The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
123
|
structure length |
123
|
Chain Sequence |
AQSRTLLAGIVQQQQQLLDVVKRQQELLRLTVWGTKNLQTRVTAIEKYLKDQAQLNAWGAAFRQVAHTTVPWPNASLTPKWNNETWQEWERKVDFLEENITALLEEAQIQQEKNMYELQKLNS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| publication title |
Three-dimensional solution structure of the 44 kDa ectodomain of SIV gp41.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GP41
|
| total genus |
45
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-05-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HFL A; 3B8N A; 4JPR A; 1QR8 A; 3B77 A; 3GWO A; 2X7R B; 4N23 A; 1I5Y A; 2MK3 A; 4JF3 A; 1DF4 A; 2LP7 A; 1DF5 A; 1F23 A; 5KA5 A; 5HFM A; 1QCE A; 3H01 A; 3MHS C; 4JGS A; 1SZT A; 3WFV A; 2P6J A; 1DLB A; 1QR9 A; 4FIP C; 5H9C A; 1Y66 A; 3P30 A; 3MHH C; 2M7W A; 3CP1 A; 5KA6 A; 4G2K A; 1EBO A; 1MG1 A; 1QBZ A; 4FJC C; 1ENV A; 1I5X A; 3B8M A; 2EBO A; 1K34 A; 2EZP A; 1K33 A; 3K9A A; 1Y4M A; 5CN0 A; 4FK5 C; 4N21 A; 5CMU A; 4E2L A; 1JPX A; 1MOF A; 3CYO A; 2EZO A; 2OT5 A; 3M99 B; 1JQ0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K1E A; 3BRC A; 4PDM A; 5IYZ B; 4JTC B; 3ABT A; 3AG3 B; 4PDL A; 2AHY A; 4FFB B; 2HHH O; 1Q5O A; 2HVJ C; 1JOY A; 3H1L H; 4WFE A; 1UPG A; 1N34 O; 3K08 A; 4DUY O; 1K7D A; 2DYR C; 4QPK A; 3SJC C; 3OTO O; 1OCR C; 4ZHQ B; 2HFE C; 1VF5 B; 1TAE A; 1Q6H A; 4JAS A; 3L73 H; 4Z1V A; 1MAB G; 2CTR A; 3T1H B; 4E4E A; 4PJ0 Z; 2ZKO A; 2P4K A; 3J7A U; 1NKD A; 5IYD O; 1L8D A; 3SGI A; 4WFB V; 5BMV B; 1YTF D; 1N36 O; 2ADQ B; 2KQX A; 1AIL A; 4R8C A; 3RVZ A; 3DC5 A; 2FYU H; 5JCO C; 4JI0 B; 1TUE B; 2D3O W; 3ASN B; 4BIZ A; 1TUB A; 4ZI7 B; 2ATK C; 2EIJ C; 3SPJ A; 4FZ1 A; 4JPR A; 3LSU A; 2H8P C; 1Q3E A; 1F23 A; 1MSW D; 2IBZ H; 4YY3 B; 2ZNI A; 3QF7 A; 4J9Y B; 1FFX B; 5H9C A; 4DV6 B; 4UCO A; 3TXQ A; 1EN4 A; 4I7Z B; 4I5S A; 3OGI B; 2WLN A; 5H2F Z; 1V54 B; 2QWO B; 3JAK B; 1Q90 D; 3DTU B; 2EIM C; 2Q67 A; 2Q7H A; 3JD1 A; 1R3L C; 4GYC B; 2WLI B; 1NTK