The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
79
|
structure length |
79
|
Chain Sequence |
GSSGSSGTTAKPQQIQALMDEVTKQGNIVRELKAQKADKNEVAAEVAKLLDLKKQLAVAEGKPPEAPKGKKKKSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structures of the WHEP-TRS domain of human methionyl-tRNA synthetase
rcsb |
| molecule keywords |
Methionyl-tRNA synthetase
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
20
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
79
|
| ec nomenclature |
ec
6.1.1.10: Methionine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2006-04-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00458 | WHEP-TRS | WHEP-TRS domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OPH A; 4B3M O; 2UUC O; 4JI5 O; 4LFB O; 4JYA O; 2F4V O; 1G1X B; 2VQE O; 1FKA O; 4X66 O; 5H5N A; 4DR5 O; 4B3S O; 4JV5 O; 1F7Y A; 5LMN O; 4JI6 O; 4DV6 O; 4DV0 O; 4JI4 O; 3O65 A; 5BY1 A; 2UXB O; 4DV7 O; 4GKJ O; 4NXM O; 4X65 O; 1XNQ O; 5LMU O; 1FJG O; 5A2Q N; 1YZB A; 1HR0 O; 3OTO O; 1N33 O; 4JI0 O; 1IBM O; 1R6T A; 4GKK O; 4X64 O; 3T1Y O; 4A5U B; 5FLX N; 1XEQ A; 4B3T O; 4DR7 O; 4AQY O; 4JI7 O; 4LF9 O; 4DR3 O; 4JI3 O; 5BR8 O; 3J81 N; 1IBL O; 4LFC O; 1NS1 A; 4JI1 O; 1IBK O; 2UUB O; 3M8A A; 1HNW O; 1HNX O; 3F5T A; 1X59 A; 3SDL A; 5LL6 Y; 4DV1 O; 4OX9 O; 3J80 N; 4DV4 O; 1D2D A; 1N32 O; 2LW7 A; 1R1B A; 2UUA O; 4LF4 O; 4LF7 O; 4YY3 O; 2DOS A; 4B3R O; 2Z0A A; 4NXN O; 4LFA O; 2N74 A; 2JRI A; 3R66 A; 4LF6 O; 3J7A U; 1XMQ O; 4JI8 O; 4JI2 O; 4DR4 O; 1XNR O; 3RT3 C; 1N36 O; 1J5E O; 1FYJ A; 1I94 O; 4DV3 O; 4X62 O; 1XMO O; 3T1H O; 2ZM6 O; 2AGA A; 1HNZ O; 4OPA A; 1KUQ A; 4LF5 O; 4DUZ O; 4KHP O; 1A32 A; 5IWA O; 4DR6 O; 2FKX A; 4DR1 O; 4DV2 O; 2ZKO A; 2DJV A; 1AB3 A; 4K0K O; 4DR2 O; 4DV5 O; 4DUY O; 4LF8 O; 2E5L O; 2UXC O; 2HHH O; 2UXD O; 4YHH O; 1N34 O; 1DK1 A; 2VQF O; 1AIL A; 5IT9 N; 2UU9 O; 3JAM N; 5BXZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AXT Z; 2HP8 A; 2WLN A; 2YIB D; 3APO A; 3RGB A; 1Q8I A; 3ZX6 A; 4QNH B; 5KHK A; 4JYA O; 3L9D A; 4BIZ A; 1Q6U A; 4X62 B; 1F7Y A; 4JYA B; 3CSX A; 3JD3 A; 3O65 A; 1B06 A; 1PKX A; 3A0H Z; 4F6E A; 2XAQ A; 3IC7 A; 1S76 D; 2Z5U A; 2LO1 A; 4BW5 A; 2CGO A; 4YIO A; 2QTS A; 1KD1 W; 1ZL8 A; 1KU9 A; 4A5U B; 4K8X A; 3FB5 C; 3OMN B; 5C8Y A; 