The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
46
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structure length |
46
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Chain Sequence |
SNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription/dna
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| molecule keywords |
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*C)-3
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| publication title |
Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
18
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| structure length |
46
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| sequence length |
46
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HR3 A; 3BY6 A; 2WAM A; 1S3J A; 3W7S A; 1NH2 B; 3W7X A; 5CA3 A; 3W7T A; 3W7W A; 1RM1 C; 5GW7 A; 3D3I A; 4HAM A; 2P90 A; 1YTF B; 3E35 A; 3W7U A; 3IC7 A; 1NVP B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2UXB O; 1E1R G; 4I9W A; 4UCR A; 4WFB V; 2Q0A A; 2OIE A; 5B1N A; 2OWO A; 2CH7 A; 4RUE A; 1FXK A; 3CRR A; 3CCR V; 1F7Y A; 4FLX A; 2VQF O; 1MZE A; 5IWA B; 3BRC A; 4MVR A; 1M4U A; 1OCR C; 1IXB A; 1R6T A; 2LW1 A; 3E35 A; 2VQE O; 2QSA A; 2Y48 A; 2UXC O; 3LSS A; 3LDE A; 3W7S A; 4MVQ A; 3K79 A; 4NKG B; 1M5I A; 3RT3 C; 4GYC B; 4O2B B; 4Z2W A; 5GON A; 5B1B C; 4JAA A; 5J2U B; 1VQO V; 1VQ9 V; 2OTJ V; 2O57 A; 3L70 H; 5H9C A; 4PA4 A; 4I50 B; 4JYA B; 1VQP V; 4DR3 O; 2ZR3 A; 4MVM A; 3L74 H; 4QE7 A; 2OCH A; 2E3C A; 4KUM A; 4JI4 B; 5JWP A; 3ABK B; 3JSL A; 3SJB C; 3CEI A; 2ZNI A; 4JAS A; 3HKE A; 5IT9 N; 3F5T A; 4MVO A; 4JTA B; 1IBM B; 2QWO B; 3MAQ A; 1H2K A; 4MVS A; 1P7G A; 5LA6 A; 2KG7 B; 1KB9 F; 2DQ3 A; 3RGB A; 5BZB A; 2RDC A; 1GAX A; 2Z5U A; 4K8Z A; 4JI2 O; 3JAT B; 1L0L H; 3E86 A; 3FFQ A; 1NH2 D; 4LFB B; 1VQK V; 4U3J A; 2BE3 A; 2V7Q G; 1NVP B; 3RYI A; 4GKJ B; 3E83 A; 2BOB C; 4JI6 O; 2WLK A; 4YJ2 A; 3O9O A; 4TT3 G; 2ITD C; 1ORQ C; 3JAL B; 3OW2 U; 5ITZ B; 5CN0 A; 2Q7E A; 3B40 A; 4JYB A; 3CP1 A; 1D5N A; 3OMN B; 4N23 A; 3ABK C; 2A3Q A; 5EBM C; 3AG1 B; 1L1F A; 3A0R A; 4NB5 A; 1VAR A; 4LNU B; 4WBN A; 5CBH A; 1MMM A; 1QU7 A; 4LR3 A; 2F4V O; 4U7O A; 5JVD A; 1S76 D; 5FPO A; 2DWD C; 3E22 A; 3ASO B; 2N04 A; 2X7R B; 3BA8 A; 3T1H B; 2CDY A; 