The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
73
|
structure length |
73
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Chain Sequence |
MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATRAGKQIVERILKEES
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for a Novel Interaction between the NS1 Protein Derived from the 1918 Influenza Virus and RIG-I.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule keywords |
Non-structural protein 1
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| total genus |
21
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| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR6 O; 5BXZ A; 2VQE O; 1HR0 O; 4K0K O; 3J81 N; 5FLX N; 1G1X B; 4JI5 O; 1NS1 A; 1N34 O; 3T1Y O; 1HNW O; 4OX9 O; 2Z0A A; 1F7Y A; 4DV4 O; 1N36 O; 1HNX O; 4JI0 O; 3O65 A; 4B3R O; 4JI6 O; 4X66 O; 2UXD O; 4B3T O; 4YY3 O; 1IBK O; 2HHH O; 1A32 A; 1DK1 A; 1XMQ O; 2UUC O; 4DR3 O; 4DV5 O; 1AB3 A; 1J5E O; 4DV7 O; 4DR7 O; 4B3S O; 4LF8 O; 1KUQ A; 4JV5 O; 5LMN O; 2FKX A; 4LFB O; 5A2Q N; 4DV3 O; 3F5T A; 4DUY O; 2DJV A; 1YZB A; 1R6T A; 4LFA O; 1IBM O; 3SDL A; 1AIL A; 4GKK O; 4DR4 O; 1FKA O; 3J7A U; 5BY1 A; 3J80 N; 4X65 O; 3RT3 C; 2ZKO A; 4A5U B; 5BR8 O; 2VQF O; 1IBL O; 4NXM O; 3JAM N; 1XNR O; 4DR2 O; 2JRI A; 2ZM6 O; 3OTO O; 4OPA A; 4X62 O; 4DR1 O; 2AGA A; 2F4V O; 1R1B A; 4JI2 O; 1FYJ A; 1X59 A; 3T1H O; 5LMU O; 4LF6 O; 3R66 A; 4DR5 O; 4AQY O; 4JI7 O; 2UXB O; 4JI8 O; 4JI1 O; 5IT9 N; 4DV1 O; 1N33 O; 4LFC O; 4OPH A; 1XNQ O; 2LW7 A; 1HNZ O; 4DV2 O; 5IWA O; 4JYA O; 4B3M O; 2UU9 O; 4LF5 O; 2N74 A; 2DOS A; 3M8A A; 5H5N A; 4DV6 O; 2UXC O; 1FJG O; 1I94 O; 4NXN O; 4LF7 O; 4KHP O; 1XMO O; 4JI3 O; 4LF9 O; 2UUB O; 1XEQ A; 4DUZ O; 4YHH O; 2UUA O; 4LF4 O; 2E5L O; 4DV0 O; 1D2D A; 4JI4 O; 5LL6 Y; 1N32 O; 4GKJ O; 4X64 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UCR A; 4UXN A; 2CGO A; 4UB8 Z; 2VQE O; 1Q6U A; 1SS3 A; 5EIB D; 4RAI A; 1J95 A; 1N34 O; 1EBO A; 2MK3 A; 1YIJ V; 3A0B Z; 5EC1 C; 1GRJ A; 4OX9 