The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
64
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structure length |
60
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Chain Sequence |
MMTKKERIAIQRSMAEEALGKLKAIRQLCGAEDSDMQEVEIWTNRIKELEDWLWGESPIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Shewanella oneidensis
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| publication title |
Structure of SO2669 protein from Shewanella onedensis Mr-1, a singleton of unknown functions.
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical protein SO2669
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| total genus |
24
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
64
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | SO2669-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GBO A; 2ODM A; 2NR5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K7D A; 4JYY A; 3KCY A; 2DW4 A; 4B3R O; 1HNW B; 4MTO A; 3ZN1 A; 3JYC A; 3ZHS A; 2GUZ B; 2RNB A; 4FK5 C; 1WN7 A; 5IY5 B; 2ITC C; 1D5N A; 3LSS A; 2YIB A; 1GAX A; 2QEX V; 4LF9 B; 1XHX A; 3JD2 A; 3RVZ A; 4K0K B; 5FPR A; 1H2N A; 3ABM B; 5B66 Z; 4PHZ A; 3GWK C; 4LCU C; 1SQQ H; 5LXT A; 3ETQ A; 2V4D A; 3QO5 A; 5B5E Z; 1KD1 W; 5KX5 A; 4BAY A; 4ZOL B; 4TQF A; 2IH3 C; 3OT7 A; 1EN4 A; 2L35 A; 3BY6 A; 2OT5 A; 3RYC A; 2IH1 C; 1HNW O; 3CWB H; 2DWE C; 2L6L A; 4LF9 O; 1JA8 A; 1QHT A; 4DR7 B; 1R3I C; 2YID A; 2JEU A; 3X2Q C; 4K0K O; 1Q7Y W; 1QU7 A; 2QA4 V; 4JAV A; 4O2B A; 4FLU A; 1N8R W; 3SR2 C; 2VWJ A; 1N34 B; 2V7Q G; 2YI8 A; 2RMK B; 5IYB O; 5LYJ B; 1IDS A; 2BSK B; 1VQP V; 5DED A; 4OPH A; 2LW7 A; 3JAW A; 1QBZ A; 3F7Y C; 5HFL A; 3TGU H; 1AVM A; 4FZ1 A; 2X6C A; 3OR6 C; 1AJN A; 1Q6U A; 3SYO A; 3SPG A; 2HKO A; 4U3J A; 2UUA B; 3EVK A; 1TGO A; 2ARH A; 1IUR A; 4E2L A; 1H38 A; 4UVB A; 3UKM A; 1EM1 A; 5JJE B; 3BFR A; 4Q20 