The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
238
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structure length |
238
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Chain Sequence |
MRLEFSIYRYNPDVDDAPRMQDYTLEADEGRDMMLLDALIQLKEKDPSLSFRRSCREGVCGSDGLNMNGKNGLACITPISALNQPGKKIVIRPLPGLPVIRDLVVDMGQFYAQYEKIKPYLLNNGQNPPAREHLQMPEQREKLDGLYECILCACCSTSCPSFWWNPDKFIGPAGLLAAYRFLIDSRDTETDSRLDGLSDAFSVFRCHSIMNCVSVCPKGLNPTRAIGHIKSMLLQRNA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and computational analysis of the quinone-binding site of complex II (succinate-ubiquinone oxidoreductase): a mechanism of electron transfer and proton conduction during ubiquinone reduction.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
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| molecule tags |
Oxidoreductase/electron transport
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
58
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| structure length |
238
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| sequence length |
238
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| ec nomenclature |
ec
1.3.5.1: Succinate dehydrogenase (quinone). |
| pdb deposition date | 2005-07-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF13085 | Fer2_3 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
| B | PF13534 | Fer4_17 | 4Fe-4S dicluster domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 | Alpha-helical ferredoxin | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2W3R A; 2E3T A; 1VJK A; 1QOG A; 2PVO D; 4YSY B; 3AE9 B; 1QLB B; 1PUT A; 2HTM E; 2M56 B; 3VRB B; 5EE9 A; 1A70 A; 4C80 A; 4YSZ B; 2JX5 A; 1FO4 A; 4ZOH C; 2W54 A; 3ZYY X; 1NEN B; 2H88 B; 1N61 A; 3W5U B; 1UWM A; 2H89 B; 3NVV A; 1J7C A; 1FFV A; 1FM0 D; 4FXC A; 3CF4 A; 3AE4 B; 5C3J B; 1QT9 A; 1T3Q A; 3AED B; 3HUI A; 2WP9 B; 3SFE B; 2L52 A; 2WDR B; 1JWB D; 1JAL A; 1N5W A; 1ZUD 2; 4JX1 C; 1XLN A; 5MPO A; 3HRD D; 1L6V A; 1H7X A; 2CJN A; 3FC4 A; 2KMM A; 2WQY B; 4HRO A; 1N63 A; 3AH7 A; 1JW9 D; 4KX6 B; 2OHF A; 3AEC B; 1JRP A; 3SFD B; 1AYF A; 4YTN B; 2WS3 B; 2EKI A; 3NVW A; 1V8C A; 2W3S A; 1NYQ A; 1YJJ A; 1E6E B; 1N62 