The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
64
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structure length |
60
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Chain Sequence |
MMTKKERIAIQRSMAEEALGKLKAIRQLCGAEDSDMQEVEIWTNRIKELEDWLWGESPIA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of SO2669 protein from Shewanella onedensis Mr-1, a singleton of unknown functions.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Shewanella oneidensis
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| molecule keywords |
Hypothetical protein SO2669
|
| total genus |
24
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
64
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | SO2669-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GBO A; 2NR5 A; 2ODM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K5Q A; 3JAR A; 5LBQ A; 2F4V O; 4DK1 A; 4FLW A; 1O9H A; 5EYP B; 4JI1 O; 1GO3 F; 1KC8 W; 3P3P A; 3VQY A; 3CCR V; 2X6C A; 1M5I A; 3L74 H; 4H33 A; 1SET A; 4I55 B; 4JI2 B; 2NNU A; 1YIT V; 2YDE A; 2CDY A; 5FNV A; 4FM2 A; 4O4H B; 4QNH B; 4KXR A; 3B09 A; 4UB8 Z; 4WCE V; 4Z2W A; 1YJN V; 2XT9 A; 2Q9L A; 2CTR A; 5LMU O; 3GWO A; 5JCO C; 4PEL A; 2DN9 A; 4PDV A; 2WPD G; 2BTQ B; 3H1H H; 2UUB B; 2AZ0 A; 2PI4 A; 4JF3 A; 2XAS A; 4UV8 A; 1EFR G; 1YSC A; 3FB7 C; 2GHY A; 5CA1 B; 1HNZ O; 1Q6I A; 3BA9 A; 2GUZ B; 3X2Q C; 5KHK A; 4QGP A; 4IIJ A; 2KQX A; 3K3W A; 1NKD A; 1H38 A; 4OGQ B; 2GDS A; 3LDE A; 3M7M X; 4O4J B; 4PHZ A; 1XMO B; 3WFV A; 3SYP A; 1U97 A; 5KUK A; 1YTF B; 1SES A; 2HP8 A; 2QWO B; 1YEW A; 3SPC A; 3APO A; 4CH5 A; 4WFG A; 4B3M B; 1D5A A; 4FLZ A; 3ABL C; 4DV1 O; 3A0B Z; 1HW7 A; 3IGA C; 1WP8 A; 4QE7 A; 3F5W C; 1Z5V A; 3CS5 A; 1M93 A; 1HP8 A; 5IJ0 B; 4LFA B; 3RVZ A; 4MVU A; 2JJ2 G; 5B1B C; 3T1H O; 5IYZ B; 3BRC A; 3IAY A; 1N34 O; 2EIK B; 3C90 A; 5KX5 B; 