A; 5H9C A; 3HKD B; 3SPI A; 2YEV B; 3FB5 C; 3HKB B; 3IGA C; 1CPY A; 4X1K A; 3J7A U; 1Q86 W; 1N34 O; 2HVK C; 4D7T A; 3H1J H; 3P3N A; 3CCR V; 2DN9 A; 1KQS U; 4FLT A; 4PA7 A; 3ZHV A; 4DV6 B; 1BHB A; 3AG3 C; 2E76 B; 2AZ2 A; 5E79 Z; 2UUA O; 3T2M A; 3B8N A; 4N21 A; 4EKW A; 2ZNI A; 1PD3 A; 2BOC C; 4O2A B; 5F2V O; 1OHH G; 3OAA G; 1K4D C; 4ZIB A; 4O4J A; 1AI4 A; 4WF9 V; 1W0K G; 2WAM A; 2UXD B; 3G71 V; 2GV9 A; 2EIM B; 1TUB A; 2IJK A; 3E89 A; 5IY5 C; 3UM7 A; 3BPZ A; 2GBO A; 4I4T B; 4LF8 B; 5JJN B; 4DV6 O; 2K9P A; 3MAQ A; 1GRJ A; 4NTY A; 2FTK A; 4UCS A; 3KG2 A; 3OUF A; 1UFI A; 2QKC A; 2WLM A; 1E1Q G; 5J2T A; 1B6Q A; 1B3Q A; 1K73 W; 1EZJ A; 4KFM A; 5LA6 A; 1PV0 A; 3APO A; 5J2U B; 2P6J A; 4H13 B; 1GMG A; 2BTQ A; 5K1X A; 3R66 A; 2UXD O; 1DF5 A; 2R9R B; 4GX0 A; 1AR1 B; 2JS3 A; 2WA3 A; 3TCU A; 4MSW C; 2JVD A; 4BWA A; 2VS0 A; 5FL7 G; 2IJH A; 1YF2 A; 3OEH G; 5KLV H; 2PI5 A; 1EBO A; 5KHI A; 2E74 B; 4DV5 B; 2XHB A; 4UVC A; 2PYJ A; 1AP6 A; 1YI2 V; 1Y76 B; 3ZHQ A; 3MDS A; 1WA8 A; 2Q4P A; 3RYH A; 3ZHT A; 1BZK A; 4DV7 B; 1AI5 A; 4TWK A; 2CGO A; 2DMX A; 4J7K A; 4HNA B; 5L3C A; 2UXN A; 4WFG A; 1NZ6 A; 1AJQ A; 3AG7 A; 4WCE V; 1VQK V; 1Y74 A; 5JJJ B; 2QR4 A; 2Y4U A; 4I9Q A; 2Z5U A; 3UQ8 A; 1F4M A; 3D3Q A; 2Z0A A; 3ICX A; 4JI6 B; 4Z1M G; 2ZXW B; 5BMV B; 1RM1 B; 3CRM A; 3CEI A; 1I7F A; 1K92 A; 4DV5 O; 4KHP B; 3VQW A; 1WPB A; 5LOV A; 3CD6 V; 4WBN B; 1L1F A; 4DV7 O; 2ZIM A; 2FKX A; 2F95 B; 5ITZ B; 1JFF B; 4IGG A; 4QE7 A; 1URF A; 5H2F Z; 5LHI A; 4I50 A; 4MS2 A; 4B3S B; 4HBN A; 1S3J A; 3RYF B; 3AK1 A; 4B08 A; 1PM9 A; 1MZE A; 1FFT B; 1MG1 A; 2QJ1 A; 4X20 B; 4HAM A; 3LDD A; 3A0R A; 2VRZ A; 1GN6 A; 4CS2 A; 2AZ0 A; 5GON B; 3GWO A; 2EIJ B; 1AJP A; 3CSX A; 4QGP A; 5KMG B; 1K5S A; 4KHP O; 1MMM A; 3FB8 C; 1R1B A; 3AG1 B; 4FLX A; 3G80 A; 1SF9 A; 2WLI A; 2GDS A; 2HG5 C; 4PI0 A; 2XAS A; 5EK0 A; 4FPP A; 2RDC A; 2PGG A; 