The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
MDPNTVSSFQVDCFLWHVRKRLADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| publication title |
Crystal structure of RNA-binding domain of NS1 from influenza A virus A/crow/Kyoto/T1/2004(H5N1)
rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| total genus |
30
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-05-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA O; 1D2D A; 1HNX O; 1YZB A; 4DV4 O; 4JYA O; 4OPA A; 3J80 N; 4DR4 O; 4JI6 O; 3JAM N; 1X59 A; 2DOS A; 4DV6 O; 4NXN O; 5BR8 O; 1IBM O; 4LFA O; 4DR1 O; 4A5U B; 1FKA O; 1HNZ O; 4LFB O; 5H5N A; 4OX9 O; 1N34 O; 1AB3 A; 2VQF O; 1IBL O; 1HNW O; 1AIL A; 4DV2 O; 4B3S O; 4K0K O; 2ZM6 O; 1HR0 O; 4KHP O; 1I94 O; 4DR3 O; 1F7Y A; 4LF7 O; 4NXM O; 2DJV A; 4JI5 O; 4DR6 O; 1NS1 A; 4OPH A; 1N32 O; 2UXB O; 4JI7 O; 3R66 A; 2UUA O; 1A32 A; 4DUY O; 4DV5 O; 1FJG O; 4JI3 O; 1IBK O; 1DK1 A; 5FLX N; 1N36 O; 2FKX A; 4DV3 O; 5LMU O; 3O65 A; 2UXD O; 4B3M O; 3J81 N; 3T1Y O; 1G1X B; 1XNQ O; 2F4V O; 4JV5 O; 4JI8 O; 2N74 A; 2UU9 O; 4DV7 O; 2JRI A; 2LW7 A; 2AGA A; 2E5L O; 4JI2 O; 4LF6 O; 5LL6 Y; 3M8A A; 1R1B A; 1KUQ A; 1XMQ O; 4YHH O; 5IT9 N; 1N33 O; 4X64 O; 4JI4 O; 5BY1 A; 3RT3 C; 5A2Q N; 3OTO O; 4JI0 O; 4LF9 O; 4DR7 O; 4DV0 O; 2VQE O; 1J5E O; 4JI1 O; 2UUC O; 4X62 O; 3T1H O; 4DR2 O; 1XEQ A; 4X65 O; 4DV1 O; 3F5T A; 4LFC O; 4YY3 O; 4B3T O; 5LMN O; 3J7A U; 2Z0A A; 4AQY O; 4LF8 O; 4GKJ O; 2HHH O; 3SDL A; 1R6T A; 4GKK O; 2UUB O; 4DUZ O; 4LF5 O; 1FYJ A; 4LF4 O; 4X66 O; 4DR5 O; 4B3R O; 2UXC O; 5BXZ A; 1XMO O; 2ZKO A; 1XNR O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LR3 A; 1WP8 A; 5EBW C; 3DGE A; 3ZED A; 4I4T A; 1HNX O; 1YZB A; 3E35 A; 3OUF A; 2BOB C; 4DV4 O; 1EBO A; 5E79 Z; 2R9A A; 4OPA A; 5B1A B; 1B04 A; 4YXW G; 2ZE6 A; 1HW7 A; 4CH5 A; 1IZ3 A; 1XHZ A; 3QG5 A; 3WU2 Z; 3HKC B; 5EYP B; 1J95 A; 5JVD A; 2ZE5 A; 3FAV A; 3RVY A; 3WB1 A; 4YHH B; 1MZE A; 1JQ0 A; 4K0K O; 3SYO