2ZR2 A; 1KBH A; 1WA8 A; 1IBM B; 3SR2 C; 4I7Z B; 1GN3 A; 3CRM A; 2EZO A; 1JFF B; 4HZ3 A; 4JYA B; 3EHB B; 2JEU A; 1YDX A; 4QPK A; 1K7D A; 4PA3 A; 3N2K A; 1X59 A; 3SGI A; 4JV5 O; 1WB8 A; 3P32 A; 1KKC A; 4R8C A; 5JH7 A; 2JS3 A; 4U7O A; 3AG4 C; 2YXH A; 1NH2 B; 2G38 A; 2Q73 A; 5B66 Z; 2AGA A; 2P67 A; 1GM9 A; 3JSN A; 3L72 H; 1J5E O; 3E86 A; 3HKE A; 2ZNJ A; 4X20 B; 4MVO A; 4NXM B; 1BQ0 A; 4LF8 B; 1KKD A; 1PL4 A; 1Q6H A; 2FKX A; 3KCY A; 2YC0 A; 5E79 Z; 2VQE B; 1PL0 A; 2DE0 X; 2UXD O; 4TUY B; 1R3J C; 2HVJ C; 2OIE A; 3QG5 A; 2DQ0 A; 4I4T A; 5EIB C; 5LGU A; 3QVN A; 5LGN A; 3B77 A; 4DR1 O; 3UQ8 A; 4DV5 O; 4B3T O; 1XQ8 A; 4TV9 B; 3E83 A; 4WFE A; 3OEH G; 4JAS A; 4QE9 A; 4PA4 A; 4DV2 O; 1URF A; 2QM4 A; 4BIO A; 3OE7 G; 2UXC O; 5L3G A; 2B1G A; 1RSO A; 4L8J A; 1K9M W; 3BAB A; 3CCS V; 3CCL V; 2Y69 B; 3KCX A; 4D7S A; 4J7J A; 2ZD9 A; 4YJ3 B; 1R3L C; 1GM8 A; 4MTO A; 4DR7 B; 3ICX A; 4DR2 B; 3CP1 A; 2NLJ C; 4NR1 A; 2YXY A; 1OCC B; 4IL6 Z; 3CC4 V; 3L75 H; 5LXT A; 3U11 A; 3GB7 C; 4AHC A; 4UCT A; 1Q43 A; 2X7R B; 3LSS A; 2CGO A; 4DK0 A; 2E5L B; 1BCC H; 4LBE C; 4FIP C; 1THZ A; 3LSU A; 2P5O A; 4DUZ B; 4MTG A; 4OPH A; 3AG7 A; 2BOB C; 1KD1 W; 4X1K A; 4ZOL B; 1GN6 A; 4ABM A; 2PYL A; 1K4C C; 1AI6 A; 1VF5 B; 5BR8 B; 3K0G A; 3CMA V; 2NN4 A; 3RN4 A; 1VQO V; 5FPR A; 4NB5 A; 1K34 A; 5C8Y B; 1NQT A; 3M99 B; 3SPH A; 1DF4 A; 4BIZ A; 4DRX A; 2F43 G; 4H0L B; 1SZT A; 1QR9 A; 3ZMS A; 3K57 A; 3LDD A; 3KKY A; 1MOF A; 1H2S B; 4RQE A; 2E76 B; 4FM0 A; 2WSS G; 4AQY O; 2IM9 A; 2ZDI A; 1F7Y A; 4FJC C; 5LOV A; 2CTW A; 4R50 A; 1AR5 A; 4B08 A; 2ODM A; 4XDJ A; 4OXS A; 3VQV A; 4IT5 A; 5KMG A; 5IY5 C; 4DUY O; 3AG1 C; 2B1I A; 2XND G; 3ZRX A; 1BQZ A; 2KG7 B; 1VQ5 V; 2OCH A; 3K06 A; 4UXN A; 1ZUQ A; 2A79 B; 3N27 A; 3P3N A; 4FZ0 A; 1QLN A; 1L0L H; 2E74 B; 2IJJ A; 4X1Y B; 3DXR B; 1MZE A; 2EZP A; 4KP4 A; 1VQ9 V; 3Q4H B; 4LNU B; 