H; 1OCO B; 2CTQ A; 4LNU A; 3OEE G; 2HJF C; 2N05 A; 4UXN A; 2AXT Z; 4DYL A; 1QR9 A; 3APO A; 1GAX A; 1XOU A; 2GSM B; 1R6K A; 4JZ2 A; 1RPR A; 2VQE B; 5BR8 B; 1XMQ B; 1IUR A; 3JAL B; 3UM7 A; 2Q4P A; 1VQP V; 5K1P A; 4B3T B; 2EZO A; 3N2K A; 1U96 A; 2HVK C; 4P2Z A; 4I9Q A; 1SZT A; 4CH6 A; 3SPH A; 2EIL C; 1JJ2 U; 2QTS A; 1YIT V; 3RYI B; 3UT5 B; 4TV9 A; 1K34 A; 1H8H G; 1Q8I A; 3OW2 U; 2XTA A; 3RYH A; 5J9P C; 4JI3 B; 1VQN V; 1QLE C; 4OXS A; 3BCC H; 4B3M B; 2JK5 C; 3E83 A; 3K59 A; 1YCI A; 4AIL C; 4B3R O; 5J2T A; 1R1B A; 1XNQ O; 2IJK A; 3ZRW B; 3D36 A; 3SPG A; 1BMF G; 1VP7 A; 4R50 A; 2JGD B; 2UXB B; 1WPX A; 5EZY A; 4UFZ A; 2IW5 A; 3G71 V; 2Y0I A; 5CBF A; 4W4L A; 2YDE A; 4I50 B; 4A5U B; 3WB0 A; 1O9G A; 4BW5 A; 5B1A C; 4UVB A; 4B08 A; 2F4V B; 4HNA B; 4YJ2 B; 3SJQ C; 2DYR B; 4EB6 A; 4UV9 A; 3SYA A; 3P32 A; 1B6Q A; 3T4D A; 1Y67 A; 1PKX A; 2HR3 A; 1LR1 A; 1F7Y A; 4Q20 A; 3ZHU A; 2LGQ A; 3ASO B; 1D5A A; 3EVK A; 1BQZ A; 5CN0 A; 3O65 A; 1EZV H; 2WSS G; 2W0X A; 2P5O A; 5LYJ A; 2RMK B; 5EK0 A; 5GTI Z; 2G38 A; 2XHB A; 1CEZ A; 1XEQ A; 2ZQM A; 3TGU H; 4AHC A; 3T4Z A; 2CH7 B; 1V55 C; 2F1M A; 3CRC A; 1H2N A; 3CP1 A; 2EIJ B; 3T1H O; 4F6R A; 3B8M A; 3H1J H; 5IJ0 A; 3X2Q C; 3ABM B; 1XDC A; 3HKD B; 1YXB A; 1VQ4 V; 5CMU A; 3OFN G; 3IAY A; 3QNE A; 2QWN B; 3IJ4 A; 3F5T A; 4O4L A; 5A9G A; 1HNZ B; 2DW4 A; 4YJ3 B; 3U10 A; 4D7T A; 4DO2 A; 4X66 B; 4MW8 A; 3G6B A; 2EIM B; 2EX3 A; 2E5L B; 4DV4 B; 1SQX H; 1XL6 A; 3LSS A; 5EC1 C; 3E8F A; 1U97 A; 4JAV A; 4FM2 A; 2FTK A; 1EM1 A; 3ETE A; 4YY3 O; 4WF9 V; 4DV6 O; 3CME V; 4GKK B; 5HFL A; 2HLD G; 4TUY B; 4O4J A; 5ITZ B; 4FLZ A; 1K8A W; 2GBO A; 3MHS C; 3ZED A; 1RP3 B; 2ZE7 A; 1BZK A; 4X65 B; 2QSA A; 1WN7 A; 1Q81 W; 1IDS A; 1Z5W A; 4PA3 A; 2EIN C; 4F6E A; 2BTQ A; 2DOS A; 1R73 A; 3CPW U; 2VQE O; 1JMK C; 4TQD A; 5LGU A; 2CE4 A; 4MVU A; 3WU2 Z; 5BR8 O; 1XMQ O; 3VQW A; 3J80 N; 2LO1 A; 1WA8 A; 1TA8 A; 4B3T O; 2V1D A; 1NJI W; 1R6T A; 4JI6 B; 2BOB C; 4JAA A; 1OZ0 A; 3H1H H; 3M99 B; 1S5L Z; 4ICG A; 