4B3M B; 1QLN A; 3E89 A; 4P9P A; 4JI7 O; 1HW7 A; 3JYC A; 3CXC U; 1I5X A; 4JI7 B; 3H1H H; 1OV9 A; 4J10 A; 3ZHS A; 3RYC A; 3CC7 V; 1FJG B; 4PJ0 Z; 4CS3 A; 2DWD C; 1N32 O; 1UPG A; 3JD0 A; 2OIG A; 3OTO B; 3ZIA G; 1W59 A; 4PV1 B; 1U96 A; 4JTD B; 1N32 B; 4OXS A; 4LFA O; 4LF6 O; 3K9A A; 2WLL B; 3RYH B; 1XMQ O; 3MD0 A; 3K08 A; 4LFA B; 4LFC B; 3B4S A; 4X1I B; 2G38 A; 3DC6 A; 1SQV H; 4FPP A; 4U3J B; 1Z5W A; 1WA8 B; 4L8J A; 2NNU A; 2GUZ A; 4FK5 C; 5BMV B; 4MVO A; 2QWR B; 4RAI A; 1PNK A; 3E8G A; 2Q0O C; 1Y67 A; 2F95 B; 1FXK A; 3AK3 A; 4Z2W A; 1ARO P; 1VAR A; 1RM1 B; 2DYR B; 5IT9 N; 4IIJ B; 2XT9 A; 3CCJ V; 2QKS A; 3BAB A; 3N2G B; 1OHH G; 3D36 C; 3CCE V; 1FKA O; 5LMN O; 3OR6 C; 1FAF A; 1QNM A; 4ZI7 B; 5ITZ A; 2IBZ H; 1JR9 A; 2IW5 A; 2KB1 A; 3NXS A; 3SPG A; 3T4D A; 4Q20 A; 5LMN B; 4GT1 A; 3VQW A; 1YZB A; 1JOY A; 4I50 B; 5LA6 A; 3ZN0 A; 4WFG A; 4MS2 A; 2KQX A; 3E22 A; 5CBH A; 5GTH Z; 5HFL A; 1ORQ C; 1H2L A; 2NN4 A; 4MVZ A; 5FLX N; 2RCV A; 1NTM H; 4FLY A; 1SER A; 2HVK C; 2LFS A; 4JTA B; 2CDY A; 2L35 A; 4DV7 B; 2HKO A; 2RJZ A; 2C2A A; 1BMF G; 4KL1 A; 3E86 A; 3CME V; 2EIN C; 2OTJ V; 1P4R A; 4RUE A; 1KEC A; 4YY3 O; 3AG4 C; 1L0N H; 2IU0 A; 2DOS A; 4B3R O; 4FLW A; 2F23 A; 4ZKI A; 1RFY A; 3SJA C; 2DQ0 A; 4B3R B; 1N36 O; 2QA4 V; 1Q82 W; 1M90 W; 2XHB A; 3K06 A; 3T1H O; 2QM7 A; 1OCZ C; 3D3Q A; 5LGU A; 3CRM A; 1NVP B; 1LR1 A; 1JFF A; 4DR1 O; 2ZNI A; 1SS3 A; 3CCS V; 3G6E V; 4MVR A; 2QSA A; 4O2B B; 4Q6G A; 1P84 F; 1KMI Z; 4ZHQ B; 1R3J C; 3JAW A; 1M9N A; 1U97 A; 5JJE B; 3OMI B; 2PF4 E; 2UXC O; 3G80 A; 1VQ5 V; 1VEW A; 3L75 H; 3HPL C; 2H8P C; 1N8R W; 4RQF A; 1RPR A; 2XUM A; 4R6Z A; 4IL6 Z; 2ZCE A; 2YEV B; 3ZRX A; 4W4L A; 2WLJ A; 4DV6 O; 1QVF U; 4LH7 A; 1FXK C; 3RBZ A; 3RYI B; 2QWQ B; 3DGE A; 3Q4H B; 2F43 G; 4GKJ O; 4ZOL A; 1I5Y A; 3RVZ A; 1MZE A; 2WPD G; 1XNQ O; 4DV6 B; 2CGN A; 1S5L Z; 2A79 B; 1CP9 A; 4TV9 B; 4GKJ B; 1YIT V; 1PPJ H; 1S0V A; 4LF8 B; 2BOC C; 4EEQ A; 3ZRW A; 1JJO A; 1OCC C; 2ZR3 A; 4JAV A; 4YJ3 A; 2R70 A; 1Q6H A; 1GK9 A; 3LDD A; 2UUB O; 4PI0 A; 2VWK A; 5KHG A; 3CJH A; 4W4K A; 1LUW A; 2UUB B; 3ETQ A; 2XOK G; 1AR4 A; 3BHP A; 3RWR D; 4CBC A; 1R1B A; 4RUF A; 5H9C A; 1RSO A; 1VQL V; 3LSQ A; 5JCO A; 4LF4 O; 4J9Y B; 4YXW G; 4GX0 A; 3OTF A; 4D7S A; 4LF4 B; 3OGI B; 2OYQ A; 5JWP