A; 4JYY A; 2ITD C; 3D8C A; 3RYC B; 3C3S A; 4NXM O; 3I5D A; 1H2M A; 2DMX A; 1YJ9 V; 5J2T B; 2WPD G; 1YDX A; 4B3T B; 4UB8 Z; 5KX5 A; 1FFX A; 2QEX V; 3CCL V; 1G6U A; 2W0F C; 5BR8 B; 4W4K A; 2R9I A; 2HP8 A; 4F6R A; 2LW1 A; 4I50 B; 4FFB A; 2JRI A; 2LGW A; 1JOY A; 2C2A A; 4QE9 A; 3L74 H; 2D2C B; 4ASU G; 2RN9 A; 4JF3 A; 3DC5 A; 2F23 A; 2IW5 A; 3OEE G; 5C8Y A; 4LFA B; 2D3O W; 4NB5 A; 1AVM A; 3ABK B; 1FXV A; 2WLH A; 4O2A B; 5LMN O; 5D5P A; 2P6J A; 3SPJ A; 1ZWI C; 1NVP B; 3ABL B; 1S77 D; 4U3J B; 1XBL A; 2EIM C; 4AQY O; 3WB0 A; 1K3E A; 3F7Y C; 2YUA A; 4NR1 A; 5CA1 B; 5LA6 A; 4TWK A; 1PM9 A; 3K08 A; 4WF9 V; 2BOC C; 2LFR A; 2AHY A; 2AHZ A; 3DSQ A; 1MMM A; 4LCU C; 4JPR A; 2JS3 A; 1GM7 A; 2FB5 A; 1SC5 B; 1MOF A; 1KU9 A; 3N2G A; 1NH2 D; 3M7M X; 2BTO A; 1ZTE A; 2XAG A; 1THZ A; 3A0H Z; 4EB6 B; 1YIJ V; 4KHP O; 1KP2 A; 4WBN A; 3AK1 A; 4JAV A; 3SPG A; 4DRX B; 1EN4 A; 4KP4 A; 3BVO A; 4FIP C; 1K92 A; 4UCV A; 2E74 B; 5CB4 A; 4MVQ A; 1RFY A; 1RSO B; 4PDR A; 4YJ2 A; 3FB5 C; 4JI6 B; 3TK1 A; 2HG5 C; 2HFE C; 2F43 G; 2LFS A; 2OTL V; 4YIO A; 1H2G A; 2NR5 A; 2F4V O; 1I08 A; 1N34 B; 2Q69 A; 2NLJ C; 2XUM A; 1BL8 A; 3K5M A; 3HKB B; 1KUQ A; 4GX2 A; 1N33 O; 3CCE V; 3RT3 C; 3G6B A; 4DR7 O; 1KEC A; 4IHJ A; 2IJK A; 2YEV A; 2UXB B; 4YJ3 A; 3DC6 A; 3X2Q C; 5AG2 A; 4CZZ A; 4WFE A; 3UT5 A; 2EIL C; 2ZE7 A; 4Z2W A; 4J41 A; 1VAR A; 1QU7 A; 1QVF U; 3AK2 A; 3HKE B; 3RGB A; 4C7U A; 1YJN V; 2YI8 A; 1VQP V; 2IJH A; 3UO2 A; 4BR6 A; 1Y76 B; 5BXZ A; 4MTG A; 2DWD C; 2M7W A; 3OTO B; 1BZK A; 5GON A; 5KMG B; 4DV0 B; 1GRJ A; 4MS2 A; 3A8T A; 3MD0 A; 2DQ3 A; 5GTH Z; 4DV1 B; 2YID A; 2M6Y A; 3G67 A; 1PD3 A; 1FAF A; 1DLB A; 3LNN A; 1ZL8 A; 2KB1 A; 2ZE8 A; 4LF6 B; 3WB2 A; 1L8D A; 5CA0 A; 4UCS A; 4K8X A; 4OX9 O; 5LOV A; 2VQF O; 4BIO A; 3KKY A; 3ASN B; 2JEX A; 1AJN A; 1PNM A; 2P5O A; 4X88 A; 3LSS A; 4HBN A; 1PP9 H; 2ETN A; 2Q7H A; 3R66 A; 1SET A; 4LFC B; 3ETD A; 1PL4 A; 4Q20 A; 4BW5 A; 5IYZ A; 3UO3 A; 3JYC A; 2WLM A; 1SF9 A; 2L35 A; 