1N32 B; 2ZNJ A; 1FXH A; 3B09 A; 2Q0O C; 3E8H A; 3G67 A; 2CK3 G; 3FAV B; 2YEV A; 3AG2 C; 1X4T A; 1Y76 B; 2Q5Z A; 4O4H A; 4JI3 O; 1T5E A; 3RN4 A; 1WJZ A; 3K0G A; 4B3M O; 4ABM A; 1VQ5 V; 2PZS A; 5B1A B; 5FL7 G; 2A7W A; 5LMU B; 4WFG A; 2JS5 A; 2AGA A; 5LGT A; 3K9A A; 1QVG U; 3I5D A; 3JAW B; 2UXB O; 3ZS8 C; 2V7Q G; 3IC9 A; 4JYB A; 4NTY A; 3QTC A; 3OAA G; 2CDY A; 1FXK A; 2GTS A; 5E1A C; 5JH7 A; 4UVC A; 1EN5 A; 1MG1 A; 3CCR V; 2EZP A; 1FYJ A; 2F4V O; 2XAH A; 4LF8 B; 1M5I A; 1PNK A; 1V55 B; 1H2G A; 3ZN1 A; 4MVQ A; 5D5Q A; 4ZBM A; 1BT8 A; 4JI5 B; 1XHZ A; 3VQV A; 2O57 A; 4KP4 A; 5KHH A; 4TV8 A; 3OMN B; 5LMN O; 2DMX A; 1O9H A; 1GM9 A; 1NH2 D; 2EUL A; 3BY6 A; 1N0N A; 4L87 A; 2W0F C; 4CZZ A; 1JX9 A; 4MW3 A; 1WAZ A; 2YXL A; 4ZOL A; 1JVM A; 2YIC A; 2WLJ A; 2ZR2 A; 2YS8 A; 2DWD C; 3D3I A; 1SZX A; 4YXW G; 4AQY O; 1NI8 A; 3P30 A; 3MHH C; 1PV0 A; 5B1N A; 2PF4 E; 1B3Q A; 1SRY A; 4DR2 B; 1BS3 A; 3AG4 C; 4LP8 A; 3N27 A; 4I55 B; 4X66 O; 3FB8 C; 4X8A A; 5A2Q N; 4FPP A; 2E5L O; 5LHG A; 1IBL O; 3ZIA G; 4X62 O; 1WP8 A; 3H9V A; 1JFF A; 3OTF A; 4NTX A; 1XHX A; 2Y48 A; 1HNX B; 5FNV A; 4J80 A; 5CA1 A; 1M4U A; 2IJI A; 4TSF G; 3JAS B; 3BHP A; 1IBK B; 1YJW V; 2OTL V; 3RGB A; 1HDJ A; 2R9A A; 5IYZ A; 4NTW A; 2VWK A; 1J95 A; 4QGP A; 3ML0 A; 4FFB A; 1VQL V; 4BR6 A; 4DV5 O; 3BAB A; 2W6J G; 1OV9 A; 5GTH Z; 4K8Z A; 1NU1 H; 3M7M X; 1KP3 A; 4ZHQ A; 1K33 A; 5EBM C; 1KKD A; 4JI8 B; 4IHJ A; 5TIS Z; 1ORQ C; 4N21 A; 2QE7 G; 3JAT B; 3ICX A; 5L3F A; 1Y74 B; 2EIK B; 2ZDI A; 4JI6 O; 1IBM B; 3EFF K; 1XL4 A; 5BMV A; 1SQP H; 3H01 A; 2P7T C; 1AP5 A; 2ZM6 O; 2YC0 A; 1N32 O; 5B3S B; 5B66 Z; 2A0L A; 5LOV B; 4ZI7 A; 4RWU A; 2OTJ V; 3F7V C; 1NS1 A; 1Z5V A; 3ZRS A; 2IJJ A; 2ZE5 A; 4NR1 A; 1SKV A; 4CS3 A; 4UCR A; 1FFX A; 1ARO P; 4QPJ A; 3E22 B; 1QCE A; 3CS5 A; 2NLJ C; 3SYP A; 5J2U B; 1CP9 A; 2IU0 A; 2R9I A; 3JSN A; 3JAK A; 1AJP A; 3OT7 A; 2WLI A; 1SQQ H; 5D5P A; 2NNU A; 1K5Q A; 4X1K A; 4YIO A; 2QTO A; 1BHA A; 3BA9 A; 2PI4 A; 5LGN A; 3ABK B; 1TVK B; 2DE0 