3D3Q A; 1WLE A; 1IBL O; 3FB5 C; 2YID A; 5H6Q A; 1V54 B; 4K3A A; 1IBK O; 4W4K A; 4YXW G; 1NH2 D; 4X65 B; 2WWW A; 2PYJ A; 1OCR C; 1JOY A; 4NXN O; 1VF6 A; 4JI0 B; 3G67 A; 1XNQ B; 2UUC O; 4TT3 G; 5EZY A; 2W0X A; 4LFC B; 4I0X B; 1QBZ A; 1QVF U; 4WFA V; 1M1K W; 2Q7E A; 3T1C A; 4WBN A; 4X64 B; 4R6Z A; 4DR6 O; 1DF5 A; 4K35 A; 2WA3 A; 1FFT B; 3CB2 A; 4ZI7 B; 4U3F H; 3AK1 A; 4DR3 B; 1EZJ A; 3BA8 A; 3JSL A; 3ZMZ A; 1VQ7 V; 4J7K A; 4OPA A; 3I56 V; 2VWJ A; 1PV0 A; 1PNK A; 4BW9 A; 2UXX A; 4IYI A; 2CK3 G; 1M90 W; 3K79 A; 5LHI A; 1ARO P; 2YEV A; 3H1K H; 3ZED A; 5DM6 V; 4GX2 A; 3HKB A; 2QTS A; 3J80 N; 3ZMU A; 5GON A; 4FMT A; 4O2B B; 2MW2 B; 4F6R A; 2ZIM A; 3RYI A; 1FAF A; 5JJJ B; 1KUQ A; 3WB1 A; 4FLT A; 3QNE A; 4RO2 A; 1VEW A; 2CH7 B; 4DR7 O; 2YXL A; 2EJR A; 3OM3 B; 5LA6 A; 2UXN A; 3JAW B; 5A9G A; 5KHJ A; 3CME V; 1BSM A; 4GZR B; 1GM7 A; 3JAK B; 1I94 O; 4YIP A; 1TGO A; 3RYF A; 1VQ8 V; 1N33 B; 4LP8 A; 3K5N A; 3RYC B; 4UUJ C; 3KG2 A; 5BR8 O; 3E2E A; 3JD3 A; 1SRY A; 4BIU A; 2IH3 C; 4F6E A; 3UT5 B; 3CC2 V; 1VQM V; 4I9Q A; 1XI1 A; 1X4T A; 3ML0 A; 5KHH A; 4FLV A; 4JGS A; 4JI5 O; 1WP7 A; 2QSA A; 1VMG A; 3E35 A; 1V9P A; 3J7A U; 1GMG A; 3BVO A; 3E8B A; 1MNG A; 3ZHQ A; 3JAL B; 3OTO B; 2DYR B; 5CB4 A; 1HNW B; 4GKK O; 4JTD B; 3SJC C; 1UJW B; 3SYO A; 3SJA C; 2QTO A; 2PTM A; 4DV6 B; 3BPZ A; 1FXH A; 5JVD A; 2Z5U A; 5IWA B; 2WAM A; 4X62 B; 4B3S O; 5FL7 G; 2ZDI C; 3OEE G; 5J2T A; 4BR6 A; 2QWN B; 5EC1 C; 2QM7 A; 1EN6 A; 2OCC C; 2HJF C; 1I5X A; 2R72 A; 4JI4 O; 1FFX B; 3T2M A; 4PA9 A; 1V55 B; 4LWS B; 2QA4 V; 5LYJ A; 1PNL A; 3QO7 A; 4PD4 F; 3R65 A; 1ZX3 A; 3A0R A; 1Z2G A; 1OV9 A; 1WB7 A; 4CBC A; 4I50 A; 1P7B A; 1OHH G; 2JGU A; 4YHH B; 2XHB A; 3C3S A; 5ITZ A; 4RUE A; 3O65 A; 4JI8 B; 3JAT B; 1IXB A; 3HKD B; 2A3Q A; 3AG2 B; 3CRQ A; 3WB2 A; 1MSW D; 4ZHQ B; 1ZL8 A; 1VAR A; 4X66 B; 4DR3 O; 1VF6 C; 4O4I A; 3ZRW