The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
92
|
structure length |
92
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMANYYEVLGVQASASPEDIKKAYRKLALRWHPDKNPDNKEEAEKKFKLVSEAYEVLSDSKKRSLYDRAGCDSWRAGGGASGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the J domain of DnaJ homolog subfamily B member 8
rcsb |
| molecule keywords |
DnaJ homolog subfamily B member 8
|
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
21
|
| structure length |
92
|
| sequence length |
92
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00226 | DnaJ | DnaJ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | DnaJ domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DMX A; 2QSA A; 4J80 A; 2YS8 A; 2LO1 A; 3UO2 A; 2N05 A; 2Y4U A; 2CTW A; 1FAF A; 2LGW A; 2CTQ A; 2CTP A; 2QWO B; 1WJZ A; 1XBL A; 2QWP B; 3AG7 A; 2PF4 E; 1GH6 A; 2CUG A; 4J7Z A; 2M6Y A; 4IT5 A; 2DN9 A; 1BQZ A; 1HDJ A; 2YUA A; 1BQ0 A; 1FPO A; 2GUZ A; 2KQX A; 2CTR A; 4RWU A; 2L6L A; 2QWN B; 1NZ6 A; 1N4C A; 2EJ7 A; 3APQ A; 3APO A; 2Y4T A; 3UCS C; 2OCH A; 2GUZ B; 3BVO A; 2QWQ B; 2N04 A; 1IUR A; 3UO3 A; 2QWR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3N27 A; 4FK5 C; 5JQG B; 3ASO B; 4I4T A; 1HW7 A; 3GVM A; 1XMO B; 4LFB O; 2R9R B; 2CK3 G; 1YF2 A; 3TXQ A; 5HFM A; 4DV5 B; 4P9P A; 4UCT A; 2CE4 A; 4MSW C; 1VQO V; 1BSM A; 5KX5 A; 2QE7 G; 1I5Y A; 4YY3 O; 5IWA O; 1OJH A; 2V7Q G; 3JCZ A; 3ZHT A; 1XUQ A; 2PI4 A; 3L70 H; 1XOU A; 4NXN O; 2UUA O; 1GN6 A; 2F4V B; 2UXB O; 1XNQ O; 4XDJ A; 1N0J A; 4PHZ A; 4K35 A; 3ZCC A; 1IVS A; 4X1Y B; 1SQF A; 2AHZ A; 1GK9 A; 4GX0 A; 5CA1 A; 2IBZ H; 1ENV A; 5EIB C; 4DV3 B; 1WP8 A; 3LNM B; 1R3K C; 3CXC U; 1H2L A; 4GX5 A; 1G1X B; 1QQC A; 1GTO A; 3AG3 C; 1FAF A; 4UVB A; 1M9N A; 4TQD A; 4ZI7 B; 5FNV A; 4LF4 B; 4RO2 A; 3EFF K; 3CC4 V; 2EIK C; 4HZ3 A; 2HP8 A; 2GTS A; 1K8A W; 4B3T B; 1IBM O; 3AG2 B; 1Y76 B; 1Q7Y W; 4MVS A; 2YUA A; 3B77 A; 1K73 W; 4IYH A; 4EFE A; 5J9P C; 3CCL V; 3ZN1 A; 1KKD A; 4WBN B; 3THO A; 2EZP A; 1FXK B; 4WFB V; 