A; 4NYK A; 4TWK A; 4UV8 A; 5C8Y B; 1MMM A; 2KKW A; 3SPC A; 1XMO O; 2GHY A; 4I55 B; 2PGG A; 4DK0 A; 5DM6 V; 1XMO B; 2UXN A; 2N04 A; 1GTO A; 5JH7 A; 4C7U A; 1NBM G; 4OX9 B; 2N05 A; 4YIP A; 1KKC A; 2PTM A; 3RYF B; 1QLE B; 4TOI A; 3P30 A; 3C3S A; 1B04 A; 4FM1 A; 1ZAU A; 4MVQ A; 5KUK A; 3OAA G; 2Q73 A; 4FLU A; 2MW2 B; 1FFX A; 2ADQ B; 4LFB O; 1VQK V; 1H8E G; 4RQE A; 2VQE O; 3EVK A; 5H5N A; 2PYJ A; 4WF9 V; 4EB6 A; 4LFB B; 5BY1 A; 1K3E A; 4TV8 A; 1UJW B; 3CPW U; 2JS3 A; 3IFX A; 2VQE B; 1R3I C; 2JDI G; 3TK1 A; 4I0X B; 3E8B A; 1TAE A; 3SYC A; 5L3B A; 1N33 O; 4ZIB A; 4JI0 O; 1L8D A; 2LGQ A; 1YI2 V; 4N23 A; 1YEW A; 1M93 A; 1N33 B; 2DE0 X; 4EFE A; 4JI0 B; 3FD9 A; 3HR0 A; 1LUV A; 3CCM V; 3HB3 B; 3AG7 A; 3TET A; 1N0J A; 3VQV A; 2CTR A; 2P06 A; 3CCL V; 1JPX A; 2IU3 A; 2YUA A; 2HG5 C; 4JZ2 A; 4U7O A; 5D5P A; 5IY5 C; 1YIJ V; 4AI8 A; 2WA3 A; 5ITZ B; 4WFF A; 3CRR A; 2EIK B; 2P6J A; 4NR1 A; 3HKC A; 3SYA A; 5GON B; 2IH3 C; 2LW7 A; 1OCR C; 5LA6 B; 1QBZ A; 3E22 B; 1IBM B; 1F4N A; 4BWA A; 5EIB C; 2JRI A; 3E35 A; 5KAI Z; 2ZIO A; 1FS0 G; 3AK1 A; 2R9I A; 3SPJ A; 4H0L B; 1THZ A; 5JCO C; 1VQ9 V; 1AI5 A; 2A0L A; 4J9Z B; 4JYY A; 1HNX B; 2A06 H; 4GX1 A; 1V9P A; 1B3Q A; 3JD2 A; 3LDE A; 1BS3 A; 1VQ8 V; 1R73 A; 1AJQ A; 4UCU A; 2GSM B; 3LUT B; 4YHH O; 4XDJ A; 2ZD9 A; 1AJN A; 4I9W A; 2EUL A; 4YHH B; 5CN0 A; 3F7Y C; 3CC2 V; 4DV3 B; 3D8C A; 4DR5 O; 5FNV B; 3BCC H; 5EYP A; 3FYI B; 4Z1V A; 2ATK C; 3U11 A; 1JFF B; 4GZR B; 2QEX V; 1TUB A; 3A0R A; 4UUJ C; 4DR5 B; 1MNG A; 2EIM B; 2B1G A; 1QHT A; 4TUY A; 3ZMS A; 2RMK B; 2WAM A; 3MHS C; 1SZX A; 4UB6 Z; 2YDE A; 1BE3 H; 4O2A A; 1S5J A; 3PJS K; 3WB2 A; 2NLJ C; 1YJN V; 2ZT9 B; 5E79 Z; 2IJJ A; 2IM9 A; 2OCH A; 1XQ8 A; 3I56 V; 3DTU B; 2Q69 A; 3W7T A; 3ZED A; 3UQ8 A; 2AZ0 A; 4X20 A; 4DV1 O; 3THO A; 1KBH A; 1JX9 A; 2BTO A; 3SPH A; 2WLH A; 3IC9 A; 2UUA O; 3AG1 B; 2Q68 A; 2ZDI A; 3ZHT A; 1ZUQ A; 3HKD A; 5KX5 B; 3OE7 G; 5FPO A; 2N74 A; 3VBB A; 3W7X A; 4D6T H; 4DW1 A; 2DW4 A; 4DR4 O; 3K5O A; 4X88 A; 4DR3 B; 1OCR B; 1HNZ O; 5KHJ A; 2EJR A; 1YSC A; 2IH1 C; 2FKX A; 2YID A; 3ZN1 A; 1HNZ B; 2DJV A; 3CJH B; 1AB3 A; 3K0D A; 4FLZ A; 4MVU A; 5LP6 B; 3WB0 A; 4DUY O; 1XRE A; 1JMK C; 2RNB A; 4CH6 A; 3STZ C; 4DUY B; 3ZMT A; 4YJ2 B; 2JJ1 G; 2VWJ A; 2P7T C; 5LGT A; 4KFM A; 1NZ6 