1F51 A; 2JDI G; 1OZ0 A; 3HKC B; 1OCR C; 5IYZ A; 2PI4 A; 1ZLZ A; 3C3S A; 3WB1 A; 3G6B A; 4EB6 B; 2DQ3 A; 3OE7 G; 4NKG B; 3UT5 A; 1SQP H; 5IYC O; 5BXZ A; 3VQV A; 2GSM B; 3K57 A; 4JGS A; 4YJ3 A; 3JCU Z; 1FFX B; 5GTH Z; 4MVQ A; 3ZRS A; 3QNE A; 2Q9L A; 2CAZ C; 3WB2 A; 1F7Y A; 4UCU A; 3L9D A; 4CH6 A; 2HHH B; 1AI7 A; 1AR5 A; 3BRC A; 3N2G B; 4BW5 A; 2JGD A; 1XRE A; 4LF7 B; 1V54 B; 1G4Y B; 4FZ0 A; 2B1G A; 5C93 A; 4F6R B; 4JAU A; 2DYR C; 3E83 A; 2YSU B; 4J10 A; 3BCC H; 3K5M A; 2XAQ A; 1IX9 A; 4LR3 A; 2F93 B; 1HR0 B; 1EZV H; 5EZY A; 1FXK C; 2ADP A; 3ABU A; 1JJ2 U; 4PDV A; 2ZXW C; 2KQX A; 1RM1 C; 2HLD G; 4JTC B; 2HHH O; 2CTP A; 5FNV A; 2P7T C; 4DR3 B; 4UCR A; 3RYI B; 5LP6 B; 4LF7 O; 3EFF K; 1S5L Z; 4PI2 A; 4D7S A; 4LWS B; 2PF4 E; 1ZL8 A; 3QG5 A; 2IBZ H; 4BIO A; 1R6N A; 3K3W A; 1BGY H; 2B1I A; 1WB8 A; 2YXL A; 3KKY A; 1HR0 O; 2ZE6 A; 3FAV A; 3ETD A; 2AXT Z; 4TV8 B; 2WA4 A; 4JZ2 A; 1W2B U; 3CCM V; 1FYJ A; 2EIJ C; 1P7G A; 3J81 N; 4DUY B; 2KG7 A; 2W0F C; 4B3T B; 4DR3 O; 4FLV A; 4GZR B; 3D36 C; 3AG1 C; 2OTJ V; 1JQ0 A; 5B1B B; 3IC9 A; 1ZX3 A; 1G6U A; 3OUS A; 4ASU G; 2XUM A; 1S72 V; 3NXS A; 2JK5 C; 1UJW B; 3CB2 A; 3H1H H; 2XND G; 2P22 C; 4J7Z A; 4D6T H; 4JI5 B; 2EZO A; 4H0L B; 2YIA A; 3SYC A; 4DUY O; 1XL6 A; 4B3T O; 1LUV A; 1S0V A; 4JF3 A; 1QLE B; 1VAR A; 4UCO A; 3T1H B; 1M56 B; 4P2Z A; 2ZE8 A; 3OEE G; 1OCO B; 2ZNJ A; 4O4H B; 2YC0 A; 1YCI A; 4MVO A; 2DYS B; 3K0G A; 2N74 A; 2YUA A; 2EIL B; 1ORQ C; 4FM2 A; 1I0H A; 1OCC B; 1GM9 A; 2IW5 A; 2YIB D; 1L8D A; 2PYL A; 4JI5 O; 2CE4 A; 5KAI Z; 5L3D A; 3T1H O; 1NBM G; 3JSL A; 4DV1 O; 3SYP A; 3H01 A; 4X8A A; 1EN6 A; 2CH7 B; 2A06 H; 1SER A; 3B2E E; 1O9G A; 2LQT A; 1QR9 A; 5KA5 A; 2Y0I A; 4O4I B; 3E22 A; 3CC4 V; 2ITD C; 3OGI B; 4ZOL A; 4HYO A; 2A3Q A; 4I0X A; 1EN5 A; 2QWQ B; 5IDJ A; 1FXH A; 3ZX6 A; 1BE3 H; 3ZMS A; 3C3T A; 1I94 B; 1YVW A; 1V9P A; 2LO1 A; 