2QM8 A; 3ZIA G; 1YJW V; 3QF7 A; 5KMG B; 4P30 A; 1XHX A; 1HNZ B; 3DSQ A; 3AG7 A; 3L73 H; 3F5W C; 1GM8 A; 2XAG A; 3N2K B; 1N8R W; 4DO2 A; 5D5P A; 3K5M A; 3DXR B; 1ZL8 A; 5BY1 A; 1KC8 W; 2ADP A; 2QGN A; 2QTS A; 4PA7 A; 4MTO A; 3HKE B; 1UPG A; 3Q4H A; 1Q6U A; 1SES A; 3CRC A; 4WF9 V; 3DC6 A; 4PA6 A; 5EYP B; 2RMK B; 1PP9 H; 2BSK B; 5FPO A; 1Y6X A; 1LNQ A; 1WP7 A; 4JI8 O; 1PKX A; 3U11 A; 1RM1 B; 4TV9 A; 4ZHQ B; 1D5N A; 1NVP B; 3ZHU A; 2HFE C; 2WLK A; 1NH2 D; 3KKY A; 4ZOL B; 3TGU H; 4GKK O; 1R3J C; 1OCZ B; 1WJZ A; 3QVN A; 5ITZ A; 5KHJ A; 4RQE A; 1NI8 A; 3UT5 A; 1JVM A; 5GTI Z; 5B1N A; 4MVR A; 4DV0 O; 4XDL A; 3OMN B; 1ORQ C; 3ABM B; 4HAM A; 2X0L A; 3L75 H; 1K97 A; 1Q43 A; 3AK3 A; 3JAL B; 2GV9 A; 2W0F C; 3FYI B; 2QR4 A; 1TGO A; 3HKC B; 3R65 A; 4PA4 A; 1BQZ A; 3K57 A; 4X64 O; 4FLU A; 3JAR B; 5KA6 A; 4RUE A; 4FFB A; 1VQ5 V; 2EZO A; 1OCR B; 4UUJ C; 4CH4 A; 4PDM A; 2UUB O; 2UXD O; 4MVO A; 1VAR A; 3CCE V; 4X20 B; 2LGQ A; 2R72 A; 4NTW A; 3H1K H; 1VQ7 V; 4U7O A; 1BS3 A; 1B6Q A; 4I7Z B; 1CEZ A; 3CRR A; 3CCU V; 2A06 H; 4O4I B; 2R70 A; 4UCS A; 3ZRW A; 2BTO A; 2Q7G A; 2JK5 C; 2XHB A; 3SGI A; 5LHG A; 4YJ2 A; 4K0K O; 3CCQ V; 3IGA C; 1U96 A; 1XHZ A; 3AG4 C; 4B3M O; 4QPJ A; 4TT3 G; 2P6J A; 4I5S A; 3T1C A; 2LGW A; 2YEV A; 4NVP A; 4IT5 A; 3EVK A; 3RVZ A; 3RYC A; 3LDC A; 4DRX A; 4DR7 O; 1XIL A; 1V9P A; 5LGT A; 2Q69 A; 4ZIB A; 2QTO A; 4TV8 A; 3BVO A; 4J9Y B; 3SPJ A; 4JAA A; 2DMX A; 1S77 D; 1THZ A; 3CS5 A; 1HNW O; 1CXZ B; 1XL4 A; 3ETG A; 4JI5 O; 1YXB A; 2YID A; 1QLE C; 3E8G A; 2ZIN A; 3ICX A; 3RGB A; 1YZB A; 2AXT Z; 2WPD G; 2DYR C; 4PDV A; 5E1A C; 1SF9 A; 2QWN B; 1VF7 A; 5C8Y A; 1T5E A; 3JAT A; 1HR0 B; 2B5U A; 2P06 A; 1P4R A; 1Q3E A; 3T4D A; 3M8A A; 1S72 V; 3CMA V; 4JI3 B; 1FFT B; 2Q6A A; 2UU9 O; 1Q82 W; 1QVG U; 3H01 A; 4X1I B; 3APQ A; 5BMV A; 2KKW A; 3CCV V; 3FFQ A; 2ZM6 O; 4LF9 B; 2GHY A; 3AG3 B; 2H94 A; 3CRM A; 3ETD A; 3K3W A; 4O4J B; 2FL4 A; 3RW0 A; 4LF7 O; 3OMA B; 1N34 B; 4I55 A; 4B3S O; 1CPY A; 5IYC O; 3T1H O; 1EN5 A; 1FD9 A; 4OX9 O; 4R8C