The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
110
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sequence length |
417
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structure length |
417
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Chain Sequence |
LKRVVWALCFMGSLALLALVCTNRIQYYFLYPHVTKLDEVAATRLTFPAVTFCNLNEFRFSRVTKNDLYHAGELLALLNNRYEIPDTQTADEKQLEILQDKANFRNFKPKPFNMLEFYDRAGHDIREMLLSCFFRGEQCSPEDFKVVFTRYGKCYTFNAGQDGKPRLITMKGGTGNGLEIMLDIQQDEYLPVWGETDETSFEAGIKVQIHSQDEPPLIDQLGFGVAPGFQTFVSCQEQRLIYLPPPWGDCKATTGDSEFYDTYSITACRIDCETRYLVENCNCRMVHMPGDAPYCTPEQYKECADPALDFLVEKDNEYCVCEMPCNVTRYGKELSMVKIPSKASAKYLAKKYNKSEQYIGENILVLDIFFEALNYETIEQKKAYEVAGLLGDIGGQMGLFIGASILTVLELFDYAYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of acid-sensing ion channel 1 at 1.9A resolution and low pH
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Acid-sensing ion channel
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
110
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| structure length |
417
|
| sequence length |
417
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-08-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | YojJ-like | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Acid-sensing ion channel domain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | acid-sensing ion channel 1 fold | acid-sensing ion channel 1 domain | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Acid-sensing ion channels like fold | Acid-sensing ion channels like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NTW A; 4NTX A; 2FB5 A; 1WP8 A; 4FZ1 A; 3IJ4 A; 3S3X A; 4NYK A; 3S3W A; 4FZ0 A; 4NTY A; 2L35 A; 2QTS A; 1WP7 A; 3N27 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W0J G; 2K1E A; 1SF9 A; 2NN4 A; 5BMV A; 5LXT A; 1AP5 A; 3U0Z A; 5BZB A; 5J2U B; 4FFB B; 2JS5 A; 3W7T A; 4JI8 B; 3JAK A; 4PDV A; 2GTS A; 3GWO A; 2ZE8 A; 4NTY A; 1NH2 B; 2PZS A; 3QO5 A; 3K03 A; 2YDE