3GWK C; 4UUJ C; 4DXW A; 2XTA A; 2JRI A; 4DK0 A; 2DOS A; 2PY5 A; 3JD0 A; 4QIW F; 3BFR A; 4RQE A; 1PPJ H; 4D7S A; 1VMG A; 5KHH A; 4EFB A; 2D3O W; 5IJ9 A; 4K0K O; 1YJ9 V; 3OTO O; 4I4T B; 2UXD O; 2ZQM A; 3ZRX A; 2F95 B; 1FXH A; 5GTH Z; 3ZRS A; 4PDR A; 1K5Q A; 1DGS A; 1WLE A; 1OCC C; 2X6A A; 2DMX A; 4WCE V; 3FAV B; 4DR1 O; 3X2Q C; 4O4H A; 1ZWI C; 4DV3 O; 1J95 A; 5JQG B; 4P30 A; 3QO5 A; 2NLJ C; 4JV5 O; 3J80 N; 3T1Y O; 2XHB A; 1WP7 A; 3RYF A; 4I55 A; 3IFX A; 1RM1 C; 2V4D A; 4UV8 A; 4CH5 A; 1EFR G; 4ICG A; 2Q68 A; 4LF4 O; 1SQX H; 2HR3 A; 2ZIN A; 4TUY B; 4PI0 A; 1P4R A; 1TUE B; 5EYP B; 3ASN C; 5LOV A; 2XUM A; 1FFX A; 3L75 H; 3BVO A; 5IJ0 B; 1B06 A; 1JPX A; 3WB1 A; 2A06 H; 4LWS A; 2ZIO A; 4LCU C; 2IW5 A; 2Y0I A; 3JAK B; 3UKM A; 3TK1 A; 2HJF C; 4DR5 O; 4KP4 A; 1I0H A; 1SET A; 2EUL A; 3ETG A; 1THZ A; 1QR9 A; 1XI1 A; 1Q7Y W; 1XNR O; 5CA3 A; 5BR8 B; 2PZS A; 2Z3Y A; 2CTQ A; 3BHP A; 3OR6 C; 1PNM A; 4BIZ A; 1G4Y B; 1M9N A; 3J7A U; 2FYU H; 1K73 W; 1YF2 A; 4DO2 A; 2AHY A; 1AB3 A; 3FKS G; 3N2K B; 4UB8 Z; 1M57 B; 5EIB D; 4J80 A; 1FPO A; 1SQQ H; 2F93 B; 4DK1 A; 2IJH A; 3JD2 A; 4QPK A; 4AQY B; 1BQ0 A; 3ETE A; 4F6R A; 5F2V O; 2MW2 B; 4O4L A; 1MSW D; 2HKO A; 4X65 B; 2AW9 A; 2QKC A; 3ABM C; 4CBC A; 1Y74 A; 1R1B A; 4B3M B; 1K9M W; 3FB7 C; 2Q69 A; 4FFB B; 4YY3 O; 2UUC B; 3CCV V; 3AG7 A; 2Q8V A; 4B3S B; 1GTO A; 2UUB O; 3C3S A; 3JCU Z; 2Q7G A; 3SGI A; 4LH6 A; 5JCO A; 1PV0 A; 1R3I C; 1I7F A; 1IBL O; 2P90 A; 1HNW O; 3AG4 B; 5LP6 A; 3CRQ A; 1K33 A; 1RSO B; 2Q4P A; 3DXR B; 3SR2 C; 2YI8 A; 3DSQ A; 3P3P A; 3JAR A; 4LBE C; 5L3D A; 5J2T B; 2JGD B; 4MTO A; 2UXX A; 3K06 A; 1HDJ A; 1EZV H; 4OPA A; 3RBZ A; 1M57 C; 2ZE6 A; 5CA1 B; 2FTK A; 3Q4H A; 4WF9 V; 3P3N A; 4IL6 Z; 3B2E E; 3IAY A; 3R65 A; 2PYJ A; 2WPD G; 2XOK G; 4YIP A; 1QLE B; 3CCU V; 4NYK A; 3VQV A; 3FYE B; 3ZMZ A; 1GMG A; 5L3G A; 1NBM G; 1Q90 D; 4PJ0 Z; 2GV9 A; 1KC8 W; 2QWN B; 4DV4 O; 4LFA O; 4KXR A; 2AGA A; 1NTK H; 5IYB O; 4QNH B; 1H8H G; 3KCX A; 4B3T B; 3F7Y C; 1R6N A; 1FAF A; 3TXS A; 4X64 B; 2FL4 A; 5C8Y B; 3ZHT A; 1I5Y A; 1MSD A; 2N74 A; 5K1P A; 2D2C B; 2QE7 G; 5L3F A; 1KKC A; 2DYR B; 4Z1M G; 1OCZ C; 3CWB H; 5KAI Z; 3VQY A; 1H2S B; 4NR1 A; 3UT5 A; 1SC5 B; 1AVM A; 1N33 B; 1SES A; 4UVB A; 2GTS A; 1K97 A; 1SRY A; 2WLL A; 4FZ0 A; 