A; 2N0S B; 3VR9 B; 3ABV B; 3AE6 B; 1FFU A; 1E7P B; 2WLB A; 4WQM A; 3W9C B; 3WCQ A; 1OQQ A; 1DOY A; 1QOB A; 3AEG B; 3NS1 A; 3VRA B; 1RFK A; 2BS4 B; 3KWL A; 5AUK A; 2WU5 B; 1KF6 B; 3RPF C; 4WWM A; 3P1M A; 2L83 A; 1KFY B; 2WDQ B; 1EWY C; 1YJI A; 1WXQ A; 3P4S B; 1FXI A; 2DBY A; 2JQR B; 3CWI A; 4ZHO A; 2WDV B; 3AEA B; 1PFD A; 3AB5 A; 1XLQ A; 1J7B A; 5H92 C; 3P4Q B; 5EE3 A; 1VLB A; 4P6V F; 2MJD A; 1YQ3 B; 1ZOY B; 3SR6 A; 1L0V B; 4YTP B; 1DOX A; 2QJL A; 4LTU A; 3AE1 B; 1SF0 A; 1XLO A; 2W55 A; 4JWS C; 1QF6 A; 4ZHP A; 1FRD A; 1AWD A; 1N5X A; 2DWQ A; 3AE2 B; 1QOF A; 2MJE A; 3B2F A; 5G5G A; 1YQ4 B; 3AE8 B; 1CZP A; 3AE7 B; 3BII D; 4YTM B; 1DGJ A; 3CIR B; 2PKO A; 3DWG C; 1TKE A; 2CU3 A; 1SB3 C; 5GXG B; 4A9A A; 1N60 A; 3L4P A; 4US8 A; 2LEK A; 2BS2 B; 3AEF B; 5C2T B; 1WWT A; 1TKG A; 3AV8 A; 3P63 A; 3P4P B; 1RM6 C; 1L5P A; 1IUE A; 1NI3 A; 1XLP A; 2CJO A; 1GTE A; 1JRO A; 4US9 A; 1F0Z A; 2PVG C; 1NYR A; 1ZXI A; 1FMA D; 1ZP0 B; 2MJ3 A; 1FIQ A; 1QOA A; 3NVY A; 4IDI A; 3PO0 A; 1V97 A; 1E9M A; 1H7W A; 1FRR A; 2QIE B; 2Y5C A; 1NVI D; 4JWU C; 4C7Z A; 1JWA D; 5EE0 A; 1RYJ A; 3NVZ A; 1OQR A; 1CJE A; 3NRZ A; 2K22 A; 3LXF A; 4YXD B; 1XO3 A; 1GPX A; 2G1E A; 1OFF A; 1R7S A; 1VDV A; 2FBW B; 3AE5 B; 3AE3 B; 3AEE B; 1J7A A; 3B2G A; 3AMZ A; 1FXA A; 3FAH A; 1JQ4 A; 5G5H A; 2AX5 A; 2BS3 B; 1RWS A; 2M19 A; 3AEB B; 2Q5W D; 3VR8 B; 5AUI A; 3W5V B; 1DOI A; 3B9J A; 4USA A; 4ITK A; 2MH7 A; 2BT6 A; 3EUB 2; 3ETR A; 1L6U A; 3HVZ A; 5EE1 A; 2KAJ A; 1KRH A; 4YT0 B; 4N59 A; 2K9X A; 4HRS A; 4YSX B; 3AM9 A; 4C7Y A; 1GT8 A; 1TJE A; 1E10 A; 3P4R B; 1TYG B; 2ACZ B; 1I7H A; 1WYG A; 3DWM A; 1NEK B; 1GAQ B; 1TKY A; 2K5P A; 4N58 A; 4N6E B; 1ROE A; 2PIA A; 3AN1 A; 3LB8 C; 1PDX A; 2WU2 B; 1E0Z A; 5H8Y E; 1B9R A; 1SIJ A; 2B76 B; 1WGK A; 1WRI A; 1GTH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RNA A; 2PVO D; 3C19 A; 4S17 A; 3P2B A; 2OJR A; 3ZIM A; 4LJP B; 1WH3 A; 2JX5 A; 3ZTC A; 2CR5 A; 5FR6 A; 3U8Z A; 3A9K B; 4JLC A; 2H89 B; 1HTQ A; 1TBE A; 1JWS D; 1QT9 A; 4M8N A; 4EEW A; 1XXG A; 2DZI A; 3HVD A; 2Z0D B; 3QX1 A; 1VCB A; 2LAS A; 3SU8 X; 4EOY A; 2V3P A; 4ACF A; 5DPW A; 2EKI A; 2MBQ A; 3CMM B; 1AYF A; 4DXG A; 4EZJ A; 1E8X A; 2BYV E; 1DOY A; 4GLS