A; 1UFI A; 2E75 B; 1OHH G; 1Y76 B; 2QGN A; 4DV3 O; 2HVJ C; 1B6Q A; 2JIZ G; 2ZIM A; 4O4L B; 3CC2 V; 5H6Q A; 1R6N A; 3JAR B; 1NTZ H; 3ETD A; 5KA6 A; 2YS8 A; 2H94 A; 2C2A A; 1PV0 A; 1M90 W; 1BCC H; 4JI6 B; 3OM3 B; 4K0K O; 4GX2 A; 3RYF A; 4I50 B; 4CH6 A; 4LF8 B; 4UB8 Z; 1ZAU A; 4P2Z A; 3RVZ A; 4CC6 A; 1NZ6 A; 3CSX A; 5GON B; 4FM1 A; 4A5U B; 4LF7 B; 5LMU O; 3T1Y O; 4KFM A; 4TUY B; 4DV3 B; 3AG7 A; 2W0X A; 5EK0 A; 3HKB A; 3CCS V; 5IJ0 B; 3VBB A; 2WPD G; 2GUZ B; 2ZIN A; 1F23 A; 2XHB A; 3J80 N; 3OW2 U; 2QWP B; 3CEI A; 4WFG A; 3THO A; 2UXD O; 1Q82 W; 4K0K B; 4FM0 A; 2UUA O; 1FYJ A; 2WWW A; 4JZG A; 2EZO A; 3J7A U; 2IU0 A; 3OD4 A; 3U10 A; 5B1A C; 5LMU B; 3T1Y B; 4WFH A; 4LFB O; 4LF9 O; 4ASU G; 1SZX A; 3CJH B; 3SJC C; 1NR1 A; 1P7G A; 4RUE A; 5BY1 A; 3FAV A; 2ITC C; 1N0J A; 5IWA B; 5B66 Z; 5IYD O; 2HVK C; 4B3M B; 2UUA B; 4PI2 A; 2JK5 C; 1KUQ A; 5CA1 A; 5EIB C; 2XAQ A; 2UXX A; 3OFN G; 1T5E A; 4G2K A; 1TUE B; 2UXN A; 5EIB D; 1I08 A; 3APQ A; 5EYP B; 4LF9 B; 3K5O A; 4JYY A; 5CB4 A; 1AJN A; 4QPJ A; 1G4Y B; 2OIG A; 4LF6 O; 3Q4H A; 4ZI7 B; 5DEC A; 4MVZ A; 4FLY A; 3HKC B; 4TV9 B; 3SYO A; 1IZ3 A; 3ABT A; 3MHH C; 1R3J C; 4UCT A; 4UCO A; 3CC4 V; 5H5N A; 5KUK A; 3L71 H; 1DK1 A; 2YID A; 2QA4 V; 2R9R B; 1M93 A; 2WLH A; 1EM1 A; 1O9G A; 5GW7 A; 1R1B A; 1SZT A; 3ZS8 C; 4DR3 O; 2IJK A; 4LF6 B; 4DUZ O; 3CRA A; 1H8H G; 3ETG A; 2LP7 A; 2ZT9 B; 5EBL C; 4IIJ A; 3ZIA G; 1XL6 A; 3DXR A; 3ZN0 A; 2WSS G; 3IC9 A; 3WG7 C; 3C3S A; 3QTC A; 1YTF D; 4JYA O; 4JI3 O; 3ABK B; 2XAF A; 1F4N A; 1THZ A; 4X64 B; 1KKD A; 4TQF A; 4J7Z A; 1NT2 B; 3SPG A; 2KSD A; 1VF6 C; 3OMI B; 3K04 A; 3RYH A; 2UXB O; 4DUZ B; 2QM8 A; 4U3F H; 4MVM A; 2ZXW B; 5FL7 G; 4CH4 A; 4CS3 A; 4DW1 A; 5JCO C; 1ZL8 A; 2IJI A; 2EIM C; 5JH7 B; 1KYO F; 4JI7 O; 4DV4 B; 3STZ C; 2EZP A; 1GKF A; 3OGI B; 4DV7 O; 4KUM A; 3MD0 A; 1EFR G; 1XRE A; 4HBN A; 3G4S V; 1Q7Y W; 3BHP A; 1J5E B; 1KP3 A; 3B77 A; 4TT3 G; 3M7M X; 2DYS C; 3OMA B; 2CH7 B; 2R9A A; 2Q67 A; 2OCC C; 2IJJ A; 1WPX A; 4ZIB