2RMK B; 3BCC H; 3QF7 A; 1NU1 H; 1CP9 A; 2UXD O; 4GX5 A; 3RYF A; 4J7J A; 1P4R A; 1PL0 A; 3ZMZ A; 5IYD O; 5IY5 C; 4LFB B; 1Q86 W; 2X6B A; 3JAS A; 4H13 B; 4X66 B; 2RQ6 A; 2ZNI A; 2B1G A; 3RW0 A; 2BSK B; 4DV2 B; 2Q4P A; 4CH4 A; 2JVD A; 4CC5 A; 3AG3 C; 1HNX B; 5A9G A; 4UCT A; 3CC2 V; 3CEI A; 3JAT B; 1K33 A; 4CS4 A; 3LDE A; 4O4H B; 1H2N A; 1V54 C; 3MAQ A; 3CRA A; 3CX5 F; 3JAK B; 2QE7 G; 3L71 H; 2P22 C; 3VQW A; 5LMU B; 1RM1 B; 1AJP A; 2AW9 A; 4K0K B; 3GVM A; 1IX9 A; 2HHH O; 1Q6U A; 1S76 D; 2IJI A; 4ZBM A; 2V7Q G; 2LGQ A; 4FLZ A; 1HP8 A; 2W6I G; 4PA9 A; 4DR5 O; 1NH2 B; 3RYH B; 1ARO P; 3Q4H A; 1D2D A; 2CGN A; 2KQX A; 1VIB A; 2IU0 A; 1Y74 B; 3AEI A; 2Y4T A; 3AG1 C; 1BT8 A; 3JAM N; 1AR5 A; 3I55 V; 1P7B A; 3QTC A; 1TUE B; 4YY3 B; 5BR8 O; 2H3O A; 1WPB A; 3ZS8 C; 2QWQ B; 4HNA A; 2RDC A; 2IJJ A; 5BMV B; 2A06 H; 2QA4 V; 1R73 A; 1L1F A; 4PD4 F; 3AG7 A; 1H38 A; 2ZNJ A; 1G4Y B; 1AI4 A; 2QSA A; 4UV8 A; 3G80 A; 1XUQ A; 1D5A A; 3ZRW B; 1R6N A; 4QNH B; 5B1A C; 2YXL A; 2PGG A; 5B3S C; 2ATK C; 3HKC A; 5EYP A; 4LP8 A; 2WLN A; 3STZ C; 4FM2 A; 3T2M A; 4B3M O; 1Y67 A; 3ZHS A; 3RYC A; 2IU3 A; 4UV9 A; 4E4E A; 4X1Y B; 4DW0 A; 2YIB A; 2W0X A; 1OCR B; 5J2T A; 3LSQ A; 1UPG A; 4LF9 O; 4Z1V A; 1PNK A; 3GWO A; 5IJ9 B; 4IIJ B; 4I7Z B; 1IBK B; 4NYK A; 2Y0I A; 4TOI A; 1ZAU A; 5EZY B; 4ZKI A; 3CXH F; 4DV3 B; 4TUY B; 4UCO A; 2QWP B; 4B08 A; 3CC4 V; 4J11 A; 4PDV A; 1NR1 A; 1KBH A; 4IYH A; 3WG7 B; 3FYE B; 4BAY A; 1JJ2 U; 4FPP A; 4RQF A; 3ABK C; 3L73 H; 5GW7 A; 4O2A A; 1OCO B; 3ABL C; 4JI6 O; 1P84 F; 5LP6 B; 3BRC A; 4UXN A; 4U3J A; 3THO A; 4O2B B; 3BFR A; 3ABM B; 3U11 A; 2Q9L A; 5HFL A; 1FKA O; 1HNZ O; 4TQF A; 5CA1 A; 1QQC A; 4BW9 A; 3CCR V; 1N34 O; 3ZHT A; 3VQY A; 4X8A A; 1X4T A; 3D36 C; 3SJB C; 1NVP D; 2CTR A; 3OMN B; 1F4N A; 4J7K A; 2JJ1 G; 3TGU H; 3SPC A; 2IH1 C; 2UXB O; 3K5O A; 1E1Q G; 1WA8 A; 5EIB D; 3ZHR A; 3K9S A; 5KUK A; 2HVK C; 5L3B A; 2IM9 A; 4J10 A; 1Y66 A; 3OGC C; 4I55 A; 3J81 N; 5FPO A; 1H8H G; 