5LMN B; 2YUA A; 4WFA V; 3S3X A; 1VQ4 V; 2EX3 A; 3OR7 C; 3JD1 A; 3N2G B; 4DV0 B; 2PI5 A; 1XUQ A; 5IYZ A; 5JJN B; 4FLW A; 3S3W A; 1PP9 H; 1LUV A; 4X1I B; 5IE9 A; 1SZX A; 4LF5 B; 2XND G; 4X1K B; 3VQW A; 5KX5 A; 3I55 V; 2A9H A; 2DYS B; 3HKD B; 3BAB A; 3ZHV A; 4BWA A; 1EN6 A; 1Q6H A; 1GM8 A; 3VQX A; 4IHJ B; 4H13 B; 4GX5 A; 3K03 A; 3O65 A; 5EZY B; 1EM1 A; 5IDJ A; 1GN6 A; 4KHP B; 3HKB B; 4EB6 B; 1S5J A; 3L71 H; 3IC7 A; 2WLI A; 4CH3 A; 3RW0 A; 1U96 A; 1GN4 A; 4DRX A; 2G38 A; 1XL4 A; 4JI1 B; 5JCO C; 1CPY A; 2QTO A; 3M99 B; 4FVM A; 4UCO A; 2Y4U A; 5LP6 C; 1AR4 A; 1H8E G; 3SPJ A; 3U11 A; 3TET A; 2P06 A; 4KFM A; 5LXT B; 2QM8 A; 1M90 W; 4FM1 A; 1P84 F; 2YC0 A; 3IGA C; 2XAS A; 3ETQ A; 2JEX A; 1OCR B; 4DUZ B; 5KHI A; 5BMV A; 4FFK A; 2EJR A; 2JEU A; 2RJZ A; 3BAA A; 4LC1 A; 2N05 A; 5LMU B; 1SA0 B; 4HAM A; 2ZIM A; 4EKW A; 4WFE A; 2DN9 A; 3LNM B; 4NXM B; 4ZOL B; 2DWE C; 2YXL A; 2BTQ A; 2W6I G; 1Y76 A; 3D36 A; 5B1B B; 2H94 A; 1AR5 A; 3JYC A; 1J5E O; 3F7V C; 2JS3 A; 1XRE A; 1S77 D; 4PHZ A; 4O2B A; 3H01 A; 1SER A; 1FYJ A; 3CXH F; 4U3F H; 3MDS A; 2K9P A; 1RPO A; 4X62 O; 3H9V A; 2B1G A; 1AI7 A; 1ZL8 B; 1JA8 A; 2ZE8 A; 4J42 A; 2XAQ A; 2A0L A; 4TV9 B; 4DV5 O; 4YHH O; 4IGG A; 2UXN A; 5C93 A; 3ML0 A; 1S72 V; 1AR1 B; 5KMG B; 4IIJ B; 1K7D A; 4N21 A; 3ZHR A; 1V55 C; 5KHK A; 3LNN A; 1BGY H; 3D3I A; 5JJJ B; 3K3W A; 5EK0 A; 5EBL C; 3ZRW B; 1PD3 A; 4DV6 B; 2Z0A A; 1JVM A; 3JD3 A; 1MOF A; 5L3E A; 3BY6 A; 2EIM B; 4B7E A; 2CAZ C; 4DR4 B; 4B3R B; 1YHQ V; 3JAT A; 1N36 B; 4LF6 O; 1O9G A; 3SYC A; 1BS3 A; 1WNS A; 1LR1 A; 3EFF K; 4LF7 B; 3JAW A; 2P5O A; 4RQF A; 2JVD A; 4IYI A; 3AEI A; 4JZG A; 4TV8 B; 4JYY A; 2HVJ C; 4JI8 B; 3CC2 V; 3LDC A; 2X0L A; 2WA3 A; 3NXS A; 2UUA O; 1JMK C; 1JFF A; 3K5L A; 5CB4 B; 3E8F A; 4UCS A; 4J7J A; 1I08 A; 4JI0 B; 3K9A A; 3MHS C; 4DR6 B; 1I94 B; 2GSM B; 5FLX N; 4B7K A; 4UB6 Z; 2HLD G; 3ABT A; 1IVS A; 4DR2 B; 4JTC B; 2H3O A; 3RYC A; 1WA8 B; 3EXA A; 1PNL A; 1IBK O; 4LF9 B; 4DW1 A; 3CHX A; 2X6C A; 3FB8 C; 3CPW U; 2YIA A; 1RPR A; 5HFL A; 1AJP A; 3W7X A; 2QJ1 A; 4O4I B; 2B9Z A; 4DV7 B; 1FXK B; 2UU9 B; 2QM4 A; 3A0B Z; 4AIL C; 2QDO A; 1MNG A; 2EIM C; 4FLU A; 1X4T A; 2JDI G; 2HHH O; 1H2L A; 2C2A A; 4LP8 A; 2IJI A; 4RAI A; 2B5U A; 5H5N A; 1YJW V; 3QG5 A; 4B08 A; 4J11 A; 2PI4 