The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
33
|
| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YY3 O; 5LMU O; 4KHP O; 1D2D A; 5BXZ A; 4JYA O; 1AB3 A; 2Z0A A; 2E5L O; 1R1B A; 4NXM O; 4DV5 O; 2UUB O; 4DV6 O; 1HR0 O; 4A5U B; 4GKK O; 5BY1 A; 2VQF O; 3J7A U; 4DR4 O; 1IBM O; 2JRI A; 4LF8 O; 3T1Y O; 4JI5 O; 4DUY O; 1DK1 A; 4B3R O; 1HNW O; 2FKX A; 4DV4 O; 4JI0 O; 4DR1 O; 3F5T A; 3SDL A; 5A2Q N; 4K0K O; 4DR2 O; 2UXB O; 4OPA A; 4LF5 O; 1AIL A; 3OTO O; 4B3M O; 1XMQ O; 4JI3 O; 2ZM6 O; 3J81 N; 4DR6 O; 3RT3 C; 2DOS A; 4LFC O; 1I94 O; 1FKA O; 2UUC O; 2N74 A; 3O65 A; 4JI1 O; 1XNQ O; 2UUA O; 4LFB O; 2LW7 A; 4LF9 O; 4JI6 O; 1HNZ O; 1IBL O; 2HHH O; 1N34 O; 1XEQ A; 5LMN O; 4LF7 O; 2UXD O; 1IBK O; 4DV1 O; 5IWA O; 5BR8 O; 2UXC O; 4NXN O; 4X66 O; 3T1H O; 2ZKO A; 4X65 O; 4DV2 O; 2UU9 O; 4JI4 O; 4JI7 O; 4DR5 O; 5H5N A; 4B3S O; 4JI2 O; 1N36 O; 1A32 A; 5FLX N; 1FYJ A; 2DJV A; 4DR3 O; 4X62 O; 1KUQ A; 1F7Y A; 4OX9 O; 4DV7 O; 4DV0 O; 1YZB A; 4DR7 O; 4DUZ O; 4DV3 O; 1G1X B; 4LF6 O; 3R66 A; 1NS1 A; 2AGA A; 4OPH A; 1XNR O; 1FJG O; 4X64 O; 3JAM N; 1X59 A; 1HNX O; 4JV5 O; 1XMO O; 1R6T A; 3J80 N; 2VQE O; 4YHH O; 4LF4 O; 4GKJ O; 5IT9 N; 1N33 O; 4JI8 O; 1N32 O; 4AQY O; 2F4V O; 5LL6 Y; 4B3T O; 4LFA O; 1J5E O; 3M8A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5D5Q A; 1U96 A; 4NB5 A; 1BHB A; 4KHP O; 4WFA V; 1K7D A; 4FVM A; 2KSD A; 3KCY A; 4MS2 A; 2YXY A; 5KX5 B; 1VEW A; 5J2U A; 2Y4U A; 3JAL A; 2B1G A; 4XDJ A; 4CS3 A; 1S72 V; 4JI5 B; 4UCR A; 5LA6 A; 1FPO A; 4XDK A; 3PN1 A; 5FNV A; 3IFX A; 2XND G; 1G8M A; 1SRY A; 3CS5 A; 5IYZ B; 3A0H Z; 3JAT A; 2DOS A; 5B3S B; 4B3M B; 1H38 A; 3WB2 A; 4DR6 B; 3LDC A; 4FLU A; 1P49 A; 1VF6 C; 5GON A; 5H2F Z; 4NYK A; 1VQP V; 2V7Q G; 3JD3 A; 3MHH C; 4JZ2 A; 4J7J A; 1OCZ C; 2BE3 A; 5B1N A; 5GTI Z; 3KCX A; 1YIT V; 4Q6G A; 2L6L A; 4JI6 B; 5H6Q A; 2XUM A; 3RVY A; 1I0H A; 4DV1 O; 2IH1 C; 1E79 