B; 1FPO A; 3ETQ A; 4FLU A; 1HDJ A; 2JGD A; 2VQF O; 5EC2 C; 1G6U A; 1H2K A; 2RMK B; 1XNR B; 1K3E A; 1G4Y B; 1PNM A; 5LHH A; 1IXM A; 4IGG A; 2ADQ B; 4DXW A; 2YIB D; 4ZBM A; 4KHP O; 3FYE B; 4P9O A; 2DWE C; 2WLH A; 3HPL C; 2Y4T A; 4G2K A; 2MK3 A; 3NR7 A; 4DR4 B; 2ZR3 A; 1FYJ A; 3JYC A; 5BZB A; 4TSF G; 4MS2 A; 2WLL A; 2DYS B; 4WFB V; 2JRI A; 3SYC A; 4EB6 A; 2BTO A; 5LP6 B; 4YY3 B; 4TV8 A; 1GAX A; 1K33 A; 3K9A A; 1Y76 B; 5B3S B; 2QWQ B; 5B1A C; 5JJE B; 3CCV V; 1KEC A; 2HFE C; 1R6N A; 3K59 A; 1TUB A; 3FB6 C; 1RPO A; 1Q5O A; 1H2N A; 3ASN C; 1N33 O; 4I5S A; 3B8N A; 2C2A A; 1S3J A; 3ASO B; 4UFZ A; 1ROP A; 1NTK H; 1XMQ O; 1JJ2 U; 2OYQ A; 4E2L A; 3JD2 A; 3O9O A; 2P90 A; 3UCS C; 5KLV H; 4XDK A; 5CBF A; 4Z1V A; 1N32 B; 3CX5 F; 2ZXW B; 1OCO C; 3CHX A; 3PJS K; 4O4L B; 3MD0 A; 5LHG A; 4X1I B; 4H13 B; 4UVB A; 4YJ2 B; 3E22 A; 4O2A B; 3E8G A; 4ZIB A; 1S76 D; 3DSQ A; 3QO8 A; 2A7W A; 1SS3 A; 3LNN A; 4JI6 B; 1SA0 A; 1N4C A; 3CXH F; 3ZCC A; 4K0K B; 5JH7 B; 4R7C A; 5CN0 A; 1HNW O; 1BGY H; 1JX9 A; 4FVM A; 2UUA B; 4UVA A; 5LMN B; 2QKC A; 2LW1 A; 4UCS A; 1YI2 V; 2A06 H; 2D2C B; 2EIN C; 2Y4U A; 5J2U B; 1HR0 O; 1WAZ A; 3N2G B; 3VBB A; 4B3R B; 2YI8 A; 3HKC B; 1Y74 B; 3ABU A; 3RT3 C; 2FYU H; 4NYK A; 2JS5 A; 1E1Q G; 4CH6 A; 1M56 C; 1XDC A; 1SF9 A; 5KHI A; 1Z5W A; 3KZI Z; 1F4N A; 2QEX V; 4JI3 O; 2EIM B; 3EFF K; 4MSW C; 2EIJ C; 1W59 A; 4PV1 B; 3AK3 A; 4LFB O; 1IZ3 A; 1F23 A; 1XRE A; 4JYY A; 5EYP A; 4UCV A; 3F7V C; 3CXC U; 5DED A; 3ZHS A; 3NXS A; 3ZN0 A; 4FFB B; 4BWA A; 4MT8 A; 3G6B A; 3AG3 B; 1SQQ H; 4O4H A; 4ZKI A; 1NI8 A; 1PM9 A; 1MMM A; 5B1O A; 4DV0 B; 2AZ2 A; 4YIO A; 5L3C A; 2KB1 A; 3ZHR A; 2CGN A; 4LF6 B; 2BTQ A; 4H44 B; 4LC1 A; 2Q7H A; 4DV7 O; 1NJI W; 1BZK A; 1K92 A; 1NR7 A; 2QE7 G; 3D8C A; 2XAH A; 3STZ C; 2PY5 A; 3EXA A; 4EEQ A; 5CA1 A; 1AI5 A; 3WU2 Z; 2YS8 A; 4FM1 A; 3W7W A; 2GUZ A; 3WG7 C; 