A; 3JAR A; 4EKW A; 4XBF A; 3U10 A; 4DK1 A; 3QG5 A; 3ABK C; 5GW7 A; 4RO2 A; 5GTI Z; 2OWO A; 3W7U A; 1GO3 F; 4PI2 A; 3RW0 A; 5KUM A; 2XAG A; 1KC8 W; 2IJH A; 4PA4 A; 4LWS B; 2PI5 A; 3X2Q B; 3LDC A; 1LNQ A; 1GN2 A; 1R6T A; 2W6I G; 2OIE A; 1KQS U; 4DYL A; 1W0K G; 5DEC A; 1N34 B; 5TIS Z; 3WG7 C; 2GTA A; 2Q6A A; 3BY6 A; 3F7V C; 3JAL A; 4QPJ A; 2ZIN A; 1N4C A; 2AZ2 A; 4LC1 A; 2PI4 A; 1GM7 A; 2XAS A; 5A9G A; 2E76 B; 4EB6 B; 2P4V A; 4KXR A; 1HNW O; 1G6U A; 2WLI B; 3BAA A; 5EC1 C; 5D5Q A; 1EN5 A; 4PDL A; 1BQ0 A; 1Q90 D; 2H3O A; 3UT5 B; 4IHJ A; 1BHA A; 2QKA A; 2GDS A; 2Y69 C; 2EIL C; 3HKB B; 3ABT A; 3JAK A; 3CC4 V; 2FTK A; 4MVS A; 2IJI A; 4P9O A; 5CA1 A; 3OW2 U; 1S3J A; 2LGW A; 2ZDI C; 4BIO A; 3OUS A; 5CB4 B; 1K5Q A; 4UXN A; 3CRQ A; 1QQC A; 1XHZ A; 5H6Q A; 4DR2 O; 3O9O A; 2VRZ A; 1ZX3 A; 5L3G A; 3OR7 C; 2GV9 A; 2ODM A; 4FM0 A; 1XHX A; 4DR2 B; 3N2K A; 1K7D A; 4J42 A; 4LF6 B; 5BXZ A; 2OCC C; 4WFB V; 1XMQ B; 2Q0A A; 1XL6 A; 1H2S B; 5AG2 A; 2JEU A; 1EN6 A; 1Y4M A; 2YIB A; 2UXB O; 4GX2 A; 2CTP A; 4GYC B; 4NXM O; 4X65 O; 2PUS A; 3WU2 Z; 4DRX A; 3OGC C; 5IJ0 B; 3MDS A; 3OUF A; 1YVW A; 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4O4H A; 4CC6 A; 4GKK O; 2K1E A; 4H44 B; 3SGI A; 4HNA A; 3ZCC A; 1M1K W; 4GKK B; 4LF9 O; 4MW3 A; 1I0H A; 3OEE G; 3ASN C; 1IBK O; 1JA8 A; 2QKC A; 4L87 A; 4LF9 B; 1X59 A; 1F51 A; 3QVN A; 4GX5 A; 1P7B A; 3KZI Z; 2W0F C; 2RQ6 A; 3VQX A; 1IBK B; 4LP8 A; 5LXT A; 3HKE B; 1XNQ B; 3ASO B; 2JJ2 G; 5LHH A; 3RFR A; 3JAS B; 3G71 V; 4RWU A; 2NR5 A; 1SQQ H; 4FLT A; 3R66 A; 3D3I A; 4MVM A; 4HZ3 A; 2DWE C; 1J5E O; 3K9S A; 4X89 A; 1DLB A; 4UCR A; 1I94 O; 3UKM A; 3QO8 A; 2Q4P A; 2Q7G A; 3LNN A; 1J5E B; 5IWA O; 1K8A W; 1M57 C; 4PA9 A; 1VF6 C; 1NKD A; 1KYO F; 2XTA A; 2GTS A; 2JVD A; 3OEH G; 2ZR2 A; 2E3C A; 3TGU H; 2LP7 A; 1WPB A; 3TXS A; 1VQN V; 1ZL8 B; 3OFN G; 3LSU A; 4UB8 Z; 2KSD A; 3K58 A; 1XL4 A; 1OJH A; 5CMU A; 1Q81 W; 5B3S B; 2EIN B; 3QO7 A; 1Y74 A; 3CB2 A; 3AG4 B; 2UUC O; 5BZB A; 4U3F H; 4FFB A; 4JV5 O; 1WB8 A; 3A2F A; 4PDR A; 4JI6 O; 3K5L A; 5CA1 B; 1G4Y B; 4JI4 O; 4PEL A; 1WP7 A; 3RYC B; 5B1A C; 3E2E A; 1R3K C; 1V54 B; 3SYQ A; 3JAT A; 1OCZ B; 3SR2 C; 3K59 A; 2YSU B; 4J11 A; 5L3C A; 2BOB C; 1AI6 A; 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