G; 1GN2 A; 2JJ1 G; 3SJA C; 1TUE B; 4GX2 A; 3QVN A; 3T1H O; 4TQD A; 2NNU A; 4LNU B; 2HG5 C; 4DRX A; 1K9M W; 3E86 A; 1BE3 H; 1JJO A; 1US6 A; 2NR5 A; 2Q67 A; 1H2M A; 1R3K C; 3WFV A; 3M7M X; 2A06 H; 4ICG A; 4IHJ B; 3CCU V; 1Y4M A; 5LOV B; 4FIP C; 1E1R G; 3QTC A; 5JWP A; 5KHI A; 1IBK B; 1XRE A; 1ZLZ A; 1JFF B; 1XMO O; 1WB8 A; 4DYL A; 3J80 N; 2ZE8 A; 2M6Y A; 4GKJ O; 2AHZ A; 1F23 A; 1BS3 A; 1L0L H; 5CBG A; 2FL4 A; 5LMU O; 4RAI A; 4LFA B; 4RUE A; 3E8H A; 4GT1 A; 4YJ3 B; 4YJ2 A; 3LDE A; 1H2G A; 1W2B U; 3UCS C; 4DV5 B; 1W0K G; 3BEH A; 5DED A; 2IH3 C; 2EIM C; 1OCZ B; 2VWJ A; 1YDX A; 2P67 A; 4WF9 V; 3CC7 V; 4NTW A; 3H1K H; 3K59 A; 3F5T A; 5ITZ A; 4J9Z B; 4C7U A; 3CRC A; 4PDM A; 3F5W C; 3JAR A; 4LBE C; 3ZN1 A; 1VQK V; 4FK5 C; 1SET A; 2W6J G; 4LFC O; 2LO1 A; 4UCS A; 3JAW A; 1Y66 A; 4JI3 B; 5JVD B; 1K5S A; 4JAU A; 5KAI Z; 2UUC B; 1G6U A; 3B40 A; 1WPB A; 3HKB A; 4ASU G; 4W4L A; 1S0V A; 3DGE A; 4MVU A; 1XHZ A; 3K57 A; 4DR2 B; 3RN4 A; 5KAF Z; 2CTQ A; 2GTS A; 3CRR A; 1GN4 A; 2HFE C; 2ILM A; 1ZL8 B; 2WWW A; 4J80 A; 1D5N A; 4U3J B; 3P3P A; 4ZOL A; 3AG4 C; 1EBO A; 2CGN A; 4G27 B; 3KG2 A; 3BPZ A; 3DXR A; 3AG1 C; 2EBO A; 2WPD G; 4QE9 A; 2ZR3 A; 1FS0 G; 2PUS A; 1AI4 A; 1XNR B; 2EIM B; 4X64 B; 3MD0 A; 3APO A; 4O4L A; 3RYH B; 5BR8 B; 3G4S V; 1GN6 A; 3LSS A; 5L3F A; 4F6E A; 2DMX A; 1R3L C; 2W0F C; 3AK2 A; 3IC7 A; 5E79 Z; 4I4T B; 3UM7 A; 4D7S A; 3DSQ A; 2QWP B; 2CE4 A; 3RYI A; 1Q43 A; 3JD0 A; 4KHP B; 2RMK B; 4DV6 O; 2QM4 A; 4DUZ B; 3SJC C; 2Q8V A; 5EYP B; 5IE9 A; 2X6C A; 3P3N A; 1XOU A; 4FM0 A; 4X8A A; 4R7C A; 2WLH A; 3E22 A; 2Q68 A; 3CJH A; 5A2Q N; 5IDJ A; 3OTO O; 2CTR A; 1XMQ O; 2YID A; 1FXV A; 3ZRW B; 5LHI A; 3RYC B; 4TT3 G; 1VQ8 V; 3I5D A; 1S5J A; 1OJH A; 3ETQ A; 4BIO A; 3AG4 B; 1SS3 A; 4P9O A; 3HKE A; 3AG1 B; 4ZHQ B; 1VQ5 V; 1BMF G; 1QU7 A; 4FLV A; 3E8F A; 1LUV A; 4DV1 B; 2LW1 A; 4DV2 O; 4DW0 A; 2QDO A; 2MW2 B; 5KX5 A; 1SF9 