O; 2YIB A; 3E8G A; 5CN0 A; 3ZS8 C; 2BSK A; 4X62 B; 1Q90 D; 3LUT B; 1HNX O; 3RVZ A; 1Z2G A; 1ZAU A; 4ABM A; 2UXD O; 2QWO B; 4UCS A; 4B08 A; 1IBK O; 4PDM A; 1V9P A; 1I0H A; 4O2A A; 4ZOL B; 2ZD9 A; 4CS3 A; 1XNQ B; 3K3W A; 4CC6 A; 1Q8I A; 1V55 C; 4X1Y B; 3AG2 B; 2ZE7 A; 3H1K H; 3PJS K; 5CA3 A; 2UXC B; 3LNM B; 4Z1V A; 4L8J A; 4LF9 B; 3BA9 A; 1ZX3 A; 3OUF A; 1ZL8 B; 3SDL A; 2QGN A; 3OEE G; 5BY1 A; 3WG7 C; 3CSX A; 4FZ1 A; 4X64 B; 1BHB A; 2ZKO A; 2KB1 A; 2EBO A; 4XDJ A; 1IBL O; 2VQE B; 1TVK A; 3SYP A; 1YDX A; 3ZMS A; 1SES A; 1N34 B; 4OX9 B; 2DYS B; 1VQN V; 1M56 B; 1HNX B; 3L72 H; 4TSF G; 3CWB H; 2UXD B; 1QR9 A; 3OMA B; 2A79 B; 2PF4 E; 3WB0 A; 5L3C A; 1IBK B; 1GAX A; 4PV1 B; 5J2U B; 4J9Y B; 5JWP A; 3H1J H; 1IX9 A; 2R9I A; 3ZRS A; 3WFV A; 3JCZ A; 4LBE C; 1GM7 A; 1FPO A; 2V1D A; 5H5N A; 1VQM V; 2M6Y A; 4MTO A; 4GZR B; 3AG4 C; 1AP6 A; 2UXX A; 5B3S C; 4NB5 A; 1AR4 A; 2CTR A; 5KHG A; 3OGC C; 2N04 A; 3CEI A; 1XUQ A; 3ABM B; 4IHJ A; 1OCC C; 1IBL B; 3CS5 A; 4E2L A; 4FFB A; 3OEH G; 3E89 A; 4TQD A; 4I5S A; 3O65 A; 1BMF G; 1JA8 A; 4X20 A; 1SET A; 1JVM A; 1ZSP A; 3BA8 A; 4GUN A; 4MVZ A; 1NI8 A; 1RSO B; 1MSD A; 1PP9 H; 4BAY A; 3H1I H; 3K9S A; 4R6Z A; 4IYH A; 1P7B A; 1QLE B; 4PI0 A; 2EIM B; 4FFK A; 1Y66 A; 2GHY A; 2EUL A; 4LWS A; 1K7D A; 1YZB A; 4ZOL A; 5E1A C; 2WLN A; 3DXR A; 2F43 G; 4LR3 A; 3H1H H; 1WPB A; 2PY5 A; 2VQF O; 1RPO A; 1I5Y A; 2Z3Y A; 2WAM A; 5J2T A; 1ZL8 A; 3M7M X; 4G28 B; 2JDI G; 1FYJ A; 1JJ2 U; 1BL8 A; 2JIZ G; 3N2K B; 1N33 O; 4LFC O; 3E8H A; 1XL6 A; 3PN1 A; 3TCU A; 2YUA A; 3I5D A; 2Q68 A; 4TUY B; 1JFF A; 1FXK B; 2X6C A; 4NXN O; 1S77 D; 3N2G B; 2QE7 G; 1DF4 A; 1MAB G; 4X1K B; 4DV0 O; 1M5I A; 4ZKI A; 1N8R W; 4WCE V; 4NYK A; 4JYB A; 4JI5 O; 1AI7 A; 3GWK C; 1FS0 G; 3STL C; 2P6J A; 1B06 A; 2BE3 A; 1PNM A; 2EIJ C; 1WA8 A; 3HKB B; 3K59 A; 1A32 A; 2XAQ A; 1Q81 W; 4FLV A; 1T5E A; 5D5Q A; 1N33 B; 1TGO A; 5KHJ A; 2EJ7 A; 4P30 A; 3OR7 C; 4MVS A; 3WB1 A; 1VAR A; 2K1E A; 3RGB A; 1Y6X A; 3UT5 A; 3CCE V; 5CBG A; 4NXN B; 1NH2 D; 