A; 4GKJ O; 3ABM B; 2UXB B; 4JI4 B; 1KMI Z; 4DR4 O; 4UCS A; 2WLI B; 5FPR A; 3DTU B; 1GO3 F; 1DF5 A; 3A0B Z; 3SPH A; 4B3S O; 1BS3 A; 4LWS B; 3ZJZ A; 4FFB A; 1JQ0 A; 4CC5 A; 5CA0 A; 5B5E Z; 4H44 B; 5B1B C; 1GMG A; 5L3F A; 4DV7 B; 1ARO P; 3FKS G; 1U97 A; 3BA8 A; 5GTI Z; 3P32 A; 4E2L A; 3CYO A; 1Y76 A; 1KB9 F; 1SQG A; 4DR5 O; 1Q6H A; 2RNB A; 1QR9 A; 4O4L A; 1K33 A; 3B2E E; 3OR7 C; 3FB8 C; 3CHX A; 1GH6 A; 3CXC U; 3IGA C; 2Y0P A; 1QVG U; 4DR4 B; 3AG1 B; 4B3S B; 2VRZ A; 1FXH A; 2JJ1 G; 2BCC H; 4DK0 A; 4X8A A; 1MMM A; 3AK2 A; 1SER A; 3F7Y C; 3AG4 C; 2R72 A; 4I50 A; 1K8A W; 2Q6A A; 1VQ5 V; 3ZRW A; 3SR2 C; 5GON A; 3JSN A; 2EIJ B; 3K9S A; 5KAI Z; 4HZ3 A; 4J7J A; 1MOF A; 1ZUQ A; 4TUY A; 5L3C A; 1N34 O; 4DR5 B; 3B09 A; 3NXS A; 1SRY A; 2VQE O; 4IYH A; 5IJ0 A; 1HNX O; 2GUZ A; 2L6L A; 4UXN A; 1MNG A; 4GX0 A; 4B7E A; 3ETQ A; 4IYI A; 5EBM C; 2OT5 A; 3T4Z A; 4DR1 O; 5JWP A; 3RWR D; 2VWK A; 2Y48 A; 3OR6 C; 3E8B A; 4AHC A; 4KXR A; 5JJJ B; 3JAK B; 1BL8 A; 1FD9 A; 4YIP A; 2QWN B; 3R65 A; 3CCU V; 1IXM A; 1N34 B; 3NR7 A; 3JSL A; 2VQE B; 4ICG A; 4NTW A; 1M57 C; 1K3E A; 3FB7 C; 2EIN B; 1I94 B; 2DOS A; 4RO2 A; 5H9C A; 1Y66 A; 4MW3 A; 4WCE V; 1VQL V; 4RQF A; 3S3X A; 1KQS U; 2YUA A; 1L0L H; 1BHB A; 3L73 H; 1SQQ H; 4DR1 B; 3ZMZ A; 3N2K A; 4JAV A; 4JPR A; 3ZHS A; 4KHP O; 1K73 W; 1SQP H; 3UKM A; 3T1H B; 3RYF B; 4NXM O; 1CXZ B; 3LSU A; 1PNM A; 3K08 A; 5EYP A; 4J80 A; 4PD4 F; 3QO8 A; 2OIE A; 3TJT A; 2MK3 A; 4LR3 A; 1BE3 H; 4FJC C; 3HKC A; 4TV9 A; 2X6A A; 4EB6 A; 3FB6 C; 4B08 A; 1PNK A; 3ML0 A; 3D8C A; 4KHP B; 2BOB C; 1W2B U; 1SA0 A; 3SJQ C; 1PL0 A; 1O9H A; 4NXM B; 1XNR O; 1SQX H; 1IXB A; 2QDO A; 5KMG B; 4PDM A; 1XHX A; 3ZX6 A; 1GM8 A; 1EN4 A; 1FXK B; 2VWJ A; 3ZHR A; 4GYC B; 3N27 A; 3TXS A; 5JJE B; 4E4E A; 1PNL A; 3PJS K; 4W4L A; 3ZMV A; 5KA5 A; 4X20 B; 4F6R A; 2YSU B; 1K7D A; 1R3I C; 4ZKI A; 2B1G A; 3S3W A; 5KHK A; 1OCR C; 1FAF A; 1XNR B; 1K9M W; 5B1N A; 4BAY A; 2D2C B; 4HNA B; 1SC5 B; 4GX1 A; 3K59 A; 4LNU B; 2LO1 A; 4I0X B; 