3DTU B; 1G8M A; 2BTO A; 5IJ9 B; 4YJ2 B; 1COW G; 4LH6 A; 2Q7E A; 4AIL C; 1NI8 A; 4LFB B; 3FD9 A; 3SPH A; 3W7W A; 5JH7 B; 3T1C A; 1PPJ H; 1ZTE A; 4LH7 A; 3JAS B; 3ABK B; 3T4Z A; 2Y69 C; 4RAI A; 4XDK A; 1GKF A; 5KUM A; 3TET A; 2YIC A; 4LF4 O; 1B04 A; 4PD4 F; 1KKD A; 4Z1V A; 4JTD B; 4LFC B; 4DR5 B; 3AG4 C; 5CB4 A; 3ZMT A; 5C8Y A; 3CCV V; 1S77 D; 3QVN A; 5JQG B; 1SZX A; 1I94 O; 3ABL B; 3UCS C; 1CP9 A; 1JPX A; 5B1B C; 2W6I G; 2ZR3 A; 1WNS A; 3ASO B; 4QPJ A; 3JSN A; 2QWO B; 3CCU V; 3IC7 A; 4KUM A; 4LFB O; 3D3I A; 2VQF B; 1NTK H; 2Q6A A; 4NTW A; 4WFH A; 1GN2 A; 3PN1 A; 4ZBM A; 2YEV A; 1P49 A; 3JAT A; 1Z5W A; 2WLJ A; 3QO7 A; 2CTQ A; 4NB5 A; 5H6Q A; 4ICG A; 4PA3 A; 3THO A; 2LP7 A; 4LFC O; 4JI7 B; 5CA3 A; 5IWA B; 4DR5 O; 3RWR D; 2P4V A; 4LNU A; 2PTM A; 2WPD G; 2R9I A; 5D5P A; 1YJW V; 2DOS A; 5EBL C; 5LMU B; 1DLB A; 5LL6 Y; 1QLE C; 1SA0 A; 1H2K A; 1M56 C; 2LGW A; 3K04 A; 3S3X A; 4YXW G; 2Q0A A; 1K34 A; 3JD0 A; 2VQF O; 4CS3 A; 3Q4H B; 3UO3 A; 2P5O A; 3N2K A; 1R6T A; 3TJT A; 3ZBH A; 4LF6 B; 2WWW A; 4JI8 O; 1P7B A; 2EIL C; 1BHA A; 1M1K W; 1OCC C; 1A32 A; 1MZF A; 2ADQ B; 1M9N A; 3RYC B; 3CCJ V; 4JI7 O; 5IWA O; 3MHH C; 4UXN A; 5LMU O; 4DR1 B; 4TUY A; 1SS3 A; 5FLX N; 3RT3 C; 3JD1 A; 5H6R A; 4FLZ A; 5IE9 A; 2X7R B; 1U97 A; 4XDL A; 1WB7 A; 4J41 A; 4P9P A; 1Q3E A; 4OX9 B; 4DRX B; 4GCZ A; 2HP8 A; 4LF6 O; 3MHS C; 4FMT A; 4OPA A; 1RFY A; 3K9S A; 2PUS A; 5EBW C; 5JVD A; 3T1Y B; 4QE9 A; 3OR7 C; 4FIP C; 4IHJ B; 2M6Y A; 4IIJ A; 3A0B Z; 3CRC A; 4U3J B; 1JOY A; 2Q0O C; 4PA9 A; 3G6E V; 1S5H C; 4DR1 O; 2V1D A; 1N4C A; 3SJB C; 4PDL A; 1JJO A; 3CCE V; 3JAR B; 4NR1 A; 3K79 A; 3ABK C; 4BR6 A; 1VQ6 V; 3ABM C; 1KP3 A; 4OX9 O; 1Y76 A; 4X1K B; 2NN4 A; 1Q6H A; 2CUG A; 4TT3 G; 1R3J C; 3OMN B; 2RCV A; 3BAA A; 1S76 D; 1BMF G; 4HNA A; 1XI1 A; 3T1Y O; 1NKD A; 4JZG A; 2AHZ A; 5IJ0 B; 1SES A; 1WPX A; 3BVO A; 1IVS A; 4BIU