2YEV A; 3ZMU A; 1AIL A; 1SQB H; 3S3W A; 3J7A U; 3ZJZ A; 3TXQ A; 4DV0 B; 1BGY H; 3J80 N; 3RT3 C; 2Q67 A; 3A0H Z; 1G8M A; 3E86 A; 4K8Z A; 3CRR A; 1COW G; 5FNV B; 1OJH A; 4TV8 B; 4JI5 B; 1AR5 A; 1S3J A; 3QF7 A; 3IGA C; 3E83 A; 2Y69 B; 4DR1 O; 1F51 A; 5AG2 A; 3GVM A; 1G4Y B; 1AI6 A; 1X4T A; 4K8X A; 2W6J G; 2FML A; 4BW5 A; 4DV1 O; 3ZHV A; 4J42 A; 1HNZ O; 2CGN A; 2N74 A; 3QO5 A; 1GN3 A; 4EFE A; 4ZBM A; 3G80 A; 3N2K A; 5JJE B; 1Q7Y W; 3K5N A; 5B1B B; 1GN6 A; 2XUM A; 3ZMT A; 3P30 A; 1FFT B; 4MVO A; 1R3L C; 5GTH Z; 3CME V; 3U10 A; 1KP3 A; 2Q73 A; 3QO7 A; 1CXZ B; 4TUY A; 4QPJ A; 3UQ8 A; 4YJ2 B; 3IC9 A; 3JAK B; 4TQF A; 3QVN A; 1HNW O; 1NKD A; 4NKG B; 4BIZ A; 3AK2 A; 1K9M W; 4DR1 B; 3CC4 V; 2YIA A; 3JD4 A; 1Q82 W; 4JGS A; 1VQ9 V; 5IJ9 A; 5LHH A; 2ZR2 A; 4DRX B; 4IGG A; 4DV1 B; 2E76 B; 2A06 H; 3ETQ A; 2OTJ V; 3CRQ A; 4H13 B; 1HNZ B; 3F7Y C; 4UFZ A; 2Q7G A; 4B3S O; 2A7W A; 2WA3 A; 1VQL V; 1VEW A; 1VF6 C; 3FB6 C; 1YIT V; 1F23 A; 3AK3 A; 2IU0 A; 1QLN A; 1QVF U; 3P3P A; 4X65 O; 2DYR C; 3RYF A; 1IZ3 A; 1VQO V; 4C7U A; 1WAZ A; 5L3F A; 1IUR A; 4JZ2 A; 4BIU A; 4R7C A; 4UV9 A; 3ASO C; 1HNW B; 4ZI7 B; 3ML0 A; 4JZG A; 1GM8 A; 5FNV A; 4L87 A; 3B2E E; 4TV8 A; 2ZR3 A; 2UXB O; 5FPO A; 3CYO A; 4JI4 B; 3W7X A; 4BW9 A; 1M57 B; 1S5L Z; 3RW0 A; 2YXH A; 5LHG A; 5DN6 G; 1BCC H; 5IY5 C; 2X6A A; 1AI4 A; 4B3S B; 5GW7 A; 1KQS U; 3F7V C; 2HVK C; 4MW3 A; 4FZ0 A; 3L73 H; 1QCE A; 4HYO A; 3APO A; 4B7E A; 3VBB A; 2GUZ B; 3ABK C; 4LF4 O; 3K03 A; 2W0X A; 3WB2 A; 2PZS A; 2BCC H; 1N32 O; 4X65 B; 4MW8 A; 2CTP A; 5B1A C; 1WB7 A; 4Q20 A; 3HKD A; 3C3T A; 3RYC B; 4XDK A; 3D3Q A; 2CTW A; 5LA6 B; 1DTO A; 1L0N H; 2P4V A; 3GB7 C; 1SQG A; 3JAS B; 1N36 O; 4JI0 O; 1YJW V; 4YJ3 B; 1P49 A; 1DF5 A; 1OCO C; 3KCX A; 4YJ2 A; 3JAK A; 3G71 V; 1VQ7 V; 1NR7 A; 1V55 B; 3CRM A; 3E22 A; 3ICX A; 3MD0 A; 3ZHR A; 2UXB B; 5BZB A; 3AK1 A; 4KFM A; 2D3O W; 4J10 A; 1K4D C; 1TAE A; 1MMM A; 3SJB C; 3CMA V; 1GH6 A; 3JD2 A; 3WG7 B; 4NTW A; 3FFQ A; 1PM9 A; 2FTK A; 4DRX A; 1OHH G; 1NZ6 A; 4DUY