A; 5FL7 G; 1ZWI C; 1QR8 A; 2H8P C; 5LA6 A; 1WB7 A; 1H38 A; 3BY6 A; 2EIK B; 4X65 B; 2YIC A; 2YIB D; 4DR2 O; 3A0H Z; 4NXM O; 4JTD B; 1I0H A; 1Q6I A; 4G2K A; 2VQE B; 1Q86 W; 2YXY A; 2QKA A; 4LFC B; 3SJQ C; 1MZF A; 5IYD O; 1IBL B; 4JI2 B; 1RFY A; 1FFX A; 1FJG O; 1S3J A; 3CCR V; 4QE9 A; 1FPO A; 1VMG A; 3RYH B; 1YCI A; 3M7M X; 2KG7 A; 2WWW A; 4NYK A; 1NVP D; 5LMN O; 2F66 C; 1FXV A; 4CS3 A; 3CC7 V; 2PTM A; 2G38 A; 3CJH B; 3SYO A; 1VQ8 V; 5LMU O; 2JVD A; 4JV5 O; 4R50 A; 3PJS K; 1VQ4 V; 4IIJ B; 1EM1 A; 1NU1 H; 1VQN V; 1HWY A; 2QWP B; 1MSD A; 4PEL A; 1V55 B; 1DLB A; 3ZS8 C; 2FYU H; 4DR4 B; 1B3Q A; 5LHI A; 2EIN C; 3I5D A; 5H9C A; 4AQY O; 3QNE A; 1G8M A; 4LFB B; 1QNM A; 3SPC A; 1Q90 D; 1MOF A; 2OT5 A; 2PY5 A; 1QCE A; 2V1D A; 2N05 A; 5GON A; 1VQP V; 3H1H H; 3CYO A; 3P3P A; 1SET A; 5L3G A; 4DV7 O; 4X1K A; 2DW4 A; 5EZY A; 1IBK O; 4MTG A; 4FPP A; 3P32 A; 1YTF D; 5L3C A; 2OTL V; 2UXB B; 2GUZ B; 3ZRV A; 2ETN A; 1I08 A; 2E3C A; 1GM7 A; 1UFI A; 3AK2 A; 4MVQ A; 3OE7 G; 1TVK A; 3VQW A; 3G4S V; 3P30 A; 5JVD A; 2V4D A; 2GBO A; 4JTC B; 3I55 V; 3L9D A; 4LH6 A; 4DUZ O; 3UQ8 A; 4FLW A; 1SQG A; 3E86 A; 1U97 A; 2XAJ A; 1AI5 A; 2KB1 A; 2RN9 A; 4OXS A; 2C2A A; 2HG5 C; 4Z2W A; 3T1Y O; 1TAE A; 2ZXW C; 4A5U B; 4DV4 O; 5EC1 C; 2QEX V; 2Q9L A; 4O4L B; 5GW7 A; 3W7T A; 3E22 B; 1Z2G A; 1PV0 A; 2Q5Z A; 1ZTE A; 3JYC A; 1AI6 A; 2JRI A; 2BOC C; 2A79 B; 2ITD C; 2WSS G; 2R9I A; 4EEQ A; 2HVJ C; 3HKD B; 4H37 A; 2XUM A; 4OGQ B; 3RYI B; 4DYL A; 1AVM A; 3AK1 A; 5KLV H; 1VIB A; 1HNX O; 4D6T H; 1GH6 A; 2DN9 A; 4MT8 A; 3CE2 A; 3ZJZ A; 1TA8 A; 4DK1 A; 4UB6 Z; 1GM9 A; 1AB3 A; 5LYJ B; 3AG4 B; 1YHQ V; 4X89 A; 4R7C A; 5LXT B; 2Y48 A; 4FIP C; 4DR3 B; 4IHJ B; 2EBO A; 3LDD A; 3VQX A; 4QGP A; 4E4E A; 1DK1 A; 1KP3 A; 3W7X A; 1HP8 A; 5EIB D; 2YIA A; 2CGN A; 4I0X B; 2WAM A; 1M56 C; 2ZQM A; 1BT8 A; 4HNA B; 2P90 A; 4TWK A; 4F6E A; 5KA5 A; 4X62 O; 4O2B B; 1YJN V; 3LSQ A; 4DV1 O; 2P4K A; 3CHX A; 3WB2 A; 2WLL B; 5CBF A; 1QLE B; 4BIZ A; 1OZ0 A; 2LO1 A; 1B06 A; 1PNM A; 1H8H G; 2DYR