1MZE A; 1VQN V; 1PL4 A; 5CB4 B; 3JYC A; 1GAX A; 3QF7 A; 5KAF Z; 4JGS A; 1I7F A; 4NKG B; 1OV9 A; 5JH7 A; 3CCV V; 1Y67 A; 2Z3Y A; 1R6T A; 2W6J G; 1N33 O; 3SYC A; 1OCO B; 2CH7 A; 2RDC A; 3WB0 A; 2QWR B; 5KHI A; 3UM7 A; 1GN6 A; 4JAS A; 2P06 A; 3E8G A; 2Q0O C; 2CTQ A; 2PI4 A; 2ADP A; 2B1I A; 1SS3 A; 2CTP A; 4LWS A; 1TUB A; 1TVK B; 3I56 V; 4ZBM A; 3SPI A; 1FFX B; 4YXW G; 3RBZ A; 3TK1 A; 2Y4T A; 1WPB A; 2PUS A; 3ZHV A; 3K0G A; 3TET A; 1ZWI C; 5A9G A; 1N33 B; 3BVO A; 4KL1 A; 1YJN V; 4B3T B; 1GN3 A; 3HB3 B; 3HR0 A; 1HNW B; 3BPZ A; 4RWU A; 1N32 O; 1QR8 A; 1IDS A; 2DJV A; 3B8N A; 1WA8 A; 3CRM A; 1ZLZ A; 4I4T B; 2EIL C; 4KP4 A; 2L35 A; 2PGG A; 3W7S A; 3X2Q B; 3VQX A; 3I55 V; 1FS0 G; 1RPO A; 1ZL8 B; 3E83 A; 1YIT V; 4UCV A; 3LSS A; 3CCQ V; 1PM9 A; 1E79 G; 1FXV A; 1W59 A; 2V7Q G; 2DQ3 A; 4U7N A; 1GM7 A; 2XAS A; 4IL6 Z; 4LBE C; 5L3G A; 1XMO O; 3OAA G; 3OGC C; 4PA9 A; 4D7S A; 2Y4U A; 1N32 B; 4UCR A; 3BA9 A; 3ZN1 A; 2A06 H; 1VP7 A; 4DYL A; 1D2D A; 1TAE A; 1YJ9 V; 1Q90 D; 2LW1 A; 3K58 A; 4PA6 A; 2XAG A; 5CA0 B; 3IFX A; 1NTM H; 1VF5 B; 3T1C A; 1AI4 A; 4OPA A; 1GN4 A; 2CTW A; 2AZ0 A; 5C8Y B; 1YTF B; 3P3N A; 3WFV A; 4DR6 O; 1HW7 A; 1NVP B; 3WG7 B; 4UV9 A; 1XMO B; 1WB7 A; 1KBH A; 3G80 A; 1V54 C; 1YSC A; 4YJ3 B; 3AK3 A; 1FKA O; 3KKY A; 2OYQ A; 5JVD A; 1MZF A; 1K92 A; 3ASN C; 2BTQ B; 1HNZ O; 1U96 A; 4GLX A; 1N36 O; 1OCZ C; 1RM1 C; 4P30 A; 2EJ7 A; 1KD1 W; 2ETN A; 4QJF B; 3P30 A; 4O4H B; 3ZRW B; 3B8M A; 4DR6 B; 1JCH A; 3CWB H; 1M56 C; 1Y74 B; 1KC8 W; 2X6B A; 4UUJ C; 1H2G A; 4CS2 A; 3ABL B; 1HNZ B; 1R6K A; 2OCC B; 2EIK C; 2RMK B; 1N36 B; 3CRQ A; 3DGE A; 1KKC A; 5KMG A; 4JYB A; 1WAZ A; 4IGG A; 2ZNI A; 4WF9 V; 5J2T B; 1FXK A; 4JYC A; 1SQB H; 4R8C A; 4LH7 A; 1MG1 A; 3HPL C; 4C7U A; 4GKK O; 2DE0 X; 4X20 A; 1NU1 H; 5CN0 A; 4FFK A; 1JFF A; 2IBZ H; 4PA4 A; 3SJB C; 3B4S A; 3W7U A; 4GZR B; 2UXD B; 2LGW A; 3ZRV A; 4OXS A; 3N2K B; 1K5S A; 1FPO A; 5L3E A; 1XHZ A; 4NTX A; 1BQZ A; 4JAA A; 4FM2 A; 4HNA A; 1LUW A; 5LYJ A; 1VQK V; 