O; 2Y0I A; 1SER A; 3RYI A; 1QHT A; 1IBM O; 4LF4 B; 5KMG B; 4MVR A; 1N32 B; 4RUF A; 1LR1 A; 4WFG A; 2P5O A; 1WJZ A; 3H01 A; 4UB6 Z; 4CBC A; 4UUJ C; 1OV9 A; 5H6Q A; 5LOV B; 3BCC H; 4YXW G; 3AG7 A; 3KZI Z; 2RN9 A; 1N36 B; 4JI0 B; 1TVK B; 3OUS A; 4JI2 O; 2XAG A; 2YSU B; 3WU2 Z; 4RWU A; 3LSU A; 4GX5 A; 4GX2 A; 5IT9 N; 4ZI7 A; 2EZP A; 1ZUQ A; 3AG4 B; 2X0L A; 5KHK A; 2IJH A; 3CXH F; 3K57 A; 2UU9 O; 1KD1 W; 4AIL C; 5B3S B; 4I55 B; 3OTF A; 5CBF A; 2EIL C; 3S3X A; 2DWD C; 4JYY A; 1OCC B; 5CA1 B; 4DUY B; 2A0L A; 1IBM B; 4YHH O; 2ZDI A; 3AEI A; 1D2D A; 3IAY A; 4EEQ A; 2JJ2 G; 1QBZ A; 1KU9 A; 3EXA A; 1H2K A; 2GV9 A; 4EKW A; 1FFX B; 2YIB D; 3CB2 A; 3T1Y O; 1U96 A; 1B6Q A; 1MZE A; 3ZX6 A; 2Z0A A; 1SA0 B; 2QM8 A; 4GX1 A; 4I0X B; 1GK9 A; 4IIJ B; 3SJQ C; 1ZLZ A; 4JI2 B; 4JI6 O; 3SGI A; 1G6U A; 4FFB B; 4JAS A; 3OM3 B; 5KHH A; 4YY3 O; 2DN9 A; 1N0N A; 4QJF B; 3RYC A; 3FKS G; 4WFH A; 2IJK A; 5LA6 A; 3T4Z A; 4X20 B; 3JAS A; 1S5J A; 1AJP A; 4YJ3 A; 1AB3 A; 5IDJ A; 4JPR A; 4DV7 O; 4UV8 A; 2WLL B; 3MAQ A; 2UU9 B; 4AI8 A; 2OYQ A; 5LMN O; 5BMV B; 4MVU A; 5A2Q N; 5JH7 B; 4FM1 A; 3UCS C; 1AP5 A; 3IC7 A; 4YHH B; 2F1M A; 2QWQ B; 4DW1 A; 3BAB A; 3ETD A; 4LWS B; 2LGW A; 4ICG A; 2WLJ A; 2DW4 A; 3CXC U; 3DXR B; 3FD9 A; 2EIN C; 2V7Q G; 5B5E Z; 4B3M B; 3T1Y B; 2HG5 C; 5B1N A; 2LW1 A; 2ZM6 O; 3OTO O; 5KMG A; 4J7J A; 2ADQ B; 3RBZ A; 4CZZ A; 1NR1 A; 2XTA A; 4YIP A; 4JI6 B; 3FYE B; 1GMG A; 2WSS G; 5J2T B; 3D8C A; 4LH7 A; 3CCM V; 1Q3E A; 4YY3 B; 4O4L A; 4JI8 O; 5LOV A; 3SPI A; 1W0J G; 3P32 A; 1GTO A; 1V54 C; 5JVD B; 4DV2 O; 5IE9 A; 4JYA O; 4DV7 B; 3CRA A; 2EZO A; 2DOS A; 2IH1 C; 4MT8 A; 5LMN B; 2WWW A; 3A0R A; 4LF7 O; 2XND G; 1Q5O A; 1W0K G; 1XL4 A; 2N05 A; 2B1I A; 2QTO A; 1JFF B; 4UCV A; 4I55 A; 1WP8 A; 1VF5 B; 2Y4T A; 1AJQ A; 2M7W A; 1QU7 A; 4X1I B; 1M93 A; 5BXZ A; 3CJH B; 1SQP H; 1HR0 O; 2EIJ B; 3K79 A; 5CA1 A; 1G1X B; 2PGG A; 4NVP A; 3CCU V; 5EIB C; 5EZY B; 2ZM6 B; 3OTO B; 3JCU Z; 1UJW B; 3CC2 V; 5ITZ A; 3BY6 A; 3QNE A; 2CE4 A; 1FFX A; 1YJN V; 