B; 1BGY H; 3F7V C; 3A8T A; 4B08 A; 4JAV A; 1BHB A; 2RJZ A; 3D3Q A; 5J2T B; 1DTO A; 3E8B A; 4GKK B; 3JD1 A; 3LDE A; 4X8A A; 4DUY O; 1S5L Z; 2HHH B; 2P22 C; 1ZLZ A; 1NTM H; 2CH7 B; 3VQV A; 3LSS A; 4H33 A; 2IJK A; 1NBM G; 3CEI A; 2ZDI A; 3LSU A; 2UXC B; 4J9Z B; 4DV2 B; 4CS2 A; 4FFK A; 2QWQ B; 4PDL A; 3TET A; 1WA8 A; 5JJN B; 1MZE A; 2K9P A; 1JMK C; 4IYI A; 4TSF G; 4JAS A; 2F1M A; 4FVM A; 4I4T B; 3ZED A; 3MHS C; 2RDC A; 2D3O W; 3TXS A; 2X6B A; 5KAI Z; 1X4T A; 2ZT9 B; 2HLD G; 2F43 G; 2WLN A; 5KX5 B; 2PI5 A; 4O2A A; 2W6J G; 5H6Q A; 3JAK A; 2XAF A; 4ZI7 A; 4K0K B; 5HFL A; 1AI7 A; 1XL6 A; 1S5J A; 4KP4 A; 4B3R O; 1VF5 B; 4HYO A; 5KUK A; 1YIT V; 3BA9 A; 4X66 B; 4D7T A; 3IAY A; 5IJ9 A; 3W7W A; 1EZV H; 3E8F A; 3CCS V; 5BR8 O; 2ZNI A; 5CA1 B; 2IW5 A; 2EIN B; 4QPK A; 1SER A; 4LF6 B; 3K0G A; 4FLV A; 3K5N A; 4JI6 O; 1S5H C; 3ZMT A; 1RSO A; 1W2B U; 4U3J B; 4DW1 A; 3IC7 A; 4TQF A; 4JI1 B; 5FNV B; 2X7R B; 3E2E A; 1KBH A; 2E5L B; 4NTX A; 3OGC C; 3SYC A; 1JJO A; 4P9O A; 4MVU A; 4QE7 A; 5D5Q A; 4KFM A; 2OIG A; 5CA3 A; 2H3O A; 3JAM N; 2YIB A; 2PUS A; 1OCO C; 2WLH A; 3OUS A; 5CB4 B; 4I9W A; 3RBZ A; 1BL8 A; 4FMT A; 1MA1 A; 3D3I A; 1IXB A; 2ZM6 B; 1Q81 W; 1YEW A; 2E74 B; 4P2Z A; 1H2S B; 4JYB A; 5LOV A; 3FB6 C; 3JAS A; 4LH7 A; 5DN6 G; 1M93 A; 1ZX3 A; 4JI7 O; 1PPJ H; 2YI8 A; 3QO7 A; 1BQ0 A; 1ZL8 B; 2E76 B; 5JJJ B; 3ZMV A; 2WLJ A; 3Q4H B; 3JD2 A; 2IH1 C; 2P7T C; 3CRQ A; 1XBL A; 3D8C A; 3JCU Z; 4LF5 B; 4DR2 B; 1RPO A; 4DW0 A; 2IJI A; 4FLT A; 4LWS A; 4DR1 O; 5AG2 A; 3QG5 A; 4ICG A; 4YHH O; 4NXM B; 3KG2 A; 4EKW A; 1QBZ A; 4UCV A; 1JFF A; 4GYC B; 2ZCE A; 2XOK G; 1PL0 A; 3GWO A; 3FB7 C; 4KHP O; 4TV9 B; 1I94 B; 2EIJ C; 2UUC O; 2NN4 A; 3K04 A; 1FYJ A; 5LMN B; 4LF8 O; 1I7F A; 3GWK C; 1AR5 A; 1K4C C; 4FLX A; 2ILM A; 1XMO O; 4TUY A; 5LMU B; 5B5E Z; 4YXW G; 4DV5 O; 3UT5 B; 2AGA A; 5CBG A; 5BZB A; 1JX9 A; 1TUB B; 1F4M A; 2YS8 A; 3STL C; 2EIM C; 2HJD A; 1KB9 F; 1ZSP A; 1M56 B; 1YVW A; 3X2Q C; 3ASN C; 2ITC C; 4JI4 O; 3ZMU A; 2CDY A; 2F4V O; 4BW9 A; 1GN4 A; 