A; 1FXK A; 4ZI7 A; 3P3P A; 1GN3 A; 2EIK B; 4AI8 A; 5BMV A; 4YIO A; 4PDM A; 1LNQ A; 1K8A W; 3FKS G; 1ZUQ A; 2Q5Z A; 4FM0 A; 1PL4 A; 2A7W A; 3LDC A; 2UUB B; 2UXB B; 4JV5 B; 3CYO A; 4O4J B; 1R6K A; 3AG2 B; 1Q6I A; 3UO2 A; 5ITZ A; 3L75 H; 1JFF A; 3CC2 V; 3U0Z A; 1TUB B; 1V55 B; 5KUK A; 4X1Y B; 5EIB D; 2ZKO A; 1K9M W; 4JYA B; 5J9P C; 4NXN B; 1TVK B; 2WLK A; 5BZB A; 4GLX A; 1KYO F; 4X20 A; 2FB5 A; 4CS4 A; 2H3O A; 4JI3 B; 2GTS A; 3K5O A; 5J2T B; 1RSO B; 5KHJ A; 3E2E A; 4MVS A; 3OM3 B; 1Q90 D; 4QIW F; 5LA6 B; 3RN4 A; 1GK9 A; 1Y4M A; 4U3F H; 2UUB O; 2UXB O; 4JV5 O; 1XBL A; 4X1I B; 5CA1 A; 1BT8 A; 4DXW A; 4G28 B; 1VP7 A; 2LW1 A; 2PY5 A; 2JIZ G; 2F43 G; 3M99 B; 4JYA O; 4NXN O; 1P4R A; 3DC6 A; 1H2M A; 3FX7 A; 2WLL A; 2ETN A; 4JI3 O; 4EB6 A; 5FPO A; 1NU1 H; 2XTA A; 2YXY A; 4HZ3 A; 2QSA A; 3RYH B; 1ZWI C; 1YXB A; 2KKW A; 4GKJ B; 4MT8 A; 4J80 A; 1E79 G; 1O9H A; 3OTF A; 3M7M X; 3WU2 Z; 5B3S B; 1FFX A; 3AEI A; 3RGB A; 4O4L A; 4H37 A; 4LBE C; 3ZRW A; 4R6Z A; 2EIM C; 1Y74 B; 4EFE A; 3B8M A; 1L0L H; 4PA4 A; 3CCL V; 5CMU A; 2HR3 A; 1WAZ A; 1NT2 B; 3DGE A; 1B06 A; 1Y67 A; 5EYP A; 1MSD A; 1ROP A; 2JS5 A; 4U7O A; 1N0J A; 3ZRX A; 1SQG A; 2QDO A; 2QE7 G; 2OIG A; 4I55 A; 3ZED A; 5LOV B; 1K5Q A; 3CS5 A; 4NXM B; 2QM4 A; 1N32 B; 2IJI A; 1D5A A; 3ETG A; 1VQM V; 2D3O W; 4GKJ O; 2C2A A; 5DN6 G; 1S5J A; 1X59 A; 2EIN B; 1SKV A; 2QM8 A; 3VQX A; 2K1E A; 4C7U A; 1L0N H; 3N27 A; 1IZ3 A; 2EIK C; 1HWY A; 4J9Y B; 1J5E O; 3R65 A; 4QPK A; 3P32 A; 1XMQ B; 1CXZ B; 1QCE A; 1Z2G A; 3RYI A; 1YTF D; 3W7U A; 5H5N A; 4Z2W A; 1YIT V; 2CTR A; 1W59 A; 3AG2 C; 3NR7 A; 2H8P C; 4LWS A; 4NXM O; 1N32 O; 2X0L A; 2WLI B; 5B1N A; 4F4L A; 4WFF A; 1I08 A; 4DW1 A; 2BCC H; 5CBF A; 3AK2 A; 3ZJZ A; 2QWR B; 2MW2 B; 3SGI A; 4GYC B; 1K33 A; 5IYZ B; 5EC1 C; 2R70 A; 5DEC A; 2KB1 A; 5LMN B; 1XMQ O; 2JEX A; 4K8Z A; 2XAF A; 1FJG O; 4ZKI A; 5LGT A; 