1AR4 A; 3IAY A; 4JYB A; 3ZCC A; 4EB6 A; 2EJ7 A; 2N74 A; 1DTO A; 4UFZ A; 2A9H A; 1W2B U; 4DRX A; 4FZ0 A; 4R50 A; 4PA6 A; 2KSD A; 2ZM6 B; 4MVS A; 4NTW A; 4D7T A; 3BPZ A; 2EBO A; 4KL1 A; 1RSO A; 4JI4 O; 3OTO O; 4DV0 O; 4BIU A; 1N32 B; 2ZXW B; 4JI1 O; 4XDL A; 1M90 W; 4JI3 B; 4DV1 O; 4PJ0 Z; 3CPW U; 5DN6 G; 1EZV H; 2PYL A; 4OX9 B; 2DYS B; 2VQF B; 1QLE C; 2B1I A; 3EHB B; 3HKB A; 1BS3 A; 3P3N A; 3SJQ C; 1M4U A; 1VQK V; 1GM9 A; 1QVG U; 5JJJ B; 2OWO A; 1AP5 A; 2EZP A; 3CYO A; 3N2K B; 2RJZ A; 3EXA A; 4EEQ A; 4CC6 A; 4TT3 G; 3E86 A; 1R6K A; 4MTF A; 2Q7E A; 2UXD B; 3BHP A; 1JA8 A; 4GYC B; 1BGY H; 4CH3 A; 3CCQ V; 4NXN O; 4CBC A; 4WFH A; 1CXZ B; 3T4Z A; 2ODM A; 4RO2 A; 1Q8I A; 4LFB O; 5H5N A; 1M9N A; 3HKE A; 4O4I B; 4B7K A; 4LF8 B; 3E8G A; 4DV2 O; 3MDS A; 4WFA V; 3JD0 A; 5JWP A; 5KMG A; 4O4J B; 3H01 A; 1NS1 A; 2CAZ C; 3ICX A; 2ZDI C; 2ZDI A; 3OGI B; 3A2F A; 3L72 H; 1YEW A; 1EN5 A; 3ZMU A; 2EIN B; 4FMT A; 3APQ A; 2P7T C; 2B5U A; 3HKD B; 5LMU O; 3ML0 A; 2HHH B; 3K04 A; 4DR1 B; 5LGT A; 1G1X B; 1SA0 A; 3ASN C; 2X6A A; 4DR5 B; 2QDO A; 2YXH A; 4JAA A; 2KKW A; 2E75 B; 2CH7 B; 4FLX A; 1BHA A; 4JYC A; 3B40 A; 4MVM A; 3CJH B; 4TV9 B; 2EIK C; 4TSF G; 3D3I A; 2GV9 A; 3UQ8 A; 2E3C A; 1XEQ A; 5LHH A; 1QHT A; 1XRE A; 1GN3 A; 4YY3 O; 4PDM A; 1NJI W; 2R9R B; 1RPO A; 3ZRV A; 1Y4M A; 4KUM A; 1WN7 A; 1VQ9 V; 1JX9 A; 2BSK A; 1XNQ B; 4ZI7 B; 1R6T A; 3CC7 V; 4IT5 A; 4F6E A; 2UU9 B; 3SPH A; 2UUB O; 1MA1 A; 3EFF K; 5LYJ B; 4G28 B; 2WA3 A; 3JAT A; 4QE7 A; 2OCC B; 4O4H A; 4DO2 A; 2OTJ V; 4LWS B; 3ZMS A; 1XDC A; 1J5E B; 4FLV A; 1Q82 W; 1UJW B; 1KKD A; 2FYU H; 1JMK C; 3JAK A; 1RM1 C; 4B3M B; 3ZN1 A; 3CB2 A; 4KFM A; 4GLX A; 4UCR A; 5LGN A; 1S0V A; 3SYQ A; 1ORQ C; 2QJ1 A; 4FM1 A; 3ETE A; 2JGU A; 3W7U A; 3CRR A; 4DUZ B; 3RYH A; 1I5X A; 4J9Z B; 4LF9 B; 3EVK A; 3GWK C; 2RCV A; 1Y74 A; 3FX7 A; 4OPH A; 2F66 C; 2OIE A; 4WFB V; 1M57 B; 3ABT A; 4K35 A; 1P7G A; 1BQ0 A; 1IBK O; 1H2S B; 2PUS A; 1WB8 A; 1W0K G; 5FLX N; 