A; 4JI7 O; 4DR5 O; 3T1H B; 5CA0 B; 1FYJ A; 4AI8 A; 5CBF A; 3K04 A; 1G4Y B; 2LP7 A; 3AK1 A; 1TAE A; 2YIC A; 3ZIA G; 4LF9 B; 4X1Y B; 4U7N A; 3SPI A; 4X88 A; 5KHH A; 4FLZ A; 2IBZ H; 3JAL B; 2WLK A; 2OIG A; 4P9P A; 1S77 D; 4OGQ B; 1GO3 F; 1ARO P; 5LGN A; 2AZ0 A; 4JI8 O; 5JQG B; 5LA6 B; 5IYD O; 4B3T O; 4LF7 O; 4GKJ B; 3CXC U; 3B8N A; 5FNV B; 1F4M A; 1QCE A; 2BOB C; 5LXT B; 2E75 B; 1N36 B; 1IUR A; 3ETG A; 4IGG A; 3BAB A; 5C93 A; 2E5L O; 1MZE A; 1Q6I A; 2WLM A; 3JAT B; 3ZHT A; 5LMU B; 3OR6 C; 4RQE A; 1AI6 A; 2N04 A; 5GON B; 2CTW A; 3OEH G; 2Z3Y A; 3T1Y O; 4LNU A; 2ZDI C; 1Y74 B; 1P4R A; 1XUQ A; 4MVQ A; 4MSW C; 4GX1 A; 1VQ4 V; 4LP8 A; 4IHJ A; 2Q6A A; 5LOV A; 3S3W A; 1P84 F; 2DWE C; 4JYA B; 2DN9 A; 4F6R A; 1FKA O; 4DRX B; 4WCE V; 1PNM A; 1KBH A; 2XAG A; 3L75 H; 1JFF A; 3QF7 A; 3TGU H; 4LFC B; 2B5U A; 3RVZ A; 2CGO A; 4BIZ A; 4MW8 A; 4MTG A; 2F43 G; 4UB6 Z; 1GM9 A; 2IM9 A; 4I0X B; 2EIL C; 2W0X A; 2Q9L A; 1PV0 A; 2Q69 A; 2OCH A; 2A7W A; 4J42 A; 2QJ1 A; 1VF6 A; 3SPG A; 2VS0 A; 1JOY A; 1I94 B; 1I7F A; 1AJP A; 2DJV A; 1SES A; 4DR3 O; 5B1O A; 4X62 O; 4O4I B; 3OMN B; 1YEW A; 3U11 A; 2P7T C; 1HDJ A; 4LF6 O; 3ZHU A; 5B1B C; 3TXQ A; 2VWK A; 4EFB A; 1SQB H; 3L74 H; 3EHB B; 3FFQ A; 3IAY A; 1PD3 A; 1SQQ H; 5JVD A; 2JK5 C; 2UU9 B; 1VQ6 V; 3SYQ A; 1NH2 D; 5K1X A; 1J5E O; 4KFM A; 2LGW A; 2JS3 A; 1KKC A; 4UV8 A; 3MAQ A; 1VQO V; 4X9Q A; 3J7A U; 2N05 A; 4K3A A; 3CHX A; 1RM1 C; 1FXH A; 4DV6 B; 3E2E A; 4B7K A; 1ZL8 A; 2WAM A; 1WP7 A; 1YCI A; 4JV5 B; 3JD1 A; 1L1F A; 2QKA A; 1JPX A; 2EIL B; 1RPO A; 4BR6 A; 4LH6 A; 1JVM A; 1CPY A; 5K1P A; 2AW9 A; 1PNL A; 1M4U A; 1VAR A; 4L8J A; 2ODM A; 1SQX H; 1BT8 A; 3TJT A; 4TUY A; 3ZMS A; 2AZ2 A; 1XMQ B; 1QLN A; 1FD9 A; 1XNQ O; 3CRM A; 3NXS A; 4WFB V; 4IYH A; 4ZOL B; 3RYH A; 1JJ2 U; 1SKV A; 4AHC A; 4JTC B; 3FB7 C; 1M57 C; 4JPR A; 4YIO A; 1JX9 A; 5B1B B; 1RPR A; 3GVM A; 2PZS A; 1AVM A; 2WLI B; 1N0J A; 