4UV8 A; 3L73 H; 4ZHQ A; 3OD4 A; 4YJ3 B; 1I5Y A; 1GH6 A; 3CCS V; 3CRR A; 1N0N A; 1YDX A; 4RWU A; 5EBM C; 3WG7 B; 3ASN B; 3L70 H; 3M8A A; 2CK3 G; 5DM6 V; 4XBF A; 1VF7 A; 3DXR B; 5KHG A; 4XDJ A; 4K8X A; 5LMN O; 3LNN A; 4JAA A; 5B3S C; 4MTF A; 4CC6 A; 1UPG A; 1N36 B; 3DSQ A; 1VQ8 V; 1WP7 A; 1NTM H; 4RQE A; 1PL0 A; 3ZHU A; 2Y0P A; 2JRI A; 3O65 A; 1H2S B; 5EZY B; 4R7C A; 3OGC C; 1YZB A; 2ZCE A; 1W0J G; 3JAK A; 4FFB A; 3I56 V; 3DC5 A; 2QM7 A; 2P06 A; 3BA8 A; 2QKS A; 2ZR2 A; 2ODM A; 4RO2 A; 5FNV B; 4CH4 A; 4JI2 B; 3VOU A; 1FPO A; 2B9Z A; 1HW7 A; 3WB0 A; 4AHC A; 4OGQ B; 5L3B A; 4TV9 A; 2VWK A; 1YTF B; 1WLE A; 3IJ4 A; 1AP5 A; 5B1A B; 1SQX H; 2EIN C; 3H1L H; 1N36 O; 4CC5 A; 1MAB G; 1BL8 A; 4DV1 B; 3HR0 A; 3WFV A; 3HKE A; 1Q82 W; 5CA0 A; 1FKA O; 3FAV B; 5JCO C; 2Q67 A; 3CC7 V; 4DV2 O; 2VQE B; 1X4T A; 3G4S V; 2OCC B; 4GX2 A; 4JYC A; 1BQZ A; 2P4K A; 4JI2 O; 2UXX A; 3H1K H; 3P30 A; 3L72 H; 2GUZ A; 4QNH B; 1V54 C; 1YIJ V; 3LNM B; 2ZM6 B; 4X89 A; 3G67 A; 3CXH F; 2Q73 A; 1NR1 A; 5L3F A; 1GO3 F; 5GW7 A; 3CPW U; 3LUT B; 4DV0 B; 3CJH B; 4TOI A; 3SJQ C; 3APQ A; 3K0D A; 2A0L A; 3JD3 A; 4BIZ A; 4YY3 B; 1F4N A; 1THZ A; 4DUZ B; 4NVP A; 1CEZ A; 2VQE O; 3K5L A; 2IU0 A; 3OW2 U; 3JAL B; 4LF4 B; 4MTX A; 1XNR B; 2E5L B; 1GM8 A; 1BS3 A; 3E35 A; 4X62 B; 3KZI Z; 5D5Q A; 5LP6 C; 4PEL A; 4K3A A; 3E86 A; 1WP8 A; 3TK1 A; 2UUC B; 3D8C A; 3U10 A; 2ZM6 O; 4Q6G A; 1NVP D; 3A2F A; 1IBL B; 2QWN B; 4JI1 B; 2Y4T A; 3H1I H; 4QJF B; 1BQ0 A; 4DV0 O; 3OFN G; 1VMG A; 1VF6 C; 5L3G A; 1H2G A; 3FYI B; 1XNQ B; 1OJH A; 4YY3 O; 1IBK B; 1QQC A; 4DUZ O; 3ETE A; 2Z3Y A; 2CGN A; 2EBO A; 5LYJ A; 1XNR O; 4MVZ A; 2BSK A; 4DR4 B; 1KBH A; 2E5L O; 3F7V C; 1YEW A; 4CH5 A; 1J95 A; 1SQB H; 1JCH A; 1H8H G; 4DV4 B; 1R73 A; 4X62 O; 4W4K A; 4F6E A; 4G27 B; 1AR4 A; 2UUC O; 2QGN A; 3Q4H A; 4FM1 A; 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