X; 1YJ9 V; 4K0K B; 5AG2 A; 2PYL A; 1WB7 A; 3FX7 A; 5L3C A; 3JAL A; 1EN6 A; 2WAM A; 1QNM A; 3E8B A; 2CUG A; 4HBN A; 1MZE A; 3TK1 A; 2R70 A; 2YIB A; 4G28 B; 3SPI A; 1FJG O; 1GH6 A; 4CS4 A; 2NN4 A; 4FLV A; 1MZF A; 4HAM A; 4JI4 O; 3AG4 B; 5L3B A; 1D2D A; 3RYI A; 3UT5 A; 3SJA C; 1PM9 A; 1NZ6 A; 2KKW A; 1RFY A; 1GKF A; 3OE7 G; 3AK3 A; 1SES A; 2ZXW C; 5IY5 C; 5H5N A; 3FD9 A; 3ZRW A; 3ZMV A; 1RSO B; 4DR2 O; 4UCV A; 5KA5 A; 4J42 A; 4JGS A; 1DLB A; 3CCS V; 2QKS A; 2QA4 V; 1FKA O; 1TGO A; 3FB5 C; 1V9P A; 1H38 A; 5EIB C; 2UUA O; 2OIE A; 1GO3 F; 4RUF A; 4I50 A; 4UB8 Z; 1YVW A; 1B06 A; 4X1Y A; 3LDD A; 1HNX O; 2M6Y A; 3CYO A; 4YJ2 A; 3ETQ A; 1K73 W; 3WB2 A; 4Q6G A; 3CRA A; 2WLL B; 3KZI Z; 1Q6U A; 5KUM A; 3ASO C; 4QE7 A; 1IBK O; 1FXV A; 1RM1 B; 4BAY A; 1XRE A; 1COW G; 3UQ8 A; 3FYE B; 5JQG B; 4LH7 A; 1AR5 A; 1VMG A; 2F43 G; 2WA4 A; 2DQ3 A; 2N04 A; 4GX1 A; 4H13 B; 4DV1 O; 5JCO A; 5IJ9 A; 2CH7 A; 2WPD G; 4JI8 O; 3ABM C; 4H37 A; 1KB9 F; 2ZIM A; 3HKD A; 4QNH B; 3IFX A; 2WA3 A; 3MAQ A; 3FKS G; 5L3E A; 1IBM O; 1H2L A; 4U3J B; 1XMO O; 4DR7 B; 4YJ3 A; 4Z1M G; 2OT5 A; 1BGY H; 1DGS A; 1ZUQ A; 2UXC B; 1US6 A; 1BE3 H; 4PV1 B; 2Z5U A; 5KUK A; 3E35 A; 5LXT B; 1BCC H; 1VF7 A; 1K92 A; 3OMI B; 4DR3 O; 2Q7E A; 4DW1 A; 3QO8 A; 2UXD B; 1DF4 A; 4BIU A; 1WP7 A; 3E86 A; 1FFT B; 2WLH A; 3HKE B; 3VBB A; 1AI5 A; 3CC7 V; 2L35 A; 1KU9 A; 4R6Z A; 1ZWI C; 3TET A; 4FLU A; 2Y4U A; 1Q6I A; 1KUQ A; 4K0K O; 4J7J A; 2LW7 A; 1S76 D; 4X64 O; 4I0X B; 2ZT9 B; 4DV2 B; 2ZXW B; 5IY5 B; 5DM6 V; 1Q43 A; 2RCV A; 3CCU V; 4DR5 B; 2B5U A; 4DXW A; 4UCU A; 2UUB O; 2OWO A; 3P3P A; 1GMG A; 3F5W C; 2BE3 A; 2FB5 A; 3KCX A; 1NVP D; 1AI4 A; 4OPH A; 4X88 A; 4CH4 A; 3FAV A; 4O2A B; 2KB1 A; 1Y76 A; 1KYO F; 1Y6X A; 4CC6 A; 1B04 A; 4DV0 O; 2XAS A; 3Q4H A; 3SPC A; 4D7S A; 2BSK B; 3HKC A; 4WFA V; 3K0D A; 2GTA A; 4MVS A; 2PY5 A; 2QDO A; 1Z2G A; 3OUS A; 3QVN A; 5JWP A; 1HW7 A; 2RN9 A; 1SC5 B; 3W7T A; 3CC2 V; 4UUJ C; 4IIJ B; 1JJO A; 4NXM B; 5LMN B; 5IE9 A; 1K4D C; 2LJ2 A; 