5H5N A; 5CN0 A; 2MK3 A; 3T4Z A; 4DV2 B; 2QM8 A; 4D7T A; 1I08 A; 3K0D A; 4X1K A; 3K0G A; 4CH5 A; 3W7X A; 4DR5 B; 4CBC A; 4JI7 B; 3EFF K; 4DV0 O; 1R6N A; 4D6T H; 3R66 A; 2Y0P A; 3OGI B; 3WB0 A; 1J95 A; 4NKG B; 1W59 A; 1MSD A; 2IU0 A; 2K1E A; 3S3X A; 3AEI A; 2Y48 A; 3BVO A; 4KUM A; 2KB1 A; 1NTM H; 1ZSP A; 2IJH A; 2GUZ B; 4GZR B; 4PA6 A; 3E22 B; 1PPJ H; 4ZI7 A; 1VIB A; 3ASN C; 5H6R A; 2GTA A; 4JI8 B; 4JI2 B; 2ADP A; 2Q7G A; 1D2D A; 4B3T B; 3K9A A; 2GV9 A; 4HYO A; 1KC8 W; 4LF7 B; 2R72 A; 2Z0A A; 3K58 A; 2JJ2 G; 4JYC A; 2PI5 A; 1BQ0 A; 5J2T B; 3ASO C; 4I50 B; 3QG5 A; 2E5L B; 4UV9 A; 4DO2 A; 3RW0 A; 4B3R O; 3T1Y B; 1M57 B; 2FKX A; 3HKE B; 5DM6 V; 5CA0 A; 3CB2 A; 1LUW A; 3P30 A; 2BTQ B; 4K0K O; 1WJZ A; 2UXB O; 2XAH A; 5LHG A; 4B08 A; 4GLX A; 3CWB H; 2ZXW C; 4JAV A; 4X1Y A; 3AG3 C; 2QWO B; 3CCE V; 5JJJ B; 3O65 A; 2P06 A; 2UUB B; 4PV1 B; 2PF4 E; 3SYO A; 3EVK A; 3SYA A; 3VQY A; 2YS8 A; 3W7T A; 1AR5 A; 1RFY A; 4UCV A; 1MNG A; 3A8T A; 5JQG A; 4FM2 A; 1EM1 A; 1GN3 A; 1XEQ A; 3ZMU A; 2UXD O; 2YXL A; 3OMI B; 2QKC A; 5KHK A; 5LXT A; 4CZZ A; 4UCT A; 2IJI A; 1EZJ A; 2PYJ A; 3ASN B; 1YJ9 V; 1Y74 A; 5JCO C; 5C8Y A; 2EZP A; 4WFG A; 4DR3 B; 4GYC B; 2HVJ C; 2WLL B; 1BSM A; 3E89 A; 3ASO B; 1SC5 B; 5EZY B; 1WNS A; 5F2V O; 1EN5 A; 2CTP A; 2X7R B; 4PA9 A; 3D8C A; 1PM9 A; 4E4E A; 5LL6 Y; 1FXK C; 2D3O W; 2XOK G; 5KMG B; 1R73 A; 3ETE A; 2EIN C; 4GX0 A; 3IGA C; 3AG3 B; 4I0X A; 2IJJ A; 5EK0 A; 4UCU A; 1HR0 O; 5IYC O; 3NR7 A; 4A5U B; 4F6R B; 2ZD9 A; 2FML A; 1IBM O; 2JRI A; 4RQF A; 2P6J A; 1KEC A; 1X4T A; 5JJN B; 1HNX B; 4QNH B; 5EBW C; 2OYQ A; 4LF4 B; 2Q0A A; 2LFR A; 2ZE6 A; 4N21 A; 4O4I A; 3HB3 B; 4DXW A; 4GX5 A; 4JYB A; 4YIP A; 1TGO A; 3A2F A; 3BFR A; 2UUA O; 1SZT A; 2ZDI A; 3IJ4 A; 4MVM A; 1MA1 A; 4UVA A; 2OTL V; 1XNQ B; 3JD2 A; 1IXB A; 3LUT B; 2JGD B; 3SJB C; 3L70 H; 5LMN O; 1VF5 B; 4LR3 A; 2V4D A; 1I5Y A; 4NXN O; 2ZKO A; 2JS5 A; 