3T4D A; 3OAA G; 4GLX A; 1E79 G; 1BMF G; 2HHH O; 3ETD A; 2CAZ C; 3UO2 A; 4O4J A; 2JEX A; 2JJ1 G; 3CWB H; 2Y0P A; 1OCZ C; 1N36 O; 4C7U A; 2ARH A; 2RNB A; 2K9P A; 1FXK B; 4DO2 A; 2PI5 A; 1QNM A; 2WLI B; 1QLE C; 1MAB G; 3BHP A; 3MHH C; 1HNX B; 2Y0I A; 4JI2 O; 2ZQM A; 4EFB A; 2IU0 A; 3PN1 A; 4JI7 B; 2QM8 A; 1QHT A; 5GTH Z; 1LNQ A; 3CYO A; 3OTF A; 2ZE6 A; 5IJ0 A; 3TET A; 5KA6 A; 1VQ6 V; 1Q8I A; 1CEZ A; 4TOI A; 5CA0 A; 1S5J A; 5IDJ A; 5IYZ A; 2ZNI A; 2R9I A; 1N32 O; 2X0L A; 3C3T A; 2R70 A; 2UUB O; 3H01 A; 3CSX A; 3RVY A; 1KYO F; 2ZIO A; 5KX5 A; 4J9Z B; 1L0N H; 4LF9 B; 4LF4 B; 3M8A A; 1PP9 H; 3K08 A; 3ZHT A; 3J81 N; 1JFF A; 4JAV A; 1OJH A; 1AI7 A; 1RM1 C; 3AK2 A; 1EN4 A; 1AIL A; 1W2B U; 1XMO O; 1TVK B; 5CBG A; 2XTA A; 3QTC A; 1K8A W; 2UU9 B; 3ABK C; 1CP9 A; 4NTX A; 2EIL C; 1I08 A; 1RP3 B; 3STL C; 1NVP B; 2ILM A; 3LSQ A; 1YVW A; 2HG5 C; 4CC6 A; 3ABM B; 1T5E A; 4HAM A; 2DJV A; 2P4V A; 1M57 C; 3DC5 A; 4B3M O; 4MW8 A; 4X20 A; 3K5L A; 1NTM H; 3W7X A; 3W7T A; 2B5U A; 3ETG A; 4G27 B; 2AXT Z; 4I9W A; 5C93 A; 4LFA O; 3APQ A; 2E3C A; 2Q7G A; 4A5U B; 1H2G A; 4CH3 A; 3WB0 A; 3I5D A; 3ZHV A; 2L6L A; 1U96 A; 2YEV B; 4TV9 A; 4DR5 B; 2W6I G; 1B6Q A; 3E89 A; 2HVK C; 1IBM O; 2CE4 A; 4XDL A; 1EM1 A; 2BSK B; 1Q6U A; 3IC7 A; 1SC5 B; 2UXB B; 4JYA O; 3ZIA G; 4LF7 B; 2OIG A; 1K97 A; 4P2Z A; 2W0F C; 3ZRV A; 1JMK C; 5LA6 B; 4YJ3 A; 4UV9 A; 1SQV H; 2XAF A; 4KUM A; 1F4M A; 4LH6 A; 1UFI A; 1O9G A; 1CPY A; 1P4R A; 4MVR A; 3OT7 A; 1N0N A; 3SPJ A; 4DV4 B; 4NXM O; 3SPI A; 4LF8 O; 4RAI A; 1FS0 G; 2VQE O; 5H5N A; 1QU7 A; 4XBF A; 1VQK V; 3QF7 A; 3K04 A; 3X2Q B; 4ZOL A; 1AVM A; 3H1I H; 1Q3E A; 2LFR A; 1W0K G; 2BCC H; 1B04 A; 1GH6 A; 3OGC C; 2Q69 A; 4CS3 A; 5C8Y A; 1Q82 W; 3ZX6 A; 1OZ0 A; 1Y4M A; 5IJ9 A; 2WLK A; 1HNX O; 4PJ0 Z; 3F5T A; 5L3F A; 1US6 A; 3T1Y B; 4Q20 A; 4CH4 A; 3CJH B; 1NS1 A; 3CD6 V; 2PZS A; 