5EBW C; 1R3L C; 4PD4 F; 2GSM B; 1PNL A; 4FFB B; 4K3A A; 1H2N A; 1O9G A; 1QR9 A; 4WCE V; 3RT3 C; 2Q73 A; 2BTQ A; 3WFV A; 4YIP A; 3OMI B; 4BAY A; 4DV3 O; 4XBF A; 1HDJ A; 3G71 V; 4LP8 A; 1XDC A; 4BW5 A; 1KMI Z; 4DR6 B; 1AIL A; 1RPR A; 3UCS C; 4GKJ O; 3VBB A; 3ZRW B; 1Q6H A; 1Q8I A; 4J10 A; 3SPI A; 3OTO O; 1K5S A; 3K58 A; 3BHP A; 5L3B A; 3K59 A; 1L8D A; 2QSA A; 4MW3 A; 1JCH A; 1PD3 A; 4YJ2 B; 2MW2 B; 4JYA B; 5H2F Z; 3ZHQ A; 5IY5 C; 3ZMZ A; 2F23 A; 1R6N A; 1VQK V; 2OTJ V; 3T1Y B; 2VQF B; 3RYC B; 3GB7 C; 4UXN A; 2X6C A; 2YC0 A; 2MK3 A; 4LFA O; 4FLY A; 3W7U A; 4TV8 B; 4YJ3 A; 5DEC A; 5JWP A; 2JJ1 G; 4FM2 A; 2PZS A; 4Q20 A; 2YDE A; 3N2G B; 2HKO A; 2JGD A; 2PYJ A; 3RVY A; 1P84 F; 1GRJ A; 5DED A; 1WPB A; 2RCV A; 1NZ6 A; 1HNZ O; 3HKB A; 3U10 A; 2N04 A; 1IUR A; 5C8Y B; 4KXR A; 4DR5 O; 2JS3 A; 1N32 B; 3JAT B; 4UV8 A; 1L0N H; 2Y0I A; 4JYY A; 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4B3R B; 1L1F A; 2CTP A; 4IGG A; 3E83 A; 2O57 A; 1K5Q A; 5JVD B; 2XTA A; 3OR7 C; 2EIM B; 3JAW A; 4H0L B; 1IBM B; 1KEC A; 1J5E O; 1N33 O; 3X2Q B; 3ASN B; 4OPH A; 1F7Y A; 2EIL C; 3UO2 A; 3CME V; 2IU0 A; 5LP6 A; 1BMF G; 3IJ4 A; 2P5O A; 3ZBH A; 3A2F A; 3OFN G; 2EX3 A; 2D2C B; 1LUV A; 5EBL C; 1K7D A; 4JYC A; 3UKM A; 2XAH A; 5LXT A; 1OCC C; 3JD0 A; 5IDJ A; 2FTK A; 4LNU A; 4IHJ A; 4EB6 A; 1SRY A; 3ETQ A; 2AZ2 A; 3P3N A; 4G27 B; 4YIO A; 3WU2 Z; 5JH7 A; 1K4D C; 1F51 A; 4PJ0 Z; 3OUF A; 5EK0 A; 1XNR O; 4RUF A; 4LF9 O; 2CTQ A; 2A7W A; 1IXM A; 1N34 O; 3CCJ V; 2HR3 A; 2RQ6 A; 1YSC A; 2WLL A; 2L6L A; 4L8J A; 3S3W A; 2Y69 C; 3ZRX A; 1NT2 B; 2AHY A; 5C93 A; 1H2G A; 2Q67 A; 4DV6 O; 5IY5 B; 3L71 H; 5J2U B; 5B66 Z; 1Y66 A; 4JI8 B; 5KHH A; 1BE3 H; 3BFR A; 3ABK C; 1AJQ A; 3KCY A; 4C7U A; 5JCO A; 1MAB G; 4XDK A; 2VQE O; 3UM7 A; 4QIW F; 2YXH A; 4LFC O; 1IBL O; 5K1X A; 1P7B A; 5JQG A; 2ZNJ A; 4JI2 O; 2ZKO A; 1N0N A; 5FLX N; 1YJ9 V; 4DR1 B; 4YHH B; 1R1B A; 3WG7 C; 3ZHR A; 4O4H B; 4DV0 B; 3BCC H; 4X9Q A; 1QLN A; 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