2ZIO A; 4H0L B; 5L3G A; 2JRI A; 4PA6 A; 1N0J A; 4YIP A; 2IJH A; 5CA0 B; 5DEC A; 4AQY B; 5LA6 A; 3CC4 V; 2IH3 C; 2CTP A; 2JEX A; 5E79 Z; 3STZ C; 3ZBH A; 3CJH B; 3CX5 F; 4XDK A; 4QIW F; 3W7U A; 4C7U A; 1IBL B; 4EKW A; 4X62 B; 4ZKI A; 4HYO A; 2AZ0 A; 1W59 A; 3QO5 A; 2YXH A; 1AR4 A; 1IXM A; 4P30 A; 2QKC A; 3STL C; 1GRJ A; 5GON B; 2LGW A; 3NR7 A; 4X20 A; 1AI6 A; 3PJS K; 4KXR A; 4FVM A; 3J81 N; 5B5E Z; 4DR1 B; 4DR7 O; 1I0H A; 5DED A; 1EBO A; 4Z2W A; 4LF9 B; 1NTZ H; 2QJ1 A; 3KG2 A; 1VQ6 V; 2Y69 B; 4DV5 B; 1S72 V; 2LFR A; 4E2L A; 2UXC O; 1KQS U; 4PDR A; 5C93 A; 2E76 B; 3APQ A; 2XAJ A; 3E2E A; 5IWA O; 1NT2 B; 2X6C A; 1S5J A; 3JAS A; 2KG7 A; 5LP6 C; 2UXD O; 1YTF B; 3ZMZ A; 3JCZ A; 3RYH B; 3RYC A; 1MMM A; 2ZM6 B; 1FD9 A; 3RYF A; 1A32 A; 1I5Y A; 3ZCC A; 5HFM A; 1YSC A; 2DN9 A; 1MA1 A; 2HKO A; 1EFR G; 2RJZ A; 1Q7Y W; 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2OIG A; 4IGG A; 5LP6 B; 4LF9 O; 3L9D A; 3WG7 C; 1K3E A; 1S0V A; 3P3N A; 1YHQ V; 1M57 C; 1L0N H; 4DV1 B; 1WA8 B; 3ZJZ A; 2UUC B; 4LCU C; 1W0K G; 2YIA A; 1FS0 G; 1RM1 C; 2WLL A; 3JYC A; 2QWP B; 1VIB A; 4UVA A; 3B40 A; 5B1O A; 4FZ0 A; 4DUZ B; 1R3J C; 5JQG A; 3A8T A; 1WLE A; 1XMO B; 1AI7 A; 4K35 A; 3JD3 A; 4O4H B; 2CGO A; 4WBN B; 2HEP A; 1QVF U; 3OD4 A; 4BWA A; 3G4S V; 4KUM A; 4DR4 B; 4DK1 A; 2F23 A; 4GCZ A; 4U7N A; 1VQO V; 1GN6 A; 3UO2 A; 3UO3 A; 4J7Z A; 4O4I B; 2UU9 O; 4U3F H; 3ZRV A; 1NR1 A; 2CAZ C; 4DR3 B; 3ETD A; 2YXY A; 5F2V O; 5KLV H; 4XDJ A; 3FFQ A; 4U3J A; 4G27 B; 1M56 B; 3T1C A; 4JI2 B; 4JI7 O; 3OEH G; 1BHB A; 4GZR B; 1PL0 A; 1GN2 A; 5EBW C; 1BSM A; 3LDE A; 1SF9 A; 4TWK A; 1JA8 A; 3RW0 A; 1XI1 A; 4IT5 A; 2LP7 A; 3GB7 C; 3THO A; 2AHZ A; 2ZD9 A; 3AG1 B; 2MW2 B; 1E1Q G; 1GK9 A; 1CPY A; 5LXT A; 2KSD A; 4X64 B; 4KHP O; 4DV3 O; 3FB6 C; 4TV8 B; 3N2G B; 2QGN A; 2DQ0 A; 3AK2 A; 2OCC C; 3TJT A; 3RWR D; 4PHZ A; 3UKM A; 4B7E A; 2YSU B; 5JJJ B; 4FLY A; 4DR6 O; 3HKE A; 2MK3 A; 2UUB B; 2PI5 A; 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