C; 1QOB A; 3BK2 A; 3DBR I; 2DNF A; 2CKH B; 2B3A A; 4KV2 A; 3PRZ A; 3BYY B; 3L08 A; 4K81 A; 1TS5 A; 3IVF A; 1BXT A; 2LVO A; 2IGD A; 3VUY A; 5AEK B; 1E7U A; 1QF6 A; 1QOF A; 3OG5 A; 2J52 A; 3BII D; 2C7H A; 2IO2 B; 1OEY A; 4FUL A; 2ZVO A; 5C2T B; 1TKG A; 3PT2 B; 4RGN A; 2DHZ A; 1WRD B; 4P16 A; 4LNK A; 2RGF A; 1P7F A; 3N1Z C; 1GC7 A; 4NJ7 A; 2L32 A; 4MAC A; 1I4P A; 3O13 A; 3IT6 B; 3RT3 B; 1KOT A; 3B1L X; 4A90 A; 3AEE B; 3FAH A; 4MGY E; 1WMH B; 3PGE A; 5G5H A; 4A20 A; 4ITK A; 2JRI B; 1GJZ A; 3ETR A; 5KHO A; 4LNF A; 2N9E B; 2HDE A; 3DHH C; 2V4L A; 1IBX A; 2YLM A; 3RZF A; 3A4R A; 3DWM A; 4N6E B; 3CST A; 3RI7 C; 3MC0 B; 3IFW B; 3M95 A; 3WAO A; 2LGI A; 5BYQ A; 2HTM E; 2WXJ A; 3L10 B; 4LNN A; 4R3D A; 2W54 A; 2KTF A; 3ZNG C; 4IM2 A; 3KW5 B; 4E74 A; 3PLV A; 3JSV B; 4FAD A; 3EFC A; 1F9J A; 4URK A; 1Z5S B; 4GDL A; 3R7R A; 3HM6 X; 3ZRC A; 1XLN A; 2LVQ A; 4BBN F; 2G3Q B; 2N9X A; 1JW9 D; 3Q8C A; 4RGT A; 3AEC B; 1K8R B; 4NAW B; 3Q8A A; 1V8C A; 3E56 A; 1YJJ A; 3WCQ A; 2V0G A; 2KN5 A; 2UYZ B; 3L17 A; 3VRA B; 1I4X A; 2KX0 A; 3AU4 A; 4JIO U; 3P1M A; 1T0R C; 2N4F A; 2FID A; 3RNA C; 4NZL B; 4TMA B; 1F52 A; 3ZJU A; 2QJL A; 1XLO A; 4BKS A; 2WHI A; 5D94 A; 2DWQ A; 4HDQ A; 3NZS A; 2QDF A; 2MJE A; 1LFD A; 4WJQ A; 1YQ4 B; 3DPD A; 2ZNV C; 3MJ5 A; 3ZDT A; 4BKG A; 4PS7 A; 3GP7 A; 1ZKH A; 4PT5 A; 4DK5 A; 1WM3 A; 5J2R A; 4NJ6 A; 1ZP0 B; 4I6P A; 3SDL C; 4M00 A; 1IPG A; 5BYS A; 2KMC A; 3DVN U; 3VAW A; 2LGS A; 2EMS A; 2I1K A; 2MWS B; 3KYD D; 2XEW A; 4F7Z A; 2MBE A; 3TEW A; 3U52 E; 2QSD A; 3B9J A; 2OJW A; 3SD5 A; 4XGA B; 2ZEQ A; 1KRH A; 4N59 A; 1C79 A; 4H2A A; 4AP4 C; 3P4R B; 3DBR B; 3KYC D; 1LGR A; 3HIZ A; 1WYG A; 2K5P A; 3OJ4 B; 5H8Y E; 3RCZ A; 4DHJ D; 4B95 A; 4G11 A; 4B6W A; 2N9K A; 1V49 A; 3GB1 A; 1P98 A; 4ZRI A; 5GMV A; 1M4V A; 1XCT L; 4HK2 A; 4KKI A; 1TZ1 A; 3VHT C; 5CHV C; 4YWG G; 1JWB D; 1HA5 A; 2GBJ A; 2ZW1 A; 4MM3 B; 2DZK A; 3I9V 1; 3FIL A; 1T0Y A; 2WQY B; 2KZR A; 2AQ1 B; 3U2S C; 4KX6 B; 2DYO A; 4MSM B; 2KXJ A; 5L83 A; 2Z0E B; 3QWZ B; 2NBW B; 3QAR A; 4MEL A; 2O6V A; 4W9H A; 1PGX A; 2R2Q A; 2XK5 A; 4XWW A; 1PQS A; 1T6B X; 5KHQ A; 3IT4 B; 1DOX A; 4YTP B; 2KWU B; 1MHX A; 2BTE A; 3QA8 A; 2NBU A; 4IG7 B; 1F2R C; 1P9D U; 1L4Z