 2P6J A; 1Z2G A; 5B1N A; 3BA8 A; 3A8T A; 2Z0A A; 2F95 B; 3Q4H B; 3RYH B; 1K5Q A; 1FXK A; 4BW9 A; 4LFC O; 4DK0 A; 1AI7 A; 1VMG A; 2WLK A; 1F4N A; 3CRQ A; 4TUY A; 1JCH A; 2QSA A; 4FFK A; 3C3T A; 4JYA B; 5LA6 A; 2WLL B; 1J5E O; 1TUE B; 3AG2 B; 4MVR A; 2X6B A; 2QWP B; 2RNB A; 2IBZ H; 3T4Z A; 1YJW V; 3HKB B; 4I4T B; 2W6J G; 4W4L A; 3BRC A; 1EZV H; 5H6R A; 1SS3 A; 5B66 Z; 4DV3 O; 4B3R B; 1ZAU A; 2DJV A; 4TOI A; 1H8H G; 5CBF A; 3GWK C; 3ICX A; 2PI4 A; 2XND G; 4LF6 O; 1N34 O; 1KKC A; 3AK1 A; 3KCX A; 5L3D A; 3SYC A; 2ATK C; 3U11 A; 4LWS A; 3ZRX A; 2JGD B; 1T5E A; 1GO3 F; 1R3K C; 1EBO A; 4NTW A; 2WA3 A; 2QKC A; 4QGP A; 4JI0 O; 3RYC B; 4XBF A; 1H2L A; 2VQF B; 1BZK A; 2JEX A; 3M7M X; 4EB6 B; 3BVO A; 2HFE C; 1VQK V; 1AP5 A; 4IT5 A; 2R72 A; 3I55 V; 1NQT A; 3R66 A; 2ZE7 A; 4QIW F; 5IDJ A; 4BIU A; 2HR3 A; 1VQ9 V; 2D3O W; 4X1Y A; 1BHB A; 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