A; 5GW7 A; 4LFC B; 1Q81 W; 1TVK A; 3DGE A; 1GH6 A; 2EIN C; 1JCH A; 5GON B; 3FYI B; 1Y67 A; 1VF5 B; 1OCC B; 1JOY A; 2LGQ A; 4ZI7 A; 2OIG A; 2R9A A; 2P4K A; 3X2Q B; 1N8R W; 1OZ0 A; 1YEW A; 3AK3 A; 4MTG A; 2M6Y A; 2E5L B; 2BCC H; 4FLZ A; 5D5Q A; 2UXB B; 1KKD A; 1R6K A; 4OPH A; 3JAS A; 4FK5 C; 3HKE B; 5JQG A; 2DQ0 A; 1RM1 B; 2YEV B; 4J9Y B; 1AI4 A; 5LA6 B; 1ZUQ A; 3ZMS A; 1FXK C; 1ZTE A; 5KA6 A; 2VQF B; 1KBH A; 5EIB C; 1NT2 B; 4JI7 B; 3LUT B; 1ENV A; 4K3A A; 3ASN B; 3PN1 A; 2VQE B; 3IC9 A; 2WLM A; 4ZHQ A; 1FKA O; 1L8D A; 4OXS A; 4AI8 A; 3L73 H; 4U3J B; 3HKC A; 1VQ7 V; 2IM9 A; 3ABL C; 3RYI B; 2IJK A; 1V9P A; 5CBF A; 2GBO A; 4MS2 A; 2UUC O; 2ZDI A; 4DV1 O; 3PJS K; 2CK3 G; 5B3S C; 1QVF U; 4JI5 B; 2P67 A; 3JAK A; 1LNQ A; 2H8P C; 5L3C A; 3R66 A; 2YDE A; 4XDK A; 3WU2 Z; 4O4J A; 1Y66 A; 1FD9 A; 1HW7 A; 3E8B A; 2EIL C; 1YTF D; 1SQV H; 2E74 B; 3CMA V; 3ZMU A; 4WBN B; 4GZR B; 5E1A C; 5JVD B; 1KU9 A; 3EHB B; 2VS0 A; 4O2A A; 4FZ1 A; 1BQZ A; 2WLH A; 1Z2G A; 1HR0 B; 1QNM A; 3DC5 A; 3QTC A; 1AI5 A; 1EZJ A; 2Q6A A; 1XOU A; 3F5W C; 3ABM B; 3CJH B; 5EC1 C; 1M56 C; 2A7W A; 4JI2 B; 3ETD A; 1OV9 A; 3RYH A; 5FPR A; 2Y4T A; 2ZM6 O; 3TJT A; 2AHZ A; 2OTL V; 1NU1 H; 4GX1 A; 2DE0 X; 4H0L B; 4JI6 B; 1K4D C; 3P30 A; 3SPH A; 2ZXW B; 4MT8 A; 5IJ9 B; 1XMQ O; 1N34 O; 4UXN A; 2Q73 A; 3ZX6 A; 5H2F Z; 2ODM A; 1PKX A; 4QJF B; 4PV1 B; 2OT5 A; 2ATK C; 1JX9 A; 1QQC A; 1XBL A; 1FXV A; 1KMI Z; 2ZE7 A; 4C7U A; 4JYC A; 1W0K G; 5KHG A; 2HVK C; 4X64 O; 4DUY B; 2Q7H A; 4O4H B; 3DXR A; 5IY5 C; 1IUR A; 4P9P A; 3GB7 C; 1SQB H; 2K1E A; 2F4V B; 1N33 O; 4DR7 O; 3CC4 V; 1ROP A; 4PA7 A; 3SPC A; 1WJZ A; 3KKY A; 1UPG A; 1COW G; 1BHA A; 3RYF B; 3OAA G; 3ZHQ A; 1FFT B; 1AI6 A; 1TUB A; 4FIP C; 2ARH A; 5BXZ A; 4D6T H; 2AXT Z; 4D7T A; 4RO2 A; 2BOC C; 2ZD9 A; 4DV0 O; 3SYA A; 5EC2 C; 2FB5 A; 3QO7 A; 2ZT9 B; 1N32 O; 1NS1 A; 1BL8 A; 4WFF A; 2XAF A; 3CE2 A; 2EIJ B; 3B77 A; 2JS5 A; 1IX9 A; 3A8T A; 1NVP D; 1GN3 A; 3K57 A; 2GUZ A; 1A32 A; 3AG2 C; 2ZXW C; 3K0G A; 2UXD B; 4X1Y B; 1VF7 A; 4JF3 A; 4RUF A; 4LWS B; 1K8A W; 5LGU A; 3CCJ V; 4W4L A; 1JQ0 A; 2RQ6 A; 5FNV A; 1NR1 A; 4NTW A; 3ZRV A; 3TGU H; 1OCZ B; 4MSW C; 2B1I A; 1PM9 A; 4XDJ A; 4DR1 B; 1WB7 A; 5C8Y A; 1VF6 A; 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