1URF A; 3SGI A; 4DV3 O; 3T1C A; 3AG2 C; 1Q90 D; 1OCC B; 1I5Y A; 4GUN A; 5L3F A; 4H33 A; 3C3T A; 3ZRW A; 1KB9 F; 2LW7 A; 4FLY A; 1Q7Y W; 1HNW B; 4DW1 A; 4ZHQ B; 1R1B A; 4K8Z A; 3I56 V; 4K3A A; 5B1O A; 5IT9 N; 1LUW A; 1W59 A; 5CN0 A; 1FS0 G; 5EC2 C; 1OV9 A; 2WLI B; 1MSW D; 3ZMT A; 1PKX A; 4H44 B; 3RBZ A; 1PNL A; 5H9C A; 4P2Z A; 4EKW A; 1VQO V; 1K7D A; 1HNZ B; 1GMG A; 3ETG A; 3J7A U; 1BE3 H; 5FNV B; 2GUZ B; 4D6T H; 3E8H A; 4HZ3 A; 1LUV A; 4X1Y A; 4JV5 B; 3W7W A; 1NTK H; 1R3L C; 4LH6 A; 3CCJ V; 3SJA C; 3UCS C; 2PZS A; 3QO5 A; 4JAU A; 1YVW A; 5B1B B; 5IJ9 A; 4IIJ A; 1B3Q A; 5KHH A; 4Z1M G; 2VQE B; 2QWR B; 1GM8 A; 5CMU A; 4LBE C; 5EZY A; 1AJQ A; 2V4D A; 4X62 B; 4TUY A; 3H1K H; 3RVZ A; 3ETQ A; 1LR1 A; 4QPJ A; 3E83 A; 5H2F Z; 3K79 A; 1VMG A; 1HWY A; 1MSD A; 2Q6A A; 1H2K A; 1M56 B; 4G27 B; 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4RUF A; 1NTZ H; 1V55 B; 2EUL A; 4N23 A; 3KG2 A; 5JJN B; 1A32 A; 4X1I B; 4DV5 O; 1SZT A; 1Z5W A; 1FXH A; 3ZBH A; 2WWW A; 3P3P A; 4O4I A; 1NTM H; 3IC9 A; 2UUB B; 1XNQ O; 2ZD9 A; 1K8A W; 1I7F A; 5CA3 A; 1PV0 A; 1SQB H; 2UU9 O; 1XHX A; 4PA3 A; 3CSX A; 1ROP A; 5EBL C; 5L3E A; 5KA5 A; 4JAS A; 3RFR A; 2X6C A; 1U97 A; 1JFF B; 3TXQ A; 1S3J A; 1R3K C; 1SQF A; 3P32 A; 5BY1 A; 2EIN C; 1CEZ A; 3K5L A; 1J5E O; 2QKC A; 1VF6 C; 4DUY B; 3HKD A; 4LH7 A; 1VF6 A; 4X65 O; 1ZUQ A; 3CXC U; 3OTF A; 3F5W C; 2LO1 A; 2QWO B; 5CB4 B; 1NBM G; 4OXS A; 1R3I C; 1US6 A; 2CH7 A; 3CE2 A; 1SS3 A; 4DUZ O; 1Q43 A; 3CJH A; 1VQL V; 4TV9 A; 3RWR D; 1FYJ A; 2FML A; 1Y6X A; 1OCZ B; 3FD9 A; 1F23 A; 2Y48 A; 4UCU A; 2GHY A; 4MVO A; 4RUE A; 5D5Q A; 4OGQ B; 4I50 A; 1XOU A; 3CD6 V; 4FFK A; 5L3D A; 3JCU Z; 4N21 A; 3BA8 A; 1TA8 A; 2AZ2 A; 2YXY A; 1IBM O; 2PTM A; 1GN2 A; 4NTY A; 5LYJ A; 1AB3 A; 1MG1 A; 4GKK B; 1HNW O; 1SER A; 2YI9 A; 3UT5 B; 4X89 A; 2QR4 A; 2LP7 A; 1M93 A; 3MHS C; 2V1D A; 4LWS A; 2R70 A; 5H6Q A; 1Q3E A; 3JAL B; 1KQS U; 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