1F4M A; 4LFB B; 1WJZ A; 4LNU A; 3OTO O; 4I0X A; 4DRX B; 2F1M A; 4GKK B; 2O57 A; 3JAT B; 3T2M A; 4JAU A; 1XNQ O; 1GM9 A; 4QIW F; 5DM6 V; 4TOI A; 4EB6 B; 3JCZ A; 1NBM G; 3A0R A; 2P4V A; 1GRJ A; 1N8R W; 1V55 C; 1IVS A; 2AHY A; 2LFR A; 1SA0 B; 3SDL A; 4AI8 A; 2BOC C; 3SPJ A; 1OCC C; 3OEH G; 3OTO B; 4TWK A; 3SGI A; 1NJI W; 4OPH A; 2F43 G; 1UJW B; 1PKX A; 2OTL V; 2B9Z A; 4QNH B; 3FFQ A; 1DLB A; 2UUB O; 1XNQ B; 4PA7 A; 3HKD B; 3L74 H; 4MTF A; 1QBZ A; 2EX3 A; 5IT9 N; 1TVK A; 5EZY A; 4H13 B; 1F51 A; 5KUM A; 4WBN B; 2KKW A; 1AVM A; 4F6R B; 5F2V O; 3CCR V; 1FFX A; 1QHT A; 1I5Y A; 5LP6 B; 1WLE A; 4X1I A; 4JI1 O; 4DV5 O; 2AHZ A; 3ASO C; 2QKA A; 4FLX A; 1DTO A; 4WFB V; 3WB1 A; 1QLE B; 5IYB O; 4JI0 O; 3TGU H; 3K57 A; 1Q6U A; 3OUF A; 1EZV H; 4I7Z B; 3OTF A; 4PDR A; 5B3S C; 4QGP A; 3G6E V; 4DR3 B; 2UUB B; 3CC7 V; 4XDL A; 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1AR5 A; 1BT8 A; 4BR6 A; 2UXC B; 2ILM A; 1LR1 A; 1BSM A; 5DN6 G; 1AR1 B; 3W7W A; 2YC0 A; 2DMX A; 4PEL A; 1JJ2 U; 5LL6 Y; 3CME V; 5LGU A; 4JF3 A; 5J2T A; 3UO3 A; 2PYL A; 4I9Q A; 2E5L B; 3CCL V; 3JD1 A; 3JD4 A; 1HNX B; 1IBK B; 1G1X B; 4BWA A; 2Q7H A; 4HYO A; 3CD6 V; 2HKO A; 5JVD B; 3UO2 A; 5H2F Z; 4TV8 B; 3CCE V; 1S5H C; 2QWO B; 1BMF G; 3RN4 A; 2HG5 C; 4MVO A; 1B3Q A; 4YIO A; 3O9O A; 1XQ8 A; 2GBO A; 2JJ2 G; 2E3C A; 4R7C A; 5B1O A; 2X6C A; 4PHZ A; 3UT5 A; 2GSM B; 1NKD A; 5IJ9 B; 2JVD A; 1I0H A; 4MTX A; 4DRX A; 2DQ0 A; 1Q6I A; 3JAT A; 3ABK C; 2NLJ C; 4DXW A; 3GB7 C; 3ZHU A; 5IDJ A; 2FB5 A; 3K9A A; 2ITD C; 4UCU A; 1XDC A; 4Z1V A; 2AGA A; 4EEQ A; 3QVN A; 3ZMU A; 1L8D A; 4R50 A; 3KCX A; 5LBQ A; 3K5M A; 5CA3 A; 2ATK C; 2YXY A; 1WB8 A; 3E22 B; 3HKD A; 1MSD A; 1S72 V; 1AB3 A; 2JGU A; 1KP2 A; 1Q43 A; 1RP3 B; 3EVK A; 4WBN A; 1JFF B; 1V54 B; 1SQF A; 4NR1 A; 1MSW D; 3LNN A; 4X88 A; 2G38 A; 5LP6 A; 2IM9 A; 2PF4 E; 3C3T A; 5E1A C; 2QE7 G; 3HKE B; 3D36 A; 1YJW V; 2XAJ A; 1SET A; 2ZDI C; 5LYJ B; 4IHJ B; 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