B; 5JHB A; 3VVW B; 3AV8 A; 2DYM A; 4XYC A; 3FKY A; 1GTE A; 3VDZ A; 4US9 A; 2NCN A; 3GE3 C; 2IBI B; 4LNI A; 1H7W A; 2N9P C; 4O1N A; 4HJG E; 1UUP A; 1RYJ A; 3WAN A; 4KDL B; 4HEA 1; 3DCG A; 2FBW B; 4M8M A; 3NZ3 A; 1RWS A; 4ZRK A; 1HZ5 A; 4GMV A; 4DQO C; 5D3D A; 3VUX A; 1L6U A; 4RF1 A; 2KDI A; 1SE9 A; 2DZM A; 2BYT A; 1ET9 A; 2JZP A; 4N58 A; 2KJR A; 1PDX A; 3NY5 A; 1L7Y A; 5J18 A; 1T0Q C; 3ONS A; 1UZX B; 3AE9 B; 1QLB B; 3VFK A; 2L00 B; 3W1Y A; 3R2T A; 2GBR A; 2ZVN A; 1VRA B; 2QEJ C; 4RFB A; 4WWN A; 1Q1O A; 2Y5B B; 3BVG A; 1BUI C; 1GC6 A; 4P7I A; 5IP4 D; 4IW0 A; 3IHP C; 3A9J B; 3GE8 C; 2KVR A; 3SFE B; 2L7R A; 1JAL A; 1N5W A; 2K8C A; 4HRO A; 1JRP A; 2K0P A; 1V1P A; 2LRU A; 1ZPS A; 1FFU A; 3GOE A; 4KIK B; 1MG8 A; 1OQQ A; 4B0E A; 1FXT B; 2Z8L A; 5AUK A; 2J4X A; 1KF6 B; 2V3S A; 2D07 B; 4RM8 A; 4IM3 A; 5JHA A; 1V2Y A; 2MSE D; 2KO3 A; 2RDB C; 5BMH A; 1SF0 A; 1TIF A; 1VZ8 A; 2JUO A; 3RYT A; 1UF0 A; 3H8H A; 4LLG M; 3DWG C; 4F8C B; 1C9F A; 4BAX A; 2WXH A; 3T3N A; 4ZRP A; 2N7J A; 3AEF B; 1WGG A; 2PJH A; 2CHW A; 2IO0 B; 4XDC A; 1JRO A; 2GI9 A; 4JPS A; 2M0X A; 2KQ4 X; 1FIQ A; 2INN E; 4C7Z A; 3KUD B; 3I3T B; 1B1Z A; 1VR9 A; 2VZK B; 3PHW B; 2MCN B; 1J19 A; 3LYY A; 3QIJ A; 1C77 A; 2C9W B; 3U7D A; 2WYQ A; 1TGZ B; 4TQ1 A; 5HG2 A; 4MH8 A; 3LB8 C; 2R61 A; 4EUT A; 2W9N A; 2WX0 A; 1UH6 A; 3UF8 A; 4RGO S; 1MI0 A; 1UNS A; 1WJU A; 1NEN B; 2DYB A; 3BVM A; 1HQR D; 4K3B A; 1Q5W B; 3CF4 A; 2K8B A; 2R2O A; 1KJT A; 2XNA C; 3X0W A; 3EFU A; 3NJT A; 1XQQ A; 1KLV A; 2KN4 A; 2FUH B; 2DX5 B; 2MA9 B; 2RSU A; 2I1J A; 2KMA A; 4CHK A; 5BYR A; 5JZE B; 3JYU A; 1SGH A; 4KGT A; 3KWL A; 3VH4 B; 4WWM A; 4L23 A; 3AB5 A; 3DBL I; 3OAW A; 3TMP B; 3TJP A; 2MJD A; 1KLG D; 1Y8R C; 3ZVV A; 1L0V B; 4ZHP A; 1WFY A; 3AE2 B; 1C4A A; 2PPH A; 3PTF C; 1I4Q A; 2N7D A; 3V61 A; 1TKE A; 2IO3 B; 3PRE A; 2LEK A; 2BS2 B; 3PRM B; 3P63 A; 5LNK 1; 2JZ3 B; 1RM6 C; 1IUE A; 3RNE C; 2WXL A; 1F0Z A; 3ZTD A; 3KWV A; 1FMA D; 4II3 B; 3PZD A; 2K3U A; 2QIE B; 1L2N A; 2J42 A; 1MJD A; 2K22 A; 2KC2 A; 4E71 A; 3VXW A; 1ENF A; 3RUL A; 4TQ0 A; 2AL3 A; 3ECI A; 5FKA C; 3BWU D; 4P1C C; 2BT6 A; 2MQJ A; 5LXI B; 4BKS D; 1E10 A; 1GT8 A; 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