4DW0 A; 1LUV A; 3CCU V; 2YI9 A; 1ENV A; 4Z1M G; 5GW7 A; 4GT1 A; 4LF5 B; 1FJG B; 3ABL B; 3DC6 A; 2HKO A; 4JAA A; 1AR4 A; 4J42 A; 4U3J B; 4OX9 B; 2KG7 A; 3LDC A; 1YIJ V; 4DR2 O; 4L87 A; 5B1B B; 4X1Y A; 2LGQ A; 3DXR A; 2ZM6 B; 1QCE A; 3FD9 A; 2FB5 A; 5KAF Z; 3U0Z A; 2E5L O; 5J9P C; 3OMA B; 5LYJ B; 2EIK C; 3L70 H; 2N05 A; 4MVS A; 3Q4H A; 4G28 B; 4LNU A; 3K5M A; 1PKX A; 4MTX A; 4DUZ O; 1SQX H; 1SQB H; 2Q67 A; 3FAV B; 3D36 A; 4MTF A; 1NVP D; 3U10 A; 3OR7 C; 4KFM A; 2F95 B; 3IFX A; 4JI1 B; 3VOU A; 3OW2 U; 2Y48 A; 1R6T A; 3HB3 B; 3ABT A; 1XBL A; 4I0X A; 3AG4 B; 3DGE A; 4JZ2 A; 1XEQ A; 1ZL8 B; 5L3D A; 3CRA A; 1AP6 A; 2YIA A; 4BW5 A; 2XOK G; 3B2E E; 1S0V A; 4FZ1 A; 1KP2 A; 5LMU B; 2ZE7 A; 5CMU A; 4ZI7 A; 1YZB A; 3G6E V; 3IJ4 A; 1XOU A; 1ZWI C; 2B9Z A; 2P7T C; 1JR9 A; 1GN2 A; 4ASU G; 3OD4 A; 4BAY A; 1K5S A; 1DTO A; 4CS2 A; 2VRZ A; 5H2F Z; 1HNZ B; 2YIB A; 3G80 A; 1H8E G; 5BMV B; 2IU3 A; 2F66 C; 3SJB C; 4O2B A; 3SYQ A; 4CC5 A; 4HNA B; 4IHJ B; 4W4L A; 1COW G; 4GYC B; 4EB6 B; 1ZTE A; 1JQ0 A; 1NT2 B; 1DLB A; 3CE2 A; 2CUG A; 1MA1 A; 4KL1 A; 1ORQ C; 2DQ3 A; 3JAR B; 4X65 O; 3CC7 V; 4DW1 A; 2CH7 A; 3RWR D; 3D3I A; 1CXZ B; 1WNS A; 4JI0 O; 1Y6X A; 1XNQ O; 4UVC A; 3JAW A; 3OFN G; 4LFC O; 3EVK A; 1GTO A; 4DV4 O; 5FNV B; 5E1A C; 2P4K A; 4DV1 B; 3JAK A; 2Y69 C; 4X64 O; 1M4U A; 2IH1 C; 1G1X B; 4NKG B; 3RYC A; 5BY1 A; 1JA8 A; 1OCC C; 2FML A; 3DTU B; 3HR0 A; 3T1H B; 5FLX N; 1SKV A; 3RW0 A; 1N34 B; 3VQX A; 1G8M A; 1I7F A; 4X8A A; 3BY6 A; 3UT5 A; 3W7U A; 1GN4 A; 1ZLZ A; 2QDO A; 4GX0 A; 1AB3 A; 3T1Y O; 1KB9 F; 2XAJ A; 3R66 A; 4IIJ B; 3A8T A; 3UO3 A; 4E4E A; 5L3B A; 2EBO A; 2LW7 A; 2BOC C; 1S72 V; 4J80 A; 4JV5 B; 2OTJ V; 3JAL A; 1SZX A; 4AI8 A; 1EBO A; 1S5H C; 1WJZ A; 2NR5 A; 5CBH A; 1XL6 A; 4HYO A; 5DN6 G; 4QJF B; 1J5E B; 1Y66 A; 5IY5 B; 5JQG A; 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