3HKE A; 1FXH A; 1XMQ O; 4JI8 B; 5IJ0 B; 1SA0 A; 4I0X A; 3K58 A; 1WA8 B; 4IIJ A; 4DV2 B; 2VS0 A; 4JYA B; 3OGI B; 1AJN A; 4N23 A; 4JV5 O; 4O2B A; 1FXV A; 4PA3 A; 2MW2 B; 4LF7 B; 2YXL A; 4PDV A; 4G27 B; 5K1P A; 3LSS A; 1O9H A; 1KYO F; 1E79 G; 1BQZ A; 2WLL A; 1SKV A; 1IXM A; 3G6E V; 3B09 A; 1R6K A; 2GTS A; 3MHS C; 3UT5 B; 5BMV A; 4A5U B; 3ZMZ A; 4NXM O; 5JH7 A; 2YEV B; 3ZRV A; 2AZ0 A; 3ZHU A; 1WB8 A; 3OE7 G; 2JGD B; 1K73 W; 4UVA A; 2PI5 A; 1GKF A; 2HKO A; 2K9P A; 3VQY A; 2W0F C; 3L70 H; 5JQG B; 4JI7 O; 4OGQ B; 3OD4 A; 1ZWI C; 1XMQ B; 1VQ8 V; 1MNG A; 1M4U A; 4Z1M G; 5IWA O; 1RFY A; 2W6I G; 5E79 Z; 2HP8 A; 5L3E A; 4DV6 O; 2DWE C; 4JV5 B; 2VWK A; 5J9P C; 4H0L B; 1FJG O; 4PHZ A; 2AHZ A; 3MDS A; 3SYQ A; 2QKS A; 1L0L H; 5LP6 C; 2UUB O; 4LNU A; 3T2M A; 4HBN A; 5JVD A; 4R50 A; 5JJJ B; 3ETE A; 5KA5 A; 4NXM B; 3QG5 A; 2JEU A; 5KAI Z; 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1K5S A; 5KLV H; 1WP7 A; 3EFF K; 2KKW A; 1CPY A; 3HKD B; 3UKM A; 5HFM A; 2XT9 A; 1MOF A; 2V4D A; 1DK1 A; 3CE2 A; 1XDC A; 2D2C B; 4UVB A; 4WBN A; 2UUC O; 1N4C A; 2UXN A; 3FAV B; 4K35 A; 3E22 B; 1VF6 A; 3CCR V; 3LSQ A; 1AR1 B; 2GSM B; 3L74 H; 1XMO B; 5DM6 V; 2QM7 A; 4PA9 A; 2E5L B; 4MSW C; 4NTY A; 3ZRW A; 4FJC C; 1YXB A; 1JJO A; 1Q6I A; 3RYI B; 1I7F A; 1WN7 A; 2NN4 A; 5IYB O; 5IYZ A; 2JEX A; 3L71 H; 3CHX A; 4N21 A; 4BR6 A; 2CUG A; 2IJI A; 4W4K A; 2DMX A; 2HFE C; 4HNA A; 2WLK A; 3SJA C; 3K0G A; 5KA6 A; 3HPL C; 3OMN B; 3CCS V; 2F4V O; 1R1B A; 3I56 V; 4KL1 A; 2XAH A; 1XHX A; 2LP7 A; 2A3Q A; 2EIL B; 2QSA A; 2ZNI A; 4G2K A; 2RNB A; 1NVP B; 2UUC B; 3ABL C; 3T1C A; 4EB6 B; 2JVD A; 4K3A A; 2LGQ A; 2RDC A; 3SJC C; 3JD3 A; 3BPZ A; 2IH3 C; 1VQ4 V; 1Y74 A; 1N0J A; 1XIL A; 2LJ2 A; 5B66 Z; 3M99 B; 4U3J B; 3JAW A; 4LH6 A; 2E75 B; 2XHB A; 1RM1 C; 4IT5 A; 4MTF A; 5A9G A; 1XHZ A; 1PKX A; 2CH7 B; 1F7Y A; 2GBO A; 4D6T H; 1JPX A; 1R3I C; 2F4V B; 3APQ A; 3W7T A; 2QWR B; 4DW0 A; 1KC8 W; 4WFE A; 3K06 A; 2XAS A; 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