3O9O A; 2HJD A; 4JI4 O; 4MVZ A; 2A9H A; 2X0L A; 1H2K A; 3H1J H; 1FXK B; 3SYC A; 4PDL A; 4PEL A; 5FPO A; 4WFE A; 2EIN B; 5EIB C; 3CE2 A; 1H2N A; 1JCH A; 5EBM C; 1YIJ V; 2AGA A; 5CA1 A; 3OE7 G; 1Q3E A; 1YI2 V; 3TCU A; 1AI7 A; 5JH7 B; 2KG7 B; 3VQW A; 5KLV H; 4X89 A; 1N32 O; 1Y67 A; 4I5S A; 4YY3 O; 4NTX A; 3I56 V; 5DN6 G; 1EZV H; 1WLE A; 1M93 A; 1YXB A; 3L73 H; 4TUY B; 4UUJ C; 4GKK O; 2WLI A; 3B8M A; 1V54 C; 4J41 A; 4LCU C; 4UFZ A; 2YIB A; 1Z5V A; 2A79 B; 3IC9 A; 4B3R B; 3C3T A; 2F95 B; 2WLN A; 4NVP A; 1OV9 A; 2ITD C; 2ARH A; 2OCC C; 4K0K B; 2F23 A; 1M5I A; 3HKC B; 4CS4 A; 1QLE C; 3B4S A; 3BCC H; 5FL7 G; 4R6Z A; 2GHY A; 2IW5 A; 2JEX A; 3UO3 A; 5B66 Z; 4G2K A; 1SQG A; 4RO2 A; 3CSX A; 4X1K B; 2LW7 A; 1IBL O; 2GUZ A; 4PI0 A; 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5IWA O; 2R9I A; 1MAB G; 3Q4H A; 3HKD B; 4MTF A; 4UXN A; 1B04 A; 2QSA A; 4NXN B; 1HWY A; 4H37 A; 4DK1 A; 1OZ0 A; 1A32 A; 4JI4 B; 4Z1V A; 4OX9 O; 4DR7 O; 3H01 A; 4DV3 O; 4WBN B; 1AP6 A; 1K92 A; 1NS1 A; 3UQ8 A; 4I55 B; 3SJQ C; 2OTJ V; 3CCJ V; 2Q0O C; 1NH2 B; 2DE0 X; 2P4V A; 3ABK C; 2GBO A; 3ABL C; 1V55 B; 3ZHR A; 5CB4 B; 1Q86 W; 2HP8 A; 1YTF D; 5JCO A; 1N32 B; 1PP9 H; 1QR8 A; 2JGD A; 3K9S A; 2NLJ C; 5IJ9 B; 4H13 B; 3G80 A; 2KQX A; 3KKY A; 1IXM A; 1YSC A; 2P4K A; 2BTO A; 3CCV V; 5JJE B; 1YVW A; 4GKK B; 4CH4 A; 5IY5 B; 1NJI W; 1M1K W; 1ZUQ A; 1FXK A; 4J9Y B; 4JI0 O; 3B77 A; 1KKD A; 3E83 A; 2ETN A; 3SYP A; 3E8B A; 2Q7H A; 3RT3 C; 2JEU A; 4AIL C; 1YJN V; 1K8A W; 1URF A; 2ITC C; 3T2M A; 4EEQ A; 2XT9 A; 3FKS G; 5JH7 A; 3LNN A; 3MHS C; 2KG7 A; 3K5O A; 4H44 B; 4MVS A; 3ZMV A; 1KD1 W; 2HHH O; 3AK3 A; 1OCR C; 1NVP B; 5HFM A; 2RN9 A; 1IBK O; 2HLD G; 2DYR C; 1M9N A; 1Y76 B; 2CH7 B; 1N34 B; 5CA1 B; 1KP3 A; 3ABM C; 1XDC A; 5EC1 C; 2OIE A; 1OCC C; 3ABK B; 3ABL B; 3OTO B; 3ZHS A; 4R50 A; 4FLY A; 1U97 A; 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